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changeset 0:68084b06ae83 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/mash commit 24f4271bd62a3d96fec812eae2ad607f6a7f723c"
author iuc
date Sun, 16 Feb 2020 17:03:04 -0500
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files macros.xml mash_sketch.xml test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_1.sketch.msh test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_2.fastq test-data/NZ_MYON01000010.1.msh test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1.tsv test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1and2.tsv test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_2.tsv test-data/test_assembly.fasta test-data/test_assembly.sketch.msh
diffstat 11 files changed, 8126 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
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+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.1</token>
+    <token name="@INTYPES@">
+        fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz
+    </token>
+    
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1186/s13059-016-0997-x</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">mash</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+
+    <xml name="version_command">
+        <version_command>mash --version</version_command>
+    </xml>
+
+</macros>
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+++ b/mash_sketch.xml	Sun Feb 16 17:03:04 2020 -0500
@@ -0,0 +1,97 @@
+<tool id="mash_sketch" name="mash sketch" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0" profile="19.01">
+    <description>
+        Create a reduced representation of a sequence or set of sequences, based on min-hashes
+    </description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements" />
+    <expand macro="version_command" />
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        mash sketch
+            -s '${sketch_size}'
+            -k '${kmer_size}'
+            #if str ( $reads_assembly.reads_assembly_selector ) == "reads"
+              -m '${reads_assembly.minimum_kmer_copies}'
+              -r
+              #if str( $reads_assembly.reads_input.reads_input_selector ) == "paired"
+                '$reads_assembly.reads_input.reads_1' '$reads_assembly.reads_input.reads_2'
+              #end if
+              #if str( $reads_assembly.reads_input.reads_input_selector ) == "paired_collection"
+                '$reads_assembly.reads_input.reads.forward' '$reads_assembly.reads_input.reads.reverse'
+              #end if
+              #if str( $reads_assembly.reads_input.reads_input_selector ) == "single"
+                '$reads_assembly.reads_input.reads'
+              #end if
+            #elif str ( $reads_assembly.reads_assembly_selector ) == "assembly"
+              -p \${GALAXY_SLOTS:-1}
+              '${assembly}'
+              ${reads_assembly.individual_sequences}
+            #end if
+            -o 'sketch'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="reads_assembly">
+            <param name="reads_assembly_selector" type="select" label="Input: Reads or Assemblies">
+                <option selected="True" value="reads">Reads</option>
+                <option value="assembly">Assembly</option>
+            </param>
+            <when value="reads">
+                <conditional name="reads_input">
+                    <param name="reads_input_selector" type="select" label="Single or Paired-end reads" help="Select between paired and single end data">
+                        <option value="paired">Paired</option>
+                        <option value="single">Single</option>
+                        <option value="paired_collection">Paired Collection</option>
+                    </param>
+                    <when value="paired">
+                        <param name="reads_1" type="data" format="@INTYPES@" label="Select first set of reads" help="Specify dataset with forward reads"/>
+                        <param name="reads_2" type="data" format="@INTYPES@" label="Select second set of reads" help="Specify dataset with reverse reads"/>
+                    </when>
+                    <when value="single">
+                        <param name="reads" type="data" format="@INTYPES@" label="Select fastq dataset" help="Specify dataset with single reads"/>
+                    </when>
+                    <when value="paired_collection">
+                        <param name="reads" format="@INTYPES@" type="data_collection" collection_type="paired" label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/>
+                    </when>
+                </conditional>
+                <param type="integer" name="minimum_kmer_copies" argument="-m" value="1" min="1" max="1000" label="Minimum copies of each k-mer required to pass noise filter"/>
+            </when>
+            <when value="assembly">
+                <param name="assembly" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Assembly"/>
+                <param type="boolean" name="individual_sequences" truevalue="-i" falsevalue="" label="Sketch individual Sequences"/>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param type="integer" name="sketch_size" argument="-s" value="1000" min="10" max="1000000" label="Sketch size" />
+        <param type="integer" name="kmer_size" argument="-k" value="21" min="1" max="32" label="kmer size" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="sketch" format="msh" from_work_dir="sketch.msh"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="reads_assembly_selector" value="reads" />
+            <param name="reads_input_selector" value="single"/>
+            <param name="reads" value="ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq"/>
+            <output name="sketch" file="ERR024951_seqtk_sample_1000_1.sketch.msh" compare="sim_size" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reads_assembly_selector" value="assembly" />
+            <param name="assembly" value="test_assembly.fasta"/>
+            <output name="sketch" file="test_assembly.sketch.msh" compare="sim_size" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+**What it does**
+
+  Create a sketch file, which is a reduced representation of a sequence or set
+  of sequences (based on min-hashes) that can be used for fast distance
+  estimations. Inputs can be fasta or fastq files (gzipped or not), and "-" can
+  be given to read from standard input. Input files can also be files of file
+  names (see -l). For output, one sketch file will be generated, but it can have
+  multiple sketches within it, divided by sequences or files (see -i). By
+  default, the output file name will be the first input file with a '.msh'
+  extension, or 'stdin.msh' if standard input is used (see -o).
