# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1659987678 0
# Node ID 838fb3a1678f955ec3667d38287f3e85f3ffdc5b

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/te_finder/ commit d86db11ee07ccc379667797b9124185ddfde1948

diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f TEfinder
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/TEfinder	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,333 @@
+#!/usr/bin/env bash
+
+##
+##
+## Authors: Vista Sohrab & Dilay Hazal Ayhan
+## Date: January 15, 2021
+## Description: TEfinder uses discordant reads to detect novel transposable element insertion events in short read paired-end sample sequencing data. 
+##              Software dependencies include bedtools 2.28.0 or later, samtools 1.3 or later, picard 2.0.1 or later
+##              Required inputs include sample alignment file (.bam|.sam), reference genome FASTA (.fa), reference TE annotation in GFF/GTF or GFF3 (.gff|.gtf), and TEs of interest (.txt)
+##
+## University of Massachusetts Amherst
+##
+##
+##
+##
+
+set -e
+
+margs=4
+
+# Functions
+function example {
+     echo -e "example: TEfinder -alignment sample.bam -fa reference.fa -gtf TEs.gtf -te List_of_TEs.txt"
+}
+
+function help {
+     echo -e "REQUIRED:"
+     echo -e "  -alignment,  --alignmentFile       STR  sample reads aligned to reference genome (BAM/SAM file)"
+     echo -e "  -fa,         --FastaFile           STR  reference genome FASTA index (FA file)"
+     echo -e "  -gtf,        --TransposonsInGenome STR  reference genome TE annotation (GFF2/GTF file)"
+     echo -e "  -te,         --TransposonsToSearch STR  TE names (single column text file)\n"
+     echo -e "OPTIONAL:"
+     echo -e "  -bamo,       --DiscordantReads     STR  BAM output\n"
+     echo -e "  -bedo,       --bTEinsertions       STR  TEinsertions BED output\n"
+     echo -e "  -gtfo,       --gTEinsertions       STR  TEinsertions GTF output\n"
+     echo -e "  -fis,        --FragmentInsertSize  INT  short-read sequencing fragment insert size [400]"
+     echo -e "  -picard,     --pathToPicardjar     STR  path to picard tools .jar file [picard.jar]"
+     echo -e "  -md,         --MaxDistanceForMerge INT  maximum distance between reads for bedtools merge [150]"
+     echo -e "  -k,          --MaxTSDLength        INT  maximum TE target site duplication (TSD) length [20]"
+     echo -e "  -maxHeapMem, --MaxHeapMemory       INT  java maximum heap memory allocation for picard in Mb [2000]" 
+     echo -e "  -workingdir, --WorkingDirectory    STR  working directory name [TEfinder_<Date>]"
+     echo -e "  -out,        --OutputFormat        STR  output format as GTF [BED]"
+     echo -e "  -outname,    --OutputName          STR  output name prefix added to file names [null]"
+     echo -e "  -threads,    --Threads             INT  number of threads for samtools multi-threading [1]"
+     echo -e "  -intermed    --IntermediateFiles   STR  keep intermediate files created by pipeline [no]"  
+     echo -e "  -h,          --help                     prints help\n"
+     example
+}
+
+# check if mandatory args are empty
+function margs_check {
+     if [ $# -lt $margs ]; then
+          echo -e "One or more required parameters are missing."
