Mercurial > repos > iuc > tooldistillator_summarize
view test-data/fastqc/fastqc_report.txt @ 2:def7a82d23e1 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/tooldistillator commit d7cada7ddf775e946e218fdc839e6e4c8aac6d80
author | iuc |
---|---|
date | Wed, 03 Jul 2024 12:07:36 +0000 |
parents | |
children |
line wrap: on
line source
##FastQC 0.12.1 >>Basic Statistics pass #Measure Value Filename SRR8335315_150M_fastq File type Conventional base calls Encoding Sanger / Illumina 1.9 Total Sequences 150000 Total Bases 1 Gbp Sequences flagged as poor quality 0 Sequence length 5000-208721 %GC 49 >>END_MODULE >>Per base sequence quality fail #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile 1 2.8365066666666667 2.0 1.0 4.0 1.0 6.0 2 5.008253333333333 3.0 2.0 7.0 1.0 12.0 3 4.9963733333333336 4.0 2.0 7.0 1.0 10.0 4 5.492173333333334 4.0 2.0 7.0 1.0 12.0 5 5.953973333333333 5.0 3.0 8.0 1.0 11.0 6 5.105973333333333 4.0 2.0 7.0 1.0 10.0 7 6.98078 6.0 4.0 9.0 2.0 13.0 8 7.78512 6.0 4.0 11.0 2.0 15.0 9 9.664386666666667 8.0 5.0 13.0 3.0 18.0 10-4999 12.829364350033384 11.984569138276553 6.997795591182364 17.925851703406813 3.997995991983968 22.989779559118237 5000-9999 12.78321836605465 11.9984 7.0 17.8802 4.0 23.0 10000-14999 12.457365374925567 11.4172 6.94 17.1414 3.9632 22.7734 15000-19999 12.328473958980618 11.2712 6.755 17.0012 3.809 22.425 20000-24999 11.82052704708205 10.740273037542662 6.310921501706485 16.367576791808872 3.4976109215017064 21.71706484641638 25000-29999 10.868158810996196 NaN NaN NaN NaN NaN 30000-34999 8.860082551892548 NaN NaN NaN NaN NaN 35000-39999 8.747852380952377 NaN NaN NaN NaN NaN 40000-44999 9.24235 NaN NaN NaN NaN NaN 45000-49999 9.2681 NaN NaN NaN NaN NaN 50000-54999 9.858916666666671 NaN NaN NaN NaN NaN 55000-59999 8.900866666666667 NaN NaN NaN NaN NaN 60000-64999 8.3888 NaN NaN NaN NaN NaN 65000-69999 8.4588 NaN NaN NaN NaN NaN 70000-74999 8.2615 NaN NaN NaN NaN NaN 75000-79999 8.1645 NaN NaN NaN NaN NaN 80000-84999 8.4919 NaN NaN NaN NaN NaN 85000-89999 8.2781 NaN NaN NaN NaN NaN 90000-94999 8.7185 NaN NaN NaN NaN NaN 95000-99999 8.6579 NaN NaN NaN NaN NaN 100000-104999 8.2408 NaN NaN NaN NaN NaN 105000-109999 8.4248 NaN NaN NaN NaN NaN 110000-114999 8.695 NaN NaN NaN NaN NaN 115000-119999 9.1269 NaN NaN NaN NaN NaN 120000-124999 9.1556 NaN NaN NaN NaN NaN 125000-129999 8.9884 NaN NaN NaN NaN NaN 130000-134999 9.1352 NaN NaN NaN NaN NaN 135000-139999 8.5902 NaN NaN NaN NaN NaN 140000-144999 8.9054 NaN NaN NaN NaN NaN 145000-149999 9.1072 NaN NaN NaN NaN NaN 150000-154999 8.9374 NaN NaN NaN NaN NaN 155000-159999 8.9778 NaN NaN NaN NaN NaN 160000-164999 9.1418 NaN NaN NaN NaN NaN 165000-169999 9.1 NaN NaN NaN NaN NaN 170000-174999 8.825 NaN NaN NaN NaN NaN 175000-179999 9.0798 NaN NaN NaN NaN NaN 180000-184999 9.086 NaN NaN NaN NaN NaN 185000-189999 9.243 NaN NaN NaN NaN NaN 190000-194999 9.3418 NaN NaN NaN NaN NaN 195000-199999 8.6886 NaN NaN NaN NaN NaN 200000-204999 8.9724 NaN NaN NaN NaN NaN 205000-208721 8.934443847393874 NaN NaN NaN NaN NaN >>END_MODULE >>Per sequence quality scores fail #Quality Count 6 137.0 7 83.0 8 315.0 9 713.0 10 17339.0 11 35124.0 12 52936.0 13 22175.0 14 2989.0 15 2807.0 16 3385.0 17 4515.0 18 5029.0 19 2257.0 20 188.0 21 8.0 >>END_MODULE >>Per base sequence content fail #Base G A T C 1 4.296666666666667 33.91133333333333 14.367333333333331 47.42466666666667 2 14.108666666666666 8.154 37.97533333333333 39.762 3 66.384 18.305333333333333 9.292 6.018666666666666 4 26.55666666666667 14.106 55.059333333333335 4.278 5 12.635333333333335 13.586666666666666 66.95466666666667 6.823333333333332 6 39.425333333333334 28.451999999999998 17.297333333333334 14.825333333333331 7 17.63533333333333 7.803333333333333 43.79866666666667 30.762666666666664 8 22.85 17.016666666666666 37.35666666666667 22.776666666666667 9 15.648000000000001 5.405333333333333 35.742000000000004 43.20466666666667 10-4999 25.032629926519707 25.026529058116232 25.05940788243153 24.881433132932532 5000-9999 25.026564605357425 25.117699789958074 24.96846532067271 24.88727028401179 10000-14999 24.998636583465146 25.082778861044673 25.067274867305482 24.851309688184692 15000-19999 24.957521341264087 25.025887904144806 25.17200605421943 24.844584700371676 20000-24999 24.544872623517886 25.01475688901418 26.216800893356364 24.223569594111574 25000-29999 22.875343560026536 25.65902598193856 28.820455191648954 22.64517526638595 30000-34999 22.91190288113749 24.342077911279258 32.31613520143017 20.429884006153078 35000-39999 23.53886783786887 19.003329888620968 36.04700118651204 