# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1618513138 0
# Node ID c8434a623268ef7248278e2fe4522e95e684dafc
# Parent  69018f285aa36160610797bbb76ae758f59e8470
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/raceid3 commit 53916f6803b93234f992f5fd4fad61d7013d82af"

diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 macros.xml
--- a/macros.xml	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/macros.xml	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -25,8 +25,8 @@
     return(unlist(strsplit(string,",")))
 }
     </token>
-    <token name="@VERSION_RACEID@">3</token>
-    <token name="@VERSION_WRAPPER@">1</token>
+    <token name="@VERSION_RACEID@">0.2.3</token>
+    <token name="@VERSION_WRAPPER@">0</token>
 
     <macro name="version_command_config" token_prog="temp" token_cheetah="temp2" token_out="2&#62; '$outlog'">
         <version_command><![CDATA[
@@ -47,8 +47,8 @@
 
     <macro name="requirements" >
         <requirements>
-            <requirement type="package" version="0.1.1">r-raceid</requirement>
-            <requirement type="package" version="1.6.2">bioconductor-scran</requirement>
+            <requirement type="package" version="@VERSION_RACEID@" >r-raceid</requirement>
+            <!-- <requirement type="package" version="1.6.2">bioconductor-scran</requirement> -->
         </requirements>
     </macro>
     <macro name="yesno_checkedno" >
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 macros_cheetah.xml
--- a/macros_cheetah.xml	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/macros_cheetah.xml	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -127,15 +127,19 @@
 outlier.rfcorrect\$nbfactor = as.integer( '$outlier.use.nbfactor' )
 #end if
 
+cluster.compumap = formals(compumap)
 cluster.comptsne = formals(comptsne)
 cluster.compfr = formals(compfr)
 
 cluster.comptsne\$perplexity = as.integer( '$tsne.perplexity' )
 cluster.compfr\$knn = as.integer( '$tsne.knn' )
+cluster.compumap\$n_neighbors = as.integer( '$tsne.umap_nn' )
 #if str($tsne.use.def) == "no":
 cluster.comptsne\$initial_cmd = as.logical( '$tsne.use.initial_cmd' )
 cluster.comptsne\$rseed = as.integer( '$tsne.use.rseed_tsne' )
 cluster.compfr\$rseed = as.integer( '$tsne.use.rseed_fr' )
+cluster.compumap\$n_epochs = as.integer( '$tsne.use.umap_epochs' )
+cluster.compumap\$min_dist = as.numeric( '$tsne.use.umap_min_dist' )
 #end if
 
 genelist.tablelim = as.integer( '$extra.tablelim' )
@@ -227,6 +231,7 @@
 perform.diffgene = TRUE
 plotdiffg\$Aname = '$diffgtest.set_a.name_set'
 plotdiffg\$Bname = '$diffgtest.set_b.name_set'
+plotdiffg\$... = NULL
 
 gfdat.A.use = list()
 gfdat.B.use = list()
@@ -294,7 +299,7 @@
 pstc.plotgraph\$showCells = as.logical( '$plotgraph.showcells' )
 pstc.plotgraph\$scthr = as.numeric( '$plotgraph.scthr' )
 #if str($plotgraph.use.def) == "no":
-pstc.plotgraph\$showTsne = as.logical( '$plotgraph.use.showtsne' )
+##pstc.plotgraph\$showTsne = as.logical( '$plotgraph.use.showtsne' )
 pstc.plotgraph\$tp = as.numeric( '$plotgraph.use.tp' )
 #end if
 
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 raceid_inspecttrajectories.xml
--- a/raceid_inspecttrajectories.xml	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/raceid_inspecttrajectories.xml	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="raceid_inspecttrajectory" name="Lineage Branch Analysis using StemID" version="@VERSION_RACEID@.@VERSION_WRAPPER@" >
+<tool id="raceid_inspecttrajectory" name="Lineage Branch Analysis using StemID" version="@VERSION_RACEID@+galaxy@VERSION_WRAPPER@" >
     <description>inspects branches of a lineage tree</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -90,7 +90,6 @@
         <data name="outlog" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Log" >
             <filter>use_log</filter>
         </data>
-
     </outputs>
     <tests>
         <test>
@@ -108,7 +107,7 @@
                     <param name="br" value="1,3,8" />
                 </conditional>
             </section>
-            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_stemid.pdf" compare="sim_size" delta="30" />
+            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_stemid.pdf" compare="sim_size" delta="500" />
             <output name="outdiffgenes" value="out_traject_inspect_stemid.tabular" />
         </test>
         <test>
@@ -126,7 +125,7 @@
                     </expand>
                 </conditional>
             </section>
-            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_fateid.pdf" compare="sim_size" delta="15" />
+            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_fateid.pdf" compare="sim_size" delta="500" />
         </test>
         <test>
             <!-- fateID trajectory inspection with som: vignette search "SOM" -->
@@ -144,7 +143,7 @@
                     </conditional>
                 </conditional>
             </section>
-            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_fateid_som.pdf" compare="sim_size" delta="15" />
+            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_fateid_som.pdf" compare="sim_size" delta="500" />
         </test>
         <test>
             <!-- uses all 3 sections with additional non-default params -->
@@ -185,7 +184,7 @@
                 </conditional>
             </section>
             <output name="outdiffgenes" value="out_traject_inspect_allthree.tabular" />
-            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_allthree.pdf" compare="sim_size" delta="15" />
+            <output name="outpdf" value="out_traject_inspect_allthree.pdf" compare="sim_size" delta="500" />
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 scripts/cluster.R
--- a/scripts/cluster.R	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/scripts/cluster.R	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -1,91 +1,77 @@
 #!/usr/bin/env R
-VERSION = "0.5"
+VERSION <- "0.5" # nolint
 
-args = commandArgs(trailingOnly = T)
+args <- commandArgs(trailingOnly = T)
 
-if (length(args) != 1){
+if (length(args) != 1) {
      message(paste("VERSION:", VERSION))
      stop("Please provide the config file")
 }
 
 suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(RaceID)))
-suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(scran)))
+## suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(scran)))  # nolint
 source(args[1])
 
 
-do.filter <- function(sc){
-    if (!is.null(filt.lbatch.regexes)){
+do.filter <- function(sc) { # nolint
+    if (!is.null(filt.lbatch.regexes)) {
         lar <- filt.lbatch.regexes
         nn <- colnames(sc@expdata)
-        filt$LBatch <- lapply(1:length(lar), function(m){ return( nn[grep(lar[[m]], nn)] ) })
+        filt$LBatch <- lapply(1:length(lar), function(m) {  # nolint
+            return(nn[grep(lar[[m]], nn)])})
     }
 
     sc <- do.call(filterdata, c(sc, filt))
 
     ## Get histogram metrics for library size and number of features
-    raw.lib <- log10(colSums(as.matrix(sc@expdata)))
-    raw.feat <- log10(colSums(as.matrix(sc@expdata)>0))
-    filt.lib <- log10(colSums(getfdata(sc)))
-    filt.feat <- log10(colSums(getfdata(sc)>0))
+    raw_lib <- log10(colSums(as.matrix(sc@expdata)))
+    raw_feat <- log10(colSums(as.matrix(sc@expdata) > 0))
+    filt_lib <- log10(colSums(as.matrix(getfdata(sc))))
+    filt_feat <- log10(colSums(as.matrix(getfdata(sc) > 0)))
 
-    if (filt.geqone){
-        filt.feat <- log10(colSums(getfdata(sc)>=1))
+    if (filt.geqone) {
+        filt_feat <- log10(colSums(as.matrix(getfdata(sc) >= 1))) # nolint
     }
 
     br <- 50
-    ## Determine limits on plots based on the unfiltered data
-    ## (doesn't work, R rejects limits and norm data is too different to compare to exp data
-    ##  so let them keep their own ranges)
-
-    ## betterrange <- function(floatval){
-    ##     return(10 * (floor(floatval / 10) + 1))
-    ## }
-
-    ## tmp.lib <- hist(raw.lib, breaks=br, plot=F)
-    ## tmp.feat <- hist(raw.feat, breaks=br, plot=F)
-
-    ## lib.y_lim <- c(0,betterrange(max(tmp.lib$counts)))
-    ## lib.x_lim <- c(0,betterrange(max(tmp.lib$breaks)))
-
-    ## feat.y_lim <- c(0,betterrange(max(tmp.feat$counts)))
-    ## feat.x_lim <- c(0,betterrange(max(tmp.feat$breaks)))
-
-    par(mfrow=c(2,2))
-    print(hist(raw.lib, breaks=br, main="RawData Log10 LibSize")) # , xlim=lib.x_lim, ylim=lib.y_lim)
-    print(hist(raw.feat, breaks=br, main="RawData Log10 NumFeat")) #, xlim=feat.x_lim, ylim=feat.y_lim)
-    print(hist(filt.lib, breaks=br, main="FiltData Log10 LibSize")) # , xlim=lib.x_lim, ylim=lib.y_lim)
-    tmp <- hist(filt.feat, breaks=br, main="FiltData Log10 NumFeat") # , xlim=feat.x_lim, ylim=feat.y_lim)
+    par(mfrow = c(2, 2))
+    print(hist(raw_lib, breaks = br, main = "RawData Log10 LibSize"))
+    print(hist(raw_feat, breaks = br, main = "RawData Log10 NumFeat"))
+    print(hist(filt_lib, breaks = br, main = "FiltData Log10 LibSize"))
+    tmp <- hist(filt_feat, breaks = br, main = "FiltData Log10 NumFeat")
     print(tmp)
     ## required, for extracting midpoint
-    unq <- unique(filt.feat)
-    if (length(unq) == 1){
-        abline(v=unq, col="red", lw=2)
-        text(tmp$mids, table(filt.feat)[[1]] - 100, pos=1, paste(10^unq, "\nFeatures\nin remaining\nCells", sep=""), cex=0.8)
+    unq <- unique(filt_feat)
+    if (length(unq) == 1) {
+        abline(v = unq, col = "red", lw = 2)
+        text(tmp$mids, table(filt_feat)[[1]] - 100, pos = 1,
+             paste(10^unq, "\nFeatures\nin remaining\nCells",
+                   sep = ""), cex = 0.8)
     }
 