+          example
+          exit 1 # error
+     fi
+}
+
+# main workflow
+ #### : comment out
+function pipeline() {
+     mkdir ${workingdir}/${line}
+     currdir=${workingdir}/${line}
+     echo -e $(date) " Transposon analysis for "${line}" has started\n"
+
+     grep -P '[^(\w|\d|\-|\_|\#|\.)]'${line}'[^(\w|\d|\-|\_|\#|\.)]' $gtf > ${currdir}/${line}_TE.gff
+     echo -e $(date) " Individual TE GFF has been created for "${line}"\n" ####
+     
+     bedtools intersect -abam ${workingdir}/${outname}Alignments.bam -b ${currdir}/${line}_TE.gff -wa > ${currdir}/${line}_MappedReadsToTE.bam
+     echo -e $(date) " Mapped reads to TE via bedtools intersect has been completed for "${line}"\n" ####
+     samtools view -@ $threads ${currdir}/${line}_MappedReadsToTE.bam | \
+          awk -v Ins=`expr $fis \* 10` '{if (($7 != "=") || ($9 > Ins) || ($9 < -Ins)) print $1}' > ${currdir}/${line}_ReadID.txt
+     echo -e $(date) " Identifying discordant read IDs has been completed for "${line}"\n" ####
+     
+	 # if discordant readID file exists, then continue with remainder of TE analysis
+	 if  [[ -s  ${currdir}/${line}_ReadID.txt ]]
+	 then
+		  #java $maxHeapMem -jar $picard FilterSamReads I=${workingdir}/${outname}Alignments.bam O=${currdir}/${line}_DiscordantPairs.bam READ_LIST_FILE=${currdir}/${line}_ReadID.txt FILTER=includeReadList WRITE_READS_FILES=false
+          $picard $maxHeapMem FilterSamReads -I ${workingdir}/${outname}Alignments.bam -O ${currdir}/${line}_DiscordantPairs.bam -READ_LIST_FILE ${currdir}/${line}_ReadID.txt -FILTER includeReadList -WRITE_READS_FILES false &>/dev/null
+          echo -e $(date) " Filtering original alignment based on discordant reads IDs is complete for "${line}"\n"  ####
+          
+          bedtools merge -d $md -S + -c 1 -o count -i ${currdir}/${line}_DiscordantPairs.bam | \
+               awk '{if ($4 > 3) print $0}' > ${currdir}/${line}_plusCluster.bed 
+          echo -e $(date) " Primary reads from the + strand have been merged if read count greater than 3 for "${line}"\n" ####
+          
+          bedtools merge -d $md -S - -c 1 -o count -i ${currdir}/${line}_DiscordantPairs.bam | \
+               awk '{if ($4 > 3) print $0}' > ${currdir}/${line}_minusCluster.bed
+          echo -e $(date) " Primary reads from the - strand have been merged if read count greater than 3 for "${line}"\n" ####
+          
+          # filtering edges piped into bedtools merge (keeping read counts greater than 3 in the line above)
+          ## find the closest minus strand to the plus strand in the cluster
+          ## filter by the distance between the plus and minus clusters - only retain pairs if reads are 0-100 bases away
+          ## if plus strand start is less than minus strand start and plus strand end is less than minus strand end then in proper orientation 
+          bedtools closest -d -g ${workingdir}/reference.fa.fai -t first -a ${currdir}/${line}_plusCluster.bed -b ${currdir}/${line}_minusCluster.bed | \
+               awk -v TSD=$k '{if ($9 <= TSD && $9 >= 0) print $0}' | \
+               awk '{if ($2 < $6 && $3 < $7) print $0}' > ${currdir}/${line}_plusminus.bed
+          echo -e $(date) " Filtration of clusters in proper orientation using bedtools closest has been completed for "${line}"\n" ####
+          
+          # if plus strand end is greater than minus strand start, then report the pair 
+          awk '{if ($3 > $6) print $1"\t"$6"\t"$3"\t"$0}' ${currdir}/${line}_plusminus.bed > ${currdir}/${line}_plusminus_1.bed 
+          echo -e $(date) " Overlapping reads TE insertions reported for "${line}"\n" ####
+          
+          #if plus  strand end is less than or equal to minus strand start and the region in between is less than a user-defined value k, report the pair
+          awk -v TSD=$k '{if ($3 <= $6 && $6 - $3 < TSD) print $1"\t"$3 - 1"\t"$6 + 1"\t"$0}' ${currdir}/${line}_plusminus.bed  > \
