# HG changeset patch # User iuc # Date 1613071565 0 # Node ID 4ac81df20c74729e5d91a319065c1247c244a4dc "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/trycycler commit 9d7c4277b0f96aacd466f2d497e08edcca3fa238" diff -r 000000000000 -r 4ac81df20c74 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Thu Feb 11 19:26:05 2021 +0000 @@ -0,0 +1,46 @@ + + 0.4.2 + +**Trycycler pipeline** + + :: + + Trycycler subsample: make maximally-independent read subsets of an appropriate depth. + ⬇ + Trycycler cluster: carries out complete-linkage clustering of all contig sequences. + ⬇ + Trycycler reconcile/msa: reconcile the contigs within each cluster and perform a multiple sequence alignment. + ⬇ + Trycycler partition: split the reads between the different clusters. + ⬇ + Trycycler consensus: generate a consensus contig sequence for each cluster. + + + + + topic_0196 + + + operation_0525 + + + + + trycycler + + + + + + @misc{githubTrycycler, + author = {Ryan, Wick}, + year = {2020}, + title = {Trycycler}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/rrwick/Trycycler}, + } + + + + diff -r 000000000000 -r 4ac81df20c74 test-data/aligned_cluster_01.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/aligned_cluster_01.fasta Thu Feb 11 19:26:05 2021 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ +>A_contig_2 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++ +7/-74(;'2071+3*.'(/1$(3+791-/1-774,.9.-(-+($((/**/72&+-++*6+*,8+)-(2+353<3,%35..3(,%()'),(57(,5302.25-347&%),'90(611.:(***''$),:$./,%0-3$%)%&-$&.5,-/.3+/3(',*/3,;93,3)65.,1,.48(0308/6+46**84/&)'(%.'%&0$))-,5)'8*%''*&+&-'%-3*)1.4-70:40%2$(%%'/'-'#.*'1,(*)1(%8*0.10-(,-//-/),-'',7,(8&$(1/*+(-&.&*0,;-400(7:-%)-876/82891(5.+3%-9+3/*,2104315.5,)152*82***.9%(40(.+*/7+0).0&5-02,)-6/46-+-.*'+.,-5+;+<16*2:-:+'70*+1+9,/1.,,.,*(2(-&':%30,02-*'0/4/&/0*04(%('$%+**'+'))**.-0-.190.2185/523.82$0++'0$(;*5:+%(%)*()6<.*'(819/33*5*-4%)/%/,'*10+-689176&9655+/532;,&704-9<)35**/(%28/-9%0(2,-*3&" in line: + filename = line[1:].strip() + output_fasta = f"{full_path}{filename}.fasta" + with open(output_fasta, "a") as handle: + handle.write(line) + + +def main(): + if argv[1] == "cluster": + cluster(argv[2]) + if argv[1] == "reconcile": + reconcile(argv[2]) + + +if __name__ == "__main__": + main() diff -r 000000000000 -r 4ac81df20c74 trycycler_reconcile_msa.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trycycler_reconcile_msa.xml Thu Feb 11 19:26:05 2021 +0000 @@ -0,0 +1,255 @@ + + reconcile the contigs within each cluster and perform a multiple sequence alignment + + macros.xml + + + + trycycler --version + + + + + +
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