diff test-data/1_markdup.expected.sam @ 3:d0a568e1904b draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 0f75269223c0821c6c82acf98fde947d0f816f2b"
author iuc
date Tue, 28 Sep 2021 16:14:29 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/1_markdup.expected.sam	Tue Sep 28 16:14:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,18 @@
+@HD	VN:1.4	SO:coordinate
+@SQ	SN:contig_000000000	LN:11391
+entry1	1187	contig_000000000	109	60	250M	=	137	278	GATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTCTTTATTTATTATCATTATTATTATTATTCTTATTATTGTTATATAAAAACATCGTAAACACAGTAAACGATAGTACTAATACTACTACTAATAAAGATAGATTTTTTTATATATATATATGTATGATCTTTTAACGTTACTTATTCAAATGCTATGTCATTTTGTAATATTTGTCATGGCAAGTATCAAACTGCTTCGGTTCTCATTGATTAG	1111>DD3DFFF3B333B3FBG3D3A33BG3D3F3333AFG3DF3D33B22D22222222D2B2A2ADE2AA2DAG222BD22D11//11//00B110ABB2FD1?>/>A2@2@2@F2@F21GB11FDDF21111111B2B11>/?1FB22>>>22>B2BG22B12B>F>11/0<0/2B2222B2@G11>22@22@G222201?1??1<?DF1FG1001<1>1F1=11>111>1-....000=0000=00	NM:i:18	AS:i:164	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:6744
+entry2	163	contig_000000000	109	60	250M	=	137	278	TATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATACAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCATGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAG	BBBBB5F5DFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHEHHGHHGHHFHHHHHGHHHHHFHHHD5A33FBGBFHGGGFGGEGGGBGGAEGAEHH5GD5FEGFD5GGFGHFHE4GHGGHHHHHHHDEEA?FGHHGHGHFBEFFHEGHH4GGHHCFFFHHFHHHHHHBFHG1FFBFF01BGHHHFCFF@1GHHBGGFHFF1?1?FBGGF11FD110FG.<FFGGH1FGH0DG00	NM:i:2	AS:i:240	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9279
+entry3	99	contig_000000000	116	60	250M	=	222	356	ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG	BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHGHHHHHGHHHHHHHHHFHHHGHHGHHHHGHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHIHHHIIHHHHHHHGHGHHHGHHHHGHHHGHHGHHHHGHHHHHHGHBFFHHHHHHHGHHHGHEHHHFFGGHHHHHHHEHHHFH=GHHHF	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9509
+entry4	1187	contig_000000000	116	60	250M	=	222	356	ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG	BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHEEF5FEGFGFHHGHHFHHHHFHFDEGHAEGHHHFHHFHFFHHGBGGHHFHHFHFHHHGGHGHFGEFHDGGHGHHHHGDHHFFHHGHHHDFDHGHHHHHGHGBHGHHFBDHGGF2FDHHHBGD2@DHHFEHHFFHEC2<FD1GF<DDGHHB0GHAAFFCGGDHHG1FGF0DDGGFH0	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9604
+entry1	1107	contig_000000000	137	60	250M	=	109	-278	TTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAGAACCTAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATTTATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCACACTGCCTGGGTTATCATTGATTCGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATACG	;0C0G;0C0:0FFGDD00D==00000D=00D1D=1DDDF>11=<<1><111<?1<111?1D1??00<>@@11F//0A>2HG>B>2B22222B2FFB2BB22>>2B22BFBEEFGHHG2FGBB22FFB2DB1100F/1FG@G1BHHFGGAGB1DB@22EB00GCEADB1AFHHHGD21BEDF1AF1FA11DAA221BD1AA/EF00FF1FF2EDEBGEA0B03AD3D33AB1A1GEFGEFB3DB31>>11>	NM:i:7	AS:i:222	XS:i:19	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:5687
