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view test-data/testpyGT.sh @ 13:360df4999907 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/pygenometracks commit b7df28a308484a4af1d33e0ddc2c4e391643ec1e
| author | iuc |
|---|---|
| date | Tue, 28 Mar 2023 10:48:50 +0000 |
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. <(planemo conda_env pyGenomeTracks.xml) pgt --tracks test-data/test1.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_plot.png pgt --tracks test-data/test2.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/bigwig_multiple.png pgt --tracks test-data/test3.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_BW_plot.png pgt --tracks test-data/test4.ini --region X:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_alpha.png pgt --tracks test-data/test5.ini --region X:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_bed4.png pgt --tracks test-data/test6.ini --region X:2760000-2802000 --fontSize 12 -o test-data/test_narrowPeak.png pgt --tracks test-data/test7.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_flybase_param.png pgt --tracks test-data/test8.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_ucsc_param.png pgt --tracks test-data/test9.ini --region X:3133000-3138000 --fontSize 12 -o test-data/test_arrowhead_zoom.png pgt --tracks test-data/test10.ini --region X:3340000-3380000 --fontSize 12 -o test-data/test_middle_triangle.png pgt --tracks test-data/test11.ini --region chrX:3250000-3400000 --fontSize 12 -o test-data/test_TADs_bdgm.png pgt --tracks test-data/test12.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link.png pgt --tracks test-data/test13.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link2.png pgt --tracks test-data/test14.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 --title "Scale bar" --trackLabelFraction 0.5 --trackLabelHAlign center -o test-data/test_scale_bar.png pgt --tracks test-data/test15.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_tssarrow.png pgt --tracks test-data/test4.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 --decreasingXAxis -o test-data/test_alpha_dec.png pgt --tracks test-data/test17.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log.png pgt --tracks test-data/test18.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_operation.png pgt --tracks test-data/test19.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log_grid.png pgt --tracks test-data/test20.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_arcs_use_middle.png pgt --tracks test-data/test21.ini --region X:3000000-3600000 --fontSize 12 --trackLabelFraction 0.3 --plotWidth 12 --dpi 20 -o test-data/master_scale_bar_startend.png pgt --tracks test-data/test22.ini --region chrM:10-30 --fontSize 12 -o test-data/master_fasta.png pgt --tracks test-data/test23.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_matrix_square.png pgt --tracks test-data/test24.ini --region 2:34704975-34705208 --fontSize 12 -o test-data/test_maf.png pgt --tracks test-data/test25.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_vhighlight.png conda_env_deactivate