Mercurial > repos > iuc > samtools_markdup
view test-data/9_markdup.expected.sam @ 5:887e02a45734 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 84db51c96845854eb42c1a9949e4b79316b41925
| author | iuc |
|---|---|
| date | Wed, 22 Jun 2022 07:48:23 +0000 |
| parents | d0a568e1904b |
| children | 40fa6c240105 |
line wrap: on
line source
@HD VN:1.4 SO:coordinate @SQ SN:contig_000000000 LN:11391 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.12 CL:samtools sort -@ 0 -m 768M -T . -O sam -o coordsort.sam /tmp/tmpuzvw6tdp/files/b/a/d/dataset_badf390c-6dae-4603-937a-f000db10e1eb.dat @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools markdup -@ 0 -m t -O SAM coordsort.sam /tmp/tmpuzvw6tdp/files/c/4/1/dataset_c4121439-d0e4-4e9a-b597-951d44bf57bc.dat entry1 1187 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 GATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTCTTTATTTATTATCATTATTATTATTATTCTTATTATTGTTATATAAAAACATCGTAAACACAGTAAACGATAGTACTAATACTACTACTAATAAAGATAGATTTTTTTATATATATATATGTATGATCTTTTAACGTTACTTATTCAAATGCTATGTCATTTTGTAATATTTGTCATGGCAAGTATCAAACTGCTTCGGTTCTCATTGATTAG 1111>DD3DFFF3B333B3FBG3D3A33BG3D3F3333AFG3DF3D33B22D22222222D2B2A2ADE2AA2DAG222BD22D11//11//00B110ABB2FD1?>/>A2@2@2@F2@F21GB11FDDF21111111B2B11>/?1FB22>>>22>B2BG22B12B>F>11/0<0/2B2222B2@G11>22@22@G222201?1??1<?DF1FG1001<1>1F1=11>111>1-....000=0000=00 NM:i:18 AS:i:164 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:6744 entry2 163 contig_000000000 109 60 250M = 137 278 TATTGATATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATACAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCATGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAG BBBBB5F5DFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHEHHGHHGHHFHHHHHGHHHHHFHHHD5A33FBGBFHGGGFGGEGGGBGGAEGAEHH5GD5FEGFD5GGFGHFHE4GHGGHHHHHHHDEEA?FGHHGHGHFBEFFHEGHH4GGHHCFFFHHFHHHHHHBFHG1FFBFF01BGHHHFCFF@1GHHBGGFHFF1?1?FBGGF11FD110FG.<FFGGH1FGH0DG00 NM:i:2 AS:i:240 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9279 entry3 99 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHGGHGHHHHHGHHHHHHHHHFHHHGHHGHHHHGHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHHHIHHHIIHHHHHHHGHGHHHGHHHHGHHHGHHGHHHHGHHHHHHGHBFFHHHHHHHGHHHGHEHHHFFGGHHHHHHHEHHHFH=GHHHF NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9509 entry4 1187 contig_000000000 116 60 250M = 222 356 ATTTATTTATTATTTTATTATGTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAG BCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHEEF5FEGFGFHHGHHFHHHHFHFDEGHAEGHHHFHHFHFFHHGBGGHHFHHFHFHHHGGHGHFGEFHDGGHGHHHHGDHHFFHHGHHHDFDHGHHHHHGHGBHGHHFBDHGGF2FDHHHBGD2@DHHFEHHFFHEC2<FD1GF<DDGHHB0GHAAFFCGGDHHG1FGF0DDGGFH0 NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9604 entry1 1107 contig_000000000 137 60 250M = 109 -278 TTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAGAACCTAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATTTATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCACACTGCCTGGGTTATCATTGATTCGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATACG ;0C0G;0C0:0FFGDD00D==00000D=00D1D=1DDDF>11=<<1><111<?1<111?1D1??00<>@@11F//0A>2HG>B>2B22222B2FFB2BB22>>2B22BFBEEFGHHG2FGBB22FFB2DB1100F/1FG@G1BHHFGGAGB1DB@22EB00GCEADB1AFHHHGD21BEDF1AF1FA11DAA221BD1AA/EF00FF1FF2EDEBGEA0B03AD3D33AB1A1GEFGEFB3DB31>>11> NM:i:7 