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diff test-data/bnd-ref.fasta @ 0:a6d93d0d5328 draft

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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/pbgcpp commit d8032f67869704a4f9308796d748966d1f4760ae
author iuc
date Wed, 01 Mar 2023 22:42:22 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/bnd-ref.fasta	Wed Mar 01 22:42:22 2023 +0000
@@ -0,0 +1,208 @@
+>indel_ref whatever
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+AGCGGCGGCGGCAGCGGCCAGCAGCAGCGGCGGCAGCAGCGGCGGCCTCGGTCCGGGGCG
+CCGGCCGTCCTCCTCCTTCCTCCGGCGGCAGCCCTAGTTCCGCCTCTCGGCTCCCCCCGG
+CTCCACTCTCCCCAGCCGGGAGCTGCTCTCTCCTCTTTCTAGTCTCGCCAACATGACCCG
+GCGCGGGCCCGCAGCGCCGCCACCATGGGGAAGGGGGTTGACGAGACAAGTATGAGCCCG
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+ACGAACTCAAGAAGGAAGTGTCTATGGACGACCATAAACTCAGCCATGGATGAACTCCAT
+CGTAAATACGGAACAGATTTGAGCCGAGGCTAACACCCGCAAGGGCCGCTGAGATCCTGG
+CTCGGGATGGCCCAACGCCCTCACGCCCCTCTCCCACTACTCCCGAGTGGGTCAAATTCT
+GTAGGCAGCTGTTCGGTGGCTTCTCCATGTTACTGTGGATTGGAGCCATTCTTGGTTTCT
+TGGCTTATGGCATCCGAAGTGGCTACAGGAAGAGGAACCACCAAATGATGATCTGTACCA
+TCGGGGTCGTGCTGTCTGCTGTCTCGATCCATTAACTGGCTGTTTCTCCTATTATCAAGA
+AGCAAAAAAGCTCCAAGTCAATGGAATTCCTTCAAGAACATGGGTCCCTCAGCAAGCCCT
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+TGGTGGAGGTGAAGGGCGGAGACCGAATCCCTGCTGATCTCAGAATCATATCTGCAAATG
+GGCTGCAAGGTGGATAACTCCTCACTCACTGGTGAATCAGAACCCCAGACTCCGGTCCCC
+GGATTTCACAAACGAGAACCCTTGGAGACAAGGAACATTGCCTCTTCTCAACCAACTGTG
+TTGAAGGAACTGCACGTGGCATCGTTGTGTACACTGGGGATCGCACCGTGATGGGCAGGA
+TCGCCACACCCTTGCTTCTGGGCTGGAATGCGGCCAGACCCCCATTGCTGAAGAAATCGA
+GCACTTTCATCCACCTCATCACGGGGTGGCCGTGTTCCTGGGGGGTGTCTTTCTTCATGT
+CTCTCTCTGATCCTTGAGTACACCTGGCTCGAGGCTGTTCATCTTTCCCCATTGGTATCA
+>bnd_ref_U [moreinfo]
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+GATGCCGACTTTAGCAAAAAATGAGAATGAGTTGATCGATAGTTGTGATTACTCCTGCGA
+AACATCATCCCACGCGTCCGGAGAAAGCTGGCGACCGATATCCGGATAACGCAATGGATC
+AAACACCGGGCGCACGCCGAGTTTACGCTGGCGTAGATAATCACTGGCAATGGTATGAAC
+CACAGGCGAGAGCAGTAAAATGGCGGTCAAATTGGTAATAGCCATGCAGGCCATTATGAT
+ATCTGCCAGTTGCCACATCAGCGGAAGGCTTAGCAAGGTGCCGCCGATGACCGTTGCGAA
+GGTGCAGATCCGCAAACACCAGATCGCTTTAGGGTTGTTCAGGCGTAAAAAGAAGAGATT
+GTTTTCGGCATAAATGTAGTTGGCAACGATGGAGCTGAAGGCAAACAGAATAACCACAAG
+GGTAACAAACTCAGCACCCCAGGAACCCATTAGCACCCGCATCGCCTTCTGGATAAGCTG
+AATACCTTCCAGCGGCATGTAGGTTGTGCCGTTACCCGCCAGTAATATCAGCATGGCGCT
+TGCCGTACAGATGACCAGGGTGTCGATAAAAATGCCAATCATCTGGACAATCCCTTGCGC
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+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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+>bnd_ref_V
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+GACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGC
+GCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCAT
+CGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAAT
+TGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGT
+TGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACTCTGGCGGGGGT
+AATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACT
+GGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAA
+TGCTGGCGTTTCACTGCAAGGCGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGG
+GATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGC
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+>bnd_ref_W
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+CTGGATAACACCGTGCGGCTGCCGGGGCTGGCGAATCTGTGGGTGCCGCCAATTCGTAAC
+CGTATCGATATGCTCTCAACCGGCATTAAAAGCCCCATCGGCATTAAAGTTTCCGGCACT
+GTGCTGGCGGATATCGACGCGATGGCTGAGCAAATTGAAGAAGTAGCGCGAACGGTGCCA
+GGCGTAGCTTCTGCGCTTGCCGAGCGGCTGGAAGGTGGGCGCTATATCAACGTTGAGATT
+AACCGTGAAAAAGCCGCACGTTACGGTATGACGGTGGCGGATGTGCAGTTGTTTGTGACT
+TCTGCGGTGGGCGGGGCGATGGTTGGCGAAACGGTGGAAGGGATTGCCCGTTATCCAATT
+AATCTGCGTTATCCGCAAAGCTGGCGCGATAGTCCGCAGGCACTGCGCCAGCTGCCGATC
+CTGACGCCGATGAAGCAGCAAATCACCCTGGCAGACGTGGCCGACATTAAAGTCTCTACC
+GGACCGTCGATGCTGAAAACCGAGAATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCC
+CGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTG
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+>bnd_ref_Y
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+GCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGAATTTTCCTGTCACTGGATGCTTA
+TACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAGGGACTGAA
+ACATTATTCTTACGCGGTCTGGCTGCCATTACTCAAAATCCGTTGCAAAAGTAATGAGTC
+ATTTTTCTTGATTACAGGTGTTACCAACTCCCCAACTAACTCGGCGTCCTCACGCACTCG
+CCATAACCGGCCTTGTTTCATGGCCGGTGGACAAAATAAATTCTGCTTAGCATAACGACG
+CAATGTGGACACACTTGGAGGATTACTTCTGTATTTTTCAGCAGCCCATTCTTCAAGAGT
+TAACATTTGAAGCATATGCGATCACCTTATTACTACACTAACTGCTTAGTCTCAGCATAT
+CGACCCTGCACGGTCGGTTAGTTTCTCCACAAAACAGAGAAGAGCACCTGTGGCCACAGC
+TATCAGGATGGGTCGGGTTATTAACCCGTCATCCGGGGATACTCTTCTCTGTTTTGTAAA
+AAGGGCGGTACCAGAAAGGACTAAGGAAAAAACTGGTACCGCCAAGACTACACACAGCAC
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+>bnd_ref_X
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+GGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGC
+TTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATC
+TCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGT
+TGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGAT
+AAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCG
+CAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGT
+AGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCA
+CCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGC
+GCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGT
+TGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTG
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+>bnd_ref_Z #appendix
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+CTAAAAACGTGGCGAACGGTTTGCTTTTCAGATCCTGCAATGCGCCGTGGAAGGCATAGC
+GCACCTGTTCGTTGAAAACGTTGGTTTTGCGATTTACCGGTTTTGGCGAGGATTTCGCGC
+GTTTTGGTGCGTTACGACCGCCGTCGCCTGAGCCGCCGACCGATTTACGGAAGCGATCAA
+GACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCT
+CCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTG
+ATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGT
+AAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACC
+GCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCAACACGCTGTTGTTCACCGCCCGAAAGC
+TGAATAGGGAAGTTCTTCGCTTTGTCCAGTAGCCCGACTTTATCCAGCGCCGCCGACACC
+CGGCGACGAATATCGTCACCGCTGGCACCGGCGATAATCAGCGGGATCGCCACGTTATCG
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