# HG changeset patch # User iuc # Date 1619147133 0 # Node ID 9d793e88e15fd2b50c2b1bea758d81350fbc50d1 # Parent ccebde0e2d6193429f2fe25985b581a0becd0eba "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tn93/ commit eec640a7c26b728f8175885926fe368b0756d9e5" diff -r ccebde0e2d61 -r 9d793e88e15f macros.xml --- a/macros.xml Wed Jul 17 13:42:11 2019 -0400 +++ b/macros.xml Fri Apr 23 03:05:33 2021 +0000 @@ -1,6 +1,6 @@ - 1.0.4 + 1.0.6 diff -r ccebde0e2d61 -r 9d793e88e15f test-data/cluster-in1-1.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cluster-in1-1.fa Fri Apr 23 03:05:33 2021 +0000 @@ -0,0 +1,14 @@ +>NC_045512.2:21563-25384 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+ diff -r ccebde0e2d61 -r 9d793e88e15f tn93_cluster.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tn93_cluster.py Fri Apr 23 03:05:33 2021 +0000 @@ -0,0 +1,81 @@ +import argparse +import json +import os +import shlex +import shutil +import subprocess +import sys + + +def cluster_to_fasta(json_file, fasta_file, reference_name=None): + with open(json_file, "r") as fh: + cluster_json = json.load(fh) + with open(fasta_file, "w") as fh2: + for c in cluster_json: + if reference_name is not None: + if reference_name in c['members']: + cc = c['centroid'].split('\n') + cc[0] = ">" + reference_name + print("\n".join(cc), file=fh2) + continue + print(c['centroid'], file=fh2) + + return(os.path.getmtime(fasta_file), len(cluster_json)) + + +def run_command(command): + proc = subprocess.Popen(shlex.split(command), stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) + stdout, stderr = proc.communicate() + result = proc.returncode + if result != 0: + print('Command `%s` failed with exit code %s\n' % (command, result), file=sys.stderr) + print('--------------------- STDOUT ---------------------') + print(stdout.decode().replace('\\n', '\n')) + print('------------------- END STDOUT -------------------') + print('--------------------- STDERR ---------------------', file=sys.stderr) + print(stderr.decode().replace('\\n', '\n'), file=sys.stderr) + print('------------------- END STDERR -------------------', file=sys.stderr) + return(int(result)) + + +def main(arguments): + threshold = arguments.threshold + step = threshold * 0.25 + shutil.copy(arguments.input, os.path.join(os.getcwd(), 'reference_msa.fa')) + shutil.copy(arguments.input, os.path.join(os.getcwd(), 'reference_msa.fa.bak')) + with open(arguments.reference) as fh: + for line in fh: + if line[0] == '>': + _ref_seq_name = line[1:].split(' ')[0].strip() + break + while True and threshold <= 1: + command = 'tn93-cluster -o clusters.json -t %g -a %s -c %s -m json -l %d -g %f reference_msa.fa' % (threshold, arguments.ambigs, arguments.cluster_type, arguments.overlap, arguments.fraction) + return_code = run_command(command) + if return_code != 0: + return return_code + input_stamp, cluster_count = cluster_to_fasta('clusters.json', 'reference_msa.fa.bak', _ref_seq_name) + if cluster_count <= arguments.cluster_count or threshold == 1: + break + else: + threshold += step + print('Found %d clusters at threshold %f' % (cluster_count, threshold)) + shutil.copy('reference_msa.fa.bak', arguments.compressed) + shutil.copy('clusters.json', arguments.output) + os.remove('reference_msa.fa.bak') + return 0 + + +if __name__ == '__main__': + parser = argparse.ArgumentParser(description='Combine alignments into a single file, adding a reference sequence as well') + parser.add_argument('--input', help='Input MSA', required=True, type=str) + parser.add_argument('--reference', help='Reference sequence', required=True, type=str) + parser.add_argument('--output', help='Input MSA', required=True, type=str) + parser.add_argument('--threshold', help='Threshold', required=True, type=float) + parser.add_argument('--ambigs', help='Handle ambigs', required=True, type=str) + parser.add_argument('--cluster-type', help='Cluster type', required=True, type=str) + parser.add_argument('--overlap', help='Overlap', required=True, type=int) + parser.add_argument('--fraction', help='Fraction', required=True, type=float) + parser.add_argument('--cluster-count', help='Max query', required=True, type=int) + parser.add_argument('--compressed', help='File to write compressed clusters to', required=True, type=str) + arguments = parser.parse_args() + exit(main(arguments)) diff -r ccebde0e2d61 -r 9d793e88e15f tn93_filter.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tn93_filter.py Fri Apr 23 03:05:33 2021 +0000 @@ -0,0 +1,43 @@ +import argparse +import csv + +from Bio import SeqIO + +arguments = argparse.ArgumentParser(description='Combine alignments into a single file, adding a reference sequence as well') + +arguments.add_argument('-f', '--reference', help='Reference sequence', required=True, type=str) +arguments.add_argument('-d', '--distances', help='Calculated pairwise distances', required=True, type=str) +arguments.add_argument('-r', '--reads', help='Output file for filtered reads', required=True, type=str) +arguments.add_argument('-q', '--clusters', help='Compressed clusters', required=True, type=str) +settings = arguments.parse_args() + +reference_name = 'REFERENCE' +reference_seq = '' + +with open(settings.reference) as seq_fh: + for seq_record in SeqIO.parse(seq_fh, 'fasta'): + reference_name = seq_record.name + reference_seq = seq_record.seq + break + +with open(settings.distances) as fh: + reader = csv.reader(fh, delimiter=',') + next(reader) + seqs_to_filter = set() + for line in reader: + if line[1] not in seqs_to_filter: + seqs_to_filter.add(line[1]) + if reference_name in seqs_to_filter: + seqs_to_filter.remove(reference_name) + +with open(settings.reads, "a+") as fh: + seqs_filtered = list() + for seq_record in SeqIO.parse(settings.clusters, "fasta"): + if seq_record.name not in seqs_to_filter: + if seq_record.name == reference_name: + if seq_record.name not in seqs_filtered: + seqs_filtered.append(seq_record.name) + else: + continue + if reference_name not in seqs_filtered: + fh.write('\n>REFERENCE\n%s' % reference_seq)