# HG changeset patch # User iuc # Date 1602160426 0 # Node ID c6334cb383ff9539eeb62a9e9554ea4c8c57bf24 # Parent 0db979fead3a248da20551a9e68efbdb624f3110 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/transdecoder commit 860cdb41f79283c76d898404e5f28e2d506bed4d" diff -r 0db979fead3a -r c6334cb383ff test-data/gencode/test.fa.transdecoder.bed --- a/test-data/gencode/test.fa.transdecoder.bed Thu Jun 01 06:04:12 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7 +0,0 @@ -track name='dataset_13.dat.transdecoder.gff3' -CUFF.36.1 0 1498 ID=CUFF.36.1|m.5;CUFF.36.1|g.5;ORF_CUFF.36.1|g.5_CUFF.36.1|m.5_type:complete_len:169_(+) 0 + 894 1401 0 1 1498 0 -CUFF.4.1 0 555 ID=CUFF.4.1|m.7;CUFF.4.1|g.7;ORF_CUFF.4.1|g.7_CUFF.4.1|m.7_type:3prime_partial_len:120_(+) 0 + 198 555 0 1 555 0 -CUFF.51.1 0 4342 ID=CUFF.51.1|m.2;CUFF.51.1|g.2;ORF_CUFF.51.1|g.2_CUFF.51.1|m.2_type:complete_len:347_(+) 0 + 316 1357 0 1 4342 0 -CUFF.51.1 0 4342 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+CTGTTCACTCTTTACTCCCTCTGAATTTTTGAATTTTGAATATGACAGTGACCTTGACTA +CGCATATTGGGGTGGTCCCGCTTCAGAATGGGCTTCCACATTAGGTGGGGCTTATGTTAA +TAACCTTGCAAATAATCTTCGTAAGGGTGTGAATAATGCTTCCGATCGTAAGGTATTCTT +AGCGTTTACCCACGACTCTCAAATTATTCCAGTCGAGGCTGCTCTTGGGTTTTTCCCCGA +CATTACTCCTGAGCACCCTCTACCGACTGACAAAAACATTTTTACATACTCATTAAAAAC +CTCTTCGTTCGTTCCCTTCGCAGGAAACTTAATTACTGAACTTTTCTTATGTTCTGATAA +TAAATACTATGTACGCCATCTCGTCAACCAGCAAGTATACCCCCTTACTGATTGCGGTTA +TGGTCCTAGTGGTGCTTCAGATGGGTTATGCGAGTTGAGCGCTTACTTGAATTCTTCGGT +TCGTGTTAATTCTACCTCTAATGGTATTGCTAATTTTAACTCGCAATGTCAGGCGCATTC +CACCAACGTTACCGTCTACTACTAGACTTAGCATCTTATATTATTGTTAACACAATTGGG +TCCTTAG +>comp872_c0_seq1 len=991 path=[1:0-352 354:353-990] +CACGCTTTCCTTAAAACGTCACCTCTTGCTCTCTTGCCTATTATCAATCAGTCTTATTTT +TTTGAATATAAATAAACTGACAAAAAAAATCGTTTCTCTTATTAAAATTAATTGACTATA +CCCAAACAAGTTACGAATTAAGCATTCTTAAAATGGACATTACTGAAACAGATTTGGATG +CTTTGAAATGCAGATCGAGTGCTACAAAAAGCGGATATATTCATGATCCTTTTATAAAAT +TCTTTAGTCCTAGTCGAAATTCGCATAAACCTCCTATCATAAATCGAGGAACCTATGTTA 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coding regions within transcripts + + finds coding regions within transcripts + + 5.5.0 + 0 + - transdecoder + transdecoder - + &1 | grep 'TransDecoder.LongOrfs' | cut -f 2 -d ' ']]> - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
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- - - - + + + 'lo_cds' in oo['out'] + + + 'lo_gff3' in oo['out'] + + + 'lo_pep' in oo['out'] + + + + 'bed' in oo['out'] and po['predict_cond']['predict_sel'] == 'yes' + + + 'cds' in oo['out'] and po['predict_cond']['predict_sel'] == 'yes' + + + 'gff3' in oo['out'] and po['predict_cond']['predict_sel'] =='yes' + + + 'pep' in oo['out'] and po['predict_cond']['predict_sel'] == 'yes' + + + + 'log' in oo['out'] + - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - + + + + +
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+ + + + + + + - + 0. - - the above coding score is greatest when the ORF is scored in the 1st reading frame as compared to scores in the other 5 reading frames. - - if a candidate ORF is found fully encapsulated by the coordinates of another candidate ORF, the longer one is reported. However, a single transcript can report multiple ORFs (allowing for operons, chimeras, etc). - + - a PSSM is built/trained/used to refine the start codon prediction. - optional the putative peptide has a match to a Pfam domain above the noise cutoff score. -The software is primarily maintained by Brian Haas at the Broad Institute and Alexie Papanicolaou at the Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO). It is integrated into other related software such as Trinity, PASA, EVidenceModeler, and Trinotate. - +*Step 1*: Extract long open reading frames + +By default, TransDecoder.LongOrfs will identify ORFs that are at least 100 amino acids long. You can lower this via the '-m' parameter, but know that the rate of false positive ORF predictions increases drastically with shorter minimum length criteria. + +*Step 2*: (optional and not part of this wrapper) + +The result "longest ORFs (PEP)" can be used to identify ORFs with homology to known proteins via BlastP or Pfam searches (`details `_). + +*Step 3*: Predict the likely coding regions + +Optionally apply results of homology searches in this step and re-run the whole analysis. + +**Input** + +- FASTA file with transcripts +- (optional) gene-to-transcript identifier mapping file +- (optional) BLAST or Pfam database file (`details `_) + +**Output** + +*LongOrfs* + +- longest ORFs (PEP/FASTA): all ORFs meeting the minimum length criteria, regardless of coding potential +- longest ORFs (GFF3): positions of all ORFs as found in the target transcripts +- longest ORFs (CDS/FASTA): the nucleotide coding sequence for all detected ORFs + +*Predict* + +- Results (PEP/FASTA): peptide sequences for the final candidate ORFs; all shorter candidates within longer ORFs were removed +- Results (CDS/FASTA): nucleotide sequences for coding regions of the final candidate ORFs +- Results (GFF3): positions within the target transcripts of the final selected ORFs +- Results (BED): BED-formatted file describing ORF positions, best for viewing using GenomeView or IGV + +*Other* + +- Log file + +.. class:: infomark + +**References** + +More information are available on `GitHub `_. + ]]> 10.1038/nprot.2013.084 - + \ No newline at end of file