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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/megahit commit 7da69f4b449643fd80cfb824251642b4e8638b44
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It makes use of succinct de Bruijn graph (SdBG) to achieve low memory assembly. MEGAHIT can optionally utilize a CUDA-enabled GPU to accelerate its SdBG contstruction. The GPU-accelerated version of MEGAHIT has been tested on NVIDIA GTX680 (4G memory) and Tesla K40c (12G memory) with CUDA 5.5, 6.0 and 6.5. + +-------- + +**Project links:** + +https://github.com/voutcn/megahit + + + ]]></help> + <citations> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btv033</citation> + </citations> +</tool>
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