comparison test-data/9_markdup.expected.sam @ 9:40fa6c240105 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 9c5a35ce695c3d134e41d8695487edd5f71ea33c
author iuc
date Sun, 08 Sep 2024 03:26:14 +0000
parents d0a568e1904b
children
comparison
equal deleted inserted replaced
8:a389f74c3630 9:40fa6c240105
1 @HD VN:1.4 SO:coordinate 1 @HD VN:1.4 SO:coordinate
2 @SQ SN:contig_000000000 LN:11391 2 @SQ SN:contig_000000000 LN:11391
3 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.12 CL:samtools sort -@ 0 -m 768M -T . -O sam -o coordsort.sam /tmp/tmpuzvw6tdp/files/b/a/d/dataset_badf390c-6dae-4603-937a-f000db10e1eb.dat 3 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.20 CL:samtools sort -@ 0 -m 768M -T /tmp/tmpo1hsz7dc/tmp -O sam -o coordsort.sam /tmp/tmpo1hsz7dc/files/1/a/f/dataset_1afa2f60-62b8-4548-bb89-e30d23322a3e.dat
4 @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools markdup -@ 0 -m t -O SAM coordsort.sam /tmp/tmpuzvw6tdp/files/c/4/1/dataset_c4121439-d0e4-4e9a-b597-951d44bf57bc.dat 4 @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.20 CL:samtools markdup -@ 0 -m t -O SAM coordsort.sam /tmp/tmpo1hsz7dc/job_working_directory/000/20/outputs/dataset_5a651845-a763-4ddc-ac05-3734afca2130.dat
5 entry1 1187 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 GATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTCTTTATTTATTATCATTATTATTATTATTCTTATTATTGTTATATAAAAACATCGTAAACACAGTAAACGATAGTACTAATACTACTACTAATAAAGATAGATTTTTTTATATATATATATGTATGATCTTTTAACGTTACTTATTCAAATGCTATGTCATTTTGTAATATTTGTCATGGCAAGTATCAAACTGCTTCGGTTCTCATTGATTAG 1111>DD3DFFF3B333B3FBG3D3A33BG3D3F3333AFG3DF3D33B22D22222222D2B2A2ADE2AA2DAG222BD22D11//11//00B110ABB2FD1?>/>A2@2@2@F2@F21GB11FDDF21111111B2B11>/?1FB22>>>22>B2BG22B12B>F>11/0<0/2B2222B2@G11>22@22@G222201?1??1<?DF1FG1001<1>1F1=11>111>1-....000=0000=00 NM:i:18 AS:i:164 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:6744 5 entry1 1187 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 GATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTCTTTATTTATTATCATTATTATTATTATTCTTATTATTGTTATATAAAAACATCGTAAACACAGTAAACGATAGTACTAATACTACTACTAATAAAGATAGATTTTTTTATATATATATATGTATGATCTTTTAACGTTACTTATTCAAATGCTATGTCATTTTGTAATATTTGTCATGGCAAGTATCAAACTGCTTCGGTTCTCATTGATTAG 1111>DD3DFFF3B333B3FBG3D3A33BG3D3F3333AFG3DF3D33B22D22222222D2B2A2ADE2AA2DAG222BD22D11//11//00B110ABB2FD1?>/>A2@2@2@F2@F21GB11FDDF21111111B2B11>/?1FB22>>>22>B2BG22B12B>F>11/0<0/2B2222B2@G11>22@22@G222201?1??1<?DF1FG1001<1>1F1=11>111>1-....000=0000=00 NM:i:18 AS:i:164 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:6744
6 entry2 163 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 TATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATACAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCATGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAG BBBBB5F5DFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHEHHGHHGHHFHHHHHGHHHHHFHHHD5A33FBGBFHGGGFGGEGGGBGGAEGAEHH5GD5FEGFD5GGFGHFHE4GHGGHHHHHHHDEEA?FGHHGHGHFBEFFHEGHH4GGHHCFFFHHFHHHHHHBFHG1FFBFF01BGHHHFCFF@1GHHBGGFHFF1?1?FBGGF11FD110FG.