+               ${currdir}/${line}_plusminus_2.bed
+          echo -e $(date) " Non-overlapping reads TE insertions reported for "${line}"\n" ####
+          
+          #combine reported TE insertions
+          cat ${currdir}/${line}_plusminus_1.bed ${currdir}/${line}_plusminus_2.bed | \
+               awk -v TEname=$line '{$0=TEname"\t"$0}1' | sort -k 1 | sort -k 2 > \
+               ${currdir}/${line}_insertionRegion.txt
+          
+          
+          cat ${currdir}/${line}_insertionRegion.txt >> ${workingdir}/insertions.txt
+          echo -e $(date) " TE insertions for "${line}" have been reported.\n" ####
+          
+          
+          echo -e $(date) " Transposon named "${line}" is processed.\n"
+	 else
+	      echo -e $(date) " Transposon named "${line}" is processed. No discordant reads found.\n"
+	      rm -r ${currdir}
+	 fi
+}
+
+# functions end
+
+# get arguments
+fa=
+alignment=
+gtf=
+te=
+out=
+intermed=
+bamo="DiscordantReads.bam"
+bedo="TEinsertions.bed"
+gtfo="TEinsertions.gtf"
+outname=""
+fis=400
+picard="picard"
+maxHeapMem=-Xmx2000m
+md=150
+k=20
+d=$(date +%Y%m%d%H%M%S)
+# workingdir=TEfinder_${d}
+workingdir="TEfinder"
+threads=1
+ 
+while [ "$1" != "" ];
+do
+     case $1 in
+     -fa | --FastaFile )
+          shift
+          fa=$1 ;;
+     -alignment | --alignmentFile )
+	      shift
+          alignment=$1 ;;
+     -gtf | --TransposonsInGenome )
+	      shift
+          gtf=$1 ;;
+     -te | --TransposonsToSearch )
+	      shift
+          te=$1  ;;
+     -fis | --FragmentInsertSize )
+	      shift
+          fis=$1 ;;
+     -picard | --pathToPicardjar )
+	      shift
+          picard=$1 ;;
+     -md | --MaxDistanceForMerge )
+	      shift
+          md=$1  ;;
+     -k | --MaxTSDLength )
+	      shift
+          k=$1  ;;
+     -bamo | --DiscordantReads )
+	      shift
+          bamo=$1 ;;
+     -bedo | --bTEinsertions )
+	      shift
+          bedo=$1 ;;
+     -gtfo | --gTEinsertions )
+           shift
+          gtfo=$1 ;;
+     -maxHeapMem | --MaxHeapMemory )
+	      shift
+          maxHeapMem="-Xmx"$1"m" ;;
+     -workingdir | --WorkingDirectory )
+	      shift
+          workingdir=$1 ;;
+     -out | --OutputFormat )
+	      shift
+	   out=$1  ;;
+     -outname | --OutputName )
+              shift
+           outname=$1 ;;
+     -threads | --Threads )
+              shift
+           threads=$1 ;;
+     -intermed | --IntermediateFiles )
+              shift
+           intermed=$1 ;;
+     -h   | --help )
+	      help
+          exit;;
+     *) # error
+          echo "TEfinder: illegal option $1"
+          example
+          exit 1 ;;
+     esac
+     shift
+done
+margs_check $fa $alignment $gtf $te
+
+# main
+
+mkdir ${workingdir}
+
+# remove empty lines from user provided TE list if present
+sed '/^$/d' $te > ${workingdir}"/userTE_noEmptyLines.txt"
+
+# create output file
+printf "%s\t"  "track name=TEfinder" "type=bedDetail" "description=FR:forward read, RR:reverse read, InsRegion:insertion region start and end positions, FILTER:comma separated filters" > ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed
+printf "\n" >> ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed
+
+# create fasta index (fai) file
+cp $fa ${workingdir}/reference.fa
+samtools faidx ${workingdir}/reference.fa
+
+# sort alignment input
+samtools sort -@ $threads -o ${workingdir}/alignmentInput.sorted.bam ${alignment}
+echo -e $(date) " Alignment file sorted successfully.\n"
+
+# remove secondary and supplementary alignments from sorted bam
+samtools view -F 2304 -@ $threads -o ${workingdir}/${outname}Alignments.bam ${workingdir}/alignmentInput.sorted.bam
+echo -e $(date) " Alignments are filtered - secondary and supplementary alignments have been removed. \n"
+
+# run pipeline for each TE
+while IFS="" read -r line || [ -n "$line" ]
