Mercurial > repos > iuc > tn93_readreduce

changeset 1:84849140a3bc draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tn93/ commit eec640a7c26b728f8175885926fe368b0756d9e5"
author iuc
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+ATGTTAGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACTAGTCTCTAGTCAGTGTGTTAATCTTACAACCAGAACTCAATTACCCCCTGCATACACTAATTCTTTCACACGTGGTGTTTATTACCCTGACAAAGTTTTCAGATCCTCAGTTTTACATTCAACTCAGGACTTGTTCTTACCTTTCTTTTCCAATGTTACTTTGTTCCATGCTATACATGTCTCTGGGACCAATGGTACTAAGAGGTTTGATAACCCTGTCCTACCATTTAATGATGGTGTTTATTTTGCTTCCACTGAGAAGTCTAACATAATAAGAGGCTGGATTTTTGGTACTACTTTAGATTCGAAGACCCAGTCCCTACTTATTGTTAATAACGCTACTAATGTTGTTATTAAAGTCTGTGAATTTCAATTTTGTAATCATCCATTTTTGGGTGTTTATTACCACAAAAACAACAAAAGTTGGATGGAAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATTTCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTAAGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCATTGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATAGAAGTTATTTGACTCCTGGTGATTCTTCTTCAGGTTGGACAGCTGGTGCTGCAGCTTATTATGTGGGTTATCTTCAACCTAGGACTTTTCTATTAAAATATAATGAAAATGGAACCATTACAGATGCTGTAGACTGTGCACTTGACCCTCTCTCAGAAACAAAGTGTACGTTGAAATCCTTCACTGTAGAAAAAGGAATCTATCAAACTTCTAACTTTAGAGTCCAACCAACAGAATCTATTGTTAGATTTCCTAATATTACAAACTTGTGCCCTTTTGGTGAAGTTTTTAACGCCACCAGATTTGCATCTGTTTATGCTTGGAACAGGAAGAGAATCAGCAACTGTGTTGCTGATTATTCTGTCCTATATAATTCCGCATCATTTTCCACTTTTAAGTGTTATGGAGTGTCTCCTACTAAATTAAATGATCTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGATTCATTTGTAATTAGAGGTGATGAAGTCAGACAAATCGCTCCAGGGCAAACTGGAAAGATTGCTGATTATAATTATAAATTACCAGATGATTTTACAGGCTGCGTTATAGCTTGGAATTCTAACAATCTTGATTCTAAGGTTGGTGGTAATTATAATTACCTGTATAGATTGTTTAGGAAGTCTAATCTCAAACCTTTTGAGAGAGATATTTCAACTGAAATCTATCAGGCCGGTAGCACACCTTGTAATGGTGTTGAAGGTTTTAATTGTTACTTTCCTTTACAATCATATGGTTTCCAACCCACTAATGGTGTTGGTTACCAACCATACAGAGTAGTAGTACTTTCTTTTGAACTTCTACATGCACCAGCAACTGTTTGTGGACCTAAAAAGTCTACTAATTTGGTTAAAAACAAATGTGTCAATTTCAACTTTAATGGTTTAACAGGCACAGGTGTTCTTACTGAGTCTAACAAAAAGTTTCTGCCTTTCCAACAATTTGGCAGAGACATTGCTGACACTACTGATGCTGTCCGTGATCCACAGACACTTGAGATTCTTGACATTACACCATGTTCTTTTGGTGGTGTCAGTGTTATAACACCAGGAACAAATACTTCTAACCAGGTTGCTGTTCTTTATCAGGGTGTTAACTGCACAGAAGTCCCTGTTGCTATTCATGCAGATCAACTTACTCCTACTTGGCGTGTTTATTCTACAGGTTCTAATGTTTTTCAAACACGTGCAGGCTGTTTAATAGGGGCTGAACATGTCAACAACTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTATATGCGCTAGTTATCAGACTCAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGTAGTGTAGCTAGTCAATCCATCATTGCCTACACTATGTCACTTGGTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCTATTGCCATACCCACAAATTTTACTATTAGTGTTACCACAGAAATTCTACCAGTGTCTATGACCAAGACATCAGTAGATTGTACAATGTACATTTGTGGTGATTCAACTGAATGCAGCAATCTTTTGTTGCAATATGGCAGTTTTTGTACACAATTAAACCGTGCTTTAACTGGAATAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACAAATTTACAAAACACCACCAATTAAAGATTTTGGTGGTTTTAATTTTTCACAAATATTACCAGATCCATCAAAACCAAGCAAGAGGTCATTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCAAACAATATGGTGATTGCCTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACCTTTGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGGACCTTTGGTGCAGGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTGGAGTTACACAGAATGTTCTCTATGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAAAATTCAAGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTGCACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGATCACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATCTTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAGACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTAGGTGACATCTCTGGCATTAATGCTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTCCAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCCATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCATAGTAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCTGCTGCAAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACA
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tn93_cluster.py	Fri Apr 23 03:04:45 2021 +0000
@@ -0,0 +1,81 @@
+import argparse
+import json
+import os
+import shlex
+import shutil
+import subprocess
+import sys
+
+
+def cluster_to_fasta(json_file, fasta_file, reference_name=None):
+    with open(json_file, "r") as fh:
+        cluster_json = json.load(fh)
+        with open(fasta_file, "w") as fh2:
+            for c in cluster_json:
+                if reference_name is not None:
+                    if reference_name in c['members']:
+                        cc = c['centroid'].split('\n')
+                        cc[0] = ">" + reference_name
+                        print("\n".join(cc), file=fh2)
+                        continue
+                print(c['centroid'], file=fh2)
+
+    return(os.path.getmtime(fasta_file), len(cluster_json))
+
+
+def run_command(command):
+    proc = subprocess.Popen(shlex.split(command), stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
+    stdout, stderr = proc.communicate()
