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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/semibin commit aa9bfb2fb62547ee8bac34f0de5b3beaa0bfd1a4"
author iuc
date Fri, 14 Oct 2022 21:45:54 +0000
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+++ b/generate_sequence_features.xml	Fri Oct 14 21:45:54 2022 +0000
@@ -0,0 +1,275 @@
+<tool id="semibin_generate_sequence_features" name="SemiBin: Generate sequence features" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="@PROFILE@">
+    <description>
+        (kmer and abundance) as training data for semi-supervised deep learning model training
+    </description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="biotools"/>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <expand macro="version"/>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+#import re
+@BAM_FILES@
+@FASTA_FILES@
+
+SemiBin
+#if $mode.select == 'single' or $mode.select == 'co'
+    generate_sequence_features_single
+#else
+    generate_sequence_features_multi
+    --separator '$separator'
+#end if
+    --input-fasta 'contigs.fasta'
+    --input-bam *.bam
+    --output 'output'
+    --threads \${GALAXY_SLOTS:-1}
+    @MIN_LEN@
+#if str($ml_threshold) != ''
+    --ml-threshold $ml_threshold
+#end if
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <expand macro="mode_fasta_bam"/>
+        <expand macro="min_len"/>
+        <expand macro="ml-threshold"/>
+        <param name="extra_output" type="select" multiple="true" label="Extra outputs" help="In addition to the training data">
+            <option value="coverage">Coverage files</option>
+            <option value="contigs">Contigs (if multiple sample)</option>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <expand macro="data_output_single"/>
+        <expand macro="data_output_multi"/>
+        <expand macro="generate_sequence_features_extra_outputs"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test expect_num_outputs="4">
+            <conditional name="mode">
+                <param name="select" value="single"/>
+                <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_single.fasta"/>
+                <param name="input_bam" ftype="bam" value="input_single.bam"/>
+            </conditional>
+            <conditional name="min_len">
+                <param name="method" value="automatic"/>
+            </conditional>
+            <param name="ml_threshold" value="4000"/>
+            <param name="extra_output" value="coverage"/>
+            <output name="single_data" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="41"/>
+                    <has_text text="g1k_0"/>
+                    <has_text text="g4k_9"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="single_data_split" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="81"/>
+                    <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    <has_text text="g3k_2_2"/>
+                    <has_text text="g4k_7_2"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="single_cov" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="41"/>
+                    <has_text text="g1k_0"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="single_split_cov" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="1" delta="1"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="4">
+            <conditional name="mode">
+                <param name="select" value="co"/>
+                <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_single.fasta"/>
+                <param name="input_bam" ftype="bam" value="input_coassembly_sorted1.bam,input_coassembly_sorted2.bam,input_coassembly_sorted3.bam,input_coassembly_sorted4.bam,input_coassembly_sorted5.bam"/>
+            </conditional>
+            <conditional name="min_len">
+                <param name="method" value="automatic"/>
+            </conditional>
+            <param name="ml_threshold" value="4000"/>
+            <param name="extra_output" value="coverage"/>
+            <output name="single_data" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="41"/>
+                    <has_text text="g1k_0"/>
+                    <has_text text="g4k_9"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="single_data_split" ftype="csv">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_lines n="81"/>
+                    <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    <has_text text="g3k_2_2"/>
+                    <has_text text="g4k_7_2"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output_collection name="co_cov" count="5">
+                <element name="0" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="41"/>
+                        <has_text text="g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="4" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="41"/>
+                        <has_text text="g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="co_split_cov" count="5">
+                <element name="0" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="81"/>
+                        <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="4" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="81"/>
+                        <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="7">
+            <conditional name="mode">
+                <param name="select" value="multi"/>
+                <conditional name="multi_fasta">
+                    <param name="select" value="concatenated"/>
+                    <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="input_multi.fasta.gz"/>
+                </conditional>
+                <param name="input_bam" ftype="bam" value="input_multi_sorted1.bam,input_multi_sorted2.bam,input_multi_sorted3.bam,input_multi_sorted4.bam,input_multi_sorted5.bam,input_multi_sorted6.bam,input_multi_sorted7.bam,input_multi_sorted8.bam,input_multi_sorted9.bam,input_multi_sorted10.bam"/>
+            </conditional>
+            <conditional name="min_len">
+                <param name="method" value="automatic"/>
+            </conditional>
+            <param name="ml_threshold" value="4000"/>
+            <param name="extra_output" value="coverage,contigs"/>
+            <output_collection name="multi_data" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="21"/>
+                        <has_text text="g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_data_split" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="41"/>
+                        <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_cov" count="10">
+                <element name="0" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="201"/>
+                        <has_text text="S1:g1k_5"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="9" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="201"/>
+                        <has_text text="S1:g1k_5"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_cov_sample" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="21"/>
+                        <has_text text="g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_split_cov" count="10">
+                <element name="1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="401"/>
+                        <has_text text="S1:g1k_5_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="9" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="401"/>
+                        <has_text text="S1:g1k_5_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_split_cov_sample" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="41"/>
+                        <has_text text="g1k_5_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_contigs" count="10">
+                <element name="S1" ftype="fasta">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="S9" ftype="fasta">
+                    <assert_contents>
+                        <has_text text=">g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="2">
+            <conditional name="mode">
+                <param name="select" value="multi"/>
+                <conditional name="multi_fasta">
+                    <param name="select" value="multi"/>
+                    <param name="input_fasta" ftype="fasta" value="S1.fasta,S2.fasta,S3.fasta,S4.fasta,S5.fasta,S6.fasta,S7.fasta,S8.fasta,S9.fasta,S10.fasta"/>
+                </conditional>
+                <param name="input_bam" ftype="bam" value="input_multi_sorted1.bam,input_multi_sorted2.bam,input_multi_sorted3.bam,input_multi_sorted4.bam,input_multi_sorted5.bam,input_multi_sorted6.bam,input_multi_sorted7.bam,input_multi_sorted8.bam,input_multi_sorted9.bam,input_multi_sorted10.bam"/>
+            </conditional>
+            <conditional name="min_len">
+                <param name="method" value="automatic"/>
+            </conditional>
+            <param name="ml_threshold" value="4000"/>
+            <output_collection name="multi_data" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="21"/>
+                        <has_text text="g1k_0"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+            <output_collection name="multi_data_split" count="10">
+                <element name="S1" ftype="csv">
+                    <assert_contents>
+                        <has_n_lines n="41"/>
+                        <has_text text="g1k_0_1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+@HELP_HEADER@
+