+  ]]></help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq	Sun Feb 16 17:03:04 2020 -0500
@@ -0,0 +1,4000 @@
+@ERR024951.882919 IL5_5116:1:14:7970:4622#4/1
+AACGCCGAGCCACATTGACCAGTTGGCCGAAGTGGAGTCGTCCCAGTCGTCACGGCATTTTTCCCAGCGCGCCATA
++
+DCCDBBBDBBCCBBBCCCDCCDBCBBCCCBCB@BBBBBDB@BCBBB@CB@BB@BBCBBBB@BBB@B@B@@@@@@@4
+@ERR024951.3404519 IL5_5116:1:58:6775:14230#4/1
+CGCCGTCACCGTAGCCTACATGGTATTGGGTGCGCAGACGCACCACGTCAAATGAGAACTTCACTAACAATAACGC
++
+CCBBBCCCBBBBCCCCCCC@BCC@CBBBBB@BBBBBB@BBB@B@@B@BBC@BB@@B@B@CBB@BB@CC@@BBBBB;
+@ERR024951.1794060 IL5_5116:1:29:11292:8612#4/1
+TCGCCGACGATATCCGCAGCCATTATGAGGAGTATGATGGCTTTGTGATCCTCCACGGAACCGACACCATGGCGTT
++
+CCCBBBCCCC@BBB@CBBCBC9CCBBB@B@@@@BBB@@@B@B@B@@@@@B@@@B@B@@@@@BB@@@@B@@@@@@@B
+@ERR024951.635976 IL5_5116:1:10:6111:8194#4/1
+AATGTCAGCCCCGGCCTGCGGTACCGGAGCCACCGGCGCCGGTTCAGCCCATACCCGCCCACCGGTCATGGCCCCG
++
+CCCBBBCCBCBB@BCC@@@@B@BCB:@@@@@B@@@@;@@@@@@@@@@@@@8@@@@@4@@@@@@@@@@;;@@@@@@@
+@ERR024951.6397248 IL5_5116:1:113:4294:7215#4/1
+TTCCTCTAACGGCAAATCGCCGCTTTCCAGACGGTTAACGATCTGCTCCAGTTCGCCCAGAGCAGTTTCAAAGCTG
++
+DCCCCBBBCCBBCDCBBCCBBBBBCBBCCDBBCC@BCCCBB@CBBCBB@@B@@CBBB@@B@:@@B<@@@@@@@@@@
+@ERR024951.2279751 IL5_5116:1:37:2007:18070#4/1
+GTTAATTCAGGACGATAATTGATGCCATATACAAGTAATTTCATACTTAAAAGTCCTCAGCAACATCCATAAAATA
++
+DCCCCCCCDDCBCDB@BBBC@@DBCCCCBBBBBBBBCBCCBBBDBBDCBBBBB@B@5@@@BBB@BB@@CCB@@@BB
+@ERR024951.1984739 IL5_5116:1:32:4982:14139#4/1
+CCGACGCTCAACGCCCTGGAGAACGTCGAGCTGCCGGCGCTGTTGCGCGGCGCCAGCGATAGCCAGAGCCGGGGCG
++
+CCCDDDBBBBCCDBBBBDCCBBBBC@B@B@B@BBC@@BBBB@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@:@@@@@@@@:@@@<
+@ERR024951.607606 IL5_5116:1:9:18645:19363#4/1
+GCTGGCGATATCGTAGCCCAGCAGGCCGTGGCGATTGGCGCGGATGACGCCGCCCTGACGCTGCATCGTAAGCTGG
++
+<<<<<$<<88<<:<'CCCBB@@CCCBBB@BB@B@@BBC@@@BB8@@<4@@@@@@@8@@@@@5@@@@8@:@:53+*2
+@ERR024951.1159044 IL5_5116:1:18:4496:14012#4/1
+CATCCAGGCTATCAACTGAAAGTGGTTGACTGCCTGCTAACGAACTTACATCAGCCAAAAACGACGCATATGGTGT
++
+DDBDCCDCCDDBBDCCDBCCBB@BBBCCBCCDCBCDCCCCBC@B@CCCBBBBB@BBB@BBBB@B@BB@@@BB@@B@
+@ERR024951.6522628 IL5_5116:1:115:4782:7623#4/1
+CACAGATCGTGCCGTCTCAGACCTTAAACGGGGCGTCGGGCGCCCCGATATAGTATCAGTCCAGAGCCGCGTAAAT
++
+CCBBBBBC@C@BCCBC@BBCBBCC@CCBBBBBB@B@CB@@@@BB@@B@@@@@B@@@@@@@@@@@@@B@@@@@7@@;
