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Initial uploaded of files
author jgarbe
date Wed, 27 Nov 2013 14:39:56 -0500
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files redup.pl redup.xml test-data/duplicates.fasta test-data/input1.fastq test-data/input2.fastq test-data/output1.fastq test-data/output2.fastq
diffstat 7 files changed, 3764 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/redup.pl	Wed Nov 27 14:39:56 2013 -0500
@@ -0,0 +1,127 @@
+#!/usr/bin/perl -w
+
+###########################################################
+# redup.pl
+# John Garbe
+# August 2012
+#
+# Remove exact duplicate reads from paired-end fastq files, printing out
+# unique reads to .unique files. Prints out top N most duplicated sequences 
+#
+###########################################################
+
+=head1 NAME
+
+redup.pl - Remove exact duplicate reads from paired-end fastq files, printing out unique reads to .unique files. Prints out top N most duplicated sequences in fasta format
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+redup.pl [-n N] sample1_R1.fastq sample1_R2.fastq > topdups.fasta
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+This script removes duplicate paired-end reads from the input files sample1_R1.fastq and sample1_R2.fastq and prints out unique reads to the files sample1_R1.fastq.unique and sample2_R2.fastq.unique. Reads must have the exact same sequence to be called duplicates, quality scores are ignored. The top N (default 20) most duplicated sequences are printed out in fasta format, making it convenient for using BLAST to identify them.
+
+=cut
+
+use Getopt::Std;
+
+# determine number of most duplicated sequences to return
+$opt_n = 20;
+$ok = getopts('n:');
+$k = $opt_n - 1; # subtract one to work with Perl's zero-based arrays
+
+die "USAGE: redup.pl [-n N] sample1_R1.fastq sample1_R2.fastq\n" unless ((($#ARGV == 1) || ($#ARGV == 3)) && $ok);
+
+# open up input files
+open F1, "<$ARGV[0]" or die "cannot open $ARGV[0]\n";
+open F2, "<$ARGV[1]" or die "cannot open $ARGV[1]\n";
+
+# open up output files
+open O1, ">$ARGV[0].unique" or die "cannot open $ARGV[0].unique\n";
+open O2, ">$ARGV[1].unique" or die "cannot open $ARGV[1].unique\n";
+
+# open up output files
+if ($#ARGV < 3) {
+    open O1, ">$ARGV[0].unique" or die "cannot open $ARGV[0].unique\n";
+    open O2, ">$ARGV[1].unique" or die "cannot open $ARGV[1].unique\n";
+} else {
+    open O1, ">$ARGV[2]" or die "cannot open $ARGV[2]\n";
+    open O2, ">$ARGV[3]" or die "cannot open $ARGV[3]\n";
+}
+
+
+# run through the input files
+$readcount = 0;
+$dupcount = 0;
+while ($f1line1 = <F1>) {
+    $readcount++;
+    if ($readcount % 1000000 == 0) { # print progress update
+	print STDERR "$readcount reads processed, $dupcount duplicates removed\n";
+    }
+    $f1line2 = <F1>;
+    $f1line3 = <F1>;
+    $f1line4 = <F1>;
+
+    $f2line1 = <F2>;
+    $f2line2 = <F2>;
+    $f2line3 = <F2>;
+    $f2line4 = <F2>;
+
+    $combo = $f1line2 . $f2line2; # concatenate seqs from reads 1 and 2
+    if (defined($seen{$combo})) { # if seq is a dup skip it
+	$seen{$combo}++;
+	$dupcount++;
+	next;
+    } else { # seq is not a dup, print reads back out
+	$seen{$combo} = 1;
+	print O1 "$f1line1";
+	print O1 "$f1line2";
+	print O1 "$f1line3";
+	print O1 "$f1line4";
+
+	print O2 "$f2line1";
+	print O2 "$f2line2";
