Mercurial > repos > iuc > samtools_view

comparison test-data/test_22.sam @ 17:32dc5f781059 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_view commit 9c5a35ce695c3d134e41d8695487edd5f71ea33c
author iuc
date Sun, 08 Sep 2024 03:27:39 +0000
parents 2dce91e11ca7
children
comparison
equal deleted inserted replaced
16:2dce91e11ca7 17:32dc5f781059
1 @HD VN:1.4 SO:unsorted 1 @HD VN:1.4 SO:unsorted
2 @SQ SN:CHROMOSOME_I LN:100 2 @SQ SN:CHROMOSOME_I LN:100
3 @RG ID:UNKNOWN SM:UNKNOWN 3 @RG ID:UNKNOWN SM:UNKNOWN
4 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta5 4 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta5
5 @PG ID:0 CL:aaaaa/aaa/aaaaa/aaaaaa/aaaaaaaaa/aaa/iuc/package_aaaaaaaaa_x_y/aaaaaaaaaaaa/bin/aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.cram aa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.fa -O test PN:samtools VN:1.2 5 @PG ID:0 CL:aaaaa/aaa/aaaaa/aaaaaa/aaaaaaaaa/aaa/iuc/package_aaaaaaaaa_x_y/aaaaaaaaaaaa/bin/aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.cram aa /aaaa/aaaaa/aaa/aaaaaaaaaaaaaaaaaaa/tools/aaaaaaaaa/test-data/test.fa -O test PN:samtools VN:1.2
6 @PG ID:samtools PN:samtools PP:0 VN:1.15.1 CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 5206 --subsample 1.00000000 -o outfile infile 6 @PG ID:samtools PN:samtools PP:0 VN:1.20 CL:samtools view -@ 0 -h -f 0 -F 0 -G 0 --subsample-seed 23928 --subsample 1.00000000 -o outfile infile
7 SRR065390.14978392 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 AS:i:-18 XS:i:-18 YT:Z:UU 7 SRR065390.14978392 16 CHROMOSOME_I 2 1 27M1D73M * 0 0 CCTAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA #############################@B?8B?BA@@DDBCDDCBC@CDCDCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:1 XM:i:5 XN:i:0 XO:i:1 AS:i:-18 XS:i:-18 YT:Z:UU
8 SRR065390.921023 16 CHROMOSOME_I 3 12 100M * 0 0 CTAAGCCTAAATCTAAGCCTAACCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ###############################################???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:3 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:-6 XS:i:-13 YT:Z:UU 8 SRR065390.921023 16 CHROMOSOME_I 3 12 100M * 0 0 CTAAGCCTAAATCTAAGCCTAACCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ###############################################???88:;98768700000<>:BBA?BBAB?BBBBBBBB>B>BB::;?:00000 RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:3 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:-6 XS:i:-13 YT:Z:UU
9 SRR065390.1871511 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA <?@<@A8>0:BB@>B<=B@???@=8@B>BB@CA@DACDCBBCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU 9 SRR065390.1871511 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA <?@<@A8>0:BB@>B<=B@???@=8@B>BB@CA@DACDCBBCCCA@CCCCACCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU
10 SRR065390.3743423 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ##################?6@:7<=@3=@ABAAB>BDBBABADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU 10 SRR065390.3743423 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ##################?6@:7<=@3=@ABAAB>BDBBABADABDDDBDDBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU
11 SRR065390.4251890 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ###########@BB=BCBBC?B>B;>B@@ADBBB@DBBBBDCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU 11 SRR065390.4251890 16 CHROMOSOME_I 3 1 100M * 0 0 CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA ###########@BB=BCBBC?B>B;>B@@ADBBB@DBBBBDCCBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC RG:Z:UNKNOWN XG:i:0 XM:i:0 XN:i:0 XO:i:0 AS:i:0 XS:i:0 YT:Z:UU