+do
+     pipeline &
+done < ${workingdir}/userTE_noEmptyLines.txt
+wait
+echo -e $(date) " All transposons are processed. Finalizing...\n"
+
+# combine discordant bam files
+samtools merge -@ $threads -r ${workingdir}/${outname}DiscordantReads.bam ${workingdir}/*/*_DiscordantPairs.bam
+echo -e $(date) " BAM Output: Discordant pair alignment file is now available.\n"
+# Sorting by position 
+samtools sort -@ $threads ${workingdir}/${outname}DiscordantReads.bam | samtools view -h -o ${workingdir}/${outname}DiscordantReads.sam
+grep -v '^@PG' ${workingdir}/${outname}DiscordantReads.sam > ${workingdir}/${outname}DiscordantReadsNoPG.sam
+rm ${workingdir}/${outname}DiscordantReads.sam
+samtools view -hb -x "PG" --no-PG --remove-flags "PG" -O BAM ${workingdir}/${outname}DiscordantReadsNoPG.sam -o ${bamo}
+rm ${workingdir}/${outname}DiscordantReadsNoPG.sam
+
+# update output BED file with TEfinder results: organize the starting file
+awk '{print $2"\t"$3"\t"$4"\t"$1"\t"$8+$12"\t.\tFR="$8";RR="$12";InsRegion="$6"-"$11";FILTER="}' ${workingdir}/insertions.txt > ${workingdir}/TEinsertions_putative.bed
+# find the entries in repeat regions for filtering
+bedtools intersect -wa -u -a ${workingdir}/TEinsertions_putative.bed -b $gtf > ${workingdir}/TEinsertions_putative_inrepeat.bed
+# filtering process
+while IFS="" read -r line || [ -n "$line" ]
+do
+	#located in repeat region
+	if (grep -Fxq "$line" "${workingdir}/TEinsertions_putative_inrepeat.bed")
+	then
+        line=$line"in_repeat,"
+	fi
+	
+	#weak evidence
+	readc=$(echo $line | awk '{print $5}')
+	if (( $readc < 10 ))
+	then
+	line=$line"weak_evidence,"
+	fi
+	
+	#strand-biased	
+	FR=$(echo $line | grep -o 'FR=[[:digit:]]*' | cut -f2 -d'=')
+	RR=$(echo $line | grep -o 'RR=[[:digit:]]*' | cut -f2 -d'=')
+	var1=$(echo 'e(l('$FR')*1.25)' | bc -l)
+	var2=$(echo 'e(l('$FR')*0.8)' | bc -l)
+	
+	if [ $(echo "$RR > $var1" | bc) -eq 1 ] || [ $(echo "$RR < $var2" | bc) -eq 1 ]
+	then
+	line=$line"strand_bias,"
+	fi
+	
+	#pass
+	lastchar=${line: -1}
+	if [ $lastchar == "," ]
+	then
+	line=${line::${#line}-1}
+	else
+	line=$line"PASS"
+	fi
+	
+	#write to final output
+	printf "%s\n" "$line" >> ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed
+     
+done < ${workingdir}/TEinsertions_putative.bed
+wait
+echo -e $(date) " BED Output: TEfinder output BED file is now available.\n"
+# Sorting
+# cp ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed ${outo}
+bedtools sort -chrThenSizeA -i ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed > ${bedo}
+# cat ${bedo}
+
+# gtf option - create output GTF files with TEfinder results
+if [ ! -z "$out" ]
+then
+  awk 'FNR > 1 {print $1"\tTEfinder\tTIP\t"$2 + 1"\t"$3"\t"$5"\t.\t.\tte_name \""$4"\"; tags \""$7"\""}' ${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed > ${workingdir}/${outname}TEinsertions.gtf
+  bedtools sort -chrThenSizeA -i ${workingdir}/${outname}TEinsertions.gtf > ${gtfo}
+  # awk 'FNR > 1 {print $1"\tTEfinder\tTIP\t"$2 + 1"\t"$3"\t"$5"\t.\t.\tte_name \""$4"\"; tags \""$7"\""}' ${bedo} > ${gtfo}
+  # Sorting
+  # cp ${workingdir}/${outname}TEinsertions.gtf ${gtfo}
+  echo -e "\n\n"
+  # cat ${gtfo}
+  # bedtools sort -chrThenSizeA -i ${workingdir}/${outname}TEinsertions.gtf > ${gtfo}
+  echo -e $(date) " GTF Output: TEfinder output GTF file is now available.\n"
+fi
+
+# clean working directory
+if [ -z "$intermed" ]
+then
+ rm ${workingdir}/TEinsertions_putative.bed ${workingdir}/TEinsertions_putative_inrepeat.bed ${workingdir}/reference.fa ${workingdir}/reference.fa.fai \
+ ${workingdir}/alignmentInput.sorted.bam ${workingdir}/insertions.txt ${workingdir}/${outname}Alignments.bam ${workingdir}/userTE_noEmptyLines.txt 
+ rm -r ${workingdir}/*/
+fi
+
+if [ `wc -l <${workingdir}/${outname}TEinsertions.bed` -le "1" ]
+then
+ echo -e $(date) " Error: TEfinder run unsuccessful."