-    if (filt.use.ccorrect){
-        par(mfrow=c(2,2))
+    if (filt.use.ccorrect) {
+        par(mfrow = c(2, 2))
         sc <- do.call(CCcorrect, c(sc, filt.ccc))
-        print(plotdimsat(sc, change=T))
-        print(plotdimsat(sc, change=F))
+        print(plotdimsat(sc, change = T))
+        print(plotdimsat(sc, change = F))
     }
     return(sc)
 }
 
-do.cluster <- function(sc){
+do.cluster <- function(sc) { # nolint
     sc <- do.call(compdist, c(sc, clust.compdist))
     sc <- do.call(clustexp, c(sc, clust.clustexp))
-    if (clust.clustexp$sat){
-        print(plotsaturation(sc, disp=F))
-        print(plotsaturation(sc, disp=T))
+    if (clust.clustexp$sat) {
+        print(plotsaturation(sc, disp = F))
+        print(plotsaturation(sc, disp = T))
     }
     print(plotjaccard(sc))
     return(sc)
 }
 
-do.outlier <- function(sc){
+do.outlier <- function(sc) { # nolint
     sc <- do.call(findoutliers, c(sc, outlier.findoutliers))
-    if (outlier.use.randomforest){
+    if (outlier.use.randomforest) {
         sc <- do.call(rfcorrect, c(sc, outlier.rfcorrect))
     }
     print(plotbackground(sc))
@@ -93,54 +79,57 @@
     print(plotoutlierprobs(sc))
     ## Heatmaps
     test1 <- list()
-    test1$side = 3
-    test1$line = 0  #1 #3
+    test1$side <- 3
+    test1$line <- 0  #1 #3
 
-    x <- clustheatmap(sc, final=FALSE)
-    print(do.call(mtext, c(paste("(Initial)"), test1)))  ## spacing is a hack
-    x <- clustheatmap(sc, final=TRUE)
-    print(do.call(mtext, c(paste("(Final)"), test1)))  ## spacing is a hack
+    x <- clustheatmap(sc, final = FALSE)
+    print(do.call(mtext, c(paste("(Initial)"), test1)))
+    x <- clustheatmap(sc, final = TRUE)
+    print(do.call(mtext, c(paste("(Final)"), test1)))
     return(sc)
 }
 
-do.clustmap <- function(sc){
+do.clustmap <- function(sc) { # nolint
     sc <- do.call(comptsne, c(sc, cluster.comptsne))
     sc <- do.call(compfr, c(sc, cluster.compfr))
+    sc <- do.call(compumap, c(sc, cluster.compumap))
     return(sc)
 }
 
 
-mkgenelist <- function(sc){
+mkgenelist <- function(sc) {
     ## Layout
     test <- list()
-    test$side = 3
-    test$line = 0  #1 #3
-    test$cex = 0.8
+    test$side <- 4
+    test$line <- -2
+    test$cex <- 0.8
 
     df <- c()
     options(cex = 1)
-    lapply(unique(sc@cpart), function(n){
-        dg <- clustdiffgenes(sc, cl=n, pvalue=genelist.pvalue)
+    plot.new()
+    lapply(unique(sc@cpart), function(n) {
+        dg <- clustdiffgenes(sc, cl = n, pvalue = genelist.pvalue)$dg
 
-        dg.goi <- dg[dg$fc > genelist.foldchange,]
-        dg.goi.table <- head(dg.goi, genelist.tablelim)
-        df <<- rbind(df, cbind(n, dg.goi.table))
+        dg_goi <- dg[dg$fc > genelist.foldchange, ]
+        dg_goi_table <- head(dg_goi, genelist.tablelim)
+        df <<- rbind(df, cbind(n, dg_goi_table))
 
-        goi <- head(rownames(dg.goi.table), genelist.plotlim)
+        goi <- head(rownames(dg_goi_table), genelist.plotlim)
+
         print(plotmarkergenes(sc, goi))
-        buffer <- paste(rep("", 36), collapse=" ")
-        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "Cluster ",n), test)))  ## spacing is a hack
-        test$line=-1
-        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "Sig. Genes"), test)))  ## spacing is a hack
-        test$line=-2
-        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "(fc > ", genelist.foldchange,")"), test)))  ## spacing is a hack
-
+        buffer <- paste(rep("", 36), collapse = " ")
+        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "Cluster ", n), test)))
+        test$line <- -1
+        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "Sig. Genes"), test)))
+        test$line <- 0
+        print(do.call(mtext, c(paste(buffer, "(fc > ",
+                                     genelist.foldchange, ")"), test)))
     })
-    write.table(df, file=out.genelist, sep="\t", quote=F)
+    write.table(df, file = out.genelist, sep = "\t", quote = F)
 }
 
 
-writecellassignments <- function(sc){
+writecellassignments <- function(sc) {
     dat <- sc@cluster$kpart
     tab <- data.frame(row.names = NULL,
                       cells = names(dat),
@@ -148,30 +137,38 @@
                       cluster.final = sc@cpart,
                       is.outlier = names(dat) %in% sc@out$out)
 
-    write.table(tab, file=out.assignments, sep="\t", quote=F, row.names = F)
+    write.table(tab, file = out.assignments, sep = "\t",
+                quote = F, row.names = F)
 }
 
 
 pdf(out.pdf)
 
-if (use.filtnormconf){
+if (use.filtnormconf) {
     sc <- do.filter(sc)
-    message(paste(" - Source:: genes:",nrow(sc@expdata),", cells:",ncol(sc@expdata)))
-    message(paste(" - Filter:: genes:",nrow(getfdata(sc)),", cells:",ncol(getfdata(sc))))
+    message(paste(" - Source:: genes:", nrow(sc@expdata),
+                  ", cells:", ncol(sc@expdata)))
+    message(paste(" - Filter:: genes:", nrow(as.matrix(getfdata(sc))),
+                  ", cells:", ncol(as.matrix(getfdata(sc)))))
     message(paste("         :: ",
-                  sprintf("%.1f", 100 * nrow(getfdata(sc))/nrow(sc@expdata)), "% of genes remain,",
-                  sprintf("%.1f", 100 * ncol(getfdata(sc))/ncol(sc@expdata)), "% of cells remain"))
-    write.table(as.matrix(sc@ndata), file=out.table, col.names=NA, row.names=T, sep="\t", quote=F)
+                  sprintf("%.1f", 100 * nrow(as.matrix(
+                                            getfdata(sc))) / nrow(sc@expdata)),
+                  "% of genes remain,",
+                  sprintf("%.1f", 100 * ncol(as.matrix(
+                                            getfdata(sc))) / ncol(sc@expdata)),
+                  "% of cells remain"))
+    write.table(as.matrix(sc@ndata), file = out.table, col.names = NA,
+                row.names = T, sep = "\t", quote = F)
 }
 
-if (use.cluster){
-    par(mfrow=c(2,2))
+if (use.cluster) {
+    par(mfrow = c(2, 2))
     sc <- do.cluster(sc)
 
-    par(mfrow=c(2,2))
+    par(mfrow = c(2, 2))
     sc <- do.outlier(sc)
 
-    par(mfrow=c(2,2), mar=c(1,1,6,1))
+    par(mfrow = c(2, 2), mar = c(1, 1, 6, 1))
     sc <- do.clustmap(sc)
 
     mkgenelist(sc)
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 scripts/clusterinspect.R
--- a/scripts/clusterinspect.R	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/scripts/clusterinspect.R	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -1,9 +1,9 @@
 #!/usr/bin/env R
-VERSION = "0.5"
+VERSION <- "0.5"  # nolint
 
-args = commandArgs(trailingOnly = T)
+args <- commandArgs(trailingOnly = T)
 
-if (length(args) != 1){
+if (length(args) != 1) {
      message(paste("VERSION:", VERSION))
      stop("Please provide the config file")
 }
@@ -13,117 +13,124 @@
 
 ## layout
 test <- list()
-test$side = 3
-test$line = 3
+test$side <- 3
+test$line <- 3
 
-do.plotting <- function(sc){
+do.plotting <- function(sc) { # nolint
 
-    sc.tmp <- sc
+    sc_tmp <- sc
 
     ## If it's a subset, we need to get clever and subset specific parts
-    if (!(is.null(plotting.cln) || is.na(plotting.cln))){
-        cellstokeep <- names(sc.tmp@cpart[sc.tmp@cpart %in% plotting.cln])
+    if (!(is.null(plotting.cln) || is.na(plotting.cln))) {
+        cellstokeep <- names(sc_tmp@cpart[sc_tmp@cpart %in% plotting.cln])
 
         ## Subselect partitions for initial and final clusters
-        sc.tmp@cpart <- sc.tmp@cpart[cellstokeep]
-        sc.tmp@cluster$kpart <- sc.tmp@cluster$kpart[cellstokeep]
+        sc_tmp@cpart <- sc_tmp@cpart[cellstokeep]
+        sc_tmp@cluster$kpart <- sc_tmp@cluster$kpart[cellstokeep]
 
         ## Subselect tSNE and FR data
-        ## - Note: no names in tsne, so we assume it follows the ndata naming
-        sc.tmp@tsne <- sc.tmp@tsne[colnames(sc.tmp@ndata) %in% cellstokeep,]
-        sc.tmp@fr <- sc.tmp@fr[cellstokeep,]
+        sc_tmp@tsne <- sc_tmp@tsne[colnames(sc_tmp@ndata) %in% cellstokeep, ]
+        sc_tmp@umap <- sc_tmp@umap[colnames(sc_tmp@ndata) %in% cellstokeep, ]
+        sc_tmp@fr <- sc_tmp@fr[cellstokeep, ]
     }
 
