# HG changeset patch
# User jackcurragh
# Date 1652433434 0
# Node ID c6a297d05c8e85f3fec1bf9185ab8728b8d4e0c5
# Parent  cfdf764b9226e61b6a90c6b8a053dc1c1e63f24d
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diff -r cfdf764b9226 -r c6a297d05c8e get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py
--- a/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py	Fri May 13 09:17:14 2022 +0000
@@ -26,7 +26,11 @@
 	records.append(record)
 
 for seq_record in records:
-	output_line = f"{prefix}{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+	if prefix != 'none':
+		output_line = f"{prefix}{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+	else:
+		output_line = f"{seq_record[0]}\t{seq_record[1]}\n"
+
 	chromSizesoutput.write(output_line)
 
 chromSizesoutput.close()
diff -r cfdf764b9226 -r c6a297d05c8e get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml
--- a/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Fri May 13 09:17:14 2022 +0000
@@ -1,11 +1,31 @@
-<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="2.0">
+<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="2.1">
     <description>Chromosome sizes are needed for the creation of ribosome profiles. This tool generates a tab delimited chrom.sizes file from an inputted fasta</description>
     <command>
         python $__tool_directory__/calculating_chrom.sizes.py ${input1} ${input2} ${output1}
     </command>
     <inputs>
-        <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
-        <param name="input2" type="text" label="Chromosome Column Prefix (eg. chr)" />
+        <conditional name="refGenomeSource">
+            <param name="genomeSource" type="select" label="Will you select a reference from your history or use a built-in FASTA?">
+                <option value="builtin">Use a built-in FASTA</option>
+                <option value="history">Use one from the history</option>
+            </param>
+            <when value="builtin">
+                <param name="input1" type="select" label="Select a reference" help="if your reference of interest is not listed - contact RiboGalaxy team">
+                    <options from_data_table="builtin_fastas">
+                        <filter type="sort_by" column="2" />
+                        <validator type="no_options" message="No built-ins are available" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="input2" type="select" label="Chromosome Column Prefix (eg. chr)">
+            <option value="chr">'chr' (required for upload to GWIPS-Viz)</option>
+            <option value="none" selected='true'>None - do not add a prefix</option>
+            <option value="manual">Specify you own</option> 
+        </param> 
 
     </inputs>
     <outputs>
@@ -21,7 +41,7 @@
     <help>
 **What it does**
 
-creates a chromosome sizes file from a fasta file
+Creates a chromosome sizes file from a fasta file. 
     </help>
     <citations/>
 </tool>
diff -r cfdf764b9226 -r c6a297d05c8e get_chrom_sizes/test-data/test.fasta.sizes
--- a/get_chrom_sizes/test-data/test.fasta.sizes	Thu Apr 21 10:39:18 2022 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6692 +0,0 @@
-chrYAL012W	1785
-chrYAL069W	915
-chrYAL068W_A	855
-chrYAL068C	963
-chrYAL067W_A	828
-chrYAL067C	2382
-chrYAL066W	909
-chrYAL065C	987
-chrYAL064W_B	981
-chrYAL064C_A	981
-chrYAL064W	885
-chrYAL063C_A	891
-chrYAL063C	4569
-chrYAL062W	1974
-chrYAL061W	1854
-chrYAL060W	1749
-chrYAL059C_A	1023
-chrYAL059W	1239
-chrYAL058W	2109
-chrYAL056C_A	951
-chrYAL056W	3243
-chrYAL055W	1143
-chrYAL054C	2742
-chrYAL053W	2952
-chrYAL051W	3744
-chrYAL049C	1341
-chrYAL048C	2589
-chrYAL047W_A	930
-chrYAL047C	2469
-chrYAL046C	957
-chrYAL045C	909
-chrYAL044W_A	933
-chrYAL044C	1113
-chrYAL043C	2958
-chrYAL042C_A	978
-chrYAL042W	1848
-chrYAL041W	3165
-chrYAL040C	2343
-chrYAL039C	1410
-chrYAL038W	2103
-chrYAL037C_B	1575
-chrYAL037C_A	693
-chrYAL037W	1404
-chrYAL036C	1710
-chrYAL035W	3609
-chrYAL034C_B	954
-chrYAL034W_A	1470
-chrYAL034C	1842
-chrYAL033W	1122
-chrYAL032C	1740
-chrYAL031W_A	909
-chrYAL031C	2883
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-chrYAL029C	5016
-chrYAL028W	2187
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-chrYAL026C_A	1038
-chrYAL026C	4668
-chrYAL025C	1521
-chrYAL024C	4908
-chrYAL023C	2880
-chrYAL022C	2154
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-chrYAL019W_A	1170
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-chrYAR019W_A	933
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-chrYAR033W	1305
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-chrYAR068W	1086
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-chrYAR071W	2004
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-chrQ0010	987
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-chrQ0032	891
-chrQ0045	2205
-chrQ0070	2493
-chrQ0065	2271
-chrQ0060	1848
-chrQ0055	3165
-chrQ0050	3105
-chrQ0075	1665
-chrQ0080	747
-chrQ0085	1380
-chrQ0092	741
-chrQ0105	1758
-chrQ0120	2517
-chrQ0115	2154
-chrQ0110	1872
-chrQ0130	831
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-chrQ0143	753
-chrQ0144	930
-chrQ0160	1308
-chrQ0182	1005
-chrQ0250	1356
-chrQ0255	2019
-chrQ0275	1410
-chrQ0297	526
-chrYER054C	2247
-chrYER114C	3723
-chrYER169W	2991
-chrYEL077C	4397
-chrYEL077W_A	1083
-chrYEL076C_A	1251
-chrYEL076C	1251
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-chrYEL060C	2508
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-chrYEL058W	2274
-chrYEL057C	1302
-chrYEL056W	1806
-chrYEL055C	3669
-chrYEL054C	1098
-chrYEL053W_A	948
-chrYEL053C	2802
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-chrYEL051W	1371
-chrYEL050W_A	792
-chrYEL050C	1782
-chrYEL049W	963
-chrYEL048C	1059
-chrYEL047C	2013
-chrYEL046C	1764
-chrYEL045C	1026
-chrYEL044W	1101
-chrYEL043W	3471
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-chrYEL041W	2088
-chrYEL040W	2004
-chrYEL039C	942
-chrYEL038W	1284
-chrYEL037C	1797
-chrYEL036C	2103
-chrYEL035C	1101
-chrYEL034C_A	1203
-chrYEL034W	1074
-chrYEL033W	1020
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-chrYEL032C_A	762
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-chrYEL025C	4167
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-chrYER007C_A	1146
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-chrYER009W	978
-chrYER010C	1305
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-chrYER014C_A	1062
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+drosophila_melanogaster_dm6	dm6	Drosophila melanogaster (dm6) Genome	/data2/indices/bowtie/genome/drosophila_melanogater_dm6/drosophila_melanogater_dm6_genome.fa
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+Arabidopsis araThal	Arabidopsis thaliana (TAIR10) Genome	/data2/indices/bowtie/genome/Arabidopsis/Arabidopsis_genome.fa
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\ No newline at end of file
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+<tables>
+    <!-- Locations of indexes in the Bowtie mapper format -->
+    <table name="builtin_fastas" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/builtin_fastas.loc" />
+    </table>
+</tables>
\ No newline at end of file