21.410801086998124 40000-44999 24.587721041128553 20.271210013908206 35.063580369560896 20.077488575402345 45000-49999 24.47 20.765 35.52 19.245 50000-54999 22.197183098591548 21.295774647887324 38.37871674491392 18.128325508607197 55000-59999 20.373440362970072 20.40834133147195 43.97522031236367 15.24299799319431 60000-64999 21.16 19.220000000000002 43.6 16.02 65000-69999 20.990000000000002 18.94 45.739999999999995 14.330000000000002 70000-74999 20.91 20.02 43.55 15.52 75000-79999 19.99 19.43 45.31 15.27 80000-84999 20.25 19.66 45.69 14.399999999999999 85000-89999 20.05 19.689999999999998 45.050000000000004 15.21 90000-94999 19.93 18.86 47.14 14.069999999999999 95000-99999 18.529999999999998 19.46 48.199999999999996 13.81 100000-104999 21.18 19.42 44.769999999999996 14.63 105000-109999 20.75 18.87 45.85 14.530000000000001 110000-114999 18.83 18.61 48.36 14.2 115000-119999 18.45438512105179 16.017316017316016 52.41301907968574 13.115279781946448 120000-124999 17.7 15.22 55.46 11.62 125000-129999 18.26 15.9 53.620000000000005 12.22 130000-134999 19.02 14.96 54.04 11.98 135000-139999 19.220000000000002 14.180000000000001 51.480000000000004 15.120000000000001 140000-144999 17.14 15.559999999999999 52.94 14.360000000000001 145000-149999 18.92 14.360000000000001 52.6 14.12 150000-154999 19.400000000000002 14.08 54.0 12.520000000000001 155000-159999 19.46 14.360000000000001 54.92 11.26 160000-164999 17.66 15.299999999999999 53.300000000000004 13.74 165000-169999 17.88 15.58 53.44 13.100000000000001 170000-174999 20.080000000000002 13.38 52.019999999999996 14.52 175000-179999 19.139999999999997 15.459999999999999 53.559999999999995 11.84 180000-184999 19.139999999999997 14.399999999999999 54.279999999999994 12.18 185000-189999 18.98 14.64 55.879999999999995 10.5 190000-194999 18.7 15.76 54.76 10.780000000000001 195000-199999 18.88 14.82 52.239999999999995 14.06 200000-204999 19.6 14.14 53.080000000000005 13.18 205000-208721 18.860827512090275 14.696399785061795 53.65394948952176 12.78882321332617 >>END_MODULE >>Per sequence GC content fail #GC Content Count 0 0.0 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0030211480362537764 10 0.0 11 0.0 12 0.0 13 0.0 14 0.0 15 0.0 16 0.0 17 0.0 18 0.0 19 0.0 20 0.0 21 0.01098901098901099 22 0.0 23 0.0 24 0.0 25 0.0 26 0.0 27 0.03195352214960058 28 0.014084507042253521 29 0.0 30 0.13404050144648022 31 0.6515987240993016 32 4.365585435255064 33 8.07823071481413 34 8.102099195858269 35 7.376039428478657 36 7.751923323708468 37 10.778857946251179 38 13.90096796160248 39 16.88144315732909 40 19.242435425714486 41 20.759412312263024 42 23.75459958757026 43 30.76369586650474 44 38.712517858667844 45 53.019687712451756 46 78.24846612843099 47 107.9843877253144 48 151.45301841673114 49 225.22760967406697 50 302.3114753659073 51 349.9400019314715 52 328.4055662555808 53 258.19951647078744 54 156.96207917099116 55 79.11733522003487 56 43.087768215696755 57 20.466679103342795 58 6.582160143149255 59 4.06042097946794 60 2.3842483826977854 61 0.22012758000914515 62 0.0 63 0.0 64 0.0 65 0.0 66 0.0 67 0.0 68 0.0 69 0.0 70 0.0 71 0.0 72 0.0 73 0.0 74 0.0 75 0.0 76 0.0 77 0.0 78 0.0 79 0.0 80 0.0 81 0.0 82 0.0 83 0.0 84 0.0 85 0.0 86 0.0 87 0.0 88 0.0 89 0.0 90 0.0 91 0.0 92 0.0 93 0.0 94 0.0 95 0.0 96 0.0 97 0.0 98 0.0 99 0.0 100 0.0 >>END_MODULE >>Per base N content pass #Base N-Count 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 10-4999 0.0 5000-9999 0.0 10000-14999 0.0 15000-19999 0.0 20000-24999 0.0 25000-29999 0.0 30000-34999 0.0 35000-39999 0.0 40000-44999 0.0 45000-49999 0.0 50000-54999 0.0 55000-59999 0.0 60000-64999 0.0 65000-69999 0.0 70000-74999 0.0 75000-79999 0.0 80000-84999 0.0 85000-89999 0.0 90000-94999 0.0 95000-99999 0.0 100000-104999 0.0 105000-109999 0.0 110000-114999 0.0 115000-119999 0.0 120000-124999 0.0 125000-129999 0.0 130000-134999 0.0 135000-139999 0.0 140000-144999 0.0 145000-149999 0.0 150000-154999 0.0 155000-159999 0.0 160000-164999 0.0 165000-169999 0.0 170000-174999 0.0 175000-179999 0.0 180000-184999 0.0 185000-189999 0.0 190000-194999 0.0 195000-199999 0.0 200000-204999 0.0 205000-208721 0.0 >>END_MODULE >>Sequence Length Distribution warn #Length Count 5000-9999 137977.0 10000-14999 10879.0 15000-19999 904.0 20000-24999 187.0 25000-29999 39.0 30000-34999 7.0 35000-39999 2.0 40000-44999 1.0 45000-49999 0.0 50000-54999 1.0 55000-59999 1.0 60000-64999 0.0 65000-69999 0.0 70000-74999 0.0 75000-79999 0.0 80000-84999 0.0 85000-89999 0.0 90000-94999 0.0 95000-99999 0.0 100000-104999 0.0 105000-109999 0.0 110000-114999 0.0 