+This tool generates sequence features (kmer and abundance) as training data for semi-supervised deep learning model training.
+
+Inputs
+======
+
+@HELP_INPUT_FASTA@
+
+Outputs
+=======
+
+@HELP_DATA@
+
+    ]]></help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
\ No newline at end of file
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+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.1.1</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <token name="@PROFILE@">21.01</token>
+    <xml name="biotools">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">semibin</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">semibin</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="version">
+        <version_command>SemiBin -v</version_command>
+    </xml>
+    <xml name="mode_fasta_bam">
+        <conditional name="mode">
+            <expand macro="mode_select"/>
+            <when value="single">
+                <expand macro="input-fasta-single"/>
+                <expand macro="input-bam-single"/>
+            </when>
+            <when value="co">
+                <expand macro="input-fasta-single"/>
+                <expand macro="input-bam-multi"/>
+            </when>
+            <when value="multi">
+                <expand macro="input-fasta-multi"/>
+                <expand macro="input-bam-multi"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mode_fasta">
+        <conditional name="mode">
+            <expand macro="mode_select"/>
+            <when value="single">
+                <expand macro="input-fasta-single"/>
+            </when>
+            <when value="co">
+                <expand macro="input-fasta-single"/>
+            </when>
+            <when value="multi">
+                <expand macro="input-fasta-multi"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mode_select">
+        <param name="select" type="select" label="Binning mode">
+            <option value="single" selected="true">Single sample binning (each sample is assembled and binned independently)</option>
+            <option value="co">Co-assembly binning (samples are co-assembled together and binned together)</option>
+            <option value="multi">Multi-sample binning (multiple samples are assembled and binned individually, but information from multiple samples is used together)</option>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="input-fasta-single">
+        <param argument="--input-fasta" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Contig sequences"/>
+    </xml>
+    <xml name="input-fasta-multi">
+        <conditional name="multi_fasta">
+            <param name="select" type="select" label="Contig files of the samples">
+                <option value="concatenated" selected="true">1 concatenated file (created using the dedicated tool) with all sample contigs </option>
+                <option value="multi">1 contig file per sample</option>
+            </param>
+            <when value="concatenated">
+                <param argument="--input-fasta" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Combined contig sequences"/>
+                <expand macro="separator"/>
+            </when>
+            <when value="multi">
+                <param argument="--input-fasta" type="data" multiple="true" format="fasta,fasta.gz" label="Contig sequences"/>
+                <expand macro="concat_min_len"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="concat_min_len">
+        <param name="min_len" type="integer" min="0" value="0" label="Minimal length for contigs to be kept"/>
+    </xml>
+    <token name="@SINGLE_FASTA_FILES@"><![CDATA[
+#if $input_fasta.ext.endswith(".gz")
+gunzip -c '$input_fasta' > 'contigs.fasta' &&
+#else
+ln -s '$input_fasta' 'contigs.fasta' &&
+#end if
+    ]]></token>
+    <token name="@FASTA_FILES@"><![CDATA[
+#if $mode.select == 'single' or $mode.select == 'co'
+    #if $mode.input_fasta.ext.endswith(".gz")
+gunzip -c '$mode.input_fasta' > 'contigs.fasta' &&
+    #else
+ln -s '$mode.input_fasta' 'contigs.fasta' &&
+    #end if
+#else
+    #if $mode.multi_fasta.select == 'concatenated'
+        #if $mode.multi_fasta.input_fasta.ext.endswith(".gz")
+gunzip -c '$mode.multi_fasta.input_fasta' > 'contigs.fasta' &&
+        #else
+ln -s '$mode.multi_fasta.input_fasta' 'contigs.fasta' &&
+        #end if
+#set $separator = $mode.multi_fasta.separator
+    #else
+        #for $e in $mode.multi_fasta.input_fasta
+            #set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($e.element_identifier))
+            #if $e.ext.endswith(".gz")
+gunzip -c '$e' > '${identifier}.fasta' &&
+            #else
+ln -s '$e' '${identifier}.fasta' &&
+            #end if
+        #end for
+#set $separator = ':'
+SemiBin concatenate_fasta
+    --input-fasta *.fasta
+    --output 'output'
+    --separator '$separator'
+    -m $mode.multi_fasta.min_len
+&&
+ln -s 'output/concatenated.fa' 'contigs.fasta' &&
+    #end if
+#end if
+    ]]></token>
+    <xml name="separator">
+        <param argument="--separator" type="text" value=":" label="Separator in the contig file between sample name and contig name"/>
+    </xml>
+    <xml name="input-bam-single">
+        <param argument="--input-bam" type="data" format="bam" label="Read mapping to the contigs" help="Sorted BAM files"/>
+    </xml>
+    <xml name="input-bam-multi">
+        <param argument="--input-bam" type="data" format="bam" multiple="true" label="Read mapping to the contigs" help="One file per sample, sorted BAM files"/>
+    </xml>
+    <token name="@BAM_FILES@"><![CDATA[
+#if $mode.select == 'single'
+#set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($input_bam.element_identifier))
+ln -s '$input_bam' '${identifier}.bam' &&
+#else
+    #for $e in $input_bam
+        #set $identifier = re.sub('[^\s\w\-\\.]', '_', str($e.element_identifier))
+ln -s '$e' '${identifier}.bam' &&
+    #end for
+#end if
+    ]]></token>
+    <xml name="ref_select">
+        <param name="select" type="select" label="Reference database">
+            <option value="cached" selected="true">Cached database</option>
+            <option value="taxonomy">Pre-computed taxonomy</option>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="cached_db">
+        <param name="cached_db" label="Cached databases" type="select">
+            <options from_data_table="gtdb">
+                <validator message="No GTDB database is available" type="no_options" />
+            </options>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="ref-single">
+        <conditional name="ref">
+            <expand macro="ref_select"/>
+            <when value="cached">
+                <expand macro="cached_db"/>
+            </when>
+            <when value="taxonomy">
+                <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="ref-multi">
+        <conditional name="ref">
+            <expand macro="ref_select"/>
+            <when value="cached">
+                <expand macro="cached_db"/>
+            </when>
+            <when value="taxonomy">
+                <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" multiple="true" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file" help="One per bin file"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="ref_single">
+        <conditional name="ref">
+            <expand macro="ref_select"/>
+            <when value="cached">
+                <expand macro="cached_db"/>
+            </when>
+            <when value="taxonomy">
+                <param argument="--taxonomy-annotation-table" type="data" format="tabular" label="Pre-computed mmseqs2 format taxonomy TSV file"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="min_len">
+        <conditional name="min_len">
+            <param name="method" type="select" label="Method to set up the minimal length for contigs in binning">
+                <option value="automatic">Automatic</option>
+                <option value="min-len">Manual</option>
+                <option value="ratio">Computation based on ratio of the number of base pairs</option>
+            </param>
+            <when value="automatic"/>
+            <when value="min-len">
+                <param argument="--min-len" type="integer" min="0" value="0" label="Minimal length for contigs in binning"/>
+            </when>
+            <when value="ratio">
+                <param argument="--ratio" type="float" min="0" max="1" value="0.05" label="Ratio of the number of base pairs of contigs between 1000-2500 bp below which the minimal length will be set as 1000bp, otherwise 2500bp."/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <token name="@MIN_LEN@"><![CDATA[
+#if $min_len.method == 'min-len'
+    --min-len $min_len.min_len
+#else if $min_len.method == 'ratio'
+    --ratio $min_len.ratio
+#end if
+    ]]></token>
+    <xml name="random-seed">
+        <param argument="--random-seed" type="integer" min="0" value="0" label="Random seed to reproduce result"/>
+    </xml>
+    <xml name="ml-threshold">
+        <param argument="--ml-threshold" type="integer" min="0" value="" optional="true" label="Length threshold for generating must-link constraints" help="If no value is given, the threshold is calculated from the contig, and the default minimum value is 4,000 bp."/>
+    </xml>
+    <xml name="epoches">
+        <param argument="--epoches" type="integer" min="0" value="20" label="Number of epoches used in the training process"/>
+    </xml>
