Mercurial > repos > iuc > structure
view test-data/testdata1_f @ 1:64e681a1cad5 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/structure commit 5294b1b0cf9d347a0f7982ae6b0fa357d0198898
| author | iuc |
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| date | Wed, 06 Dec 2017 05:37:27 -0500 |
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---------------------------------------------------- STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000) and Falush, Stephens and Pritchard (2003) Code by Pritchard, Falush and Hubisz Version 2.3.4 (Jul 2012) ---------------------------------------------------- Command line arguments: structure -i /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat -o outfile -m /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpKOW8yP -e /tmp/tmpd8muoH/job_working_directory/000/2/tmpLDe27N Input File: /tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat Run parameters: 200 individuals 5 loci 2 populations assumed 10000 Burn-in period 20000 Reps RANDOMIZE turned off -------------------------------------------- Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 2 clusters Given Inferred Clusters Number of Pop 1 2 Individuals 1: 0.033 0.967 100 2: 0.961 0.039 100 -------------------------------------------- Allele-freq. divergence among pops (Net nucleotide distance), computed using point estimates of P. 1 2 1 - 0.0691 2 0.0691 - Average distances (expected heterozygosity) between individuals in same cluster: cluster 1 : 0.8378 cluster 2 : 0.8195 -------------------------------------------- Estimated Ln Prob of Data = -3966.7 Mean value of ln likelihood = -3924.5 Variance of ln likelihood = 84.4 Mean value of alpha = 0.0428 Mean value of Fst_1 = 0.0712 Mean value of Fst_2 = 0.0966 Inferred ancestry of individuals: Label (%Miss) Pop: Inferred clusters 1 1 (0) 1 : 0.016 0.984 2 2 (0) 1 : 0.011 0.989 3 3 (0) 1 : 0.010 0.990 4 4 (0) 1 : 0.008 0.992 5 5 (0) 1 : 0.044 0.956 6 6 (0) 1 : 0.009 0.991 7 7 (0) 1 : 0.011 0.989 8 8 (0) 1 : 0.021 0.979 9 9 (0) 1 : 0.036 0.964 10 10 (0) 1 : 0.009 0.991 11 11 (0) 1 : 0.047 0.953 12 12 (0) 1 : 0.016 0.984 13 13 (0) 1 : 0.008 0.992 14 14 (0) 1 : 0.009 0.991 15 15 (0) 1 : 0.012 0.988 16 16 (0) 1 : 0.008 0.992 17 17 (0) 1 : 0.012 0.988 18 18 (0) 1 : 0.012 0.988 19 19 (0) 1 : 0.009 0.991 20 20 (0) 1 : 0.040 0.960 21 21 (0) 1 : 0.007 0.993 22 22 (0) 1 : 0.048 0.952 23 23 (0) 1 : 0.010 0.990 24 24 (0) 1 : 0.012 0.988 25 25 (0) 1 : 0.041 0.959 26 26 (0) 1 : 0.006 0.994 27 27 (0) 1 : 0.008 0.992 28 28 (0) 1 : 0.024 0.976 29 29 (0) 1 : 0.051 0.949 30 30 (0) 1 : 0.007 0.993 31 31 (0) 1 : 0.009 0.991 32 32 (0) 1 : 0.019 0.981 33 33 (0) 1 : 0.013 0.987 34 34 (0) 1 : 0.022 0.978 35 35 (0) 1 : 0.006 0.994 36 36 (0) 1 : 0.173 0.827 37 37 (0) 1 : 0.008 0.992 38 38 (0) 1 : 0.010 0.990 39 39 (0) 1 : 0.062 