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diff test-data/testdata1_f @ 0:a1574aada200 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/structure commit b4d0a8f3dfee920840c77befdf626c52a5d617cb
| author | iuc |
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| date | Wed, 15 Nov 2017 16:31:24 -0500 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/testdata1_f Wed Nov 15 16:31:24 2017 -0500 @@ -0,0 +1,347 @@ + + +---------------------------------------------------- +STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000) + and Falush, Stephens and Pritchard (2003) + Code by Pritchard, Falush and Hubisz + Version 2.3.4 (Jul 2012) +---------------------------------------------------- + + + +Command line arguments: structure -i /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat -o outfile -m /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpKOW8yP -e /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpLDe27N +Input File: /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat + +Run parameters: + 200 individuals + 5 loci + 2 populations assumed + 10000 Burn-in period + 20000 Reps +RANDOMIZE turned off + + +-------------------------------------------- +Proportion of membership of each pre-defined + population in each of the 2 clusters + +Given Inferred Clusters Number of + Pop 1 2 Individuals + + 1: 0.033 0.967 100 + 2: 0.961 0.039 100 +-------------------------------------------- + +Allele-freq. divergence among pops (Net nucleotide distance), +computed using point estimates of P. + + 1 2 + 1 - 0.0691 + 2 0.0691 - + +Average distances (expected heterozygosity) between individuals in same cluster: +cluster 1 : 0.8378 +cluster 2 : 0.8195 + +-------------------------------------------- +Estimated Ln Prob of Data = -3966.7 +Mean value of ln likelihood = -3924.5 +Variance of ln likelihood = 84.4 +Mean value of alpha = 0.0428 + +Mean value of Fst_1 = 0.0712 +Mean value of Fst_2 = 0.0966 + + +Inferred ancestry of individuals: + Label (%Miss) Pop: Inferred clusters + 1 1 (0) 1 : 0.016 0.984 + 2 2 (0) 1 : 0.011 0.989 + 3 3 (0) 1 : 0.010 0.990 + 4 4 (0) 1 : 0.008 0.992 + 5 5 (0) 1 : 0.044 0.956 + 6 6 (0) 1 : 0.009 0.991 + 7 7 (0) 1 : 0.011 0.989 + 8 8 (0) 1 : 0.021 0.979 + 9 9 (0) 1 : 0.036 0.964 + 10 10 (0) 1 : 0.009 0.991 + 11 11 (0) 1 : 0.047 0.953 + 12 12 (0) 1 : 0.016 0.984 + 13 13 (0) 1 : 0.008 0.992 + 14 14 (0) 1 : 0.009 0.991 + 15 15 (0) 1 : 0.012 