AS:i:222 XS:i:19 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:5687 entry2 83 contig_000000000 137 60 250M = 109 -278 GTTTATTTATTTATTTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATATAAAAACATAGTAAACACAGTAAACGATAGTAGTAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAG 0GHHHBD0DFGHHHG<D0FD0BD0FHHHG=GGBGG1DGDGHFFGFDHDHGFGAGGHHHGHHHHHHHGGFHHHEGHHGHHGHHGHHHHDBHHHHHHGFGHHHHFHHHFHFG@EBGG4BHGGHHHHHHHHGHHHHHHGHFGBHHHHHHHHHHFHFFHHHHEHFHHHHHHGAFHHHFGHHG2HFHHHGHHHHHHHGHEHHHHGEHGHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHGFGHFGFGGGGGGGGFFFFFDFBBBBB NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:8804 entry3 147 contig_000000000 222 60 250M = 116 -356 TAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGCCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTA 9BGC0FFBGFFGGGGFFGFEGGHGHGCGHHHHGHGGHGHHHGHHHHGHHGGGHHHHFHGHGHHHHHHGHHFHHHHHHHHHGHHHHGHHGHHHHG2HHGFHHGHHHHHHDFHHHGGHHGHGHHHFHHDHHHHHHHHHHHHFHHHHHGHHHHHHHHHHHHFFHHHHGHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHGCGGGHHHGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGGGFFFFFFFBBBBB NM:i:1 AS:i:245 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9634 entry4 1107 contig_000000000 222 60 250M = 116 -356 TAATACTACTACTAATAAATATATATTTTTTTATATATATATATGTATGTTCTTTTAATGTTAATTTTTCAAATGCTTTGGCATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGTCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTA GGGGGGGGGGGGGGGGGFFGHHHHHGGHHGHHHHGFHHHHGHHHHHHHHHGGHHFEHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHFHHGFHGHHHGFFHFHHHHHHHHHFHHEHHHHHHHGGHHGHGHHHHHHHHHFGGHHHHHHGFHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHGHHHHHGGGGGGGGGGFFFFFFFACCBB NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9217 entry5 163 contig_000000000 304 60 250M = 422 368 ATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGCCTGGGTTATCATTGATTAGGTACTAGAGATAGTGTTTAAATAATAAGTGTCCATCAAAGAGCAGAACAGCTGCGTGTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTAATAGAGTGTAAGAGAGTGTCAGAGTGAGTGTGTAAATGGACGCCTATCATTTAGCATGGGTCAATCTAGTGAAAGCTCGCAG AABBBFFFFFFFGGGFGGGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHGGHGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHFHFGHHHHHHHHHGHGGHFHHHHHHHHHHGFFHHHHHEHHHGHHHHHGDEEGHGHGEGGHHHHHHHHHGHHHFGHHHHHHHFGHHHHHGG?GGGAGHHFFHHFFGG2>@FGGFGFBGGHFHGHHHHHFFF?FGHHGGGGFGEGGHHGGGGHGFGDGHGHHFHEGFHGFGFFHFFHHFHGHFHBFGGF? NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9562 entry6 69 contig_000000000 304 0 * = 304 0 GCGGTGGAACGCCGCTTCGGCAACGATCTTCCGTCGTCTCCAGTGGAGTGGCTGACGGATAATGGTTCATGCTACCGGGCTAATGAAACACGCCAGTTCGCCCGGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAG BCCCBCBCFFDDGGGGGGGGGGGHGGHHHHHHGHHGGGHHHHHHHHHHHHGGHGGHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGGGDGGHHHHGHHGHHHGHHGGGGGGGHHGGGGGGGGGGAGGGGGGDGAGFGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBEFFFFFFFFFEFFFFFFEFFFFFF AS:i:0 XS:i:0 MQ:i:49 MC:Z:35M215S ms:i:9339 entry6 1161 contig_000000000 304 49 35M215S = 304 0 ATTTTGTAACATTTGTCATGCCAAGTATCAAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCT ABBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHGHGHHHHHHHGHHHGHGHHHHHHFGHHGHHHIHHHHHIHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHGGGGGHGGGGGHHHHHHHGG1EGGGGGGFHGGHHHGHGGGGGGHHHHGGCGFHHGHHHHFHEHHHHHHHGGGHHGGGHGEGHGFHGCGCFHHHHHHHGGGGD?FFGA9EFFGCGG?AGGFGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFEF?FEBBFED.ACFF0 