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author jjjjia
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-TCCTTGATCGCCGTGTTTTCAATTTTAACGACGAACAGTATGCAGAGTTCATCGATATGC
-TCGATGCACCAGTCGAGGATGAGCCCGCCATTAATAAACTACTGGCAAGGAAACCTCAGT
-GGGACGTATAACCACGCCCGAGCCGTTATCCAGCTCTCATCAGCTGGCTGAGTTCGTCAG
-TGGAGAGACAGTCCTCGATGAATGGCTAAAACAGAGAGGTTTAAAAAATCAAGCTCTTGG
-CGCTGCCCGAACGTTCGTTGTTTGCAAGACGGGTACGAAGCAAGTAGCTGGTTTTTACTC
-TTTGGCCACCGGTAGCGTTAACCATACGGAAGCGACAGGTAGTCTTCGGCGTAACATGCC
-AGATCCTATACCGGTGATTATACTCGCTCGCCTGGCGGTAGATGTCTCATTGCACGGAAA
-AGGGGTTGGCGCCGATTTACTCCACGATGCAGTTCTACGGTGTTATCGCGTAGCTGAGAA
-CATTGGGGTTCGTGCGATAATGGTTCATGCGCTTACTGAAGAAGCCAAAGGTTTCTATGC
-TCACCATGGATTTAAGGCATCACAAACTCATGAGAGGACTCTGTTTCTAAAGCTTCCATG
-ACTGGTTGCTGGAATGGGAAAGTAGCTGGTTACCGTCTTAACATATTGATTTTTATGTTA
-TTTATTTTAATATTTAACATAATCTTTGTTATGCGCACCTGTATTGTAATGGCTCAATAG
-TAATGTCCGCCTGTGGCTCAATTCAGATGTCCGCGCTATGGTAAGCTTCACTGGTCCGTT
-TAAACTACCGGGAGGCATATCATGAGCGCAGAAAGCTCAGGAGTGTTTAC
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-CTGAAGTCGCTTGAGGAAGAGAACGCCAGACTCAAGAAGCTGCTTGCCGAAGCCATGCTG
-GATAAAGAGGCGCTTCAGGTGGCTCTTGGGCGAAAGTACTGACGACAGACCAGAAGCGGG
-AAGCCGTGGAAGTCATGTGCGAGGCTAAGGGTCTGTCGCAACGTCGTGCCTGCAGGCTTA
-CAGGTTTATCCCTGTCGACCTGCCGCTATGAGGCTCACCGTCCGGCTGCTGATGCGCATT
-TATCAGGGCGCATCACTGAGCTGGCACTGGAGCGCAGGCGTTTTGGCTACCGTCGTATCT
-GGCAGTTGCTGCGCCGTGAAGGGCTTCATGTTAATCATAAGCGCGTGTACCGGCTTTATC
-ACCTCAGTGGCCTGGGCGTAAAACGCAGAAGACGTCGTAAAGGGCTGGCAACAGAACGTC
-TGCCGCTGCTCCGTCCGGCGGCGCCCAATCTGACCTGGTCGATGGATTTCGTCATGGACG
-CACTTTCCACCGGTCGCAGGATCAAGTGTCTTACCTGCGTCGATGATTTCACAAAGGAAT
-GCCTGACGGTCACTGTTGCCTTTGGGATTTCAGGCGTTCAGGTCTCGCGTATTCTGGACA
-GCATTGCACTGTTTCGAGGCTATCCGGCGACGATAAGAACTGACCAGGGGCCGGAGTTCA
-CTTGCCGTGCACTGGATCAATGGGCCTTTGAGCATGGTGTTGAGTTGCGCTTAATCCAGC
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-GCCTGAATGAGCACTGGTTCAGCGATATCGTTC
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-TAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGT
-CGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAACCT
-GCCTTTGCAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATAGAGCAGTAAGTAATCTCTGCAG
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-CACTCAGGCCTACCAAATTTGCGAAGCAAATTTGAAGAGGTTGCAAACGATGGGGCTATA
-GCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGC
-TCCACCATCTTTACTGCGAACACAAGAAAACTTCAGAGTGAACCTGAAAAGGTGCACTGC
-GAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACGACACACAGTTAATG
-TGTGTTCGAGTCTCTCAAATTTTCGCAATCAGAAGTGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTT
-AAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAA
-TCTGCGAAAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTACAGCCGGCGATGTCCGAATGGGG
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-GGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGA
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-TCAAGCAAGCCAACTTGTCGTCAAAATCGGTGTTGCAAAAACGGGAGTGACCATAGATTC
-CGTTTTCTGAGACGACCCCTTTCAACGGCAGCGCATCCAGATAATCCAGCGCACCACCCA
-GCAGATGGGCCTGATACAGCTCGTAATGCATCCCGCAGCTCCGACCAGCCTTTTTCTCGA
-TACGTTCAAGCACTACATCGGCGCGGATAACATCGAACGGGTTTCGGGAATGAATGTTGC
-GCACAAAACCGTCAGTCCGGAGGGTTGTGCTTTCTTTGGTGGAGGGTTTTTCGTTGACGT
-TTTGTGTGCTCATCCAGCTTTCTCCTTTGTCTGTTTTTCTGCCTTTTAAAACCATCACCC
-GTTGAGTTGCCGGGGCCGCGGTTTTGACTTTGTGCGGGGACCTGCTGAACCTGCCCCCTG
-GATATAACCTTCACCCGTTTGAGAGCCGTTCGCCGCGAGGGCGTAAACGAGCACGGCCCG
-GTGCAGATGTCCGGGGGTGAGCGGGAAATTTTTTTCGGTCTAATGAAGCGCAGCGGAATG
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-TTATATCCCTTCAGGTATCGTTGAAAAACTCTTTCCGTCTATCAACCATACCCGTGAACT
-GAACCCTTCGGTTTTTCTCACCGCACATGTGTCATCGCATGATTGCCCTGACAGCGAAGC
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-ATGAACCCATTCAAAGGCCGGCATTTTCAGCGTGACATCATTCTGTGGGCCGTACGCTGG
-TA
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-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
-CCCCCCCCCCCCCCC
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-ATGAGCAAGTTATCTGTATTCTTTATATTTTTGTTTTGTAGCATTGCTACCGCAGCAGAGCCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAAAAACTTGATGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTGAAGAAGTTAACGGGTGGGGCGTTTTTCCTAAACATGGTTTGGTTGTTCTTGTAGATGCTGAAGCTTATCTAATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGAACGTGGCTATAAAATAAAAGGCAGTATTTCCTCTCATTTTCATAGTGACAGCACGGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCAATCCATCCCCACGTATGCGTCTGAATTAACTAATGAGCTGCTTAAAAAAGACGGTAAGGTTCAAGCTAAAAATTCATTTGGCGGGGTTAACTATTGGCTAGTTAAAAATAAAATTGAAGTTTTTTATCCAGGCCCAGGACACACTCCAGATAACCTAGTAGTTTGGCTGCCTGAAAGGAAAATATTATTCGGTGGTTGTTTTATTAAACCGTACGGTCTAGGTAATTTGGGTGACGCAAATTTAGAAGCTTGGCCAAAGTCCGCTAAATTATTAATATCCAAATATGGTAAGGCAAAACTGGTTGTTCCAAGTCACAGTGAAGCTGGAGACGCATCACTCTTGAAACTTACATTAGAGCAGGCGGTTAAAGGGTTAAACGAAAGTAAAAAACCATCAAAACTAAGCAACTAA
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-ATGAGCAAGTTATTTGTATTCTTTATGTTTTTGTTTTGTAGCATTACTGCCGCAGCAGAGTCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAGAGGCTTGATGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTGAAGAAGTTAACGGTTGGGGTGTTGTTCCTAAACACGGCTTGGTGGTTCTTGTAAATACTGAGGCCTATCTGATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGGACGCGGCTATAAAATAAAAGGCAGTATTTCCTCTCATTTTCATAGCGACAGCACGGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCAATCTATCCCCACGTATGCATCTGAATTAACAAATGAACTTCTTAAAAAAGACGGTAAGGTACAAGCTAAAAATTCATTTGGCGGAGTTAGCTATTGGCTAGTTAAGAATAAGATTGAAGTTTTTTATCCTGGTCCAGGGCACACTCCAGATAACGTAGTGGTTTGGCTACCTGAAAATAGAGTTTTGTTCGGTGGTTGTTTTGTTAAACCGTACGGTCTTGGTAATTTGGGTGACGCAAATTTAGAAGCTTGGCCAAAGTCCGCCAAATTATTAATGTCCAAATATGGTAAGGCAAAACTGGTTGTTCCAAGTCACAGTGAAGTTGGAGACGCATCACTCTTGAAGCGAACATTAGAACATGCGGTTAAAGGGTTAAATGAAAGTAAAAAACCATCAAAACCAAGTAACTAA
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-ATGAGCAAGTTATTTGTATTCCTTATTTTTTTGTTTTGTAGCATTACTGCCGCAGCAGAGTCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAGAAGCTCGACGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTGAAGAAGTTAACGGTTGGGGTGTTGTTCCTAAACATGGCTTGGTGGTTCTTGTAAATACTGAGGCCTATCTGATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGAACGCGGCTATAAAATAAAAGGCAGTATTTCCTCTCATTTTCATAGCGACAGCACAGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCAATCTATCCCCACGTATGCATCTGAATTAACAAATGAACTTCTTAAAAAAGGCGGTAAAGTACAAGCTAAAAATTCATTTAGCGGAGTTAGCTATTGGCTAGTTAAGAAAAAGATTGAAGTTTTTTATCCTGGTCCAGGGCACACTCCAGATAACGTAGTGGTTTGGCTACCTGAAAATAGAGTTTTGTTCGGTGGTTGTTTTGTTAAACCGTACGGTCTTGGAAATCTCGATGACGCAAATGTTGAAGCATGGCCACATTCTGCTGAAATATTAATGTCTAGGTATGGTAATGCAAAACTGGTTGTTCCAAGCCATAGTGACATCGGAAATGCGTCGCTCTTGAAGCTTACATGGGAGCAGGCTGTTAAAGGGCTAAAAGAAAGTAAAAAACCATCACAGCCAAGTAACTAA
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-ATGAGCAAGTTATCTGTATTCTTTATATTTTTGTTTTGCAGCATTGCTACCGCAGCAGAGTCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAAAAGCTTGATGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTAAAGAAGTTAACGGGTGGGGCGTTGTTCCTAAACATGGTTTGGTGGTTCTTGTAAATGCTGAGGCTTACCTAATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGAGCGTGGCTATAAAATAAAAGGCAGCATTTCCTCTCATTTTCATAGCGACAGCACGGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCGATCTATCCCCACGTATGCATCTGAATTAACAAATGAACTGCTTAAAAAAGACGGTAAGGTTCAAGCCACAAATTCATTTAGCGGAGTTAACTATTGGCTAGTTAAAAATAAAATTGAAGTTTTTTATCCAGGCCCGGGACACACTCCAGATAACGTAGTGGTTTGGTTGCCTGAAAGGAAAATATTATTCGGTGGTTGTTTTATTAAACCGTACGGTTTAGGCAATTTGGGTGACGCAAATATAGAAGCTTGGCCAAAGTCCGCCAAATTATTAAAGTCCAAATATGGTAAGGCAAAACTGGTTGTTCCAAGTCACAGTGAAGTTGGAGACGCATCACTCTTGAAACTTACATTAGAGCAGGCGGTTAAAGGGTTAAACGAAAGTAAAAAACCATCAAAACCAAGCAACTAA
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-ATGAAAAAAATATTTGTGTTATTTGTATTTTTGTTTTGCAGTATTACTGCCGCCGGAGAGTCTTTGCCTGATATAAAAATTGAGAAACTTGACGAAGATGTTTATGTTCATACTTCTTTTGAAAAGATAACCGGCTGGGGTGTTATTACTAAACACGGCTTGGTGGTTCTTGTAAATACTGATGCCTATATAATTGACACTCCATTTACAGCTAAAGATACTGAAAAATTAGTCCGCTGGTTTGTGGGGCGTGGTTATAAAATCAAAGGCAGTATTTCCTCACATTTTCATAGCGATAGCGCAGGTGGAATTGAGTGGCTTAATTCTCAATCTATCCCCACATATGCATCTAAATTAACAAATGAGCTTCTTAAAAAGAACGGTAATGCGCAAGCCGAAAACTCATTTAGTGGCGTTAGCTATTGGCTAGTTAAACATAAAATTGAAGTTTTCTATCCAGGACCAGGGCACACTCAGGATAATGTAGTGGTTTGGTTGCCTGAAAAGAAAATTTTATTTGGCGGTTGTTTTATTAAGCCGGACGGTCTTGGTTATTTGGGAGACGCAAATCTAGAAGCATGGCCTAAGTCCGCAGAAACATTAATGTCTAAGTATGGTAATGCAAAACTGGTTGTTTCGAGTCATAGTGAAATTGGGGGCGCATCACTATTGAAGCGCACTTGGGAGCAGGCTGTTAAGGGGCTAAAAGAAAGTAAAAACCATCACAGCCCCAAATAA
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-ATGAAAAAAATATTTGTGTTATTTGTATTTTTGTTTTGCAGTATTACTGCCGCCGGAGAGTCTTTGCCTGATATAAAAATTGAGAAACTTGACGAAGATGTTTATGTTCATACTTCTTTTGAAGAAGATAACGGCTGGGGTGTTATTACTAAACACGGCTTGGTGGTTCTTGTAAATACTGATGCCTATATAATTGACACTCCATTTACAGCTAAAGATACTGAAAAATTAGTCCGCTGGTTTGTGGGGCGTGGTTATAAAATCAAAGGCAGTATTTCCTCACATTTTCATAGCGATAGCGCAGGTGGAATTGAGTGGCTTAATTCTCAATCTATCCCCACATATGCATCTAAATTAACAAATGAGCTTCTTAAAAAGAACGGTAATGCGCAAGCCGAAAACTCATTTAGTGGCGTTAGCTATTGGCTAGTTAAACATAAAATTGAAGTTTTCTATCCAGGACCAGGGCACACTCAGGATAATGTAGTGGTTTGGTTGCCTGAAAAGAAAATTTTATTTGGCGGTTGTTTTATTAAGCCGGACGGTCTTGGTTATTTGGGAGACGCAAATCTAGAAGCATGGCCTAAGTCCGCAGAAACATTAATGTCTAAGTATGGTAATGCAAAACTGGTTGTTTCGAGTCATAGTGAAATTGGGGGCGCATCACTATTGAAGCGCACTTGGGAGCAGGCTGTTAAGGGGCTAAAAGAAAGTAAAAAACCATCACAGCCAAATAACTAA
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->bccdc~~~KPC-22~~~AIX87991.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-22 
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->bccdc~~~KPC-24~~~AKQ06274.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-24 
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->bccdc~~~KPC-3~~~AAL05630.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-3 
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->bccdc~~~KPC-4~~~ACA34343.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-4 
-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCGGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGGGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA
->bccdc~~~KPC-5~~~ABY91240.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-5 
-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCGGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA
->bccdc~~~KPC-6~~~ACB71165.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-6 
-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGGGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGCACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA
->bccdc~~~KPC-7~~~ACE62798.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-7 
-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATAGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGTGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA
->bccdc~~~KPC-8~~~ACI95258.1	carbapenem-hydrolyzing class A beta-lactamase KPC-8 
-ATGTCACTGTATCGCCGTCTAGTTCTGCTGTCTTGTCTCTCATGGCCGCTGGCTGGCTTTTCTGCCACCGCGCTGACCAACCTCGTCGCGGAACCATTCGCTAAACTCGAACAGGACTTTGGCGGCTCCATCGGTGTGTACGCGATGGATACCGGCTCAGGCGCAACTGTAAGTTACCGCGCTGAGGAGCGCTTCCCACTGTGCAGCTCATTCAAGGGCTTTCTTGCTGCCGCTGTGCTGGCTCGCAGCCAGCAGCAGGCCGGCTTGCTGGACACACCCATCCGTTACGGCAAAAATGCGCTGGTTCCGTGGTCACCCATCTCGGAAAAATATCTGACAACAGGCATGACGGTGGCGGAGCTGTCCGCGGCCGCCGTGCAATACAGTGATAACGCCGCCGCCAATTTGTTGCTGAAGGAGTTGGGCGGCCCGGCCGGGCTGACGGCCTTCATGCGCTCTATCGGCGATACCACGTTCCGTCTGGACCGCTGGGAGCTGGAGCTGAACTCCGCCATCCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCATCGCCGCGCGCCGTGACGGAAAGCTTACAAAAACTGACACTGGGCTCTGCACTGGCTGCGCCGCAGCGGCAGCAGTTTGTTGATTGGCTAAAGGGAAACACGACCGGCAACCACCGCATCCGCGCGGCGGTGCCGGCAGACTGGGCAGTCGGAGACAAAACCGGAACCTGCGGAGGGTATGGCACGGCAAATGACTATGCCGTCGTCTGGCCCACTGGGCGCGCACCTATTGTGTTGGCCGTCTACACCCGGGCGCCTAACAAGGATGACAAGTACAGCGAGGCCGTCATCGCCGCTGCGGCTAGACTCGCGCTCGAGGGATTGGGCGTCAACGGGCAGTAA
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->bccdc~~~NDM-4~~~AFB82585.1	subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-4 
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->bccdc~~~NDM-5~~~AEN03071.1	subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-5 
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->bccdc~~~OXA-151~~~ALA99185.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-151 
-ATGAATACGATAATTTCTCGCCGGTGGCGTGCCGGCCTGTGGCGGCGGCTGGTCGGCGCGGTCGTCTTGCCCGCAACGCTCGCCGCCACCCCTGCGGCCTATGCGGCCGACGTGCCGAAAGCCGCGCCGGGGCGCATCACCGAGCGCGCCGACTGGGGCAAGCTGTTCACCGCGGAGGGCGTGAAGGGCACGATCGTGGTGCTCGACGCACGCACGCAAACCTATCAGGCCTACGACGCCGCACGTGCCGAGAAGCGCATGTCGCCGGCGTCGACTTACAAGATATTCAACAGCCTGCTGGCGCTCGACTCCGGGGCGCTGGACAACGAACGCGCGATCATTCCCTGGGATGGCAAGCCGCGACGCATCAAGAACTGGAACGCGGCGATGGACCTGAGGACCGCGTTTCGCGTGTCATGCCTGCCCTGCTATCAGGTCGTCTCGCACAAGATCGGGCGCCGGTACGCGCAGGCGAAGCTGAACGAGGTCGGGTATGGCAACCGCACCATTGGCGGCGCGCCGGACGCCTATTGGGTCGACGACAGTCTGCAGATTTCGGCGCGTGAGCAGGTGGACTTCCTGCAGCGTCTCGCGCGTGGCACGTTGCCGTTCTCTGCGCGCTCGCAGGACATCGTGCGCCAGATGTCGATCGTCGAAGCCACGCCGGACTATGTGCTTCACGGCAAGACGGGCTGGTTCGTCGACAAGAAGCCCGATATCGGCTGGTGGGTAGGGTGGATCGAGCGCGACGGCAACATCGCCAGCGTCGCGATCAACATCGACATGCTGTCGGAGGCGGACGCCCCGAAACGGGCACGCATCGTGAAGTCGGTGCTGAAGGACCTGAAGCTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-152~~~ALA99186.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-152 
-ATGAATACGATAATCTCTCGCCGGTGGCGTGCCGGCCTGTGGCGGCGGCTGGTCGGCGCGGTCGTCTTGCCCGCAACGCTCGCCGCCACCCCTGCGGCCTATGCGGCCGACGTGCCGAAAGCCGCGCCGGGGCGCATCACCGAGCGCGCCGACTGGGGCAAGCTGTTCGCCGCGGAGGGCGTGAAGGGCACGATCGTGGTGCTCGACGCACGCACGCAAACCTATCAGGCCTACGACGCCGCACGTGCCGGGAAGCGCATGTCGCCGGCGTCGACTTACAAGATATTCAACAGCCTGCTGGCGCTCGACTCCGGGGCGCTGGACAACGAACGTGCGATCATTCCCTGGGATGGCAAGCCGCGACGCATCAAGAACTGGAACGCGGCGATGGACCTGAGGACCGCGTTTCGCGTGTCATGCCTGCCCTGCTATCAGGTCGTCTCGCACAAGATCGGGCGCCAGTACGCGCAGGCGAAGCTGAACGAGGTCGGGTATGGCAACCGCACCATTGGCGGCGCGCCGGACGCCTATTGGGTCGACGACAGTCTGCAGATTTCGGCGCGTGAGCAGGTGGACTTCGTGCAGCGTCTCGCGCGTGGCACGTTGCCGTTCTCTGCGCGCTCGCAGGACATCGTGCGCCAGATGTCGATCGTCGAAGCCACGCCGGACTATGTGCTTCACGGCAAGACGGGCTGGTTCGTCGACAAGAAGCCCGATATCGGCTGGTGGGTAGGGTGGATCGAGCGCGACGGCAACATCACCAGCGTCGCGATCAACATCGACATGCTGTCGGAGGCGGACGCCCCGAAACGGGCACGCATCGTGAAGGCGGTGCTGAAGGACCTGAAGCTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-153~~~ALA99187.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-153 
-ATGAAAAAGATAATTTCTCGCTGGCGGCGTGGTGTCTTCGGGCTGCGGGTTGCGCTCGCGGTCGTGTCTCCCATGGTGTTCGCCGTTCCGGCGCATGCGACGGAAGCGGCGGGCGGGGCCGCGGGGACTAAGGCCGCTGCGGTGCACATGAAGGAGCGTGCCGATTGGGGCAAGTTCTTCGATGCGGAAGGTGTTAAGGGAACGATCGTGGTGCTCGACGGACGCACGCAAACGTATCAGGCGTTCGACACGGCGCGCGCCGAGCGGCGGATGTCGCCTGCATCGACGTACAAGATCTTCAACAGCCTGCTGGCGCTCGAGTCGGGCGCCCTCGATAACGAACGCGAGATCATTCCCTGGGACGGCAAGCCGCGACGCGGGAAGTACTGGAACGCGGCGATGGATCTGCGCACGGCGTTTCGCGTGTCGTGTTTGCCGTGCTATCAGGTGGTCTCGCACAAGATTGCGCGTCAGTTTGCACAGAGCAAACTCAATGAGGCCGGGTATGGGAACCACACTATCGGTCGTGCCGCAGACGCCTACTGGGTCGACGACAGCTTGCAGATCTCGGCACGCGAGCAGGTCGATTTCCTGCAACGTCTCGCGCGAGGGACGTTACCGTTCTCTGCACGCTCGCAAGACATCGTGCGTCAGATTTCGATTGTCGAGGCCAATCCTGATTACGTGTTGCATGGCAAGACGGGCTGGTTCGTCGACAAGAAGCCGGACATCGGCTGGTGGGTGGGCTGGATTGAGCGCGACGGCAACATCACGAGCGTAGCGTTGAACATCGATCTGAAGGACGATGCCGATGCGCCCAAGCGCGCCCGTATCGTTCGTGCCGTGCTCAGTAGTTTGCAGTTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-154~~~ALA99188.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-154 
-ATGAAACGAATTCTCTCTCACTGGTGTCGCGCGGCTGTCGTGCTGCGTCTGGCGTCGGCGGTCGTCGCGCATGGTCTGCTGCCCTCGCCAGCACACGCGCTGGAATTGTCGCGCGCGTCAGCCGCGGCAGCACCTTCCGTGGCAGCGCCCGTCCACGTGACCGAGCGTGCCGACTGGGGCAAGTTCTTTGCGGCGGAAAACGTGAAGGGCACGGTCGTCGTGCTCGACGGCAAGACACAGACGTATCAGGCGTACGACTCGGCGCGCGCCGAGCGGCGCATGTCCCCGGCGTCGACGTACAAGATTTTCAACAGTCTGCTGGCGCTGGAATCGGGTGCGCTGGACAACGAGCGCGAGACGATTCCGTGGGACGGCAAACCGCGCCGGATTAAGGCGTGGAATGCAGAATTGAATCTGCGCGACGCGTTTCGCGTGTCTTGCTACCCGTGCTATCAGGTCGTTTCGCACAAGATTCCGCGTGCGTATGCGCAGGCGAAGCTCGACGCCGTCGGGTACGGTAACCGGACCATCGGTCGGGTGAACGACACCTATTGGGTGGACGACAGTTTGCAGATCTCAGCGCGCGAGCAAGTCGACTTCCTGCAGCGTCTGGCGCGTGGCACGTTGCCGTTCTCCGCGCGTTCGCAGGACATCGTCCGGCAGATTTCCATCGTCGAAGCGAACGCCGACTATGTGCTGCACGGCAAGACCGGCTGGTTCGTCGACAAGAAGCCGGATATCGGCTGGTGGGTGGGCTGGCTGGAGCGTGACGGCAATCTGACGATGATCGCGCTGAACATCGACATGAACGGCGACGCCGACGGCCCGAAGCGCGCGCGTATCGTGCGTGAGGTGCTGAAGAACCTGAAGTTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-155~~~ALA99189.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-155 
-ATGAAACGAATTCTCTCTCGCTGGCGTCGCGCGGCTGTCGTGCTGCGTCTGGCGTCGGCGGTCGTCGCGCATGGTCTGCTGCCCTCGCCAGCACACGCGCTGGAATTGTCGCGGGCGTCAGCCGCGGCGGCACCTTCCGTGGCAGCGCCCGTCCACGTGACCGAGCGTGCCGACTGGGGCAAGTTCTTTGCGGCGGAAAACGTGAAGGGCACGGTCGTCGTGCTCGACGGCAAGACACAGACGTATCAGGCGTACGACTCGGCGCGCGCCGAGCGGCGCATGTCCCCGGCGTCGACGTACAAGATATTCAACAGTCTGCTGGCGCTGGAATCGGGTGCGCTGGACAACGAGCGCGAGACGATTCCGTGGGACGGCAAACCGCGCCGGATTAAGGCGTGGAATGCAGAATTGAATCTGCGTGACGCGTTTCGTGTGTCTTGCTACCCGTGCTATCAGGTCGTTTCGCACAAGATTCCGCGTGCGTATGCGCAGGCGAAGCTCGACGCCGTCGGGTACGGTAACCGGACCATCGGTCGGGTGAACGACACCTATTGGGTGGACGACAGTTTGCAGATCTCGGCGCGCGAGCAAGTCGACTTCCTGCAGCGTCTGGCGCGTGGCACGTTGCCGTTCTCCGCGCGTTCGCAGGACATCGTCCGGCAGATTTCCATCGTCGAAGCGAACGCCGACTATGTGCTGCACGGCAAGACCGGCTGGTTCGTCGAGAAGAAGCCGGATATCGGCTGGTGGGTGGGCTGGCTGGAGCGTGACGGCAATCTGACGATGATCGCGCTGAACATCGACATGAACGGCGACGCCGACGGCCCGAAGCGTGCGCGTATCGTGCGTGAGGTGCTGAAGAACCTGAAGTTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-156~~~ALA99190.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-156 
-ATGAAAAAGACATTCTCCCGCTGGCGGCGCGGCGCGCTCGTGTTGCGCATCCTTGGCGCGCTGGCCTCGCCCGTGGTCTTCGCAACGCCGGGGCATGCCGCCGAACCCGTGCGTCCCCCTTCCGTACATATCACCGAGCGGGCCGATTGGGGGAAGTACTTTGCTGATGAAGGCGTCAAAGGCACCGTCGTCGTGCTCGACGGCCGCACGCAGACCTATCAGGCGTACGACGCCGCGCGCGCCGAGCGGCGCCTGTCGCCGGCATCAACCTACAAGATTTTCAACAGCTTGCTGGCGCTCGAATCGGGGGCGATCGACAACGAACGCGAAGTCATTCCCTGGGACGGCAAGCCGCGTAGCATGAAGGCGTGGAACGCGGCGCTCAACCTGCGGGACGCGTTCCGCGTGTCATGTCTGCCTTGCTATCAGATCCTCTCGCACAAGATCCCGCGTCAGTATGCGCAGGCCAAACTCAACGAGGTGGGCTATGGCAATCGCACGATCGGCCACGCCGCGGACACCTATTGGGTCGACGACAGCCTGCAGATTTCGGCGCGCGAACAGGTCGACTTCCTGCAGCGTTTGGCGAAGGGCACGCTGCCGTTCTCGGCGCGCTCGCAGGACATCGTGCGGAACATCTCGATCGTGGAAGCGAATGCCGACTACGTGCTGCACGGCAAGACGGGCTGGTTCACCGACAAGAAGCCCGACATCGGCTGGTGGGTGGGTTGGCTCGAGCGTGACGGCAACCTCACCATGATCGCCCTGAACATCGATATACAGTCGGATGCCGACGGGCCGAAGCGCGTGCGCATCGTCCGAAGCGTGCTCAAGGATCTGAAGTTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-157~~~ALA99191.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-157 