-    print(plotmap(sc.tmp, final = FALSE, fr = FALSE))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = FALSE, fr = FALSE))
     print(do.call(mtext, c("Initial Clustering tSNE", test)))
-    print(plotmap(sc.tmp, final = TRUE, fr = FALSE))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = TRUE, fr = FALSE))
     print(do.call(mtext, c("Final Clustering tSNE", test)))
-    print(plotmap(sc.tmp, final = FALSE, fr = TRUE))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = FALSE, um = TRUE))
+    print(do.call(mtext, c("Initial Clustering UMAP", test)))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = TRUE, um = TRUE))
+    print(do.call(mtext, c("Final Clustering UMAP", test)))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = FALSE, fr = TRUE))
     print(do.call(mtext, c("Initial Clustering Fruchterman-Reingold", test)))
-    print(plotmap(sc.tmp, final = TRUE, fr = TRUE))
+    print(plotmap(sc_tmp, final = TRUE, fr = TRUE))
     print(do.call(mtext, c("Final Clustering Fruchterman-Reingold", test)))
 }
 
 
-do.inspect.symbolmap <- function(sc){
-    if (!is.null(plotsym.use.typeremoveregex)){
-        plotsym$types = sub(plotsym.use.typeremoveregex, "", colnames(sc@ndata))
+do.inspect.symbolmap <- function(sc) {  # nolint
+    if (!is.null(plotsym.use.typeremoveregex)) {
+        plotsym$types <- sub(plotsym.use.typeremoveregex, "",
+                             colnames(sc@ndata))
 
-        if (!is.null(plotsym.use.typeremoveregex.subselect)){
-            plotsym$subset = plotsym$types[grep(plotsym.use.typeremoveregex.subselect, plotsym$types)]
+        if (!is.null(plotsym.use.typeremoveregex.subselect)) {
+            plotsym$subset <- plotsym$types[grep(
+                                          plotsym.use.typeremoveregex.subselect,
+                                          plotsym$types)]
         }
     }
-    plotsym$fr = FALSE
+    plotsym$fr <- FALSE
     print(do.call(plotsymbolsmap, c(sc, plotsym)))
     print(do.call(mtext, c("Symbols tSNE", test)))
-    plotsym$fr = TRUE
+    plotsym$fr <- TRUE
     print(do.call(plotsymbolsmap, c(sc, plotsym)))
     print(do.call(mtext, c("Symbols FR", test)))
 }
 
-do.inspect.diffgene <- function(sc){
+do.inspect.diffgene <- function(sc) {  # nolint
 
-    getSubNames <- function(lob, sc){
-        use.names <- NULL
-        if (!is.null(lob$manual)){
-            use.names <- lob$manual
+    getSubNames <- function(lob, sc) {  # nolint
+        use_names <- NULL
+        if (!is.null(lob$manual)) {
+            use_names <- lob$manual
         }
-        else if (!is.null(lob$regex)){
+        else if (!is.null(lob$regex)) {
             nm <- colnames(sc@ndata)
-            use.names <- nm[grep(lob$regex, nm)]
+            use_names <- nm[grep(lob$regex, nm)]
         }
-        else if (!is.null(lob$cln)){
-            use.names <- names(sc@cpart)[sc@cpart %in% lob$cln]
+        else if (!is.null(lob$cln)) {
+            use_names <- names(sc@cpart)[sc@cpart %in% lob$cln]
         }
-        if (is.null(use.names)){
+        if (is.null(use_names)) {
             stop("A or B names not given!")
         }
-        return(use.names)
+        return(use_names)
     }
 
-    A <- getSubNames(gfdat.A.use, sc)
-    B <- getSubNames(gfdat.B.use, sc)
+    A <- getSubNames(gfdat.A.use, sc) # nolint
+    B <- getSubNames(gfdat.B.use, sc) # nolint
 
-    fdat <- getfdata(sc, n=c(A,B))
-    dexp <- diffexpnb(fdat, A=A, B=B)
+    fdat <- getfdata(sc, n = c(A, B))
+    dexp <- diffexpnb(fdat, A = A, B = B)
     ## options for diffexpnb are mostly about DESeq, ignore
-    plotdiffg$x = dexp
+    plotdiffg$x <- dexp
     print(do.call(plotdiffgenesnb, c(plotdiffg)))
     print(do.call(mtext, c("Diff Genes", test)))
 }
 
 
-do.inspect.genesofinterest <- function(sc){
-    if (is.null(plotexp$n)){ ## No title, and one gene? Use gene name
-        if (length(plotexp$g) == 1){
+do.inspect.genesofinterest <- function(sc) {  # nolint
+    if (is.null(plotexp$n)) { ## No title, and one gene? Use gene name
+        if (length(plotexp$g) == 1) {
             plotexp$n <- plotexp$g
         } else {
-            plotexp$n <- paste(plotexp$g, collapse=", ")
+            plotexp$n <- paste(plotexp$g, collapse = ", ")
         }
     }
 
     title <- paste(":", plotexp$n)
     plotexp$n <- ""
 
-    plotexp$logsc=FALSE; plotexp$fr = FALSE
+    plotexp$logsc <- FALSE; plotexp$fr <- FALSE
     print(do.call(plotexpmap, c(sc, plotexp)))
     print(do.call(mtext, c(paste("tSNE", title), test)))
 
-    plotexp$logsc=TRUE; plotexp$fr = FALSE
+    plotexp$logsc <- TRUE; plotexp$fr <- FALSE
     print(do.call(plotexpmap, c(sc, plotexp)))
     print(do.call(mtext, c(paste("tSNE (Log)", title), test)))
 
-    plotexp$logsc=FALSE; plotexp$fr = TRUE
+    plotexp$logsc <- FALSE; plotexp$fr <- TRUE
     print(do.call(plotexpmap, c(sc, plotexp)))
     print(do.call(mtext, c(paste("FR", title), test)))
 
-    plotexp$logsc=TRUE; plotexp$fr = TRUE
+    plotexp$logsc <- TRUE; plotexp$fr <- TRUE
     print(do.call(plotexpmap, c(sc, plotexp)))
     print(do.call(mtext, c(paste("FR (Log)", title), test)))
 
-    if (!is.null(plotmarkg$samples)){
+    if (!is.null(plotmarkg$samples)) {
         reg <- plotmarkg$samples
-        plotmarkg$samples <- sub("(\\_\\d+)$","", colnames(sc@ndata))
+        plotmarkg$samples <- sub("(\\_\\d+)$", "", colnames(sc@ndata))
     }
     print(do.call(plotmarkergenes, c(sc, plotmarkg)))
 }
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 scripts/pseudotemporal.R
--- a/scripts/pseudotemporal.R	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/scripts/pseudotemporal.R	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -1,9 +1,9 @@
 #!/usr/bin/env R
-VERSION = "0.1"
+VERSION <- "0.1" # nolint
 
-args = commandArgs(trailingOnly = T)
+args <- commandArgs(trailingOnly = T) # nolint
 
-if (length(args) != 1){
+if (length(args) != 1) {
      message(paste("VERSION:", VERSION))
      stop("Please provide the config file")
 }
@@ -12,37 +12,44 @@
 source(args[1])
 
 test <- list()
-test$side = 3
-test$line = 3
+test$side <- 3
+test$line <- 3
 second <- test
-second$cex = 0.5
-second$line = 2.5
+second$cex <- 0.5
+second$line <- 2.5
 
 
-do.pseudotemp <- function(sc){
+do.pseudotemp <- function(sc) { # nolint
     pdf(out.pdf)
     ltr <- Ltree(sc)
     ltr <- compentropy(ltr)
     ltr <- do.call(projcells, c(ltr, pstc.projc))
     ltr <- do.call(projback, c(ltr, pstc.projb))
     ltr <- lineagegraph(ltr)
-    ltr <- do.call(comppvalue, c(ltr, pstc.comppval))    
+    ltr <- do.call(comppvalue, c(ltr, pstc.comppval))
     x <- do.call(compscore, c(ltr, pstc.compscore))
     print(do.call(mtext, c("Compute Score", test)))
-    print(do.call(mtext, c("No. of inter-cluster links / Delta median entropy of each cluster / StemID2 score (combination of both)", second)))
+    print(do.call(mtext, c(paste0("No. of inter-cluster links / ",
+                                  "Delta median entropy of each cluster / ",
+                                  "StemID2 score (combination of both)"),
+                           second)))
     plotdistanceratio(ltr)
     print(do.call(mtext, c("Cell-to-Cell Distance Ratio", test)))
-    print(do.call(mtext, c("Original vs High-dimensional Embedded Space", second)))
+    print(do.call(mtext, c("Original vs High-dimensional Embedded Space",
+                           second)))
     do.call(plotgraph, c(ltr, pstc.plotgraph))
-    print(do.call(mtext, c("Lineage Trajectories                                                      ", test)))
-    print(do.call(mtext, c("Colour = Level of Significance, Width = Link Score                                                                                                          ", second)))
+    print(do.call(mtext, c(paste0(c("Lineage Trajectories", rep(" ", 54)),
+                                  collapse = ""), test)))
+    print(do.call(mtext, c(paste0(c(paste0("Colour = Level of Significance, ",
+                                           "Width = Link Score"),
+                                    rep(" ", 106)), collapse = ""), second)))
     plotspantree(ltr)
     print(do.call(mtext, c("Minimum Spanning Tree", test)))
-    plotprojections(ltr)
+    plotspantree(ltr, projections = TRUE)
     print(do.call(mtext, c("Minimum Spanning Tree", test)))
     print(do.call(mtext, c("Cells Projected onto Links", second)))
-    test$side = 4
-    test$line = 0
+    test$side <- 4
+    test$line <- 0
     plotlinkscore(ltr)
     print(do.call(mtext, c("Link Score", test)))
     projenrichment(ltr)
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 scripts/trajectoryinspect.R
--- a/scripts/trajectoryinspect.R	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ b/scripts/trajectoryinspect.R	Thu Apr 15 18:58:58 2021 +0000
@@ -1,9 +1,9 @@
 #!/usr/bin/env R
-VERSION = "0.2"
+VERSION <- "0.2" # nolint
 
