# HG changeset patch # User iuc # Date 1561993069 14400 # Node ID 7e5a174bc201d84fa21d66ad97050b49878956ee planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit b395fa36fa826e26085820ba3a9faacaeddcb460 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,596 @@ + + + + + stacks + + + + + 2.4 + 0 + + 18.01 + + + + 10.1111/mec.12354 + 10.1111/mec.12330 + 10.1534/g3.111.000240 + 10.1534/genetics.111.127324 + 10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x + 10.1073/pnas.1006538107 + + + + + + + + + +`_ + +`Stacks manual `_ + +`Stacks google group `_ +]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + > '$output_log' && + #end if + ]]> + &1 + #end if + ]]> + + + + + + add_log + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + stacks_outputs/catalog.calls.vcf + ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + add_log_distribs + + + + mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None + + + mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes' + + + + + populations_output['fasta_loci'] + + + populations_output['fasta_samples'] + + + populations_output['fasta_samples_raw'] + + + + + populations_output['phylip'] + + + populations_output['phylip'] + + + populations_output['phylip_var'] + + + populations_output['phylip_var'] + + + + + populations_output['genepop'] + + + populations_output['genepop'] + + + + + populations_output['vcf'] + + + populations_output['vcf'] + + + + + populations_output['plink'] + + + populations_output['plink'] + + + + + populations_output['hzar'] + + + + populations_output['structure'] + + + + + populations_output['radpainter'] + + + + + populations_output['treemix'] + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 macros_process.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros_process.xml Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,183 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + input_type['input_type_select'] == "single" + + + + input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + + capture is True and input_type['input_type_select'] == "single" + + + + capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired" + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 stacks_ustacks.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/stacks_ustacks.xml Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,298 @@ + + Identify unique stacks + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + +
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diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/R1_0001.1.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/R2_0001.2.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed1_0001.1.1.fq.single.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz Binary file test-data/clonefilter/Removed2_0001.2.2.fq.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/clonefilter/clonefilter.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/clonefilter/clonefilter.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +Processing single-end data. +Searching for inline oligo on single-end read. +Found 1 input file(s). +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq.gz] + Reading data from: + stacks_inputs/R1_0001.fastq.gz +Calculating the distribution of cloned read pairs... +5 pairs of reads input. 4 pairs of reads output, discarded 0 pairs of reads, 20.00% clone reads. diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 AC 0 0 +0 1 CA 0 0 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/cstacks/catalog.snps.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cstacks/catalog.snps.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# cstacks version 2.4; catalog generated on 2019-06-18 10:34:45 +0 1 33 E 0 A C - - +0 1 88 E 0 A C - - diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/cstacks/catalog.tags.tsv --- 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stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,320 @@ +>lane1_fakedata0_0 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_1 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_2 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_3 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_4 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_5 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_6 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_7 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_8 1:N:0: +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAA +>lane1_fakedata0_9 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/dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/denovo_map.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,309 @@ +denovo_map.pl version 2.4 started at 2019-06-18 10:34:45 +/home/berntm/miniconda3/envs/mulled-v1-2b57e7596f85ebb3b321e6c9681e8fd9250523a80d97945c46ac7743359454e7/bin/denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired + +ustacks +========== + +Sample 1 of 2 'PopA_01' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_01.1.fq' + Sample ID: 1 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 66 reads; formed: + 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) + 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) + +Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) +Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) + +Assembling stacks (max. dist. 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N=4 from consensus)... + Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) + +Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Sample 2 of 2 'PopA_02' +---------- +ustacks -t fastq -f demultiplexed/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 +ustacks parameters selected: + Input file: 'demultiplexed/PopA_02.1.fq' + Sample ID: 2 + Min depth of coverage to create a stack (m): 3 + Repeat removal algorithm: enabled + Max distance allowed between stacks (M): 2 + Max distance allowed to align secondary reads: 4 + Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 + Deleveraging algorithm: disabled + Gapped assembly: enabled + Minimum alignment length: 0.8 + Model type: SNP + Alpha significance level for model: 0.05 + +Loading RAD-Tags... + +Loaded 60 reads; formed: + 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) + 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) + +Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) +Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... + Blacklisted 0 stacks. +Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Assembling stacks (max. dist. M=2)... + Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. +Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) + +Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... + Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. +Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Assembled 3 stacks into 3 stacks. +Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... + Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). +Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) + +Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) +Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... +Writing tags, SNPs, and alleles files... +Refetching read IDs...done. +ustacks is done. + +Depths of Coverage for Processed Samples: +PopA_01: 22.00x +PopA_02: 20.00x + +cstacks +========== +cstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +cstacks parameters selected: + Loci matched based on sequence identity. + Number of mismatches allowed between stacks: 1 + Gapped alignments: enabled +Constructing catalog from 2 samples. + +Initializing new catalog... + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv + 3 loci were newly added to the catalog. + +Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... + 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. +Searching for gapped alignments... +Merging matches into catalog... + 3 loci were matched to a catalog locus. + 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. + 0 loci were newly added to the catalog. + 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. + 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. + +Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'. +Final catalog contains 3 loci. +cstacks is done. + +sstacks +========== +sstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Searching for matches by sequence identity... + Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv +Populating kmer dictionary for exact matches...done. +Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv + +Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2] + Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv + Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv +Searching for sequence matches... +3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. + 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. +Searching for gapped alignments... +Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. + 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. + 0 loci matched no catalog locus; + 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. + 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. + 0 loci had no verified haplotypes. + 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. +Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv + +sstacks is done. + +tsv2bam +========== +tsv2bam -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv -R demultiplexed/ + +Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'. +Configuration for this run: + Stacks directory: 'stacks_outputs/' + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Num. samples: 2 + Paired-end reads directory: 'demultiplexed/' + +Paired-end reads files found, e.g. 