+entry2	83	contig_000000000	137	60	250M	=	109	-278	GTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAG	0GHHHBD0DFGHHHG<D0FD0BD0FHHHG=GGBGG1DGDGHFFGFDHDHGFGAGGHHHGHHHHHHHGGFHHHEGHHGHHGHHGHHHHDBHHHHHHGFGHHHHFHHHFHFG@EBGG4BHGGHHHHHHHHGHHHHHHGHFGBHHHHHHHHHHFHFFHHHHEHFHHHHHHGAFHHHFGHHG2HFHHHGHHHHHHHGHEHHHHGEHGHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHGFGHFGFGGGGGGGGFFFFFDFBBBBB	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:8804
+entry3	147	contig_000000000	222	60	250M	=	116	-356	TAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGCCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTA	9BGC0FFBGFFGGGGFFGFEGGHGHGCGHHHHGHGGHGHHHGHHHHGHHGGGHHHHFHGHGHHHHHHGHHFHHHHHHHHHGHHHHGHHGHHHHG2HHGFHHGHHHHHHDFHHHGGHHGHGHHHFHHDHHHHHHHHHHHHFHHHHHGHHHHHHHHHHHHFFHHHHGHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHGCGGGHHHGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGGGFFFFFFFBBBBB	NM:i:1	AS:i:245	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9634
+entry4	1107	contig_000000000	222	60	250M	=	116	-356	TAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGTCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTA	GGGGGGGGGGGGGGGGGFFGHHHHHGGHHGHHHHGFHHHHGHHHHHHHHHGGHHFEHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHFHHGFHGHHHGFFHFHHHHHHHHHFHHEHHHHHHHGGHHGHGHHHHHHHHHFGGHHHHHHGFHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHGHHHHHGGGGGGGGGGFFFFFFFACCBB	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9217
+entry5	163	contig_000000000	304	60	250M	=	422	368	ATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGTCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTAATAGAGTGTAAGAGAGTGTCAGAGTGAGTGTGTAAATGGACGCCTATCATTTAGCATGGGTCAATCTAGTGAAAGCTCGCAG	AABBBFFFFFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHGGHGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHFHFGHHHHHHHHHGHGGHFHHHHHHHHHHGFFHHHHHEHHHGHHHHHGDEEGHGHGEGGHHHHHHHHHGHHHFGHHHHHHHFGHHHHHGG?GGGAGHHFFHHFFGG2>@FGGFGFBGGHFHGHHHHHFFF?FGHHGGGGFGEGGHHGGGGHGFGDGHGHHFHEGFHGFGFFHFFHHFHGHFHBFGGF?	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9562
+entry6	69	contig_000000000	304	0	*	=	304	0	GCGGTGGAACGCCGCTTCGGCAACGATCTTCCGTCGTCTCCAGTGGAGTGGCTGACGGATAATGGTTCATGCTACCGGGCTAATGAAACACGCCAGTTCGCCCGGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAG	BCCCBCBCFFDDGGGGGGGGGGGHGGHHHHHHGHHGGGHHHHHHHHHHHHGGHGGHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGGGDGGHHHHGHHGHHHGHHGGGGGGGHHGGGGGGGGGGAGGGGGGDGAGFGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBEFFFFFFFFFEFFFFFFEFFFFFF	AS:i:0	XS:i:0	MQ:i:49	MC:Z:35M215S	ms:i:9339
+entry6	1161	contig_000000000	304	49	35M215S	=	304	0	ATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCT	ABBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHGHGHHHHHHHGHHHGHGHHHHHHFGHHGHHHIHHHHHIHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHGGGGGHGGGGGHHHHHHHGG1EGGGGGGFHGGHHHGHGGGGGGHHHHGGCGFHHGHHHHFHEHHHHHHHGGGHHGGGHGEGHGFHGCGCFHHHHHHHGGGGD?FFGA9EFFGCGG?AGGFGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFEF?FEBBFED.ACFF0	NM:i:0	AS:i:35	XS:i:0	MC:Z:*	ms:i:9398