+else
+ echo -e $(date) " TE insertion output files have been created. TEfinder completed successfully."
+fi
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f TEfinder.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/TEfinder.xml	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,114 @@
+<tool id="te_finder" name="TEfinder" version="1.0.1" profile="21.05">
+    <description>Transposable element insertions finder</description>
+
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.15.1">samtools</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.30.0">bedtools</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.27.4">picard</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.4">grep</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.07.1">bc</requirement>
+    </requirements>
+
+    <command>
+        <![CDATA[
+            '$__tool_directory__/TEfinder' -fa '$required_inputs.FastaFile' 
+            -alignment '$required_inputs.alignmentFile' 
+            -gtf '$required_inputs.TransposonsInGenome' 
+            -te '$required_inputs.TransposonsToSearch' 
+            -bamo '$discordantreads' 
+            -bedo '$bteinsertion' 
+            -threads '\${GALAXY_SLOTS:-1}' 
+            -fis $($advanced_options.FragmentInsertSize) 
+            -md $($advanced_options.MaxDistanceForMerge) 
+            -k $($advanced_options.MaxTSDLength)
+            #if str( $advanced_options.OutFormat) == "gtf":
+            -gtfo '$gteinsertion'
+            -out $($advanced_options.OutFormat)
+            #end if
+        ]]>
+    </command>
+
+    <inputs>
+        <!-- <param format="fasta" name="input" type="data" label="Source file"/> -->
+        <section name="required_inputs" title="Required Inputs" expanded="True">
+            <param name="FastaFile" type="data" format="fasta" label="Select reference genome FASTA index (FA/FASTA file)" />
+            <param name="alignmentFile" type="data" format="bam" label="Select sample reads aligned to reference genome (BAM/SAM file)" />
+            <param name="TransposonsInGenome" type="data" format="gtf" label="Select reference genome TE annotation (GFF/GTF file)" />
+            <param name="TransposonsToSearch" type="data" format="text" label="Select TE names" help="Single column text file" />
+        </section>
+        <!-- Advanced Options  -->
+        <section name="advanced_options" title="Advanced Options" expanded="False">
+            <param name="FragmentInsertSize" argument="-fis" type="integer" min="0" value="400" label="Short-read sequencing fragment insert size" />
+            <param name="MaxDistanceForMerge" argument="-md" type="integer" min="0" value="150" label="Maximum distance between reads for bedtools merge" />
+            <param name="MaxTSDLength" argument="-k" type="integer" min="0" value="20" label="Maximum TE target site duplication (TSD) length" />
+            <param name="OutFormat" argument="-out" type="select" display="radio" label="Select output format as BED [GTF]" help="See help below for more details">
+                <option value="bed" selected="True">Default format is BED</option>
+                <option value="gtf">Other available format is GTF (-out gtf)</option>
+            </param>
+        </section>
+    </inputs>
+
+    <outputs>
+        <data format="bed" name="bteinsertion" label="${tool.name} on ${on_string}: BED" />
+        <data format="gtf" name="gteinsertion" label="${tool.name} on ${on_string}: GTF">
+            <filter>advanced_options['OutFormat'] and 'gtf' in advanced_options['OutFormat']</filter>
+        </data>
+        <data format="bam" name="discordantreads" />
+    </outputs>
+
+    <tests>
+        <!-- Test for the most simple case for BED output : Running TEfinder with a .bam file and a .fasta file -->
+        <test expect_num_outputs="2">