+    <xml name="batch-size">
+        <param argument="--batch-size" type="integer" min="0" value="2048" label="Batch size used in the training process"/>
+    </xml>
+    <xml name="orf-finder">
+        <param argument="--orf-finder" type="select" label="ORF finder used to estimate the number of bins">
+            <option value="prodigal" selected="true">Prodigal</option>
+            <option value="fraggenescan">Fraggenescan</option>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="max-node">
+        <param argument="--max-node" type="float" min="0" max="1" value="1" label="Fraction of contigs that considered to be binned"/>
+    </xml>
+    <xml name="max-edges">
+        <param argument="--max-edges" type="integer" min="0" value="200" label="Maximum number of edges that can be connected to one contig"/>
+    </xml>
+    <xml name="environment">
+        <param argument="--environment" type="select" optional="true" label="Environment for the built-in model">
+            <option value="" selected="true">None</option>
+            <option value="human_gut">Human gut</option>
+            <option value="dog_gut">Dog gut</option>
+            <option value="ocean">Ocean</option>
+            <option value="soil">Soil</option>
+            <option value="cat_gut">Cat gut</option>
+            <option value="human_oral">Human oral</option>
+            <option value="mouse_gut">Mouse gut</option>
+            <option value="pig_gut">Pig gut</option>
+            <option value="built_environment">Built environment</option>
+            <option value="wastewater">Wastewater</option>
+            <option value="global">Global</option>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="minfasta-kbs">
+        <param argument="--minfasta-kbs" type="integer" min="0" value="200" label="Miminimum bin size in Kbps"/>
+    </xml>
+    <xml name="no-recluster">
+        <param argument="--no-recluster" type="boolean" truevalue="--no-recluster" falsevalue="" checked="false" label="Do not recluster bins?"/>
+    </xml>
+    <xml name="data">
+        <param argument="--data" type="data" format="csv" label="Train data"/>
+    </xml>
+    <xml name="data_output_single">
+        <data name="single_data" format="csv" from_work_dir="output/data.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Training data">
+            <filter>mode["select"]=="single" or mode["select"]=="co"</filter>
+        </data>
+        <data name="single_data_split" format="csv" from_work_dir="output/data_split.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Split training data">
+            <filter>mode["select"]=="single" or mode["select"]=="co"</filter>
+        </data>
+    </xml>
+    <xml name="data_output_multi">
+        <collection name="multi_data" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Training data per sample">
+            <filter>mode["select"]=="multi"</filter>
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.*)\/data.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/>
+        </collection>
+        <collection name="multi_data_split" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Split training data per sample">
+            <filter>mode["select"]=="multi"</filter>
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.*)\/data_split.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/>
+        </collection>
+    </xml>
+    <xml name="generate_sequence_features_extra_outputs">
+        <data name="single_cov" format="csv" from_work_dir="output/*_data_cov.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage">
+            <filter>mode["select"]=="single" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+        </data>
+        <data name="single_split_cov" format="csv" from_work_dir="output/*_data_split_cov.csv" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data)">
+            <filter>mode["select"]=="single" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+        </data>
+        <collection name="co_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage">
+            <filter>mode["select"]=="co" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P&lt;designation&gt;.*)_data_cov\.csv" format="csv" directory="output/" />
+        </collection>
+        <collection name="co_split_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample">
+            <filter>mode["select"]=="co" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P&lt;designation&gt;.*)_data_split_cov\.csv" format="csv" directory="output/" />
+        </collection>
+        <collection name="multi_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage">
+            <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P&lt;designation&gt;.*)_data_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" />
+        </collection>
+        <collection name="multi_cov_sample" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage per sample">
+            <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.*)\/data_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/>
+        </collection>
+        <collection name="multi_split_cov" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample">
+            <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern=".*\.bam_(?P&lt;designation&gt;.*)_data_split_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" />
+        </collection>
+        <collection name="multi_split_cov_sample" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Coverage (split data) per sample">
+            <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "coverage" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.*)\/data_split_cov.csv" format="csv" directory="output/samples/" recurse="true" match_relative_path="true"/>
+        </collection>
+        <collection name="multi_contigs" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs">
+            <filter>mode["select"]=="multi" and extra_output and "contigs" in extra_output</filter>
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;designation&gt;.*).fa" format="fasta" directory="output/samples/" />
+        </collection>
+    </xml>
+    <xml name="train_output">
+        <data name="model" format="h5" from_work_dir="output/model.h5" label="${tool.name} on ${on_string}: Semi-supervised deep learning model" />
+    </xml>
+    <xml name="cannot_link_output">
+        <data name="cannot" format="txt" from_work_dir="output/cannot/cannot.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Cannot-link constraints" />
+    </xml>
+    <token name="@HELP_HEADER@"><![CDATA[
+What it does
+============
+
+SemiBin is a Semi-supervised siamese neural network for metagenomic binning
+
+]]></token>
+    <token name="@HELP_INPUT_FASTA@"><![CDATA[
+- Contigs in fasta for 1 or several samples from single or co-assembly
+]]></token>
+    <token name="@HELP_INPUT_BAM@"><![CDATA[
+- BAM with reads mapping to the contigs
+]]></token>
+    <token name="@HELP_CANNOT@"><![CDATA[
+- Cannot-link constraints
+]]></token>
+    <token name="@HELP_DATA@"><![CDATA[
+- Training data and split training data for the model
+]]></token>
+    <token name="@HELP_MODEL@"><![CDATA[
+- Semi-supervised deep learning model
+]]></token>
+    <token name="@HELP_BINS@"><![CDATA[
+- Reconstructed bins after reclustering
+- Reconstructed bins before reclustering
+]]></token>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1038/s41467-022-29843-y</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/S1.fasta	Fri Oct 14 21:45:54 2022 +0000
@@ -0,0 +1,13400 @@
+>g1k_0
+ATGGCTAATAATTATCAAACTTTATATGATTCAGCAATAAAAAGGATTCCATACGATCTT
+ATTTCTGATCAAGCTTATGCAATTCTACAAAATGCTAAAACTCATAAAGTTTGCGATGGT
+GTTTTATATATAATTGTAGCCAATGCCTTTGAAAAAAGTATTATTAACGGTAATTTTATT
+AACATTATTTCTAAATATCTAAGCGAAGAATTCAAAAAGGAAAATATTGTTAATTTTGAA
+TTTATTATAGACAATGAAAAATTATTAATTAATAGCAATTTTTTAATTAAAGAAACTAAT
+ATTAAAAATCGTTTTAATTTTAGTGATGAACTTTTACGTTACAATTTTAACAATTTAGTA
+ATTAGTAATTTTAATCAAAAAGCGATTAAGGCGATTGAAAATTTATTTTCAAATAACTAT
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+TTTCATAATCGAATTATTTCGAGATTAGCGTCAGGTTTGCAGTGTAAAATTTCTCAACCC
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+125	|	Leptospira interrogans	|	-	|	scientific name	|
+126	|	Propionibacteriales	|	-	|	scientific name	|
+127	|	Propionibacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
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+129	|	Cutibacterium acnes	|	-	|	scientific name	|
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+132	|	Bifidobacterium	|	-	|	scientific name	|
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+134	|	Bacillus A anthracis	|	-	|	scientific name	|
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+141	|	Acinetobacter pittii	|	-	|	scientific name	|
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+340	|	Yersinia ruckeri	|	-	|	scientific name	|
+341	|	Citrobacter braakii	|	-	|	scientific name	|
+342	|	Chlamydophila	|	-	|	scientific name	|
+343	|	Chlamydophila psittaci	|	-	|	scientific name	|
+344	|	Limosilactobacillus fermentum	|	-	|	scientific name	|
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+349	|	Mesorhizobium sp002294985	|	-	|	scientific name	|
+350	|	Raoultella	|	-	|	scientific name	|
+351	|	Raoultella ornithinolytica	|	-	|	scientific name	|
+352	|	Mycobacterium chelonae	|	-	|	scientific name	|
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+354	|	Mesorhizobium wenxiniae	|	-	|	scientific name	|