0.938 40 40 (0) 1 : 0.044 0.956 41 41 (0) 1 : 0.006 0.994 42 42 (0) 1 : 0.030 0.970 43 43 (0) 1 : 0.050 0.950 44 44 (0) 1 : 0.008 0.992 45 45 (0) 1 : 0.026 0.974 46 46 (0) 1 : 0.006 0.994 47 47 (0) 1 : 0.027 0.973 48 48 (0) 1 : 0.018 0.982 49 49 (0) 1 : 0.014 0.986 50 50 (0) 1 : 0.046 0.954 51 51 (0) 1 : 0.007 0.993 52 52 (0) 1 : 0.010 0.990 53 53 (0) 1 : 0.036 0.964 54 54 (0) 1 : 0.024 0.976 55 55 (0) 1 : 0.019 0.981 56 56 (0) 1 : 0.008 0.992 57 57 (0) 1 : 0.007 0.993 58 58 (0) 1 : 0.131 0.869 59 59 (0) 1 : 0.016 0.984 60 60 (0) 1 : 0.187 0.813 61 61 (0) 1 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0.992 100 100 (0) 1 : 0.012 0.988 101 101 (0) 2 : 0.991 0.009 102 102 (0) 2 : 0.343 0.657 103 103 (0) 2 : 0.979 0.021 104 104 (0) 2 : 0.959 0.041 105 105 (0) 2 : 0.929 0.071 106 106 (0) 2 : 0.988 0.012 107 107 (0) 2 : 0.931 0.069 108 108 (0) 2 : 0.984 0.016 109 109 (0) 2 : 0.979 0.021 110 110 (0) 2 : 0.977 0.023 111 111 (0) 2 : 0.986 0.014 112 112 (0) 2 : 0.726 0.274 113 113 (0) 2 : 0.903 0.097 114 114 (0) 2 : 0.977 0.023 115 115 (0) 2 : 0.983 0.017 116 116 (0) 2 : 0.970 0.030 117 117 (0) 2 : 0.992 0.008 118 118 (0) 2 : 0.992 0.008 119 119 (0) 2 : 0.965 0.035 120 120 (0) 2 : 0.986 0.014 121 121 (0) 2 : 0.983 0.017 122 122 (0) 2 : 0.992 0.008 123 123 (0) 2 : 0.989 0.011 124 124 (0) 2 : 0.977 0.023 125 125 (0) 2 : 0.991 0.009 126 126 (0) 2 : 0.993 0.007 127 127 (0) 2 : 0.993 0.007 128 128 (0) 2 : 0.982 0.018 129 129 (0) 2 : 0.991 0.009 130 130 (0) 2 : 0.976 0.024 131 131 (0) 2 : 0.986 0.014 132 132 (0) 2 : 0.985 0.015 133 133 (0) 2 : 0.936 0.064 134 134 (0) 2 : 0.897 0.103 135 135 (0) 2 : 0.987 0.013 136 136 (0) 2 : 0.992 0.008 137 137 (0) 2 : 0.940 0.060 138 138 (0) 2 : 0.992 0.008 139 139 (0) 2 : 0.989 0.011 140 140 (0) 2 : 0.994 0.006 141 141 (0) 2 : 0.976 0.024 142 142 (0) 2 : 0.978 0.022 143 143 (0) 2 : 0.993 0.007 144 144 (0) 2 : 0.983 0.017 145 145 (0) 2 : 0.986 0.014 146 146 (0) 2 : 0.993 0.007 147 147 (0) 2 : 0.960 0.040 148 148 (0) 2 : 0.991 0.009 149 149 (0) 2 : 0.990 0.010 150 150 (0) 2 : 0.980 0.020 151 151 (0) 2 : 0.990 0.010 152 152 (0) 2 : 0.665 0.335 153 153 (0) 2 : 0.993 0.007 154 154 (0) 2 : 0.991 0.009 155 155 (0) 2 : 0.733 0.267 156 156 (0) 2 : 0.984 0.016 157 157 (0) 2 : 0.983 0.017 158 158 (0) 2 : 0.955 0.045 159 159 (0) 2 : 0.986 0.014 160 160 (0) 2 : 0.992 0.008 161 161 (0) 2 : 0.970 0.030 162 162 (0) 2 : 0.972 0.028 163 163 (0) 2 : 0.984 0.016 164 164 (0) 2 : 0.981 0.019 165 165 (0) 2 : 0.992 0.008 166 166 (0) 2 : 0.981 0.019 167 167 (0) 2 : 0.984 0.016 168 168 (0) 2 : 0.991 0.009 169 169 (0) 2 : 0.994 0.006 170 170 (0) 2 : 0.965 0.035 171 171 (0) 2 : 0.992 0.008 172 172 (0) 2 : 0.991 0.009 173 173 (0) 2 : 0.993 0.007 174 174 (0) 2 : 0.879 0.121 175 175 (0) 2 : 0.974 0.026 176 176 (0) 2 : 0.987 0.013 177 177 (0) 2 : 0.985 0.015 178 178 (0) 2 : 