|
[up]
|
|
drwxr-xr-x |
 aligner_soft_stats.tabular
|
1085 |
-rw-r--r-- |
|
bamtools.txt
|
532 |
-rw-r--r-- |
|
bamtools_stats.tabular
|
438 |
-rw-r--r-- |
|
bcftools.txt
|
34128 |
-rw-r--r-- |
|
bcftools_stats.tabular
|
722 |
-rw-r--r-- |
|
bismark.txt
|
1728 |
-rw-r--r-- |
|
bismark_stats.tabular
|
425 |
-rw-r--r-- |
|
bowtie2_1.txt
|
220 |
-rw-r--r-- |
|
bowtie2_2.txt
|
220 |
-rw-r--r-- |
|
bowtie2_stats.tabular
|
239 |
-rw-r--r-- |
|
busco.txt
|
663 |
-rw-r--r-- |
|
busco_stats.tabular
|
146 |
-rw-r--r-- |
|
cc_ko15.bpc.embedded.tab
|
29865 |
-rw-r--r-- |
|
cc_ko15.bpc.tab
|
29501 |
-rw-r--r-- |
|
cc_wt15.bpc.embedded.tab
|
29848 |
-rw-r--r-- |
|
cc_wt15.bpc.tab
|
29484 |
-rw-r--r-- |
|
cutadapt.txt
|
3064 |
-rw-r--r-- |
|
cutadapt_stats.tabular
|
147 |
-rw-r--r-- |
|
fastqc_1.txt
|
66973 |
-rw-r--r-- |
|
fastqc_2.txt
|
66410 |
-rw-r--r-- |
|
fastqc_stats.tabular
|
773 |
-rw-r--r-- |
|
featureCounts.txt
|
814 |
-rw-r--r-- |
|
featureCounts_stats.tabular
|
962 |
-rw-r--r-- |
|
flexbar.txt
|
1673 |
-rw-r--r-- |
|
flexbar_stats.tabular
|
269 |
-rw-r--r-- |
|
gatk_BaseRecalibrator.txt
|
406567 |
-rw-r--r-- |
|
gatk_varianteval.txt
|
380682 |
-rw-r--r-- |
|
gatk_varianteval_stats.tabular
|
168 |
-rw-r--r-- |
|
hicup_deduplicator.txt
|
607 |
-rw-r--r-- |
|
hicup_filter.txt
|
978 |
-rw-r--r-- |
|
hicup_mapper.txt
|
1645 |
-rw-r--r-- |
|
hicup_truncater.txt
|
1061 |
-rw-r--r-- |
|
hisat2_1.txt
|
171 |
-rw-r--r-- |
|
hisat2_2.txt
|
171 |
-rw-r--r-- |
|
hisat2_stats.tabular
|
185 |
-rw-r--r-- |
|
htseq.txt
|
92 |
-rw-r--r-- |
|
htseq_stats.tabular
|
144 |
-rw-r--r-- |
|
kallisto_1.txt
|
22343 |
-rw-r--r-- |
|
kallisto_2.txt
|
22760 |
-rw-r--r-- |
|
kallisto_stats.tabular
|
314 |
-rw-r--r-- |
|
picard_AlignmentSummaryMetrics_stats.tabular
|
615 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectAlignmentSummaryMetrics.txt
|
1665 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectBaseDistributionByCycle.txt
|
4614 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectInsertSizeMetrics.txt
|
6914 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.txt
|
2535 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicates.txt
|
2705 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RnaSeqMetrics_stats.tabular
|
616 |
-rw-r--r-- |
|
picard_baseContent_stats.tabular
|
258 |
-rw-r--r-- |
|
picard_collectGcBias.txt
|
5175 |
-rw-r--r-- |
|
picard_dups_stats.tabular
|
277 |
-rw-r--r-- |
|
picard_insertSize_stats.tabular
|
537 |
-rw-r--r-- |
|
post_aligner_soft_stats.tabular
|
2359 |
-rw-r--r-- |
|
pre_alignment_soft_log.txt
|
11808 |
-rw-r--r-- |
|
pre_alignment_soft_stats.tabular
|
460 |
-rw-r--r-- |
|
prokka_1.txt
|
135 |
-rw-r--r-- |
|
prokka_2.txt
|
100 |
-rw-r--r-- |
|
prokka_stats.tabular
|
200 |
-rw-r--r-- |
|
quast.tsv
|
1018 |
-rw-r--r-- |
|
quast_stats.tabular
|
1130 |
-rw-r--r-- |
|
report_manual_custom_content.html
|
1096072 |
-rw-r--r-- |
|
rsem.txt
|
464 |
-rw-r--r-- |
|
rseqc.txt
|
645 |
-rw-r--r-- |
|
salmon.txt
|
23381 |
-rw-r--r-- |
|
samblaster.txt
|
1096 |
-rw-r--r-- |
|
samblaster_stats.tabular
|
67 |
-rw-r--r-- |
|
samtools_flagstat.txt
|
398 |
-rw-r--r-- |
|
samtools_flagstat_stats.tabular
|
903 |
-rw-r--r-- |
|
samtools_idxstats.txt
|
1514 |
-rw-r--r-- |
|
samtools_stats.txt
|
197687 |
-rw-r--r-- |
|
samtools_stats_stats.tabular
|
1048 |
-rw-r--r-- |
|
snpeff.csv
|
163560 |
-rw-r--r-- |
|
sortmerna.txt
|
4038 |
-rw-r--r-- |
|
sortmerna_stats.tabular
|
602 |
-rw-r--r-- |
|
star_counts.txt
|
91 |
-rw-r--r-- |
|
star_log.txt
|
1811 |
-rw-r--r-- |
|
star_stats.tabular
|
618 |
-rw-r--r-- |
|
tophat.txt
|
557 |
-rw-r--r-- |
|
tophat_stats.tabular
|
240 |
-rw-r--r-- |
|
trimmomatic.txt
|
581 |
-rw-r--r-- |
|
trimmomatic_stats.tabular
|
110 |
-rw-r--r-- |
|
vcftools.txt
|
56241 |
-rw-r--r-- |