+@ERR024951.4182454 IL5_5116:1:74:8108:1011#4/1
+NCGCACAATGAATACAAACTTTGCCCCCAGAAAAAGCAAAGAGCGCCACACCTGCAGGAGAAACATAAATGTCATC
++
+#9999<<<<8>=>>>>>>>=>=>>>>>>>>>>>=33>>=>>>>=>=>>>=>>==>=>==>>===>>>>=<=====9
+@ERR024951.4084117 IL5_5116:1:72:10107:2705#4/1
+CTTTAAGAGCTTTTTCGCCATGCTGGCGGTCAACGGCGACCTCTTTGTACCCGATTTTCTGGAACGGTTGGCGCGA
++
+CDCBBCCBBBCCBBBBDBBBCCCCCCCBB@B@BB@BB@@BB@B@@@@<@B@BB@@@@@@@@@@@@@@<@@@@@@*<
+@ERR024951.5228707 IL5_5116:1:93:4560:9885#4/1
+GTCTGCTTTGTGCCAGAAGCGGACACTGTTCACAATATCGAGTTAATCATTGGATATGTTGATCGCTCCCATTGAA
++
+DCDBBDDCBBBBBCCDBBBCBBBDBBBCBBBCBBBBBBBCBB@CCBCCBCCCBB@BB@@BB@@@@@BBBB@@B@@B
+@ERR024951.4984369 IL5_5116:1:89:13014:2217#4/1
+CCATTTGTGGCGTACAATCAAAACGCCTAACGGTACGCCGATGATAATCGCCAGACCGACGGCCAGCGCGACCAGC
++
+DCCDCBBBBBBBBDDBBBDDCBBBCBBBDCCCC@DCBBBBCCDCCBBBC@BBBCBBCCCC@@@@B@@@@BBB@@@C
+@ERR024951.6386192 IL5_5116:1:113:15562:3629#4/1
+AACCCGCTTATCGGTTCGGCGGGGGTCTCGGCGGTGCCGATGGCGGGCCGCGGATCGGAAAAAATGGGGGTGGGAT
++
+CCCCBBBBCCBBCCBCC@CCBBBBB@B@B@BB@B<@5@*-<'929<)8@240&-100(7(*89))5?<>*1)/+)'
+@ERR024951.107949 IL5_5116:1:2:16582:11599#4/1
+CCCGCATCCGCATAATCTGGCCCTGCGCACCTGGGTCAACGGCGAGCTGCGCCAGCAGGGCACCACCGCCGATCTG
++
+DCBB-BCDCCBBDBBBDBBCCCBBDDBBBBBBCCBBDCBCCBCBBBBBCBBBB@BB@@@@B@@@B@@@@@@9@@@@
+@ERR024951.6798988 IL5_5116:1:119:10552:14383#4/1
+TATTATTTCTGTCGAGATGAATATTGCTCAGGATAGCGCCAGCTTCCCGGTGATTGAGATCCTGCAAACGCATATT
++
+DDBBBBBBBBBBBDCBBBDDCCBBBBCCBBDCBCBBDBBBBCCCCCCBBC@BBCCCBBBBCBCCCBBB@CBBC@BB
+@ERR024951.1312277 IL5_5116:1:21:12318:4085#4/1
+GACCATCGCCGGCTGTCTCGCGATCCTCGCCGGACTGTATCTGTGCTGGCGGCTGCGCGATCGCCCGCAGGCGGTG
++
+CCCCCCCCBBBCCCC@BB'B@:@@@CBBBBBBC@@BC@@BBB@@:B@@@B@@7:@-::0-4/114;*-*5;-59(;
+@ERR024951.6120272 IL5_5116:1:108:6383:16466#4/1
+GCCAAACCTGCAGCGCCAGGTGATCGCCGATATGCTCCGCGACTGGGACAAGCGTTATCCTGGGCGCATTGAAACC
++
+DDCCCBBCCDDDDDBBBBDB@BBCCDBBBBCBBBCCBBBBBBBDCCB@BB@BBB@BBB@@@@@@@:B@@@B@@@@<
+@ERR024951.1713237 IL5_5116:1:28:16930:1049#4/1
+CAGTTTAAAGTCGCTCTCGCCCAGGCGCAGGGTCAGCTGGCGAAAGATCAGGCCACCCTCGCCAATGCCCGCCGCG
++
+CCCBCBBCBB@C@B@BBBBBB-BB@B@BB@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@;@:@@@@@@@@:3
+@ERR024951.589692 IL5_5116:1:9:12294:13930#4/1
+CGATTGCGACTTCCCGTCAAAATCACTGGCCGGGGTGGGGGTGGCGTTTTATCTGATGCTGGCGCTGCGCACTTTT
