# HG changeset patch # User jackcurragh # Date 1649066178 0 # Node ID 27f3669eda6085459c833b16d5ddad705711a374 # Parent 6d5d1b56c28625ca6d6e87d9f62bc98a692e0ecc Uploaded diff -r 6d5d1b56c286 -r 27f3669eda60 get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000 @@ -0,0 +1,28 @@ +# input a genome file and return a file genome.chrom.sizes to be associated with the custom build (or just have it as an output to be used later in the history. +# adapted from https://bioexpressblog.wordpress.com/2014/04/15/calculate-length-of-all-sequences-in-an-multi-fasta-file/ +from sys import argv +# python calculating_chrom.sizes.py genome_input.fa output.chrom.sizes +genome = str(argv[1]) +output = str(argv[2]) +# genome = 'test-data/test.fasta' +# output = "test-data/test_chrom.sizes" + +chromSizesoutput = open(output,"w") + +records = [] +record = False +for line in open(genome, 'r').readlines(): + if line[0] == '>': + if record: + records.append(record) + record = [line.strip("\n").split(' ')[0][1:], 0] + + else: + sequence = line.strip('\n') + record[1] += len(sequence) + +for seq_record in records: + output_line = '%s\t%i\n' % (seq_record[0], seq_record[1]) + chromSizesoutput.write(output_line) + +chromSizesoutput.close() diff -r 6d5d1b56c286 -r 27f3669eda60 get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml --- a/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml Wed Mar 23 12:53:08 2022 +0000 +++ b/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000 @@ -1,24 +1,24 @@ - - order of storing aligned sequences - '${output1}' - ]]> + + Chromosome sizes are needed for the creation of ribosome profiles. This tool generates a tab delimited chrom.sizes file from an inputted fasta + + python $__tool_directory__/calculating_chrom.sizes.py ${input1} ${output1} + - + - + **What it does** -creates a chromosome sizes file from a fai index +creates a chromosome sizes file from a fasta file diff -r 6d5d1b56c286 -r 27f3669eda60 get_chrom_sizes/test-data/test.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/get_chrom_sizes/test-data/test.fasta Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000 @@ -0,0 +1,271320 @@ +>YAL012W +GACCCCATACCACTTCTTTTTGTTATTCTTAAATATGTTGTAACGCTATG +TAATTCCACCCTTCATTACTAATAATTAGCCATTCACGTGATCTCAGCCA +GTTGTGGCGCCACACTTTTTTTTCCATAAAAATCCTCGAGGAAAAGAAAA +GAAAAAAATATTTCAGTTATTTAAAGCATAAGATGCCAGGTAGATGGAAC +TTGTGCCGTGCCAGATTGAATTTTGAAAGTACAATTGAGGCCTATACACA +TAGACATTTGCACCTTATACATATACACACAAGACAAAACCAAAAAAAAT +ATGACTCTACAAGAATCTGATAAATTTGCTACCAAGGCCATTCATGCCGG +TGAACATGTGGACGTTCACGGTTCCGTGATCGAACCCATTTCTTTGTCCA +CCACTTTCAAACAATCTTCTCCAGCTAACCCTATCGGTACTTACGAATAC 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