-args = commandArgs(trailingOnly = T)
+args <- commandArgs(trailingOnly = T)
 
-if (length(args) != 1){
+if (length(args) != 1) {
      message(paste("VERSION:", VERSION))
      stop("Please provide the config file")
 }
@@ -13,17 +13,17 @@
 source(args[1])
 
 test <- list()
-test$side = 3
-test$line = 2.5
+test$side <- 3
+test$line <- 2.5
 second <- test
-second$cex = 0.5
-second$line = 2.5
+second$cex <- 0.5
+second$line <- 2.5
 
-do.trajectoryinspection.stemID <- function(ltr){
-    makeBranchLink <- function(i,j,k){
-        ingoing <- paste(sort(c(i,j)), collapse=".")
-        outgoing <- paste(sort(c(j,k)), collapse=".")
-        messed <- sort(c(ingoing,outgoing))
+do.trajectoryinspection.stemID <- function(ltr) { # nolint
+    makeBranchLink <- function(i, j, k) { # nolint
+        ingoing <- paste(sort(c(i, j)), collapse = ".")
+        outgoing <- paste(sort(c(j, k)), collapse = ".")
+        messed <- sort(c(ingoing, outgoing))
         return(list(messed[[1]], messed[[2]]))
     }
 
@@ -34,88 +34,99 @@
     )
     write.table(
         head(bra$diffgenes$z, trjsid.numdiffgenes),
-        file=out.diffgenes)
+        file = out.diffgenes)
 
-    par(mfrow = c(2,2), cex=0.5)
-    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final=FALSE, fr=FALSE)))
+    par(mfrow = c(3, 2), cex = 0.5)
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = FALSE, fr = FALSE)))
     print(do.call(mtext, c("Initial Clusters (tSNE)", test)))
-    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final=TRUE, fr=FALSE)))
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = TRUE, fr = FALSE)))
     print(do.call(mtext, c("Final Clusters (tSNE)", test)))
-    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final=FALSE, fr=TRUE)))
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = FALSE, um = TRUE)))
+    print(do.call(mtext, c("Initial Clusters (UMAP)", test)))
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = TRUE, um = TRUE)))
+    print(do.call(mtext, c("Final Clusters (UMAP)", test)))
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = FALSE, fr = TRUE)))
     print(do.call(mtext, c("Initial Clusters (F-R)", test)))
-    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final=TRUE, fr=TRUE)))
+    print(do.call(plotmap, c(bra$scl, final = TRUE, fr = TRUE)))
     print(do.call(mtext, c("Final Clusters (F-R)", test)))
 }
 
-do.trajectoryinspection.fateID <- function(ltr){
+do.trajectoryinspection.fateID <- function(ltr) { # nolint
     n <- do.call(cellsfromtree, c(ltr, trjfid.cellsfrom))
     x <- getfdata(ltr@sc)
 
-    trjfid.filterset$x = x
-    trjfid.filterset$n = n$f
+    trjfid.filterset$x <- x
+    trjfid.filterset$n <- n$f
     fs <- do.call(filterset, c(trjfid.filterset))
-    trjfid.getsom$x = fs
+    trjfid.getsom$x <- fs
     s1d <- do.call(getsom, c(trjfid.getsom))
-    trjfid.procsom$s1d = s1d
+    trjfid.procsom$s1d <- s1d
     ps <- do.call(procsom, c(trjfid.procsom))
 
     y    <- ltr@sc@cpart[n$f]
     fcol <- ltr@sc@fcol
 
-    trjfid.plotheat$xpart = y
-    trjfid.plotheat$xcol = fcol
+    trjfid.plotheat$xpart <- y
+    trjfid.plotheat$xcol <- fcol
+
+    test$side <- 3
+    test$line <- 3
 
     ##Plot average z-score for all modules derived from the SOM:
-    trjfid.plotheat$x = ps$nodes.z
-    trjfid.plotheat$ypart = unique(ps$nodes)
+    trjfid.plotheat$x <- ps$nodes.z
+    trjfid.plotheat$ypart <- unique(ps$nodes)
     print(do.call(plotheatmap, c(trjfid.plotheat)))
-    print(do.call(mtext, c("Average z-score for all modules derived from SOM", test)))
+    print(do.call(mtext, c("Average z-score for all modules derived from SOM",
+                           test)))
     ##Plot z-score profile of each gene ordered by SOM modules:
-    trjfid.plotheat$x = ps$all.z
-    trjfid.plotheat$ypart = ps$nodes
+    trjfid.plotheat$x <- ps$all.z
+    trjfid.plotheat$ypart <- ps$nodes
     print(do.call(plotheatmap, c(trjfid.plotheat)))
-    print(do.call(mtext, c("z-score profile of each gene ordered by SOM modules", test)))
+    print(do.call(mtext, c(paste0("z-score profile of each gene",
+                                  "ordered by SOM modules"), test)))
     ##Plot normalized expression profile of each gene ordered by SOM modules:
-    trjfid.plotheat$x = ps$all.e
-    trjfid.plotheat$ypart = ps$nodes
+    trjfid.plotheat$x <- ps$all.e
+    trjfid.plotheat$ypart <- ps$nodes
     print(do.call(plotheatmap, c(trjfid.plotheat)))
-    print(do.call(mtext, c("Normalized expression profile of each gene ordered by SOM modules", test)))
-    ##Plot binarized expression profile of each gene (z-score < -1, -1 < z-score < 1, z-score > 1):
-    trjfid.plotheat$x = ps$all.b
-    trjfid.plotheat$ypart = ps$nodes
+    print(do.call(mtext, c(paste0("Normalized expression profile of each",
+                                  "gene ordered by SOM modules"), test)))
+    ##Plot binarized expression profile of each gene
+    ##(z-score < -1, -1 < z-score < 1, z-score > 1)
+    trjfid.plotheat$x <- ps$all.b
+    trjfid.plotheat$ypart <- ps$nodes
     print(do.call(plotheatmap, c(trjfid.plotheat)))
     print(do.call(mtext, c("Binarized expression profile of each gene", test)))
     ## This should be written out, and passed back into the tool
     ## to perform sominspect
-    return(list(fs=fs,ps=ps,y=y,fcol=fcol,nf=n$f))
+    return(list(fs = fs, ps = ps, y = y, fcol = fcol, nf = n$f))
 }
 
-do.trajectoryinspection.fateID.sominspect <- function(domo){
+do.trajectoryinspection.fateID.sominspect <- function(domo) { # nolint
     g <- trjfidsomi.use.genes
-    if (class(g) == "numeric"){
+    if (class(g) == "numeric") {
         g <- names(ps$nodes)[ps$nodes %in% g]
     }
 
-    typ = NULL
-    if (!is.null(trjfidsomi.use.types)){
-        typ = sub(trjfidsomi.use.types,"", domo$nf)
+    typ <- NULL
+    if (!is.null(trjfidsomi.use.types)) {
+        typ <- sub(trjfidsomi.use.types, "", domo$nf)
     }
 
-    trjfidsomi$x = domo$fs
-    trjfidsomi$y = domo$y
-    trjfidsomi$g = g
-    trjfidsomi$n = domo$nf
-    trjfidsomi$col = domo$fcol
-    trjfidsomi$types = typ
+    trjfidsomi$x <- domo$fs
+    trjfidsomi$y <- domo$y
+    trjfidsomi$g <- g
+    trjfidsomi$n <- domo$nf
+    trjfidsomi$col <- domo$fcol
+    trjfidsomi$types <- typ
 
