Mercurial > repos > iuc > stacks2_procrad
comparison test-data/gstacks/catalog.calls.vcf @ 0:9993234400f1 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460
author | iuc |
---|---|
date | Mon, 01 Jul 2019 11:00:33 -0400 |
parents | |
children | bd5ff77e2036 |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
-1:000000000000 | 0:9993234400f1 |
---|---|
1 ##fileformat=VCFv4.2 | |
2 ##fileDate=20190618 | |
3 ##source="Stacks v2.4" | |
4 ##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> | |
5 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> | |
6 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> | |
7 ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> | |
8 ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> | |
9 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> | |
10 ##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> | |
11 ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> | |
12 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> | |
13 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> | |
14 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 | |
15 1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
16 1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
17 1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
18 1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
19 1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
20 1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
21 1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
22 1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
23 1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
24 1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
25 1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
26 1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
27 1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
28 1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
29 1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
30 1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
31 1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
32 1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
33 1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
34 1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
35 1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
36 1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
37 1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 | |
38 1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
39 1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
40 1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 | |
41 1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
42 1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
43 1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
44 1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
45 1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
46 1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
47 1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
48 1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 | |
49 1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
50 1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
51 1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
52 1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
53 1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
54 1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
55 1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
56 1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
57 1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
58 1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
59 1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
60 1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
61 1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
62 1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
63 1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
64 1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
65 1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
66 1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
67 1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
68 1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
69 1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
70 1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
71 1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
72 1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
73 1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
74 1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
75 1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
76 1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
77 1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
78 1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
79 1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
80 1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
81 1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
82 1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
83 1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
84 1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
85 1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
86 1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
87 1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
88 1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
89 1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
90 1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
91 1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
92 1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
93 1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
94 1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
95 1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
96 1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
97 1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
98 1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
99 1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
100 1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
101 1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
102 1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
103 1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 | |
104 1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
105 1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
106 1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
107 1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
108 1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
109 1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
110 1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
111 1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
112 1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
113 1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
114 1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
115 1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
116 1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
117 1 113 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
118 1 114 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
119 1 115 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
120 1 116 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
121 1 117 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
122 1 118 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
123 1 119 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
124 1 120 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
125 1 121 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
126 1 122 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
127 1 123 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
128 1 124 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
129 1 125 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
130 1 126 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
131 1 127 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
132 1 128 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
133 1 129 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
134 1 130 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
135 1 131 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
136 1 132 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
137 1 133 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
138 1 134 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
139 1 135 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
140 1 136 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
141 1 137 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
142 1 138 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
143 1 139 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
144 1 140 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
145 1 141 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
146 1 142 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
147 1 143 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
148 1 144 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
149 1 145 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
150 1 146 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
151 1 147 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
152 1 148 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
153 1 149 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
154 1 150 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
155 1 151 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
156 1 152 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
157 1 153 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
158 1 154 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
159 1 155 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
160 1 156 . A . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 | |
161 1 157 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
162 1 158 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
163 1 159 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
164 1 160 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
165 1 161 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
166 1 162 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
167 1 163 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
168 1 164 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
169 1 165 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
170 1 166 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
171 1 167 . A . . . DP=16;AD=16 DP 11 5 | |
172 1 168 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
173 1 169 . T . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 | |
174 1 170 . G . . . DP=19;AD=16 DP 11 8 | |
175 1 171 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
176 1 172 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
177 1 173 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
178 1 174 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
179 1 175 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
180 1 176 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
181 1 177 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
182 1 178 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
183 1 179 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
184 1 180 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
185 1 181 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
186 1 182 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
187 1 183 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
188 1 184 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
189 1 185 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
190 1 186 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
191 1 187 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
192 1 188 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
193 1 189 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
194 1 190 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
195 1 191 . C . . . DP=19;AD=18 DP 11 8 | |
196 1 192 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
197 1 193 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
198 1 194 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
199 1 195 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
200 1 196 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
201 1 197 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
202 1 198 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
203 1 199 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
204 1 200 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
205 1 201 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
206 1 202 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
207 1 203 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
208 1 204 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 | |
209 2 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
210 2 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
211 2 3 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
212 2 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
213 2 5 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
214 2 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
215 2 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
216 2 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
217 2 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
218 2 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
219 2 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
220 2 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
221 2 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
222 2 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
223 2 15 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
224 2 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
225 2 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
226 2 18 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
227 2 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
228 2 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
229 2 21 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
230 2 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
231 2 23 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
232 2 24 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
233 2 25 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
234 2 26 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
235 2 27 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
236 2 28 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
237 2 29 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
238 2 30 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
239 2 31 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
240 2 32 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 | |
241 2 33 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
242 2 34 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
243 2 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
244 2 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
245 2 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
246 2 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
247 2 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
248 2 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
249 2 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
250 2 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
251 2 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
252 2 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
253 2 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
254 2 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
255 2 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
256 2 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
257 2 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
258 2 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
259 2 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
260 2 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
261 2 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
262 2 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 | |
263 2 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
264 2 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
265 2 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
266 2 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
267 2 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
268 2 60 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
269 2 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
270 2 62 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 | |
271 2 63 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
272 2 64 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
273 2 65 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
274 2 66 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
275 2 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
276 2 68 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
277 2 69 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
278 2 70 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
279 2 71 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
280 2 72 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
281 2 73 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
282 2 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
283 2 75 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
284 2 76 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
285 2 77 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
286 2 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
287 2 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
288 2 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
289 2 81 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
290 2 82 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
291 2 83 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
292 2 84 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
293 2 85 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
294 2 86 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
295 2 87 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
296 2 88 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
297 2 89 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
298 2 90 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