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+356	|	Cyanobacteriia	|	-	|	scientific name	|
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+358	|	Cyanobiaceae	|	-	|	scientific name	|
+359	|	Prochlorococcus A	|	-	|	scientific name	|
+360	|	Prochlorococcus A sp000635495	|	-	|	scientific name	|
+361	|	Enterococcus B hirae	|	-	|	scientific name	|
+362	|	Pantoea	|	-	|	scientific name	|
+363	|	Pantoea ananatis	|	-	|	scientific name	|
+364	|	Xanthomonas fragariae	|	-	|	scientific name	|
+365	|	Xanthomonas campestris	|	-	|	scientific name	|
+366	|	Lactobacillus helveticus	|	-	|	scientific name	|
+367	|	Micrococcaceae	|	-	|	scientific name	|
+368	|	Micrococcus	|	-	|	scientific name	|
+369	|	Micrococcus luteus	|	-	|	scientific name	|
+370	|	Streptococcus thermophilus	|	-	|	scientific name	|
+371	|	Streptococcus dysgalactiae	|	-	|	scientific name	|
+372	|	Staphylococcus lugdunensis	|	-	|	scientific name	|
+373	|	Pseudomonas E syringae M	|	-	|	scientific name	|
+374	|	Mesorhizobium muleiense	|	-	|	scientific name	|
+375	|	Pseudomonas E chlororaphis F	|	-	|	scientific name	|
+376	|	Vibrio breoganii	|	-	|	scientific name	|
+377	|	Chromatiales	|	-	|	scientific name	|
+378	|	Sedimenticolaceae	|	-	|	scientific name	|
+379	|	GCF-000787395	|	-	|	scientific name	|
+380	|	GCF-000787395 sp000787395	|	-	|	scientific name	|
+381	|	Ralstonia	|	-	|	scientific name	|
+382	|	Ralstonia solanacearum	|	-	|	scientific name	|
+383	|	Stenotrophomonas maltophilia AK	|	-	|	scientific name	|
+384	|	Streptococcus gordonii	|	-	|	scientific name	|
+385	|	Staphylococcus A	|	-	|	scientific name	|
+386	|	Staphylococcus A sciuri	|	-	|	scientific name	|
+387	|	Bifidobacterium adolescentis	|	-	|	scientific name	|
+388	|	Streptococcus suis W	|	-	|	scientific name	|
+389	|	Chlamydophila abortus	|	-	|	scientific name	|
+390	|	Rhizobium leguminosarum	|	-	|	scientific name	|
+391	|	Aeromonas caviae	|	-	|	scientific name	|
+392	|	Lactococcus lactis E	|	-	|	scientific name	|
+393	|	Burkholderia vietnamiensis	|	-	|	scientific name	|
+394	|	Microbacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
+395	|	Rathayibacter	|	-	|	scientific name	|
+396	|	Rathayibacter sp002930885	|	-	|	scientific name	|
+397	|	Achromobacter	|	-	|	scientific name	|
+398	|	Achromobacter xylosoxidans	|	-	|	scientific name	|
+399	|	Salmonella houtenae	|	-	|	scientific name	|
+400	|	Rhodobacterales	|	-	|	scientific name	|
+401	|	Rhodobacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+402	|	Epibacterium	|	-	|	scientific name	|
+403	|	Epibacterium mobile	|	-	|	scientific name	|
+404	|	Morganella	|	-	|	scientific name	|
+405	|	Morganella morganii	|	-	|	scientific name	|
+406	|	Pseudomonas E sp002966775	|	-	|	scientific name	|
+407	|	Lachnospirales	|	-	|	scientific name	|
+408	|	Lachnospiraceae	|	-	|	scientific name	|
+409	|	Agathobacter	|	-	|	scientific name	|
+410	|	Agathobacter rectalis	|	-	|	scientific name	|
+411	|	Streptococcus salivarius	|	-	|	scientific name	|
+412	|	Bacillus safensis	|	-	|	scientific name	|
+413	|	Streptococcus sobrinus	|	-	|	scientific name	|
+414	|	Streptococcus sanguinis	|	-	|	scientific name	|
+415	|	Streptococcus pseudopneumoniae	|	-	|	scientific name	|
+416	|	Macrococcus B	|	-	|	scientific name	|
+417	|	Macrococcus B caseolyticus	|	-	|	scientific name	|
+418	|	Ralstonia pseudosolanacearum	|	-	|	scientific name	|
+419	|	Paeniclostridium	|	-	|	scientific name	|
+420	|	Paeniclostridium sordellii	|	-	|	scientific name	|
+421	|	Escherichia marmotae	|	-	|	scientific name	|
+422	|	Mycobacterium intracellulare	|	-	|	scientific name	|
+423	|	Enterococcus D	|	-	|	scientific name	|
+424	|	Enterococcus D casseliflavus	|	-	|	scientific name	|
+425	|	Pseudomonas A stutzeri AG	|	-	|	scientific name	|
+426	|	Pseudomonas E protegens	|	-	|	scientific name	|
+427	|	Pectobacterium	|	-	|	scientific name	|
+428	|	Pectobacterium carotovorum	|	-	|	scientific name	|
+429	|	Vibrio alginolyticus	|	-	|	scientific name	|
+430	|	Latilactobacillus	|	-	|	scientific name	|
+431	|	Latilactobacillus sakei	|	-	|	scientific name	|
+432	|	Streptomyces rimosus	|	-	|	scientific name	|
+433	|	Enterobacter ludwigii	|	-	|	scientific name	|
+434	|	Escherichia coli C	|	-	|	scientific name	|
+435	|	Xanthomonas translucens	|	-	|	scientific name	|
+436	|	Campylobacter D coli B	|	-	|	scientific name	|
+437	|	Micromonosporaceae	|	-	|	scientific name	|
+438	|	Micromonospora	|	-	|	scientific name	|
+439	|	Micromonospora arenicola	|	-	|	scientific name	|
+440	|	Pantoea agglomerans	|	-	|	scientific name	|
+441	|	Leptospira borgpetersenii	|	-	|	scientific name	|
+442	|	Deinococcota	|	-	|	scientific name	|
+443	|	Deinococci	|	-	|	scientific name	|
+444	|	Deinococcales	|	-	|	scientific name	|
+445	|	Thermaceae	|	-	|	scientific name	|
+446	|	Thermus	|	-	|	scientific name	|
+447	|	Thermus scotoductus	|	-	|	scientific name	|
+448	|	Bifidobacterium vaginale	|	-	|	scientific name	|
+449	|	Cronobacter malonaticus	|	-	|	scientific name	|
+450	|	Bacillus pumilus	|	-	|	scientific name	|
+451	|	Streptococcus anginosus	|	-	|	scientific name	|
+452	|	Mesorhizobium sp006442685	|	-	|	scientific name	|
+453	|	Serratia ureilytica	|	-	|	scientific name	|
+454	|	Staphylococcus warneri	|	-	|	scientific name	|
+455	|	Enterobacter bugandensis	|	-	|	scientific name	|
+456	|	Lactobacillus johnsonii	|	-	|	scientific name	|
+457	|	Fusobacteriota	|	-	|	scientific name	|
+458	|	Fusobacteriia	|	-	|	scientific name	|
+459	|	Fusobacteriales	|	-	|	scientific name	|
+460	|	Fusobacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
+461	|	Fusobacterium C	|	-	|	scientific name	|
+462	|	Fusobacterium C necrophorum	|	-	|	scientific name	|
+463	|	Sinorhizobium medicae	|	-	|	scientific name	|
+464	|	Corynebacterium glutamicum	|	-	|	scientific name	|
+465	|	Ruminococcus B	|	-	|	scientific name	|
+466	|	Ruminococcus B gnavus	|	-	|	scientific name	|
+467	|	Glaesserella	|	-	|	scientific name	|
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+469	|	Burkholderia thailandensis	|	-	|	scientific name	|
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+472	|	Leptospira santarosai	|	-	|	scientific name	|
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+479	|	UBA2013 sp003489145	|	-	|	scientific name	|
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+529	|	Hyphomonas	|	-	|	scientific name	|
+530	|	Hyphomonas sp000682775	|	-	|	scientific name	|
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+534	|	Cronobacter dublinensis	|	-	|	scientific name	|
+535	|	Enterobacter sesami	|	-	|	scientific name	|
+536	|	Neisseria lactamica	|	-	|	scientific name	|
+537	|	Mesorhizobium ciceri	|	-	|	scientific name	|
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+539	|	Staphylococcus xylosus	|	-	|	scientific name	|
+540	|	Bacillus paralicheniformis	|	-	|	scientific name	|
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+543	|	Riemerella anatipestifer	|	-	|	scientific name	|
+544	|	Oscillospirales	|	-	|	scientific name	|
+545	|	Ruminococcaceae	|	-	|	scientific name	|
+546	|	Ruminococcus D	|	-	|	scientific name	|
+547	|	Ruminococcus D bicirculans	|	-	|	scientific name	|
+548	|	Leptospira kirschneri	|	-	|	scientific name	|
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+550	|	Microcystaceae	|	-	|	scientific name	|
+551	|	Microcystis	|	-	|	scientific name	|
+552	|	Microcystis panniformis	|	-	|	scientific name	|
+553	|	Helicobacter C	|	-	|	scientific name	|
+554	|	Helicobacter C cinaedi	|	-	|	scientific name	|
+555	|	Rhodococcus fascians	|	-	|	scientific name	|
+556	|	Pectobacterium brasiliense	|	-	|	scientific name	|
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+564	|	Streptococcus oralis	|	-	|	scientific name	|
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+566	|	Prevotella intermedia	|	-	|	scientific name	|
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+572	|	Clostridium butyricum	|	-	|	scientific name	|
+573	|	Citrobacter portucalensis	|	-	|	scientific name	|
+574	|	Coriobacteriia	|	-	|	scientific name	|
+575	|	Coriobacteriales	|	-	|	scientific name	|
+576	|	Eggerthellaceae	|	-	|	scientific name	|
+577	|	Eggerthella	|	-	|	scientific name	|
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+579	|	Acinetobacter ursingii	|	-	|	scientific name	|
+580	|	Chlamydia suis	|	-	|	scientific name	|
+581	|	Acutalibacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+582	|	Ruminococcus E	|	-	|	scientific name	|
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+590	|	Bacteroides stercoris	|	-	|	scientific name	|
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+600	|	Paenibacillus	|	-	|	scientific name	|
+601	|	Paenibacillus odorifer	|	-	|	scientific name	|
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+616	|	Empedobacter falsenii	|	-	|	scientific name	|
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+619	|	Parabacteroides merdae	|	-	|	scientific name	|
+620	|	Curtobacterium	|	-	|	scientific name	|
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+622	|	Stenotrophomonas maltophilia A	|	-	|	scientific name	|
+623	|	Pseudomonas E mandelii	|	-	|	scientific name	|
+624	|	Fusicatenibacter	|	-	|	scientific name	|
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+627	|	Campylobacter A concisus C	|	-	|	scientific name	|
+628	|	Staphylococcus cohnii	|	-	|	scientific name	|
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+631	|	Serratia marcescens	|	-	|	scientific name	|
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+635	|	Methylopumilus universalis	|	-	|	scientific name	|