     ## The average pseudo-temporal expression profile of this group
     ## can be plotted by the function plotexpression:
-    par(mfrow = c(1,1))
-    test$cex = 1
-    second$line = 1.5
-    if (trjfidsomi$name == "Title") trjfidsomi$name = ""
+    par(mfrow = c(1, 1))
+    test$cex <- 1
+    second$line <- 1.5
+    if (trjfidsomi$name == "Title") trjfidsomi$name <- ""
     print(do.call(plotexpression, c(trjfidsomi)))
-    mess2 <- paste(c(trjfidsomi.use.genes), collapse=", ")
+    mess2 <- paste(c(trjfidsomi.use.genes), collapse = ", ")
     mess1 <- "Average pseudo-temporal expression profile"
     print(do.call(mtext, c(mess1, test)))
     print(do.call(mtext, c(mess2, second)))
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/intestinal.genelist
--- a/test-data/intestinal.genelist	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,201 +0,0 @@
-n	mean.ncl	mean.cl	fc	pv	padj
-ENSDARG00000108798	1	0.1[\de-]*	22.6[\de-]*	170.9[\de-]*	5.6[\de-]*	3.4[\de-]*
-ENSDARG00000109030	1	0.1[\de-]*	34.6[\de-]*	185.7[\de-]*	2.4[\de-]*	7.5[\de-]*
-ENSDARG00000108379	1	0.1[\de-]*	24.3[\de-]*	144.9[\de-]*	4.1[\de-]*	8.3[\de-]*
-ENSDARG00000107599	1	0.1[\de-]*	20.9[\de-]*	107.5[\de-]*	3.5[\de-]*	5.4[\de-]*
-ENSDARG00000107321	1	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	19.4[\de-]*	1.3[\de-]*	1.7[\de-]*
-ENSDARG00000105564	1	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	17.2[\de-]*	5.1[\de-]*	5.1[\de-]*
-ENSDARG00000090447	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	14.3[\de-]*	3.5[\de-]*	3.0[\de-]*
-ENSDARG00000079591	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.7[\de-]*	4.8[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000107138	1	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	13.7[\de-]*	8.5[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000041060	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.4[\de-]*	8.8[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000077004	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.9[\de-]*	1.0[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000100003	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.9[\de-]*	1.0[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000102310	1	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	13.2[\de-]*	1.2[\de-]*	5.6[\de-]*
-ENSDARG00000068650	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.9[\de-]*	2.2[\de-]*	9.8[\de-]*
-ENSDARG00000086678	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.5[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105857	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	12.9[\de-]*	3.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105159	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.6[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102997	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	11.1[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052615	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.3[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103046	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.4[\de-]*	5.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105009	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.9[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069937	1	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.8[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000034941	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.4[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000099753	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.6[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076005	1	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.5[\de-]*	1.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000041750	2	0.1[\de-]*	4.2[\de-]*	35.7[\de-]*	1.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103735	2	0.1[\de-]*	3.5[\de-]*	29.6[\de-]*	9.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101886	2	0.2[\de-]*	5.3[\de-]*	24.6[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090914	2	0.1[\de-]*	3.1[\de-]*	25.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090496	2	0.1[\de-]*	2.9[\de-]*	26.4[\de-]*	2.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078308	2	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	26.4[\de-]*	2.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075253	2	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	21.5[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000086877	2	0.1[\de-]*	3.4[\de-]*	19.6[\de-]*	8.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000040487	2	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	16.5[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052912	2	0.2[\de-]*	3.9[\de-]*	13.5[\de-]*	6.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052558	2	0.3[\de-]*	4.2[\de-]*	13.8[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000012071	2	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	15.9[\de-]*	8.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052515	2	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	15.8[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000002897	2	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	13.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000087601	2	0.2[\de-]*	3.0[\de-]*	13.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000020581	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	14.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000005368	2	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	15.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000013006	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	14.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000059690	2	0.2[\de-]*	2.4[\de-]*	10.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000007906	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	11.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000099235	2	0.3[\de-]*	3.4[\de-]*	9.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000058248	2	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	9.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000013168	2	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000089066	2	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000018559	2	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000108459	3	0.1[\de-]*	40.0[\de-]*	400.4[\de-]*	1.1[\de-]*	7.1[\de-]*
-ENSDARG00000106631	3	0.1[\de-]*	16.7[\de-]*	167.2[\de-]*	1.2[\de-]*	2.6[\de-]*
-ENSDARG00000106893	3	0.1[\de-]*	20.3[\de-]*	185.7[\de-]*	1.3[\de-]*	2.6[\de-]*
-ENSDARG00000106328	3	0.1[\de-]*	13.3[\de-]*	121.7[\de-]*	1.8[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000107500	3	0.1[\de-]*	23.5[\de-]*	121.2[\de-]*	8.1[\de-]*	9.9[\de-]*
-ENSDARG00000107098	3	0.4[\de-]*	20.6[\de-]*	50.7[\de-]*	7.9[\de-]*	8.0[\de-]*
-ENSDARG00000106626	3	0.3[\de-]*	11.7[\de-]*	36.5[\de-]*	3.1[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000063254	3	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	15.4[\de-]*	6.1[\de-]*	4.6[\de-]*
-ENSDARG00000105532	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.6[\de-]*	6.5[\de-]*	4.4[\de-]*
-ENSDARG00000102291	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.0[\de-]*	1.0[\de-]*	6.2[\de-]*
-ENSDARG00000098646	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.2[\de-]*	1.1[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000096706	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.4[\de-]*	1.2[\de-]*	6.5[\de-]*
-ENSDARG00000056322	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.5[\de-]*	1.8[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000087417	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.5[\de-]*	1.8[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000100789	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.9[\de-]*	1.9[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000076768	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.8[\de-]*	2.1[\de-]*	8.1[\de-]*
-ENSDARG00000091869	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.0[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101145	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.0[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091967	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.2[\de-]*	3.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000099207	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.3[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000079762	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.3[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100342	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	9.4[\de-]*	3.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091631	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.3[\de-]*	5.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101776	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.3[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000077068	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.5[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103380	4	0.1[\de-]*	4.2[\de-]*	36.1[\de-]*	1.8[\de-]*	1.1[\de-]*
-ENSDARG00000037116	4	0.1[\de-]*	3.3[\de-]*	31.9[\de-]*	6.2[\de-]*	1.9[\de-]*
-ENSDARG00000102060	4	0.6[\de-]*	14.8[\de-]*	22.7[\de-]*	8.7[\de-]*	1.7[\de-]*
-ENSDARG00000102188	4	0.8[\de-]*	14.1[\de-]*	16.5[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105127	4	1.2[\de-]*	22.1[\de-]*	18.1[\de-]*	2.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101413	4	0.1[\de-]*	2.8[\de-]*	17.1[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104118	4	0.9[\de-]*	15.0[\de-]*	15.1[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075333	4	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	13.6[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000071113	4	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	13.8[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098655	4	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	15.2[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105209	4	1.5[\de-]*	23.4[\de-]*	15.2[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000092124	4	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	13.1[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102424	4	0.9[\de-]*	12.8[\de-]*	12.9[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000043130	4	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	12.9[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102305	4	1.0[\de-]*	12.5[\de-]*	12.4[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104251	4	1.2[\de-]*	16.1[\de-]*	12.8[\de-]*	4.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000016348	4	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	13.9[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107668	4	2.0[\de-]*	26.1[\de-]*	12.7[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102171	4	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.7[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102300	4	1.1[\de-]*	12.0[\de-]*	10.4[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000096457	4	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.1[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102445	4	1.3[\de-]*	12.8[\de-]*	9.7[\de-]*	3.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000089213	4	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.8[\de-]*	3.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105147	4	1.9[\de-]*	20.3[\de-]*	10.2[\de-]*	4.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000055075	4	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	9.3[\de-]*	4.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102705	5	0.2[\de-]*	13.5[\de-]*	64.4[\de-]*	5.5[\de-]*	3.3[\de-]*
-ENSDARG00000102125	5	0.2[\de-]*	10.4[\de-]*	44.8[\de-]*	1.7[\de-]*	5.4[\de-]*
-ENSDARG00000105858	5	0.4[\de-]*	31.4[\de-]*	68.0[\de-]*	3.0[\de-]*	6.2[\de-]*
-ENSDARG00000104031	5	0.4[\de-]*	16.1[\de-]*	38.6[\de-]*	4.6[\de-]*	7.0[\de-]*
-ENSDARG00000103505	5	0.4[\de-]*	13.0[\de-]*	28.5[\de-]*	8.0[\de-]*	8.5[\de-]*
-ENSDARG00000107953	5	0.7[\de-]*	31.7[\de-]*	41.3[\de-]*	8.4[\de-]*	8.5[\de-]*
-ENSDARG00000104624	5	0.5[\de-]*	18.6[\de-]*	31.8[\de-]*	1.0[\de-]*	9.0[\de-]*
-ENSDARG00000107433	5	0.8[\de-]*	34.1[\de-]*	39.7[\de-]*	2.1[\de-]*	1.6[\de-]*
-ENSDARG00000105003	5	0.6[\de-]*	18.3[\de-]*	27.8[\de-]*	4.0[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000102147	5	0.4[\de-]*	11.6[\de-]*	23.4[\de-]*	5.9[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000104149	5	0.5[\de-]*	12.7[\de-]*	21.5[\de-]*	2.1[\de-]*	1.2[\de-]*
-ENSDARG00000105370	5	0.8[\de-]*	21.1[\de-]*	25.0[\de-]*	2.8[\de-]*	1.4[\de-]*
-ENSDARG00000102471	5	0.5[\de-]*	11.9[\de-]*	20.2[\de-]*	3.9[\de-]*	1.8[\de-]*
-ENSDARG00000104225	5	0.6[\de-]*	13.0[\de-]*	19.2[\de-]*	8.4[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000102765	5	0.7[\de-]*	7.6[\de-]*	10.8[\de-]*	2.6[\de-]*	1.0[\de-]*
-ENSDARG00000103900	5	0.9[\de-]*	8.8[\de-]*	9.5[\de-]*	1.4[\de-]*	5.6[\de-]*
-ENSDARG00000103207	5	0.8[\de-]*	6.9[\de-]*	8.5[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100850	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.4[\de-]*	3.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100222	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.6[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078327	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.5[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076659	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078658	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.7[\de-]*	1.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000056152	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	2.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000042974	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.3[\de-]*	2.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000071240	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000094010	6	0.1[\de-]*	4.4[\de-]*	39.8[\de-]*	6.3[\de-]*	3.8[\de-]*
-ENSDARG00000103594	6	1.1[\de-]*	15.5[\de-]*	13.7[\de-]*	2.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000062868	6	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	15.9[\de-]*	4.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101986	6	1.0[\de-]*	11.9[\de-]*	11.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000054302	6	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	14.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000004931	6	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	10.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000099280	6	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	10.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104949	6	1.8[\de-]*	18.1[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062192	6	0.2[\de-]*	1.9[\de-]*	8.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000014366	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000099776	6	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000014017	6	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000004527	6	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000015851	6	0.2[\de-]*	1.4[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000017037	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000018146	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000094732	6	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	6.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000021855	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000062058	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000089032	6	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG000001032071	6	1.6[\de-]*	10.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000101652	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000036809	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.8[\de-]*
-ENSDARG00000037018	6	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.8[\de-]*
-ENSDARG00000077737	6	0.2[\de-]*	1.4[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	1
-ENSDARG00000104242	7	0.4[\de-]*	14.3[\de-]*	32.1[\de-]*	2.3[\de-]*	1.4[\de-]*
-ENSDARG00000102056	7	0.4[\de-]*	12.1[\de-]*	26.2[\de-]*	2.0[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000102470	7	0.8[\de-]*	13.4[\de-]*	16.3[\de-]*	1.1[\de-]*	2.2[\de-]*
-ENSDARG00000104836	7	1.0[\de-]*	17.1[\de-]*	16.8[\de-]*	1.7[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000104197	7	0.8[\de-]*	13.2[\de-]*	15.2[\de-]*	2.2[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000102167	7	0.9[\de-]*	12.5[\de-]*	13.7[\de-]*	6.0[\de-]*	6.1[\de-]*
-ENSDARG00000105195	7	1.3[\de-]*	20.6[\de-]*	15.1[\de-]*	1.2[\de-]*	1.0[\de-]*
-ENSDARG00000105669	7	1.5[\de-]*	19.4[\de-]*	12.5[\de-]*	8.3[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000102820	7	1.1[\de-]*	11.8[\de-]*	10.5[\de-]*	1.3[\de-]*	8.9[\de-]*