NM:i:0 AS:i:35 XS:i:0 MC:Z:* ms:i:9398 entry5 83 contig_000000000 422 60 250M = 304 -368 TGTGTGTGTGTGTGAGTTTGAAAGCAATAGACAGAGGGTAAGACTGTGTAATAGAGTGTAAGAGAGTGTCAGAGTGAGTGTGTAAATGGACGCCTATCATTTAGCATGGGTCAATCTAGTGAAAGCTCGCAGCAGCTCTCTAAGTGTCTGGCATTGCAGCAAATTGAGCCGAATGCATTTCTGCACACGTAAACACGGCAGAATACAGATTAGCCAAGCCCAATCTCTCATTAAATCCACATTTAATAGA .DDFGEAGGGFGFHGHHFFHHHHHHHHHHGCHHHHHHFFHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHFHHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGHGHHHFHHHHFHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHEEEEGHHHHHHHGHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHFHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHHHHFHEFCHHGGGGGGGGGGFFFFFFFCCCCC NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:9461 entry7 121 contig_000000000 3891 60 250M = 3891 0 ACACCACCAGCACCAGCCTAAACCGTTGATACAAGGCAGGATGGATCCGTGCTTTCATGTTGTTGATGCTAAATTCTGACTCACATCTGAATATTCCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGAGCAGGCAACGTTTTTACAATCTTTTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGC 99;GFC/0FC;/AFGFC0BDA.?BGFFC0FB9G0C/HHGBFHG:.GFCGEHGHGHFHHHEFHHGBGDF1EHF1GFGGFDFHFHHHFHHG1BG1HHGHHEHGBC>2<2HHHHFHHFHHHHFEGD2EFHHGEF4EHHFFG?/GGF3GFFCE3HGHFHGAHFGF1AGHHGGHHGD5HGF3HF3HHFHHHGHG1FEHHHFHHHEHHGFHHHFHHHHFGGCECEEGHHHGHHHGGGGFGGFFGFFF4BBBBBABB NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MC:Z:* ms:i:4569 entry7 181 contig_000000000 3891 0 * = 3891 0 CAGTCACTCGCCTCCCGCTAACAGTCCAACTCTTCTGGTTCATCTGCGAGTCATGGTGTACCGATGTTTTGTTCTCTAGAAAGCGAAAACATTGATATGGCTGAGGGGGGCTAGCAATTTTGGCCTGATAATGGGTGTGAAATATTCAAACTGTTATGATGCTAGCCCAAATAAAACTGTTGGGACTATCTCGGGAAGAAAAATCATGATCAGAGAAGCTAGGAAAGTGTCCTTGGTATGGTAAGCACTG ////-------;----0090;.9/0/000A//::.;.0000::.?@<=0/0=0./00..<..11>00>>0111<?111<////<20GF@212222<1F011B?//<E0FGFB211B1?0/??01BB22210?>?1@222B22@211122B11E@22112110000/B222A222ADB//0FB2DDBA///A/01D11011ADD211D1211BA11A311331D1A10B1FAFB1A1B3111@33111>11 AS:i:0 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:8580 entry8 1145 contig_000000000 3891 60 250M = 3891 0 ACACCACCAGCACCAGCCTAAACCGTTGATACAAGGCAGGATGGATCCGTGCTTTCATGTTGTTGATGCTAAATTCTGACTCACATCTGAATATTCCAGCAGAAATCGAGACTCATCAGAGCAGGCAACGTTTTTACAATCTTTTATTGTCCAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGTCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCGC 99;.9//FFF9/GFB9FBGBC.A.FCFGFGFBHHGB:0GHFCG-AA@CHGC0FFGGC.HC>><BGFFHHGGHEHFHHFGFFGHHGF1?11<1HHG<CFGBFGEHFGFGDHHG2FGEHFHCGGDGGHGFGGFDFHHFHHGGFHGEEHFBGEHHHGGEFHHHHGAGHFE1BFHHHGHGGGFHFHFDDFFCAEFFGEFHHHHHHFHGGBFHFHFFEEA?CEEAHHHHHCGF0CFFGFFF1FFF1AA@DAAA@A NM:i:0 AS:i:250 XS:i:0 MC:Z:* ms:i:3281 entry8 181 contig_000000000 3891 0 * = 3891 0 GACGGCGCCTGGAGCGCGTAGGCAAAGCATGATCATCTGAGCACGGCGAACGAGAGTCAGACAAAGGGTTGATCGCCAGTAACGCTCGAGAAAGACACTCCCCCGCAACAACAATCAAACCAACAGTGCACTTTCATTTGCGAATCATGGAATAATGTTGGTTTGGGCTGTAGAAGGCCAAGATATATAAATTGCTGTAGAGGGTTGGGCATGTGGACCGTAAAATGGGTGGGAAGTATAAGAACTTTGT 9;-----/;;--------/;9//////////////////-9------;...C09000;00090/...90.;---./00....-..<.000=0<00..---////1</00211221/B?//122011211111B111//>//2221122222@11>///CE?>/>//1112211111012B22222AD22110011111B/0A///B01111111ABB0013ED10FE1B111333A3333@33D>>1111 AS:i:0 XS:i:0 MQ:i:60 MC:Z:250M ms:i:8542