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+mm39.chr2 181755017 1288558482 50 51 +mm39.chr3 159745316 1473948611 50 51 +mm39.chr4 156860686 1636888845 50 51 +mm39.chr5 151758149 1796886756 50 51 +mm39.chr6 149588044 1951680079 50 51 +mm39.chr7 144995196 2104259895 50 51 +mm39.chr8 130127694 2252155006 50 51 +mm39.chr9 124359700 2384885265 50 51 +mm39.chrX 169476592 2511732170 50 51 +mm39.chrY 91455967 2684598305 50 51 diff -r 000000000000 -r 8990ed3ff747 tool-data/fasta_indexes.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample Tue Aug 27 07:34:06 2024 +0000 @@ -0,0 +1,29 @@ +#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools +#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need +#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file +#similar to this one (store it in this directory) that points to +#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc +#file has this format (white space characters are TAB characters): +# +# +# +#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in +# +# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/, +# +#then the fasta_indexes.loc entry would look like this: +# +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa +# +#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory +#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files. +# +#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for +#each index set you have stored. The file in the path does actually +#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves +#as a prefix for the index file. For example: +# +#hg18canon hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fai +#hg18full hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fai +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fai +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fai diff -r 000000000000 -r 8990ed3ff747 tool_data_table_conf.xml.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Tue Aug 27 07:34:06 2024 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ + + + + value, dbkey, name, path + +

+ diff -r 000000000000 -r 8990ed3ff747 tool_data_table_conf.xml.test --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Tue Aug 27 07:34:06 2024 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ + + + + value, dbkey, name, path + +

+ \ No newline at end of file