-ENSDARG00000092989	7	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	9.1[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000061806	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.4[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000095512	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.0[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090634	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	7.5[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000087555	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	8.1[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069269	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.8[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000059558	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.5[\de-]*	3.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000060566	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.9[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100206	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.5[\de-]*	4.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000057206	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.2[\de-]*	4.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070623	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.4[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100514	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.7[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000039265	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.6[\de-]*	9.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000095904	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.4[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000039350	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.7[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070512	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.1[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103551	8	1.6[\de-]*	32.2[\de-]*	19.9[\de-]*	1.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078383	8	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	14.2[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000093799	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	14.1[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000036625	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.4[\de-]*	8.3[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000016706	8	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	10.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000040251	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000098674	8	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	8.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000098856	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	8.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062226	8	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	9.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000075123	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000070239	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000026180	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000104786	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	8.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000101061	8	0.2[\de-]*	1.6[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000016584	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000070256	8	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	6.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000062745	8	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000086037	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	6.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000027310	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000103109	8	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000078352	8	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000035389	8	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000103106	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000007257	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000010596	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/intestinal.pdf
Binary file test-data/intestinal.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/intestinal_advanced.filter.pdf
Binary file test-data/intestinal_advanced.filter.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/intestinal_advanced.genelist
--- a/test-data/intestinal_advanced.genelist	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,251 +0,0 @@
-n	mean.ncl	mean.cl	fc	pv	padj
-ENSDARG00000109030	1	0.2[\de-]*	39.4[\de-]*	143.5[\de-]*	1.8[\de-]*	1.1[\de-]*
-ENSDARG00000108798	1	0.3[\de-]*	24.8[\de-]*	75.7[\de-]*	1.2[\de-]*	3.7[\de-]*
-ENSDARG00000107599	1	0.5[\de-]*	21.7[\de-]*	38.6[\de-]*	1.4[\de-]*	2.9[\de-]*
-ENSDARG00000108379	1	0.6[\de-]*	24.7[\de-]*	35.8[\de-]*	7.5[\de-]*	1.1[\de-]*
-ENSDARG00000107321	1	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	22.3[\de-]*	6.3[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000105564	1	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	19.7[\de-]*	2.3[\de-]*	2.3[\de-]*
-ENSDARG00000107138	1	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	15.2[\de-]*	3.7[\de-]*	3.2[\de-]*
-ENSDARG00000105857	1	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	14.8[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090447	1	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	13.0[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000068650	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.0[\de-]*	4.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000029234	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.7[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100003	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.2[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105009	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.5[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104049	1	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	10.2[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000031751	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.0[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000061520	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	10.3[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069937	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.2[\de-]*	1.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102310	1	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	9.8[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070971	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.6[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000059700	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.5[\de-]*	1.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105822	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.7[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000006900	1	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	9.6[\de-]*	2.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107086	1	0.2[\de-]*	1.7[\de-]*	8.6[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000053609	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	10.0[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000074906	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	10.5[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103380	2	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	22.9[\de-]*	3.5[\de-]*	2.1[\de-]*
-ENSDARG00000063254	2	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	18.2[\de-]*	3.4[\de-]*	1.0[\de-]*
-ENSDARG00000037116	2	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	13.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000041750	2	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.8[\de-]*	9.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098655	2	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	11.0[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000043130	2	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.1[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000041060	2	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.6[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000055855	2	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.2[\de-]*	2.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000071113	2	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.1[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103735	2	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	9.9[\de-]*	6.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101886	2	0.2[\de-]*	1.8[\de-]*	8.6[\de-]*	7.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090914	2	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.2[\de-]*	9.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070155	2	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.4[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078308	2	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	8.8[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000055075	2	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.7[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075333	2	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	8.5[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090496	2	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	9.1[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102171	2	0.2[\de-]*	1.5[\de-]*	7.5[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000005606	2	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	8.3[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103046	2	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.9[\de-]*	4.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075253	2	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.4[\de-]*	4.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000012946	2	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.6[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000004726	2	0.2[\de-]*	1.3[\de-]*	6.4[\de-]*	7.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000099280	2	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.3[\de-]*	7.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000007906	2	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	6.9[\de-]*	8.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105948	3	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	13.0[\de-]*	2.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000055722	3	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	11.7[\de-]*	3.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000106893	3	1.8[\de-]*	23.7[\de-]*	12.9[\de-]*	4.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000061718	3	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	11.8[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000106328	3	1.3[\de-]*	13.9[\de-]*	10.0[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102647	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	9.5[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000074790	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	9.8[\de-]*	1.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105532	3	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	8.4[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076801	3	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	9.2[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000094709	3	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	9.0[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000106626	3	1.4[\de-]*	12.5[\de-]*	8.7[\de-]*	3.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000060741	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.6[\de-]*	3.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091631	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	8.4[\de-]*	4.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000029501	3	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.5[\de-]*	5.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000106631	3	1.8[\de-]*	16.1[\de-]*	8.6[\de-]*	6.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075347	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.9[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076763	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.7[\de-]*	8.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000054560	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.0[\de-]*	9.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000063197	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	8.4[\de-]*	9.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076499	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	8.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000096631	3	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052617	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000036645	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000020758	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098646	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	7.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000108459	4	3.0[\de-]*	74.7[\de-]*	24.2[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091869	4	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	15.2[\de-]*	8.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000074572	4	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	14.6[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001066311	4	1.8[\de-]*	24.0[\de-]*	13.2[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000056322	4	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	12.3[\de-]*	3.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000077068	4	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	11.4[\de-]*	4.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000096706	4	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	12.5[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107098	4	2.3[\de-]*	31.2[\de-]*	13.1[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107500	4	2.5[\de-]*	34.3[\de-]*	13.3[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000025326	4	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	11.2[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000061981	4	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	12.1[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000026247	4	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	10.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000079872	4	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	10.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104267	4	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	11.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001063281	4	1.6[\de-]*	16.2[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000040452	4	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	9.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090830	4	0.2[\de-]*	1.8[\de-]*	8.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001066261	4	1.6[\de-]*	14.9[\de-]*	9.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078210	4	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000093448	4	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000045145	4	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	10.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000011727	4	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000074001	4	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	9.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000099207	4	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000098428	4	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	8.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000099779	5	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	11.3[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000062752	5	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	8.2[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102705	5	1.7[\de-]*	14.5[\de-]*	8.1[\de-]*	6.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000062868	5	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000045660	5	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000078658	5	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000100679	5	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	6.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000102147	5	1.8[\de-]*	12.0[\de-]*	6.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000105003	5	2.7[\de-]*	19.2[\de-]*	6.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000102471	5	1.9[\de-]*	12.2[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000057053	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000034227	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062192	5	0.2[\de-]*	1.1[\de-]*	5.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000020656	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000074535	5	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000100850	5	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	6.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000001825	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000107433	5	5.0[\de-]*	34.4[\de-]*	6.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104031	5	2.5[\de-]*	14.7[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000098361	5	0.2[\de-]*	1.1[\de-]*	4.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000056896	5	0.1[\de-]*	0.7[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000042974	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000023858	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000096662	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000034643	5	0.1[\de-]*	0.6[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000102765	6	0.7[\de-]*	11.6[\de-]*	15.2[\de-]*	1.3[\de-]*	4.6[\de-]*
