# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1632845669 0
# Node ID d0a568e1904b44d71e2fe197abfad209e6f1d189
# Parent  a312a0fdaf31ea1b1c84d67a93d3e64e11a69463
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 0f75269223c0821c6c82acf98fde947d0f816f2b"

diff -r a312a0fdaf31 -r d0a568e1904b macros.xml
--- a/macros.xml	Thu Apr 22 12:58:55 2021 +0000
+++ b/macros.xml	Tue Sep 28 16:14:29 2021 +0000
@@ -5,10 +5,16 @@
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">1.9</token>
-    <token name="@FLAGS@">#set $flags = sum(map(int, str($filter).split(',')))</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.13</token>
+    <token name="@PROFILE@">20.05</token>
+    <token name="@FLAGS@"><![CDATA[
+        #set $flags = 0
+        #if $filter
+            #set $flags = sum(map(int, str($filter).split(',')))
+        #end if
+    ]]></token>
     <token name="@PREPARE_IDX@"><![CDATA[
-        ##prepare input and indices 
+        ##prepare input and indices
         ln -s '$input' infile &&
         #if $input.is_of_type('bam'):
             #if str( $input.metadata.bam_index ) != "None":
@@ -25,7 +31,7 @@
         #end if
     ]]></token>
     <token name="@PREPARE_IDX_MULTIPLE@"><![CDATA[
-        ##prepare input and indices 
+        ##prepare input and indices
         #for $i, $bam in enumerate( $input_bams ):
             ln -s '$bam' '${i}' &&
             #if $bam.is_of_type('bam'):
@@ -63,6 +69,51 @@
             #set reffai=None
         #end if
     ]]></token>
+
+    <xml name="optional_reference">
+        <conditional name="addref_cond">
+            <param name="addref_select" type="select" label="Use a reference sequence">
+                <help>@HELP@</help>
+                <option value="no">No</option>
+                <option value="history">Use a genome/index from the history</option>
+                <option value="cached">Use a built-in genome</option>
+            </param>
+            <when value="no"/>
+            <when value="history">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Reference"/>
+            </when>
+            <when value="cached">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="select" label="Reference">
+                    <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="input" key="dbkey" column="dbkey"/>
+                    </options>
+                    <validator  type="no_options" message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset"/>
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mandatory_reference" token_help="" token_argument="">
+        <conditional name="addref_cond">
+            <param name="addref_select" type="select" label="Use a reference sequence">
+                <help>@HELP@</help>
+                <option value="history">Use a genome/index from the history</option>
+                <option value="cached">Use a built-in genome</option>
+            </param>
+            <when value="history">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Reference"/>
+            </when>
+            <when value="cached">
+                <param name="ref" argument="@ARGUMENT@" type="select" label="Reference">
+                    <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="input" key="dbkey" column="dbkey"/>
+                        <validator message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset" type="no_options" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+
     <token name="@ADDTHREADS@"><![CDATA[
         ##compute the number of ADDITIONAL threads to be used by samtools (-@)
         addthreads=\${GALAXY_SLOTS:-1} && (( addthreads-- )) &&
@@ -70,28 +121,28 @@
     <token name="@ADDMEMORY@"><![CDATA[
         ##compute the number of memory available to samtools sort (-m)
         ##use only 75% of available: https://github.com/samtools/samtools/issues/831
-        addmemory=\${GALAXY_MEMORY_MB_PER_SLOT:-768} && 
+        addmemory=\${GALAXY_MEMORY_MB_PER_SLOT:-768} &&
         ((addmemory=addmemory*75/100)) &&
     ]]></token>
     <xml name="seed_input">
-       <param name="seed" type="integer" optional="True" label="Seed for random number generator" help="If empty a random seed is used." /> 
+       <param name="seed" type="integer" optional="True" label="Seed for random number generator" help="If empty a random seed is used." />
     </xml>
-    <xml name="flag_options">
-        <option value="1">Read is paired</option>
-        <option value="2">Read is mapped in a proper pair</option>
-        <option value="4">Read is unmapped</option>
-        <option value="8">Mate is unmapped</option>
-        <option value="16">Read is mapped to the reverse strand of the reference</option>