0.988 + 16 16 (0) 1 : 0.008 0.992 + 17 17 (0) 1 : 0.012 0.988 + 18 18 (0) 1 : 0.012 0.988 + 19 19 (0) 1 : 0.009 0.991 + 20 20 (0) 1 : 0.040 0.960 + 21 21 (0) 1 : 0.007 0.993 + 22 22 (0) 1 : 0.048 0.952 + 23 23 (0) 1 : 0.010 0.990 + 24 24 (0) 1 : 0.012 0.988 + 25 25 (0) 1 : 0.041 0.959 + 26 26 (0) 1 : 0.006 0.994 + 27 27 (0) 1 : 0.008 0.992 + 28 28 (0) 1 : 0.024 0.976 + 29 29 (0) 1 : 0.051 0.949 + 30 30 (0) 1 : 0.007 0.993 + 31 31 (0) 1 : 0.009 0.991 + 32 32 (0) 1 : 0.019 0.981 + 33 33 (0) 1 : 0.013 0.987 + 34 34 (0) 1 : 0.022 0.978 + 35 35 (0) 1 : 0.006 0.994 + 36 36 (0) 1 : 0.173 0.827 + 37 37 (0) 1 : 0.008 0.992 + 38 38 (0) 1 : 0.010 0.990 + 39 39 (0) 1 : 0.062 0.938 + 40 40 (0) 1 : 0.044 0.956 + 41 41 (0) 1 : 0.006 0.994 + 42 42 (0) 1 : 0.030 0.970 + 43 43 (0) 1 : 0.050 0.950 + 44 44 (0) 1 : 0.008 0.992 + 45 45 (0) 1 : 0.026 0.974 + 46 46 (0) 1 : 0.006 0.994 + 47 47 (0) 1 : 0.027 0.973 + 48 48 (0) 1 : 0.018 0.982 + 49 49 (0) 1 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85 (0) 1 : 0.008 0.992 + 86 86 (0) 1 : 0.006 0.994 + 87 87 (0) 1 : 0.013 0.987 + 88 88 (0) 1 : 0.090 0.910 + 89 89 (0) 1 : 0.011 0.989 + 90 90 (0) 1 : 0.007 0.993 + 91 91 (0) 1 : 0.036 0.964 + 92 92 (0) 1 : 0.053 0.947 + 93 93 (0) 1 : 0.021 0.979 + 94 94 (0) 1 : 0.008 0.992 + 95 95 (0) 1 : 0.069 0.931 + 96 96 (0) 1 : 0.017 0.983 + 97 97 (0) 1 : 0.008 0.992 + 98 98 (0) 1 : 0.017 0.983 + 99 99 (0) 1 : 0.008 0.992 +100 100 (0) 1 : 0.012 0.988 +101 101 (0) 2 : 0.991 0.009 +102 102 (0) 2 : 0.343 0.657 +103 103 (0) 2 : 0.979 0.021 +104 104 (0) 2 : 0.959 0.041 +105 105 (0) 2 : 0.929 0.071 +106 106 (0) 2 : 0.988 0.012 +107 107 (0) 2 : 0.931 0.069 +108 108 (0) 2 : 0.984 0.016 +109 109 (0) 2 : 0.979 0.021 +110 110 (0) 2 : 0.977 0.023 +111 111 (0) 2 : 0.986 0.014 +112 112 (0) 2 : 0.726 0.274 +113 113 (0) 2 : 0.903 0.097 +114 114 (0) 2 : 0.977 0.023 +115 115 (0) 2 : 0.983 0.017 +116 116 (0) 2 : 0.970 0.030 +117 117 (0) 2 : 0.992 0.008 +118 118 (0) 2 : 0.992 0.008 +119 119 (0) 2 : 0.965 0.035 +120 120 (0) 2 : 0.986 0.014 +121 121 (0) 2 : 0.983 0.017 +122 122 (0) 2 : 0.992 0.008 +123 123 (0) 2 : 0.989 0.011 +124 124 (0) 2 : 0.977 0.023 +125 125 (0) 2 : 0.991 0.009 +126 126 (0) 2 : 0.993 0.007 +127 127 (0) 2 : 0.993 0.007 +128 128 (0) 2 : 0.982 0.018 +129 129 (0) 2 : 0.991 0.009 +130 130 (0) 2 : 0.976 0.024 +131 131 (0) 2 : 0.986 0.014 +132 132 (0) 2 : 0.985 0.015 +133 133 (0) 2 : 0.936 0.064 +134 134 (0) 2 : 0.897 0.103 +135 