+	print O2 "$f2line3";
+	print O2 "$f2line4";
+    }
+}
+
+close O1;
+close O2;
+print STDERR "$readcount reads processed, $dupcount duplicates removed\n";
+
+print STDERR "Identifying most frequent sequences (kill program to skip this step)\n";
+
+### print out the top k most duplicated reads in fasta format
+# It would be better to use a proper partial sort algorithm here
+
+# initialize first k elements
+for $i (0..$k) {
+    $result[$i][0] = "seed";
+    $result[$i][1] = -1;
+}
+
+# find reads with more duplicates than least duplicated sequence in results
+for $key (keys %seen) {
+
+    if ($seen{$key} > $result[$#result][1]) {
+	push @result, [ ( $key, $seen{$key} ) ];
+	@result = sort { $b->[1] <=> $a->[1] } @result;
+	$#result = $k;
+    }
+}
+
+# print out the top k most duplicated reads in fasta format
+for $i (0..$k) {
+    next if ($result[$i][1] < 0);
+    $rank = $i + 1;
+    print ">Rank:$rank:Count:$result[$i][1]\n";
+    ($r1, $r2) = split /\n/, $result[$i][0];
+    print $r1 . "N" . "$r2\n";
+}
+
+# print out total again in case it was missed
+print STDERR "$readcount reads processed, $dupcount duplicates removed\n";
+
+exit;
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/redup.xml	Wed Nov 27 14:39:56 2013 -0500
@@ -0,0 +1,45 @@
+<tool id="redup" name="Redup" version="1.0">
+<description>Remove exact duplicate reads from paired-end fastq files</description>
+<command interpreter="perl"> 
+  ## Need to handle file names, probably should fix redup.pl
+  redup.pl 
+  #if $opt_n:
+    -n $opt_n 
+  #end if
+  $fastq1_in $fastq2_in  $unique1_out $unique2_out
+  #if $opt_n:
+    > $duplicates
+  #end if
+</command>
+<inputs>
+  <param name="fastq1_in" type="data" format="fastq" label="Fastq Input 1"/>
+  <param name="fastq2_in" type="data" format="fastq" label="Fastq Input 2"/>
+  <param name="opt_n" type="integer" value="20" optional="true" label="Number of most duplicated sequences printed out. (default 20)"> 
+    <validator type="in_range" message="Value can not be negative" min="0"/>
+  </param>
+</inputs>
+<stdio>
+  <exit_code range="1:" level="fatal"/>
+</stdio>
+<outputs>
+  <data format_source="fastq1_in" name="unique1_out" label="${tool.name} on ${on_string}: fastq1.unique" />
+  <data format_source="fastq2_in" name="unique2_out" label="${tool.name} on ${on_string}: fastq2.unique" />
+  <data format="fasta" name="duplicates" label="${tool.name} on ${on_string}: top duplicates" >
+    <filter>opt_n != None</filter>
+  </data>
+</outputs>
+<tests>
+  <test>
+    <param name="fastq1_in" ftype="fastq" value="input1.fastq" />
+    <param name="fastq2_in" ftype="fastq" value="input2.fastq" />
+    <param name="opt_n" value="20" />
+    <output name="unique1_out" file="output1.fastq" />
+    <output name="unique2_out" file="output2.fastq" />
+    <output name="duplicates" file="duplicates.fasta" />
+  </test>
+</tests>
+
+<help>
+This script removes duplicate paired-end reads from the input files sample1_R1.fastq and sample1_R2.fastq and prints out unique reads to the files sample1_R1.fastq.unique and sample2_R2.fastq.unique. Reads must have the exact same sequence to be called duplicates, quality scores are ignored. The top N (default 20) most duplicated sequences are printed out in fasta format, making it convenient for using BLAST to identify them.
