Mercurial > repos > iuc > stacks2_refmap

comparison test-data/gstacks/catalog.calls.vcf @ 0:45385ba40a75 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460
author iuc
date Mon, 01 Jul 2019 11:03:22 -0400
parents
children 6dafad990086
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:45385ba40a75
1 ##fileformat=VCFv4.2
2 ##fileDate=20190618
3 ##source="Stacks v2.4"
4 ##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
5 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
6 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
7 ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
8 ##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
9 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
10 ##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
11 ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
12 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
13 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
14 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02
15 1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
16 1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
17 1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
18 1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
19 1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
20 1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
21 1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
22 1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
23 1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
24 1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
25 1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
26 1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
27 1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
28 1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
29 1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
30 1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
31 1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
32 1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
33 1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
34 1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
35 1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
36 1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
37 1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12
38 1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
39 1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
40 1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12
41 1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
42 1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
43 1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
44 1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
45 1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
46 1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
47 1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
48 1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
49 1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
50 1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
51 1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
52 1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
53 1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
54 1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
55 1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
56 1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
57 1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
58 1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
59 1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
60 1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
61 1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
62 1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
63 1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
64 1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
65 1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
66 1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
67 1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
68 1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
69 1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
70 1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
71 1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
72 1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
73 1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
74 1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
75 1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
76 1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
77 1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
78 1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
79 1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
80 1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
81 1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
82 1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
83 1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
84 1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
85 1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
86 1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
87 1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
88 1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
89 1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
90 1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
91 1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
92 1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
93 1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
94 1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
95 1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
96 1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
97 1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
98 1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
99 1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
100 1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
101 1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
102 1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
103 1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54
104 1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
105 1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
106 1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
107 1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
108 1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12
109 1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
110 1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
111 1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
112 1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
113 1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
114 1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
115 1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
116 1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
117 1 113 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
118 1 114 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
119 1 115 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
120 1 116 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
121 1 117 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
122 1 118 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
123 1 119 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
124 1 120 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
125 1 121 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
126 1 122 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
127 1 123 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
128 1 124 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
129 1 125 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
130 1 126 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
131 1 127 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
132 1 128 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
133 1 129 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
134 1 130 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
135 1 131 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
136 1 132 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
137 1 133 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
138 1 134 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
139 1 135 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
140 1 136 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
141 1 137 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
142 1 138 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
143 1 139 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
144 1 140 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
145 1 141 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
146 1 142 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
147 1 143 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
148 1 144 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
149 1 145 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
150 1 146 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
151 1 147 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
152 1 148 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
153 1 149 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
154 1 150 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
155 1 151 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
156 1 152 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
157 1 153 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
158 1 154 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
159 1 155 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
160 1 156 . A . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
161 1 157 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
162 1 158 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
163 1 159 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
164 1 160 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
165 1 161 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
166 1 162 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
167 1 163 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
168 1 164 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
169 1 165 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
170 1 166 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
171 1 167 . A . . . DP=16;AD=16 DP 11 5
172 1 168 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
173 1 169 . T . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
174 1 170 . G . . . DP=19;AD=16 DP 11 8
175 1 171 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
176 1 172 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
177 1 173 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
178 1 174 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
179 1 175 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
180 1 176 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
181 1 177 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
182 1 178 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
183 1 179 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
184 1 180 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
185 1 181 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
186 1 182 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
187 1 183 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
188 1 184 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
189 1 185 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
190 1 186 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
191 1 187 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
192 1 188 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
193 1 189 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
194 1 190 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
195 1 191 . C . . . DP=19;AD=18 DP 11 8
196 1 192 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
197 1 193 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
198 1 194 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
199 1 195 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
200 1 196 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
201 1 197 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
202 1 198 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
203 1 199 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