-ATGATGATGCTTTCTCGCTGGCGTCGTAGCGCCGTTGTGCTGCGAATCGCCGCTGCACTGTTATCCCCGTTGGCGGTTGCGATACCGGCGCATGCGGACGCTATTGCCAATGCCGCTAATGCCGTAGCGCCGAAAATCGTGGAGCGGGCCGACTGGGGCAAGTACTTCGACGCCGAAGGCGCGAAGGGCACGATCATCGTGCTCGACGGCCGCACCGGGGGCTATCAGGCCTATGACAGCACTCGCGCGAATCAGCGCATGTCGCCAGCTTCAACGTACAAGATATTCAACAGTTTGCTGGCGCTGGAGTCTGGCGCACTCGACAACGAGCGCGAAATCATTCCTTGGGATGGCAAGCCACGTAGCATGAAGCGCTGGAACGCAGCAATGAATCTGCGCGATGCGTTCCGGGTGTCGTGTCTGCCGTGCTATCAGGTTGTGTCGCGCAAGATTGCGCGGACCTATGCGCAGGGCAAGCTCGATGCGGTGGGCTATGGCAATCACACCATCGGGTCCGCAGCGGATGCGTATTGGGTCGACAACAGCCTGCAAATTTCAGCGCGTGAGCAGGTGGTGTTTCTGCAACGGCTGGCGCGCGGGCAGTTGCCGTTCTCGGCGCGCACGCAGGACATCGTGCGGCAGATTTCGATTGCCGAAGCGAACATGGACTACGTCCTGCACGGCAAGACCGGCTGGTATGTCGATGGCAAGCACGACATTGGCTGGTGGGTCGGTTGGATCGAACGGGACGGCAATATCACCACGGTTGCGCTGAACATGGACATGCGCAGCGACGCCGACGCGCCCAAGCGTGCCCGGATTGCCCGTGCGGTGTTGAAGGATCTGAAGTTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-158~~~ALA99192.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-158 
-ATGAAAAAGACACTCTCTCGCTGGCGGCGCGGCGCGCTCGCGCTGCGCCTCCTCGGTGCGCTGGCCTCGCCCGTGGTCTTCGCAATGCCCGGACACGCCGCCGAACCCGCGCATTCTTCCGCGGTGCGCATCGCCGAGCGGGCCGACTGGGGCAAGTACTTTGCCGACGAAGGCGTCAAGGGCACGGTCATCGTGCTGGACGGCCGGACCCAGACCTATCAGGCTTACGATGCCGCACGCGCCGAGCGCCGCATGTCGCCCGCATCGACCTACAAGATATTCAACAGCCTGCTCGCGCTGGAGTCCGGCGCGCTCGACAACGAGCGCGAGGTCATCCCGTGGGACGGCAAGCCGCGTCGCGTCAAGGCGTGGAACGCCGCGCTCGATCTGCGCAACGCGTTTCGCGTGTCGTGCCTGCCTTGCTATCAGGTCGTCTCGCACAAGATCCCGCGCCAGTACGCGCAGGCCAAGCTCAACGAGGCGGGCTACGGCAATCGCACGATCGGCCGCGCCGCGCACGCCTACTGGATCGACGACAGCCTGCAGATTTCGGCGCGCGAGCAAGTCGACTTCCTGCAGCGTCTGGCCACGGGCACGCTGCCGTTCTCGGCGCGCTCGCAGGACATCGTGCGCAACATATCGATCGTCGAAGCGAACGTCGACTACGTGCTGCACGGCAAGACGGGCTGGTTTACCGAAAAGAAACCCGACATCGGGTGGTGGGTCGGCTGGCTCGAGCGTGACGGCAACCTCACCATGATCGCGTTGAACATCGACATTCAAACCGATGCCGACGCGCCAAAGCGCGCGCGCATCGTTCGCAACGTGCTCAAGGATCTGAAGCTGATCTGA
->bccdc~~~OXA-159~~~ALA99193.1	OXA-62 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-159 
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->bccdc~~~OXA-160~~~ADB28891.1	OXA-24 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-160 
-ATGAAAAAATTTATACTTCCTATATTCAGCATTTCTATTCTAGTTTCTCTCAGTGCATGTTCATCTATTAAAACTAAATCTGAAGATAATTTTCATATTTCTTCTCAGCAACATGAAAAAGCTATTAAAAGCTATTTTGATGAAGCTCAAACACAGGGTGTAATTATTATTAAAGAGGGTAAAAATCTTAGCACCTATGGTAATGCTCTTGCACGAGCAAATAAAGAATATGTCCCTGCATCAACATTTAAGATGCTAAATGCTTTAATCGGGCTAGAAAATCATAAAGCAACAACAAATGAGATTTTCAAATGGGATGGTAAAAAAAGAACTTATCCTATGTGGGAGAAAGATATGACTTTAGGTGAGGCAATGGCATTGTCAGCAGTTCCAGTATATCAAGAGCTTGCAAGACGGACTGGCCTAGAGCTAATGCAGAAAGAAGTAAAGCGGGTTAATTTTGGAAATACAAATATTGGAACACAGGTCGATAATTTTTGGTTAGTTGGCCCCCTTAAAATTACACCAGTACAAGAAGTTAATTTTGCCGATGACCTTGCACATAACCGATTACCTTTTAAATTAGAAACTCAAGAAGAAGTTAAAAAAATGCTTCTAATTAAAGAAGTAAATGGTAGTAAGATTTATGCAAAAAGTGGATGGGGAATGGGTGTTACTTCACAGGTAGGTTGGTTGACTGGTTGGGTGGAGCAAGCTAATGGAAAAAAAATCCCCTTTTCGCTCAACTTAGAAATGAAAGAAGGAATGTCTGGTTCTATTCGTAATGAAATTACTTATAAGTCGCTAGAAAATCTTGGAATCATTTAA
->bccdc~~~OXA-162~~~ADG27454.1	OXA-48 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-162 
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->bccdc~~~OXA-164~~~ADK34116.1	OXA-58 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-164 
-ATGAAATTATTAAAAATATTGAGTTTAGTTTGCTTAAGCATAAGTATTGGGGCTTGTGCTGAGCATAGTATGAGTCGAGCAAAAACAAGTACAATTCCACAAGTGAATAACTCAATCATCGATCAGAATGTTCAAGCGCTTTTTAATGAAATCTCAGCTGATGCTGTGTTTGTCACATATGATGGTCAAAATATTAAAAAATATGGCACGCATTTAGACCGAGCAAAAACAGCTTATATTCCTGCATCTACATTTAAAATTGCCAATGCACTAATTGGTTTAGAAAATCATAAAGCAACATCTACAGAAATATTTAAGTGGGATGGAAAGCCACGTTTTTTAAAAGCATGGGACAAAGATTTTACTTTGGGCGAAGCCATGCAAGCATCTACAGTGCCTGTATATCAAGAATTGGCACGTCGTATTGGTCCAAGCTTAATGCAAAGTGAATTGCAACGTATTGGTTATGGCAATATGCAAATAGGCACGGAAGTTGATCAATTTTGGTTGAAAGGGCCTTTGACAATTACACCTATACAAGAAGTAAAGTTTGTGTATGATTTAGCCCAAGGGCAATTGCCTTTTAAACCTGAAGTTCAGCAACAAGTGAAAGAGATGTTGTATGTAGAGCGCAGAGGGGAGAATCGTCTATATGCTAAAAGTGGCTGGGGAATGGCTGTAGACCCGCAAGTGGGTTGGTATGTGGGTTTTGTTGAAAAGGCAGATGGGCAAGTGGTGGCATTTGCTTTAAATATGCAAATGAAAGCTGGTGATGATATTGCTCTACGTAAACAATTGTCTTTAGATGTGCTAGATAAGTTGGGTGTTTTTCATTATTTATAA
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-ATGAATAAATATTTTACTTGCTATGTGGTTGCTTCTCTTTTTCTTTCTGGTTGTACGGTTCAGCATAATTTAATAAATGAAACCCCGAGTCAGATTGTTCAAGGACATAATCAGGTGATTCATCAATACTTTGATGAAAAAAACACCTCAGGTGTGCTGGTTATTCAAACAGATAAAAAAATTAATCTATATGGTAATGCTCTAAGCCGCGCAAATACAGAATATGTGCCAGCCTCTACATTTAAAATGTTGAATGCCCTGATCGGATTGGAGAACCAGAAAACGGATATTAATGAAATATTTAAATGGAAGGGCGAGAAAAGGTCATTTACCGCTTGGGAAAAAGACATGACACTAGGAGAAGCCATGAAGCTTTCTGCAGTCCCAGTCTATCAGGAACTTGCGCGACGTATCGGTCTTGATCTCATGCAAAAAGAAGTAAAACGTATTGGTTTCGGTAATGCTGAAATTGGACAGCAGGTTGATAATTTCTGGTTGGTAGGACCATTAAAGGTTACGCCTATTCAAGAGGTAGAGTTTGTTTCCCAATTAGCACATACACAGCTTCCATTTAGTGAAAAAGTGCAGGCTAATGTAAAAAATATGCTTCTTTTAGAAGAGAGTAATGGCTACAAAATTTTTGGAAAGACTGGTTGGGCAATGGATGTAAAACCACAAGTGGGCTGGTTGACCGGCTGGGTTGAGCAGCCAGATGGAAAAATTGTCGCTTTTGCATTAAATATGGAAATGCGGTCAGAAATGCCGGCATCTATACGTAATGAATTATTGATGAAATCATTAAAACAGCTGAATATTATTTAA
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->bccdc~~~OXA-170~~~ADK35874.1	OXA-23 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-170 
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->bccdc~~~OXA-230~~~AFM55002.1	OXA-229 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-230 
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-ATGAAAATTCTGATTTTGCTGCCTTTATTTAGTTGCTTGGGACTGACGGCGTGTAGTCTGCCCGTTTCATCCTCCCCCTCTCAGATCACTTCAATTCAATCGACTCAAGCCATTGCCCAATTATTTGATCAGGCGCAAAGCGCTGGCGTTTTAGTGATTCAGCGTGGTCAACAGATACAGGTTTATGGTAATGATTTAAGTCGTGCAAATACCGAATATGTTCCAGCCTCTACTTTCAAAATGCTCAATGCCCTGATTGGTCTACAACATGGTAAAGCCACAACCAATGAAATTTTTAAATGGGATGGCAAGAAACGCAGTTTTTCAGCTTGGGAAAAAGACATGACTCTCGGCCAAGCCATGCAAGCGTCTGCTGTACCCGTTTATCAGGAACTGGCACGTCGTATTGGCCTTGAACTGATGCAACAGGAAGTACAATGCATCCAATTTGGTAATCAGCAGATTGGTCAACAGGTCGATAACTTCTGGCTGGTAGGCCCTTTGAAAGTTACTCCAAAACAGGAAGTCCAATTTGTTTCTGCGTTGGCCCGAGAGCAACTGGCCTTTGATCCTCAAGTCCAGCAGCAAGTCAAAGTCATGTTACTGCTACAGGAGCAGCAAGCTTATCGACTATATGCCAAATCTGGTTGGGGCATGGATGTGGAACCGCAAGTCGGCTGGCTCACCGGCTGGGTTAAAACACCGCAAGCCGAGATCGTGGCATTTTCACTGAATATGCAGATGCGAAATGGTATGGATCCGGCGATCCGCCTTGAAATTTTGCAGCAGGCTTTGGCCGAATTAGGGCTTTATCCAAAAGCAGAAGGATGA
->bccdc~~~OXA-362~~~AHA11125.1	OXA-134 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-362 
-ATGAAAATTCTGATTTTGCTACCTTTACTGAGTTGCTTGGGCCTGACAGCGTGTACCTCACCTGTTTCATCTTTCCCTTCTCATATCACTTCGACTCAATCGACTCAAGCCATTGCCCAATTATTTGATCAGGCGCAAAGTTCTGGCGTTTTAGTGATTCAGCGTGGTCAAAAAGTACAGGTCTATGGCAATGATTTAAGCCGTGCAGGTACCGAATATGTTCCAGCCTCTACTTTCAAAATGCTCAATGCCCTGATTGGCCTGCAACATGGCAAAGCCACAACCAATGAAATTTTTAAATGGGATGGCAAGAAACGCAGTTTTGCAGCCTGGGAAAAAGACATGACTCTCGGCGAAGCCATGCAAGCTTCTGCTGTACCCGTGTATCAGGAACTGGCACGTCGCATTGGCCTTGAACTGATGCAACAGGAAGTGAGACGTATTCAATTCGGCAATCAGCAGATTGGGCAGCAGGTTGATAACTTCTGGTTGGTAGGCCCTTTGAAAATCACTCCAAAACAGGAGGTCGAATTTGTCTCGGCTCTAGCCCGAGAGCAGCTTGCCTTTGATCCACAAGTCCAGCAGCAAGTCAAAGCCATGTTACTTTTACAGGAGCGGAAAGCTTATCGACTATATGCCAAATCTGGTTGGGGCATGGATGTGGAACCACAAGTCGGCTGGCTCACCGGCTGGGTTGAAACACCGCAGGCTGAAATCGTGGCATTTTCGCTGAATATGCAGATGCAAAATGGTATGGATCCGGCAATCCGCCTTGAAATTTTACAGCAGGCTTTGGCCGAATTAGGGCTTTATCCAAAAGCTGAAGGATGA
->bccdc~~~OXA-363~~~AHA11126.1	OXA-134 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-363 
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-ATGAAATTATTAAAAATATTGAGTTTAGTTTGCTTAAGCATAAGTATTGGGGCTTGTGCTGAGCATAGTATGAGTCGAGCAAAAACAAGTACATTCCCACAAGTGAATAACTCAATCATCGATCAGAATGTTCAAGCGCTTTTTAATGAAATCTCAGCTGATGCTGTGTTTGTCACATATGATGGTCAAAATATTAAAAAATATGGCACGCATTTAGACCGAGCAAAAACAGCTTATATTCCTGCATCTACATTTAAAATTGCCAATGCACTAATTGGTTTAGAAAATCATAAAGCAACATCTACAGAAATATTTAAGTGGGATGGAAAGCCACGTTTTTTTAAAGAATGGGACAAAGATTTTACTTTGGGCGAAGCCATGCAAGCATCTACAGTGCCTGTATATCAAGAATTGGCACGTCGTATTGGTCCAAGCTTAATGCAAAGTGAATTGCAACGTATTGGTTATGGCAATATGCAAATAGGCACGGAAGTTGATCAATTTTGGTTGAAAGGGCCTTTGACAATTACACCTATACAAGAAGTAAAGTTTGTGTATGATTTAGCCCAAGGGCAATTGCCTTTTAAACCTGAAGTTCAGCAACAAGTGAAAGAGATGTTGTATGTAGAGCGCAGAGGGGAGAATAGTCTATATGCTAAAAGTGGCTGGGGAATGGCTGTAGACCCGCAAGTGGGTTGGTATGTGGGTTTTGTTGAAAAGGCAGATGGGCAAGTGGTGGCATTTGCTTTAAATATGCAAATGAAAGCTGGTGATGATAGTGCTCTACGTAAACAATTGTCTTTAGATGTGCTAGATAAGTTGGGTGTTTTTCATTATTTATAA
->bccdc~~~OXA-516~~~AMO28427.1	OXA-51 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-516 
-ATGAATATTAAAGCACTCTTACTTATAACAAGCGCTATTTTTATTTCAGCCTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCGCTTCAAAATCTGATAAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGCACACACTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGACCAAACTCAACAAAGCTATGGTAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCAAAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACTACAGAAGTATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTATTCCCAGAATGGGAAAAGAACATGACCCTAGGCGATGCTATGAAAGCTTCCGCTCTTCCGGTTTATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAATGAAGTGAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGCTGGTGGGTCCTTTAAAAATTACTCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAAGTGCAATCCATGCTATTCATAGAAGAAAAGAATGGAAATAAAATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAAACCCACAAGTAGGCTGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGGAATATTGTAGCGTTCTCCCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAGAGATTACTTATAAAAGCTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG
->bccdc~~~OXA-54~~~AAR89917.1	OXA-48 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-54 
-ATGCGTGTGTTAGCCTTATCGGCTGTATTAGTGGTGGCATCGATTGTTGGCATGCCGGCGATGGCAAACGAATGGCAGGAAAAACCGAGTTGGAATACTCATTTTTCGGAACATAAAGCGCAGGGTGTGATAGTGCTTTGGAACGAGAACAAACAGCAAGGATTTACCAATAATCTTAAGCGGGCAAACCAAGCATTTTTACCCGCATCGACCTTTAAAATCCCCAATAGCTTGATTGCCTTGGATTTAGGTGTCGTGAAGGATGAGCATCAAGTCTTTAAATGGGATGGACAGACTCGGGATATCGCGGCGTGGAATCGCGACCATGACTTAATCACTGCGATGAAATACTCGGTCGTGCCCGTGTATCAAGAGTTTGCGCGCCAAATTGGGCAGGCGCGCATGAGTAAAATGTTGCACGCATTTGATTATGGCAATGAAGATATTTCGGGCAATCTAGACAGCTTTTGGCTCGATGGCGGCATTCGGATTTCGGCAACGGAGCAAGTCGCATTTCTACGAAAGCTGTATCATAACAAGTTGCATGTATCAGAACGCAGTCAGCGTATCGTCAAGCAAGCCATGCTTACCGAGGCTAATAGTGACTACATAATCCGCGCTAAAACCGGATACTCGACCAGAATTGAGCCTCAGATCGGTTGGTGGGTCGGTTGGGTTGAACTCGATGATAATGTGTGGTTCTTCGCGATGAATATGGATATGCCTACGGCTGATGGTTTAGGGCTACGTCAAGCCATCACTAAAGAAGTGCTTAAACAGGAAAAGATAATTCCATAG
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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1666":{"protein_sequence":{"accession":"AIS67611.1","sequence":"MVKKSLRQFTLMATATVTLLLGSVPLYAQTADVQQKLAELERQSGGRLGVALINTADNSQILYRADERFAMCSTSKVMAAAAVLKKSESEPNLLNQRVEIKKSDLVNYNPIAEKHVNGTMSLAELSAAALQYSDNVAMNKLIAHVGGPASVTAFARQLGDETFRLDRTAPTLNTAIPGDPRDTTSPRAMAQTLRNLTLGKALGDSQRAQLVTWMKGNTTGAASIQAGLPASWVVGDKTGSGGYGTTNDIAVIWPKDRAPLILVTYFTQPQPKAESRRDVLASGAKIVTDGL"},"dna_sequence":{"accession":"KM211508","fmin":"0","fmax":"876","strand":"+","sequence":"ATGGTTAAAAAATCACTGCGCCAGTTCACGCTGATGGCGACGGCAACCGTCACGCTGTTGTTAGGAAGTGTGCCGCTGTATGCGCAAACGGCGGACGTACAGCAAAAACTTGCCGAATTAGAGCGGCAGTCGGGAGGCAGACTGGGTGTGGCATTGATTAACACAGCAGATAATTCGCAAATACTTTATCGTGCTGATGAGCGCTTTGCGATGTGCAGCACCAGTAAAGTGATGGCCGCGGCCGCGGTGCTGAAGAAAAGTGAAAGCGAACCGAATCTGTTAAATCAGCGAGTTGAGATCAAAAAATCTGACCTTGTTAACTATAATCCGATTGCGGAAAAGCACGTCAATGGGACGATGTCACTGGCTGAGCTTAGCGCGGCCGCGCTACAGTACAGCGATAACGTGGCGATGAATAAGCTGATTGCTCACGTTGGCGGCCCGGCTAGCGTCACCGCGTTCGCCCGACAGCTGGGAGACGAAACGTTCCGTCTCGACCGCACCGCGCCGACGTTAAACACCGCCATTCCGGGCGATCCGCGTGATACCACTTCACCTCGGGCAATGGCGCAAACTCTGCGGAATCTGACGCTGGGTAAAGCATTGGGCGACAGCCAACGGGCGCAGCTGGTGACATGGATGAAAGGCAATACCACCGGTGCAGCGAGCATTCAGGCTGGACTGCCTGCTTCCTGGGTTGTGGGGGATAAAACCGGCAGCGGTGGCTATGGCACCACCAACGATATCGCGGTGATCTGGCCAAAAGATCGTGCGCCGCTGATTCTGGTCACTTACTTCACCCAGCCTCAACCTAAGGCAGAAAGCCGTCGCGATGTATTAGCGTCGGGCGCTAAAATCGTCACCGACGGTTTGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3003163","ARO_id":"39740","ARO_name":"CTX-M-155","ARO_description":"From the Lahey list of beta-lactamases.","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36526":{"category_aro_accession":"3000387","category_aro_cvterm_id":"36526","category_aro_name":"phenicol antibiotic","category_aro_description":"Phenicols are broad spectrum bacteriostatic antibiotics acting on bacterial protein synthesis. More specifically, the phenicols block peptide elongation by binding to the peptidyltansferase centre of the 70S ribosome.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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Up to 90% of ampicillin resistance in E. coli is due to the production of TEM-1. Also responsible for the ampicillin and penicillin resistance that is seen in H. influenzae and N. gonorrhoeae in increasing numbers. Although TEM-type beta-lactamases are most often found in E. coli and K. pneumoniae, they are also found in other species of gram-negative bacteria with increasing frequency. The amino acid substitutions responsible for the ESBL phenotype cluster around the active site of the enzyme and change its configuration, allowing access to oxyimino-beta-lactam substrates. Opening the active site to beta-lactam substrates also typically enhances the susceptibility of the enzyme to b-lactamase inhibitors, such as clavulanic acid.  Although the inhibitor-resistant beta-lactamases are not ESBLs, they are often discussed with ESBLs because they are also derivatives of the classical TEM- or SHV-type enzymes. 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Although the inhibitor-resistant TEM variants are resistant to inhibition by clavulanic acid and sulbactam, thereby showing clinical resistance to the beta-lactam-lactamase inhibitor combinations of amoxicillin-clavulanate (Co-amoxiclav), ticarcillin-clavulanate, and ampicillin\/sulbactam, they normally remain susceptible to inhibition by tazobactam and subsequently the combination of piperacillin\/tazobactam, although resistance has been described.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35923":{"category_aro_accession":"0000004","category_aro_cvterm_id":"35923","category_aro_name":"monobactam","category_aro_description":"Monobactams are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Unlike penams and cephems, monobactams do not have any ring fused to its four-member lactam structure. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"450"}},"model_sequences":{"sequence":{"408":{"protein_sequence":{"accession":"AAN34365.1","sequence":"MGEFFPAQISEQLSHARGVIERHLAATLDTIHLFGSALDGGLKPDSNIDLLVTVSAAPNDSLRQALMLDLLKVSSPPGNGGPWRPLEVTVVARSEVVPWRYPARRGLQFGEWLRHDILSGTFEPAVLDHDLAILLTKARQHSLALLGPSAVTFFEPVPNEHFSKALFDTIAQWNSESDWKGDERNVVLALARIWYSASTGLIAPKDVAAAWVSERLPAEHRPIICKARAAYLGSEDDDLAMRVEETAAFVRYAKATIERILR"},"dna_sequence":{"accession":"AY138986","fmin":"0","fmax":"789","strand":"+","sequence":"ATGGGTGAATTCTTTCCTGCACAAATTTCCGAGCAGCTATCCCACGCTCGCGGGGTGATCGAGCGCCATCTAGCTGCAACGCTGGACACAATCCACCTGTTCGGATCTGCGCTCGATGGAGGGTTGAAGCCGGACAGCAACATCGACTTGCTCGTGACCGTCAGCGCCGCACCTAACGATTCGCTCCGGCAGGCACTAATGCTCGACCTGCTAAAAGTCTCATCACCGCCAGGCAATGGCGGACCATGGCGACCGCTGGAGGTGACTGTTGTCGCTCGAAGCGAAGTAGTGCCCTGGCGCTATCCGGCGCGACGTGGGCTTCAGTTCGGTGAGTGGCTCCGCCACGACATCCTCTCCGGAACGTTCGAGCCTGCCGTTCTGGATCACGATCTTGCGATTTTGCTGACCAAGGCGAGGCAACACAGCCTTGCACTGCTAGGTCCATCCGCAGTCACGTTCTTCGAGCCGGTGCCGAACGAGCATTTTTCCAAGGCGCTTTTCGACACGATTGCCCAGTGGAATTCAGAGTCGGATTGGAAGGGTGACGAGCGGAACGTCGTTCTTGCTCTTGCTCGCATTTGGTACAGTGCTTCAACGGGTCTCATTGCTCCTAAGGACGTTGCTGCCGCATGGGTATCGGAGCGTTTGCCTGCCGAGCATCGGCCCATCATTTGCAAGGCACGCGCGGCGTACCTGGGTAGCGAGGACGACGACCTAGCAATGCGCGTCGAAGAGACGGCTGCGTTCGTTCGATATGCCAAAGCAACGATTGAGAGAATCTTGCGTTGAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3002604","ARO_id":"39004","ARO_name":"aadA4","ARO_description":"aadA4 is an aminoglycoside nucleotidyltransferase gene encoded by plasmids and chromosomes in Bordetella parapertussis and E. coli","ARO_category":{"41439":{"category_aro_accession":"3004275","category_aro_cvterm_id":"41439","category_aro_name":"ANT(3'')","category_aro_description":"Nucleotidylylation of streptomycin at the hydroxyl group at position 3''","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35957":{"category_aro_accession":"0000039","category_aro_cvterm_id":"35957","category_aro_name":"spectinomycin","category_aro_description":"Spectinomycin is an aminoglycoside antibiotic used to treat different types of bacterial infections. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"163":{"model_id":"163","model_name":"OXA-376","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"800"}},"model_sequences":{"sequence":{"734":{"protein_sequence":{"accession":"ACD35503.1","sequence":"MTSPTSLTRRDQNRAWIMLIVLTMLTVIGMTVVLPVLPFVVLQYVSHESDLAIWVGVLEAINGLCAFLVAPFLGRLSDRFGRRPVIIVAAFGAAFSMALFGFGGALWVLVLARVIQGLTAGDLPALFAYLADITPPEQRAKRFGLLGALSGIGTMIGPAIGGLLAAISIQLPVFLTAAVALTIAILSIFLLPESLKPGNRITAIKLRDVQPFAVFKEAFGRKELRGLMIGFGLLALPFGFFVNNFSVLALDSIQWGPTQIGLLTAAVGIIDILIQGVLLGILLPRIGERGVIVSGIVAQMIGLAALAVVASVFAQPWVFIVGALMLAAGQGASQAAMDGAMSNAVGDDEQGWLGGATQSLNAAMGTAAPLIAGALYALVSHAAPYWLGVALMIVAVTVVSRAHIANTAKRPAGETTGDAPAALVETAG"},"dna_sequence":{"accession":"EU523697","fmin":"686","fmax":"1973","strand":"+","sequence":"ATGACTTCACCCACCTCTCTCACGCGACGGGACCAGAACCGCGCGTGGATCATGCTCATCGTGCTCACGATGCTCACCGTCATCGGAATGACGGTCGTCCTCCCGGTCCTGCCCTTCGTCGTGCTCCAGTACGTCTCGCACGAGAGCGACCTGGCCATCTGGGTCGGCGTGCTCGAAGCGATCAACGGCCTCTGCGCCTTCCTGGTCGCGCCCTTCCTCGGACGTCTCTCAGACCGCTTCGGACGTCGACCCGTGATCATCGTCGCGGCATTCGGTGCGGCCTTCTCGATGGCGCTGTTCGGATTCGGCGGCGCCCTCTGGGTGCTCGTGCTCGCTCGCGTCATCCAGGGCCTCACCGCGGGCGATCTACCCGCCCTCTTCGCCTACCTGGCCGACATCACCCCGCCGGAGCAGCGCGCCAAGCGCTTCGGCCTCCTCGGTGCGCTCTCGGGGATCGGCACCATGATCGGTCCAGCCATCGGAGGACTGCTCGCCGCGATCAGCATCCAGCTCCCGGTGTTCCTGACCGCCGCCGTCGCCCTCACGATCGCGATCCTCAGCATCTTCCTCCTCCCGGAGAGCCTGAAGCCGGGCAACAGGATCACCGCGATCAAGCTGCGCGACGTGCAGCCCTTCGCCGTCTTCAAGGAGGCCTTCGGACGCAAGGAGCTGCGCGGGCTGATGATCGGCTTCGGCCTGCTCGCGCTGCCGTTCGGCTTCTTCGTGAACAACTTCAGCGTGCTCGCCCTGGACTCCATCCAGTGGGGACCGACCCAGATCGGACTCCTGACCGCGGCCGTCGGCATCATCGACATCCTCATCCAGGGCGTGCTGCTGGGCATCCTGCTTCCGCGCATCGGCGAGCGCGGAGTGATCGTGAGCGGCATCGTCGCGCAGATGATCGGTCTCGCGGCCCTCGCCGTCGTGGCTTCCGTCTTCGCGCAGCCGTGGGTGTTCATCGTCGGCGCCCTGATGCTGGCCGCCGGCCAGGGGGCGTCCCAGGCCGCGATGGACGGGGCGATGTCCAACGCCGTCGGCGACGACGAGCAGGGCTGGCTCGGCGGAGCCACCCAGTCGTTGAATGCGGCGATGGGCACGGCAGCCCCGCTCATCGCCGGTGCGCTCTACGCACTGGTCAGCCACGCGGCCCCGTACTGGCTCGGGGTCGCGCTCATGATCGTGGCGGTGACCGTCGTCAGCCGCGCGCACATCGCGAACACCGCGAAGCGCCCGGCCGGCGAGACGACGGGCGACGCTCCCGCGGCACTCGTGGAGACGGCTGGCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"37079","NCBI_taxonomy_name":"Micrococcus sp. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"600"}},"model_sequences":{"sequence":{"221":{"protein_sequence":{"accession":"CAA24743.1","sequence":"MKKPELTATSVEKFLIEKFDSVSDLMQLSEGEESRAFSFDVGGRGYVLRVNSCADGFYKDRYVYRHFASAALPIPEVLDIGEFSESLTYCISRRAQGVTLQDLPETELPAVLQPVAEAMDAIAAADLSQTSGFGPFGPQGIGQYTTWRDFICAIADPHVYHWQTVMDDTVSASVAQALDELMLWAEDCPEVRHLVHADFGSNNVLTDNGRITAVIDWSEAMFGDSQYEVANIFFWRPWLACMEQQTRYFERRHPELAGSPRLRAYMLRIGLDQLYQSLVDGNFDDAAWAQGRCDAIVRSGAGTVGRTQIARRSAAVWTDGCVEVLADSGNRRPSTRPRAKE"},"dna_sequence":{"accession":"V01499","fmin":"230","fmax":"1256","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAGCCTGAACTCACCGCGACGTCTGTCGAGAAGTTTCTGATCGAAAAGTTCGACAGCGTCTCCGACCTGATGCAGCTCTCGGAGGGCGAAGAATCTCGTGCTTTCAGCTTCGATGTAGGAGGGCGTGGATATGTCCTGCGGGTAAATAGCTGCGCCGATGGTTTCTACAAAGATCGTTATGTTTATCGGCACTTTGCATCGGCCGCGCTCCCGATTCCGGAAGTGCTTGACATTGGGGAATTCAGCGAGAGCCTGACCTATTGCATCTCCCGCCGTGCACAGGGTGTCACGTTGCAAGACCTGCCTGAAACCGAACTGCCCGCTGTTCTGCAGCCGGTCGCGGAGGCCATGGATGCGATCGCTGCGGCCGATCTTAGCCAGACGAGCGGGTTCGGCCCATTCGGACCGCAAGGAATCGGTCAATACACTACATGGCGTGATTTCATATGCGCGATTGCTGATCCCCATGTGTATCACTGGCAAACTGTGATGGACGACACCGTCAGTGCGTCCGTCGCGCAGGCTCTCGATGAGCTGATGCTTTGGGCCGAGGACTGCCCCGAAGTCCGGCACCTCGTGCACGCGGATTTCGGCTCCAACAATGTCCTGACGGACAATGGCCGCATAACAGCGGTCATTGACTGGAGCGAGGCGATGTTCGGGGATTCCCAATACGAGGTCGCCAACATCTTCTTCTGGAGGCCGTGGTTGGCTTGTATGGAGCAGCAGACGCGCTACTTCGAGCGGAGGCATCCGGAGCTTGCAGGATCGCCGCGGCTCCGGGCGTATATGCTCCGCATTGGTCTTGACCAACTCTATCAGAGCTTGGTTGACGGCAATTTCGATGATGCAGCTTGGGCGCAGGGTCGATGCGACGCAATCGTCCGATCCGGAGCCGGGACTGTCGGGCGTACACAAATCGCCCGCAGAAGCGCGGCCGTCTGGACCGATGGCTGTGTAGAAGTACTCGCCGATAGTGGAAACCGACGCCCCAGCACTCGTCCGAGGGCAAAGGAATAGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3002655","ARO_id":"39055","ARO_name":"APH(4)-Ia","ARO_description":"APH(4)-Ia is a plasmid-encoded aminoglycoside phosphotransferase in E. coli","ARO_category":{"36294":{"category_aro_accession":"3000155","category_aro_cvterm_id":"36294","category_aro_name":"APH(4)","category_aro_description":"Phosphorylation of hygromycin on the hydroxyl group at position 4","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36353":{"category_aro_accession":"3000214","category_aro_cvterm_id":"36353","category_aro_name":"hygromycin B","category_aro_description":"Hygromycin B is an aminoglycoside antibiotic used to treat different types of bacterial infections. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"1194":{"protein_sequence":{"accession":"AHA80101.1","sequence":"MMKKSICCALLLTASFSTFAAAKTEQQIADIVNRTITPLMQEQAIPGMAVAIIYQGKPYYFTWGKADIANNRPVTQQTLFELGSVSKTFNGVLGGDAIARGEIKLSDPVTQYWPELTGKQWQGISLLHLATYTAGGLPLQVPDDVTDKAALLHFYQNWQPQWASGAKRLYANSSIGLFGALAVKPSGMSYEEAMTKRVLHPLKLAHTWITVPQSEQKDYAWGYREGKPVHVSPGQLDAEAYGVKSSVIDMTRWVQANMDASQVQEKTLQQGIELAQSRYWRIGDMYQGLGWEMLNWPVKADSIISGSDSKVALAALPAVEVNPPAPAVKASWVHKTGSTGGFGSYVAFVPEKNLGIVMLANKSYPNPVRVEAAWRILEKLQ"},"dna_sequence":{"accession":"KF526113","fmin":"0","fmax":"1146","strand":"+","sequence":"ATGATGAAAAAATCGATATGCTGCGCGCTGCTGCTGACAGCTTCTTTCTCCACGTTTGCCGCCGCAAAAACAGAACAACAAATTGCCGATATCGTTAACCGCACCATCACACCGCTGATGCAGGAGCAGGCAATTCCGGGCATGGCCGTTGCGATTATCTATCAGGGGAAACCTTATTACTTTACCTGGGGTAAAGCCGATATCGCCAATAACCGTCCAGTCACTCAACAAACGCTGTTTGAACTCGGTTCGGTCAGTAAAACGTTCAACGGTGTGCTGGGCGGCGATGCTATCGCCCGCGGCGAAATTAAGCTCAGCGATCCGGTCACGCAGTACTGGCCTGAACTGACGGGTAAGCAGTGGCAGGGTATCAGCCTGCTGCACTTAGCCACCTACACGGCAGGCGGCCTGCCGCTTCAGGTTCCGGACGACGTTACGGATAAAGCCGCATTACTACACTTTTATCAAAACTGGCAGCCGCAATGGGCCTCAGGCGCTAAACGTCTTTATGCTAACTCCAGCATTGGTCTGTTTGGCGCCCTGGCGGTGAAACCTTCAGGCATGAGCTACGAAGAGGCGATGACCAAACGCGTCCTGCACCCCTTAAAACTGGCGCATACCTGGATTACGGTTCCGCAGAGCGAACAAAAAGATTATGCCTGGGGTTATCGCGAAGGAAAGCCAGTGCATGTATCCCCTGGCCAACTTGATGCCGAAGCCTACGGGGTGAAATCGAGCGTTATCGATATGACCCGTTGGGTTCAGGCCAACATGGACGCCAGCCAGGTTCAGGAGAAAACGCTCCAGCAGGGAATCGAGCTTGCGCAGTCACGTTACTGGCGTATTGGCGATATGTACCAGGGCCTGGGTTGGGAGATGCTGAACTGGCCGGTGAAGGCCGACTCGATAATTAGCGGTAGCGACAGCAAAGTAGCACTGGCAGCGCTTCCTGCCGTTGAGGTAAACCCGCCCGCGCCTGCCGTGAAAGCCTCATGGGTGCATAAAACGGGCTCCACTGGCGGATTTGGCAGCTACGTTGCTTTCGTTCCAGAAAAAAACCTTGGCATCGTGATGCTGGCAAACAAGAGCTACCCAAACCCTGTTCGCGTCGAGGCCGCCTGGCGCATTCTTGAAAAACTGCAGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36915","NCBI_taxonomy_name":"Citrobacter freundii","NCBI_taxonomy_id":"546"}}}},"ARO_accession":"3002112","ARO_id":"38512","ARO_name":"CMY-100","ARO_description":"CMY-100 is a beta-lactamase. 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Thus, protein synthesis and subsequently structure\/function processes critical for life or replication are inhibited.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35946":{"category_aro_accession":"0000027","category_aro_cvterm_id":"35946","category_aro_name":"roxithromycin","category_aro_description":"Roxithromycin is a semi-synthetic, 14-carbon ring macrolide antibiotic derived from erythromycin. It is used to treat respiratory tract, urinary and soft tissue infections. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"814":{"protein_sequence":{"accession":"AAP69916.1","sequence":"MLLFMFSIISFGNENQFMKEIFERKGLNGTFVVYDLKNDKIDYYNLDRANERFYPASSFKIFNTLIGLENGIVKNVDEMFYYYDGSKVFLDSWAKDSNLRYAIKVSQVPAYKKLARELGKERMQEGLNKLNYGNKEIGSEIDKFWLEGPLKISAMEQVKLLNLLSQSKLPFKLENQEQVKDITILEKKDDFILHGKTGWATDNIVVPIGWFVGWIETSDNIYSFAINLDISDSKFLPKREEIVREYFKNINVIK"},"dna_sequence":{"accession":"AY227054","fmin":"0","fmax":"765","strand":"+","sequence":"ATGTTATTATTTATGTTCTCGATTATTTCTTTTGGTAATGAAAATCAATTTATGAAAGAGATTTTTGAAAGAAAAGGTTTAAACGGAACTTTTGTTGTTTATGATTTAAAAAATGATAAAATTGATTATTATAATTTGGATAGAGCTAATGAGAGATTTTATCCTGCTTCATCATTTAAAATTTTTAATACTTTGATAGGATTAGAAAATGGGATAGTAAAAAATGTTGATGAAATGTTTTATTATTATGATGGTTCTAAAGTTTTTCTTGATTCATGGGCAAAAGATTCGAATTTAAGATATGCAATAAAGGTATCTCAAGTTCCAGCTTATAAAAAGCTTGCAAGAGAATTGGGAAAAGAAAGAATGCAAGAAGGATTAAATAAATTAAATTATGGAAATAAGGAAATAGGTAGTGAGATTGATAAGTTTTGGTTAGAAGGTCCATTAAAAATAAGTGCAATGGAACAAGTTAAATTATTAAATCTATTATCACAATCAAAACTTCCTTTTAAATTAGAAAATCAAGAACAAGTAAAAGATATTACGATTTTAGAGAAAAAAGATGATTTTATTTTACATGGAAAAACTGGGTGGGCTACTGATAATATAGTTGTTCCTATTGGTTGGTTTGTAGGTTGGATAGAAACTTCTGATAATATATATTCATTTGCTATTAATTTAGATATTTCTGATAGTAAATTTTTACCTAAACGTGAAGAAATTGTAAGAGAATATTTCAAAAATATAAATGTTATAAAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36931","NCBI_taxonomy_name":"Fusobacterium nucleatum","NCBI_taxonomy_id":"851"}}}},"ARO_accession":"3001780","ARO_id":"38180","ARO_name":"OXA-85","ARO_description":"OXA-85 is a beta-lactamase found in Fusobacterium nucleatum","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"345":{"model_id":"345","model_name":"bcrA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Monobactam antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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These beta-lactamases differ from the TEM and SHV enzymes in that they belong to molecular class D and functional group 2d. The OXA-type beta-lactamases confer resistance to ampicillin and cephalothin and are characterized by their high hydrolytic activity against oxacillin and cloxacillin and the fact that they are poorly inhibited by clavulanic acid. Amino acid substitutions in OXA enzymes can also give the ESBL phenotype. The OXA beta-lactamase family was originally created as a phenotypic rather than a genotypic group for a few beta-lactamases that had a specific hydrolysis profile. Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"750"}},"model_sequences":{"sequence":{"1308":{"protein_sequence":{"accession":"ACQ82807.1","sequence":"MRDTRFPCLCGIAASTLLFATTPAIAGEAPADRLKALVDAAVQPVMKANDIPGLAVAISLKGEPHYFSYGLASKEDGRRVTPETLFEIGSVSKTFTATLAGYALTQDKMRLDDRASQHWPALQGSRFDGISLLDLATYTAGGLPLQFPDSVQKDQAQIRDYYRQWQPTYAPGSQRLYSNPSIGLFGYLAARSLGQPFERLMEQQVFPALGLEQTHLDVPEAALAQYAQGYGKDDRPLRVGPGPLDAEGYGVKTSAADLLRFVDANLHPERLDRPWAQALDATHRGYYKVGDMTQGLGWEAYDWPISLKRLQAGNSTPMALQPHRIARLPAPQALEGQRLLNKTGSTNGFGAYVAFVPGRDLGLVILANRNYPNAERVKIAYAILSGLEQQGKVPLKR"},"dna_sequence":{"accession":"FJ666065","fmin":"0","fmax":"1194","strand":"+","sequence":"ATGCGCGATACCAGATTCCCCTGCCTGTGCGGCATCGCCGCTTCCACACTGCTGTTCGCCACCACCCCGGCCATTGCCGGCGAGGCCCCGGCGGATCGCCTGAAGGCACTGGTCGACGCCGCCGTACAACCGGTGATGAAGGCCAATGACATTCCGGGCCTGGCCGTAGCCATCAGCCTGAAAGGAGAACCGCATTACTTCAGCTATGGGCTGGCCTCGAAAGAGGACGGCCGCCGGGTGACGCCGGAGACCCTGTTCGAGATCGGCTCGGTGAGCAAGACCTTCACCGCCACCCTCGCCGGCTATGCCCTGACCCAGGACAAGATGCGCCTCGACGACCGCGCCAGCCAGCACTGGCCGGCACTGCAGGGCAGCCGCTTCGACGGCATCAGCCTGCTCGACCTCGCGACCTATACCGCCGGCGGCTTGCCGCTGCAGTTCCCCGACTCGGTGCAGAAGGACCAGGCACAGATCCGCGACTACTACCGCCAGTGGCAGCCGACCTACGCGCCGGGCAGCCAGCGCCTCTATTCCAACCCGAGCATCGGCCTGTTCGGCTATCTCGCCGCGCGCAGCCTGGGCCAGCCGTTCGAACGGCTCATGGAGCAGCAAGTGTTCCCGGCACTGGGCCTCGAACAGACCCACCTCGACGTGCCCGAGGCGGCGCTGGCGCAGTACGCCCAGGGCTATGGCAAGGACGACCGCCCGCTACGGGTCGGTCCCGGCCCGCTGGATGCCGAAGGCTACGGGGTGAAGACCAGCGCGGCCGACCTGCTGCGCTTCGTCGATGCCAACCTGCATCCGGAGCGCCTGGACAGGCCCTGGGCGCAGGCGCTCGATGCCACCCATCGCGGTTACTACAAGGTCGGCGACATGACCCAGGGCCTGGGCTGGGAAGCCTACGACTGGCCGATCTCCCTGAAGCGCCTGCAGGCCGGCAACTCGACGCCGATGGCGCTGCAACCGCACAGGATCGCCAGGCTGCCCGCGCCACAGGCGCTGGAGGGCCAGCGCCTGCTGAACAAGACCGGTTCCACCAACGGCTTCGGCGCCTACGTGGCGTTCGTCCCGGGCCGCGACCTGGGCCTGGTGATCCTGGCCAACCGCAACTATCCCAATGCCGAGCGGGTGAAGATCGCCTACGCCATCCTCAGCGGCCTGGAGCAGCAGGGCAAGGTGCCGCTGAAGCGCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3002497","ARO_id":"38897","ARO_name":"PDC-1","ARO_description":"PDC-1 is a beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa.","ARO_category":{"36237":{"category_aro_accession":"3000098","category_aro_cvterm_id":"36237","category_aro_name":"PDC beta-lactamase","category_aro_description":"PDC beta-lactamases are class C beta-lactamases that are found in Pseudomonas aeruginosa.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35923":{"category_aro_accession":"0000004","category_aro_cvterm_id":"35923","category_aro_name":"monobactam","category_aro_description":"Monobactams are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"1012":{"protein_sequence":{"accession":"AIT76105.1","sequence":"MKKSLSATLVSALLAFSAPGFSAADNVAAVVDSTIKPLMAQQDIPGMAVAVSVKGKPYYFNYGFADVQAKQPVTENTLFELGSVSKTFTGVLGAVSVAKKETSLNDPAVKYQPELTQPQWKGITLLDLATYTAGGLPLQVPEAVKSSEDLLHFYQQWQPSWQPGKMRLYANSSIGLFGALTATAAGMPYEQLLTARILAPLGLSHTFITVPESAQSQYAYGYKNNQPVRVTGGPLDAESYGVKSASKDMLRWAEINMSPSRAGNADLEMAMYLAQTRYYKTAAINQGLGWEMYDWPQQKDMIINGVTNEVALQPHPVTDNQVQPYNRASWVHKTGATTGFGAYVAFIPEKQVAIVILANKNYPNTERVKAAQAILSALE"},"dna_sequence":{"accession":"KM087852","fmin":"0","fmax":"1140","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATCGTTATCTGCAACACTGGTTTCCGCCCTGCTGGCCTTTTCTGCCCCGGGGTTCTCTGCCGCTGATAATGTCGCGGCAGTCGTCGACAGCACCATTAAACCGCTGATGGCACAGCAGGATATCCCCGGGATGGCGGTTGCTGTCTCCGTAAAGGGAAAACCGTATTACTTCAACTATGGTTTTGCGGATGTGCAGGCAAAACAGCCGGTCACTGAAAATACACTATTTGAACTCGGATCTGTAAGTAAAACTTTCACAGGTGTGCTGGGTGCGGTTTCCGTGGCGAAAAAAGAGACGTCGCTGAATGACCCGGCAGTCAAATACCAGCCTGAACTGACACAGCCGCAGTGGAAAGGGATCACATTACTGGATCTGGCCACCTATACCGCAGGCGGGCTGCCGTTACAGGTGCCGGAAGCGGTGAAAAGCAGTGAGGATCTGCTGCATTTCTATCAGCAGTGGCAGCCGTCATGGCAACCGGGAAAGATGCGTCTGTATGCGAACAGCAGTATCGGCCTGTTCGGTGCGCTGACCGCGACAGCGGCGGGAATGCCTTATGAGCAGCTGCTGACCGCACGTATCCTGGCGCCGCTGGGGTTATCACATACCTTTATTACTGTACCGGAAAGTGCGCAAAGTCAGTATGCATACGGTTATAAAAACAATCAGCCGGTACGGGTGACGGGGGGACCGCTCGATGCGGAATCTTACGGGGTAAAATCCGCCTCAAAAGATATGCTGCGCTGGGCAGAAATCAATATGTCGCCGTCACGGGCGGGCAATGCGGATCTGGAAATGGCGATGTATCTCGCACAGACCCGTTACTATAAAACGGCGGCAATCAACCAGGGACTGGGCTGGGAGATGTATGACTGGCCGCAGCAGAAAGATATGATCATTAACGGCGTGACCAATGAAGTGGCATTGCAGCCGCATCCGGTAACGGATAATCAGGTTCAGCCGTATAACCGCGCTTCCTGGGTACATAAAACAGGAGCAACAACCGGTTTCGGTGCTTATGTGGCCTTTATTCCGGAAAAACAGGTGGCGATTGTGATTCTGGCAAATAAAAACTACCCGAATACCGAAAGAGTCAAAGCCGCACAGGCTATTTTGAGTGCACTGGAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36917","NCBI_taxonomy_name":"Morganella morganii","NCBI_taxonomy_id":"582"}}}},"ARO_accession":"3002147","ARO_id":"38547","ARO_name":"DHA-16","ARO_description":"DHA-16 is a beta-lactamase. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"825":{"protein_sequence":{"accession":"AAV97952.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTSAVQQKLAALEKSSGRRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"AY847143","fmin":"82","fmax":"958","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAGTGCGGTGCAGCAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAAGGCGGCTGGGCGTCGCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCTGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGACTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3001909","ARO_id":"38309","ARO_name":"CTX-M-47","ARO_description":"CTX-M-47 is a beta-lactamase found in the Enterobacteriaceae family","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"889":{"protein_sequence":{"accession":"AGW83447.1","sequence":"MYKKALIAATSILFLSSCSSNTVKQHQIHSISANKNSEEIKSLFDQAQTTGVLVIKRGQTEEIYGNDLKRAPTAYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEVFKWDGQKRLFPDWEKDMTLGDAMKASAIPVYQELARRIGLDLMSKEVKRVGFGNASIGSKVDNFWLVGPLKITPQQETQFAYQLALKTLPFSQDVQEQVQSMVFIEEKNGSKIYAKSGWGWDVEPQVGWLTGWIVQPQGEIVAFSLNLEMKKGTPSSIRKEIAYKGLEQLGIL"},"dna_sequence":{"accession":"KF297578","fmin":"0","fmax":"822","strand":"+","sequence":"ATGTATAAAAAAGCCCTTATCGCTGCAACAAGTATCCTATTTTTATCCTCCTGTTCTTCCAATACGGTAAAACAACATCAAATACACTCTATTTCTGCCAATAAAAATTCAGAAGAAATTAAATCACTGTTTGATCAGGCACAGACCACGGGTGTTTTGGTGATTAAGCGAGGGCAAACAGAAGAAATTTATGGCAATGATCTTAAAAGAGCACCAACCGCCTATGTTCCCGCCTCAACCTTTAAAATGTTAAATGCTTTAATTGGACTTGAACATCATAAGGCAACTACAACTGAAGTATTTAAATGGGATGGGCAAAAACGTTTATTTCCTGATTGGGAAAAGGACATGACACTGGGTGATGCCATGAAAGCTTCTGCGATTCCAGTTTACCAAGAATTAGCCCGACGAATTGGTCTAGATCTTATGTCTAAAGAGGTGAAACGAGTTGGTTTTGGTAATGCTAGCATTGGTTCAAAAGTAGATAATTTTTGGCTTGTTGGCCCTCTAAAAATTACACCTCAACAAGAAACCCAATTTGCTTATCAATTAGCCCTTAAAACGCTTCCATTTAGCCAAGATGTACAAGAACAAGTTCAATCAATGGTGTTCATAGAGGAAAAAAATGGAAGTAAAATTTATGCCAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTTGAACCACAAGTTGGTTGGTTAACAGGCTGGATCGTTCAACCACAAGGAGAAATTGTCGCATTCTCACTTAATTTAGAAATGAAAAAAGGAACTCCTAGCTCTATTCGCAAAGAAATTGCTTATAAAGGCTTAGAACAACTGGGTATTTTATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39094","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter calcoaceticus","NCBI_taxonomy_id":"471"}}}},"ARO_accession":"3001536","ARO_id":"37936","ARO_name":"OXA-349","ARO_description":"OXA-349 is a beta-lactamase. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"1711":{"protein_sequence":{"accession":"AEX99752.1","sequence":"MRYIRLCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIKQSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"JQ029959","fmin":"28","fmax":"889","strand":"+","sequence":"ATGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCGCCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACAAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGCATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATATATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGAGCACTGGCAACGCTAAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001184","ARO_id":"37564","ARO_name":"SHV-142","ARO_description":"SHV-142 is a beta-lactamase.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. They are structurally similar to carbapenems, however, where carbapenems have a carbon, penems have a sulfur.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"732":{"model_id":"732","model_name":"OXA-237","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"770":{"model_id":"770","model_name":"SHV-57","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"807":{"model_id":"807","model_name":"OKP-B-1","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"800":{"protein_sequence":{"accession":"ADB28891.1","sequence":"MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGKNLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEKDMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPLKITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTSQVGWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII"},"dna_sequence":{"accession":"GU199038","fmin":"1195","fmax":"2023","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATTTATACTTCCTATATTCAGCATTTCTATTCTAGTTTCTCTCAGTGCATGTTCATCTATTAAAACTAAATCTGAAGATAATTTTCATATTTCTTCTCAGCAACATGAAAAAGCTATTAAAAGCTATTTTGATGAAGCTCAAACACAGGGTGTAATTATTATTAAAGAGGGTAAAAATCTTAGCACCTATGGTAATGCTCTTGCACGAGCAAATAAAGAATATGTCCCTGCATCAACATTTAAGATGCTAAATGCTTTAATCGGGCTAGAAAATCATAAAGCAACAACAAATGAGATTTTCAAATGGGATGGTAAAAAAAGAACTTATCCTATGTGGGAGAAAGATATGACTTTAGGTGAGGCAATGGCATTGTCAGCAGTTCCAGTATATCAAGAGCTTGCAAGACGGACTGGCCTAGAGCTAATGCAGAAAGAAGTAAAGCGGGTTAATTTTGGAAATACAAATATTGGAACACAGGTCGATAATTTTTGGTTAGTTGGCCCCCTTAAAATTACACCAGTACAAGAAGTTAATTTTGCCGATGACCTTGCACATAACCGATTACCTTTTAAATTAGAAACTCAAGAAGAAGTTAAAAAAATGCTTCTAATTAAAGAAGTAAATGGTAGTAAGATTTATGCAAAAAGTGGATGGGGAATGGGTGTTACTTCACAGGTAGGTTGGTTGACTGGTTGGGTGGAGCAAGCTAATGGAAAAAAAATCCCCTTTTCGCTCAACTTAGAAATGAAAGAAGGAATGTCTGGTTCTATTCGTAATGAAATTACTTATAAGTCGCTAGAAAATCTTGGAATCATTTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3001663","ARO_id":"38063","ARO_name":"OXA-160","ARO_description":"OXA-160 is a beta-lactamase found in A. baumannii","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"2045":{"protein_sequence":{"accession":"ADN26580.