+</help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/duplicates.fasta	Wed Nov 27 14:39:56 2013 -0500
@@ -0,0 +1,40 @@
+>Rank:1:Count:34
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCG
+>Rank:2:Count:11
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATATCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCG
+>Rank:3:Count:6
+GAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCCGTCTNGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCA
+>Rank:4:Count:5
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGGCGCCG
+>Rank:5:Count:3
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGGGTAGATCTCGGTGGTCGCCG
+>Rank:6:Count:2
+GAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATATCGTATGCCGTCTNGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCA
+>Rank:7:Count:2
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGGGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCG
+>Rank:8:Count:1
+TTGGAGGCATGAAAACATACAATTGGGAGGGTGTCAATCCTGACGGTTATNCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGC
+>Rank:9:Count:1
+TCTGATTGTCCAGTTGCATTTTAGTAAGCTCTTTTTGATTCTCAAATCCGNAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAA
+>Rank:10:Count:1
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGGGGGCGCCG
+>Rank:11:Count:1
+CCGAGACTGGTTAATGATAACAATGCATCGTAAAACCTTCAGAAGGAAAGNAACTTTTTTAATGGGTCTCAAAATTCTGTGACAAATTTTTGGTCAAGTTG
+>Rank:12:Count:1
+GCACATATGAATGCTAAGCGCTGTCCCCACTGCAAGACCGGGCGATCCGTNGTGGGTGTTAAGTATCCTCGTTTTCCTATCTGAGCTTCCTCAATTCCCAG
+>Rank:13:Count:1
+CGAAGCCTCACAGAGATCTTGAAAGGAGGGGTCTTGATCCAGCGGAACCCNGGAGCCCTACACATCGGAGAACAGGGGTGGCAGGCCCGAGAGCGGTTGGG
+>Rank:14:Count:1
+CATACCAAAGACGAGCGCCTTTACGCTTGCCTTTAGTACCTCGCAACGGCNTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTC
+>Rank:15:Count:1
+TCTACATCCAGGAGCCTCCCACGAATGGGCAGGTTTTATTGAAAACTACANGTAGGATCTCCGCCTTGGACTATGAAACCAGGCACAACTCTATGAAAAAT
+>Rank:16:Count:1
+ACTTCTCCTCATCCAACGCGTCAGTTTTTGACAGAATCGTTAGTTGATGGNTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTT
+>Rank:17:Count:1
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGGAAGAGGGTAGATCTGGGGGGGGGCCG
+>Rank:18:Count:1
+CTGGCTGAGTACTACCGAGAGCATGTGGCTGGGGCCGGAGTTCCACAAGANCTGACACTGACCTGTAATGTGATCAGCAAGGGACCTTTGAGAGCCGAGGT
+>Rank:19:Count:1
+GTTTGGTATTGGGGTCTCCTCCTCCGGCGGGGTCGAAGAAGGTGGTGTTGNATAAAACCCCCTGCCATAACCCAATACCAAACGCCCCTCTTCGTCTGATC
+>Rank:20:Count:1
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGCCACCTTGCAATCACGAATGCNGATCGGAAGAGCGTCGTGAAGGGAAAGGGGGTAGATTTCGGTGGTCGCCG
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input1.fastq	Wed Nov 27 14:39:56 2013 -0500
@@ -0,0 +1,1000 @@
+@ERR030876.21000002 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:2818:126653#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATATCGTATGC
++ERR030876.21000002 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:2818:126653#0 length=50
+HHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHB5CFF@B@CD
+@ERR030876.21000011 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:4546:126663#0 length=50
+CTTCAGGCAAGCATGGTGGCTCGGCAGCCCCCCGCCCCCCCCCGCGGCCC
++ERR030876.21000011 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:4546:126663#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHFHG?A8DDD@##################
+@ERR030876.21000019 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:5704:126661#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000019 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:5704:126661#0 length=50
+HFHHHHHFHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHEHHHHHB>BCF
+@ERR030876.21000031 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:7247:126657#0 length=50
+CGAAGCCTCACAGAGATCTTGAAAGGAGGGGTCTTGATCCAGCGGAACCC
++ERR030876.21000031 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:7247:126657#0 length=50
+HHHGHHHHHHHHHHHIHHHHHHHHHHHHHHGEHHHHHHHHHGHHHHHHHH
+@ERR030876.21000046 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9329:126659#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000046 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9329:126659#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFCHHHIHHHI
+@ERR030876.21000061 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:11745:126653#0 length=50
+GAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATATCGTATGCCGTCT
++ERR030876.21000061 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:11745:126653#0 length=50
+GFGFFHHHHHHEHHH,DDD?DD??DGGGGGGGGGGC;EGCCEEE?GGAGG
+@ERR030876.21000074 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:13901:126662#0 length=50
+AACATTATTCAAAAATGTATTCCACATGGTTGAAAACGGTAGTCCAAATA
++ERR030876.21000074 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:13901:126662#0 length=50
+HHHHHFFGGGEGGGGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHDHHEHHG
+@ERR030876.21000093 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:17464:126663#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000093 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:17464:126663#0 length=50
+HHHHHHHHHGHHHHHHHEHFHHHHHHHBDHHEHHEHFEHHH;EHEEHHEH