-ENSDARG00000103207	6	0.7[\de-]*	11.2[\de-]*	15.3[\de-]*	1.5[\de-]*	4.6[\de-]*
-ENSDARG00000094010	6	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	14.8[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104949	6	1.0[\de-]*	12.8[\de-]*	11.7[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101986	6	0.7[\de-]*	7.1[\de-]*	9.4[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103594	6	0.8[\de-]*	8.2[\de-]*	9.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103900	6	1.2[\de-]*	11.7[\de-]*	9.6[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104225	6	1.5[\de-]*	15.1[\de-]*	9.8[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102125	6	1.1[\de-]*	10.6[\de-]*	9.0[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103505	6	1.5[\de-]*	13.9[\de-]*	9.2[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101106	6	0.2[\de-]*	1.7[\de-]*	7.6[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000013842	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.3[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000025593	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	9.0[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098526	6	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	7.5[\de-]*	1.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107953	6	3.3[\de-]*	34.0[\de-]*	10.1[\de-]*	1.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000023303	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.0[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000014490	6	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.3[\de-]*	2.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001040311	6	1.9[\de-]*	15.9[\de-]*	8.1[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000009942	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.3[\de-]*	2.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105370	6	2.6[\de-]*	22.1[\de-]*	8.4[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105858	6	3.4[\de-]*	31.5[\de-]*	9.2[\de-]*	3.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104624	6	2.3[\de-]*	18.6[\de-]*	8.0[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104149	6	1.7[\de-]*	12.6[\de-]*	7.1[\de-]*	5.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001021471	6	1.6[\de-]*	11.0[\de-]*	6.5[\de-]*	8.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000074905	6	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.4[\de-]*	9.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102056	7	1.1[\de-]*	17.9[\de-]*	15.8[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103551	7	1.6[\de-]*	19.7[\de-]*	11.9[\de-]*	3.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070239	7	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.6[\de-]*	3.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102167	7	1.8[\de-]*	15.9[\de-]*	8.6[\de-]*	4.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102470	7	1.9[\de-]*	16.2[\de-]*	8.2[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104242	7	1.9[\de-]*	15.4[\de-]*	7.9[\de-]*	7.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075616	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000074419	7	0.2[\de-]*	1.3[\de-]*	6.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000078284	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000003167	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000039350	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000079611	7	0.2[\de-]*	1.3[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000088514	7	0.2[\de-]*	1.3[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000014274	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000105034	7	2.9[\de-]*	19.3[\de-]*	6.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000039265	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000105669	7	3.3[\de-]*	21.4[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000096834	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000099772	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062955	7	0.2[\de-]*	1.1[\de-]*	5.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104370	7	2.1[\de-]*	12.0[\de-]*	5.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000105195	7	3.4[\de-]*	21.3[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000095904	7	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	4.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000093572	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104836	7	2.9[\de-]*	16.7[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000092124	8	0.1[\de-]*	3.6[\de-]*	23.9[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078383	8	0.1[\de-]*	3.1[\de-]*	17.1[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000093799	8	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	18.8[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000013853	8	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	16.9[\de-]*	2.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000040251	8	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	17.3[\de-]*	3.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000039424	8	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	12.3[\de-]*	7.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098674	8	0.2[\de-]*	2.9[\de-]*	12.1[\de-]*	8.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000038505	8	0.2[\de-]*	2.7[\de-]*	10.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000044194	8	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	11.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000079323	8	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	10.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000094055	8	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	12.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000052680	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	9.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000098856	8	0.2[\de-]*	1.8[\de-]*	9.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000069402	8	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	14.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000086037	8	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	9.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000027418	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000101759	8	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000042030	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000026680	8	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000026820	8	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000075123	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000016584	8	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062745	8	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000026183	8	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	9.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000104786	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000102188	9	1.0[\de-]*	24.0[\de-]*	23.9[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102060	9	0.9[\de-]*	22.2[\de-]*	23.4[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105127	9	1.4[\de-]*	37.4[\de-]*	25.6[\de-]*	4.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104118	9	1.2[\de-]*	23.5[\de-]*	19.1[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104251	9	1.3[\de-]*	27.9[\de-]*	20.0[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102424	9	1.1[\de-]*	21.0[\de-]*	18.1[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105209	9	1.8[\de-]*	37.5[\de-]*	19.9[\de-]*	2.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102305	9	1.2[\de-]*	19.0[\de-]*	15.6[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052374	9	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	19.1[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102300	9	1.3[\de-]*	19.5[\de-]*	14.8[\de-]*	6.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107668	9	2.4[\de-]*	41.2[\de-]*	16.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000063314	9	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	13.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078249	9	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	14.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105147	9	2.2[\de-]*	33.5[\de-]*	15.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102445	9	1.5[\de-]*	19.7[\de-]*	13.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000089213	9	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	14.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000079011	9	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	10.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000075192	9	0.2[\de-]*	2.3[\de-]*	10.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000004517	9	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	10.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104068	9	1.7[\de-]*	16.3[\de-]*	9.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000033367	9	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000016044	9	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	11.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000017093	9	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	11.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000075292	9	0.2[\de-]*	2.1[\de-]*	8.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.4[\de-]*
-ENSDARG00000057011	9	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	10.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.4[\de-]*
-ENSDARG00000101413	10	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	12.8[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069269	10	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.1[\de-]*	7.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000096457	10	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	9.0[\de-]*	8.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000058178	10	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.4[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001048361	10	2.1[\de-]*	17.0[\de-]*	7.7[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000093313	10	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.1[\de-]*	3.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000040705	10	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.6[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000010270	10	0.1[\de-]*	0.7[\de-]*	6.3[\de-]*	5.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000016348	10	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.3[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104197	10	1.8[\de-]*	12.4[\de-]*	6.6[\de-]*	6.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000086471	10	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	5.9[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102820	10	1.9[\de-]*	11.7[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076025	10	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000060566	10	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000077760	10	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001056691	10	2.9[\de-]*	19.0[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000097110	10	0.2[\de-]*	1.1[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000017127	10	0.3[\de-]*	1.7[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000016138	10	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000057568	10	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001042421	10	1.9[\de-]*	11.3[\de-]*	5.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000018593	10	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000057206	10	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG000001051951	10	3.1[\de-]*	18.5[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000079934	10	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/intestinal_advanced.pdf
Binary file test-data/intestinal_advanced.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix.filter.geqone.pdf
Binary file test-data/matrix.filter.geqone.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix.filter.pdf
Binary file test-data/matrix.filter.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix.filter.rdat
Binary file test-data/matrix.filter.rdat has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix2.genelist
--- a/test-data/matrix2.genelist	Wed Jan 29 17:18:23 2020 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,201 +0,0 @@
-n	mean.ncl	mean.cl	fc	pv	padj
-ENSDARG00000108798	1	0.1[\de-]*	22.6[\de-]*	170.9[\de-]*	5.6[\de-]*	3.4[\de-]*
-ENSDARG00000109030	1	0.1[\de-]*	34.6[\de-]*	185.7[\de-]*	2.4[\de-]*	7.5[\de-]*
-ENSDARG00000108379	1	0.1[\de-]*	24.3[\de-]*	144.9[\de-]*	4.1[\de-]*	8.3[\de-]*
-ENSDARG00000107599	1	0.1[\de-]*	20.9[\de-]*	107.5[\de-]*	3.5[\de-]*	5.4[\de-]*
-ENSDARG00000107321	1	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	19.4[\de-]*	1.3[\de-]*	1.7[\de-]*
-ENSDARG00000105564	1	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	17.2[\de-]*	5.1[\de-]*	5.1[\de-]*
-ENSDARG00000090447	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	14.3[\de-]*	3.5[\de-]*	3.0[\de-]*
-ENSDARG00000079591	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.7[\de-]*	4.8[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000107138	1	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	13.7[\de-]*	8.5[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000041060	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.4[\de-]*	8.8[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000077004	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.9[\de-]*	1.0[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000100003	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.9[\de-]*	1.0[\de-]*	5.3[\de-]*
-ENSDARG00000102310	1	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	13.2[\de-]*	1.2[\de-]*	5.6[\de-]*
-ENSDARG00000068650	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.9[\de-]*	2.2[\de-]*	9.8[\de-]*
-ENSDARG00000086678	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.5[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105857	1	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	12.9[\de-]*	3.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105159	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.6[\de-]*	3.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102997	1	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	11.1[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052615	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.3[\de-]*	4.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103046	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.4[\de-]*	5.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105009	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	11.9[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069937	1	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.8[\de-]*	5.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000034941	1	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.4[\de-]*	7.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000099753	1	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.6[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076005	1	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.5[\de-]*	1.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000041750	2	0.1[\de-]*	4.2[\de-]*	35.7[\de-]*	1.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103735	2	0.1[\de-]*	3.5[\de-]*	29.6[\de-]*	9.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101886	2	0.2[\de-]*	5.3[\de-]*	24.6[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090914	2	0.1[\de-]*	3.1[\de-]*	25.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090496	2	0.1[\de-]*	2.9[\de-]*	26.4[\de-]*	2.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078308	2	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	26.4[\de-]*	2.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075253	2	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	21.5[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000086877	2	0.1[\de-]*	3.4[\de-]*	19.6[\de-]*	8.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000040487	2	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	16.5[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052912	2	0.2[\de-]*	3.9[\de-]*	13.5[\de-]*	6.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052558	2	0.3[\de-]*	4.2[\de-]*	13.8[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000012071	2	0.1[\de-]*	2.1[\de-]*	15.9[\de-]*	8.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000052515	2	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	15.8[\de-]*	8.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000002897	2	0.1[\de-]*	2.0[\de-]*	13.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000087601	2	0.2[\de-]*	3.0[\de-]*	13.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000020581	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	14.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000005368	2	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	15.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000013006	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	14.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000059690	2	0.2[\de-]*	2.4[\de-]*	10.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000007906	2	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	11.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000099235	2	0.3[\de-]*	3.4[\de-]*	9.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000058248	2	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	9.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000013168	2	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000089066	2	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000018559	2	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000108459	3	0.1[\de-]*	40.0[\de-]*	400.4[\de-]*	1.1[\de-]*	7.1[\de-]*
