Mercurial > repos > iuc > samtools_coverage

view test-data/results_3.txt @ 3:c4ff13d2aab3 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/sam_to_bam commit 69ce9eb437322f15750e532c6e9586e4e17fe424
author iuc
date Thu, 29 Jun 2023 10:40:07 +0000
parents 8a477224dfee
children
line wrap: on
line source

insert (599bp)
>  90.00% │          █     █                                                                                   │ Number of reads: 4
>  80.00% │          █     █                                                                                   │ 
>  70.00% │          ██    ██                                                                                  │ Covered bases:   20bp
>  60.00% │          ██    ██                                                                                  │ Percent covered: 3.339%
>  50.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean coverage:   0.0668x
>  40.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean baseQ:      32
>  30.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean mapQ:       30
>  20.00% │          ██    ██                                                                                  │ 
>  10.00% │         ███   ███                                                                                  │ Histo bin width: 5bp
>   0.00% │         ███   ███                                                                                  │ Histo max bin:   100%
          1         50       100       150       200       250       300       350       400       450        599   

ref1 (45bp)
>  90.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Number of reads: 12
>  80.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
>  70.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Covered bases:   31bp
>  60.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Percent covered: 68.89%
>  50.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean coverage:   2.49x
>  40.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean baseQ:      255
>  30.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean mapQ:       30
>  20.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
>  10.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo bin width: 1bp
>   0.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo max bin:   100%
          1         10        20        30             45   

ref2 (40bp)
>  90.00% │████████████████████████████████████    │ Number of reads: 12
>  80.00% │████████████████████████████████████    │ 
>  70.00% │████████████████████████████████████    │ Covered bases:   36bp
>  60.00% │████████████████████████████████████    │ Percent covered: 90%
>  50.00% │████████████████████████████████████    │ Mean coverage:   6.75x
>  40.00% │████████████████████████████████████    │ Mean baseQ:      63.3
>  30.00% │████████████████████████████████████    │ Mean mapQ:       30
>  20.00% │████████████████████████████████████    │ 
>  10.00% │████████████████████████████████████    │ Histo bin width: 1bp
>   0.00% │████████████████████████████████████    │ Histo max bin:   100%
          1         10        20        30         40