# HG changeset patch # User iuc # Date 1561993402 14400 # Node ID 45385ba40a75a3c7ab5b05bf878c39423871bbfc planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,596 @@ + + + + + stacks + + + + + 2.4 + 0 + + 18.01 + + + + 10.1111/mec.12354 + 10.1111/mec.12330 + 10.1534/g3.111.000240 + 10.1534/genetics.111.127324 + 10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x + 10.1073/pnas.1006538107 + + + + + + + + + +`_ + +`Stacks manual `_ + +`Stacks google group `_ +]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + > '$output_log' && + #end if + ]]> + &1 + #end if + ]]> + + + + + + add_log + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + stacks_outputs/catalog.calls.vcf + ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + add_log_distribs + + + + mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None + + + mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + + + populations_output['fasta_loci'] + + + populations_output['fasta_samples'] + + + populations_output['fasta_samples_raw'] + + + + + populations_output['phylip'] + + + populations_output['phylip'] + + + populations_output['phylip_var'] + + + populations_output['phylip_var'] + + + + + populations_output['genepop'] + + + populations_output['genepop'] + + + + + populations_output['vcf'] + + + populations_output['vcf'] + + + + + populations_output['plink'] + + + populations_output['plink'] + + + + + populations_output['hzar'] + + + + populations_output['structure'] + + + + + populations_output['radpainter'] + + + + + populations_output['treemix'] + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 macros_process.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros_process.xml Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,183 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + input_type['input_type_select'] == "single" + + + + input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + + capture is True and input_type['input_type_select'] == "single" + + + + capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 stacks_refmap.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/stacks_refmap.xml Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,151 @@ + + the Stacks pipeline with a reference genome (ref_map.pl) + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + +
+ +
+ +
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +`_ + +Notes: For the tags file, each stack will start in the file with a consensus sequence for the entire stack followed by the flags for that stack. Then, each individual read that was merged into that stack will follow. The next stack will start with another consensus sequence. + + +- XXX.snps.tsv file: + +See `Stacks output description `_ + +Notes: If a stack has two SNPs called within it, then there will be two lines in this file listing each one. + + +- XXX.alleles.tsv file: + +See `Stacks output description `_ + + +- XXX.matches.tsv file: + +See `Stacks output description `_ + +Notes: Each line in this file records a match between a catalog locus and a locus in an individual, for a particular haplotype. The Batch ID plus the Catalog ID together represent a unique locus in the entire population, while the Sample ID and the Stack ID together represent a unique locus in an individual sample. + + +- other files: + +See `Stacks output description `_ + +@STACKS_INFOS@ +]]> + + +
diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/clonefilter/clonefilter.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +Processing single-end data. +Searching for inline oligo on single-end read. +Found 1 input file(s). +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz] + Reading data from: + stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz +Calculating the distribution of cloned read pairs... +5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads. diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 AC 0 0 +0 1 CA 0 0 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.snps.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 33 E 0 A C - - +0 1 88 E 0 A C - - diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/catalog.tags.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.tags.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 consensus 0 1_1,2_1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0 +0 2 consensus 0 1_2,2_2 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0 +0 3 consensus 0 1_3,2_3 AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA 0 0 0 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/cstacks/cstacks.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/cstacks.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,29 @@ +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,320 @@ +>lane1_fakedata0_0 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_1 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_2 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_3 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_4 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_5 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_6 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_7 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_8 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_9 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/dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/denovo_map.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,309 @@ +denovo_map.pl version 2.4 started at 2019-06-18 10:34:45 +/home/berntm/miniconda3/envs/mulled-v1-2b57e7596f85ebb3b321e6c9681e8fd9250523a80d97945c46ac7743359454e7/bin/denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired + +ustacks +========== + +Sample 1 of 2 'PopA_01' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_01.1.fq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Sample 2 of 2 'PopA_02' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Depths of Coverage for Processed Samples: +PopA_01: 22.00x +PopA_02: 20.00x + +cstacks +========== +cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. + +sstacks +========== +sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done. + +tsv2bam +========== +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ + +Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'. +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done. + +gstacks +========== +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. + +populations +========== +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/populations.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. +denovo_map.pl is done. + +denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +PopA_01 1 +PopA_02 1 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gentest.sh --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gentest.sh Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ +#!/usr/bin/env bash + +mkdir stacks_outputs + +denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired && +gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf +rm stacks_outputs/catalog.calls + +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/ +mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/ +mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/ +mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/ +mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/ +mv stacks_outputs/populations.* populations/ +mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/ + +rmdir stacks_outputs diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam Binary file test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam Binary file test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/alignments.bam Binary file test-data/gstacks/alignments.bam has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/catalog.calls.vcf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,597 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190618 +##source="Stacks v2.4" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 79 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 80 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 81 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 82 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 83 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 84 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 85 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 86 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 87 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 88 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 89 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 1|0:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 1|0:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 90 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 91 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 92 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 93 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 94 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 105 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 106 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 107 . T . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 108 . C . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 109 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 110 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 111 . A . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 112 . G . . . DP=19;AD=19 DP 11 8 +1 113 . G . . . 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C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 165 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 166 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 167 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 168 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 169 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 170 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 171 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 172 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 173 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 174 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 175 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 176 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 177 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 178 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 179 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 180 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 181 . C . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 182 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 183 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 184 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 185 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 186 . A . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 187 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 188 . T . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 189 . G . . . DP=30;AD=30 DP 17 13 +3 190 . A . . . 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DP=30;AD=30 DP 17 13 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/catalog.fa.gz Binary file test-data/gstacks/catalog.fa.gz has changed diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/gstacks.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,34 @@ +gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/gstacks/gstacks.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name` + +BEGIN effective_coverages_per_sample +# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of +# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). +sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns +PopA_01 3 96 32.000 32.000 +PopA_02 3 90 30.000 30.000 +END effective_coverages_per_sample + +BEGIN phasing_rates_per_sample +sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate +PopA_01 3 2 2 0.000 +PopA_02 3 3 3 0.000 +END phasing_rates_per_sample + +BEGIN clockings +Num. threads: 1 +Parallel time: 0.0 +Average thread time spent: + 0.0 reading (3.1%) + 0.0 processing (95.2%) + 0.0 pre-alignments block (72.2%) + 0.0 reformatting fw-reads (0.1%) + 0.0 assembling (22.2%) + 0.0 initializing alignments (5.4%) + 0.0 aligning (42.9%) + 0.0 merging read pairs (1.5%) + 0.0 post-alignments block (21.2%) + 0.0 filtering reads (0.0%) + 0.0 counting nucleotides (3.5%) + 0.0 genotyping (1.9%) + 0.0 haplotyping (1.0%) + 0.0 computing consensus (0.1%) + 0.0 building_fa (0.1%) + 0.0 building_vcf (14.6%) + 0.0 writing_fa (0.1%) + 0.0 writing_vcf (1.3%) + 0.0 clocking (0.2%) +Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%) +VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 +END clockings diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kfreq.tsv diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# KmerFrequency Count +1 408 +2 136 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/kmerfilter/kmerfilter.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +Using a kmer size of 16 +Filtering out reads by identifying rare kmers: On. + A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read. + A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row. +Filtering out reads by identifying abundant kmers: On. + Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times. + A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers. +Normalizing read depth: Off. +Found 1 input file(s). +Found 0 paired input file(s). +Generating kmer distribution... +Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq] +540 unique k-mers recorded. +Filtering reads by kmer frequency... +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq] + 5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads. +Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log' + +5 total sequences; + 0 rare k-mer reads; + 0 abundant k-mer reads; +5 retained reads. diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/blacklist.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +666 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fixed.phylip --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +1 0 +1 +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fixed.phylip.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 +# Seq Pos Locus ID Column Population diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.fst_summary.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ + 1 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haplotypes.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 +1 2 AC/CA AC/CA +2 2 GG/GG AA/GG +3 2 CG/TT CG/TT diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.genepop --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1,2,3 +pop +PopA_01, 0102 0102 0101 +PopA_02, 0102 0102 0102 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.radpainter --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +PopA_01 PopA_02 +AC/CA AC/CA +CG/TT CG/TT +GG AA/GG diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.haps.vcf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,18 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##INFO= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 +2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 +3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.hapstats.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +1 un 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +2 un 205 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3 +3 un 410 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.hzar.csv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; HZAR v0.2-5; June 18, 2019 +Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N +1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.loci.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1 +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2 +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3 +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,47 @@ +populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen. +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_postfilters diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.markers.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +2 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a; +3 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b; diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.phistats.tsv diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Phi_st Means + 1 + +# Fst' Means + 1 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.plink.map --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.map Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +un 1_33 0 34 +un 1_88 0 89 +un 2_144 0 349 +un 2_156 0 361 +un 3_162 0 571 +un 3_181 0 590 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/populations/populations.plink.ped --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; 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Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +10 Contig_3091 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +12 Contig_3358 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +13 Contig_3569 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 test-data/refmap/populations.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Mon Jul 01 11:03:22 2019 -0400 @@ -0,0 +1,57 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen. + 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%). +Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_postfilters diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 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ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 diff -r 000000000000 -r 45385ba40a75 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