+    result = proc.returncode
+    if result != 0:
+        print('Command `%s` failed with exit code %s\n' % (command, result), file=sys.stderr)
+        print('--------------------- STDOUT ---------------------')
+        print(stdout.decode().replace('\\n', '\n'))
+        print('------------------- END STDOUT -------------------')
+        print('--------------------- STDERR ---------------------', file=sys.stderr)
+        print(stderr.decode().replace('\\n', '\n'), file=sys.stderr)
+        print('------------------- END STDERR -------------------', file=sys.stderr)
+    return(int(result))
+
+
+def main(arguments):
+    threshold = arguments.threshold
+    step = threshold * 0.25
+    shutil.copy(arguments.input, os.path.join(os.getcwd(), 'reference_msa.fa'))
+    shutil.copy(arguments.input, os.path.join(os.getcwd(), 'reference_msa.fa.bak'))
+    with open(arguments.reference) as fh:
+        for line in fh:
+            if line[0] == '>':
+                _ref_seq_name = line[1:].split(' ')[0].strip()
+                break
+    while True and threshold <= 1:
+        command = 'tn93-cluster -o clusters.json -t %g -a %s -c %s -m json -l %d -g %f reference_msa.fa' % (threshold, arguments.ambigs, arguments.cluster_type, arguments.overlap, arguments.fraction)
+        return_code = run_command(command)
+        if return_code != 0:
+            return return_code
+        input_stamp, cluster_count = cluster_to_fasta('clusters.json', 'reference_msa.fa.bak', _ref_seq_name)
+        if cluster_count <= arguments.cluster_count or threshold == 1:
+            break
+        else:
+            threshold += step
+        print('Found %d clusters at threshold %f' % (cluster_count, threshold))
+    shutil.copy('reference_msa.fa.bak', arguments.compressed)
+    shutil.copy('clusters.json', arguments.output)
+    os.remove('reference_msa.fa.bak')
+    return 0
+
+
+if __name__ == '__main__':
+    parser = argparse.ArgumentParser(description='Combine alignments into a single file, adding a reference sequence as well')
+    parser.add_argument('--input', help='Input MSA', required=True, type=str)
+    parser.add_argument('--reference', help='Reference sequence', required=True, type=str)
+    parser.add_argument('--output', help='Input MSA', required=True, type=str)
+    parser.add_argument('--threshold', help='Threshold', required=True, type=float)
+    parser.add_argument('--ambigs', help='Handle ambigs', required=True, type=str)
+    parser.add_argument('--cluster-type', help='Cluster type', required=True, type=str)
+    parser.add_argument('--overlap', help='Overlap', required=True, type=int)
+    parser.add_argument('--fraction', help='Fraction', required=True, type=float)
+    parser.add_argument('--cluster-count', help='Max query', required=True, type=int)
+    parser.add_argument('--compressed', help='File to write compressed clusters to', required=True, type=str)
+    arguments = parser.parse_args()
+    exit(main(arguments))
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tn93_filter.py	Fri Apr 23 03:04:45 2021 +0000
@@ -0,0 +1,43 @@
+import argparse
+import csv
+
+from Bio import SeqIO
+
+arguments = argparse.ArgumentParser(description='Combine alignments into a single file, adding a reference sequence as well')
+
+arguments.add_argument('-f', '--reference', help='Reference sequence', required=True, type=str)
+arguments.add_argument('-d', '--distances', help='Calculated pairwise distances', required=True, type=str)
+arguments.add_argument('-r', '--reads', help='Output file for filtered reads', required=True, type=str)
+arguments.add_argument('-q', '--clusters', help='Compressed clusters', required=True, type=str)
+settings = arguments.parse_args()
+
+reference_name = 'REFERENCE'
+reference_seq = ''
+
+with open(settings.reference) as seq_fh:
+    for seq_record in SeqIO.parse(seq_fh, 'fasta'):
+        reference_name = seq_record.name
+        reference_seq = seq_record.seq
+        break
+
+with open(settings.distances) as fh:
+    reader = csv.reader(fh, delimiter=',')
+    next(reader)
+    seqs_to_filter = set()
+    for line in reader:
+        if line[1] not in seqs_to_filter:
+            seqs_to_filter.add(line[1])
+    if reference_name in seqs_to_filter:
+        seqs_to_filter.remove(reference_name)
+
+with open(settings.reads, "a+") as fh:
+    seqs_filtered = list()
+    for seq_record in SeqIO.parse(settings.clusters, "fasta"):
+        if seq_record.name not in seqs_to_filter:
+            if seq_record.name == reference_name:
+                if seq_record.name not in seqs_filtered:
+                    seqs_filtered.append(seq_record.name)
+                else:
+                    continue
+    if reference_name not in seqs_filtered:
+        fh.write('\n>REFERENCE\n%s' % reference_seq)