-        <option value="32">Mate is mapped to the reverse strand of the reference</option>
-        <option value="64">Read is the first in a pair</option>
-        <option value="128">Read is the second in a pair</option>
-        <option value="256">Alignment of the read is not primary</option>
-        <option value="512">Read fails platform/vendor quality checks</option>
-        <option value="1024">Read is a PCR or optical duplicate</option>
-        <option value="2048">Alignment is supplementary</option>
+    <xml name="flag_options" token_s1="false" token_s2="false" token_s4="false" token_s8="false" token_s16="false" token_s32="false" token_s64="false" token_s128="false" token_s256="false" token_s512="false" token_s1024="false" token_s2048="false">
+        <option value="1" selected="@S1@">Read is paired</option>
+        <option value="2" selected="@S2@">Read is mapped in a proper pair</option>
+        <option value="4" selected="@S4@">Read is unmapped</option>
+        <option value="8" selected="@S8@">Mate is unmapped</option>
+        <option value="16" selected="@S16@">Read is mapped to the reverse strand of the reference</option>
+        <option value="32" selected="@S32@">Mate is mapped to the reverse strand of the reference</option>
+        <option value="64" selected="@S64@">Read is the first in a pair</option>
+        <option value="128" selected="@S128@">Read is the second in a pair</option>
+        <option value="256" selected="@S256@">Alignment of the read is not primary</option>
+        <option value="512" selected="@S512@">Read fails platform/vendor quality checks</option>
+        <option value="1024" selected="@S1024@">Read is a PCR or optical duplicate</option>
+        <option value="2048" selected="@S2048@">Alignment is supplementary</option>
     </xml>
 
-    <!-- region specification macros and tokens for tools that allow the specification 
+    <!-- region specification macros and tokens for tools that allow the specification
          of region by bed file / space separated list of regions -->
     <token name="@REGIONS_FILE@"><![CDATA[
         #if $cond_region.select_region == 'tab':
diff -r a312a0fdaf31 -r d0a568e1904b samtools_markdup.xml
--- a/samtools_markdup.xml	Thu Apr 22 12:58:55 2021 +0000
+++ b/samtools_markdup.xml	Tue Sep 28 16:14:29 2021 +0000
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="samtools_markdup" name="Samtools markdup" version="@TOOL_VERSION@+galaxy3">
+<tool id="samtools_markdup" name="Samtools markdup" version="@TOOL_VERSION@" profile="@PROFILE@" >
     <description>marks duplicate alignments</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -8,7 +8,7 @@
     <expand macro="version_command"/>
     <command><![CDATA[
 @ADDTHREADS@
-## coordinate sort input 
+## coordinate sort input
 #if not $bamfile.is_of_type('bam'):
     samtools sort
     -@ \$addthreads -m \${GALAXY_MEMORY_MB:-768}M -T "\${TMPDIR:-.}"
@@ -19,72 +19,104 @@
     ln -s '$bamfile' coordsort.sam &&
 #end if
 
-samtools markdup 
+samtools markdup
 
 -@ \$addthreads
 #if str($maxlen) != '':
     -l $maxlen
-#end if 
-$remove 
-$stats 
+#end if
+$remove
 $supp
-coordsort.sam 
+#if $odist:
+    -d $odist
+#end if
+$existing_tags
+-m $mode
+$include_fails
+#if $output_options.stats == 'yes'
+    -s
+    -f '$stats_output'
+#end if
+-O $output_options.output_format.select_oformat
+#if $output_options.output_format.select_oformat == "CRAM"
+    --reference '$output_options.output_format.ref_file'
+#end if
+coordsort.sam
 '$output'
-#if $stats
-    2> >(tee -a '$stats_output' >&2)
-#end if
     ]]></command>
     <inputs>
         <param name="bamfile" type="data" format="sam,bam,cram" optional="false" label="Alignment" />
         <param name="remove" type="boolean" argument="-r" truevalue="-r" falsevalue="" label="Remove duplicate reads" />
-        <param name="maxlen" type="integer" optional="true" argument="-l" min="0" label="Expected maximum read length of INT bases. (default 300)"/>
-        <param name="stats" type="boolean" argument="-s" truevalue="-s" falsevalue="" label="Print basic statistics" />
         <param name="supp" type="boolean" argument="-S" truevalue="-S" falsevalue="" label="Mark supplementary reads of duplicates as duplicates" />
+        <param name="existing_tags" type="boolean" argument="-c" truevalue="-c" falsevalue="" label="Clear previous duplicate settings and tags." />
+        <param name="maxlen" type="integer" optional="true" argument="-l" min="0" label="Expected maximum read length of INT bases. (default 300, min=0)"/>
+        <param name="odist" type="integer" optional="true" argument="-d" min="1" label="Optical distance (if set, marks with dt tag, min=1)"/>