0.984 0.016 179 179 (0) 2 : 0.993 0.007 180 180 (0) 2 : 0.989 0.011 181 181 (0) 2 : 0.974 0.026 182 182 (0) 2 : 0.973 0.027 183 183 (0) 2 : 0.981 0.019 184 184 (0) 2 : 0.991 0.009 185 185 (0) 2 : 0.987 0.013 186 186 (0) 2 : 0.969 0.031 187 187 (0) 2 : 0.989 0.011 188 188 (0) 2 : 0.991 0.009 189 189 (0) 2 : 0.952 0.048 190 190 (0) 2 : 0.993 0.007 191 191 (0) 2 : 0.951 0.049 192 192 (0) 2 : 0.920 0.080 193 193 (0) 2 : 0.981 0.019 194 194 (0) 2 : 0.963 0.037 195 195 (0) 2 : 0.990 0.010 196 196 (0) 2 : 0.987 0.013 197 197 (0) 2 : 0.953 0.047 198 198 (0) 2 : 0.821 0.179 199 199 (0) 2 : 0.987 0.013 200 200 (0) 2 : 0.989 0.011 Estimated Allele Frequencies in each cluster First column gives estimated ancestral frequencies Locus 1 : 9 alleles 0.0% missing data 0 (0.115) 0.049 0.191 1 (0.219) 0.245 0.208 -1 (0.160) 0.077 0.357 3 (0.065) 0.018 0.041 -2 (0.099) 0.189 0.015 2 (0.133) 0.088 0.144 -3 (0.125) 0.206 0.039 -4 (0.052) 0.112 0.002 -5 (0.032) 0.016 0.001 Locus 2 : 12 alleles 0.0% missing data 1 (0.117) 0.170 0.060 -1 (0.082) 0.033 0.123 2 (0.241) 0.330 0.306 5 (0.083) 0.042 0.091 -2 (0.046) 0.009 0.030 3 (0.141) 0.112 0.216 6 (0.038) 0.003 0.073 0 (0.064) 0.033 0.031 7 (0.031) 0.002 0.025 4 (0.033) 0.002 0.035 -3 (0.068) 0.112 0.008 -4 (0.056) 0.153 0.003 Locus 3 : 11 alleles 0.0% missing data 3 (0.167) 0.173 0.200 -1 (0.081) 0.021 0.187 2 (0.117) 0.065 0.208 0 (0.174) 0.157 0.236 4 (0.122) 0.175 0.056 1 (0.155) 0.309 0.071 5 (0.065) 0.045 0.019 -3 (0.025) 0.002 0.005 -2 (0.029) 0.002 0.015 7 (0.036) 0.040 0.002 6 (0.028) 0.011 0.001 Locus 4 : 14 alleles 0.0% missing data 8 (0.074) 0.015 0.168 7 (0.108) 0.061 0.140 6 (0.120) 0.145 0.067 9 (0.075) 0.022 0.080 2 (0.036) 0.002 0.049 10 (0.046) 0.004 0.224 5 (0.155) 0.208 0.112 14 (0.109) 0.123 0.073 4 (0.055) 0.011 0.052 13 (0.033) 0.003 0.024 3 (0.042) 0.069 0.002 15 (0.057) 0.149 0.004 17 (0.050) 0.140 0.002 16 (0.039) 0.049 0.002 Locus 5 : 15 alleles 0.0% missing data 9 (0.037) 0.003 0.082 -3 (0.131) 0.181 0.116 7 (0.131) 0.078 0.312 8 (0.043) 0.003 0.215 6 (0.085) 0.066 0.071 3 (0.046) 0.013 0.021 5 (0.106) 0.105 0.082 -2 (0.117) 0.226 0.041 -1 (0.083) 0.080 0.042 4 (0.055) 0.108 0.006 -4 (0.050) 0.085 0.005 -5 (0.024) 0.005 0.002 1 (0.037) 0.030 0.002 2 (0.028) 0.011 0.001 0 (0.025) 0.006 0.001 Values of parameters used in structure: DATAFILE=/tmp/tmpd8muoH/files/000/dataset_1.dat, OUTFILE=outfile, NUMINDS=200, NUMLOCI=5, MISSING=-999, LABEL=1, POPDATA=1, POPFLAG=0, PHENOTYPE=0, EXTRACOLS=0, MAXPOPS=2, BURNIN=10000, NUMREPS=20000, USEPOPINFO=0, INFERALPHA=1, INFERLAMBDA=0, POPSPECIFICLAMBDA=0, POPALPHAS=0, COMPUTEPROB=1, NOADMIX=0, ADMBURNIN=500, UPDATEFREQ=100, PRINTLIKES=0, INTERMEDSAVE=0, PRINTKLD=0, PRINTNET=1, PRINTLAMBDA=1, ANCESTDIST=0, NUMBOXES=1000, ANCESTPINT=0.90000, 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