# HG changeset patch # User iuc # Date 1613071609 0 # Node ID c767a45616d0c7b6b10028c4f0061a3b9838c0ac "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trycycler commit 9d7c4277b0f96aacd466f2d497e08edcca3fa238" diff -r 000000000000 -r c767a45616d0 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Thu Feb 11 19:26:49 2021 +0000 @@ -0,0 +1,46 @@ + + 0.4.2 + +**Trycycler pipeline** + + :: + + Trycycler subsample: make maximally-independent read subsets of an appropriate depth. + ⬇ + Trycycler cluster: carries out complete-linkage clustering of all contig sequences. + ⬇ + Trycycler reconcile/msa: reconcile the contigs within each cluster and perform a multiple sequence alignment. + ⬇ + Trycycler partition: split the reads between the different clusters. + ⬇ + Trycycler consensus: generate a consensus contig sequence for each cluster. + + + + + topic_0196 + + + operation_0525 + + + + + trycycler + + + + + + @misc{githubTrycycler, + author = {Ryan, Wick}, + year = {2020}, + title = {Trycycler}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/rrwick/Trycycler}, + } + + + + diff -r 000000000000 -r c767a45616d0 test-data/aligned_cluster_01.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/aligned_cluster_01.fasta Thu Feb 11 19:26:49 2021 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ +>A_contig_2 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GCTGATTCCCAGCTTACAGACATTTTCACGAAGTCTGGCGACACTTTAAATGAATTAGGAGTTTCTTTTATTTCTGGTGAAGAGGTTCCTGATCATAAAGGCTTAGCTATTTCTATGCTTTCATACTCCGTTAGCTTAGGAAATCAAACCATACATTCATAGGTTATGAAGGATAAATCTTCCCAGGCTGGTGTGGTCGTCCCAAGGTGGGTGCTCATCGGTCTTACTCAATATCTGATGTCGAGTAGGGTTACGTTGTGGTTAGAGCGCGCAATGTGGGTAGCAAGCAGGTATCGGCGTCCATCTCTAACTCTTGGCTCACCGAAGAGTTTAAAGCAAAGTAAGCTTCACTGACCCCGTCGAGAACGCTCGACGGTAAGTAGGTATCGATCTGCCAACTGCATTATGCTCTCAATGTGCGAATCAAAGATGGCGTCGCGACGATGTCTTCCGGTATTTGTAATAACTGGGCGTTTTTGGGACCTGCTGATAAGCCCAATAAAAACGCAAGTCCGTTGTGTTAGCGTGAGGTAGGCGCGGCGAGTGTAATCTGCGACTAATGAGAGCCACATCGGTTTAGGTATGCAAGTATGTGCCCACCGAGCCTCGGCGGTGAAGGGGACGTACACATGTTTTCGGGATGCGGCGCTGTATTCAATTCCACTTGAATAAAAGTGAGAGATGCGTGCCGTCTAATCAGTGATAAGGAGCTGGAATTAATCAGCTCGGATGTTAGCCATTAACACGGTAAGACCGACAGATTCCCTCCCTAGCATCATTGACTTATCTCAAATCGATCATTATCCGGGAGAAATTGGTGGTATCCTTATCTTCTGGAACGCTCTTGGTTTTCGTAAAGACTCTTTCCTTCCTGGAATCAACACTATCCAACAAGCACTCTCTAGGAGCTTCTCTCCTCGCAAAGCTGTCATTTGCGACCTTTCGTTACGAACTATCACATAAACGTAATGAAGAGGTTTTATCACAGACATTTTTCACCATAAATTAGGCCCATAGTGGCCTATAAGCGAAAATATTGACGCTTTTAGAATTTCATGTATTCTTCCCACAATCTTGGCAGAGACTCTTATCAGGTTTTTATTTCTCATTTTACATTTGGATTTTTATGGAAGATTTTGCAGCGCATCGTTAAAATTTAGTTACCGATCCCAACGCGTCCAATATAGAAAAATCCTTGTTGAGCTTGCTCAGCCTGAAAACGGCTCTCTCTGAACTGAGAAGTTGTCTTAGATTAATCTGGCTTCTGCCGAAGATTTCGAAAGATTGCTTCTTTTGCTTGAAAATAGCATCAGAAAGAAGGAACCTTCGGTCATTAATACGATCTCTTGCAGGTGTATGCGGTTGTACGCTGCTCTCATCACACATGATTAGCTTGATTGCTAACAAGAGTCTCTCTTGTTGGAGCTTTCTGAATGGCAGGCGCTTGATCCTACAAAAGACGTCGATATCAAAGCTGGCGTTGGTTAAATCGTTGCAGCCCATCAATAGAGTTGGATGGACTATCTGTTCATAACTCACCACCTTACGGATGAAAGATGTAAGACATGGGGCTCGTTTCTGTCTTCCGGGAATGGGGTTCATCTTTCAATAACCAGAGATTTCCTTCTTCATCTACCAAAAAGTGAATACGATACGACCCTTTCCTAACAATAAAACGCTAAATTTTATCCCAGCTTCTAGTATTGTTCCTGTATTTCTTTAGAAGAATCTGTAATCAAATACGATCTGCAGCACTAGACTTACCATAACCCTACTTCTCTTGATAGTCTATAACCTCCACTCCCACGCTCATGCAGACCAACAACGACAAACGCACAGATCCATCTCCTAAGACAGAACTTCTATCTCTTTGCAACTAATGCGATTTTCTTCTACAAACACGTCGTTATCTCGCATAAAAAGCTTCATTAATGGCATCTCGTAATTCTAAACGGATGAACTTCGAAGACGCGATACTAAGTCCTAAATGCGATATCAAAGATAGGAAATGAAGCCTCACCGCAATATGCTAACTTATCTTGTTCTTGCTCCATCCCTGCTAATGTTAAAGGAGATAAGGAACGGCGGGAATCCTAAATCACTCATTAAAACCTTAAGTAAACTTTATTCATTGCTATCCAGTAAGCGATTAGCAGGACCTGTATAAAGGCTTGCCAATAGTCTCTAGAAATCCTTGCATAGCTCCATCTTCACAGGACCATAGTATCGGCAGCTTCGCCACTTTCTAGTCTCTGGCGCTGTTCTGGATCAAACAGTTTCCCTGAGTCTTCCAACGATCTCTAATGAAGGCGTCCATAATCCTGTCTCGAAGTAATTAAAAATAACTCCATCATAAAAGGATTTTGAAGGTGTTTAGCCATATTTTTTGCAAGATGGCACGGAATCTCGTGTTGTTCGCATAAGTTTCCAGCAAATAATTCCTAGTGCAGTTTTTGAGGCTCAAATCTCCTTAACTTTTCTCCCAAATTCACAATATTACCAGCACCTAGAAAGATACCACACATCGTAGTACACGGATGTGGATGCACTATTCTCTGCAACTCATGAAACGGAGTATGCGTACACTTTACTATCGACTCTTGACTAATAGCTCAGCAAGCTTACACGATACGAAATATCTTCGCCTCACTCTCCTGCACTGTAACTTCTGTTATTAAGACTTCATCAGCATCTTTAAATGCTGACAGGAGCTGTCTATACACTCCTCTTAGTCGAAGGAAAAACAGATGGGCTGGTAAAAATAGCTAAAATACGTCCTCTGTCCAGCAGCATTACGAACACGTAATGTACAAGAAATCTCTGAAGGATGAATTGTGCATAATCTTCTAAAGAAAGGTCTCAGAAGAATGCTTTCTTTGTAATCCGTCTTTGAACTCGAAACCCTCTGGAAAGCATTTCTTATAGCACCTTCATCTAACCCAATGACAGAGTATTCCCATAGCTGCTGCAGCATTCAAAACGTTATGCATGCCAATTACTTCTATATCTACATACACTACATCTTGATACTTTGCTGTAAGTACGTCTCCATCCTTCTTGATAATAAGATAGAATATGTGATCCACAAGAAGAGTCAATCCAAAGTATGCTGCAAATGAACGCAAGCGAGGACAATCTCCATTATACAACTGTCTGCCGTCTTGAGTGCAAGTCTTTCAAAGAAGCCAGAAGAAGCTCTCGATCTCGTTCAAAATTAGACAGATGCTCATCATCTATATTCGTAATAACAGAAAACCTGATTATACCCGAAGATAGACCCATCGCTCTGCTTCAACAACAAATATTCAAATCCCGAACCACCGTGATGCTTCTTGATTAAACCTCCTATAGCAAAAGGACGGATTTTTTCTTCGCTTCCTGCGAAAGTGGCTGTAAATGAAGAGACTGTTGTCTTTCCATGACTTCCTGTGGCAAAAATAAATCGATTTGAACAGCTCGGCTAATAATTCAGCTCCGATGAACTGTTCCCTCTTCACTTTTAGCTGATAAAATTGGGGATTTTTAGAAATGCTTGAACTGTATACAACCAGCGCACTTCGGGGATATGTTCGATTCCCTAAAATTCCGCTCCTTATTCTTCATCTTCTCTACCACTTCCCCTCGGAAAGATCGCTCCCGATACGCTATATCCTCGATCGAGCAGAAATGTGCTAGCACCCATTCAATCCACCAATACCAATAAAGTGGTAAAACAAACTTTTCATCATGGCCTATAGGTTACAAATAAACTGATACAGGTGAATTGAAACTTCTTCTGTTGCGTTACTGTGCACGTTACGCTGATGGCGGAAGTAACTCAGACGGCATGCCCATTTCACGGGGACTCTGCCCTCACCAGCTGCATGGCTAATAATCTAAACCAAGTAAAACTGCTTGCTCAAACTTTCTTGTTCAAATACTTCTGCAAAATCATGAATCCCTCTCCACCTACAGTATGCGTGAATTTGCATTCACTTCTTGATGTCCATAAGCACGGATAAAGATAAGAATGGCGGGCACCTTTGAACCCAAAGCAACTCATTAAGCATCGTTAACTCCAGGAATCTGCTAATCACTAAATCGCTTGCCTGAGTACCCGAGCGATATTGTGTGATCCGTGCGGTAACTGTAATGTGATACCAGCATCAGTAACGAAAGCCGCTTGAAAGGTCTCCTTTAGGCCCTACAATATGATGAACGCATATAAAATTCAATAACTTTCTCGATACGAGCCAAGACTTTGGAACAACATCATTTAAAATTTTTGCTCCTTGGTCCCGACCCACACAATGACAGGAGAAAGCTCAGGGAAAACGATCTGCTCAGACCGTTTCCCTGATAGGGAGAAAGACTTCTTCATTCCGGCAATGGAAATGTTCCCCTGCTGCTGCAAATGGCATCCCCTACACCTTTAGCAAAACGTGAAAATAACTTATTCCCTTCCCAGGAACAATATTCTGTTCATGCAGAAAAGAGGAAGCTACTTCTTATAAAGCAAGCATAGCAGGTAAGGGAATGTAACTCCCAAATCCTATTGCTAAATCAGATAATATCTCTGATCTTTTGTAGAACTGGGCATAACCTTTATATAGCTGCTTAGCCCCAGGACATCCGATTGACACGCAAAAAAAAGGCGATCCTGAAGGATATCACAATAGGCGACCCTCTGATCATCCCCTAAAAATGAGCTAATCCTTTCTAAAAAGTAAAGACTTCTTGTCTCATGAATAAAGGATCTCTCTTGCTGCTGGAGCTTGGATAATGTGCCCTCCTGTTCCCCCACTACCAATCCGATTTTGTTGATTTTCTTCATCACGCATCCTTAATAGCAATCCATGCCACACATATTAGCAATTAGAGAAGAGCACTCTGACTAAAAGATGGAAAGGTTCACTCCTTGCTAGGCAATAACCAGAAACAGCACCAAGTTAATAAAGAAGCTTGCATCCAATAATCACGGTGATCTGAAATAACAAAGAGCCGCTCCAGATAAAGGAGGCTCGCATGCAATGGTGCCACCCGCTTAAATAAATCCATGTAGAGAAGATCAATAGGGCATCCAATAAATCACTCTTCGTGCAAATGGCATCAGTGTAATCATTCAGAGCTTCTGGAAGATAAGTTAATTTTTTGTAATCCTTTTCACGGACCTTTATCGAAACACTCTTCCAAGAGCCTGCTGCAATTTTGGCTTGGTAAAAGTTGATGGCCTCTTCCTTTAATATCTAATTCAGGATGTAGGTAAACTTGCAAGCATTCACTGAACATAAGGGAGCCGATAGGCAAAACGTACCTCGATTGCACAGAATATAGCAAAGCAGCCAATAGCGTAATCACTGCAGTTACGATAAAACTGGAATTAAGGAAAAAGGAGATCACGGCCCGCAGATTCCATTGTCGGAGTTCAATCCGCGATCAACATGTGGGGAGAAACACGAAACAAGCAAAGCTTGCGAATCGTTTAAAATTACTACGAATTAGAAGGTTTTGTTGATAAACATTCGATGGCAACACATGGAACTAAATTTAACAAATTTCAGGCTGTAAAGTTTGCCCCCTTTACCAACGCTTAGCTCCATTTCTACACACCAATACCTGGAATAAAACCAACGCAAGAGTAATCCGCAAAAAATCGCAACATAGAGGCTCATTTTCAAAAAAATCCTTCCATCCTAAGAGTACACAAATGAAGCGATGCAAGTCGTCAAGATGAGGTAATCACGCCGGATCAGAGCTTTGTGTATTACTACGACAGCTTTCGATAAAACCTCTGCTTATGAGAGTATTATCACACCATGATCGACGAGAGAAAAAATTCTAATAGGGAAACCAGCTAACTACTTGTCCTATCTGTAACGTGTGTCGAAGATAAGTCATTAACTGCAATCAATGCAGAAACTGTAGTGTGATTGGATCAAGCTATACGTTTTCAATTGATAAGACCGACATCTATCGGATGCGATATGATAAGTCGAATTAACCTAAATCTTATGATTGACAACGTCGATCCGTCCAGAGTGGTGGAGTCTACGAAGCACATGACTATAACCGTTCAGGTCGTCACCCCTACCTTGCGTTCACAACAGAAATTTCTGGAGCGACAGGGAGACGTCGATTCTGGCGTAAGATGAAATCTCTTTGAGCCCCCTAGATTCCTTCTGTCTTAGGATTTTATCGCAGAATTGCGCGGCAAGTTCACTTTGGAAACGACTAGGCATTTTAACGACCTGAAGGCTTCGCAATCTGCCTCGAGCCTTTTCTCTAACTTCTGGGCTTATCACAGCCGGAACGGGCTCAAAGATTTAATGGCTATTTTCTGCAAATACTCTATTTCTGCTCTGAATGGCGCGCCCGGTCATAGACAGCACTACCAATAGCTGCGTTTTAACAGTTGCTACAAATCGTTTCTACGATTCATAAGAACCTCTTCCAACCAACCACTGCGTAACATTGCCCTCGCTCTTCGTAGCTACGGAATTGATCAAAGCTAGACACAAACCGGAACAACACGCAATCACATCTCGGACACTGCCCGCTCTTCAGCACATCGTATGGGCCTCA ++ +7/-74(;'2071+3*.'(/1$(3+791-/1-774,.9.-(-+($((/**/72&+-++*6+*,8+)-(2+353<3,%35..3(,%()'),(57(,5302.25-347&%),'90(611.:(***''$),:$./,%0-3$%)%&-$&.5,-/.3+/3(',*/3,;93,3)65.,1,.48(0308/6+46**84/&)'(%.'%&0$))-,5)'8*%''*&+&-'%-3*)1.4-70:40%2$(%%'/'-'#.*'1,(*)1(%8*0.10-(,-//-/),-'',7,(8&$(1/*+(-&.&*0,;-400(7:-%)-876/82891(5.+3%-9+3/*,2104315.5,)152*82***.9%(40(.+*/7+0).0&5-02,)-6/46-+-.*'+.,-5+;+<16*2:-:+'70*+1+9,/1.,,.,*(2(-&':%30,02-*'0/4/&/0*04(%('$%+**'+'))**.-0-.190.2185/523.82$0++'0$(;*5:+%(%)*()6<.*'(819/33*5*-4%)/%/,'*10+-689176&9655+/532;,&704-9<)35**/(%28/-9%0(2,-*3&" in line: + filename = line[1:].strip() + output_fasta = f"{full_path}{filename}.fasta" + with open(output_fasta, "a") as handle: + handle.write(line) + + +def main(): + if argv[1] == "cluster": + cluster(argv[2]) + if argv[1] == "reconcile": + reconcile(argv[2]) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r c767a45616d0 trycycler_cluster.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trycycler_cluster.xml Thu Feb 11 19:26:49 2021 +0000 @@ -0,0 +1,149 @@ + + cluster the contigs of your input assemblies into per-replicon groups + + macros.xml + + + + trycycler --version + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_, a fast sequence distance estimator that uses the MinHash algorithm. It also serves to exclude any spurious, incomplete or badly misassembled contigs. + +If your contigs do not form clear clusters, that indicates that the input assemblies are inconsistent and