+@ERR030876.21000104 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:19275:126656#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000104 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:19275:126656#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIHHHHHHEGHHHAGHFEHEGF
+@ERR030876.21000108 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:19931:126657#0 length=50
+ATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAAC
++ERR030876.21000108 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:19931:126657#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHGEHHHHHHHHHHHHHHHH
+@ERR030876.21000150 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6695:126670#0 length=50
+GTTTTTATGTACTACAGGTGGCCAAGTATTGACTTACCCATCAACAACCG
++ERR030876.21000150 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6695:126670#0 length=50
+HFHHHHHEEHHHHHHGGGBGHEHHH?9>@AHEHHHHHHHHDHHHHHHGHH
+@ERR030876.21000152 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6813:126669#0 length=50
+CACGGCTCTATTTCCTTCCACAGCAACCCACTGTGACTAAGCTCATACTC
++ERR030876.21000152 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6813:126669#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHIHIHHHHH
+@ERR030876.21000181 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9200:126669#0 length=50
+ATTTGGTATAGGGCTGTGACTAGTATGTTGAGTCCTGTAACCACGTTCTC
++ERR030876.21000181 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9200:126669#0 length=50
+D52FDBFF6CGHGHHHHHHHHHHHGGFEGGHEHHHHHHHH<DDDAHHHHH
+@ERR030876.21000185 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9796:126676#0 length=50
+GTGACCTTCTCCACACACACACACACACACACACACACACACAGAAATAC
++ERR030876.21000185 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:9796:126676#0 length=50
+HEHHHHGHHHHHHHFHHHGHHHHHAHHHHHHHHHGHHED###########
+@ERR030876.21000217 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:14790:126674#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000217 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:14790:126674#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHFHHHIHHHH
+@ERR030876.21000218 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:15280:126675#0 length=50
+TGCATGAAGTAATCACGTTCTTGGTCAGTATGCAAATTAGCATAAGCAGC
++ERR030876.21000218 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:15280:126675#0 length=50
+HGHHHIHHHHIHHHHHIHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
+@ERR030876.21000226 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16036:126674#0 length=50
+TGGGGAGATTGATCCGGCTCTCCTCTCCCTCCAGCAGCTTCCGGTAGGTG
++ERR030876.21000226 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16036:126674#0 length=50
+CGEE8HHHHHBBDDDE=HHHEDHHHHHHHHHDHCEBDBFDGDEBC55574
+@ERR030876.21000235 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16829:126672#0 length=50
+AATTTCTCTGCCTGAACTACAAAAAGAACCCAGCTGTTACCCAATTGGTT
++ERR030876.21000235 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16829:126672#0 length=50
+GGGGGGGGCG;=<@>GGGGGGGDG@@?@@DDGGGDGFGFF54455GDF>F
+@ERR030876.21000238 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16944:126669#0 length=50
+ACTTCTCCTCATCCAACGCGTCAGTTTTTGACAGAATCGTTAGTTGATGG
++ERR030876.21000238 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:16944:126669#0 length=50
+GCCGGCGGGG;@@=<DFDDFGGGEECCCC?AGGCGGGGGGGGGEGGEGFC
+@ERR030876.21000276 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:2847:126691#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000276 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:2847:126691#0 length=50
+HHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHDHGHHHHGHDHHHHHEHHF1DAFCF=BF
+@ERR030876.21000297 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:4811:126689#0 length=50
+CAGAGGAGTGGGCTGGATGTCTCCATCTCTGTCTCAACTTTACGTGTACT
++ERR030876.21000297 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:4811:126689#0 length=50
+@@@@@;GGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
+@ERR030876.21000308 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:5935:126688#0 length=50
+AAAAAAACAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAATCCAGGAAATGGGGTC
++ERR030876.21000308 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:5935:126688#0 length=50
+GGEGEF????########################################
+@ERR030876.21000316 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6403:126680#0 length=50
+CTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGGTCTTCAACTCCTAACCCCAGGT
++ERR030876.21000316 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6403:126680#0 length=50
+E>AEEGEHG73.<./GDEG=>HF>A55555B<4CB7:=<=8@AA@HHEH?
+@ERR030876.21000320 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6793:126679#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000320 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:6793:126679#0 length=50
+HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHGHHFH
+@ERR030876.21000324 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:7333:126682#0 length=50
+GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGC
++ERR030876.21000324 HWI-BRUNOP16X_0001:5:21:7333:126682#0 length=50
+HHHHHHHHHGHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHDDEGFEFCEF
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