'demultiplexed/PopA_01.2.fq'. +Loading the catalog... +Processing sample 'PopA_01'... +Processing sample 'PopA_02'... + +Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. +Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. + +tsv2bam is done. + +gstacks +========== +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. + +populations +========== +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv + +Logging to 'stacks_outputs/populations.log'. +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. +denovo_map.pl is done. + +denovo_map.pl completed at 2019-06-18 10:34:45 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/denovo_map/popmap_cstacks.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +PopA_01 1 +PopA_02 1 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gentest.sh --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gentest.sh Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ +#!/usr/bin/env bash + +mkdir stacks_outputs + +denovo_map.pl --samples demultiplexed --popmap denovo_map/popmap_cstacks.tsv -o stacks_outputs --paired && +gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf +rm stacks_outputs/catalog.calls + +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.{tags,snps,alleles}.tsv ustacks/ +mv stacks_outputs/catalog.{tags,snps,alleles}.tsv cstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.tsv sstacks/ +mv stacks_outputs/PopA_0{1,2}.matches.bam tsv2bam/ +mv stacks_outputs/tsv2bam.log tsv2bam/ +mv stacks_outputs/catalog.{calls.vcf,fa.gz} gstacks/ +mv stacks_outputs/gstacks.log* gstacks/ +mv stacks_outputs/populations.* populations/ +mv stacks_outputs/denovo_map.log denovo_map/ + +rmdir stacks_outputs diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam Binary file test-data/gstacks/PopA_01.alns.bam has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam Binary file test-data/gstacks/PopA_02.alns.bam has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/alignments.bam Binary file test-data/gstacks/alignments.bam has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/catalog.calls.vcf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/catalog.calls.vcf Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,597 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190618 +##source="Stacks v2.4" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 2 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 3 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 4 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 5 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 6 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 7 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 8 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 9 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 10 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 11 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 12 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 13 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 14 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 15 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 16 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 17 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 18 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 19 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 20 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 21 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 22 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 23 . T . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 24 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 25 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 26 . C . . . DP=30;AD=29 DP 18 12 +1 27 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 28 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 29 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 30 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 31 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 32 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 33 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 34 . A C 40 . DP=30;AD=15,15;AF=0.5 GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL 0|1:34:.:40:18:9,9:-20.07,0.00,-20.07 0|1:34:.:40:12:6,6:-13.54,-0.00,-13.54 +1 35 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 36 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 37 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 38 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 39 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 40 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 41 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 42 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 43 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 44 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 45 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 46 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 47 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 48 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 49 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 50 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 51 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 52 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 53 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 54 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 55 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 56 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 57 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 58 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 59 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 60 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 61 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 62 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 63 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 64 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 65 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 66 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 67 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 68 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 69 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 70 . T . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 71 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 72 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 73 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 74 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 75 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 76 . A . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 77 . C . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 78 . G . . . DP=30;AD=30 DP 18 12 +1 79 . C . . . 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DP=30;AD=30 DP 17 13 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/catalog.fa.gz Binary file test-data/gstacks/catalog.fa.gz has changed diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/gstacks.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,34 @@ +gstacks v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +gstacks -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. + +Configuration for this run: + Input mode: denovo + Population map: 'denovo_map/popmap_cstacks.tsv' + Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Output to: 'stacks_outputs/' + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) + +Reading BAM headers... +Processing all loci... +20%... +50%... +100% + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). + +Genotyped 3 loci: + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing + +gstacks is done. diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/gstacks/gstacks.