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTSAVQQKLAALEKSSGGRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTQNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGGYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"HQ166709","fmin":"0","fmax":"876","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAGTGCGGTGCAGCAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAGGGCGGCTGGGCGTCGCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCAGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGGCTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3001953","ARO_id":"38353","ARO_name":"CTX-M-93","ARO_description":"CTX-M-93 is a beta-lactamase found in Escherichia coli","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"914":{"model_id":"914","model_name":"ANT(6)-Ia","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"964":{"protein_sequence":{"accession":"CAJ77817.2","sequence":"MNIKALLLITSTIFISACSPYIVTANPNHSTSKSDEKAEKIKNLFNEAHTTGVLVIQQGQTQQSYGNDLARASTEYVPASTFKMLNALIGLEHHKATTTEIFKWDGQKRLFPEWEKDMTLGDAMKASAIPVYQDLARRIGLELMSKEVKRVGYGNADIGTQVDNFWLVGPLKITPQQEAQFAYKLANKTLPFSQKVQDEVQSMLFIEEKNGNKIYAKSGWGWDVDPQVGWLTGWVVQPQGNIVAFSLNLEMKKGIPSSVRKEITYKSLEQLGIL"},"dna_sequence":{"accession":"AM231720","fmin":"0","fmax":"825","strand":"+","sequence":"ATGAACATTAAAGCACTCTTACTTATAACAAGCACTATTTTTATTTCAGCCTGCTCACCTTATATAGTGACTGCTAATCCAAATCACAGCACTTCAAAATCTGATGAAAAAGCAGAGAAAATTAAAAATTTATTTAACGAAGCACACACTACGGGTGTTTTAGTTATCCAACAAGGCCAAACTCAACAAAGCTATGGTAATGATCTTGCTCGTGCTTCGACCGAGTATGTACCTGCTTCGACCTTCAAAATGCTTAATGCTTTGATCGGCCTTGAGCACCATAAGGCAACCACCACAGAAATATTTAAGTGGGACGGGCAAAAAAGGCTGTTCCCAGAATGGGAAAAGGACATGACCCTAGGTGATGCTATGAAAGCTTCCGCTATTCCGGTTTATCAAGATTTAGCTCGTCGTATTGGACTTGAACTCATGTCTAAGGAAGTGAAGCGTGTTGGTTATGGCAATGCAGATATCGGTACCCAAGTCGATAATTTTTGGCTGGTGGGTCCTTTAAAAATTACGCCTCAGCAAGAGGCACAATTTGCTTACAAGCTAGCTAATAAAACGCTTCCATTTAGCCAAAAAGTCCAAGATGAAGTGCAATCCATGCTATTCATAGAAGAAAAGAATGGAAATAAAATATACGCAAAAAGTGGTTGGGGATGGGATGTAGACCCACAAGTAGGCTGGTTAACTGGATGGGTTGTTCAGCCTCAAGGGAATATTGTAGCGTTCTCCCTTAACTTAGAAATGAAAAAAGGAATACCTAGCTCTGTTCGAAAAGAGATTACTTATAAAAGTTTAGAACAATTAGGTATTTTATAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3001438","ARO_id":"37838","ARO_name":"OXA-100","ARO_description":"OXA-100 is a beta-lactamase. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"3306":{"protein_sequence":{"accession":"CAA33795.1","sequence":"MRFTATVLSRVATGLALGLSMATASLAETPVEALSETVARIEEQLGARVGLSLMETGTGWSWSHREDELFLMNSTVKVPVCGAILARWDAGRLSLSDALPVRKADLVPYAPVTETRVGGNMTLDELCLAAIDMSDNVAANILIGHLGGPEAVTQFFRSVGDPTSRLDRIEPKLNDFASGDERDTTSPAAMSETLRALLLGDVLSPEARGKLAEWMRHGGVTGALLRAEAEDAWLILDKSGSGSHTRNLVAVIQPEGGAPWIATMFISDTDAEFEVRNEALKDLGRAVVAVVRE"},"dna_sequence":{"accession":"X15791","fmin":"1375","fmax":"2257","strand":"+","sequence":"ATGCGGTTCACCGCTACCGTCCTGTCGCGTGTCGCGACAGGGCTCGCTCTCGGCCTGTCCATGGCCACGGCCTCCCTCGCCGAAACGCCTGTCGAGGCGCTCTCCGAAACCGTCGCCCGGATCGAGGAACAGCTCGGCGCCCGCGTCGGCCTCTCGCTCATGGAGACCGGCACGGGTTGGTCCTGGTCTCACCGCGAGGACGAGCTTTTCCTCATGAACAGCACGGTCAAGGTGCCGGTCTGCGGCGCCATCCTCGCGCGTTGGGACGCGGGCAGGCTGTCGCTCTCCGATGCGCTGCCGGTGCGCAAGGCCGACCTCGTGCCCTACGCGCCCGTCACGGAGACGCGGGTCGGCGGCAACATGACCCTCGACGAGCTCTGCCTCGCGGCGATCGACATGAGCGACAATGTGGCGGCGAACATCCTGATCGGGCATCTCGGGGGGCCGGAGGCGGTGACGCAGTTCTTCCGCAGCGTCGGCGACCCGACGAGCCGTCTCGACCGCATCGAGCCCAAGCTGAACGACTTCGCTTCTGGAGACGAGCGGGACACCACGAGCCCGGCCGCCATGTCCGAGACGCTGCGAGCGCTGCTGCTGGGCGACGTGCTGTCTCCGGAGGCCCGCGGGAAGCTGGCGGAGTGGATGCGCCACGGCGGCGTGACCGGCGCATTGCTGCGCGCCGAGGCCGAGGACGCCTGGCTGATCCTCGACAAGTCGGGCAGCGGAAGCCACACGCGCAACCTCGTCGCGGTGATCCAGCCTGAAGGCGGAGCGCCCTGGATCGCGACCATGTTCATCTCGGATACGGACGCGGAGTTCGAGGTTCGCAACGAGGCGCTCAAAGATCTGGGTAGGGCGGTGGTCGCGGTTGTTCGCGAATAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"40171","NCBI_taxonomy_name":"Rhodobacter capsulatus","NCBI_taxonomy_id":"1061"}}}},"ARO_accession":"3003563","ARO_id":"40170","ARO_name":"RCP-1","ARO_description":"RCP is a class A beta-lactamase found in Rhodopseudomonas capsulata.","ARO_category":{"41399":{"category_aro_accession":"3004235","category_aro_cvterm_id":"41399","category_aro_name":"RCP beta-lactamase","category_aro_description":"A family of class A beta-lactamases that have been discovered in the Rhodobacter genus.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"750"}},"model_sequences":{"sequence":{"2018":{"protein_sequence":{"accession":"ACQ82814.1","sequence":"MRDTRFPCLCGIAASTLLFATTPAIAVEAPADRLKALVDAAVQPVMKANDIPGLTVAISLKGEPHYFSYGLASKEDGRRVTPETLFEIGSVSKTFTATLAGYALAQDKMRLDDRASQHWPALQGSRFDGISLLDLATYTAGGLPLQFPDSVQKDRAQIRDYYRQWQPTYAPGSQRLYSNPSIGLFGYLAARSLGQPFERLMEQQLFPALGLEQTHLDVPEAALAQYAQGYGKDDRPLRVGPGPLDAEGYGVKTSAADLLRFVDANLHPERLDRPWAQALDATHRGYYKVGDMTQGLGWEAYDWPISLKRLQAGNSTPMALQPHRIARLPAPQALEGQRLLNKTGSTNGFGAYVAFVPGRDLGLVILANRNYPNAERVKIAYAILSGLEQQGKVPLKR"},"dna_sequence":{"accession":"FJ666072","fmin":"0","fmax":"1194","strand":"+","sequence":"ATGCGCGATACCAGATTCCCCTGCCTGTGCGGCATCGCCGCTTCCACACTGCTGTTCGCCACCACCCCGGCCATTGCCGTCGAGGCCCCGGCGGATCGCCTGAAGGCACTGGTCGACGCCGCCGTACAACCGGTGATGAAGGCCAATGACATTCCGGGCCTGACCGTAGCCATCAGCCTGAAAGGAGAACCGCATTACTTCAGCTATGGGCTGGCCTCGAAAGAGGACGGCCGCCGGGTGACGCCGGAGACCCTGTTCGAGATCGGCTCGGTGAGCAAGACCTTCACCGCCACCCTCGCCGGCTATGCCCTGGCCCAGGACAAGATGCGCCTCGACGACCGCGCCAGCCAGCACTGGCCGGCACTGCAGGGCAGCCGCTTCGACGGCATCAGCCTGCTCGACCTCGCGACCTATACCGCCGGCGGCTTGCCGCTGCAGTTCCCCGACTCGGTGCAGAAGGACCGGGCACAGATCCGCGACTACTACCGCCAGTGGCAGCCGACCTACGCGCCGGGCAGCCAGCGCCTCTATTCCAACCCGAGCATCGGCCTGTTCGGCTATCTCGCCGCGCGCAGCCTGGGCCAGCCGTTCGAACGGCTCATGGAGCAGCAACTGTTCCCGGCACTGGGCCTCGAACAGACCCACCTCGACGTGCCCGAGGCGGCGCTGGCGCAGTACGCCCAGGGCTATGGCAAGGACGACCGCCCGCTACGGGTCGGTCCCGGCCCGCTGGATGCCGAAGGCTACGGGGTGAAGACCAGCGCGGCCGACCTGCTGCGCTTCGTCGATGCCAACCTGCATCCGGAGCGCCTGGACAGGCCCTGGGCGCAGGCGCTCGATGCCACCCATCGCGGTTACTACAAGGTCGGCGACATGACCCAGGGCCTGGGCTGGGAAGCCTACGACTGGCCGATCTCCCTGAAGCGCCTGCAGGCCGGCAACTCGACGCCGATGGCGCTGCAACCGCACAGGATCGCCAGGCTGCCCGCGCCACAGGCGCTGGAGGGCCAGCGCCTGCTGAACAAGACCGGTTCCACCAACGGCTTCGGCGCCTACGTGGCGTTCGTCCCGGGCCGCGACCTGGGCCTGGTGATCCTGGCCAACCGCAACTATCCCAATGCCGAGCGGGTGAAGATCGCCTACGCCATCCTCAGCGGCCTGGAGCAGCAGGGCAAGGTGCCGCTGAAGCGCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3002508","ARO_id":"38908","ARO_name":"PDC-9","ARO_description":"PDC-9 is a extended-spectrum beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa.","ARO_category":{"36237":{"category_aro_accession":"3000098","category_aro_cvterm_id":"36237","category_aro_name":"PDC beta-lactamase","category_aro_description":"PDC beta-lactamases are class C beta-lactamases that are found in Pseudomonas aeruginosa.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35977":{"category_aro_accession":"0000060","category_aro_cvterm_id":"35977","category_aro_name":"ceftazidime","category_aro_description":"Ceftazidime is a third-generation cephalosporin antibiotic. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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From the Lahey list of GES beta-lactamases.","ARO_category":{"36205":{"category_aro_accession":"3000066","category_aro_cvterm_id":"36205","category_aro_name":"GES beta-lactamase","category_aro_description":"GES beta-lactamases or Guiana extended-spectrum beta-lactamases are related to the other plasmid-located class A beta-lactamases","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1254":{"model_id":"1254","model_name":"CTX-M-46","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"768":{"protein_sequence":{"accession":"AAV97956.1","sequence":"MVTKRVQRMMFAAAACIPLLLGSAPLYAQTNAVQQKLAALEKSSGGRLGVPLIDTADNTQVLYRGDERFPMCSTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL"},"dna_sequence":{"accession":"AY847147","fmin":"81","fmax":"957","strand":"+","sequence":"ATGGTGACAAAGAGAGTGCAACGGATGATGTTCGCGGCGGCGGCGTGCATTCCGCTGCTGCTGGGCAGCGCGCCGCTTTATGCGCAGACGAATGCGGTGCAACAAAAGCTGGCGGCGCTGGAGAAAAGCAGCGGAGGGCGGCTGGGCGTCCCGCTCATCGATACCGCAGATAATACGCAGGTGCTTTATCGCGGTGATGAACGCTTTCCAATGTGCAGTACCAGTAAAGTTATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAGCAGAGTGAAACGCAAAAGCAGCTGCTTAATCAGCCTGTCGAGATCAAGCCTGCCGATCTGGTTAACTACAATCCGATTGCCGAAAAACACGTCAACGGCACAATGACGCTGGCAGAACTGAGCGCGGCCGCGTTGCAGTACAGCGACAATACCGCCATGAACAAATTGATTGCCCAGCTCGGTGGCCCGGGAGGCGTGACGGCTTTTGCCCGCGCGATCGGCGATGAGACGTTTCGTCTGGATCGCACTGAACCTACGCTGAATACCGCCATTCCCGGCGACCCGAGAGACACCACCACGCCGCGGGCGATGGCGCAGACGTTGCGTCAGCTTACGCTGGGTCATGCGCTGGGCGAAACCCAGCGGGCGCAGTTGGTGACGTGGCTCAAAGGCAATACGACCGGCGCAGCCAGCATTCGGGCCGGCTTACCGACGTCGTGGACTGTGGGTGATAAGACCGGCAGCGGCGACTACGGCACCACCAATGATATTGCGGTGATCTGGCCGCAGGGTCGTGCGCCGCTGGTTCTGGTGACCTATTTTACCCAGCCGCAACAGAACGCAGAGAGCCGCCGCGATGTGCTGGCTTCAGCGGCGAGAATCATCGCCGAAGGGCTGTAAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001908","ARO_id":"38308","ARO_name":"CTX-M-46","ARO_description":"CTX-M-46 is a beta-lactamase found in the Enterobacteriaceae family","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"400"}},"model_sequences":{"sequence":{"1671":{"protein_sequence":{"accession":"BAB72069.1","sequence":"MSKLSVFFIFLFCSIATAAESLPDLKIEKLDEGVYVHTSFEEVNGWGVFPKHGLVVLVNAEAYLIDTPFTAKDTEKLVTWFVERGYKIKGSISSHFHSDSTGGIEWLNSRSIPTYASELTNELLKKDGKVQATNSFSGVNYWLVKNKIEVFYPGPGHTPDNVVVWLPERKILFGGCFIKPYGLGNLGDANIEAWPKSAKLLKSKYGKAKLVVPSHSEVGDASLLKLTLEQAVKGLNESKKPSKPSN"},"dna_sequence":{"accession":"AB074433","fmin":"16","fmax":"757","strand":"+","sequence":"ATGAGCAAGTTATCTGTATTCTTTATATTTTTGTTTTGCAGCATTGCTACCGCAGCAGAGTCTTTGCCAGATTTAAAAATTGAAAAGCTTGATGAAGGCGTTTATGTTCATACTTCGTTTGAAGAAGTTAACGGGTGGGGCGTTTTTCCTAAACATGGTTTGGTGGTTCTTGTAAATGCTGAGGCTTACCTAATTGACACTCCATTTACGGCTAAAGATACTGAAAAGTTAGTCACTTGGTTTGTGGAGCGTGGCTATAAAATAAAAGGCAGCATTTCCTCTCATTTTCATAGCGACAGCACGGGCGGAATAGAGTGGCTTAATTCTCGATCTATCCCCACGTATGCATCTGAATTAACAAATGAACTGCTTAAAAAAGACGGTAAGGTTCAAGCCACAAATTCATTTAGCGGAGTTAACTATTGGCTAGTTAAAAATAAAATTGAAGTTTTTTATCCAGGCCCGGGACACACTCCAGATAACGTAGTGGTTTGGTTGCCTGAAAGGAAAATATTATTCGGTGGTTGTTTTATTAAACCGTACGGTTTAGGCAATTTGGGTGACGCAAATATAGAAGCTTGGCCAAAGTCCGCCAAATTATTAAAGTCCAAATATGGTAAGGCAAAACTGGTTGTTCCAAGTCACAGTGAAGTTGGAGACGCATCACTCTTGAAACTTACATTAGAGCAGGCGGTTAAAGGGTTAAACGAAAGTAAAAAACCATCAAAACCAAGCAACTAAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3002201","ARO_id":"38601","ARO_name":"IMP-10","ARO_description":"IMP-10 is a beta-lactamase found in Pseudomonas aeruginosa","ARO_category":{"36029":{"category_aro_accession":"3000020","category_aro_cvterm_id":"36029","category_aro_name":"IMP beta-lactamase","category_aro_description":"Plasmid mediated IMP-type carbapenemases, of which at least 26 varieties are currently known, became established in Japan in the 1990s in enteric gram-negative organisms, Pseudomonas and Acinetobacter species. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1312":{"model_id":"1312","model_name":"OXA-111","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36526":{"category_aro_accession":"3000387","category_aro_cvterm_id":"36526","category_aro_name":"phenicol antibiotic","category_aro_description":"Phenicols are broad spectrum bacteriostatic antibiotics acting on bacterial protein synthesis. More specifically, the phenicols block peptide elongation by binding to the peptidyltansferase centre of the 70S ribosome.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1425":{"model_id":"1425","model_name":"RbpA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36189":{"category_aro_accession":"3000050","category_aro_cvterm_id":"36189","category_aro_name":"tetracycline antibiotic","category_aro_description":"These antibiotics are derived from tetracycline, a polyketide antibiotic that inhibits the 30S subunit of bacterial ribosomes.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36296":{"category_aro_accession":"3000157","category_aro_cvterm_id":"36296","category_aro_name":"rifamycin antibiotic","category_aro_description":"Rifamycin antibiotics are a group of broad-spectrum ansamycin antibiotics that inhibit bacterial RNA polymerase by binding to a highly conserved region, blocking the oligonucleotide exit tunnel, and preventing the extension of nascent mRNAs.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36310":{"category_aro_accession":"3000171","category_aro_cvterm_id":"36310","category_aro_name":"diaminopyrimidine antibiotic","category_aro_description":"Diaminopyrimidines are a class of organic compounds containing a pyrimidine ring substituted by two amine groups.  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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"600"}},"model_sequences":{"sequence":{"1487":{"protein_sequence":{"accession":"AAS92558.1","sequence":"MSNKVNFKTASFLFSVCLALSAFNAHANKSDAAAKQIKKLEEDFDGRIGVFAIDTGSGNTFGYRSDERFPLCSSFKGFLAAAVLERVQQKKLDINQKVKYESRDLEYYSPITTKYKGSGMTLGDMASAALQYSDNGATNIIMERFLGGPEGMTKFMRSIGDNEFRLDRWELELNTAIPGDKRDTSTPKAVANSLNKLALGNVLNAKVKAIYQNWLKGNTTGDARIRASVPADWVVGDKTGSCGAYGTANDYAVIWPKNRAPLIVSIYTTRKSKDDKHSDKTIAEASRIAIQAID"},"dna_sequence":{"accession":"AY584237","fmin":"123","fmax":"1008","strand":"+","sequence":"ATGTCAAACAAAGTAAATTTTAAAACGGCTTCATTTTTGTTTAGTGTTTGTTTAGCTTTGTCGGCATTTAATGCTCATGCTAACAAAAGTGATGCTGCGGCAAAACAAATAAAAAAATTAGAGGAAGACTTTGATGGGAGGATTGGCGTCTTTGCAATAGATACAGGATCGGGTAATACATTTGGGTATAGATCAGATGAGCGGTTCCCTTTATGCAGTTCATTTAAAGGTTTTTTGGCGGCTGCTGTTTTAGAGAGGGTGCAACAAAAAAAACTAGATATCAACCAAAAGGTTAAATATGAGAGTAGGGATCTAGAATATTATTCACCTATTACAACAAAATATAAAGGCTCAGGTATGACATTAGGTGATATGGCTTCTGCTGCATTGCAATATAGCGACAATGGGGCAACAAATATAATTATGGAACGATTTCTTGGCGGTCCTGAGGGGATGACTAAATTTATGCGTTCTATTGGAGATAATGAGTTTAGGTTAGATCGCTGGGAACTGGAACTTAACACTGCAATCCCAGGAGATAAACGTGACACTTCAACGCCAAAAGCTGTTGCAAATAGTTTGAATAAACTAGCTTTGGGGAATGTTCTCAATGCTAAAGTGAAAGCGATTTATCAAAATTGGTTAAAAGGTAATACAACTGGTGATGCTCGAATTCGTGCTAGTGTTCCTGCTGATTGGGTTGTAGGTGACAAAACTGGGAGCTGTGGGGCATATGGTACTGCGAATGATTATGCCGTCATTTGGCCTAAAAATAGAGCACCATTAATTGTCTCTATATATACAACACGAAAATCGAAAGATGATAAGCACAGTGATAAAACTATTGCGGAAGCATCACGTATTGCAATTCAGGCAATTGATTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36783","NCBI_taxonomy_name":"Serratia marcescens","NCBI_taxonomy_id":"615"}}}},"ARO_accession":"3002381","ARO_id":"38781","ARO_name":"SME-3","ARO_description":"SME-3 is a beta-lactamase found in Serratia marcescens","ARO_category":{"36194":{"category_aro_accession":"3000055","category_aro_cvterm_id":"36194","category_aro_name":"SME beta-lactamase","category_aro_description":"SME beta-lactamases are chromosome-mediated class A beta-lactamases that hydrolyze carbapenems in Serratia marcescens.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"4364":{"protein_sequence":{"accession":"AFQ32277.1","sequence":"MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDLWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"JQ341060","fmin":"881","fmax":"1742","strand":"-","sequence":"TTAGCGTTGCCAGTGCTCGATCAGCGCCGCGCCGATCCCGGCGATTTGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGGGTATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCGACAATCCCGCGCGCACCCCGTTCGCCAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCCGGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGCTGCCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCCATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTTTCCCAGAGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCTGCGGGGCCGCCGACGGTGGCCAGTAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATGGCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGCCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGCGAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCGGCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGAAAGCGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATCATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTAGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGGCTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGATAATACACAGGCGAATATAACGCAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001344","ARO_id":"37744","ARO_name":"SHV-143","ARO_description":"From the Lahey list of beta-lactamases.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"917":{"protein_sequence":{"accession":"CEA29750.1","sequence":"MVKRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"LN515533","fmin":"0","fmax":"867","strand":"+","sequence":"GTGGTTAAGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACTAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGTGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAACGGGGTGCGCGCGGGATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGGATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGAGCACTGGCAACGCTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3003154","ARO_id":"39731","ARO_name":"SHV-187","ARO_description":"From the Lahey list of beta-lactamases.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1559":{"model_id":"1559","model_name":"mtrA","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"400"}},"model_sequences":{"sequence":{"3590":{"protein_sequence":{"accession":"AAF66228.1","sequence":"MVFEKIDKNSWNRKEYFDHYFASVPCTYSMTVKVDITQIKEKGMKLYPAMLYYIAMIVNRHSEFRTAINQDGELGIYDEMIPSYTIFHNDTETFSSLWTECKSDFKSFLADYESDTQRYGNNHRMEGKPNAPENIFNVSMIPWSTFDGFNLNLQKGYDYLIPIFTMGKYYKEDNKIILPLAIQVHHAVCDGFHICRFVNELQELINS"},"dna_sequence":{"accession":"AF226276.1","fmin":"3583","fmax":"4207","strand":"+","sequence":"ATGGTATTTGAAAAAATTGATAAAAATAGTTGGAACAGAAAAGAGTATTTTGACCACTACTTTGCAAGTGTACCTTGTACATACAGCATGACCGTTAAAGTGGATATCACACAAATAAAGGAAAAGGGAATGAAACTATATCCTGCAATGCTTTATTATATTGCAATGATTGTAAACCGCCATTCAGAGTTTAGGACGGCAATCAATCAAGATGGTGAATTGGGGATATATGATGAGATGATACCAAGCTATACAATATTTCACAATGATACTGAAACATTTTCCAGCCTTTGGACTGAGTGTAAGTCTGACTTTAAATCATTTTTAGCAGATTATGAAAGTGATACGCAACGGTATGGAAACAATCATAGAATGGAAGGAAAGCCAAATGCTCCGGAAAACATTTTTAATGTATCTATGATACCGTGGTCAACCTTCGATGGCTTTAATCTGAATTTGCAGAAAGGATATGATTATTTGATTCCTATTTTTACTATGGGGAAATATTATAAAGAAGATAACAAAATTATACTTCCTTTGGCAATTCAAGTTCATCACGCAGTATGTGACGGATTTCACATTTGCCGTTTTGTAAACGAATTGCAGGAATTGATAAATAGTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36807","NCBI_taxonomy_name":"Clostridium difficile","NCBI_taxonomy_id":"1496"}}}},"ARO_accession":"3002682","ARO_id":"39116","ARO_name":"catD","ARO_description":"catD is a chromosome and transposon-encoded variant of the cat gene found in Clostridium difficile","ARO_category":{"36261":{"category_aro_accession":"3000122","category_aro_cvterm_id":"36261","category_aro_name":"chloramphenicol acetyltransferase (CAT)","category_aro_description":"Inactivates chloramphenicol by addition of an acyl group. cat is used to describe many variants of the chloramphenicol acetyltransferase gene in a range of organisms including Acinetobacter calcoaceticus, Agrobacterium tumefaciens, Bacillus clausii, Bacillus subtilis, Campylobacter coli, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Lactococcus lactis, Listeria monocytogenes, Listonella anguillarum Morganella morganii, Photobacterium damselae subsp. piscicida, Proteus mirabilis, Salmonella typhi, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus intermedius, Streptococcus agalactiae, Streptococcus suis and Streptomyces acrimycini","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36521":{"category_aro_accession":"3000382","category_aro_cvterm_id":"36521","category_aro_name":"azidamfenicol","category_aro_description":"Azidamfenicol is a water soluble derivative of chloramphenicol, sharing the same mode of action of inhibiting peptide synthesis by interacting with the 23S RNA of the 50S ribosomal subunit.