++
+DCCDCCDBBDDCCCBBBDDCBBBDCBBDCCCCCBB@BBBBB@BBBB@BBBBB@BBB@B@@@@@@@;8@@@@@@@@B
+@ERR024951.3236911 IL5_5116:1:55:2366:10703#4/1
+CTATGTCGGTAAACAAGGATATTATTATTGCCCTCGATGAGGGCACAACCAATGCCAAACCCGTTGCCTTCGACGG
++
+@CBBBBBCC@C@<BB@<CC@9BBBBBB;B@CCBBBB8CC<BBBBCBBBBCB@C@@94772$4667@A@@@@B@@@B
+@ERR024951.4869747 IL5_5116:1:86:15312:20248#4/1
+CGGTACGCTTGCGCATAGCGTAAATCGAGACCCCGAAGACCACGACCAGATAGGCTACCAGCGGTAGAATGACCTC
++
+DDCBDDDBBCCDBBBDBBCBBCBBBBC@BB@@BBB@@B@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@<@@@@@@<@@<@0@9@
+@ERR024951.3526787 IL5_5116:1:61:5989:935#4/1
+NGACGGTGGCCATCGAATCGAGGAAGCAGGCGGCCAGACGTCCCAGACCACCGTTGCCGAGCGCCGGATCGACTTC
++
+#*0099)60'>>=>=>>=>>==><>>==>==>=;=+6+<,/3/<(4('4,00*9('0,/)43145*-+100,803>
+@ERR024951.2514028 IL5_5116:1:42:4064:2466#4/1
+TAAGCACTTTTTTCATTCTGTTTTCCTTCAGTCAATAACGGCCTGAATCGCCTTGCTATCATCGGCATTTAACAAT
++
+DDCCDDBBCBBBBBCDCCBBBBBBBCCCCCDBDBCCBBBCBCBC@B2C@BB@@B@BB@B@@B@@@@@@@B@B@@B@
+@ERR024951.424988 IL5_5116:1:7:12198:4343#4/1
+CCCAGGCCCGGCAAGCGCAGCGCCGCCGGGCAGCTGGTTCAGGCCAACTCCCTCAGTTCACCGTCAGGCGCAGGGC
++
+CCBBCCC8BBCCBC(<:<8:BBBBBBB@@BB@CBBBB@B@@BBB@@BBBBBBBB@B@BB@@@B@B@@@@@@@@@@@
+@ERR024951.1493037 IL5_5116:1:24:6669:6400#4/1
+GCCACGCCCAGTCCGGCCCGTAGCGCCTGACGTTTATCTTCTATCGTACTCACCGTTAAACGCGGCTGTTTATCCA
++
+DDCCBBBBBBDDDCCCCC3BBCCDBBBBDBCDBCBBBBB@BBBBBC@CD@BBBBBBCBB@@@@@BBBC@B@@@@B@
+@ERR024951.2799341 IL5_5116:1:47:10168:7072#4/1
+AAGGTGGGGTGTTTCCCATAGATAGGTGGGCCAATTCCCATAACAAGGTGGGCGGATTCCCAGAGATAACACTTAT
++
+DCCCBBBBBBBBBBBCBBDBBBBBBC@BBBBCCCCCCCBBDBBBBBBB@BBBBBBB@CBBBBC@B@B@B@@BBB@B
+@ERR024951.2448562 IL5_5116:1:40:9794:18522#4/1
+ACTGATTCGACGACAGCGCCTTTTGCTGCTCGCCGAGGTAGTTCCACAGATTGACGAAGGCGAGGAAATCGGACTC
++
+DDDDDDCCCDDCDCBBB@BBBCBBBBB@BBBBBBB@BB@@B@@@C@BBB@@B@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@7@@
+@ERR024951.3785148 IL5_5116:1:66:12640:4288#4/1
+AAAACCTTCGACGATCATTCGCCCGCCGAGAAACACCAGTAAAATAAAGGCAATCCAGTGATTCCACTCGAGGATA
++
+DCBBBCCCCDDDDCCDCDCCDBBBBBBBBBBBBBBBBBDBCBBBBBBBBBCCCCCCC@BBBCCBBBB@BB;BBB@@
+@ERR024951.4755831 IL5_5116:1:84:1518:18332#4/1
+AGCTGAAGTCGCTGTTGTTGCAAGGCGGGCTGCGCCATCCGATGAATCAACACATCAATAGCCAGCTCGCCCAATT
++
+CCCCCCCCCCCBBCBBBBB@@C@@B@BBB@BC@BBBBCBBCCCCB@B;BBBB@@B@B@@@@:@@@@@@@@:@@@@@