+        <param argument="--mode" type="select" label="Duplicate decision method for paired reads.">
+            <option selected="true" value="t">(t) measure positions based on template start/end.</option>
+            <option value="s">(s) measure positions based on sequence start.  </option>
+        </param>
+        <param argument="--include-fails" type="boolean" truevalue="--include-fails" falsevalue="" label="Include quality check failed reads." />
+        <section name="output_options" title="Output Options" expanded="true">
+            <param name="stats" type="select" argument="-s" label="Print basic statistics">
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no" selected="True">No</option>
+            </param>
+            <conditional name="output_format">
+                <param name="select_oformat" type="select" label="Output format" help="Specify output format">
+                    <option value="SAM">SAM</option>
+                    <option value="BAM" selected="True">BAM</option>
+                    <option value="CRAM">CRAM</option>
+                </param>
+                <when value="SAM" />
+                <when value="BAM" />
+                <when value="CRAM">
+                    <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Reference FASTA file" />
+                </when>
+            </conditional>
+        </section>
     </inputs>
     <outputs>
         <!-- output bam, if input was name sorted then restore this sorting order -->
-        <data name="output" format="bam"/>
+        <data name="output" format="bam" from_work_dir="outfile" label="${tool.name} on ${on_string}">
+            <change_format>
+                <when input="output_format.select_oformat" value="SAM" format="sam" />
+                <when input="output_format.select_oformat" value="BAM" format="bam" />
+                <when input="output_format.select_oformat" value="CRAM" format="cram" />
+            </change_format>
+        </data>
         <data name="stats_output" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: statistics">
-            <filter>stats</filter>
+            <filter>(output_options['stats'] == 'yes')</filter>
         </data>
     </outputs>
     <tests>
-        <!-- tests and data extracted from 
-             https://github.com/samtools/samtools/blob/6d79411685d8f0fbb34e123f52d72b63271f4dcb/test/test.pl#L2616 
-             TODO the 1st 4 tests are negative, I do not know how to test for the error code 
--->
-<!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/1_name_sort.expected.sam', err=>'1_name_sort.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/1_name_sort.sam -", expect_fail=>1);
-    test_cmd($opts, out=>'markdup/2_bad_order.expected.sam', err=>'2_bad_order.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/2_bad_order.sam -", expect_fail=>1);
-    test_cmd($opts, out=>'markdup/3_missing_mc.expected.sam', err=>'3_missing_mc.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/3_missing_mc.sam -", expect_fail=>1);
-    test_cmd($opts, out=>'markdup/4_missing_ms.expected.sam', err=>'4_missing_ms.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/4_missing_ms.sam -", expect_fail=>1);-->
-        <!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/5_markdup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/5_markdup.sam -");-->
+        <!-- 1) -->
         <test expect_num_outputs="1">
-            <param name="bamfile" value="5_markdup.sam" />
-            <output name="output" file="5_markdup.expected.bam" />
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+            <output name="output" file="1_markdup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
         </test>
-        <!--    test_cmd($opts, out=>'markdup/6_remove_dups.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam -r $$opts{path}/markdup/6_remove_dups.sam -");-->
+        <!-- 2) -->
         <test expect_num_outputs="1">
-            <param name="bamfile" value="6_remove_dups.sam" />
+            <param name="bamfile" value="2_remove_dups.sam" />
             <param name="remove" value="-r" />
-            <output name="output" file="6_remove_dups.expected.bam" />
+            <output name="output" file="2_remove_dups.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
         </test>
-        <!-- test_cmd($opts, out=>'markdup/7_mark_supp_dup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -S -O sam $$opts{path}/markdup/7_mark_supp_dup.sam -");-->
+        <!-- 3) -->
         <test expect_num_outputs="1">
-            <param name="bamfile" value="7_mark_supp_dup.bam" />