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+638	|	Carnobacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
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+640	|	Carnobacterium maltaromaticum	|	-	|	scientific name	|
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+644	|	Corynebacterium striatum	|	-	|	scientific name	|
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+646	|	Stenotrophomonas geniculata	|	-	|	scientific name	|
+647	|	Bacteroides xylanisolvens	|	-	|	scientific name	|
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+650	|	RAAP-2	|	-	|	scientific name	|
+651	|	RAAP-2	|	-	|	scientific name	|
+652	|	RAAP-2 sp003138815	|	-	|	scientific name	|
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+655	|	Sharpea azabuensis	|	-	|	scientific name	|
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+658	|	Bifidobacterium infantis	|	-	|	scientific name	|
+659	|	Agrobacterium sp900473305	|	-	|	scientific name	|
+660	|	Piscirickettsiales	|	-	|	scientific name	|
+661	|	Piscirickettsiaceae	|	-	|	scientific name	|
+662	|	Piscirickettsia	|	-	|	scientific name	|
+663	|	Piscirickettsia salmonis	|	-	|	scientific name	|
+664	|	Pseudoalteromonas	|	-	|	scientific name	|
+665	|	Pseudoalteromonas agarivorans	|	-	|	scientific name	|
+666	|	Haemophilus haemolyticus	|	-	|	scientific name	|
+667	|	Photobacterium angustum	|	-	|	scientific name	|
+668	|	Prevotella copri	|	-	|	scientific name	|
+669	|	Leuconostoc pseudomesenteroides	|	-	|	scientific name	|
+670	|	Rhodococcus erythropolis	|	-	|	scientific name	|
+671	|	Lonsdalea	|	-	|	scientific name	|
+672	|	Lonsdalea populi	|	-	|	scientific name	|
+673	|	Clostridium J	|	-	|	scientific name	|
+674	|	Clostridium J sulfidigenes	|	-	|	scientific name	|
+675	|	Bacillus marinus	|	-	|	scientific name	|
+676	|	Bog-793	|	-	|	scientific name	|
+677	|	Fen-455	|	-	|	scientific name	|
+678	|	Fen-455 sp003140595	|	-	|	scientific name	|
+679	|	Anaplasmataceae	|	-	|	scientific name	|
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+681	|	Wolbachia sp000008025	|	-	|	scientific name	|
+682	|	Enterococcus D sp002850555	|	-	|	scientific name	|
+683	|	Bifidobacterium vaginale G	|	-	|	scientific name	|
+684	|	Gallibacterium	|	-	|	scientific name	|
+685	|	Gallibacterium anatis	|	-	|	scientific name	|
+686	|	Enterococcus E	|	-	|	scientific name	|
+687	|	Enterococcus E cecorum	|	-	|	scientific name	|
+688	|	Limosilactobacillus reuteri D	|	-	|	scientific name	|
+689	|	Pseudomonas E chlororaphis	|	-	|	scientific name	|
+690	|	Ensifer	|	-	|	scientific name	|
+691	|	Ensifer adhaerens	|	-	|	scientific name	|
+692	|	Streptomyces californicus	|	-	|	scientific name	|
+693	|	Anaplasma	|	-	|	scientific name	|
+694	|	Anaplasma phagocytophilum	|	-	|	scientific name	|
+695	|	Bacillus A mobilis	|	-	|	scientific name	|
+696	|	Planococcaceae	|	-	|	scientific name	|
+697	|	Lysinibacillus	|	-	|	scientific name	|
+698	|	Lysinibacillus fusiformis	|	-	|	scientific name	|
+699	|	RAAP-2 sp003155915	|	-	|	scientific name	|
+700	|	Rhizobium rhizogenes	|	-	|	scientific name	|
+701	|	Hafnia	|	-	|	scientific name	|
+702	|	Hafnia paralvei	|	-	|	scientific name	|
+703	|	Rhodothermia	|	-	|	scientific name	|
+704	|	Balneolales	|	-	|	scientific name	|
+705	|	Balneolaceae	|	-	|	scientific name	|
+706	|	Balneola	|	-	|	scientific name	|
+707	|	Balneola sp002364085	|	-	|	scientific name	|
+708	|	Corynebacterium amycolatum	|	-	|	scientific name	|
+709	|	Burkholderia gladioli	|	-	|	scientific name	|
+710	|	Ochrobactrum A	|	-	|	scientific name	|
+711	|	Ochrobactrum A pseudogrignonense	|	-	|	scientific name	|
+712	|	SAR86	|	-	|	scientific name	|
+713	|	D2472	|	-	|	scientific name	|
+714	|	D2472	|	-	|	scientific name	|
+715	|	D2472 sp002358345	|	-	|	scientific name	|
+716	|	Bifidobacterium sp002884815	|	-	|	scientific name	|
+717	|	Stenotrophomonas indicatrix	|	-	|	scientific name	|
+718	|	Staphylococcus agnetis	|	-	|	scientific name	|
+719	|	Borreliella garinii	|	-	|	scientific name	|
+720	|	Lactobacillus taiwanensis	|	-	|	scientific name	|
+721	|	Mycoplasmataceae	|	-	|	scientific name	|
+722	|	Mycoplasma	|	-	|	scientific name	|
+723	|	Mycoplasma capri	|	-	|	scientific name	|
+724	|	Sphingobium	|	-	|	scientific name	|
+725	|	Sphingobium yanoikuyae	|	-	|	scientific name	|
+726	|	Campylobacter lanienae	|	-	|	scientific name	|
+727	|	Clostridium beijerinckii	|	-	|	scientific name	|
+728	|	Anoxybacillaceae	|	-	|	scientific name	|
+729	|	Geobacillus	|	-	|	scientific name	|
+730	|	Geobacillus thermoleovorans	|	-	|	scientific name	|
+731	|	Brachyspirae	|	-	|	scientific name	|
+732	|	Brachyspirales	|	-	|	scientific name	|
+733	|	Brachyspiraceae	|	-	|	scientific name	|
+734	|	Brachyspira	|	-	|	scientific name	|
+735	|	Brachyspira hyodysenteriae	|	-	|	scientific name	|
+736	|	Rhizobium phaseoli	|	-	|	scientific name	|
+737	|	Fusobacterium	|	-	|	scientific name	|
+738	|	Fusobacterium animalis	|	-	|	scientific name	|
+739	|	Clostridium F sporogenes	|	-	|	scientific name	|
+740	|	Lentilactobacillus	|	-	|	scientific name	|
+741	|	Lentilactobacillus parabuchneri	|	-	|	scientific name	|
+742	|	Acetobacterales	|	-	|	scientific name	|
+743	|	Acetobacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+744	|	Acetobacter	|	-	|	scientific name	|
+745	|	Acetobacter pasteurianus	|	-	|	scientific name	|
+746	|	Rathayibacter rathayi	|	-	|	scientific name	|
+747	|	Weissella	|	-	|	scientific name	|
+748	|	Weissella cibaria	|	-	|	scientific name	|
+749	|	Pseudomonas E sp005233515	|	-	|	scientific name	|
+750	|	Pseudoalteromonas tetraodonis	|	-	|	scientific name	|
+751	|	Mycobacterium fortuitum	|	-	|	scientific name	|
+752	|	Muribaculaceae	|	-	|	scientific name	|
+753	|	CAG-873	|	-	|	scientific name	|
+754	|	CAG-873 sp002478045	|	-	|	scientific name	|
+755	|	Corynebacterium ulcerans	|	-	|	scientific name	|
+756	|	Pseudomonas D	|	-	|	scientific name	|
+757	|	Pseudomonas D aestusnigri	|	-	|	scientific name	|
+758	|	Fusobacterium polymorphum	|	-	|	scientific name	|
+759	|	Leptotrichiaceae	|	-	|	scientific name	|
+760	|	Streptobacillus	|	-	|	scientific name	|
+761	|	Streptobacillus moniliformis	|	-	|	scientific name	|
+762	|	Brochotrichaceae	|	-	|	scientific name	|
+763	|	Brochothrix	|	-	|	scientific name	|
+764	|	Brochothrix thermosphacta	|	-	|	scientific name	|
+765	|	Carnobacterium divergens	|	-	|	scientific name	|
+766	|	UBA4871	|	-	|	scientific name	|
+767	|	UBA4871 sp002119605	|	-	|	scientific name	|
+768	|	Comamonas	|	-	|	scientific name	|
+769	|	Comamonas acidovorans	|	-	|	scientific name	|
+770	|	Mesorhizobium sp004791585	|	-	|	scientific name	|
+771	|	Staphylococcus urealyticus	|	-	|	scientific name	|
+772	|	Hafnia alvei	|	-	|	scientific name	|
+773	|	Staphylococcus arlettae	|	-	|	scientific name	|
+774	|	Bartonella	|	-	|	scientific name	|
+775	|	Bartonella henselae	|	-	|	scientific name	|
+776	|	Rathayibacter toxicus	|	-	|	scientific name	|
+777	|	Atlantibacter	|	-	|	scientific name	|
+778	|	Atlantibacter hermannii	|	-	|	scientific name	|
+779	|	Phaeobacter	|	-	|	scientific name	|
+780	|	Phaeobacter inhibens	|	-	|	scientific name	|
+781	|	Serratia marcescens B	|	-	|	scientific name	|
+782	|	Pseudomonas E veronii	|	-	|	scientific name	|
+783	|	Rubidibacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+784	|	QS-4-48-99	|	-	|	scientific name	|
+785	|	QS-4-48-99 sp003021505	|	-	|	scientific name	|
+786	|	Ochrobactrum anthropi	|	-	|	scientific name	|
+787	|	Weissella confusa	|	-	|	scientific name	|
+788	|	Vibrio crassostreae C	|	-	|	scientific name	|
+789	|	Helicobacter pylori CG	|	-	|	scientific name	|
+790	|	Photobacterium kishitanii	|	-	|	scientific name	|
+791	|	Clostridium Q	|	-	|	scientific name	|
+792	|	Clostridium Q sp003024715	|	-	|	scientific name	|
+793	|	Chloroflexota	|	-	|	scientific name	|
+794	|	Dehalococcoidia	|	-	|	scientific name	|
+795	|	Dehalococcoidales	|	-	|	scientific name	|
+796	|	Dehalococcoidaceae	|	-	|	scientific name	|
+797	|	Dehalococcoides	|	-	|	scientific name	|
+798	|	Dehalococcoides mccartyi B	|	-	|	scientific name	|
+799	|	Streptococcus parauberis	|	-	|	scientific name	|
+800	|	Acidobacteriota	|	-	|	scientific name	|
+801	|	Acidobacteriae	|	-	|	scientific name	|
+802	|	Bryobacterales	|	-	|	scientific name	|
+803	|	Bryobacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+804	|	Bog-375	|	-	|	scientific name	|
+805	|	Bog-375 sp003142185	|	-	|	scientific name	|
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+810	|	Agrobacterium deltaense	|	-	|	scientific name	|
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+812	|	Zymomonas mobilis	|	-	|	scientific name	|
+813	|	Bacillus A cereus U	|	-	|	scientific name	|
+814	|	Elizabethkingia meningoseptica	|	-	|	scientific name	|
+815	|	Lactobacillus gasseri	|	-	|	scientific name	|
+816	|	Thermoanaerobacteria	|	-	|	scientific name	|
+817	|	Caldicellulosiruptorales	|	-	|	scientific name	|
+818	|	Caldicellulosiruptoraceae	|	-	|	scientific name	|
+819	|	Caldicellulosiruptor	|	-	|	scientific name	|
+820	|	Caldicellulosiruptor bescii	|	-	|	scientific name	|
+821	|	Neisseria subflava B	|	-	|	scientific name	|
+822	|	Pseudomonas E lundensis	|	-	|	scientific name	|
+823	|	Bordetella avium	|	-	|	scientific name	|
+824	|	Metamycoplasma	|	-	|	scientific name	|
+825	|	Metamycoplasma hominis	|	-	|	scientific name	|
+826	|	Photobacterium phosphoreum	|	-	|	scientific name	|
+827	|	Acidobacteriales	|	-	|	scientific name	|
+828	|	Koribacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+829	|	Bog-209	|	-	|	scientific name	|
+830	|	Bog-209 sp003162935	|	-	|	scientific name	|