+entry5	83	contig_000000000	422	60	250M	=	304	-368	TGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTAATAGAGTGTAAGAGAGTGTCAGAGTGAGTGTGTAAATGGACGCCTATCATTTAGCATGGGTCAATCTAGTGAAAGCTCGCAGCAGCTCTCTAAGTGTCTGGCATTGCAGCAAATTGAGCCGAATGCATTTCTGCACACGTAAACACGGCAGAATACAGATTAGCCAAGCCCAATCTCTCATTAAATCCACATTTAATAGA	.DDFGEAGGGFGFHGHHFFHHHHHHHHHHGCHHHHHHFFHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHFHHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHGHHHFHHHHFHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHEEEEGHHHHHHHGHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHFHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHHHHFHEFCHHGGGGGGGGGGFFFFFFFCCCCC	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:9461
+entry7	121	contig_000000000	3891	60	250M	=	3891	0	ACACCACCAGCACCAGCCTAAACCGTTGATACAAGGCAGGATGGATCCGTGCTTTCATGTTGTTGATGCTAAATTCTGACTCACATCTGAATATTCCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGAGCAGGCAACGTTTTTACAATCTTTTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGC	99;GFC/0FC;/AFGFC0BDA.?BGFFC0FB9G0C/HHGBFHG:.GFCGEHGHGHFHHHEFHHGBGDF1EHF1GFGGFDFHFHHHFHHG1BG1HHGHHEHGBC>2<2HHHHFHHFHHHHFEGD2EFHHGEF4EHHFFG?/GGF3GFFCE3HGHFHGAHFGF1AGHHGGHHGD5HGF3HF3HHFHHHGHG1FEHHHFHHHEHHGFHHHFHHHHFGGCECEEGHHHGHHHGGGGFGGFFGFFF4BBBBBABB	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MC:Z:*	ms:i:4569
+entry7	181	contig_000000000	3891	0	*	=	3891	0	CAGTCACTCGCCTCCCGCTAACAGTCCAACTCTTCTGGTTCATCTGCGAGTCATGGTGTACCGATGTTTTGTTCTCTAGAAAGCGAAAACATTGATATGGCTGAGGGGGGCTAGCAATTTTGGCCTGATAATGGGTGTGAAATATTCAAACTGTTATGATGCTAGCCCAAATAAAACTGTTGGGACTATCTCGGGAAGAAAAATCATGATCAGAGAAGCTAGGAAAGTGTCCTTGGTATGGTAAGCACTG	////-------;----0090;.9/0/000A//::.;.0000::.?@<=0/0=0./00..<..11>00>>0111<?111<////<20GF@212222<1F011B?//<E0FGFB211B1?0/??01BB22210?>?1@222B22@211122B11E@22112110000/B222A222ADB//0FB2DDBA///A/01D11011ADD211D1211BA11A311331D1A10B1FAFB1A1B3111@33111>11	AS:i:0	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:8580
+entry8	1145	contig_000000000	3891	60	250M	=	3891	0	ACACCACCAGCACCAGCCTAAACCGTTGATACAAGGCAGGATGGATCCGTGCTTTCATGTTGTTGATGCTAAATTCTGACTCACATCTGAATATTCCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGAGCAGGCAACGTTTTTACAATCTTTTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGC	99;.9//FFF9/GFB9FBGBC.A.FCFGFGFBHHGB:0GHFCG-AA@CHGC0FFGGC.HC>><BGFFHHGGHEHFHHFGFFGHHGF1?11<1HHG<CFGBFGEHFGFGDHHG2FGEHFHCGGDGGHGFGGFDFHHFHHGGFHGEEHFBGEHHHGGEFHHHHGAGHFE1BFHHHGHGGGFHFHFDDFFCAEFFGEFHHHHHHFHGGBFHFHFFEEA?CEEAHHHHHCGF0CFFGFFF1FFF1AA@DAAA@A	NM:i:0	AS:i:250	XS:i:0	MC:Z:*	ms:i:3281
+entry8	181	contig_000000000	3891	0	*	=	3891	0	GACGGCGCCTGGAGCGCGTAGGCAAAGCATGATCATCTGAGCACGGCGAACGAGAGTCAGACAAAGGGTTGATCGCCAGTAACGCTCGAGAAAGACACTCCCCCGCAACAACAATCAAACCAACAGTGCACTTTCATTTGCGAATCATGGAATAATGTTGGTTTGGGCTGTAGAAGGCCAAGATATATAAATTGCTGTAGAGGGTTGGGCATGTGGACCGTAAAATGGGTGGGAAGTATAAGAACTTTGT	9;-----/;;--------/;9//////////////////-9------;...C09000;00090/...90.;---./00....-..<.000=0<00..---////1</00211221/B?//122011211111B111//>//2221122222@11>///CE?>/>//1112211111012B22222AD22110011111B/0A///B01111111ABB0013ED10FE1B111333A3333@33D>>1111	AS:i:0	XS:i:0	MQ:i:60	MC:Z:250M	ms:i:8542