204 1 200 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
205 1 201 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
206 1 202 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
207 1 203 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
208 1 204 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8
209 2 1 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
210 2 2 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
211 2 3 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
212 2 4 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
213 2 5 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
214 2 6 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
215 2 7 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
216 2 8 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
217 2 9 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
218 2 10 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
219 2 11 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
220 2 12 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
221 2 13 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
222 2 14 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
223 2 15 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
224 2 16 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
225 2 17 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
226 2 18 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
227 2 19 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
228 2 20 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
229 2 21 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
230 2 22 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
231 2 23 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
232 2 24 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
233 2 25 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
234 2 26 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
235 2 27 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
236 2 28 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
237 2 29 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
238 2 30 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
239 2 31 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
240 2 32 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28
241 2 33 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
242 2 34 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
243 2 35 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
244 2 36 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
245 2 37 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
246 2 38 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
247 2 39 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
248 2 40 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
249 2 41 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
250 2 42 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
251 2 43 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
252 2 44 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
253 2 45 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
254 2 46 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
255 2 47 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
256 2 48 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
257 2 49 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
258 2 50 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
259 2 51 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
260 2 52 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
261 2 53 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
262 2 54 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28
263 2 55 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
264 2 56 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
265 2 57 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
266 2 58 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
267 2 59 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
268 2 60 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
269 2 61 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
270 2 62 . A . . . DP=56;AD=55 DP 28 28
271 2 63 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
272 2 64 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
273 2 65 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
274 2 66 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
275 2 67 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
276 2 68 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
277 2 69 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
278 2 70 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
279 2 71 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
280 2 72 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
281 2 73 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
282 2 74 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
283 2 75 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
284 2 76 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
285 2 77 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
286 2 78 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
287 2 79 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
288 2 80 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
289 2 81 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
290 2 82 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
291 2 83 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
292 2 84 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
293 2 85 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
294 2 86 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
295 2 87 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
296 2 88 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
297 2 89 . G . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
298 2 90 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
299 2 91 . C . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
300 2 92 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
301 2 93 . A . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
302 2 94 . T . . . DP=56;AD=56 DP 28 28
303 2 105 . T . . . DP=12;AD=12 DP . 12
304 2 106 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
305 2 107 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
306 2 108 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
307 2 109 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
308 2 110 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
309 2 111 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
310 2 112 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
311 2 113 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
312 2 114 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
313 2 115 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
314 2 116 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
315 2 117 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
316 2 118 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
317 2 119 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
318 2 120 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
319 2 121 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
320 2 122 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
321 2 123 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
322 2 124 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
323 2 125 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
324 2 126 . C . . . DP=46;AD=45 DP 23 23
325 2 127 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
326 2 128 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
327 2 129 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
328 2 130 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
329 2 131 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
330 2 132 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
331 2 133 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
332 2 134 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
333 2 135 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
334 2 136 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
335 2 137 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
336 2 138 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
337 2 139 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
338 2 140 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
339 2 141 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
340 2 142 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
341 2 143 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
342 2 144 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
343 2 145 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
344 2 146 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
345 2 147 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
346 2 148 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
347 2 149 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
348 2 150 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
349 2 151 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
350 2 152 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
351 2 153 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
352 2 154 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
353 2 155 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
354 2 156 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
355 2 157 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
356 2 158 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
357 2 159 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
358 2 160 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
359 2 161 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
360 2 162 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
361 2 163 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99
362 2 164 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
363 2 165 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
364 2 166 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
365 2 167 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
366 2 168 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
367 2 169 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
368 2 170 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
369 2 171 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
370 2 172 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
371 2 173 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
372 2 174 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
373 2 175 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
374 2 176 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23
375 2 177 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
376 2 178 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
377 2 179 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
378 2 180 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
379 2 181 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
380 2 182 . G A 40 . DP=46;AD=34,12;AF=0.261 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0/0:.:.:40:23:23,0:-0.00,-6.89,-68.45 1|0:163:.:40:23:11,12:-28.67,0.00,-25.99
381 2 183 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
382 2 184 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
383 2 185 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
384 2 186 . T . . . DP=46;AD=45 DP 23 23
385 2 187 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
386 2 188 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
387 2 189 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
388 2 190 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
389 2 191 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
390 2 192 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
391 2 193 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
392 2 194 . G . . . DP=46;AD=45 DP 23 23
393 2 195 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
394 2 196 . G . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
395 2 197 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
396 2 198 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
397 2 199 . T . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
398 2 200 . A . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
