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changeset 0:c28817831a24 draft

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author iuc
date Fri, 09 Oct 2015 09:22:42 -0400
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+      <exit_code range="1:"/>
+      <exit_code range=":-1"/>
+      <!-- In case the return code has not been set propery check stderr too -->
+      <regex match="Error:"/>
+      <regex match="Exception:"/>
+    </stdio>
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+
+
+def main(expterm, fasta, gff3):
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+        seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta"))
+
+    # Build coords file
+    with open(gff3, 'r') as handle:
+        for rec in GFF.parse(handle, base_dict=seq_dict):
+            with open('tmp.coords', 'w') as coords:
+                for feat in rec.features:
+                    if feat.type == 'gene':
+                        coords.write('\t'.join([
+                            feat.id,
+                            str(feat.location.start + 1),
+                            str(feat.location.end),
+                            rec.id,
+                        ]) + '\n')
+            with open('tmp.fasta', 'w') as fasta_handle:
+                SeqIO.write(rec, fasta_handle, 'fasta')
+
+            cmd = ['transterm', '-p', expterm, fasta, 'tmp.coords']
+            output = subprocess.check_output(cmd)
+            #   TERM 1         4342 - 4366     + F    93 -11.5 -3.22878 | opp_overlap 4342, overlap 4340 4357
+            ttre = re.compile(
+                '^  (?P<name>.*) (?P<start>\d+) - (?P<end>\d+)\s+'
+                '(?P<strand>[-+])\s+(?P<loc>[GFRTHNgfr]+)\s+'
+                '(?P<conf>\d+)\s+(?P<hp>[0-9.-]+)\s+(?P<tail>[0-9.-]+)'
+            )
+
+            rec.features = []
+            batches = output.split('SEQUENCE ')
+            for batch in batches[1:]:
+                batch_lines = batch.split('\n')
+                # Strip the header
+                interesting = batch_lines[2:]
+                unformatted = [x for x in interesting if x.startswith('  ')][0::2]
+                for terminator in unformatted:
+                    m = ttre.match(terminator)
+                    if m:
+                        start = int(m.group('start')) - 1
+                        end = int(m.group('end'))
+                        if m.group('strand') == '+':
+                            strand = 1
+                        else:
+                            strand = 0
+
+                        feature = SeqFeature(
+                            FeatureLocation(start, end),
+                            type="terminator",
+                            strand=strand,
+                            qualifiers={
+                                "source": "TransTermHP_2.09",
+                                "score": m.group('conf'),
+                                "ID": m.group('name'),
+                            }
+                        )
+                        rec.features.append(feature)
+            yield rec
+
+if __name__ == '__main__':
+    for record in main(*sys.argv[1:4]):
+        GFF.write([record], sys.stdout)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/transtermhp.xml	Fri Oct 09 09:22:42 2015 -0400
@@ -0,0 +1,76 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="transtermhp" name="TransTermHP" version="@WRAPPER_VERSION@.0">
+  <description>finds rho-independent transcription terminators in bacterial genomes</description>
+  <macros>
+    <import>macros.xml</import>
+  </macros>
+  <expand macro="requirements"/>
+  <expand macro="stdio"/>
+  <command><![CDATA[
+#if $reference_genome.source == 'history':
+    ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa &&
+#end if
+
+python $__tool_directory__/transtermhp.py \$TRANSTERM_EXPTERM_DAT
+
+#if $reference_genome.source == 'cached':
+    "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#elif $reference_genome.source == 'history':
+    genomeref.fa
+#end if
+
+$input_gff3
+
+> $output]]></command>
+    <inputs>
+      <conditional name="reference_genome">
+          <param name="source" type="select" label="Reference Genome">
+              <option value="cached">Locally Cached</option>
+              <option value="history">From History</option>
+          </param>
+          <when value="cached">
+            <param name="fasta_indexes" type="select" label="Source FASTA Sequence">
+                <options from_data_table="all_fasta"/>
+            </param>
+        </when>
+        <when value="history">
+            <param name="genome_fasta" type="data" format="fasta" label="Source FASTA Sequence"/>
+        </when>
+    </conditional>
+    <param name="input_gff3" type="data" format="gff3" label="GFF3 formatted Gene Calls"/>
+
+    <!-- Currently we do not support ANY of the command line options for
+         TransTermHP due to the following statement:
+
+            As mentioned above, if you change any of the basic scoring
+            function and search parameters and are using the version 2.0
+            confidence scheme (recommended) then you have to recompute
+            the values in the expterm.dat file. If you have python
+            installed this is easy (though perhaps time consuming).
+
+            ref: http://manpages.ubuntu.com/manpages/precise/man1/transterm.1.html
+
+        This is a TODO item that would be nice to get around to eventually
+        (perhaps when a user demands it.)
+        -->
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="gff3" name="output"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+      <test>
+          <param name="source" value="history" />
+          <param name="genome_fasta" value="sequence.fasta" />
+          <param name="input_gff3" value="sequence.gff3" />
+          <output name="output" file="sequence.gff3.out" />
+      </test>
+  </tests>
+  <help><![CDATA[
+**What it does**
+
+Finds rho-independent transcription terminators in bacterial genomes.
+]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">doi:10.1186/gb-2007-8-2-r22</citation>
+    </citations>
+</tool>