115000-119999 1.0 120000-124999 0.0 125000-129999 0.0 130000-134999 0.0 135000-139999 0.0 140000-144999 0.0 145000-149999 0.0 150000-154999 0.0 155000-159999 0.0 160000-164999 0.0 165000-169999 0.0 170000-174999 0.0 175000-179999 0.0 180000-184999 0.0 185000-189999 0.0 190000-194999 0.0 195000-199999 0.0 200000-204999 0.0 205000-208722 1.0 >>END_MODULE >>Sequence Duplication Levels pass #Total Deduplicated Percentage 99.98987609018297 #Duplication Level Percentage of total 1 99.98775136045838 2 0.002249664426082111 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 >10 0.009998975115548148 >50 0.0 >100 0.0 >500 0.0 >1k 0.0 >5k 0.0 >10k+ 0.0 >>END_MODULE >>Overrepresented sequences pass >>END_MODULE >>Adapter Content pass #Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence PolyA PolyG 1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.048 0.0 3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05466666666666667 0.0 4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07333333333333333 0.0 5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.076 0.0 6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07666666666666666 0.0 7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.078 0.0 8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07866666666666666 0.0 9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07866666666666666 0.0 10-4999 0.006921309285237195 0.011708884435537996 0.0038714762859050635 0.030482832331329448 0.40742391449565646 0.04174669338677307 5000-9999 0.021416533333332266 0.02898479999999927 0.013654533333331914 0.07978186666666254 1.3782287999999951 0.11218719999999903 10000-14999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015249733333331994 0.08989226666667194 1.7913912000000154 0.12575466666666735 15000-19999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8224974666667417 0.1286317333333276 20000-24999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8256551999998967 0.12866666666666093 25000-29999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 30000-34999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 35000-39999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 40000-44999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 45000-49999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 50000-54999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 55000-59999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 60000-64999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 65000-69999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 70000-74999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 75000-79999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 80000-84999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 85000-89999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 90000-94999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 95000-99999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 100000-104999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 105000-109999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 110000-114999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 115000-119999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 120000-124999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 125000-129999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 130000-134999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 135000-139999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 140000-144999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 145000-149999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 150000-154999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 155000-159999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 160000-164999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 165000-169999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 170000-174999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 175000-179999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 180000-184999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 185000-189999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 190000-194999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 195000-199999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 200000-204999 0.02599999999999909 0.030666666666663924 0.015333333333331962 0.09133333333333983 1.8259999999999277 0.12866666666666093 205000-208710 0.025999999999999787 0.030666666666664757 0.015333333333332378 0.0913333333333354 1.8260000000000205 0.1286666666666718 >>END_MODULE