+831	|	Vibrio jasicida	|	-	|	scientific name	|
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+833	|	Staphylococcus gallinarum	|	-	|	scientific name	|
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+840	|	Odoribacter splanchnicus	|	-	|	scientific name	|
+841	|	Latilactobacillus curvatus	|	-	|	scientific name	|
+842	|	Pantoea dispersa	|	-	|	scientific name	|
+843	|	Helicobacter D	|	-	|	scientific name	|
+844	|	Helicobacter D pullorum	|	-	|	scientific name	|
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+846	|	Enterocloster bolteae	|	-	|	scientific name	|
+847	|	Butyricicoccaceae	|	-	|	scientific name	|
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+849	|	Agathobaculum butyriciproducens	|	-	|	scientific name	|
+850	|	Citrobacter A	|	-	|	scientific name	|
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+861	|	Edwardsiella piscicida	|	-	|	scientific name	|
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+866	|	Marinobacter hydrocarbonoclasticus	|	-	|	scientific name	|
+867	|	Cutibacterium avidum	|	-	|	scientific name	|
+868	|	Comamonas thiooxydans	|	-	|	scientific name	|
+869	|	Bacillus A thuringiensis N	|	-	|	scientific name	|
+870	|	Enterococcus A	|	-	|	scientific name	|
+871	|	Enterococcus A avium	|	-	|	scientific name	|
+872	|	Citrobacter werkmanii	|	-	|	scientific name	|
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+879	|	Bacteroides caccae	|	-	|	scientific name	|
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+882	|	Brevibacterium aurantiacum	|	-	|	scientific name	|
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+887	|	Paenibacillus polymyxa	|	-	|	scientific name	|
+888	|	Streptococcus pseudopneumoniae O	|	-	|	scientific name	|
+889	|	Gilliamella apicola	|	-	|	scientific name	|
+890	|	Apilactobacillus	|	-	|	scientific name	|
+891	|	Apilactobacillus micheneri	|	-	|	scientific name	|
+892	|	Yersinia intermedia	|	-	|	scientific name	|
+893	|	Pseudomonas E orientalis A	|	-	|	scientific name	|
+894	|	Lactobacillus iners	|	-	|	scientific name	|
+895	|	Lachnospira	|	-	|	scientific name	|
+896	|	Lachnospira eligens B	|	-	|	scientific name	|
+897	|	Pseudomonas E aeruginosa A	|	-	|	scientific name	|
+898	|	Lactiplantibacillus pentosus	|	-	|	scientific name	|
+899	|	Corynebacterium bovis	|	-	|	scientific name	|
+900	|	Vibrio owensii	|	-	|	scientific name	|
+901	|	Rothia dentocariosa	|	-	|	scientific name	|
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+950	|	Longicatena innocuum	|	-	|	scientific name	|
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+957	|	Anaerostipes hadrus	|	-	|	scientific name	|
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+963	|	Staphylococcus delphini	|	-	|	scientific name	|
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+971	|	SG8-24	|	-	|	scientific name	|
+972	|	UBA9934	|	-	|	scientific name	|
+973	|	UBA9934	|	-	|	scientific name	|
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+999	|	Streptomyces bacillaris	|	-	|	scientific name	|
+1000	|	Streptomyces anulatus B	|	-	|	scientific name	|
+1001	|	Haemophilus D	|	-	|	scientific name	|
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+1003	|	Ligilactobacillus ruminis	|	-	|	scientific name	|
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+1006	|	Erythrobacter A	|	-	|	scientific name	|
+1007	|	Erythrobacter A citreus	|	-	|	scientific name	|
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+1013	|	Alteromonas A	|	-	|	scientific name	|
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+1015	|	Bordetella hinzii	|	-	|	scientific name	|
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+1020	|	Thalassospira xiamenensis	|	-	|	scientific name	|
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+1022	|	Acinetobacter schindleri	|	-	|	scientific name	|
+1023	|	Shewanellaceae	|	-	|	scientific name	|
+1024	|	Shewanella	|	-	|	scientific name	|
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+1026	|	Streptococcus mitis	|	-	|	scientific name	|
+1027	|	Serratia plymuthica	|	-	|	scientific name	|
+1028	|	Clavibacter	|	-	|	scientific name	|
+1029	|	Clavibacter michiganensis	|	-	|	scientific name	|
+1030	|	Rothia sp001808955	|	-	|	scientific name	|
+1031	|	Mesorhizobium sp004022705	|	-	|	scientific name	|
+1032	|	Pseudomonas E sp001655595	|	-	|	scientific name	|
+1033	|	Vampirovibrionia	|	-	|	scientific name	|
+1034	|	Gastranaerophilales	|	-	|	scientific name	|
+1035	|	Gastranaerophilaceae	|	-	|	scientific name	|
+1036	|	CAG-196	|	-	|	scientific name	|
+1037	|	CAG-196 sp002102975	|	-	|	scientific name	|
+1038	|	Helicobacter E suis	|	-	|	scientific name	|
+1039	|	Acidobacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
+1040	|	Terracidiphilus	|	-	|	scientific name	|
+1041	|	Terracidiphilus sp003138365	|	-	|	scientific name	|
+1042	|	Chryseobacterium	|	-	|	scientific name	|
+1043	|	Chryseobacterium indologenes	|	-	|	scientific name	|
+1044	|	Leptospira noguchii	|	-	|	scientific name	|
+1045	|	Firmicutes G	|	-	|	scientific name	|
+1046	|	UBA4882	|	-	|	scientific name	|
+1047	|	UBA4882	|	-	|	scientific name	|
+1048	|	UBA4882	|	-	|	scientific name	|
+1049	|	UBA4882	|	-	|	scientific name	|
+1050	|	UBA4882 sp002399265	|	-	|	scientific name	|
+1051	|	Bacillus C megaterium A	|	-	|	scientific name	|
+1052	|	Mixta	|	-	|	scientific name	|
+1053	|	Mixta calida	|	-	|	scientific name	|
+1054	|	WWE3	|	-	|	scientific name	|
+1055	|	UBA101185	|	-	|	scientific name	|
+1056	|	UBA10185	|	-	|	scientific name	|
+1057	|	UBA8498	|	-	|	scientific name	|
+1058	|	UBA8498 sp000503835	|	-	|	scientific name	|
+1059	|	Kandleria	|	-	|	scientific name	|
+1060	|	Kandleria vitulina	|	-	|	scientific name	|
+1061	|	Acinetobacter calcoaceticus	|	-	|	scientific name	|
+1062	|	Staphylococcus warneri A	|	-	|	scientific name	|
+1063	|	Cereibacter	|	-	|	scientific name	|
+1064	|	Cereibacter sphaeroides	|	-	|	scientific name	|
+1065	|	Lactobacillus amylovorus	|	-	|	scientific name	|
+1066	|	Bacillus amyloliquefaciens	|	-	|	scientific name	|
+1067	|	Mycobacterium immunogenum	|	-	|	scientific name	|
+1068	|	Firmicutes C	|	-	|	scientific name	|
+1069	|	Negativicutes	|	-	|	scientific name	|
+1070	|	Veillonellales	|	-	|	scientific name	|
+1071	|	Megasphaeraceae	|	-	|	scientific name	|
+1072	|	Megasphaera	|	-	|	scientific name	|
+1073	|	Megasphaera elsdenii	|	-	|	scientific name	|
+1074	|	Erysipelatoclostridium ramosum	|	-	|	scientific name	|
+1075	|	Mycoplasma mycoides	|	-	|	scientific name	|
+1076	|	Bacillus A albus	|	-	|	scientific name	|
+1077	|	Eisenbergiella	|	-	|	scientific name	|
+1078	|	Eisenbergiella tayi	|	-	|	scientific name	|
+1079	|	Corynebacterium sp000755185	|	-	|	scientific name	|
+1080	|	Mesorhizobium sp004791025	|	-	|	scientific name	|
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+1082	|	Halanaerobiia	|	-	|	scientific name	|
+1083	|	Halanaerobiales	|	-	|	scientific name	|
+1084	|	Halanaerobiaceae	|	-	|	scientific name	|
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+1086	|	Halanaerobium congolense	|	-	|	scientific name	|
+1087	|	Pseudomonas E extremorientalis	|	-	|	scientific name	|
+1088	|	Anaplasma marginale	|	-	|	scientific name	|
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+1090	|	Pedosphaeraceae	|	-	|	scientific name	|
+1091	|	UBA11358	|	-	|	scientific name	|
+1092	|	UBA11358 sp003134375	|	-	|	scientific name	|
+1093	|	Wolbachia pipientis C	|	-	|	scientific name	|
+1094	|	Lactobacillus paragasseri	|	-	|	scientific name	|
+1095	|	Providencia	|	-	|	scientific name	|
+1096	|	Providencia stuartii	|	-	|	scientific name	|
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+1110	|	Pseudomonas D pachastrellae	|	-	|	scientific name	|
+1111	|	Elizabethkingia miricola	|	-	|	scientific name	|
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+1132	|	Citrobacter youngae	|	-	|	scientific name	|
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+1174	|	UBA8515 sp000991405	|	-	|	scientific name	|
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+1177	|	Exiguobacterium aurantiacum A	|	-	|	scientific name	|
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+1199	|	Ruthenibacterium lactatiformans	|	-	|	scientific name	|
+1200	|	Rhodococcus pyridinivorans	|	-	|	scientific name	|
+1201	|	Campylobacter D hepaticus	|	-	|	scientific name	|
+1202	|	Blautia A sp003471165	|	-	|	scientific name	|
+1203	|	Prochlorococcus C	|	-	|	scientific name	|
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+1213	|	Longicatena caecimuris	|	-	|	scientific name	|
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+1219	|	Haliea	|	-	|	scientific name	|
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+1239	|	Xanthomonas vesicatoria	|	-	|	scientific name	|
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+1252	|	UBA9973 sp001785445	|	-	|	scientific name	|
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+1276	|	Aliarcobacter skirrowii	|	-	|	scientific name	|
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+1278	|	Phytobacter diazotrophicus	|	-	|	scientific name	|
+1279	|	Bacillus A cytotoxicus	|	-	|	scientific name	|
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+1282	|	Pseudomonas B luteola	|	-	|	scientific name	|
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+1284	|	Campylobacter A concisus F	|	-	|	scientific name	|
+1285	|	Leuconostoc lactis	|	-	|	scientific name	|
+1286	|	Bacteroides intestinalis	|	-	|	scientific name	|
+1287	|	Capnocytophaga	|	-	|	scientific name	|
+1288	|	Capnocytophaga ochracea	|	-	|	scientific name	|