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"36524":{"category_aro_accession":"3000385","category_aro_cvterm_id":"36524","category_aro_name":"chloramphenicol","category_aro_description":"Chloramphenicol is a bacteriostatic antimicrobial originally derived from the bacterium Streptomyces venezuelae. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1607":{"protein_sequence":{"accession":"AAM34291.1","sequence":"MKKFILPIFSISILVSLSACSSIKTKSEDNFHISSQQHEKAIKSYFDEAQTQGVIIIKEGKNLSTYGNALARANKEYVPASTFKMLNALIGLENHKATTNEIFKWDGKKRTYPMWEKDMTLGEAMALSAVPVYQELARRTGLELMQKEVKRVNFGNTNIGTQVDNFWLVGPLKITPVQEVNFADDLAHNRLPFKLETQEEVKKMLLIKEVNGSKIYAKSGWGMGVTPQVGWLTGWVEQANGKKIPFSLNLEMKEGMSGSIRNEITYKSLENLGII"},"dna_sequence":{"accession":"AF509241","fmin":"0","fmax":"828","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAATTTATACTTCCTATATTCAGCATTTCTATTCTAGTTTCTCTCAGTGCATGTTCATCTATTAAAACTAAATCTGAAGATAATTTTCATATTTCTTCTCAGCAACATGAAAAAGCTATTAAAAGCTATTTTGATGAAGCTCAAACACAGGGTGTAATTATTATTAAAGAGGGTAAAAATCTTAGCACCTATGGTAATGCTCTTGCACGAGCAAATAAAGAATATGTCCCTGCATCAACATTTAAGATGCTAAATGCTTTAATCGGGCTAGAAAATCATAAAGCAACAACAAATGAGATTTTCAAATGGGATGGTAAAAAAAGAACTTATCCTATGTGGGAGAAAGATATGACTTTAGGTGAGGCAATGGCATTGTCAGCAGTTCCAGTATATCAAGAGCTTGCAAGACGGACTGGCCTAGAGCTAATGCAGAAAGAAGTAAAGCGGGTTAATTTTGGAAATACAAATATTGGAACACAGGTCGATAATTTTTGGTTAGTTGGCCCCCTTAAAATTACACCAGTACAAGAAGTTAATTTTGCCGATGACCTTGCACATAACCGATTACCTTTTAAATTAGAAACTCAAGAAGAAGTTAAAAAAATGCTTCTAATTAAAGAAGTAAATGGTAGTAAGATTTATGCAAAAAGTGGATGGGGAATGGGTGTTACTCCACAGGTAGGTTGGTTGACTGGTTGGGTGGAGCAAGCTAATGGAAAAAAAATCCCCTTTTCGCTCAACTTAGAAATGAAAGAAGGAATGTCTGGTTCTATTCGTAATGAAATTACTTATAAGTCGCTAGAAAATCTTGGAATCATTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35507","NCBI_taxonomy_name":"Acinetobacter baumannii","NCBI_taxonomy_id":"470"}}}},"ARO_accession":"3001419","ARO_id":"37819","ARO_name":"OXA-24","ARO_description":"OXA-24 is a beta-lactamase found in A. baumannii and P. aeruginosa.","ARO_category":{"36026":{"category_aro_accession":"3000017","category_aro_cvterm_id":"36026","category_aro_name":"OXA beta-lactamase","category_aro_description":"OXA beta-lactamases were long recognized as a less common but also plasmid-mediated beta-lactamase variety that could hydrolyze oxacillin and related anti-staphylococcal penicillins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1320"}},"model_sequences":{"sequence":{"718":{"protein_sequence":{"accession":"ABF66027.1","sequence":"ENTKSTRKMSDTTRAIRFFYLYLKRYKLQFAVIMIFIILATWLQVVSPSLLGDAITNLTKYVTDFFTHQHAGQSQDALQQIAQQLSQQMHQTVDWHNVPEVVKSLPQAAQDQITANLPKGTTLETLKTVATSHAASTSTFMKGMWQLLAVYVATGVSMLIYTLLFSRIVAHSTNRMRKGLFGKLERLTISYFDRHQDGDILARFTSDLDNIQNTLNQALVSVISNAAVFVGVIIQIFNKDVTFAWLTVAASPVAILSAVIIIRQSKKATDKQQEEVSQLNAYMDEKISGQKAIIVEGLQEDSINGFLEHNENVKKRTFAAQAWSGMIFPLMNGFQLLSIAIVIFGGTAYVLNDDSMSIATGLGLLVAFVQYVQSYYNPIMQISSNFGQLQLAITGATRLNVMFDEPEEVRPENGKKFDTIKDGIQIENLDFEYLPGKPVLKKVNIDVKKGQMVALVGPTGSGKTTVMNLMNRFYDVNGGAIKFDGTDIREFDLDSLRSNVGIVLQESVLFDGTIADNIKFGKPNATQEEIETVAKTTHIHDFIDSLPDKYETHVSDDESVFSVGQKQQISIARTILTNPELLILDEATSNVDTVTEQQIQWAMEAAIAGRTSFVIAHRLKTILNADKIVVLKDGEVIEEGNHHELVAQGGFYSELYHNQFVF"},"dna_sequence":{"accession":"DQ516970","fmin":"0","fmax":"1987","strand":"+","sequence":"GAAAATACCAAATCAACAAGAAAAATGTCTGACACCACACGTGCCATCCGATTTTTTTACCTCTATCTGAAAAGATATAAACTCCAATTTGCTGTAATTATGATTTTCATCATTTTAGCAACTTGGTTACAGGTTGTTTCTCCATCACTTTTGGGGGACGCCATCACTAATTTGACTAAATATGTGACTGACTTCTTTACACATCAACATGCTGGTCAATCCCAAGATGCACTACAACAAATTGCTCAACAATTAAGCCAACAAATGCACCAAACAGTAGATTGGCACAATGTTCCTGAAGTTGTGAAATCTTTGCCACAAGCAGCACAAGACCAAATCACTGCTAATCTTCCTAAAGGAACAACTTTAGAAACACTTAAAACAGTGGCAACTTCACATGCAGCCAGCACTTCTACATTCATGAAAGGAATGTGGCAATTGCTTGCAGTCTATGTAGCAACAGGTGTATCAATGTTGATTTATACCTTGCTCTTTAGTCGTATCGTTGCTCATTCAACAAATCGCATGCGTAAAGGTTTGTTTGGTAAACTTGAACGTTTGACAATTTCATATTTTGACCGTCATCAAGATGGTGATATCCTTGCTCGTTTCACATCTGACTTGGATAACATTCAAAATACTTTAAACCAAGCACTCGTTTCGGTTATTTCAAATGCTGCGGTCTTTGTGGGTGTCATTATCCAGATTTTCAATAAAGATGTGACATTTGCTTGGTTGACAGTTGCTGCTTCTCCAGTTGCCATTTTATCTGCTGTGATTATCATTCGTCAATCGAAAAAAGCAACAGACAAACAACAAGAAGAAGTTTCACAACTTAATGCCTATATGGATGAAAAAATCTCTGGGCAAAAAGCAATTATCGTTGAAGGTTTACAAGAAGATTCTATTAATGGATTCTTGGAACACAATGAAAATGTTAAAAAACGTACCTTTGCTGCTCAAGCATGGTCTGGTATGATTTTCCCATTGATGAATGGTTTCCAACTTTTATCAATTGCCATTGTTATCTTTGGTGGAACGGCCTATGTTCTTAACGATGATAGCATGTCAATTGCCACAGGTTTAGGGCTTTTGGTTGCCTTTGTTCAATACGTTCAAAGTTACTACAACCCAATCATGCAAATTTCATCAAACTTTGGTCAACTTCAACTTGCCATCACAGGGGCAACTCGTCTGAATGTCATGTTTGATGAACCAGAAGAAGTTCGTCCTGAAAATGGTAAGAAATTTGATACGATTAAAGACGGAATTCAAATCGAAAATCTTGATTTTGAATATCTTCCAGGAAAACCAGTCCTCAAAAAAGTTAATATTGATGTTAAAAAAGGACAAATGGTTGCCCTCGTTGGTCCAACTGGTTCAGGTAAAACAACAGTTATGAACTTGATGAACCGTTTCTACGATGTTAATGGTGGAGCAATTAAATTTGATGGAACTGATATTCGTGAATTTGATTTAGATAGCTTGCGTTCAAATGTCGGAATTGTTTTGCAAGAGTCTGTTCTCTTTGATGGAACGATTGCTGATAATATCAAGTTTGGTAAACCAAATGCTACTCAAGAAGAAATTGAAACAGTGGCTAAGACAACTCACATTCATGATTTCATTGATAGCTTACCTGACAAGTACGAAACACATGTTTCAGATGATGAATCAGTCTTCTCAGTTGGTCAAAAACAACAAATTTCTATCGCACGTACCATTTTGACAAATCCAGAACTTTTGATTTTGGATGAAGCAACTTCAAATGTGGATACAGTAACTGAACAACAAATTCAATGGGCGATGGAAGCTGCTATTGCTGGTCGTACTTCATTCGTTATTGCTCACCGTTTGAAAACAATTCTTAATGCAGATAAGATTGTTGTTCTTAAAGATGGTGAAGTTATCGAAGAAGGAAATCACCATGAACTTGTTGCTCAAGGTGGCTTCTACTCTGAACTTTATCACAATCAATTTGTTTTTG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39574","NCBI_taxonomy_name":"Lactococcus lactis subsp. lactis","NCBI_taxonomy_id":"1360"}}}},"ARO_accession":"3002882","ARO_id":"39316","ARO_name":"lmrD","ARO_description":"lmrD is a chromosomally-encoded efflux pump that confers resistance to lincosamides in Streptomyces lincolnensis and Lactococcus lactis. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"869":{"protein_sequence":{"accession":"CBL80615.1","sequence":"MMTQSIRRSMLTVMATLPLLFSSATLHAQTNSVQQQLEALEKSSGGRLGVALINTADNSQILYRADERFAMCSTSKVMAAAALLKQSESDKHLLNQRVEIKKSDLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELGAAALQYSDNTAMNKLIAHLGGPDKVTAFARSLGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPLAMAQTLKNLTLGKALAETQRAQLVTWLKGNTTGSASIQAGLPKSWVVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPENHAPLVLVTYFTQPEQKAESRRDVLAAAAKIVTHGF"},"dna_sequence":{"accession":"FN813245","fmin":"1911","fmax":"2787","strand":"+","sequence":"ATGATGACTCAGAGCATTCGCCGCTCAATGTTAACGGTGATGGCGACGCTACCCCTGCTATTTAGCAGCGCAACGCTGCATGCGCAAACGAACAGCGTGCAACAGCAGCTGGAAGCCCTGGAGAAAAGTTCGGGAGGTCGGCTTGGCGTTGCGCTGATTAACACCGCCGATAATTCGCAGATTCTCTACCGTGCCGATGAACGTTTTGCGATGTGCAGTACCAGTAAGGTGATGGCGGCCGCGGCGTTGCTTAAACAGAGCGAGAGCGATAAGCACCTGCTAAATCAGCGCGTTGAAATCAAGAAGAGCGACCTGGTTAACTACAATCCCATTGCGGAGAAACACGTTAACGGCACGATGACGCTGGCTGAGCTTGGCGCAGCGGCGCTGCAGTATAGCGACAATACTGCCATGAATAAGCTGATTGCCCATCTGGGTGGGCCCGATAAAGTGACGGCGTTTGCTCGCTCGTTGGGTGATGAGACCTTCCGTCTGGACAGAACCGAGCCCACGCTCAATACCGCCATTCCAGGCGACCCGCGTGATACTACCACGCCGCTCGCGATGGCGCAGACCCTGAAAAATCTGACGCTGGGTAAAGCGCTGGCGGAAACCCAGCGGGCACAGTTGGTGACGTGGCTTAAGGGCAATACTACCGGTAGCGCGAGCATTCAGGCGGGTCTGCCGAAATCATGGGTAGTGGGCGATAAAACCGGCAGCGGAGATTATGGCACCACCAACGATATCGCGGTTATCTGGCCGGAAAACCACGCACCGCTGGTTCTGGTGACCTACTTTACCCAACCGGAGCAGAAGGCGGAAAGCCGTCGGGATGTTCTGGCTGCGGCAGCGAAAATCGTAACCCACGGTTTCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36928","NCBI_taxonomy_name":"Kluyvera ascorbata","NCBI_taxonomy_id":"51288"}}}},"ARO_accession":"3001955","ARO_id":"38355","ARO_name":"CTX-M-95","ARO_description":"CTX-M-95 is a beta-lactamase found in Kluyvera spp.","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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Monobactam antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1322":{"protein_sequence":{"accession":"AAZ23494.1","sequence":"MSIQHFRVALIPFFAAFCLPVFAHPETLVKVKDAEDKLGARVGYIEMDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRVDAGQEQLGRRIHYSQNDLVKYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPAAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPAGWFIADKSGASERGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHW"},"dna_sequence":{"accession":"DQ072853","fmin":"0","fmax":"861","strand":"+","sequence":"ATGAGTATTCAACATTTTCGTGTCGCCCTTATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATAAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAGATGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGTGCGGTATTATCCCGTGTTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGGTCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTAAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACCCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGCAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTTCCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCAGTGAGCGTGGATCTCGCGGTATCATTGCAGCACTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAACGAAATAGACAGATCGCTGAGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001003","ARO_id":"37383","ARO_name":"TEM-139","ARO_description":"TEM-139 is an extended-spectrum beta-lactamase found in Klebsiella pneumoniae.","ARO_category":{"36023":{"category_aro_accession":"3000014","category_aro_cvterm_id":"36023","category_aro_name":"TEM beta-lactamase","category_aro_description":"TEM-1 is the most commonly-encountered beta-lactamase in gram-negative bacteria. 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These enzymes were at first given the designation IRT for inhibitor-resistant TEM beta-lactamase; however, all have subsequently been renamed with numerical TEM designations. There are at least 19 distinct inhibitor-resistant TEM beta-lactamases. Inhibitor-resistant TEM beta-lactamases have been found mainly in clinical isolates of E. coli, but also some strains of K. pneumoniae, Klebsiella oxytoca, P. mirabilis, and Citrobacter freundii. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1900"}},"model_sequences":{"sequence":{"163":{"protein_sequence":{"accession":"NP_252896.1","sequence":"MTFTDLFVRRPVLALVVSTLILLLGLFSLGKLPIRQYPLLESSTITVTTEYPGASADLMQGFVTQPIAQAVSSVEGIDYLSSTSVQGRSVVTIRMLLNRDSTQAMTETMAKVNSVRYKLPERAYDSVIERSSGETTAVAYVGFSSKTLPIPALTDYLSRVVEPMFSSIDGVAKVQTFGGQRLAMRLWLDADRLAGRGLTASDVAEAIRRNNYQAAPGMVKGQYVLSNVRVNTDLTNVDDFREMVIRNDGNGLVRLRDVGTVELGAAATETSALMDGDPAVHLGLFPTPTGNPLVIVDGIRKLLPEIQKTLPPDVRVDLAYETSRFIQASIDEVVRTLVEALLIVVLVIYLCLGSLRSVLIPVATIPLSMLGAAALMLAFGFSVNLLTLLAMVLAIGLVVDDAIVVVENVHRHIEEGKSPVAAALIGAREVAGPVIAMTITLAAVYTPIGLMGGLTGALFREFALTLAGAVIVSGVVALTLSPVMSSLLLQAHQNEGRMGRAAEWFFGGLTRRYGQVLEFSLGHRWLTGGLALLVCISLPLLYSMPKRELAPTEDQAAVLTAIKAPQHANLDYVELFARKLDQVYTSIPETVSTWIINGTDGPAASFGGINLAAWEKRERDASAIQSELQGKVGDVEGSSIFAFQLAALPGSTGGLPVQMVLRSPQDYPVLYRTMEEIKQKARQSGLFVVVDSDLDYNNPVVQVRIDRAKANSLGIRMQDIGESLAVLVGENYVNRFGMEGRSYDVIPQSLRDQRFTPQALARQFVRTQDGNLVPLSTVVRVALQVEPNKLIQFDQQNAATLQAIPAPGVSMGQAVAFLDDVARGLPAGFSHDWQSDSRQYTQEGNTLVFAFLAALVVIYLVLAAQYESLADPLIILITVPLSICGALLPLALGYATMNIYTQIGLVTLIGLISKHGILMVEFANELQLHERLDRRAAILRAAQIRLRPVLMTTAAMVFGLVPLLFASGAGAASRFGLGVVIVSGMLVGTLFTLFVLPTVYTLLARNHAEVDKSPRSRQLAEADLLVNKA"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002516","fmin":"4707534","fmax":"4710624","strand":"+","sequence":"ATGACCTTTACCGACCTGTTCGTCCGCCGGCCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCACGCTGATCCTGCTGCTCGGCCTGTTCTCCCTGGGCAAGCTGCCGATCCGCCAGTACCCGCTGCTGGAAAGCTCGACCATCACCGTCACCACCGAGTACCCCGGCGCCTCCGCCGATCTCATGCAAGGCTTCGTCACCCAGCCGATCGCCCAGGCGGTGTCGTCGGTGGAGGGCATCGACTACCTTTCCTCGACCTCGGTGCAGGGGCGTAGCGTGGTGACCATCCGCATGCTGCTCAACCGCGATTCGACCCAGGCGATGACCGAGACCATGGCCAAGGTCAACTCGGTGCGCTACAAGCTGCCCGAGCGTGCCTACGACTCGGTGATCGAACGCTCTTCCGGCGAGACCACCGCGGTAGCCTACGTCGGCTTTTCCAGCAAGACCCTGCCGATCCCGGCGTTGACCGACTACCTGTCGCGGGTGGTCGAGCCGATGTTCTCTTCCATCGACGGCGTGGCCAAGGTCCAGACCTTTGGCGGCCAGCGCCTGGCCATGCGCCTCTGGCTCGACGCCGACCGCCTCGCCGGGCGCGGCCTGACCGCCTCCGACGTGGCCGAGGCGATCCGCCGCAACAACTACCAGGCGGCGCCGGGGATGGTGAAGGGGCAGTACGTGCTGTCCAACGTGCGGGTCAACACCGACCTGACCAACGTCGACGACTTCCGCGAGATGGTCATCCGCAACGATGGCAACGGCCTGGTGCGCCTGCGCGACGTCGGTACCGTCGAACTGGGCGCCGCGGCCACCGAGACCAGCGCACTGATGGACGGCGACCCGGCGGTGCACCTGGGGTTGTTCCCGACGCCCACCGGCAACCCGCTGGTGATCGTCGACGGCATCCGCAAGCTGCTGCCGGAGATCCAGAAGACCCTGCCGCCGGATGTCCGCGTCGACCTCGCCTACGAGACTTCGCGCTTCATCCAGGCCTCCATCGACGAGGTGGTGCGGACCCTGGTGGAAGCGCTGCTGATCGTGGTGCTGGTGATCTACCTCTGCCTCGGCTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCCCGGTGGCGACCATTCCCCTGTCGATGCTCGGCGCCGCCGCGCTGATGCTGGCCTTCGGCTTCAGCGTCAACCTGCTGACCCTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGGCTGGTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCCACCGCCACATCGAGGAAGGCAAGTCGCCGGTGGCGGCGGCGCTGATCGGCGCCCGCGAAGTGGCCGGCCCGGTGATCGCCATGACCATCACCCTGGCCGCCGTGTACACCCCCATCGGCCTGATGGGCGGCCTCACCGGCGCGCTGTTCCGCGAGTTCGCCCTGACCCTGGCGGGCGCGGTGATCGTGTCCGGGGTGGTGGCGCTGACCCTGTCGCCGGTGATGAGTTCGCTGCTGCTCCAGGCGCACCAGAACGAGGGGCGCATGGGCCGCGCCGCCGAGTGGTTCTTCGGCGGCCTGACGCGGCGCTACGGGCAGGTCCTGGAGTTCTCCCTGGGCCACCGCTGGCTGACCGGCGGCCTGGCATTGCTGGTGTGCATCAGCCTGCCGCTGCTGTATTCGATGCCCAAGCGCGAACTGGCGCCGACCGAGGACCAGGCCGCGGTGCTCACCGCGATCAAGGCGCCGCAGCACGCCAACCTCGACTATGTCGAACTGTTCGCGCGCAAGCTCGACCAGGTCTACACCAGCATCCCGGAAACCGTGAGCACCTGGATCATCAACGGCACCGACGGACCGGCGGCGAGCTTCGGCGGGATCAACCTGGCGGCCTGGGAAAAACGCGAGCGCGACGCCTCGGCGATCCAGTCCGAGCTGCAAGGCAAGGTCGGCGATGTCGAGGGCAGCAGCATCTTCGCCTTCCAGTTGGCCGCCCTGCCCGGCTCCACCGGCGGCCTGCCGGTGCAGATGGTGCTGCGCAGCCCGCAGGACTATCCAGTGCTCTACCGGACCATGGAAGAGATCAAGCAGAAGGCCCGACAGAGCGGGCTGTTCGTGGTGGTCGACAGCGACCTCGACTACAACAACCCGGTGGTCCAGGTCCGCATCGACCGCGCCAAGGCCAACAGCCTGGGCATCCGCATGCAGGACATCGGCGAGTCGCTGGCGGTGCTGGTGGGCGAGAACTACGTCAACCGCTTCGGCATGGAGGGCCGCTCCTACGACGTGATCCCACAGAGCCTGCGCGACCAGCGTTTCACTCCGCAAGCGCTGGCACGACAGTTCGTGCGCACCCAGGACGGCAACCTGGTGCCGCTGTCGACGGTGGTCCGGGTGGCGCTTCAGGTCGAACCGAACAAGCTGATCCAGTTCGACCAGCAGAACGCCGCGACCCTCCAGGCGATCCCCGCGCCCGGCGTCTCCATGGGCCAGGCGGTGGCCTTCCTCGACGACGTGGCGCGCGGCCTGCCGGCCGGCTTCAGCCACGACTGGCAATCCGACTCGCGGCAATACACCCAGGAAGGCAACACCCTGGTGTTCGCCTTCCTCGCCGCCCTGGTGGTGATCTACCTGGTGCTCGCCGCGCAGTACGAGAGCCTGGCCGACCCGCTGATCATCCTGATCACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGCGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTACGCGACGATGAACATCTATACGCAGATCGGCCTGGTCACCCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGCATCCTCATGGTCGAGTTCGCCAACGAACTGCAACTCCACGAGCGCCTCGACCGCCGCGCGGCGATCCTGCGCGCCGCGCAGATCCGCCTGCGGCCGGTGCTGATGACCACCGCGGCAATGGTCTTCGGCCTGGTGCCGCTGCTCTTCGCCAGCGGCGCCGGCGCCGCCAGCCGCTTCGGCCTGGGCGTGGTGATCGTCTCCGGGATGCTGGTCGGCACCCTCTTCACCCTGTTCGTGCTGCCCACCGTCTATACCCTGCTGGCGCGCAACCACGCGGAAGTCGACAAGAGCCCGCGCAGCCGGCAACTGGCCGAGGCCGATCTGCTGGTGAACAAGGCATGAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas 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Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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Although the inhibitor-resistant TEM variants are resistant to inhibition by clavulanic acid and sulbactam, thereby showing clinical resistance to the beta-lactam-lactamase inhibitor combinations of amoxicillin-clavulanate (Co-amoxiclav), ticarcillin-clavulanate, and ampicillin\/sulbactam, they normally remain susceptible to inhibition by tazobactam and subsequently the combination of piperacillin\/tazobactam, although resistance has been described.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35923":{"category_aro_accession":"0000004","category_aro_cvterm_id":"35923","category_aro_name":"monobactam","category_aro_description":"Monobactams are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Unlike penams and cephems, monobactams do not have any ring fused to its four-member lactam structure. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"769":{"protein_sequence":{"accession":"ABO09821.1","sequence":"MVKKSLRQFTLMATATVTLLLGSVPLYAQTADVQQKLAELERQSGGRLGVALINTADNSQILYRADERFAMCSTSKVMAVAAVLKKSESEPNLLNQRVEIKKSDLVNYNPIAEKHVNGTMSLAELSAAALQYSDNVAMNKLIAHVGGPASVTAFARQLGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTSPRAMAQTLRNLTLGKALGDSQRAQLVTWMKGNTTGAASIQAGLPASWVVGDKTGSGGYGTTNDIAVIWPKDRAPLILVTYFTQPQPKAESRRDVLASAAKIVTNGL"},"dna_sequence":{"accession":"EF426798","fmin":"0","fmax":"876","strand":"+","sequence":"ATGGTTAAAAAATCACTGCGCCAGTTCACGCTGATGGCGACGGCAACCGTCACGCTGTTGTTAGGAAGTGTGCCGCTGTATGCGCAAACGGCGGACGTACAGCAAAAACTTGCCGAATTAGAGCGGCAGTCGGGAGGCAGACTGGGTGTGGCATTGATTAACACAGCAGATAATTCGCAAATACTTTATCGTGCTGATGAGCGCTTTGCGATGTGCAGCACCAGTAAAGTGATGGCCGTGGCCGCGGTGCTGAAGAAAAGTGAAAGCGAACCGAATCTGTTAAATCAGCGAGTTGAGATCAAAAAATCTGACCTTGTTAACTATAATCCGATTGCGGAAAAGCACGTCAATGGGACGATGTCACTGGCTGAGCTTAGCGCGGCCGCGCTACAGTACAGCGATAACGTGGCGATGAATAAGCTGATTGCTCACGTTGGCGGCCCGGCTAGCGTCACCGCGTTCGCCCGACAGCTGGGAGACGAAACGTTCCGTCTCGACCGTACCGAGCCGACGTTAAACACCGCCATTCCGGGCGATCCGCGTGATACCACTTCACCTCGGGCAATGGCGCAAACTCTGCGGAATCTGACGCTGGGTAAAGCATTGGGCGACAGCCAACGGGCGCAGCTGGTGACATGGATGAAAGGCAATACCACCGGTGCAGCGAGCATTCAGGCTGGACTGCCTGCTTCCTGGGTTGTGGGGGATAAAACCGGCAGCGGTGGCTATGGCACCACCAACGATATCGCGGTGATCTGGCCAAAAGATCGTGCGCCGCTGATTCTGGTCACTTACTTCACCCAGCCTCAACCTAAGGCAGAAAGCCGTCGCGATGTATTAGCGTCGGCGGCTAAAATCGTCACCAACGGTTTGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3001940","ARO_id":"38340","ARO_name":"CTX-M-79","ARO_description":"CTX-M-79 is a beta-lactamase found in Escherichia coli","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1689":{"model_id":"1689","model_name":"vanRO","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1200"}},"model_sequences":{"sequence":{"560":{"protein_sequence":{"accession":"CAJ67339.1","sequence":"MKIINIGVLAHVDAGKTTLTESLLYTSGAIAESGSVDTGTTRTDTTFLERQRGITIQTAVTSFQWKDIKVNIIDTPGHMDFLAEVYRSLSVLDGAILLISARDGVQAQTRILFHALNKMGIPTIFFINKIDQNGIDLSTVYQDIKEKLSMEIIIKQKVELHPNMCVMSCTEPEQWDVVIEGNDYLLEKYTLGKSLEILELEQEEIRRFQNCSLYPVYHGSAKSNIGIEQLIEVITNKFYSSTYRKKSELCGNVFKIEYSEERQRLAYVRLYGGILHLRDSVRISEKEKIKITEMYTSINGELCKIDKAYSGEIVILQNEFLKLNSVLGDTKLLPQRERIENPLPLLQTTVEPSKPQQREMLLDALLEISDSDPLLQYYVDSTTHEIILSFLGKVQMEVTCALLQEKYHVEVKIKKPTVIYMERPLKKAEYTIHIEVPPNPFWASIGLSVAPLPLGSGVQYESSVSLGYLNQSFQNAVMEGIRYGCEQGLYGWNVTDCKICFKYGLYYSPVSTPADFRMLAPIVLEQVLKKAGTELLEPYLSFKIYAPQEYLSRAYNDAPKYCANIVDTQLKNNEVILSGEIPARCIQEYRNDLTFFTNGRSVCLTELKGYYVTTGESVCQPRRPNSRIDKVRYMFNKIT"},"dna_sequence":{"accession":"AM180355","fmin":"600033","fmax":"601953","strand":"+","sequence":"ATGAAAATTATTAATATAGGTGTTTTAGCTCATGTTGACGCAGGAAAAACTACTTTGACAGAAAGCTTACTATATACTAGTGGAGCGATTGCGGAGTCAGGAAGCGTGGATACAGGCACAACAAGAACGGATACTACATTTTTAGAACGTCAGCGAGGAATTACAATTCAGACAGCAGTAACCTCTTTTCAGTGGAAAGATATTAAGGTAAATATCATAGATACTCCAGGACATATGGATTTTTTAGCAGAAGTATATCGCTCGTTATCAGTTTTAGATGGGGCAATCCTACTAATTTCTGCGAGAGATGGAGTACAAGCACAAACTCGGATATTATTTCATGCACTAAATAAAATGGGTATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGGATTGATTTATCAACGGTTTATCAAGATATTAAAGAGAAACTTTCTATGGAAATTATAATCAAACAGAAAGTAGAGCTGCACCCTAATATGTGTGTGATGAGCTGTACGGAACCTGAGCAATGGGATGTGGTAATAGAAGGAAATGATTATCTTTTGGAGAAATATACACTTGGGAAATCATTGGAGATATTAGAACTCGAACAAGAGGAAATCAGAAGATTTCAGAATTGCTCCTTGTACCCTGTTTATCATGGAAGCGCAAAAAGCAACATAGGGATTGAGCAGCTTATAGAAGTGATAACGAATAAATTTTATTCATCAACATACAGAAAGAAGTCTGAACTTTGCGGAAATGTCTTCAAAATTGAATATTCGGAAGAAAGACAACGTCTTGCATATGTACGCCTTTATGGCGGAATCCTGCATTTGCGGGATTCGGTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGTGAATTATGTAAAATTGATAAGGCTTATTCCGGGGAAATTGTTATTTTGCAAAATGAGTTTTTGAAGCTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAGCTATTGCCACAGAGAGAGAGAATTGAAAATCCGCTCCCTCTGCTGCAAACAACTGTTGAACCGAGCAAACCTCAACAAAGGGAAATGTTACTTGATGCACTTTTAGAAATCTCCGACAGTGACCCGCTTCTACAATATTATGTGGATTCTACGACACATGAAATCATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGACTTGTGCTCTATTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGGTAAAAATAAAAAAGCCTACAGTCATTTATATGGAAAGACCGTTAAAAAAAGCAGAGTATACCATTCACATCGAAGTGCCACCGAATCCCTTCTGGGCTTCCATTGGTCTTTCTGTAGCACCGCTTCCATTAGGGAGCGGAGTACAGTATGAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCGTTTCAAAATGCAGTTATGGAAGGGATACGATATGGCTGTGAACAAGGATTGTATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTTTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTTAGTTTTAAAATTTATGCACCACAAGAATATCTTTCACGAGCATATAACGATGCTCCTAAATATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAACTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAAATTCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAATGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGTAGCGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACTATGTTACTACTGGTGAATCTGTTTGTCAGCCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACTTAGC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"37603","NCBI_taxonomy_name":"Clostridium difficile 630","NCBI_taxonomy_id":"272563"}}}},"ARO_accession":"3000186","ARO_id":"36325","ARO_name":"tetM","ARO_description":"TetM is a ribosomal protection protein that confers tetracycline resistance. 