+            <param name="bamfile" value="3_mark_supp_dup.bam" />
             <param name="supp" value="-S" />
-            <output name="output" file="7_mark_supp_dup.expected.bam" />
+            <output name="output" file="3_mark_supp_dup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
         </test>
-        <!-- test stats output -->
+        <!-- 4) test stats output -->
         <test expect_num_outputs="2">
-            <param name="bamfile" value="5_markdup.sam" />
-            <param name="stats" value="-s" />
-            <output name="output" file="5_markdup.expected.bam" />
-            <output name="stats_output" file="stats.txt" />
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+            <param name="stats" value="yes" />
+            <output name="output" file="1_markdup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
+            <output name="stats_output" file="stats.txt" lines_diff="2" />
         </test>
-        <!-- check that stderr is not swallowed w test data from fixmate  -->
+        <!-- 5) check that stderr is not swallowed w test data from fixmate  -->
         <test expect_num_outputs="2" expect_exit_code="1" expect_failure="true">
-            <param name="bamfile" value="7_two_read_mapped.sam" />
-            <param name="stats" value="true"/>
+            <param name="bamfile" value="3_two_read_mapped.sam" />
+            <param name="stats" value="yes"/>
             <!-- for some reason this is not possible at the moment
             <output name="stats_output">
                 <assert_contents>
@@ -95,11 +127,43 @@
                 <has_line line="[markdup] error: no MC tag. Please run samtools fixmate on file first."/>
             </assert_stderr>
         </test>
+        <!-- 6) check optical distance and check -c option -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+            <param name="odist" value="10" />
+            <param name="existing_tags" value="-c" />
+            <output name="output" file="6_markdup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <!-- 7) check new mode s -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+            <param name="mode_selector" value="s" />
+            <output name="output" file="7_markdup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <!-- 8) check include-fails -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+                <param name="fails" value="- -include-fails" />
+            <output name="output" file="8_markdup.expected.bam" ftype="bam" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <!-- 9) test sam format -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="bamfile" value="1_markdup.sam" />
+            <param name="select_oformat" value="SAM" />
+            <output name="output" file="9_markdup.expected.sam" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <!-- 10) test cram format -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="bamfile" value="10_markdup.sam" />
+            <param name="select_oformat" value="CRAM" />
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-Mark duplicate alignments from a coordinate sorted file that has been run through fixmate with the -m option. This program relies on the MC and ms tags that fixmate provides. 
+Mark duplicate alignments from a coordinate sorted file that has been run through fixmate with the -m option. This program relies on the MC and ms tags that fixmate provides.
 
-Note: The Galaxy tool sorts the data automatically if the input is SAM or query name sorted. 
+Note: The Galaxy tool sorts the data automatically if the input is SAM or query name sorted.
 The output is BAM (which is query name sorted again if the input is).
 
 The optional basic statistics output of samtools markdup can be visualized with MultiQC.
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Binary file test-data/10_markdup.expected.cram has changed
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Binary file test-data/1_markdup.expected.bam has changed
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+++ b/test-data/stats.txt	Tue Sep 28 16:14:29 2021 +0000
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-READ 16 WRITTEN 16 
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-DUPLICATE TOTAL 6
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+DUPLICATE TOTAL: 6
+ESTIMATED_LIBRARY_SIZE: 4
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+ctaagcctaagcctaagcctaagcctaagcctaagcctaagcctaagcct
diff -r a312a0fdaf31 -r d0a568e1904b test-data/test.fa.fai
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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+CHROMOSOME_I	100	14	50	51