299 2 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
300 2 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
301 2 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
302 2 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
303 2 105 . T . . . DP=12;AD=12 DP . 12 | |
304 2 106 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
305 2 107 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
306 2 108 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
307 2 109 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
308 2 110 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
309 2 111 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
310 2 112 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
311 2 113 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
312 2 114 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
313 2 115 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
314 2 116 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
315 2 117 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
316 2 118 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
317 2 119 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
318 2 120 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
319 2 121 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
320 2 122 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
321 2 123 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
322 2 124 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
323 2 125 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
324 2 126 . C . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 | |
325 2 127 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
326 2 128 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
327 2 129 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
328 2 130 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
329 2 131 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
330 2 132 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
331 2 133 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
332 2 134 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
333 2 135 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
334 2 136 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
335 2 137 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
336 2 138 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
337 2 139 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
338 2 140 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
339 2 141 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
340 2 142 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
341 2 143 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
342 2 144 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
343 2 145 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
344 2 146 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
345 2 147 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
346 2 148 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
347 2 149 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
348 2 150 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
349 2 151 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
350 2 152 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
351 2 153 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
352 2 154 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
353 2 155 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
354 2 156 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
355 2 157 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
356 2 158 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
357 2 159 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
358 2 160 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
359 2 161 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
360 2 162 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
361 2 163 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 | |
362 2 164 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
363 2 165 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
364 2 166 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
365 2 167 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
366 2 168 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
367 2 169 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
368 2 170 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
369 2 171 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
370 2 172 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
371 2 173 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
372 2 174 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
373 2 175 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
374 2 176 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 | |
375 2 177 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
376 2 178 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
377 2 179 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
378 2 180 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
379 2 181 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
380 2 182 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99 | |
381 2 183 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
382 2 184 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
383 2 185 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
384 2 186 . T . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 | |
385 2 187 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
386 2 188 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
387 2 189 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
388 2 190 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
389 2 191 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
390 2 192 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
391 2 193 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
392 2 194 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23 | |
393 2 195 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
394 2 196 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
395 2 197 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
396 2 198 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
397 2 199 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
398 2 200 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
399 2 201 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23 | |
400 2 202 . A . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 | |
401 2 203 . C . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 | |
402 2 204 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 | |
403 2 205 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11 | |
404 3 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
405 3 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
406 3 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
407 3 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
408 3 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
409 3 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
410 3 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
411 3 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
412 3 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
413 3 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
414 3 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
415 3 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
416 3 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
417 3 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
418 3 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
419 3 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 | |
420 3 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
421 3 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
422 3 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
423 3 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
424 3 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
425 3 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
426 3 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
427 3 24 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
428 3 25 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
429 3 26 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
430 3 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
431 3 28 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
432 3 29 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
433 3 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
434 3 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
435 3 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
436 3 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
437 3 34 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
438 3 35 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
439 3 36 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
440 3 37 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
441 3 38 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
442 3 39 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
443 3 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
444 3 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
445 3 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
446 3 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
447 3 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
448 3 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
449 3 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
450 3 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
451 3 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
452 3 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
453 3 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
454 3 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
455 3 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
456 3 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
457 3 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
458 3 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
459 3 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
460 3 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
461 3 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
462 3 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
463 3 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 | |
464 3 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
465 3 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
466 3 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
467 3 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
468 3 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
469 3 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
470 3 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
471 3 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
472 3 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
473 3 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
474 3 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
475 3 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
476 3 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
477 3 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
478 3 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
479 3 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
480 3 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
481 3 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
482 3 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
483 3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
484 3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
485 3 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
486 3 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
487 3 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
488 3 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
489 3 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
490 3 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
491 3 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
492 3 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
493 3 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
494 3 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 | |
495 3 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
496 3 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
497 3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
498 3 105 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
499 3 106 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
500 3 107 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
501 3 108 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
502 3 109 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
503 3 110 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
504 3 111 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
505 3 112 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
506 3 113 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
507 3 114 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
508 3 115 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
509 3 116 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
510 3 117 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
511 3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
512 3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
513 3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
514 3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
515 3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
516 3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
517 3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
518 3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
519 3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
520 3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
521 3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
522 3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
523 3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
524 3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
525 3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 | |
526 3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
527 3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
528 3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
529 3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
530 3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
531 3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
532 3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
533 3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
534 3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
535 3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
536 3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
537 3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
538 3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 | |
539 3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
540 3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
541 3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
542 3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
543 3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
544 3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
545 3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
546 3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
547 3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
548 3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
549 3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13 | |
550 3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77 | |
551 3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
552 3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
553 3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
554 3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
555 3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
556 3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
557 3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
558 3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
559 3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
560 3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
561 3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
562 3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
563 3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
564 3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
565 3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
566 3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
567 3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
568 3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
569 3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
570 3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
571 3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
572 3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
573 3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
574 3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
575 3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
576 3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
577 3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
578 3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
579 3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
580 3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
581 3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
582 3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
583 3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
584 3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
585 3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
586 3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
587 3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
588 3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
589 3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
590 3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
591 3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
592 3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
593 3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
594 3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
595 3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
596 3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 | |
597 3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 |