+1289	|	Megasphaera B	|	-	|	scientific name	|
+1290	|	Megasphaera B hexanoica	|	-	|	scientific name	|
+1291	|	Pseudomonas E cannabina	|	-	|	scientific name	|
+1292	|	Kocuria	|	-	|	scientific name	|
+1293	|	Kocuria rosea	|	-	|	scientific name	|
+1294	|	Pseudomonas E putida A	|	-	|	scientific name	|
+1295	|	Caulobacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+1296	|	Brevundimonas	|	-	|	scientific name	|
+1297	|	Brevundimonas diminuta	|	-	|	scientific name	|
+1298	|	Sphingopyxis	|	-	|	scientific name	|
+1299	|	Sphingopyxis terrae	|	-	|	scientific name	|
+1300	|	Firmicutes B	|	-	|	scientific name	|
+1301	|	Syntrophomonadia	|	-	|	scientific name	|
+1302	|	Syntrophomonadales	|	-	|	scientific name	|
+1303	|	Syntrophomonadaceae	|	-	|	scientific name	|
+1304	|	UBA4844	|	-	|	scientific name	|
+1305	|	UBA4844 sp002398105	|	-	|	scientific name	|
+1306	|	Acinetobacter soli	|	-	|	scientific name	|
+1307	|	Bog-756	|	-	|	scientific name	|
+1308	|	Bog-756 sp003138855	|	-	|	scientific name	|
+1309	|	RAAP-2 sp003160115	|	-	|	scientific name	|
+1310	|	Desulfobacterota	|	-	|	scientific name	|
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+1312	|	Syntrophales	|	-	|	scientific name	|
+1313	|	Smithellaceae	|	-	|	scientific name	|
+1314	|	Smithella	|	-	|	scientific name	|
+1315	|	Smithella sp003139775	|	-	|	scientific name	|
+1316	|	Eikenella	|	-	|	scientific name	|
+1317	|	Eikenella corrodens	|	-	|	scientific name	|
+1318	|	Ensifer sp001429285	|	-	|	scientific name	|
+1319	|	Cupriavidus taiwanensis B	|	-	|	scientific name	|
+1320	|	Ectothiorhodospirales	|	-	|	scientific name	|
+1321	|	Thioalkalivibrionaceae	|	-	|	scientific name	|
+1322	|	Thioalkalivibrio	|	-	|	scientific name	|
+1323	|	Thioalkalivibrio versutus	|	-	|	scientific name	|
+1324	|	Escherichia fergusonii	|	-	|	scientific name	|
+1325	|	Rhizobium sp900469475	|	-	|	scientific name	|
+1326	|	Streptococcus pasteurianus	|	-	|	scientific name	|
+1327	|	Orientia	|	-	|	scientific name	|
+1328	|	Orientia tsutsugamushi	|	-	|	scientific name	|
+1329	|	Agrobacterium fabrum	|	-	|	scientific name	|
+1330	|	Kryptonia	|	-	|	scientific name	|
+1331	|	Kryptoniales	|	-	|	scientific name	|
+1332	|	Kryptoniaceae	|	-	|	scientific name	|
+1333	|	Kryptonium	|	-	|	scientific name	|
+1334	|	Kryptonium thompsoni	|	-	|	scientific name	|
+1335	|	Leptospira A	|	-	|	scientific name	|
+1336	|	Leptospira A levettii	|	-	|	scientific name	|
+1337	|	Pantoea stewartii	|	-	|	scientific name	|
+1338	|	Ralstonia solanacearum A	|	-	|	scientific name	|
+1339	|	Pseudohongiellaceae	|	-	|	scientific name	|
+1340	|	OM182	|	-	|	scientific name	|
+1341	|	OM182 sp001438145	|	-	|	scientific name	|
+1342	|	Hungatella	|	-	|	scientific name	|
+1343	|	Hungatella effluvii	|	-	|	scientific name	|
+1344	|	Schumannella	|	-	|	scientific name	|
+1345	|	Schumannella sp002325245	|	-	|	scientific name	|
+1346	|	Ketobacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+1347	|	Ketobacter	|	-	|	scientific name	|
+1348	|	Ketobacter sp002471665	|	-	|	scientific name	|
+1349	|	Corynebacterium aurimucosum C	|	-	|	scientific name	|
+1350	|	CAG-127	|	-	|	scientific name	|
+1351	|	CAG-127 sp900319515	|	-	|	scientific name	|
+1352	|	Bifidobacterium dentium	|	-	|	scientific name	|
+1353	|	Mycoplasma capricolum	|	-	|	scientific name	|
+1354	|	Dolosigranulum	|	-	|	scientific name	|
+1355	|	Dolosigranulum pigrum	|	-	|	scientific name	|
+1356	|	Streptomyces globisporus C	|	-	|	scientific name	|
+1357	|	Faecalibacterium	|	-	|	scientific name	|
+1358	|	Faecalibacterium prausnitzii	|	-	|	scientific name	|
+1359	|	Lysinibacillus sphaericus A	|	-	|	scientific name	|
+1360	|	Mesorhizobium japonicum	|	-	|	scientific name	|
+1361	|	Methylophaga sp002363955	|	-	|	scientific name	|
+1362	|	Idiomarina loihiensis	|	-	|	scientific name	|
+1363	|	Clostridium Q symbiosum	|	-	|	scientific name	|
+1364	|	Limnobacter	|	-	|	scientific name	|
+1365	|	Limnobacter sp002954425	|	-	|	scientific name	|
+1366	|	Marinobacter salarius	|	-	|	scientific name	|
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+1551	|	UBA10138	|	-	|	scientific name	|
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+1568	|	Acinetobacter fasciculus	|	-	|	scientific name	|
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+1592	|	Roseburia intestinalis	|	-	|	scientific name	|
+1593	|	Rhizobium esperanzae	|	-	|	scientific name	|
+1594	|	Bacillus E coagulans	|	-	|	scientific name	|
+1595	|	Rothia kristinae	|	-	|	scientific name	|
+1596	|	Klebsiella quasivariicola	|	-	|	scientific name	|
+1597	|	Collinsella sp003436275	|	-	|	scientific name	|
+1598	|	Photorhabdus	|	-	|	scientific name	|
+1599	|	Photorhabdus laumondii	|	-	|	scientific name	|
+1600	|	Collinsella sp003439125	|	-	|	scientific name	|
+1601	|	UBA5920 sp002406055	|	-	|	scientific name	|
+1602	|	Kocuria rhizophila	|	-	|	scientific name	|
+1603	|	Brevibacillales	|	-	|	scientific name	|
+1604	|	Brevibacillaceae	|	-	|	scientific name	|
+1605	|	Brevibacillus B	|	-	|	scientific name	|
+1606	|	Brevibacillus B laterosporus C	|	-	|	scientific name	|
+1607	|	Streptococcus parasanguinis	|	-	|	scientific name	|
+1608	|	Diaphorobacter	|	-	|	scientific name	|
+1609	|	Diaphorobacter nitroreducens	|	-	|	scientific name	|
+1610	|	Frankiaceae	|	-	|	scientific name	|
+1611	|	Frankia	|	-	|	scientific name	|
+1612	|	Frankia casuarinae	|	-	|	scientific name	|
+1613	|	Collinsella sp003469205	|	-	|	scientific name	|
+1614	|	Clostridium H botulinum A	|	-	|	scientific name	|
+1615	|	Dickeya dianthicola	|	-	|	scientific name	|
+1616	|	Rhizobium sp900466475	|	-	|	scientific name	|
+1617	|	Chlamydophila pecorum	|	-	|	scientific name	|
+1618	|	Mesorhizobium australicum	|	-	|	scientific name	|
+1619	|	Dermatophilaceae	|	-	|	scientific name	|
+1620	|	Dermacoccus	|	-	|	scientific name	|
+1621	|	Dermacoccus nishinomiyaensis	|	-	|	scientific name	|
+1622	|	Burkholderia oklahomensis	|	-	|	scientific name	|
+1623	|	Pseudomonas A stutzeri AC	|	-	|	scientific name	|
+1624	|	Streptomyces halstedii	|	-	|	scientific name	|
+1625	|	Moorellia	|	-	|	scientific name	|
+1626	|	Moorellales	|	-	|	scientific name	|
+1627	|	Moorellaceae	|	-	|	scientific name	|
+1628	|	Moorella	|	-	|	scientific name	|
+1629	|	Moorella thermoacetica	|	-	|	scientific name	|
+1630	|	UBA10102	|	-	|	scientific name	|
+1631	|	UBA10102	|	-	|	scientific name	|
+1632	|	UBA10102 sp001825035	|	-	|	scientific name	|
+1633	|	Microcystis aeruginosa C	|	-	|	scientific name	|
+1634	|	Capnocytophaga canimorsus	|	-	|	scientific name	|
+1635	|	Clostridium paraputrificum	|	-	|	scientific name	|
+1636	|	Stenotrophomonas maltophilia B	|	-	|	scientific name	|
+1637	|	Pseudomonas E canadensis	|	-	|	scientific name	|
+1638	|	Campylobacter D helveticus	|	-	|	scientific name	|
+1639	|	Eremiobacterota	|	-	|	scientific name	|
+1640	|	Eremiobacteria	|	-	|	scientific name	|
+1641	|	UBP12	|	-	|	scientific name	|
+1642	|	UBA5184	|	-	|	scientific name	|
+1643	|	Palsa-1478	|	-	|	scientific name	|
+1644	|	Palsa-1478 sp003168375	|	-	|	scientific name	|
+1645	|	Neisseria subflava A	|	-	|	scientific name	|
+1646	|	CAG-81	|	-	|	scientific name	|
+1647	|	CAG-81 sp900066785	|	-	|	scientific name	|
+1648	|	Enterobacter asburiae	|	-	|	scientific name	|
+1649	|	Acholeplasma	|	-	|	scientific name	|
+1650	|	Acholeplasma laidlawii	|	-	|	scientific name	|
+1651	|	Prevotella sp002251295	|	-	|	scientific name	|
+1652	|	Mesorhizobium sp004020875	|	-	|	scientific name	|
+1653	|	Citromicrobium	|	-	|	scientific name	|
+1654	|	Citromicrobium bathyomarinum	|	-	|	scientific name	|
+1655	|	Lactobacillus bombicola	|	-	|	scientific name	|
+1656	|	Mesorhizobium sp003952505	|	-	|	scientific name	|
+1657	|	Campylobacter D lari C	|	-	|	scientific name	|
+1658	|	Vibrio rotiferianus	|	-	|	scientific name	|
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+1660	|	Alloscardovia omnicolens	|	-	|	scientific name	|
+1661	|	Thioalkalivibrio sp000377405	|	-	|	scientific name	|
+1662	|	Snodgrassella sp900094895	|	-	|	scientific name	|
+1663	|	Listeria innocua	|	-	|	scientific name	|
+1664	|	Tannerella	|	-	|	scientific name	|
+1665	|	Tannerella forsythia	|	-	|	scientific name	|
+1666	|	Blattabacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
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+1670	|	Pseudomonas E synxantha	|	-	|	scientific name	|
+1671	|	Enterobacter cancerogenus	|	-	|	scientific name	|
+1672	|	Sellimonas	|	-	|	scientific name	|
+1673	|	Sellimonas intestinalis	|	-	|	scientific name	|
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+1675	|	Flavonifractor	|	-	|	scientific name	|
+1676	|	Flavonifractor plautii	|	-	|	scientific name	|
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+1683	|	Mycobacterium franklinii	|	-	|	scientific name	|
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+1850	|	Bacteroides clarus	|	-	|	scientific name	|
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+1868	|	UBA12059	|	-	|	scientific name	|
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+1880	|	Kosakonia radicincitans	|	-	|	scientific name	|
+1881	|	Enterobacter cloacae I	|	-	|	scientific name	|
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+1891	|	UBA3495	|	-	|	scientific name	|
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+1893	|	UBA2588	|	-	|	scientific name	|
+1894	|	UBA2588 sp002723125	|	-	|	scientific name	|
+1895	|	Aliivibrio finisterrensis	|	-	|	scientific name	|
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+1897	|	Marisediminitalea aggregata	|	-	|	scientific name	|