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Up to 90% of ampicillin resistance in E. coli is due to the production of TEM-1. Also responsible for the ampicillin and penicillin resistance that is seen in H. influenzae and N. gonorrhoeae in increasing numbers. Although TEM-type beta-lactamases are most often found in E. coli and K. pneumoniae, they are also found in other species of gram-negative bacteria with increasing frequency. The amino acid substitutions responsible for the ESBL phenotype cluster around the active site of the enzyme and change its configuration, allowing access to oxyimino-beta-lactam substrates. Opening the active site to beta-lactam substrates also typically enhances the susceptibility of the enzyme to b-lactamase inhibitors, such as clavulanic acid.  Although the inhibitor-resistant beta-lactamases are not ESBLs, they are often discussed with ESBLs because they are also derivatives of the classical TEM- or SHV-type enzymes. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"450"}},"model_sequences":{"sequence":{"13":{"protein_sequence":{"accession":"AAV32840.1","sequence":"MSNAVPAEISVQLSLALNAIERHLESTLLAVHLYGSALDGGLKPYSDIDLLVTVAAQLDETVRQALVVDLLEISASPGQSEALRALEVTIVVHGDVVPWRYPARRELQFGEWQRKDILAGIFEPATTDVDLAILLTKVRQHSLALAGSAAEDFFNPVPEGDLFKALSDTLKLWNSQPDWEGDERNVVLTLSRIWYSAATGKIAPKDIVANWAIERLPDQHKPVLLEARQAYLGQGEDCLASRADQLAAFVHFVKHEATKLLGAMPVMSNNSFKPNPLRGSA"},"dna_sequence":{"accession":"AY758206","fmin":"2743","fmax":"3589","strand":"+","sequence":"ATGAGTAACGCAGTACCCGCCGAGATTTCGGTACAGCTATCACTGGCTCTCAACGCCATCGAGCGTCATCTGGAATCAACGTTGCTGGCCGTGCATTTGTACGGCTCTGCACTGGACGGTGGCCTGAAGCCATACAGTGATATTGATTTGCTGGTTACTGTGGCTGCACAGCTCGATGAGACTGTCCGACAAGCCCTGGTCGTAGATCTCTTGGAAATTTCTGCCTCCCCTGGCCAAAGTGAGGCTCTCCGCGCCTTGGAAGTTACCATCGTCGTGCATGGTGATGTTGTCCCTTGGCGTTATCCGGCCAGACGGGAACTGCAATTCGGGGAGTGGCAGCGTAAGGACATTCTTGCGGGCATCTTCGAGCCCGCCACAACCGATGTTGATCTGGCTATTCTGCTAACTAAAGTAAGGCAGCATAGCCTTGCATTGGCAGGTTCGGCCGCAGAGGATTTCTTTAACCCAGTTCCGGAAGGCGATCTATTCAAGGCATTGAGCGACACTCTGAAACTATGGAATTCGCAGCCGGATTGGGAAGGCGATGAGCGGAATGTAGTGCTTACCTTGTCTCGCATTTGGTACAGCGCAGCAACCGGCAAGATCGCACCGAAGGATATCGTTGCCAACTGGGCAATTGAGCGTCTGCCAGATCAACATAAGCCCGTACTGCTTGAAGCCCGGCAGGCTTATCTTGGACAAGGAGAAGATTGCTTGGCCTCACGCGCGGATCAGTTGGCGGCGTTCGTTCACTTCGTGAAACATGAAGCCACTAAATTGCTTGGTGCCATGCCAGTGATGTCTAACAATTCATTCAAGCCGAACCCGCTTCGCGGGTCGGCTTAAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3002611","ARO_id":"39011","ARO_name":"aadA11","ARO_description":"aadA11 is an integron-encoded aminoglycoside nucleotidyltransferase gene in E. coli and P. aeruginosa","ARO_category":{"41439":{"category_aro_accession":"3004275","category_aro_cvterm_id":"41439","category_aro_name":"ANT(3'')","category_aro_description":"Nucleotidylylation of streptomycin at the hydroxyl group at position 3''","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35957":{"category_aro_accession":"0000039","category_aro_cvterm_id":"35957","category_aro_name":"spectinomycin","category_aro_description":"Spectinomycin is an aminoglycoside antibiotic used to treat different types of bacterial infections. 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Cefoxitin is bactericidal and acts by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. Cefoxitin's 7-alpha-methoxy group and 3' leaving group make it a poor substrate for most beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35930":{"category_aro_accession":"0000011","category_aro_cvterm_id":"35930","category_aro_name":"cloxacillin","category_aro_description":"Cloxacillin is a semisynthetic, isoxazolyl penicillin derivative in the beta-lactam class of antibiotics. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1781":{"protein_sequence":{"accession":"ABD73290.1","sequence":"MMTQSIRRSMLTVMATLPLLFSSATLHAQANSVQQQLEALEKSSGGRLGVALINTADNSQILYRADERFAMCSTSKVMAAAAVLKQSESDKLLLNQRVEIKKSDLVNYNPIAEKHVNGTMTLAELGAAALQYSDNTAMNKLIAHLGGPDKVTAFARSLGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPLAMAQTLKNLTLGKALAETQRAQLVTWLKGNTTGSASIRAGLPKSWVVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPENHAPLVLVTYFTQPEQKAESRRDILAAAAKIVTHGF"},"dna_sequence":{"accession":"DQ408762","fmin":"0","fmax":"876","strand":"+","sequence":"ATGATGACTCAGAGCATTCGCCGCTCAATGTTAACGGTGATGGCGACGCTACCCCTGCTATTTAGCAGCGCAACGCTGCATGCGCAGGCGAACAGCGTGCAACAGCAGCTGGAAGCCCTGGAGAAAAGTTCGGGAGGTCGGCTTGGCGTTGCGCTGATTAACACCGCCGATAATTCGCAGATTCTCTACCGTGCCGATGAACGTTTTGCGATGTGCAGTACCAGTAAGGTGATGGCGGCCGCGGCGGTGCTTAAACAGAGCGAGAGCGATAAGCTCCTGCTAAATCAGCGCGTTGAAATCAAGAAGAGCGACCTGGTTAACTACAATCCCATTGCGGAGAAACACGTTAACGGCACGATGACGCTGGCTGAGCTTGGCGCAGCGGCGCTGCAGTATAGCGACAATACTGCCATGAATAAGCTGATTGCCCATCTGGGTGGTCCCGATAAAGTGACGGCGTTTGCTCGCTCGTTGGGTGATGAGACCTTCCGTCTGGACAGAACCGAGCCCACGCTCAATACCGCCATTCCAGGCGACCCGCGTGATACCACCACGCCGCTCGCGATGGCGCAGACCCTGAAAAATCTGACGCTGGGTAAAGCGCTGGCGGAAACTCAGCGGGCACAGTTGGTGACGTGGCTTAAGGGCAATACTACCGGTAGCGCGAGCATTCGGGCGGGTCTGCCGAAATCATGGGTAGTGGGCGATAAAACCGGCAGCGGAGATTATGGCACCACCAACGATATCGCGGTTATCTGGCCGGAAAACCACGCACCGCTGGTTCTGGTGACCTACTTTACCCAACCGGAGCAGAAGGCGGAAAGCCGTCGGGATATTCTGGCTGCGGCGGCGAAAATCGTAACCCACGGTTTCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001920","ARO_id":"38320","ARO_name":"CTX-M-59","ARO_description":"CTX-M-59 is a beta-lactamase found in Klebsiella pneumoniae","ARO_category":{"36025":{"category_aro_accession":"3000016","category_aro_cvterm_id":"36025","category_aro_name":"CTX-M beta-lactamase","category_aro_description":"These enzymes were named for their greater activity against cefotaxime than other oxyimino-beta-lactam substrates (eg, ceftazidime, ceftriaxone, or cefepime). 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1839":{"model_id":"1839","model_name":"aadA14","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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They are structurally similar to carbapenems, however, where carbapenems have a carbon, penems have a sulfur.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1864":{"model_id":"1864","model_name":"CMY-67","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1876":{"model_id":"1876","model_name":"LEN-7","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"700"}},"model_sequences":{"sequence":{"1993":{"protein_sequence":{"accession":"ABN51006.1","sequence":"MMKKSLCCALLLTASFSTFAAAKTEQQIADIVNRTITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGKPYYFTWGKADIANNHPVTQQTLFELGSVSKTFNGVLGGDAIARGEIKLSDPVTKYWPELTGKQWQGISLLHLATYTAGGLPLQIPDDVTDKAALLHFYQNWQPQWTPGAKRLYANSSIGLFGALAVKPSGMSYEEAMTRRVLQPLKLAHTWITVPQNEQKDYAWGYREGKPVHVSPGQLDAEAYGVKSSVIDMARWVQANMDASHVQEKTLQQGIALAQSRYWRIGDMYQGLGWEMLNWPLKADSIINGSDSKVALAALPAVEVNPPAPAVKASWVHKTGSTGGFGSYVAFVPEKNLGIVMLANKSYPNPVRVEAAWRILEKLQ"},"dna_sequence":{"accession":"EF394370","fmin":"0","fmax":"1146","strand":"+","sequence":"ATGATGAAAAAATCGTTATGCTGCGCTCTGCTGCTGACAGCCTCTTTCTCCACATTTGCTGCCGCAAAAACAGAACAACAGATTGCCGATATCGTTAATCGCACCATCACCCCGTTGATGCAGGAGCAGGCTATTCCGGGTATGGCCGTTGCCGTTATCTACCAGGGAAAACCCTATTATTTCACCTGGGGTAAAGCCGATATCGCCAATAACCACCCAGTCACGCAGCAAACGCTGTTTGAGCTAGGATCGGTTAGTAAGACGTTTAACGGCGTGTTGGGCGGCGATGCTATCGCCCGCGGCGAAATTAAGCTCAGCGATCCGGTCACGAAATACTGGCCAGAACTGACAGGCAAACAGTGGCAGGGTATCAGCCTGCTGCACTTAGCCACCTATACGGCAGGCGGCCTACCGCTGCAGATCCCCGATGACGTTACGGATAAAGCCGCATTACTGCATTTTTATCAAAACTGGCAGCCGCAATGGACTCCGGGCGCTAAGCGACTTTACGCTAACTCCAGCATTGGTCTGTTTGGCGCGCTGGCGGTGAAACCCTCAGGAATGAGTTACGAAGAGGCAATGACCAGACGCGTCCTGCAACCATTAAAACTGGCGCATACCTGGATTACGGTTCCGCAGAACGAACAAAAAGATTATGCCTGGGGCTATCGCGAAGGGAAGCCCGTACACGTTTCTCCGGGACAACTTGACGCCGAAGCCTATGGCGTGAAATCCAGCGTTATTGATATGGCCCGCTGGGTTCAGGCCAACATGGATGCCAGCCACGTTCAGGAGAAAACGCTCCAGCAGGGCATTGCGCTTGCGCAGTCTCGCTACTGGCGTATTGGCGATATGTACCAGGGATTAGGCTGGGAGATGCTGAACTGGCCGCTGAAAGCTGATTCGATCATCAACGGCAGCGACAGCAAAGTAGCATTGGCAGCGCTTCCCGCCGTTGAGGTAAACCCGCCCGCCCCCGCAGTGAAAGCCTCATGGGTGCATAAAACGGGCTCCACTGGTGGATTTGGCAGCTACGTAGCCTTCGTTCCAGAAAAAAACCTTGGCATCGTGATGCTGGCAAACAAAAGCTATCCTAACCCTGTCCGTGTCGAGGCGGCCTGGCGCATTCTTGAAAAGCTGCAATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36915","NCBI_taxonomy_name":"Citrobacter freundii","NCBI_taxonomy_id":"546"}}}},"ARO_accession":"3002045","ARO_id":"38445","ARO_name":"CMY-34","ARO_description":"CMY-34 is a beta-lactamase found in Escherichia coli","ARO_category":{"36208":{"category_aro_accession":"3000069","category_aro_cvterm_id":"36208","category_aro_name":"CMY beta-lactamase","category_aro_description":"CMY beta-lactamases are plasmid-mediated class C beta-lactamases that encodes for resistance to cephamycins.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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The OXA beta-lactamase family was originally created as a phenotypic rather than a genotypic group for a few beta-lactamases that had a specific hydrolysis profile. Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Therefore, there is as little as 20% sequence homology among some of the members of this family. However, recent additions to this family show some degree of homology to one or more of the existing members of the OXA beta-lactamase family. Some confer resistance predominantly to ceftazidime, but OXA-17 confers greater resistance to cefotaxime and cefepime than it does resistance to ceftazidime.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"550"}},"model_sequences":{"sequence":{"1943":{"protein_sequence":{"accession":"AFN88952.1","sequence":"MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGERCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR"},"dna_sequence":{"accession":"JX013655","fmin":"0","fmax":"861","strand":"+","sequence":"ATGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACTAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACGCTGCGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGCATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGAGCACTGGCAACGCTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35915","NCBI_taxonomy_name":"Klebsiella pneumoniae","NCBI_taxonomy_id":"573"}}}},"ARO_accession":"3001185","ARO_id":"37565","ARO_name":"SHV-145","ARO_description":"SHV-145 is a beta-lactamase.","ARO_category":{"36024":{"category_aro_accession":"3000015","category_aro_cvterm_id":"36024","category_aro_name":"SHV beta-lactamase","category_aro_description":"SHV-1 shares 68 percent of its amino acids with TEM-1 and has a similar overall structure. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"1321":{"protein_sequence":{"accession":"AAQ93490.1","sequence":"MSIKHFRVALIPFFAAFCLPVFAHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRVDAGQEQLGRRIHYSQNDLVKYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPAAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPAGWFIADKSGASERGSRGIIALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDEANRQIAEIGASLIKHW"},"dna_sequence":{"accession":"AY327539","fmin":"0","fmax":"858","strand":"+","sequence":"ATGAGTATTAAACATTTCCGTGTCGCCCTTATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATCAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAGCTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGTGCGGTATTATCCCGTGTTGACGCCGGGCAAGAGCAACTCGGTCGCCGCATACACTATTCTCAGAATGACTTGGTTAAGTACTCACCAGTCACAGAAAAGCATCTTACGGATGGCATGACAGTAAGAGAATTATGCAGTGCTGCCATAACCATGAGTGATAACACTGCGGCCAACTTACTTCTGACAACGATCGGAGGACCGAAGGAGCTAACCGCTTTTTTGCACAACATGGGGGATCATGTAACTCGCCTTGATCGTTGGGAACCGGAGCTGAATGAAGCCATACCAAACGACGAGCGTGACACCACGATGCCTGCAGCAATGGCAACAACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCTTCCCGGCAACAATTAATAGACTGGATGGAGGCGGATAAAGTTGCAGGACCACTTCTGCGCTCGGCCCTTCCGGCTGGCTGGTTTATTGCTGATAAATCTGGAGCCAGTGAGCGTGGATCTCGCGGTATCATTGCACTGGGGCCAGATGGTAAGCCCTCCCGTATCGTAGTTATCTACACGACGGGGAGTCAGGCAACTATGGATGAAGCAAATAGACAGATCGCTGAGATAGGTGCCTCACTGATTAAGCATTGGTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36771","NCBI_taxonomy_name":"Proteus mirabilis","NCBI_taxonomy_id":"584"}}}},"ARO_accession":"3000985","ARO_id":"37365","ARO_name":"TEM-123","ARO_description":"TEM-123 is an extended-spectrum beta-lactamase found in Proteus mirabilis.","ARO_category":{"36023":{"category_aro_accession":"3000014","category_aro_cvterm_id":"36023","category_aro_name":"TEM beta-lactamase","category_aro_description":"TEM-1 is the most commonly-encountered beta-lactamase in gram-negative bacteria. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"40360":{"category_aro_accession":"3003706","category_aro_cvterm_id":"40360","category_aro_name":"penem","category_aro_description":"Penems are a class of unsaturated beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. All penems are all synthetically made and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"2238":"D328Y","2239":"D328G","2240":"F330V","2242":"G406A","2243":"L413P","2296":"S297A","2297":"D299E","2298":"M306L","2299":"M306V","2300":"M306I","2301":"M306T","2345":"D311H","2413":"L239P","2414":"D240H","2426":"Y334H","2430":"A356V","2431":"A357S","2440":"E368A","2446":"P375A","2450":"E378A","2453":"S380R","2460":"P397Q","2464":"N399H","2470":"G406S","2471":"G406C","2472":"G406D","2478":"P446H","2482":"R460C","2485":"I465D","2486":"R469P","2487":"R471P","2488":"Q497R","2489":"Q497K","2490":"G745D","2491":"D959A","2492":"M1000R","2493":"D1024N","3588":"E504Q","3589":"R507G","3590":"D331Y","3593":"Y319C","3594":"Y333C","3595":"Y319N","3596":"T630I"},"clinical":{"2238":"D328Y","2239":"D328G","2240":"F330V","2242":"G406A","2243":"L413P","2296":"S297A","2297":"D299E","2298":"M306L","2299":"M306V","2300":"M306I","2301":"M306T","2345":"D311H","2413":"L239P","2414":"D240H","2426":"Y334H","2430":"A356V","2431":"A357S","2440":"E368A","2446":"P375A","2450":"E378A","2453":"S380R","2460":"P397Q","2464":"N399H","2470":"G406S","2471":"G406C","2472":"G406D","2478":"P446H","2482":"R460C","2485":"I465D","2486":"R469P","2487":"R471P","2488":"Q497R","2489":"Q497K","2490":"G745D","2491":"D959A","2492":"M1000R","2493":"D1024N","3588":"E504Q","3589":"R507G","3590":"D331Y","3593":"Y319C","3594":"Y333C","3595":"Y319N","3596":"T630I"}},"40330":{"param_type":"multiple resistance variants","param_description":"A set of nucleotide or amino acid substitutions that are each required to confer resistance to an antibiotic drug or drug class by co-mutation. 