Mercurial > repos > iuc > stacks2_clonefilter
diff test-data/gstacks/catalog.calls.vcf @ 0:1b6d07160736 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460
| author | iuc |
|---|---|
| date | Mon, 01 Jul 2019 10:57:08 -0400 |
| parents | |
| children | 2f1d464ebfd2 |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 10:57:08 2019 -0400 @@ -0,0 +1,597 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190618 +##source="Stacks v2.4" +##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 113 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 114 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 115 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 116 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 117 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 118 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 119 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 120 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 121 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 122 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 123 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 124 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 125 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 126 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 127 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 128 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 129 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 130 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 131 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 132 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 133 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 134 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 135 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 136 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 137 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 138 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 139 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 140 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 141 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 142 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 143 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 144 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 145 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 146 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 147 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 148 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 149 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 150 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 151 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 152 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 153 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 154 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 155 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 156 . A . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 +1 157 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 158 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 159 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 160 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 161 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 162 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 163 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 164 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 165 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 166 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 167 . A . . . DP=16;AD=16 DP 11 5 +1 168 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 169 . T . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 +1 170 . G . . . DP=19;AD=16 DP 11 8 +1 171 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 172 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 173 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 174 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 175 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 176 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 177 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 178 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 179 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 180 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 181 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 182 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 183 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 184 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 185 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 186 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 187 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 188 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 189 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 190 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 191 . C . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 +1 192 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 193 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 194 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 195 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 196 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 197 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 198 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 199 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 200 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 201 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 202 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 203 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 204 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +2 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 3 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 5 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 15 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 18 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 21 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 23 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 24 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 25 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 26 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 27 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 28 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 29 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 30 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 31 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 32 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +2 33 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 34 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +2 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 60 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 62 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 +2 63 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 64 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 65 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 66 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 68 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 69 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 70 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 71 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 72 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 73 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 75 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 76 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 77 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 81 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 82 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 83 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 84 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 85 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 86 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 87 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 88 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 89 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 90 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 +2 105 . T . . . DP=12;AD=12 DP . 12 +2 106 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 107 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 108 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 109 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 110 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 111 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 112 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 113 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 114 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 115 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 116 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 117 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 118 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 119 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 120 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 121 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 122 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 123 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 124 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 125 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 126 . C . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 +2 127 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 128 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 129 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 130 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 131 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 132 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 133 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 134 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 135 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 136 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 137 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 138 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 139 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 140 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 141 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 142 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 143 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 144 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 145 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 146 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 147 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 148 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 149 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 150 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 151 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 152 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 153 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 154 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 155 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 156 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 157 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 158 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 159 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 160 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 161 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 162 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 163 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 +2 164 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 165 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 166 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 167 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 168 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 169 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 170 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 171 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 172 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 173 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 174 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 175 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 176 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 +2 177 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 178 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 179 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 180 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 181 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 182 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 +2 183 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 184 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 185 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 186 . T . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 +2 187 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 188 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 189 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 190 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 191 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 192 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 193 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 194 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 +2 195 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 196 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 197 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 198 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 199 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 200 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 201 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 +2 202 . A . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 +2 203 . C . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 +2 204 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 +2 205 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 +3 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +3 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 24 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 25 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 26 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 28 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 29 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 34 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 35 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 36 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 37 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 38 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 39 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +3 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 +3 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 +3 105 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 106 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 107 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 108 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 109 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 110 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 111 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 112 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 113 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 114 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 115 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 116 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 117 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 +3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 +3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 +3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13