399 2 201 . C . . . DP=46;AD=46 DP 23 23
400 2 202 . A . . . DP=34;AD=34 DP 23 11
401 2 203 . C . . . DP=34;AD=34 DP 23 11
402 2 204 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11
403 2 205 . G . . . DP=34;AD=34 DP 23 11
404 3 1 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
405 3 2 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
406 3 3 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
407 3 4 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
408 3 5 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
409 3 6 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
410 3 7 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
411 3 8 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
412 3 9 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
413 3 10 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
414 3 11 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
415 3 12 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
416 3 13 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
417 3 14 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
418 3 15 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
419 3 16 . A . . . DP=40;AD=39 DP 20 20
420 3 17 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
421 3 18 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
422 3 19 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
423 3 20 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
424 3 21 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
425 3 22 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
426 3 23 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
427 3 24 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
428 3 25 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
429 3 26 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
430 3 27 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
431 3 28 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
432 3 29 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
433 3 30 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
434 3 31 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
435 3 32 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
436 3 33 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
437 3 34 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
438 3 35 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
439 3 36 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
440 3 37 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
441 3 38 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
442 3 39 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
443 3 40 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
444 3 41 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
445 3 42 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
446 3 43 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
447 3 44 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
448 3 45 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
449 3 46 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
450 3 47 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
451 3 48 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
452 3 49 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
453 3 50 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
454 3 51 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
455 3 52 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
456 3 53 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
457 3 54 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
458 3 55 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
459 3 56 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
460 3 57 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
461 3 58 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
462 3 59 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
463 3 60 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20
464 3 61 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
465 3 62 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
466 3 63 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
467 3 64 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
468 3 65 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
469 3 66 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
470 3 67 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
471 3 68 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
472 3 69 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
473 3 70 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
474 3 71 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
475 3 72 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
476 3 73 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
477 3 74 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
478 3 75 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
479 3 76 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
480 3 77 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
481 3 78 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
482 3 79 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
483 3 80 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
484 3 81 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
485 3 82 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
486 3 83 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
487 3 84 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
488 3 85 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
489 3 86 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
490 3 87 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
491 3 88 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
492 3 89 . T . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
493 3 90 . C . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
494 3 91 . T . . . DP=40;AD=39 DP 20 20
495 3 92 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
496 3 93 . G . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
497 3 94 . A . . . DP=40;AD=40 DP 20 20
498 3 105 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
499 3 106 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
500 3 107 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
501 3 108 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
502 3 109 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
503 3 110 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
504 3 111 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
505 3 112 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
506 3 113 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
507 3 114 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
508 3 115 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
509 3 116 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
510 3 117 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
511 3 118 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
512 3 119 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
513 3 120 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
514 3 121 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
515 3 122 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
516 3 123 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
517 3 124 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
518 3 125 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
519 3 126 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
520 3 127 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
521 3 128 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
522 3 129 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
523 3 130 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
524 3 131 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
525 3 132 . C . . . DP=30;AD=29 DP 17 13
526 3 133 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
527 3 134 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
528 3 135 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
529 3 136 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
530 3 137 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
531 3 138 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
532 3 139 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
533 3 140 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
534 3 141 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
535 3 142 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
536 3 143 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
537 3 144 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
538 3 145 . T C 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
539 3 146 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
540 3 147 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
541 3 148 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
542 3 149 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
543 3 150 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
544 3 151 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
545 3 152 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
546 3 153 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
547 3 154 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
548 3 155 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
549 3 156 . T . . . DP=30;AD=29 DP 17 13
550 3 157 . T G 40 . DP=30;AD=16,14;AF=0.467 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:145:.:40:17:8,9:-20.29,0.00,-17.57 1|0:145:.:40:13:8,5:-10.39,-0.00,-18.77
551 3 158 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
552 3 159 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
553 3 160 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
554 3 161 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
555 3 162 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
556 3 163 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
557 3 164 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
558 3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
559 3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
560 3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
561 3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
562 3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
563 3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
564 3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
565 3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
566 3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
567 3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
568 3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
569 3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
570 3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
571 3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
572 3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
573 3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
574 3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
575 3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
576 3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
577 3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
578 3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
579 3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
580 3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
581 3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
582 3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
583 3 190 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
584 3 191 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
585 3 192 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
586 3 193 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
587 3 194 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
588 3 195 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
589 3 196 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
590 3 197 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
591 3 198 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
592 3 199 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
593 3 200 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
594 3 201 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
595 3 202 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
596 3 203 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13
597 3 204 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13