+@ERR024951.6355342 IL5_5116:1:112:19641:13490#4/1
+CTATGAGTACTGGTACGGGCTGCCGAACTTCTACACCATCACCCGCTACAACCACAGCACCCACTACGCGATGGCC
++
+CCC@B@B@4CCBC@B;C(7;BC<BC@BB@@B@<@BBBB<@@@@4BB-@BB@B@@@B@@@7@5;@-@@-@@@@@80@
+@ERR024951.3013644 IL5_5116:1:51:2200:6796#4/1
+CAAGCAGTGGGAGCACCTTCGGGTGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTATATTCTGTNGCAAG
++
+DDCCDCDBBBBBBBCBBBCCDCB@B@BBCCCBB@BBBBCBBB@@B@BBBBB@@@B@B@@BB@@@BB@@@<#8A4A9
+@ERR024951.187077 IL5_5116:1:3:2264:14335#4/1
+CACGCGCCACGTACAGCTGAATACGGCCGCCAACGTCCTGCAGGGTAACGAAAGACGCTTTACCCATAATACGACG
++
+DDB@BBBBBBBBCDBBDCDCCBBBB@CCB@BBBCB@@CBBBBBBB@@BBB@@B@@B@B@@B@@@@@@@@@@@@@BB
+@ERR024951.3297895 IL5_5116:1:56:19195:13688#4/1
+GAAATCACCAAACTTTTTCGTTAACGACTGGGCTTCAATGACCGTTTCCTCTTTGCTGCCGTCAACGCGATGGATA
++
+DCCBBDDBBBCBBDCB@BBDCCCCCCBCC@@BBBCBDCB@BBBB@B@BBBBBBBBB@@@B@@BB@@@@B@@@@@@B
+@ERR024951.6656740 IL5_5116:1:117:1195:9983#4/1
+TGGATATTCAGGAGGAGTATTACAAAAAAACCGATGAACAGCAGTCAGACTGGCGGGGAGGGGGCAGCGATTCCCT
++
+DDCBDBBBBBDCBBBBB@BBBBCBBBBBBBBBCBCCCC@BBB@B@BBBB@BB@B@@@'62,1'$#62&0201-85&
+@ERR024951.4743425 IL5_5116:1:84:13845:13791#4/1
+CTGGGTAAAGACATCCCCGGATTCGCACAGCGGCCCGGCCACCACGGTTTCGACCTGCGGCGCGGCGCTGAGATCC
++
+DDDCBBDCBBBBBBDCBBBCCDCCCBBBBBDBBBCB@@BCBBBBBBB@@B@@@@B@@@@@@@@@@@@@@<@@@@@B
+@ERR024951.3641362 IL5_5116:1:63:7209:6894#4/1
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++
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++
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++
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+@ERR024951.143872 IL5_5116:1:3:2561:2006#4/1
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+DDDDCBBCCDCBBCCBB@BBBBB@@@@@@@@@@@@@@@;@@@@@@@@@@@;@@@@@@<@@@@@@@@@@:@<@@5:@
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+@ERR024951.5826423 IL5_5116:1:103:2827:16931#4/1
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++
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+DDDDDCCDBBDDDDCBBB$@CCBD@BBBBBBCC@BC@@@BB@B@B@BBB@@@@B@@B@@@@B@@@@@@@@@2@@@@
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++
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+@ERR024951.2902774 IL5_5116:1:49:4590:5443#4/1
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++