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name` + +BEGIN effective_coverages_per_sample +# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of +# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). +sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns +PopA_01 3 96 32.000 32.000 +PopA_02 3 90 30.000 30.000 +END effective_coverages_per_sample + +BEGIN phasing_rates_per_sample +sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate +PopA_01 3 2 2 0.000 +PopA_02 3 3 3 0.000 +END phasing_rates_per_sample + +BEGIN clockings +Num. threads: 1 +Parallel time: 0.0 +Average thread time spent: + 0.0 reading (3.1%) + 0.0 processing (95.2%) + 0.0 pre-alignments block (72.2%) + 0.0 reformatting fw-reads (0.1%) + 0.0 assembling (22.2%) + 0.0 initializing alignments (5.4%) + 0.0 aligning (42.9%) + 0.0 merging read pairs (1.5%) + 0.0 post-alignments block (21.2%) + 0.0 filtering reads (0.0%) + 0.0 counting nucleotides (3.5%) + 0.0 genotyping (1.9%) + 0.0 haplotyping (1.0%) + 0.0 computing consensus (0.1%) + 0.0 building_fa (0.1%) + 0.0 building_vcf (14.6%) + 0.0 writing_fa (0.1%) + 0.0 writing_vcf (1.3%) + 0.0 clocking (0.2%) +Total time spent writing vcf: 0.0 (1.3%) +VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 +END clockings diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/kmerfilter/kfreq.tsv diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# KmerFrequency Count +1 408 +2 136 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/kmerfilter/kmerfilter.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kmerfilter.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +Using a kmer size of 16 +Filtering out reads by identifying rare kmers: On. + A kmer is considered rare when its coverage is at 15% or below the median kmer coverage for the read. + A read is dropped when it contains 13 or more rare kmers in a row. +Filtering out reads by identifying abundant kmers: On. + Kmer is considered abundant when it occurs 20000 or more times. + A read is dropped when it contains 80% or more abundant kmers. +Normalizing read depth: Off. +Found 1 input file(s). +Found 0 paired input file(s). +Generating kmer distribution... +Generating kmers from file 1 of 1 [R1_0001.fastq] +540 unique k-mers recorded. +Filtering reads by kmer frequency... +Processing file 1 of 1 [R1_0001.fastq] + 5 total reads; -0 rare k-mer reads; -0 abundant k-mer reads; 5 retained reads. +Outputing details to log: 'stacks_outputs/kmer_filter.log' + +5 total sequences; + 0 rare k-mer reads; + 0 abundant k-mer reads; +5 retained reads. diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/blacklist.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +666 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.fixed.phylip --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +1 0 +1 +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.fixed.phylip.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +# Stacks v2.4; Phylip sequential; June 17, 2019 +# Seq Pos Locus ID Column Population diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.fst_summary.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.fst_summary.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ + 1 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.haplotypes.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 +1 2 AC/CA AC/CA +2 2 GG/GG AA/GG +3 2 CG/TT CG/TT diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.haps.genepop --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +Stacks v2.4; GenePop v4.1.3; June 17, 2019 +1,2,3 +pop +PopA_01, 0102 0102 0101 +PopA_02, 0102 0102 0102 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.haps.radpainter --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +PopA_01 PopA_02 +AC/CA AC/CA +CG/TT CG/TT +GG AA/GG diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.haps.vcf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,18 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20190617 +##source="Stacks v2.4" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##INFO= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 +1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 +2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 +3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.hapstats.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +1 un 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +2 un 205 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3 +3 un 410 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.hzar.csv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.hzar.csv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; HZAR v0.2-5; June 18, 2019 +Population,Distance,1_33.A,1_33.B,1_33.N,1_88.A,1_88.B,1_88.N,2_162.A,2_162.B,2_162.N,2_181.A,2_181.B,2_181.N,3_144.A,3_144.B,3_144.N,3_156.A,3_156.B,3_156.N +1,0,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4,0.75,0.25,4,0.75,0.25,4,0.5,0.5,4,0.5,0.5,4 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.loci.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks version 2.4; June 17, 2019 +>CLocus_1 +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG +>CLocus_2 +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG +>CLocus_3 +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.log --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,47 @@ +populations v2.4, executed 2019-06-18 10:34:45 (zlib-1.2.11) +populations -P stacks_outputs -M denovo_map/popmap_cstacks.tsv +Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +populations parameters selected: + Percent samples limit per population: 0 + Locus Population limit: 1 + Percent samples overall: 0 + Minor allele frequency cutoff: 0 + Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 + Applying Fst correction: none. + Pi/Fis kernel smoothing: off + Fstats kernel smoothing: off + Bootstrap resampling: off + +Parsing population map... +The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). +Working on 2 samples. +Working on 1 population(s): + 1: PopA_01, PopA_02 +Working on 1 group(s) of populations: + defaultgrp: 1 + +Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' +Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' +Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' +Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' + +Processing data in batches: + * load a batch of catalog loci and apply filters + * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics + * write the above statistics in the output files + * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) +More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. +Now processing... +Batch 1 + +Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). + +Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 +Populations is done. diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen. +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 3 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 3 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +2 3 +END snps_per_loc_postfilters diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.markers.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +2 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a; +3 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b; diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.phistats.tsv diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.phistats_summary.tsv Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Phi_st Means + 1 + +# Fst' Means + 1 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.plink.map --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.map Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +# Stacks v2.4; PLINK v1.07; June 17, 2019 +un 1_33 0 34 +un 1_88 0 89 +un 2_144 0 349 +un 2_156 0 361 +un 3_162 0 571 +un 3_181 0 590 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/populations/populations.plink.ped --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Stacks v2.4; 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Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +10 Contig_3091 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +12 Contig_3358 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +13 Contig_3569 1 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 test-data/refmap/populations.log.distribs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Mon Jul 01 10:57:49 2019 -0400 @@ -0,0 +1,57 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen. + 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%). +Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +2 13 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +0 13 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_postfilters diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 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ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 diff -r 000000000000 -r 7e5a174bc201 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