Mercurial > repos > iuc > stacks2_procrad
comparison test-data/refmap/catalog.calls.vcf @ 0:9993234400f1 draft
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242 3 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
243 3 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
244 3 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
245 3 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
246 3 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
247 3 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
248 3 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
249 3 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
250 3 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
251 3 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
252 3 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
253 3 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
254 3 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
255 3 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
256 3 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
257 3 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
258 3 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
259 3 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
260 3 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
261 3 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
262 3 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 | |
263 3 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
264 3 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
265 3 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
266 3 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
267 3 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
268 3 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
269 3 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
270 3 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
271 3 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
272 3 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
273 3 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
274 3 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
275 3 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
276 3 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
277 3 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
278 3 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
279 3 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
280 3 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
281 3 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
282 3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
283 3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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296 3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
297 4 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
298 4 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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300 4 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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302 4 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
303 4 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
304 4 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
305 4 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
306 4 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
307 4 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
308 4 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
309 4 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
310 4 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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312 4 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
313 4 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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315 4 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
316 4 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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318 4 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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337 4 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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341 4 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
342 4 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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344 4 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
345 4 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
346 4 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
347 4 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
348 4 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
349 4 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
350 4 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28 | |
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353 4 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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357 4 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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481 5 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
482 5 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
483 5 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
484 5 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
485 6 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
486 6 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
487 6 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
488 6 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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492 6 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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580 7 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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582 7 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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585 7 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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587 7 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
588 7 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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592 7 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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672 7 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28 | |
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680 8 8 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
681 8 9 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
682 8 10 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
683 8 11 . C . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
684 8 12 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
685 8 13 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
686 8 14 . C . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
687 8 15 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
688 8 16 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
689 8 17 . C . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
690 8 18 . A . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
691 8 19 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
692 8 20 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
693 8 21 . A . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
694 8 22 . A . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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697 8 25 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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699 8 27 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
700 8 28 . C . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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710 8 38 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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714 8 42 . A . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
715 8 43 . T . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
716 8 44 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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718 8 46 . G . . . DP=15;AD=15 DP 9 6 | |
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956 11 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
957 11 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
958 11 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
959 11 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
960 11 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
961 11 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
962 11 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
963 11 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
964 11 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
965 11 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
966 11 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
967 11 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
968 11 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
969 11 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
970 11 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20 | |
971 11 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
972 11 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
973 11 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
974 11 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
975 11 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
976 11 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
977 11 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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981 11 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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984 11 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
985 11 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
986 11 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
987 11 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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996 11 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
997 11 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
998 11 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
999 11 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1000 11 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1001 11 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1002 11 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1003 11 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1004 11 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1005 11 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1009 11 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1010 11 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1011 11 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1012 11 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1016 11 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1017 11 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1018 11 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1019 11 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1020 11 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1021 11 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1022 11 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1023 11 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1024 11 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1030 11 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1035 11 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1037 11 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1044 11 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
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1047 11 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1048 11 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20 | |
1049 12 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1050 12 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1051 12 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1052 12 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1053 12 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1054 12 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1055 12 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1056 12 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1057 12 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1058 12 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1059 12 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1060 12 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
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1063 12 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
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1105 12 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1106 12 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1107 12 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1108 12 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1109 12 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1110 12 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1111 12 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1112 12 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1113 12 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1114 12 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1115 12 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1116 12 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1117 12 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1118 12 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1119 12 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1120 12 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
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1126 12 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1127 12 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
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1129 12 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1130 12 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1131 12 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1132 12 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1133 12 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1134 12 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1135 12 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
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1137 12 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 | |
1138 12 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1139 12 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1140 12 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1141 12 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1142 12 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 | |
1143 13 1 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1144 13 2 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1145 13 3 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1146 13 4 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1147 13 5 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1148 13 6 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1149 13 7 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1150 13 8 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1151 13 9 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1152 13 10 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1153 13 11 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1154 13 12 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1155 13 13 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1156 13 14 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1157 13 15 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1158 13 16 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1159 13 17 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1160 13 18 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1161 13 19 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1162 13 20 . G . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1163 13 21 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1164 13 22 . A . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
1165 13 23 . T . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
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1168 13 26 . C . . . DP=28;AD=28 DP 18 10 | |
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