+            <!-- TEfinder commands: TEfinder -alignment sample.bam -fa reference.fa -gtf TEs.gtf -te List_of_TEs.txt -->
+            <param name="FastaFile" ftype="fasta" value="reference.fa"/>
+            <param name="alignmentFile" ftype="bam" value="sample.bam"/>
+            <param name="TransposonsInGenome" ftype="gtf" value="TEs.gtf"/>
+            <param name="TransposonsToSearch" ftype="txt" value="List_of_TEs.txt"/>
+            <param name="OutFormat" value="bed" />
+            <output name="bteinsertion" file="TEinsertions.bed" ftype="bed"/>
+            <output name="discordantreads" file="DiscordantReads.bam" ftype="bam"/>  
+        </test>
+
+        <!-- Test for the GTF output -->
+        <test expect_num_outputs="3">
+            <!-- TEfinder commands: TEfinder -alignment sample.bam -fa reference.fa -gtf TEs.gtf -te List_of_TEs.txt -out gtf -->
+            <param name="FastaFile" ftype="fasta" value="reference.fa"/>
+            <param name="alignmentFile" ftype="bam" value="sample.bam"/>
+            <param name="TransposonsInGenome" ftype="gtf" value="TEs.gtf"/>
+            <param name="TransposonsToSearch" ftype="txt" value="List_of_TEs.txt"/>
+            <param name="OutFormat" value="gtf" />
+            <output name="bteinsertion" file="TEinsertions.bed" ftype="bed"/>
+            <output name="gteinsertion" file="TEinsertions.gtf" ftype="gtf"/>
+            <output name="discordantreads" file="DiscordantReads.bam" ftype="bam"/>
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help>
+        <![CDATA[
+        A bioinformatics tool for detecting novel transposable element insertions
+
+        Authors: Vista Sohrab & Dilay Hazal Ayhan
+
+        TEfinder uses discordant reads to detect novel transposable element insertion events in paired-end sample sequencing data.
+
+        **Output files**::
+
+            TE_insertions.bed contains identified TE insertion events in sample (in the final column, FILTER attribute with "PASS" refers to high confidence insertion events while instances labeled as "in_repeat", "weak_evidence", "strand bias" or a combination of these three labels indicate less confident insertion events)
+            
+            TE_insertions.gtf is provided with the same information as the BED file if using -out GTF
+            
+            DiscordantReads.bam contains all discordant reads that have been identified based on the TEs of interest that have been submitted to TEfinder
+
+        **Note**::
+
+            Modifying the maximum TSD length (-k) could be useful if there is an unexpected number of insertion events identified with the default parameter. The optimal maximum TSD length can vary across datasets.
+            Modifying the fragment insert size (-fis) based on the sequencing library preparation can be useful.
+
+        ]]>
+    </help>
+
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.5281/zenodo.4479946</citation>
+    </citations>
+
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/DiscordantReads.bam
Binary file test-data/DiscordantReads.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/List_of_TEs.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/List_of_TEs.txt	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,15 @@
+Foret1X65452
+ForetFv
+Fot1Active
+Foxy2
+Frodo
+Gollum-Fv4
+hAT210-short-Active
+Hop2
+HopAY267761
+Hornet
+Hornet-small
+SkippyFv
+SkippyL34658
+Strider
+Tac
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/TEinsertions.bed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/TEinsertions.bed	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+U_9	10325	10327	Hornet-small	16	.	FR=7;RR=9;InsRegion=9918-10634;FILTER=PASS
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/TEinsertions.gtf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/TEinsertions.gtf	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+U_9	TEfinder	TIP	10326	10327	16	.	.	te_name "Hornet-small"; tags "FR=7;RR=9;InsRegion=9918-10634;FILTER=PASS"
diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/TEs.gtf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/TEs.gtf	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,65 @@
+S_3n6.54	RepeatMasker	similarity	1734	2492	 0.0	+	.	Target "Motif:Hornet-small" 1 759
+S_3n6.54	RepeatMasker	similarity	7002	7777	 0.0	+	.	Target "Motif:Hornet-small" 1 759
+S_3n6.54	RepeatMasker	similarity	8181	8457	23.4	+	.	Target "Motif:Frodo" 80 345
+S_3n6.54	RepeatMasker	similarity	8538	8693	16.0	+	.	Target "Motif:Frodo" 440 604
+U_32	RepeatMasker	similarity	1792	1954	27.0	-	.	Target "Motif:Hop2" 2645 2808
+U_32	RepeatMasker	similarity	3324	6310	 1.9	+	.	Target "Motif:Hornet" 1 2995
+U_32	RepeatMasker	similarity	9977	10735	 0.0	+	.	Target "Motif:Hornet-small" 1 759
+U_32	RepeatMasker	similarity	12284	12531	31.2	-	.	Target "Motif:HopAY267761" 2295 2542
+U_32	RepeatMasker	similarity	14704	14880	28.8	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 26 209
+U_39	RepeatMasker	similarity	11436	13291	22.2	-	.	Target "Motif:Fot1Active" 45 1897
+U_39	RepeatMasker	similarity	13285	13331	14.9	-	.	Target "Motif:Fot1Active" 1859 1907
+U_39	RepeatMasker	similarity	13293	13473	23.7	-	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 248 428
+U_39	RepeatMasker	similarity	13616	13701	26.7	-	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 8 93
+U_39	RepeatMasker	similarity	13623	13732	25.7	-	.	Target "Motif:Fot1Active" 28 138
+U_39	RepeatMasker	similarity	13854	13914	 0.0	+	.	Target "Motif:Strider" 4 64
+U_9	RepeatMasker	similarity	3434	3621	 4.8	-	.	Target "Motif:Gollum-Fv4" 1 188
+U_9	RepeatMasker	similarity	27414	28067	 4.3	+	.	Target "Motif:Foxy2" 3 650
+U_9	RepeatMasker	similarity	34938	35293	29.1	-	.	Target "Motif:Hop2" 2561 2912
+U_9	RepeatMasker	similarity	35614	37453	33.2	-	.	Target "Motif:HopAY267761" 219 2046
+U_9	RepeatMasker	similarity	38327	38719	25.2	-	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 37 428
+U_9	RepeatMasker	similarity	38862	38992	20.3	+	.	Target "Motif:Tac" 1 131
+U_9	RepeatMasker	similarity	39383	39676	30.8	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 1359 1652
+U_9	RepeatMasker	similarity	40797	40987	26.3	+	.	Target "Motif:ForetFv" 2916 3106
+U_9	RepeatMasker	similarity	41020	41950	33.9	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 1055 2018
+U_9	RepeatMasker	similarity	42804	42939	25.4	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 46 183
+U_9	RepeatMasker	similarity	42928	43066	20.7	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 69 209
+U_9	RepeatMasker	similarity	42948	43062	20.4	-	.	Target "Motif:SkippyL34658" 225 340
+U_9	RepeatMasker	similarity	43223	43268	23.9	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 405 450
+U_9	RepeatMasker	similarity	43642	44404	23.7	-	.	Target "Motif:ForetFv" 1065 1890
+U_9	RepeatMasker	similarity	44390	44567	24.2	+	.	Target "Motif:Foret1X65452" 671 851
+U_9	RepeatMasker	similarity	44568	45541	25.7	+	.	Target "Motif:Foret1X65452" 918 1884
+U_9	RepeatMasker	similarity	45662	46224	33.0	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 1097 1659
+U_9	RepeatMasker	similarity	46220	47160	32.5	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 1700 2667
+U_9	RepeatMasker	similarity	47444	47836	18.3	-	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 35 428
+U_9	RepeatMasker	similarity	49033	49119	32.2	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 375 462
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+U_9	RepeatMasker	similarity	49297	49455	34.2	+	.	Target "Motif:SkippyL34658" 254 419
+U_9	RepeatMasker	similarity	49455	49542	17.1	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 83 172
+U_9	RepeatMasker	similarity	49543	49748	23.5	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 1 211
+U_9	RepeatMasker	similarity	50626	51099	26.6	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 1072 1548