+1898	|	Bifidobacterium thermophilum	|	-	|	scientific name	|
+1899	|	Thermotoga petrophila	|	-	|	scientific name	|
+1900	|	Duganella	|	-	|	scientific name	|
+1901	|	Duganella sp003217375	|	-	|	scientific name	|
+1902	|	Edwardsbacteria	|	-	|	scientific name	|
+1903	|	AC1	|	-	|	scientific name	|
+1904	|	AC1	|	-	|	scientific name	|
+1905	|	EtOH8	|	-	|	scientific name	|
+1906	|	UBA2226	|	-	|	scientific name	|
+1907	|	UBA2226 sp001777915	|	-	|	scientific name	|
+1908	|	UBA8366	|	-	|	scientific name	|
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+1910	|	GCA-2696645	|	-	|	scientific name	|
+1911	|	GCA-2696645 sp002709955	|	-	|	scientific name	|
+1912	|	Neisseria mucosa A	|	-	|	scientific name	|
+1913	|	Dojkabacteria	|	-	|	scientific name	|
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+1915	|	SC72	|	-	|	scientific name	|
+1916	|	UBA12044	|	-	|	scientific name	|
+1917	|	UBA12044 sp000989675	|	-	|	scientific name	|
+1918	|	Elizabethkingia bruuniana	|	-	|	scientific name	|
+1919	|	RC9 sp002438635	|	-	|	scientific name	|
+1920	|	Levybacterales	|	-	|	scientific name	|
+1921	|	UBA12049	|	-	|	scientific name	|
+1922	|	UBA12049	|	-	|	scientific name	|
+1923	|	UBA12049 sp001784155	|	-	|	scientific name	|
+1924	|	UBA6382	|	-	|	scientific name	|
+1925	|	UBA6382 sp002439755	|	-	|	scientific name	|
+1926	|	Stenotrophomonas acidaminiphila A	|	-	|	scientific name	|
+1927	|	Nocardia	|	-	|	scientific name	|
+1928	|	Nocardia farcinica	|	-	|	scientific name	|
+1929	|	Leclercia sp002902985	|	-	|	scientific name	|
+1930	|	Vibrio natriegens	|	-	|	scientific name	|
+1931	|	Lactobacillus jensenii A	|	-	|	scientific name	|
+1932	|	Pseudomonas E sp003852235	|	-	|	scientific name	|
+1933	|	Bdellovibrionota	|	-	|	scientific name	|
+1934	|	Bdellovibrionia	|	-	|	scientific name	|
+1935	|	Bdellovibrionales	|	-	|	scientific name	|
+1936	|	UBA840	|	-	|	scientific name	|
+1937	|	UBA6502	|	-	|	scientific name	|
+1938	|	UBA6502 sp002436415	|	-	|	scientific name	|
+1939	|	Rs-D84	|	-	|	scientific name	|
+1940	|	Rs-D84	|	-	|	scientific name	|
+1941	|	Rs-D84	|	-	|	scientific name	|
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+1943	|	Myxococcota	|	-	|	scientific name	|
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+1953	|	Ensifer adhaerens A	|	-	|	scientific name	|
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+1959	|	Rhizobium anhuiense	|	-	|	scientific name	|
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+1971	|	XYD12-FULL-36-8 sp001803045	|	-	|	scientific name	|
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+2211	|	Bulleidia massiliensis	|	-	|	scientific name	|
+2212	|	RUG420 sp900317085	|	-	|	scientific name	|
+2213	|	Pectobacterium polaris	|	-	|	scientific name	|
+2214	|	CAG-873 sp002490635	|	-	|	scientific name	|
+2215	|	Collinsella sp003465825	|	-	|	scientific name	|
+2216	|	Pandoraea pnomenusa	|	-	|	scientific name	|
+2217	|	Cyanobacteriaceae	|	-	|	scientific name	|
+2218	|	Limnothrix	|	-	|	scientific name	|
+2219	|	Limnothrix sp001693275	|	-	|	scientific name	|
+2220	|	Flavobacterium sp003968755	|	-	|	scientific name	|
+2221	|	Dermabacteraceae	|	-	|	scientific name	|
+2222	|	Brachybacterium	|	-	|	scientific name	|
+2223	|	Brachybacterium alimentarium	|	-	|	scientific name	|
+2224	|	Prevotella sp002394385	|	-	|	scientific name	|
+2225	|	Lacticaseibacillus zeae	|	-	|	scientific name	|
+2226	|	Ehrlichia chaffeensis	|	-	|	scientific name	|
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+7969	|	UBA733 sp900316365	|	-	|	scientific name	|
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+7972	|	Mycobacterium sp000455205	|	-	|	scientific name	|
+7973	|	Hyphomicrobiaceae	|	-	|	scientific name	|
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+11125	|	Thiomonas bhubaneswarensis	|	-	|	scientific name	|
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+11131	|	Tolypothrix B sp002368235	|	-	|	scientific name	|
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+11142	|	Vogesella	|	-	|	scientific name	|
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+11145	|	Mesoflavibacter sp003008475	|	-	|	scientific name	|
+11146	|	Nocardia cerradoensis	|	-	|	scientific name	|
+11147	|	Chryseobacterium scophthalmum	|	-	|	scientific name	|
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+11149	|	Holosporales	|	-	|	scientific name	|
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+12656	|	Pirellula staleyi	|	-	|	scientific name	|
+12657	|	Arthrobacter A	|	-	|	scientific name	|
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+12659	|	Intrasporangium	|	-	|	scientific name	|
+12660	|	Intrasporangium calvum	|	-	|	scientific name	|
+12661	|	Actinokineospora	|	-	|	scientific name	|
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+12673	|	Lactobacillus delbrueckii A	|	-	|	scientific name	|
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+12682	|	Streptomyces platensis	|	-	|	scientific name	|
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+12684	|	QOAZ01	|	-	|	scientific name	|
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+13177	|	Neisseria dentiae	|	-	|	scientific name	|
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+13179	|	Paenibacillus pini	|	-	|	scientific name	|
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+13942	|	Geodermatophilus	|	-	|	scientific name	|
+13943	|	Geodermatophilus aquaeductus	|	-	|	scientific name	|
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+13945	|	PXAI01 sp003567135	|	-	|	scientific name	|
+13946	|	Convivina	|	-	|	scientific name	|
+13947	|	Convivina intestini	|	-	|	scientific name	|
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+13949	|	Liquorilactobacillus hordei	|	-	|	scientific name	|
+13950	|	Anaerobutyricum sp900016875	|	-	|	scientific name	|
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+13952	|	Stella	|	-	|	scientific name	|
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+13955	|	Prevotella sp900317405	|	-	|	scientific name	|
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+13958	|	Gp7-AA6	|	-	|	scientific name	|
+13959	|	Gp7-AA6 sp003222385	|	-	|	scientific name	|
+13960	|	Smithella sp001412345	|	-	|	scientific name	|
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+13962	|	Flavobacterium nitrogenifigens	|	-	|	scientific name	|
+13963	|	Mycobacterium sp001953975	|	-	|	scientific name	|
+13964	|	Pseudomonas E putida C	|	-	|	scientific name	|
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+13967	|	Planktothrix agardhii	|	-	|	scientific name	|
+13968	|	Fibrobacter sp900143015	|	-	|	scientific name	|
+13969	|	Thioalkalivibrio sp000376845	|	-	|	scientific name	|
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+14992	|	Rahnella inusitata	|	-	|	scientific name	|
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+14998	|	Petrimonas mucosa	|	-	|	scientific name	|
+14999	|	Cupriavidus basilensis B	|	-	|	scientific name	|
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+15001	|	Actinobaculum massiliense	|	-	|	scientific name	|
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+16269	|	Paucilactobacillus suebicus	|	-	|	scientific name	|
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+19548	|	Nocardia lijiangensis	|	-	|	scientific name	|
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+19550	|	Polaribacter glomeratus	|	-	|	scientific name	|
+19551	|	Prochlorococcus A sp003279945	|	-	|	scientific name	|
+19552	|	CAG-115 sp002304735	|	-	|	scientific name	|
+19553	|	Erythrobacter A nanhaisediminis	|	-	|	scientific name	|
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+19560	|	Selenomonas A ruminantium I	|	-	|	scientific name	|
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+20585	|	Eperythrozoon A haemominutum	|	-	|	scientific name	|
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+22081	|	Chryseobacterium indologenes F	|	-	|	scientific name	|
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+22085	|	Anaerofustis stercorihominis A	|	-	|	scientific name	|
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+30343	|	Elioraea sp006704265	|	-	|	scientific name	|
+30344	|	UM-FILTER-49-7	|	-	|	scientific name	|
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+43001	|	Thermoproteales	|	-	|	scientific name	|
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+43018	|	Natrialbaceae	|	-	|	scientific name	|
+43019	|	Natronococcus	|	-	|	scientific name	|
+43020	|	Natronococcus sp003559215	|	-	|	scientific name	|
+43021	|	Archaeoglobus A	|	-	|	scientific name	|
+43022	|	Archaeoglobus A sp002494625	|	-	|	scientific name	|
+43023	|	Fen-7	|	-	|	scientific name	|
+43024	|	Fen-7 sp003162615	|	-	|	scientific name	|
+43025	|	Haloarcula taiwanensis	|	-	|	scientific name	|
+43026	|	Desulfurococcales	|	-	|	scientific name	|
+43027	|	Acidilobaceae	|	-	|	scientific name	|
+43028	|	Acidilobus	|	-	|	scientific name	|
+43029	|	Acidilobus sp000495735	|	-	|	scientific name	|
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Fri Oct 14 21:45:54 2022 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="gtdb" comment_char="#">
+        <columns>value, name, dbkey, path</columns>
+        <file path="tool-data/gtdb.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Fri Oct 14 21:45:54 2022 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="gtdb" comment_char="#">
+        <columns>value, name, dbkey, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/test_database.loc" />
+    </table>
+</tables>
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