+DDDDCCDDDDDDCCDDBBDDCCDCBBCDDCCB'BBBBCBBBBCBBBBCDBBBBB@BB@CB@BBB@BBB@BB@B@BB
+@ERR024951.6734495 IL5_5116:1:118:18469:14356#4/1
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++
+DDBBBBBCCCBBBBBCCCCDCDBBBBCCCCBBCCDCCCBBBC@BBB@CBB@BBCCBB@BBB@BBBBBBBBCCB@@@
+@ERR024951.6128503 IL5_5116:1:108:8243:19184#4/1
+AAAAATAATATTCGTCTTTTTATTGGCGTTACTGTTTTATTAACGCTGTCTTATTACACCGCAGCAACCGTGTGCT
++
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++
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+@ERR024951.3148959 IL5_5116:1:53:15567:17375#4/1
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++
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+@ERR024951.6652336 IL5_5116:1:117:19397:8621#4/1
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++
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+@ERR024951.5487788 IL5_5116:1:98:13775:1080#4/1
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++
+DDCBBBBBBBDBBBDCBB5BBBDCCCDBCCCCDDBBBBBBBBBCCBB@@@@BBB@@@@@@@@@@@@@@@@;@@@@@
+@ERR024951.6658885 IL5_5116:1:117:4924:10657#4/1
+CGCGGCATAGCCGGGATTGAGCGGGTAATAAATGCGGTTGTACTTCTTATTGGCCTCGCCCACCACCAGCAGACGA
++
+DDBBBBCBBBDCCCBBBB@BBB@BB@BBC@B@BBBBB@@B@@B@BBB@BB@@@B@@BBB@@BB@@@@@@B@@;@@@
+@ERR024951.6545237 IL5_5116:1:115:6489:14698#4/1
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++
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+@ERR024951.1136118 IL5_5116:1:18:18206:6690#4/1
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++
+8<636556889@@@@CCC8C@4<:5,4<779<*%,)6<27026<46:;696:/'/<33,7@@--@43)57'-'1-1
+@ERR024951.6238584 IL5_5116:1:110:5053:15485#4/1
+TTCACTGCGTGCCCTGTCCCGTGAATTCTCCATTGACGTGCTTGAAGAGATGCTGGAAAAGCTCAGGATCGTCACT
++
+DCCDBBCDBBBBCBBBBBCBBBBBBCCCBBBBCBC@CCBBBDCCCCCBB@BB@@DBBBBBBC@BBB@B0B@@@B@2
+@ERR024951.3894361 IL5_5116:1:68:10724:7800#4/1
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++
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+@ERR024951.206915 IL5_5116:1:3:15257:20011#4/1
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+@ERR024951.278949 IL5_5116:1:5:5947:1303#4/1
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+CCCCCCCCBBCCBBCBBBB8CCC0CCCCCBBBBBBBBBBB@BCBCC@CCBBBBBB;B@@B@@@@BB@@@@B@@@@@
+@ERR024951.4762217 IL5_5116:1:84:8154:20682#4/1