+U_9	RepeatMasker	similarity	51139	51420	27.0	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 2113 2393
+U_9	RepeatMasker	similarity	51695	52487	25.7	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 2359 3232
+U_9	RepeatMasker	similarity	52486	52569	19.5	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 3485 3568
+U_9	RepeatMasker	similarity	52633	52977	35.9	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 1643 1987
+U_9	RepeatMasker	similarity	53105	53580	24.5	-	.	Target "Motif:ForetFv" 2593 3096
+U_9	RepeatMasker	similarity	55184	55388	21.5	+	.	Target "Motif:ForetFv" 2602 2807
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+U_9	RepeatMasker	similarity	55405	55504	19.6	+	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 4 106
+U_9	RepeatMasker	similarity	55759	55825	12.9	+	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 363 428
+U_9	RepeatMasker	similarity	55782	55827	19.6	-	.	Target "Motif:Fot1Active" 35 80
+U_9	RepeatMasker	similarity	55870	56016	25.0	-	.	Target "Motif:ForetFv" 1789 1932
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+U_9	RepeatMasker	similarity	56922	58023	24.3	+	.	Target "Motif:ForetFv" 633 1706
+U_9	RepeatMasker	similarity	57179	58049	21.8	+	.	Target "Motif:Foret1X65452" 125 976
+U_9	RepeatMasker	similarity	58036	58425	37.8	+	.	Target "Motif:SkippyL34658" 2270 2664
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+U_9	RepeatMasker	similarity	61657	62079	25.1	+	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 9 432
+U_9	RepeatMasker	similarity	62079	62351	26.4	-	.	Target "Motif:SkippyFv" 2493 2774
+U_9	RepeatMasker	similarity	63029	63201	38.4	-	.	Target "Motif:SkippyL34658" 318 503
+U_9	RepeatMasker	similarity	63210	63598	18.8	-	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 11 401
+U_9	RepeatMasker	similarity	63622	63720	21.2	+	.	Target "Motif:SkippyFv" 110 209
+U_9	RepeatMasker	similarity	64067	64493	19.9	+	.	Target "Motif:hAT210-short-Active" 1 428
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diff -r 000000000000 -r 838fb3a1678f test-data/reference.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/reference.fa	Mon Aug 08 19:41:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2116 @@
+>S_3n6.54
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+ATGACAACATTTGTCGTTTTGATCGATCTATTGGCGAACTCGTGAAATCTGATAAACTCC
+CCATTCGCATTACAATAAAGGACAATGAGGAAGATCGAAGTGACCTTGCTGAAAAGCTTC
+GGGGCTTATTTACCTCGGAGCAAGCTATCGCTGGCATGTTCCCCCTTCTTAATGCTTTCC
+TCTATTACCTTATACTGATCACCCTTCACAGATATACTTCATGACCTTAAACTCCACATC
+ATCCAGAAATTAATTCCCAAGCTTCAAAGCAAAGGTTATGTCGAGCCCGCTAAAGCAGAA
+GCCAACACCCACTCTGAGAGCAGGGCCCAGGTAGCGCAGGGCCCTAACCGACCTTGCCAT
+GGTGGTCCTATAGTAAACTCCTATAGGCCCCCGCCTCCAGCGATTCCACACCCTGAGATG
+GCCCgtcctcaacctcatccagTAGGCGACTTCCCTCCTCCAGGCTTTGAGGATGAGTAC
+GAAATGCACCGGCCTTCACGAAGCGGCCTTCAAATGCCTGGTAGATCGCCTTACAATATT
+GGCCACGATGATTTGAATCCGCCCGGTCTTGGCCCCCATGATCCTCTTCGTGGTTCTTTC
+ACTGGTGGGTTACCTCAACCCGGTGGTGGCTCGGGTATGCATCCCACCTTTGATGACCCA
+TTGTTTGGAGGTCAAGGAGACGATGGATCATCCGGCTTCGATCCTCAAGTACCGCCTGGA
+GCGCGATGGGATCCCACTGGCCCTGGTGGAAACCCCAGATTCCCTGGTCCTAGTACCGGA
+AGGGGAAACAATCGGTTTGGCGGAGACATCATTTAAGTATAGTGGTTTATCCATCAGCGG
+GCTTCCTGgtatgaacaagaaggaggtgcaCATCGGGTTTGGTGGGCCGCAGACACTGGT
+CATCCGTGAAAAGTCCGAGCGAACCTATACCTCAAGGAACCCTCCTGCAGGTTTTGTCGA
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+CAGCGTTGGCGGGTTCTCCTGTGCCTTCAGCTTCCCGTCTCATGTGGATCAGGATAGTGT
+CAGTACCAGCTTCCAAGACGGCATCCTGAGTATTATTAACCTGATGGTCAAGAAACATGA
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+TCCATGTTTAATGTCGCGGTGTAAACCAAGTCAACAGGTGGGTTAGCCGCCATAGAACCA
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+caaatccataccacgaaatccacatatggatccataatgtggatccatatccattccatt
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+GTGACTCTATGATTGGTTGGAATCCCTGCTCGTGACCTAGGTGTTGCCTTACGCCAAAGG
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