unreliable. If you find yourself in this situation (struggling to identify which clusters are good and which are bad), then you probably need to get better long-read data (longer and/or deeper) and try again. + +---- + +.. class:: infomark + +**Input** + +This tool requires two different inputs: a set of multiple separate assemblies and a long-read set. + +---- + +.. class:: infomark + +**Output** + +**Trycycler cluster** generates three files: + +\* A matrix of the Mash distances between contigs (phylip output). + +\* A `FastMe tree `_ of the contigs built from the distance matrix. It can be visualised in the **newick display** tool. + +\* A collection list which contains the clusters. + +\ + +**Choose your clusters** + +After running **Trycycler cluster**, you need to extract the cluster datasets from the collection by using the **Extract Element from a collection based on a name** tool. It is up to you to choose which of the clusters are good and which are bad. This can be somewhat subjective, so there is not an exact procedure for you to follow. + +Generally speaking, a good cluster contains many contigs (ideally one from each assembly) which are all very close to each other and have realistic read depths. A bad cluster contains a small number of contigs (maybe just one) which might have low read depths. The tree can be useful in making these decisions, though interpret it with a grain of salt, as the contig sequences are not necessarily related in a tree-like manner. + +If you have prior knowledge about what your genome should look like, that information can be quite useful in deciding which clusters are good. E.g. if you happened to know that your genome contains a 150 kbp plasmid, then you can expect one of your good clusters to have contigs of about that size. + +You might also decide at this point that the default value for --distance (0.01) was not quite right. E.g. if your tree contains two very close clusters that you think should actually be one cluster, you can run Trycycler cluster again with a larger distance threshold. Another thing to keep in mind: contamination can happen. I most often see this occur with cross-barcode contamination, where a contig in one assembly actually belongs to a different genome from the same multiplexed sequencing run. + + +---- + +.. class:: infomark + +@PIPELINE@ + ]]> + +