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+DBB@BCCBCD@BBBBBC@BBBBB@@B@BBB@B@@@@@4@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@,@8@6
+@ERR024951.3976552 IL5_5116:1:69:1239:20147#4/1
+AGGTTGTACCAGCAGGCGTAGCCGGCCAACTGCGGATCGGCCCAGCCGGGGGCGAAACGCCGAGTGGTGGGAAAGG
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+@ERR024951.4774000 IL5_5116:1:85:19093:5240#4/1
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++
+DDDCCDDBBBCCCBBCCBBBBCBBBBBDDBBBCDCCCDBBB@BBBBBBBDCCCCBB@@B@B@@@BB@B@@@@B@B@
+@ERR024951.316304 IL5_5116:1:5:9998:12185#4/1
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+@ERR024951.4480629 IL5_5116:1:79:14178:15231#4/1
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+@ERR024951.387856 IL5_5116:1:6:6170:13290#4/1
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+@ERR024951.3145203 IL5_5116:1:53:14336:16023#4/1
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++
+CCCCCCCCCCCC@@BCBBBB@CBBCCBCCCCCCCCCBCB@CCCCCBBC@B@BBBBBC@B@BC@CBB@BBBBBBBBB
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++
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++
+DCCCCBBDDCCBBCBBBBBBBBCBBBBBBBB@CBBB@@@@B@@@@@@@@<B@@@@@**@@@@@@@@0@@@7@5*@@
+@ERR024951.2274462 IL5_5116:1:37:7136:16201#4/1
+GGTGGCGCTGGTGAGTGCCCCGGGGGCGGCTGGCGTGAGTGTCAACGGTGGTACGGCAGTCACCGACTGGCGCGGG
++
+DCCBBBBBBCBCBB@BBBCBBBCBBBBBBBDCCCB@B@B@B@B@C@DC@BB@@B@*5(>-3>7>07<<<:-959;*
+@ERR024951.3822952 IL5_5116:1:66:2824:19177#4/1
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+@ERR024951.6396062 IL5_5116:1:113:5423:6820#4/1
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+NTTTCCCCGCACGTTGGCGCTCTTTTGCCATAGCATTCAGGGAAGGGTCCATGCGCGTCGGGAAATAGAGCAACTC
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+#9900<<</5==>>>===>>==>>>=>>>>>===>>=>=>=>==>=>>>>>=;=>==>==>>><=>==>=>===>9
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+@ERR024951.4886048 IL5_5116:1:87:10118:6368#4/1
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+@ERR024951.4721543 IL5_5116:1:84:1834:5749#4/2
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++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB@B@BBBB@B@BBBBB@BBBB@@@@@@@@@@@@@AB
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