<FFGGH1FGH0DG00 NM:i:2 AS:i:240 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9279 6 entry2 163 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 TATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATACAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCATGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAG BBBBB5F5DFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHEHHGHHGHHFHHHHHGHHHHHFHHHD5A33FBGBFHGGGFGGEGGGBGGAEGAEHH5GD5FEGFD5GGFGHFHE4GHGGHHHHHHHDEEA?FGHHGHGHFBEFFHEGHH4GGHHCFFFHHFHHHHHHBFHG1FFBFF01BGHHHFCFF@1GHHBGGFHFF1?1?FBGGF11FD110FG.<FFGGH1FGH0DG00 NM:i:2 AS:i:240 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9279
7 entry3 99 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHGHHHHHGHHHHHHHHHFHHHGHHGHHHHGHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHIHHHIIHHHHHHHGHGHHHGHHHHGHHHGHHGHHHHGHHHHHHGHBFFHHHHHHHGHHHGHEHHHFFGGHHHHHHHEHHHFH=GHHHF NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9509 7 entry3 99 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHGHHHHHGHHHHHHHHHFHHHGHHGHHHHGHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHIHHHIIHHHHHHHGHGHHHGHHHHGHHHGHHGHHHHGHHHHHHGHBFFHHHHHHHGHHHGHEHHHFFGGHHHHHHHEHHHFH=GHHHF NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9509
8 entry4 1187 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHEEF5FEGFGFHHGHHFHHHHFHFDEGHAEGHHHFHHFHFFHHGBGGHHFHHFHFHHHGGHGHFGEFHDGGHGHHHHGDHHFFHHGHHHDFDHGHHHHHGHGBHGHHFBDHGGF2FDHHHBGD2@DHHFEHHFFHEC2<FD1GF<DDGHHB0GHAAFFCGGDHHG1FGF0DDGGFH0 NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9604 8 entry4 1187 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHEEF5FEGFGFHHGHHFHHHHFHFDEGHAEGHHHFHHFHFFHHGBGGHHFHHFHFHHHGGHGHFGEFHDGGHGHHHHGDHHFFHHGHHHDFDHGHHHHHGHGBHGHHFBDHGGF2FDHHHBGD2@DHHFEHHFFHEC2<FD1GF<DDGHHB0GHAAFFCGGDHHG1FGF0DDGGFH0 NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9604
9 entry1 1107 contig_000000000 137 60 250M = 109 -278 TTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAGAACCTAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATTTATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCACACTGCCTGGGTTATCATTGATTCGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATACG ;0C0G;0C0:0FFGDD00D==00000D=00D1D=1DDDF>11=<<1><111<?1<111?1D1??00<>@@11F//0A>2HG>B>2B22222B2FFB2BB22>>2B22BFBEEFGHHG2FGBB22FFB2DB1100F/1FG@G1BHHFGGAGB1DB@22EB00GCEADB1AFHHHGD21BEDF1AF1FA11DAA221BD1AA/EF00FF1FF2EDEBGEA0B03AD3D33AB1A1GEFGEFB3DB31>>11> NM:i:7 AS:i:222 XS:i:19 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:5687 9 entry1 1107 contig_000000000 137 60 250M = 109 -278 TTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAGAACCTAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATTTATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCACACTGCCTGGGTTATCATTGATTCGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATACG ;0C0G;0C0:0FFGDD00D==00000D=00D1D=1DDDF>11=<<1><111<?1<111?1D1??00<>@@11F//0A>2HG>B>2B22222B2FFB2BB22>>2B22BFBEEFGHHG2FGBB22FFB2DB1100F/1FG@G1BHHFGGAGB1DB@22EB00GCEADB1AFHHHGD21BEDF1AF1FA11DAA221BD1AA/EF00FF1FF2EDEBGEA0B03AD3D33AB1A1GEFGEFB3DB31>>11> NM:i:7 AS:i:222 XS:i:19 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:5687