-ENSDARG00000106631	3	0.1[\de-]*	16.7[\de-]*	167.2[\de-]*	1.2[\de-]*	2.6[\de-]*
-ENSDARG00000106893	3	0.1[\de-]*	20.3[\de-]*	185.7[\de-]*	1.3[\de-]*	2.6[\de-]*
-ENSDARG00000106328	3	0.1[\de-]*	13.3[\de-]*	121.7[\de-]*	1.8[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000107500	3	0.1[\de-]*	23.5[\de-]*	121.2[\de-]*	8.1[\de-]*	9.9[\de-]*
-ENSDARG00000107098	3	0.4[\de-]*	20.6[\de-]*	50.7[\de-]*	7.9[\de-]*	8.0[\de-]*
-ENSDARG00000106626	3	0.3[\de-]*	11.7[\de-]*	36.5[\de-]*	3.1[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000063254	3	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	15.4[\de-]*	6.1[\de-]*	4.6[\de-]*
-ENSDARG00000105532	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.6[\de-]*	6.5[\de-]*	4.4[\de-]*
-ENSDARG00000102291	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.0[\de-]*	1.0[\de-]*	6.2[\de-]*
-ENSDARG00000098646	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.2[\de-]*	1.1[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000096706	3	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	12.4[\de-]*	1.2[\de-]*	6.5[\de-]*
-ENSDARG00000056322	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.5[\de-]*	1.8[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000087417	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.5[\de-]*	1.8[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000100789	3	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	11.9[\de-]*	1.9[\de-]*	7.7[\de-]*
-ENSDARG00000076768	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.8[\de-]*	2.1[\de-]*	8.1[\de-]*
-ENSDARG00000091869	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.0[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101145	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.0[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091967	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.2[\de-]*	3.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000099207	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.3[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000079762	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	11.3[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100342	3	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	9.4[\de-]*	3.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000091631	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.3[\de-]*	5.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101776	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.3[\de-]*	5.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000077068	3	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.5[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103380	4	0.1[\de-]*	4.2[\de-]*	36.1[\de-]*	1.8[\de-]*	1.1[\de-]*
-ENSDARG00000037116	4	0.1[\de-]*	3.3[\de-]*	31.9[\de-]*	6.2[\de-]*	1.9[\de-]*
-ENSDARG00000102060	4	0.6[\de-]*	14.8[\de-]*	22.7[\de-]*	8.7[\de-]*	1.7[\de-]*
-ENSDARG00000102188	4	0.8[\de-]*	14.1[\de-]*	16.5[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105127	4	1.2[\de-]*	22.1[\de-]*	18.1[\de-]*	2.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101413	4	0.1[\de-]*	2.8[\de-]*	17.1[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104118	4	0.9[\de-]*	15.0[\de-]*	15.1[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000075333	4	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	13.6[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000071113	4	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	13.8[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000098655	4	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	15.2[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105209	4	1.5[\de-]*	23.4[\de-]*	15.2[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000092124	4	0.1[\de-]*	2.2[\de-]*	13.1[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102424	4	0.9[\de-]*	12.8[\de-]*	12.9[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000043130	4	0.1[\de-]*	1.9[\de-]*	12.9[\de-]*	2.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102305	4	1.0[\de-]*	12.5[\de-]*	12.4[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000104251	4	1.2[\de-]*	16.1[\de-]*	12.8[\de-]*	4.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000016348	4	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	13.9[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000107668	4	2.0[\de-]*	26.1[\de-]*	12.7[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102171	4	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	10.7[\de-]*	1.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102300	4	1.1[\de-]*	12.0[\de-]*	10.4[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000096457	4	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.1[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102445	4	1.3[\de-]*	12.8[\de-]*	9.7[\de-]*	3.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000089213	4	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	10.8[\de-]*	3.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000105147	4	1.9[\de-]*	20.3[\de-]*	10.2[\de-]*	4.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000055075	4	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	9.3[\de-]*	4.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000102705	5	0.2[\de-]*	13.5[\de-]*	64.4[\de-]*	5.5[\de-]*	3.3[\de-]*
-ENSDARG00000102125	5	0.2[\de-]*	10.4[\de-]*	44.8[\de-]*	1.7[\de-]*	5.4[\de-]*
-ENSDARG00000105858	5	0.4[\de-]*	31.4[\de-]*	68.0[\de-]*	3.0[\de-]*	6.2[\de-]*
-ENSDARG00000104031	5	0.4[\de-]*	16.1[\de-]*	38.6[\de-]*	4.6[\de-]*	7.0[\de-]*
-ENSDARG00000103505	5	0.4[\de-]*	13.0[\de-]*	28.5[\de-]*	8.0[\de-]*	8.5[\de-]*
-ENSDARG00000107953	5	0.7[\de-]*	31.7[\de-]*	41.3[\de-]*	8.4[\de-]*	8.5[\de-]*
-ENSDARG00000104624	5	0.5[\de-]*	18.6[\de-]*	31.8[\de-]*	1.0[\de-]*	9.0[\de-]*
-ENSDARG00000107433	5	0.8[\de-]*	34.1[\de-]*	39.7[\de-]*	2.1[\de-]*	1.6[\de-]*
-ENSDARG00000105003	5	0.6[\de-]*	18.3[\de-]*	27.8[\de-]*	4.0[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000102147	5	0.4[\de-]*	11.6[\de-]*	23.4[\de-]*	5.9[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000104149	5	0.5[\de-]*	12.7[\de-]*	21.5[\de-]*	2.1[\de-]*	1.2[\de-]*
-ENSDARG00000105370	5	0.8[\de-]*	21.1[\de-]*	25.0[\de-]*	2.8[\de-]*	1.4[\de-]*
-ENSDARG00000102471	5	0.5[\de-]*	11.9[\de-]*	20.2[\de-]*	3.9[\de-]*	1.8[\de-]*
-ENSDARG00000104225	5	0.6[\de-]*	13.0[\de-]*	19.2[\de-]*	8.4[\de-]*	3.6[\de-]*
-ENSDARG00000102765	5	0.7[\de-]*	7.6[\de-]*	10.8[\de-]*	2.6[\de-]*	1.0[\de-]*
-ENSDARG00000103900	5	0.9[\de-]*	8.8[\de-]*	9.5[\de-]*	1.4[\de-]*	5.6[\de-]*
-ENSDARG00000103207	5	0.8[\de-]*	6.9[\de-]*	8.5[\de-]*	3.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100850	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	10.4[\de-]*	3.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100222	5	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.6[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078327	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.5[\de-]*	1.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000076659	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.3[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078658	5	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.7[\de-]*	1.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000056152	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	2.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000042974	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.3[\de-]*	2.3[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000071240	5	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	2.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000094010	6	0.1[\de-]*	4.4[\de-]*	39.8[\de-]*	6.3[\de-]*	3.8[\de-]*
-ENSDARG00000103594	6	1.1[\de-]*	15.5[\de-]*	13.7[\de-]*	2.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000062868	6	0.1[\de-]*	2.3[\de-]*	15.9[\de-]*	4.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000101986	6	1.0[\de-]*	11.9[\de-]*	11.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000054302	6	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	14.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000004931	6	0.1[\de-]*	1.5[\de-]*	10.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000099280	6	0.1[\de-]*	1.7[\de-]*	10.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000104949	6	1.8[\de-]*	18.1[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062192	6	0.2[\de-]*	1.9[\de-]*	8.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000014366	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000099776	6	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000014017	6	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000004527	6	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	8.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000015851	6	0.2[\de-]*	1.4[\de-]*	6.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.5[\de-]*
-ENSDARG00000017037	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000018146	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000094732	6	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	6.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000021855	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000062058	6	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000089032	6	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG000001032071	6	1.6[\de-]*	10.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000101652	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.7[\de-]*
-ENSDARG00000036809	6	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.8[\de-]*
-ENSDARG00000037018	6	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.8[\de-]*
-ENSDARG00000077737	6	0.2[\de-]*	1.4[\de-]*	6.1[\de-]*	0.0[\de-]*	1
-ENSDARG00000104242	7	0.4[\de-]*	14.3[\de-]*	32.1[\de-]*	2.3[\de-]*	1.4[\de-]*
-ENSDARG00000102056	7	0.4[\de-]*	12.1[\de-]*	26.2[\de-]*	2.0[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000102470	7	0.8[\de-]*	13.4[\de-]*	16.3[\de-]*	1.1[\de-]*	2.2[\de-]*
-ENSDARG00000104836	7	1.0[\de-]*	17.1[\de-]*	16.8[\de-]*	1.7[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000104197	7	0.8[\de-]*	13.2[\de-]*	15.2[\de-]*	2.2[\de-]*	2.7[\de-]*
-ENSDARG00000102167	7	0.9[\de-]*	12.5[\de-]*	13.7[\de-]*	6.0[\de-]*	6.1[\de-]*
-ENSDARG00000105195	7	1.3[\de-]*	20.6[\de-]*	15.1[\de-]*	1.2[\de-]*	1.0[\de-]*
-ENSDARG00000105669	7	1.5[\de-]*	19.4[\de-]*	12.5[\de-]*	8.3[\de-]*	6.3[\de-]*
-ENSDARG00000102820	7	1.1[\de-]*	11.8[\de-]*	10.5[\de-]*	1.3[\de-]*	8.9[\de-]*
-ENSDARG00000092989	7	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	9.1[\de-]*	2.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000061806	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	8.4[\de-]*	7.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000095512	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	8.0[\de-]*	1.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000090634	7	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	7.5[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000087555	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	8.1[\de-]*	1.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000069269	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.8[\de-]*	2.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000059558	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	8.5[\de-]*	3.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000060566	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.9[\de-]*	3.7[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100206	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	7.5[\de-]*	4.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000057206	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.2[\de-]*	4.5[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070623	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.4[\de-]*	5.8[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000100514	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.7[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000039265	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.6[\de-]*	9.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000095904	7	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.4[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000039350	7	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.7[\de-]*	1.0[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000070512	7	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.1[\de-]*	1.1[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000103551	8	1.6[\de-]*	32.2[\de-]*	19.9[\de-]*	1.9[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000078383	8	0.1[\de-]*	2.6[\de-]*	14.2[\de-]*	1.6[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000093799	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	14.1[\de-]*	2.2[\de-]*	0.0[\de-]*
-ENSDARG00000036625	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	12.4[\de-]*	8.3[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000016706	8	0.1[\de-]*	1.8[\de-]*	10.1[\de-]*	0.0[\de-]*	0.1[\de-]*
-ENSDARG00000040251	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	10.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000098674	8	0.2[\de-]*	2.2[\de-]*	8.7[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000098856	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	8.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000062226	8	0.1[\de-]*	1.3[\de-]*	9.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000075123	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.2[\de-]*
-ENSDARG00000070239	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	8.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000026180	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	9.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000104786	8	0.1[\de-]*	1.6[\de-]*	8.8[\de-]*	0.0[\de-]*	0.3[\de-]*
-ENSDARG00000101061	8	0.2[\de-]*	1.6[\de-]*	6.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000016584	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000070256	8	0.2[\de-]*	1.2[\de-]*	6.2[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000062745	8	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	7.3[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000086037	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	6.6[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000027310	8	0.1[\de-]*	1.4[\de-]*	7.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000103109	8	0.1[\de-]*	0.9[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000078352	8	0.1[\de-]*	1.1[\de-]*	6.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000035389	8	0.1[\de-]*	1.0[\de-]*	6.9[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000103106	8	0.1[\de-]*	1.2[\de-]*	7.0[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000007257	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	5.4[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
-ENSDARG00000010596	8	0.1[\de-]*	0.8[\de-]*	7.5[\de-]*	0.0[\de-]*	0.6[\de-]*
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix2.pdf
Binary file test-data/matrix2.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/matrix2.rdat
Binary file test-data/matrix2.rdat has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_cluster_default.rdat
Binary file test-data/out_cluster_default.rdat has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_adv_nondef.pdf
Binary file test-data/out_traject_adv_nondef.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_default.ltree.rdat
Binary file test-data/out_traject_default.ltree.rdat has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_default.pdf
Binary file test-data/out_traject_default.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_inspect_allthree.pdf
Binary file test-data/out_traject_inspect_allthree.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_inspect_fateid.pdf
Binary file test-data/out_traject_inspect_fateid.pdf has changed
diff -r 69018f285aa3 -r c8434a623268 test-data/out_traject_inspect_stemid.pdf
Binary file test-data/out_traject_inspect_stemid.pdf has changed