135 (0) 2 : 0.987 0.013 +136 136 (0) 2 : 0.992 0.008 +137 137 (0) 2 : 0.940 0.060 +138 138 (0) 2 : 0.992 0.008 +139 139 (0) 2 : 0.989 0.011 +140 140 (0) 2 : 0.994 0.006 +141 141 (0) 2 : 0.976 0.024 +142 142 (0) 2 : 0.978 0.022 +143 143 (0) 2 : 0.993 0.007 +144 144 (0) 2 : 0.983 0.017 +145 145 (0) 2 : 0.986 0.014 +146 146 (0) 2 : 0.993 0.007 +147 147 (0) 2 : 0.960 0.040 +148 148 (0) 2 : 0.991 0.009 +149 149 (0) 2 : 0.990 0.010 +150 150 (0) 2 : 0.980 0.020 +151 151 (0) 2 : 0.990 0.010 +152 152 (0) 2 : 0.665 0.335 +153 153 (0) 2 : 0.993 0.007 +154 154 (0) 2 : 0.991 0.009 +155 155 (0) 2 : 0.733 0.267 +156 156 (0) 2 : 0.984 0.016 +157 157 (0) 2 : 0.983 0.017 +158 158 (0) 2 : 0.955 0.045 +159 159 (0) 2 : 0.986 0.014 +160 160 (0) 2 : 0.992 0.008 +161 161 (0) 2 : 0.970 0.030 +162 162 (0) 2 : 0.972 0.028 +163 163 (0) 2 : 0.984 0.016 +164 164 (0) 2 : 0.981 0.019 +165 165 (0) 2 : 0.992 0.008 +166 166 (0) 2 : 0.981 0.019 +167 167 (0) 2 : 0.984 0.016 +168 168 (0) 2 : 0.991 0.009 +169 169 (0) 2 : 0.994 0.006 +170 170 (0) 2 : 0.965 0.035 +171 171 (0) 2 : 0.992 0.008 +172 172 (0) 2 : 0.991 0.009 +173 173 (0) 2 : 0.993 0.007 +174 174 (0) 2 : 0.879 0.121 +175 175 (0) 2 : 0.974 0.026 +176 176 (0) 2 : 0.987 0.013 +177 177 (0) 2 : 0.985 0.015 +178 178 (0) 2 : 0.984 0.016 +179 179 (0) 2 : 0.993 0.007 +180 180 (0) 2 : 0.989 0.011 +181 181 (0) 2 : 0.974 0.026 +182 182 (0) 2 : 0.973 0.027 +183 183 (0) 2 : 0.981 0.019 +184 184 (0) 2 : 0.991 0.009 +185 185 (0) 2 : 0.987 0.013 +186 186 (0) 2 : 0.969 0.031 +187 187 (0) 2 : 0.989 0.011 +188 188 (0) 2 : 0.991 0.009 +189 189 (0) 2 : 0.952 0.048 +190 190 (0) 2 : 0.993 0.007 +191 191 (0) 2 : 0.951 0.049 +192 192 (0) 2 : 0.920 0.080 +193 193 (0) 2 : 0.981 0.019 +194 194 (0) 2 : 0.963 0.037 +195 195 (0) 2 : 0.990 0.010 +196 196 (0) 2 : 0.987 0.013 +197 197 (0) 2 : 0.953 0.047 +198 198 (0) 2 : 0.821 0.179 +199 199 (0) 2 : 0.987 0.013 +200 200 (0) 2 : 0.989 0.011 + + +Estimated Allele Frequencies in each cluster +First column gives estimated ancestral frequencies + + +Locus 1 : +9 alleles +0.0% missing data + 0 (0.115) 0.049 0.191 + 1 (0.219) 0.245 0.208 + -1 (0.160) 0.077 0.357 + 3 (0.065) 0.018 0.041 + -2 (0.099) 0.189 0.015 + 2 (0.133) 0.088 0.144 + -3 (0.125) 0.206 0.039 + -4 (0.052) 0.112 0.002 + -5 (0.032) 0.016 0.001 + +Locus 2 : +12 alleles +0.0% missing data + 1 (0.117) 0.170 0.060 + -1 (0.082) 0.033 0.123 + 2 (0.241) 0.330 0.306 + 5 (0.083) 0.042 0.091 + -2 (0.046) 0.009 0.030 + 3 (0.141) 0.112 0.216 + 6 (0.038) 0.003 0.073 + 0 (0.064) 0.033 0.031 + 7 (0.031) 0.002 0.025 + 4 (0.033) 0.002 0.035 + -3 (0.068) 0.112 0.008 + -4 (0.056) 0.153 0.003 + +Locus 3 : +11 alleles +0.0% missing data + 3 (0.167) 0.173 0.200 + -1 (0.081) 0.021 0.187 + 2 (0.117) 0.065 0.208 + 0 (0.174) 0.157 0.236 + 4 (0.122) 0.175 0.056 + 1 (0.155) 0.309 0.071 + 5 (0.065) 0.045 0.019 + -3 (0.025) 0.002 0.005 + -2 (0.029) 0.002 0.015 + 7 (0.036) 0.040 0.002 + 6 (0.028) 0.011 0.001 + +Locus 4 : +14 alleles +0.0% missing data + 8 (0.074) 0.015 0.168 + 7 (0.108) 0.061 0.140 + 6 (0.120) 0.145 0.067 + 9 (0.075) 0.022 0.080 + 2 (0.036) 0.002 0.049 + 10 (0.046) 0.004 0.224 + 5 (0.155) 0.208 0.112 + 14 (0.109) 0.123 0.073 + 4 (0.055) 0.011 0.052 + 13 (0.033) 0.003 0.024 + 3 (0.042) 0.069 0.002 + 15 (0.057) 0.149 0.004 + 17 (0.050) 0.140 0.002 + 16 (0.039) 0.049 0.002 + +Locus 5 : +15 alleles +0.0% missing data + 9 (0.037) 0.003 0.082 + -3 (0.131) 0.181 0.116 + 7 (0.131) 0.078 0.312 + 8 (0.043) 0.003 0.215 + 6 (0.085) 0.066 0.071 + 3 (0.046) 0.013 0.021 + 5 (0.106) 0.105 0.082 + -2 (0.117) 0.226 0.041 + -1 (0.083) 0.080 0.042 + 4 (0.055) 0.108 0.006 + -4 (0.050) 0.085 0.005 + -5 (0.024) 0.005 0.002 + 1 (0.037) 0.030 0.002 + 2 (0.028) 0.011 0.001 + 0 (0.025) 0.006 0.001 + +Values of parameters used in structure: +DATAFILE=/tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat, OUTFILE=outfile, NUMINDS=200, NUMLOCI=5, MISSING=-999, LABEL=1, POPDATA=1, POPFLAG=0, PHENOTYPE=0, EXTRACOLS=0, MAXPOPS=2, BURNIN=10000, NUMREPS=20000, USEPOPINFO=0, INFERALPHA=1, INFERLAMBDA=0, POPSPECIFICLAMBDA=0, POPALPHAS=0, COMPUTEPROB=1, NOADMIX=0, ADMBURNIN=500, UPDATEFREQ=100, PRINTLIKES=0, INTERMEDSAVE=0, PRINTKLD=0, PRINTNET=1, PRINTLAMBDA=1, ANCESTDIST=0, NUMBOXES=1000, ANCESTPINT=0.90000, GENSBACK=2, MIGRPRIOR=0.01000, PRINTQHAT=0, PRINTQSUM=1, ALPHA=1.0000, FREQSCORR=1, FPRIORMEAN=0.0100, FPRIORSD=0.0500, ONEFST=0, LAMBDA=1.0000, UNIFPRIORALPHA=1, ALPHAMAX=10.0000, ALPHAPRIORA=1.0000, ALPHAPRIORB=2.0000, ALPHAPROPSD=0.0250, STARTATPOPINFO=0, RANDOMIZE=0, LINKAGE=0, METROFREQ=10, REPORTHITRATE=0, MARKOVPHASE=0, PHASED=0, PLOIDY=2, PHASEINFO=0 LOCPRIOR=0, LOCPRIORINIT=1.000000, LOCDATA=1, LOCISPOP=1, LOCPRIORSTEP=0.100000, MAXLOCPRIOR=20.000000, SEED=2245, +[STRAT parameters]: NUMSIMSTATS=1000, PHENOTYPECOL=-9, POOLFREQ=10, LOCUSxONLY=0, EMERROR=0.00100, MISSINGPHENO=-9, \ No newline at end of file