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Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"2000"}},"model_sequences":{"sequence":{"2078":{"protein_sequence":{"accession":"CCP46624.1","sequence":"MTQCASRRKSTPNRAILGAFASARGTRWVATIAGLIGFVLSVATPLLPVVQTTAMLDWPQRGQLGSVTAPLISLTPVDFTATVPCDVVRAMPPAGGVVLGTAPKQGKDANLQALFVVVSAQRVDVTDRNVVILSVPREQVTSPQCQRIEVTSTHAGTFANFVGLKDPSGAPLRSGFPDPNLRPQIVGVFTDLTGPAPPGLAVSATIDTRFSTRPTTLKLLAIIGAIVATVVALIALWRLDQLDGRGSIAQLLLRPFRPASSPGGMRRLIPASWRTFTLTDAVVIFGFLLWHVIGANSSDDGYILGMARVADHAGYMSNYFRWFGSPEDPFGWYYNLLALMTHVSDASLWMRLPDLAAGLVCWLLLSREVLPRLGPAVEASKPAYWAAAMVLLTAWMPFNNGLRPEGIIALGSLVTYVLIERSMRYSRLTPAALAVVTAAFTLGVQPTGLIAVAALVAGGRPMLRILVRRHRLVGTLPLVSPMLAAGTVILTVVFADQTLSTVLEATRVRAKIGPSQAWYTENLRYYYLILPTVDGSLSRRFGFLITALCLFTAVFIMLRRKRIPSVARGPAWRLMGVIFGTMFFLMFTPTKWVHHFGLFAAVGAAMAALTTVLVSPSVLRWSRNRMAFLAALFFLLALCWATTNGWWYVSSYGVPFNSAMPKIDGITVSTIFFALFAIAAGYAAWLHFAPRGAGEGRLIRALTTAPVPIVAGFMAAVFVASMVAGIVRQYPTYSNGWSNVRAFVGGCGLADDVLVEPDTNAGFMKPLDGDSGSWGPLGPLGGVNPVGFTPNGVPEHTVAEAIVMKPNQPGTDYDWDAPTKLTSPGINGSTVPLPYGLDPARVPLAGTYTTGAQQQSTLVSAWYLLPKPDDGHPLVVVTAAGKIAGNSVLHGYTPGQTVVLEYAMPGPGALVPAGRMVPDDLYGEQPKAWRNLRFARAKMPADAVAVRVVAEDLSLTPEDWIAVTPPRVPDLRSLQEYVGSTQPVLLDWAVGLAFPCQQPMLHANGIAEIPKFRITPDYSAKKLDTDTWEDGTNGGLLGITDLLLRAHVMATYLSRDWARDWGSLRKFDTLVDAPPAQLELGTATRSGLWSPGKIRIGP"},"dna_sequence":{"accession":"AL123456","fmin":"4246513","fmax":"4249810","strand":"+","sequence":"ATGACACAGTGCGCGAGCAGACGCAAAAGCACCCCAAATCGGGCGATTTTGGGGGCTTTTGCGTCTGCTCGCGGGACGCGCTGGGTGGCCACCATCGCCGGGCTGATTGGCTTTGTGTTGTCGGTGGCGACGCCGCTGCTGCCCGTCGTGCAGACCACCGCGATGCTCGACTGGCCACAGCGGGGGCAACTGGGCAGCGTGACCGCCCCGCTGATCTCGCTGACGCCGGTCGACTTTACCGCCACCGTGCCGTGCGACGTGGTGCGCGCCATGCCACCCGCGGGCGGGGTGGTGCTGGGCACCGCACCCAAGCAAGGCAAGGACGCCAATTTGCAGGCGTTGTTCGTCGTCGTCAGCGCCCAGCGCGTGGACGTCACCGACCGCAACGTGGTGATCTTGTCCGTGCCGCGCGAGCAGGTGACGTCCCCGCAGTGTCAACGCATCGAGGTCACCTCTACCCACGCCGGCACCTTCGCCAACTTCGTCGGGCTCAAGGACCCGTCGGGCGCGCCGCTGCGCAGCGGCTTCCCCGACCCCAACCTGCGCCCGCAGATTGTCGGGGTGTTCACCGACCTGACCGGGCCCGCGCCGCCCGGGCTGGCGGTCTCGGCGACCATCGACACCCGGTTCTCCACCCGGCCGACCACGCTGAAACTGCTGGCGATCATCGGGGCGATCGTGGCCACCGTCGTCGCACTGATCGCGTTGTGGCGCCTGGACCAGTTGGACGGGCGGGGCTCAATTGCCCAGCTCCTCCTCAGGCCGTTCCGGCCTGCATCGTCGCCGGGCGGCATGCGCCGGCTGATTCCGGCAAGCTGGCGCACCTTCACCCTGACCGACGCCGTGGTGATATTCGGCTTCCTGCTCTGGCATGTCATCGGCGCGAATTCGTCGGACGACGGCTACATCCTGGGCATGGCCCGAGTCGCCGACCACGCCGGCTACATGTCCAACTATTTCCGCTGGTTCGGCAGCCCGGAGGATCCCTTCGGCTGGTATTACAACCTGCTGGCGCTGATGACCCATGTCAGCGACGCCAGTCTGTGGATGCGCCTGCCAGACCTGGCCGCCGGGCTAGTGTGCTGGCTGCTGCTGTCGCGTGAGGTGCTGCCCCGCCTCGGGCCGGCGGTGGAGGCCAGCAAACCCGCCTACTGGGCGGCGGCCATGGTCTTGCTGACCGCGTGGATGCCGTTCAACAACGGCCTGCGGCCGGAGGGCATCATCGCGCTCGGCTCGCTGGTCACCTATGTGCTGATCGAGCGGTCCATGCGGTACAGCCGGCTCACACCGGCGGCGCTGGCCGTCGTTACCGCCGCATTCACACTGGGTGTGCAGCCCACCGGCCTGATCGCGGTGGCCGCGCTGGTGGCCGGCGGCCGCCCGATGCTGCGGATCTTGGTGCGCCGTCATCGCCTGGTCGGCACGTTGCCGTTGGTGTCGCCGATGCTGGCCGCCGGCACCGTCATCCTGACCGTGGTGTTCGCCGACCAGACCCTGTCAACGGTGTTGGAAGCCACCAGGGTTCGCGCCAAAATCGGGCCGAGCCAGGCGTGGTATACCGAGAACCTGCGTTACTACTACCTCATCCTGCCCACCGTCGACGGTTCGCTGTCGCGGCGCTTCGGCTTTTTGATCACCGCGCTATGCCTGTTCACCGCGGTGTTCATCATGTTGCGGCGCAAGCGAATTCCCAGCGTGGCCCGCGGACCGGCGTGGCGGCTGATGGGCGTCATCTTCGGCACCATGTTCTTCCTGATGTTCACGCCCACCAAGTGGGTGCACCACTTCGGGCTGTTCGCCGCCGTAGGGGCGGCGATGGCCGCGCTGACGACGGTGTTGGTATCCCCATCGGTGCTGCGCTGGTCGCGCAACCGGATGGCGTTCCTGGCGGCGTTATTCTTCCTGCTGGCGTTGTGTTGGGCCACCACCAACGGCTGGTGGTATGTCTCCAGCTACGGTGTGCCGTTCAACAGCGCGATGCCGAAGATCGACGGGATCACAGTCAGCACAATCTTTTTCGCCCTGTTTGCGATCGCCGCCGGCTATGCGGCCTGGCTGCACTTCGCGCCCCGCGGCGCCGGCGAAGGGCGGCTGATCCGCGCGCTGACGACAGCCCCGGTACCGATCGTGGCCGGTTTCATGGCGGCGGTGTTCGTCGCGTCCATGGTGGCCGGGATCGTGCGACAGTACCCGACCTACTCCAACGGCTGGTCCAACGTGCGGGCGTTTGTCGGCGGCTGCGGACTGGCCGACGACGTACTCGTCGAGCCTGATACCAATGCGGGTTTCATGAAGCCGCTGGACGGCGATTCGGGTTCTTGGGGCCCCTTGGGCCCGCTGGGTGGAGTCAACCCGGTCGGCTTCACGCCCAACGGCGTACCGGAACACACGGTGGCCGAGGCGATCGTGATGAAACCCAACCAGCCCGGCACCGACTACGACTGGGATGCGCCGACCAAGCTGACGAGTCCTGGCATCAATGGTTCTACGGTGCCGCTGCCCTATGGGCTCGATCCCGCCCGGGTACCGTTGGCAGGCACCTACACCACCGGCGCACAGCAACAGAGCACACTCGTCTCGGCGTGGTATCTCCTGCCTAAGCCGGACGACGGGCATCCGCTGGTCGTGGTGACCGCCGCGGGCAAGATCGCCGGCAACAGCGTGCTGCACGGGTACACCCCCGGGCAGACTGTGGTGCTCGAATACGCCATGCCGGGACCCGGAGCGCTGGTACCCGCCGGGCGGATGGTGCCCGACGACCTATACGGAGAGCAGCCCAAGGCGTGGCGCAACCTGCGCTTCGCCCGAGCAAAGATGCCCGCCGATGCCGTCGCGGTCCGGGTGGTGGCCGAGGATCTGTCGCTGACACCGGAGGACTGGATCGCGGTGACCCCGCCGCGGGTACCGGACCTGCGCTCACTGCAGGAATATGTGGGCTCGACGCAGCCGGTGCTGCTGGACTGGGCGGTCGGTTTGGCCTTCCCGTGCCAGCAGCCGATGCTGCACGCCAATGGCATCGCCGAAATCCCGAAGTTCCGCATCACACCGGACTACTCGGCTAAGAAGCTGGACACCGACACGTGGGAAGACGGCACTAACGGCGGCCTGCTCGGGATCACCGACCTGTTGCTGCGGGCCCACGTCATGGCCACCTACCTGTCCCGCGACTGGGCCCGCGATTGGGGTTCCCTGCGCAAGTTCGACACCCTGGTCGATGCCCCTCCCGCCCAGCTCGAGTTGGGCACCGCGACCCGCAGCGGCCTGTGGTCACCGGGCAAGATCCGAATTGGTCCATAGC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39507","NCBI_taxonomy_name":"Mycobacterium 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1000"}},"model_sequences":{"sequence":{"2101":{"protein_sequence":{"accession":"YP_040771.1","sequence":"MAMNKQNNYSDDSIQVLEGLEAVRKRPGMYIGSTDKRGLHHLVYEIVDNSVDEVLNGYGNEIDVTINKDGSISIEDNGRGMPTGIHKSGKPTVEVIFTVLHAGGKFGQGGYKTSGGLHGVGASVVNALSEWLEVEIHRDGNIYHQSFKNGGSPSSGLVKKGKTKKTGTKVTFKPDDTIFKASTSFNFDVLSERLQESAFLLKNLKITLNDLRSGKERQEHYHYEEGIKEFVSYVNEGKEVLHDVATFSGEANGIEVDVAFQYNDQYSESILSFVNNVRTKDGGTHEVGFKTAMTRVFNDYARRINELKTKDKNLDGNDIREGLTAVVSVRIPEELLQFEGQTKSKLGTSEARSAVDSVVADKLPFYLEEKGQLSKSLVKKAIKAQQAREAARKAREDARSGKKNKRKDTLLSGKLTPAQSKNTDKNELYLVEGDSAGGSAKLGRDRKFQAILPLRGKVINTEKARLEDIFKNEEINTIIHTIGAGVGTDFKIEDSNYNRVIIMTDADTDGAHIQVLLLTFFFKYMKPLVQAGRVFIALPPLYKLEKGKGKTKRVEYAWTDEELNKLQKELGKGFTLQRYKGLGEMNPEQLWETTMNPETRTLIRVQVEDEVRSSKRVTTLMGDKVQPRREWIEKHFEFGMQEDQSILDNSEVQVLENDQFDEEEI"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002952","fmin":"1417762","fmax":"1419760","strand":"+","sequence":"TTGGCAATGAATAAACAAAATAATTATTCAGATGATTCAATACAGGTTTTAGAGGGGTTAGAAGCAGTTCGTAAAAGACCTGGTATGTATATTGGATCAACTGATAAACGGGGATTACATCATCTAGTATATGAAATTGTCGATAACTCCGTCGATGAAGTATTGAATGGTTACGGTAACGAAATAGATGTAACAATTAATAAAGATGGTAGTATTTCTATAGAAGATAATGGACGTGGTATGCCAACAGGTATACATAAATCAGGTAAACCGACAGTCGAAGTTATCTTTACTGTTTTACATGCAGGAGGTAAATTTGGACAAGGCGGCTATAAAACTTCAGGTGGTCTTCACGGCGTTGGTGCTTCAGTTGTAAATGCATTGAGTGAATGGCTTGAAGTTGAAATCCATCGAGATGGTAATATATATCATCAAAGTTTTAAAAACGGTGGTTCGCCATCTTCTGGTTTAGTGAAAAAAGGTAAAACTAAGAAAACAGGTACCAAAGTAACATTTAAACCTGATGACACAATTTTTAAAGCATCTACATCATTTAATTTTGATGTTTTAAGTGAACGACTACAAGAGTCTGCGTTCTTATTGAAAAATTTAAAAATAACGCTTAATGATTTACGCAGTGGTAAAGAGCGTCAAGAGCATTACCATTATGAAGAAGGAATCAAAGAATTTGTTAGTTATGTCAATGAAGGAAAAGAAGTTTTGCATGACGTGGCTACATTTTCAGGTGAAGCAAATGGTATAGAGGTAGACGTAGCTTTCCAATATAATGATCAATATTCAGAAAGTATTTTAAGTTTTGTAAATAATGTACGTACTAAAGATGGTGGTACACATGAAGTTGGTTTTAAAACAGCAATGACACGTGTATTTAATGATTATGCACGTCGTATTAATGAACTTAAAACAAAAGATAAAAACTTAGACGGTAATGATATTCGTGAAGGTTTAACAGCTGTTGTGTCTGTACGTATTCCAGAAGAATTACTACAATTTGAAGGACAAACGAAATCTAAATTGGGTACTTCTGAAGCAAGAAGTGCTGTTGATTCAGTAGTTGCAGACAAATTACCATTCTATTTAGAAGAAAAAGGACAATTGTCTAAATCACTTGTAAAAAAAGCAATTAAAGCACAACAAGCAAGGGAAGCTGCACGTAAAGCTCGTGAAGATGCTCGTTCAGGTAAGAAAAACAAGCGTAAAGACACTTTGCTATCTGGTAAATTAACACCTGCACAAAGTAAAAATACAGATAAAAATGAATTGTATTTAGTCGAAGGTGATTCTGCGGGAGGTTCAGCAAAACTTGGACGAGACCGCAAATTCCAAGCGATATTACCATTACGTGGTAAGGTAATTAATACAGAGAAAGCACGTCTGGAAGATATTTTTAAAAATGAAGAAATTAATACAATTATCCACACAATCGGGGCAGGCGTTGGTACTGACTTTAAAATTGAAGATAGTAACTATAATCGTGTAATTATTATGACTGATGCTGATACTGATGGTGCGCATATTCAAGTGCTATTGTTAACATTCTTCTTCAAATATATGAAACCGCTTGTTCAAGCAGGTCGTGTATTTATTGCTTTACCTCCACTTTATAAATTGGAAAAAGGTAAAGGCAAAACAAAGCGAGTTGAATACGCTTGGACAGACGAAGAGCTTAATAAATTACAAAAAGAACTTGGTAAGGGCTTCACGTTACAACGTTACAAAGGTTTGGGTGAGATGAACCCTGAACAATTATGGGAAACGACGATGAACCCAGAAACACGAACTTTAATTCGTGTACAAGTTGAAGATGAAGTGCGTTCATCTAAACGTGTAACAACATTAATGGGTGACAAAGTACAACCTAGACGTGAATGGATTGAAAAGCATTTTGAGTTTGGTATGCAAGAGGACCAAAGTATTTTAGATAATTCTGAAGTACAAGTGCTTGAAAATGATCAATTTGATGAGGAGGAAATCTAGT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35517","NCBI_taxonomy_name":"Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252","NCBI_taxonomy_id":"282458"}}}},"ARO_accession":"3003315","ARO_id":"39899","ARO_name":"Staphylococcus aureus parE conferring resistance to fluoroquinolones","ARO_description":"Point mutation in Staphylococcus aureus parE resulting in fluoroquinolones resistance","ARO_category":{"39897":{"category_aro_accession":"3003313","category_aro_cvterm_id":"39897","category_aro_name":"fluoroquinolone resistant parE","category_aro_description":"ParE is a subunit of topoisomerase IV, necessary for cell survival. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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Protein variant models are similar to protein homolog models - they detect the presence of a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence, but secondarily search submitted query sequences for curated sets of mutations shown clinically to confer resistance relative to wild-type. This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"2572":"I5S","2573":"V7G","2575":"Q10R","2576":"Q10P","2582":"A26G","2584":"Y41H","2598":"P69R","2602":"C72R","2605":"L85P","2608":"K96N","2614":"N118T","2618":"G132S","2621":"H137P","2623":"C138Y","2625":"V139L","2629":"T142K","2630":"T142M","3424":"D12E","3425":"T47A","3426":"A140S","3427":"P54T","3434":"G17D","3435":"Y34S","4158":"D8Y","4159":"Q10K","4162":"T47S","4163":"D49V","4164":"S66P","4165":"K96E","4166":"A102T","4167":"A102V","4169":"L116R","4170":"V125D","4172":"I133T","4173":"Q141P","4174":"R154G","4175":"T160P","4176":"A161P","4177":"D12A","4178":"D12N","4179":"H51Q","4180":"A171P","4192":"H57D","4193":"W68L","4195":"V139A","4196":"R121P","4199":"H137R","4201":"W119R","4202":"F94P","4204":"T76P","4205":"L19P","4207":"S104C","4208":"I90S","4209":"M1S","4210":"L4W","4211":"V7D","4212":"V7F","4213":"A8G","4214":"V9G","4217":"C14R","4218":"C14Y","4219":"G23V","4221":"V45G","4222":"A46E","4223":"D49A","4224":"F58L","4225":"Y68D","4226":"S67P","4227":"W68R","4228":"W68G","4229":"W68S","4232":"T76I","4233":"G78D","4234":"L85R","4235":"K96Q","4236":"Y103H","4237":"Y103S","4239":"T135P","4240":"D136N","4241":"D136Y","4242":"V139M","4245":"A146T","4246":"V155G","4247":"L159R","4248":"L172P","4249":"V180F","4272":"L172A","4274":"A171T","4280":"H51Y","4276":"P62H","4281":"A171V","4282":"D136H","4283":"A3E","4284":"L27P","4286":"P54L","4287":"C72W","4291":"M175V","4292":"H59D","4293":"A46V","4294":"D53A","4296":"H71E","4297":"H82R","4298":"G97S","4299":"A134V","4300":"C138S","4301":"T168N","4307":"T47P","4308":"A121P"},"clinical":{"2572":"I5S","2573":"V7G","2575":"Q10R","2576":"Q10P","2582":"A26G","2584":"Y41H","2598":"P69R","2602":"C72R","2605":"L85P","2608":"K96N","2614":"N118T","2618":"G132S","2621":"H137P","2623":"C138Y","2625":"V139L","2629":"T142K","2630":"T142M","3424":"D12E","3425":"T47A","3426":"A140S","3427":"P54T","3434":"G17D","3435":"Y34S","4158":"D8Y","4159":"Q10K","4162":"T47S","4163":"D49V","4164":"S66P","4165":"K96E","4166":"A102T","4167":"A102V","4169":"L116R","4170":"V125D","4172":"I133T","4173":"Q141P","4174":"R154G","4175":"T160P","4176":"A161P","4177":"D12A","4178":"D12N","4179":"H51Q","4180":"A171P","4192":"H57D","4193":"W68L","4195":"V139A","4196":"R121P","4199":"H137R","4201":"W119R","4202":"F94P","4204":"T76P","4205":"L19P","4207":"S104C","4208":"I90S","4209":"M1S","4210":"L4W","4211":"V7D","4212":"V7F","4213":"A8G","4214":"V9G","4217":"C14R","4218":"C14Y","4219":"G23V","4221":"V45G","4222":"A46E","4223":"D49A","4224":"F58L","4225":"Y68D","4226":"S67P","4227":"W68R","4228":"W68G","4229":"W68S","4232":"T76I","4233":"G78D","4234":"L85R","4235":"K96Q","4236":"Y103H","4237":"Y103S","4239":"T135P","4240":"D136N","4241":"D136Y","4242":"V139M","4245":"A146T","4246":"V155G","4247":"L159R","4248":"L172P","4249":"V180F","4272":"L172A","4274":"A171T","4280":"H51Y","4276":"P62H","4281":"A171V","4282":"D136H","4283":"A3E","4284":"L27P","4286":"P54L","4287":"C72W","4291":"M175V","4292":"H59D","4293":"A46V","4294":"D53A","4296":"H71E","4297":"H82R","4298":"G97S","4299":"A134V","4300":"C138S","4301":"T168N","4307":"T47P","4308":"A121P"}},"40394":{"param_type":"nonsense mutation","param_description":"A nucleotide substitution resulting in a change from an amino acid codon to a STOP codon. 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Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"300"},"41345":{"param_type":"insertion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the insertion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of insertion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not causing premature termination or a functional knockout. Mutation parameters of this type are reported in CARD with the notation: [+]nt[position]:[nucleotides].","param_type_id":"41345","param_value":{"8096":"+nt420:G","8098":"+nt193:A","8099":"+nt52:G","8100":"+nt493:C","8102":"+nt218:CGCATTGCCG","8104":"+nt221:G","8105":"+nt407:C","8108":"+nt392:G","8109":"+nt532:C","8110":"+nt480:TGAC","8111":"+nt465:T","8112":"+nt414:G","8113":"+nt391:GG","8114":"+nt382:AG","8115":"+nt368:18","8116":"+nt287:T","8128":"+nt388:AGGTCGATG","8129":"+nt403:C","8130":"+nt397:T","8131":"+nt475:C"}},"41343":{"param_type":"deletion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not premature termination of functional knockout. 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It catalyzes the activation of pyrazinamide. Some mutation within pncA are associated with loss of enzyme activity, resulting in pyrazinamide resistance.","ARO_category":{"40002":{"category_aro_accession":"3003418","category_aro_cvterm_id":"40002","category_aro_name":"pyrazinamide resistant pncA","category_aro_description":"pncA is a pyrazinamidase\/nicotinamidase. It catalyzes the activation of pyrazinamide to pyrazinoic acid. Mutations arise within the pncA gene that caused the loss of pyrazinamidase activity is the major mechanism of antibiotic resistance","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"39997":{"category_aro_accession":"3003413","category_aro_cvterm_id":"39997","category_aro_name":"pyrazinamide","category_aro_description":"Pyrazinamide is an Antimycobacterial. It is highly specific and active only against Mycobacterium tuberculosis. This compound is a prodrug and needs to be activated inside the cell. 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Protein variant models are similar to protein homolog models - they detect the presence of a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence, but secondarily search submitted query sequences for curated sets of mutations shown clinically to confer resistance relative to wild-type. This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"900"}},"model_sequences":{"sequence":{"3560":{"protein_sequence":{"accession":"ALL09868","sequence":"MVSSIITALYLLNALIALVAILIKPRDVAAIWAWLLVLFALPGVGFVLYLFFGRGLTDKKKFYLRQSDLKELENFQSFRGDTIEHYDPDMGDKDKQQFVDFFSSLNRMPLTRMNSVTLLTDGQEKLDSLLQDLKKAKHSIHIEYYAFVTDNIGQQVLHVLEEKAAEGVEVRILYDAFGSHGTKAKDFNRLIKNGGHVHTFVTSQRALLRFRLNYHDHRKIVVIDGKISYTGGFNIANQYVNTTKKFGYWRDTHIRIFGAASSLLQLRFLTDWNVSVPEEKKVGYHLNYFFKKADRDESKLADTSIQLVSSGPNNEREQIKLSFIKLITSAKKRVWIQTPYLVPDESVIAALKIATASGVDVKIMIPNKPDHPFIYRATQYYARQLIKENVQILVYENGFLHAKTLIMDDEICMVGSANQDIRSYRLNFETSAVIYDPEFLEELATQFKEDETHCSSMTTETVKEMSNWLLFKQQISRLFSPIL"},"dna_sequence":{"accession":"CP013009","fmin":"1008840","fmax":"1010292","strand":"-","sequence":"TTATAGGATTGGAGAAAATAATCGAGAAATTTGTTGCTTGAATAATAGCCAGTTAGACATTTCCTTGACTGTTTCAGTTGTCATGGATGAACAATGTGTCTCATCTTCTTTGAACTGAGTAGCAAGTTCTTCTAAAAACTCAGGATCGTAAATGACAGCACTTGTTTCAAAATTCAATCGGTAGCTACGAATATCTTGATTTGCTGAACCTACCATGCAGATTTCATCATCCATTATCAATGTTTTTGCATGGAGGAAGCCGTTCTCATAGACAAGGATTTGTACATTTTCCTTGATCAGCTGCCGAGCATAATATTGTGTTGCTCGATAAATAAAAGGATGATCCGGTTTGTTGGGAATCATGATTTTCACATCTACACCAGAGGCAGTTGCGATTTTTAAAGCAGCAATGACACTTTCATCAGGAACAAGGTAAGGTGTCTGTATCCAAACACGTTTTTTAGCAGAAGTAATCAATTTGATAAATGAAAGCTTGATTTGTTCCCTTTCGTTATTCGGTCCGCTTGAAACAAGCTGGATGGATGTATCAGCAAGCTTAGATTCATCTCGATCTGCTTTTTTAAAGAAATAATTCAAATGATAGCCGACCTTTTTTTCTTCAGGTACCGAGACGTTCCAGTCTGTTAAGAAGCGAAGCTGGAGCAAAGAAGAAGCGGCACCGAAAATCCGTATATGCGTATCGCGCCAATAGCCGAATTTTTTTGTTGTATTTACATATTGATTGGCAATATTGAAACCACCGGTATAACTAATCTTTCCATCGATCACAACGATTTTTCGGTGATCATGGTAATTCAATCGGAAACGAAGTAATGCCCTTTGTGAGGTAACAAATGTATGGACATGTCCACCATTTTTGATTAGACGATTGAAATCTTTTGCTTTTGTGCCATGAGAGCCAAATGCATCATATAATATTCGAACTTCCACGCCTTCTGCGGCTTTTTCTTCTAAAACATGTAAGACTTGCTGGCCGATATTATCTGTCACAAATGCGTAATATTCGATATGGATCGAATGTTTGGCTTTTTTTAGATCTTGAAGCAGTGAATCCAATTTCTCTTGTCCGTCTGTGAGAAGAGTGACAGAATTCATTCTTGTCAGCGGCATACGATTTAATGAAGAGAAGAAGTCAACAAATTGCTGTTTGTCTTTATCGCCCATGTCAGGATCGTAATGTTCAATGGTATCTCCTCTAAAAGACTGAAAGTTTTCTAATTCTTTCAAGTCACTTTGTCGGAGATAGAATTTTTTCTTATCCGTTAATCCACGTCCGAAAAATAAATATAATACAAAGCCCACCCCAGGAAGGGCAAATAATACTAAGAGCCATGCCCAAATGGCTGCTACATCTCGGGGTTTGATCAAAATAGCCACCAAAGCAATAAGTGCATTTAATAGATAAAGGGCGGTTATAATACTAGATACCAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36779","NCBI_taxonomy_name":"Enterococcus faecium","NCBI_taxonomy_id":"1352"}}}},"ARO_accession":"3003092","ARO_id":"39639","ARO_name":"Enterococcus faecium cls conferring resistance to daptomycin","ARO_description":"cls or cardiolipin synthetase is an inner membrane protein that is involved in membrane synthesis. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1400"},"41343":{"param_type":"deletion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not premature termination of functional knockout. 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Mutation parameters of this type are reported in CARD with the notation: [+]nt[position]:[nucleotides].","param_type_id":"41345","param_value":{"8048":"+nt1365:G","8051":"+nt392:T","8066":"+nt325:T","8067":"+nt518:GGTC","8068":"+nt135:T"}}},"model_sequences":{"sequence":{"3465":{"protein_sequence":{"accession":"NP_216424.1","sequence":"MPEQHPPITETTTGAASNGCPVVGHMKYPVEGGGNQDWWPNRLNLKVLHQNPAVADPMGAAFDYAAEVATIDVDALTRDIEEVMTTSQPWWPADYGHYGPLFIRMAWHAAGTYRIHDGRGGAGGGMQRFAPLNSWPDNASLDKARRLLWPVKKKYGKKLSWADLIVFAGNCALESMGFKTFGFGFGRVDQWEPDEVYWGKEATWLGDERYSGKRDLENPLAAVQMGLIYVNPEGPNGNPDPMAAAVDIRETFRRMAMNDVETAALIVGGHTFGKTHGAGPADLVGPEPEAAPLEQMGLGWKSSYGTGTGKDAITSGIEVVWTNTPTKWDNSFLEILYGYEWELTKSPAGAWQYTAKDGAGAGTIPDPFGGPGRSPTMLATDLSLRVDPIYERITRRWLEHPEELADEFAKAWYKLIHRDMGPVARYLGPLVPKQTLLWQDPVPAVSHDLVGEAEIASLKSQIRASGLTVSQLVSTAWAAASSFRGSDKRGGANGGRIRLQPQVGWEVNDPDGDLRKVIRTLEEIQESFNSAAPGNIKVSFADLVVLGGCAAIEKAAKAAGHNITVPFTPGRTDASQEQTDVESFAVLEPKADGFRNYLGKGNPLPAEYMLLDKANLLTLSAPEMTVLVGGLRVLGANYKRLPLGVFTEASESLTNDFFVNLLDMGITWEPSPADDGTYQGKDGSGKVKWTGSRVDLVFGSNSELRALVEVYGADDAQPKFVQDFVAAWDKVMNLDRFDVR"},"dna_sequence":{"accession":"NC_000962.3","fmin":"2153888","fmax":"2156111","strand":"-","sequence":"TCAGCGCACGTCGAACCTGTCGAGGTTCATCACCTTGTCCCAGGCAGCGACGAAGTCCTGCACGAACTTCGGCTGCGCGTCATCGGCGCCATAGACCTCGACAAGCGCCCGCAACTCCGAGTTGGACCCGAAGACCAGGTCCACGCGGCTGCCGGTCCACTTCACCTTGCCACTGCCATCCTTGCCCTGGTAGGTCCCGTCATCTGCTGGCGAGGGCTCCCAGGTGATACCCATGTCGAGCAGGTTCACGAAGAAGTCGTTGGTCAGTGACTCGGAGGCCTCGGTGAACACGCCCAGCGGTAAGCGCTTGTAGTTTGCGCCGAGGACGCGCAGGCCACCTACCAGCACCGTCATCTCAGGGGCACTGAGCGTAAGCAGGTTCGCCTTGTCGAGCAGCATGTACTCGGCCGGCAACGGGTTGCCCTTTCCGAGGTAGTTTCGGAAGCCATCTGCCTTGGGCTCCAGCACGGCAAAGGATTCCACGTCGGTTTGTTCCTGCGACGCATCCGTGCGGCCCGGGGTGAAGGGCACCGTGATGTTGTGGCCAGCCGCCTTTGCTGCTTTCTCTATGGCGGCACAGCCACCGAGCACGACGAGGTCGGCGAAGGACACTTTGATGTTCCCCGGCGCCGCGGAGTTGAATGACTCCTGGATCTCTTCCAGGGTGCGAATGACCTTGCGCAGATCCCCGTCGGGGTCGTTGACCTCCCACCCGACTTGTGGCTGCAGGCGGATGCGACCACCGTTGGCGCCGCCGCGCTTGTCGCTACCACGGAACGACGACGCCGCCGCCCATGCGGTCGAAACTAGCTGTGAGACAGTCAATCCCGATGCCCGGATCTGGCTCTTAAGGCTGGCAATCTCGGCTTCGCCGACGAGGTCGTGGCTGACCGCAGGGACCGGATCCTGCCACAGCAGGGTCTGCTTGGGGACCAGCGGCCCAAGGTATCTCGCAACGGGACCCATGTCTCGGTGGATCAGCTTGTACCAGGCCTTGGCGAACTCGTCGGCCAATTCCTCGGGGTGTTCCAGCCAGCGACGCGTGATCCGCTCATAGATCGGATCCACCCGCAGCGAGAGGTCAGTGGCCAGCATCGTCGGGGAGCGCCCTGGCCCGCCGAACGGGTCCGGGATGGTGCCGGCACCGGCGCCGTCCTTGGCGGTGTATTGCCAAGCGCCAGCAGGGCTCTTCGTCAGCTCCCACTCGTAGCCGTACAGGATCTCGAGGAAACTGTTGTCCCATTTCGTCGGGGTGTTCGTCCATACGACCTCGATGCCGCTGGTGATCGCGTCCTTACCGGTTCCGGTGCCATACGAGCTCTTCCAGCCCAAGCCCATCTGCTCCAGCGGAGCAGCCTCGGGTTCGGGGCCGACCAGATCGGCCGGGCCGGCGCCATGGGTCTTACCGAAAGTGTGACCGCCGACGATCAGCGCCGCTGTTTCGACGTCGTTCATGGCCATGCGCCGAAACGTCTCGCGAATGTCGACCGCCGCGGCCATGGGGTCCGGGTTGCCGTTCGGCCCCTCCGGGTTCACGTAGATCAGCCCCATCTGCACCGCGGCCAGCGGGTTCTCCAGATCCCGCTTACCGCTGTAACGCTCATCGCCGAGCCAGGTGGCTTCCTTGCCCCAATAGACCTCATCGGGCTCCCACTGGTCGACCCGGCCGAAGCCGAACCCGAACGTCTTGAAGCCCATCGATTCCAGCGCGCAGTTGCCGGCGAAAACAATCAGGTCCGCCCATGAGAGCTTCTTGCCGTACTTCTTCTTGACCGGCCACAGCAGCCGGCGCGCCTTGTCCAAGCTGGCGTTGTCGGGCCAGCTGTTAAGCGGCGCGAACCGCTGCATGCCGCCCCCGGCGCCGCCGCGGCCGTCGTGGATGCGGTAGGTGCCGGCAGCGTGCCACGCCATCCGGATAAACAGCGGCCCGTAGTGGCCGTAGTCGGCGGGCCACCACGGCTGCGAGGTGGTCATCACTTCCTCGATGTCCCGCGTCAGGGCGTCAACGTCGATGGTCGCGACCTCCGCGGCATAGTCGAACGCCGCACCCATCGGGTCAGCGACGGCCGGGTTTTGGTGCAGTACCTTCAGATTGAGCCGGTTGGGCCACCAGTCCTGGTTTCCGCCGCCCTCGACGGGGTATTTCATATGACCCACGACGGGACAGCCGTTGCTAGCGGCTCCGGTGGTGGTTTCTGTAATGGGTGGGTGTTGCTCGGGCAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39507","NCBI_taxonomy_name":"Mycobacterium tuberculosis H37Rv","NCBI_taxonomy_id":"83332"}}}},"ARO_accession":"3003392","ARO_id":"39976","ARO_name":"Mycobacterium tuberculosis katG mutations conferring resistance to isoniazid","ARO_description":"katG is a catalase-peroxidase that catalyzes the activation of isoniazid. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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Mutation parameters of this type are reported in CARD with the notation: [+][AAs][position range].","param_type_id":"41344","param_value":{"3999":"+R514","4017":"+F514"}},"40330":{"param_type":"multiple resistance variants","param_description":"A set of nucleotide or amino acid substitutions that are each required to confer resistance to an antibiotic drug or drug class by co-mutation. Compare to single resistance variant, where only one substitution is required. Multiple resistance variants parameters are indicated on appropriate models using the following notation: [wild-type 1][position 1][mutation 1],[wild-type 2][position 2][mutation 2],...,[wild-type n][position n][mutation n]. When each included substitution is detected in a protein sequence, resistance is conferred. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1200"}},"model_sequences":{"sequence":{"2061":{"protein_sequence":{"accession":"YP_039482.1","sequence":"MVTALSDVNNTDNYGAGQIQVLEGLEAVRKRPGMYIGSTSERGLHHLVWEIVDNSIDEALAGYANQIEVVIEKDNWIKVTDNGRGIPVDIQEKMGRPAVEVILTVLHAGGKFGGGGYKVSGGLHGVGSSVVNALSQDLEVYVHRNETIYHQAYKKGVPQFDLKEVGTTDKTGTVIRFKADGEIFTETTVYNYETLQQRIRELAFLNKGIQITLRDERDEENVREDSYHYEGGIKSYVELLNENKEPIHDEPIYIHQSKDDIEVEIAIQYNSGYATNLLTYANNIHTYEGGTHEDGFKRALTRVLNSYGLSSKIMKEDKDRLSGEDTREGMTAIISIKHGDPQFEGQTKTKLGNSEVRQVVDKLFSEHFERFLYENPQVARTVVEKGIMAARARVAAKKAREVTRRKSALDVASLPGKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPLYKLTQGKQKYYVYNDRELDKLKSELNPTPKWSIARYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYANLDF"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002952","fmin":"5036","fmax":"6968","strand":"+","sequence":"GTGACTGCATTGTCAGATGTAAACAACACGGATAATTATGGTGCTGGGCAAATACAAGTATTAGAAGGTTTAGAAGCAGTACGTAAAAGACCAGGTATGTATATAGGATCGACTTCAGAGAGAGGTTTGCACCATTTAGTGTGGGAAATTGTCGATAATAGTATCGATGAAGCATTAGCTGGTTATGCAAATCAAATTGAAGTTGTTATTGAAAAAGATAACTGGATTAAAGTAACGGATAACGGACGTGGTATCCCAGTTGATATTCAAGAAAAAATGGGACGTCCAGCTGTCGAAGTTATTTTAACTGTTTTACATGCTGGTGGTAAATTCGGCGGTGGCGGATACAAAGTATCTGGTGGTTTACATGGTGTTGGTTCATCAGTTGTAAACGCATTGTCACAAGACTTAGAAGTATATGTACACAGAAATGAGACTATATATCATCAAGCATATAAAAAAGGTGTACCTCAATTTGACTTAAAAGAAGTTGGCACAACTGATAAGACAGGTACTGTCATTCGTTTTAAAGCAGATGGAGAAATCTTCACAGAGACAACTGTATACAACTATGAAACATTACAGCAACGTATTAGAGAGCTTGCTTTCTTAAACAAAGGAATTCAAATCACATTAAGAGATGAACGTGATGAAGAAAACGTTAGAGAAGACTCCTATCACTATGAGGGCGGTATTAAATCTTATGTTGAGTTATTGAACGAAAATAAAGAACCTATTCATGATGAGCCGATTTATATTCATCAATCTAAAGATGATATTGAAGTAGAAATTGCGATTCAATATAACTCAGGATATGCCACAAATCTTTTAACTTACGCAAATAACATTCATACGTACGAAGGTGGTACGCATGAAGACGGATTCAAACGTGCATTAACGCGTGTCTTAAATAGTTATGGTTTAAGTAGCAAGATTATGAAAGAAGACAAAGATAGACTTTCTGGTGAAGATACACGTGAAGGTATGACAGCAATTATATCTATCAAACATGGTGATCCTCAATTCGAAGGTCAAACGAAGACAAAATTAGGTAATTCTGAAGTGCGTCAAGTTGTAGATAAATTATTCTCAGAGCACTTTGAACGATTTTTATATGAAAATCCACAAGTCGCACGTACAGTGGTTGAAAAAGGTATTATGGCGGCACGTGCACGTGTTGCTGCGAAAAAAGCGCGTGAAGTAACACGTCGTAAATCAGCGTTAGATGTAGCAAGTCTTCCAGGTAAATTAGCCGATTGCTCTAGTAAAAGTCCTGAAGAATGTGAGATTTTCTTAGTCGAAGGGGACTCTGCCGGGGGGTCTACAAAATCTGGTCGTGACTCTAGAACGCAGGCGATTTTACCATTACGAGGTAAGATATTAAATGTTGAAAAGGCACGATTAGATAGAATTTTGAATAACAATGAAATTCGTCAAATGATCACAGCATTTGGTACAGGAATCGGTGGCGACTTTGATCTAGCGAAAGCAAGATATCACAAAATCGTCATTATGACTGATGCCGATGTGGATGGAGCGCATATTAGAACATTGTTATTAACATTCTTCTATCGATTTATGAGACCGTTAATTGAAGCAGGCTATGTGTATATTGCACAGCCACCGTTGTATAAACTGACACAAGGTAAACAAAAGTATTATGTATACAATGATAGGGAACTTGATAAACTTAAATCTGAATTGAATCCAACACCAAAATGGTCTATTGCACGATACAAAGGTCTTGGAGAAATGAATGCAGATCAATTATGGGAAACAACAATGAACCCTGAGCACCGCGCTCTTTTACAAGTAAAACTTGAAGATGCGATTGAAGCGGACCAAACATTTGAAATGTTAATGGGTGACGTTGTAGAAAACCGTAGACAATTTATAGAAGATAATGCAGTTTATGCAAACTTAGACTTCTAAG"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35517","NCBI_taxonomy_name":"Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252","NCBI_taxonomy_id":"282458"}}}},"ARO_accession":"3003301","ARO_id":"39885","ARO_name":"Staphylococcus aureus gyrB conferring resistance to aminocoumarin","ARO_description":"Point mutation in Staphylococcus aureus resulting in aminocoumarin resistance","ARO_category":{"36618":{"category_aro_accession":"3000479","category_aro_cvterm_id":"36618","category_aro_name":"aminocoumarin resistant gyrB","category_aro_description":"Point mutations in DNA gyrase subunit B (gyrB) can result in resistance to aminocoumarins. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTN bit-score parameter is a curated value determined from BLASTN analysis of the canonical nucleotide reference sequence of a specific AMR-associated gene against the database of CARD reference sequences. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. 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This parameter is noted on relevant models with the following notation: [cvterm-id-gene-1],[gene-1-SNP]+[cvterm-id-gene-2],[gene-2-SNP]+ ... +[cvterm-id-gene-n],[gene-n-SNP] e.g. 39879,G247S+40052,D500N. This parameter is not currently included in any detection algorithms.","param_type_id":"40438","param_value":{"3610":"39879,G247S+40052,D500N","3846":"39879,A90V+40052,D472H"}},"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTN bit-score parameter is a curated value determined from BLASTN analysis of the canonical nucleotide reference sequence of a specific AMR-associated gene against the database of CARD reference sequences. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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A detected hit can be categorized as Perfect, Strict, or Loose with no mutation(s) or as Strict or Loose with mutation(s).","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"2230":"R20H","2233":"G121D","3895":"R90G","3896":"S31A","3897":"R71S"},"clinical":{"2230":"R20H","2233":"G121D","3895":"R90G","3896":"S31A","3897":"R71S"}},"41342":{"param_type":"deletion mutation from peptide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a peptide sequence format. These are specific to codon deletions, where a multiple of 3 nucleotides are deleted. 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This parameter is not currently included in any detection algorithms.","param_type_id":"40330","param_value":{"3894":"T38S, G74R"}},"40494":{"param_type":"frameshift mutation","param_description":"A frameshift is a type of genetic mutation caused by a nucleotide insertion or deletion \u2260 3 bases. This changes the grouping of codons and thus the reading frame during translation, resulting in a incomplete or inactive protein product. Many frameshift mutations generate downstream STOP codons, resulting in premature peptide translation termination. Frameshifts may also confer antibiotic resistance through partial or total protein loss-of-function. Frameshift mutations are included with relevant models when applicable, with the following notation: [wild-type AA][position]fs;[[wild-type AA][position]STOP], where AA is an amino acid. If the premature STOP codon position is unknown or does not exist, [wild-type AA][position]fs is sufficient. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35960":{"category_aro_accession":"0000042","category_aro_cvterm_id":"35960","category_aro_name":"glycylcycline","category_aro_description":"Glycylcyclines are a new class of antibiotics derived from tetracycline. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"215"}},"model_sequences":{"sequence":{"4353":{"protein_sequence":{"accession":"NP_463130.1","sequence":"MSHQQIIQTLIEWIDEHIDQPLNIDVVAKKSGYSKWYLQRMFRTVTHQTLGEYIRQRRLLLAAVELRTTERPIFDIAMDLGYVSQQTFSRVFRREFDRTPSDYRHRL"},"dna_sequence":{"accession":"NC_003197.2","fmin":"4503985","fmax":"4504309","strand":"-","sequence":"CTACAGGCGGTGACGGTAATCGCTGGGAGTGCGATCGAACTCGCGGCGGAATACACGCGAGAAGGTTTGCTGCGATACATAGCCCAGGTCCATCGCGATATCAAAAATCGGGCGCTCGGTCGTTCGTAGCTCAACGGCCGCCAACAGGAGACGGCGCTGGCGAATATACTCGCCTAATGTTTGATGCGTTACCGTACGAAACATCCGCTGCAAATACCACTTGGAGTAGCCCGATTTTTTTGCCACCACATCAATGTTTAGCGGTTGGTCGATATGTTCATCAATCCATTCGATAAGGGTCTGAATTATCTGCTGATGCGACAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35734","NCBI_taxonomy_name":"Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35960":{"category_aro_accession":"0000042","category_aro_cvterm_id":"35960","category_aro_name":"glycylcycline","category_aro_description":"Glycylcyclines are a new class of antibiotics derived from tetracycline. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"400"}},"model_sequences":{"sequence":{"4372":{"protein_sequence":{"accession":"AAO82601.1","sequence":"MNNPWRFFIVAEALLFILALWQIVHNPGLAVLLTIGVLLVAYVSRKASKTHFNNFQFVLGVVFIVIGAMNSTAVWFMLIFGVLFIGLKGFEISGVDIAERAPWRKKQMIMVETAAKEPKNGKRFKRRWFANERIGNNIYEWDDINIDLISGDTIIDLGNTLLPKEDNIIIIRKGFGRTRILVPLGVAILLEHSTFYGTVRFEEEKYQLKNESLKIYSNDYDTNLRRLKIMTNTLVGDVEVIRV"},"dna_sequence":{"accession":"AE016830","fmin":"2790820","fmax":"2791552","strand":"-","sequence":"TCATACACGGATCACCTCAACATCTCCTACTAAAGTGTTCGTCATAATTTTCAAACGACGAAGATTGGTATCATAATCATTGCTGTAAATTTTTAATGATTCGTTTTTCAATTGATATTTTTCTTCTTCAAAACGTACCGTTCCGTAAAAAGTTGAATGTTCTAACAAAATAGCTACACCTAACGGCACTAGAATTCGCGTGCGGCCAAAACCTTTACGAATAATAATAATATTGTCTTCTTTCGGTAGTAGCGTATTACCTAAATCAATAATGGTGTCCCCAGAGATTAAATCAATATTGATATCGTCCCATTCATAGATATTGTTACCAATGCGTTCGTTGGCAAACCAGCGGCGTTTAAACCGTTTGCCATTTTTAGGTTCTTTTGCCGCCGTCTCCACCATAATCATTTGTTTTTTTCGCCAAGGTGCTCGCTCAGCTATATCCACGCCTGAAATCTCAAAGCCTTTTAAGCCGATAAAGAGTACGCCAAAAATCAACATAAACCAAACAGCCGTGCTATTCATTGCACCAATGACAATAAAAACAACGCCGAGGACGAATTGAAAGTTGTTAAAATGTGTTTTAGATGCTTTCCTGGAAACGTAGGCCACAAGTAAAACGCCAATTGTTAATAAAACAGCTAATCCAGGATTATGTACAATTTGCCATAACGCCAGAATAAAAAGTAATGCTTCTGCGACGATAAAAAAGCGCCAAGGGTTATTCAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"37592","NCBI_taxonomy_name":"Enterococcus faecalis V583","NCBI_taxonomy_id":"226185"}}}},"ARO_accession":"3003077","ARO_id":"39624","ARO_name":"Enterococcus faecalis liaF mutant conferring daptomycin resistance","ARO_description":"liaF is an accessory protein that acts as a negative regulator of liaRS signal transduction pathway. 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Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"3012":"A1401G"},"clinical":{"3012":"A1401G"}},"blastn_bit_score":{"param_type":"BLASTN bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment. Higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. This parameter is used by AMR detection models without a protein reference sequence but including a nucleotide reference sequence, e.g. the rRNA gene variant model. The BLASTN bit-score parameter is a curated value determined from BLASTN analysis of the canonical nucleotide reference sequence of a specific AMR-associated gene against the database of CARD reference sequences. 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This inhibits transglycosylation leading to cell death due to osmotic stress.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35997":{"category_aro_accession":"0001001","category_aro_cvterm_id":"35997","category_aro_name":"antibiotic target alteration","category_aro_description":"Mutational alteration or enzymatic modification of antibiotic target which results in antibiotic resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"1558":{"model_id":"1558","model_name":"Bacillus subtilis mprF","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"370"}},"model_sequences":{"sequence":{"4331":{"protein_sequence":{"accession":"ACH50230.1","sequence":"MARPKSEDKKQALLEAATQAIAQSGIAASTAVIARNAGVAEGTLFRYFATKDELINTLYLHLKQDLCQSMIMELDRSITDAKMMTRFIWNSYISWGLNHPARHRAIRQLAVSEKLTKETEQRADDMFPELRDLCHRSVLMVFMSDEYRAFGDGLFLALAETTMDFAARDPARAGEYIALGFEAMWRALTREEQ"},"dna_sequence":{"accession":"CP001138.1","fmin":"613435","fmax":"614017","strand":"-","sequence":"TTATTGCTCCTCGCGAGTCAGCGCGCGCCACATGGCTTCGAATCCCAGCGCAATATATTCGCCAGCGCGAGCGGGATCGCGCGCGGCGAAATCCATTGTTGTTTCAGCCAGCGCCAGAAAAAGGCCGTCGCCGAAGGCGCGGTACTCATCCGACATAAACACCATCAAAACGGAACGATGACATAAATCGCGCAATTCGGGGAACATATCGTCGGCCCGTTGTTCCGTCTCTTTGGTGAGCTTTTCGCTGACGGCCAGTTGACGGATCGCCCGATGGCGCGCGGGATGGTTCAGACCCCAACTGATGTAACTGTTCCAGATAAAACGGGTCATCATTTTGGCATCGGTAATGGATCGATCCAGCTCCATTATCATTGACTGGCAGAGATCCTGCTTTAAATGCAAATACAACGTGTTAATCAGCTCATCTTTGGTCGCGAAATAGCGAAACAATGTTCCTTCTGCAACACCTGCGTTACGCGCAATCACCGCCGTTGAGGCGGCGATACCGGATTGCGCTATCGCCTGGGTTGCCGCTTCCAGTAATGCTTGTTTTTTGTCTTCACTCTTCGGACGAGCCAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35834","NCBI_taxonomy_name":"Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. 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The BLASTN bit-score parameter is a curated value determined from BLASTN analysis of the canonical nucleotide reference sequence of a specific AMR-associated gene against the database of CARD reference sequences. 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Aminoglycosides work by binding to the bacterial 30S ribosomal subunit (some work by binding to the 50S subunit), inhibiting the translocation of the peptidyl-tRNA from the A-site to the P-site and also causing misreading of mRNA, leaving the bacterium unable to synthesize proteins vital to its growth.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35960":{"category_aro_accession":"0000042","category_aro_cvterm_id":"35960","category_aro_name":"glycylcycline","category_aro_description":"Glycylcyclines are a new class of antibiotics derived from tetracycline. These tetracycline analogues are specifically designed to overcome two common mechanisms of tetracycline resistance. Presently, there is only one glycylcycline antibiotic for clinical use: tigecycline. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"40330":{"param_type":"multiple resistance variants","param_description":"A set of nucleotide or amino acid substitutions that are each required to confer resistance to an antibiotic drug or drug class by co-mutation. Compare to single resistance variant, where only one substitution is required. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1500"}},"model_sequences":{"sequence":{"3384":{"protein_sequence":{"accession":"NP_251858.1","sequence":"MGELAKEILPVNIEDELKQSYLDYAMSVIVGRALPDARDGLKPVHRRVLYAMSELGNDWNKPYKKSARVVGDVIGKYHPHGDTAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSVDGDNAAAMRYTEVRMAKLAHELLADLEKETVDWVPNYDGTEQIPAVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCLALMDNPDLTVDELMQYIPGPDFPTAGIINGRAGIIEAYRTGRGRIYIRARAVVEEMEKGGGREQIIITELPYQLNKARLIEKIAELVKEKKIEGISELRDESDKDGMRVVIELRRGEVGEVVLNNLYAQTQLQSVFGINVVALVDGQPRTLNLKDMLEVFVRHRREVVTRRTVYELRKARERGHILEGQAVALSNIDPVIELIKSSPTPAEAKERLIATAWESSAVEAMVERAGADACRPEDLDPQYGLRDGKYYLSPEQAQAILELRLHRLTGLEHEKLLSEYQEILNLIGELIRILTNPARLMEVIREELEAVKAEFGDARRTEIVASQVDLTIADLITEEDRVVTISHGGYAKSQPLAAYQAQRRGGKGKSATGMKDEDYIEHLLVANSHATLLLFSSKGKVYWLRTFEIPEASRTARGRPLVNLLPLDEGERITAMLQIDLEALQQNGGADDDLDEAEGAVLEGEVVEAAEVEEVEGETAELVAEPTGAYIFMATAFGTVKKTPLVQFSRPRSSGLIALKLEEGDTLIAAAITDGAKEVMLFSSAGKVIRFAESVVRIMGRNARGVRGMRLGKGQQLISMLIPESGAQILTASERGFGKRTPLSKFPRRGRGGQGVIAMVTNERNGALIAAVQVQEGEEIMLISDQGTLVRTRVDEVSLSGRNTQGVTLIKLASDEVLVGLERVQEPSGGDDEDLPEGEEAAESLGESAESESEPAAEAEGNEE"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002516.2","fmin":"3556426","fmax":"3559198","strand":"-","sequence":"TTACTCTTCGTTGCCTTCCGCTTCCGCCGCGGGCTCGGACTCGGACTCGGCCGACTCGCCCAGAGATTCGGCAGCTTCCTCGCCCTCGGGCAGGTCCTCGTCATCTCCGCCCGACGGCTCCTGGACACGCTCCAGACCGACCAGTACCTCGTCGCTGGCGAGCTTGATCAGGGTTACGCCCTGGGTATTGCGGCCGGACAGGGAGACTTCGTCGACACGCGTCCGCACCAGGGTGCCCTGGTCGGAAATCAGCATGATCTCCTCGCCTTCCTGGACCTGTACCGCGGCGATCAGCGCGCCGTTGCGCTCGTTGGTGACCATGGCGATCACCCCCTGGCCGCCGCGGCCGCGACGCGGGAACTTGCTCAGCGGGGTACGCTTGCCGAAGCCGCGCTCGGAGGCGGTGAGGATCTGCGCCCCGGACTCCGGAATCAGCATGGAGATCAGCTGCTGCCCCTTGCCCAGGCGCATGCCACGTACGCCGCGGGCGTTGCGGCCCATGATGCGCACCACGCTCTCGGCGAAGCGGATCACCTTGCCGGCGCTGGAGAACAGCATGACTTCCTTGGCGCCATCGGTGATCGCGGCGGCGATCAGGGTGTCGCCCTCTTCCAGCTTGAGCGCGATCAGGCCGCTGCTGCGCGGACGGCTGAACTGCACCAGCGGGGTCTTCTTCACGGTACCGAAGGCGGTGGCCATGAAGATGTAGGCGCCGGTCGGCTCGGCCACCAGCTCGGCGGTCTCGCCCTCGACTTCCTCGACCTCGGCGGCCTCGACCACCTCGCCCTCGAGCACCGCGCCTTCGGCTTCGTCGAGGTCGTCATCGGCGCCACCGTTCTGCTGCAGCGCCTCCAGGTCGATCTGCAACATCGCGGTGATCCGCTCGCCCTCATCCAGCGGCAGCAGGTTCACCAGCGGCCGGCCACGCGCGGTACGCGAGGCTTCCGGAATCTCGAAGGTACGCAGCCAGTAGACCTTGCCCTTGCTGGAGAACAGCAGGAGGGTCGCATGGCTGTTGGCCACCAGCAGGTGTTCGATGTAGTCCTCGTCCTTCATCCCGGTGGCGGACTTGCCTTTGCCGCCGCGACGCTGCGCCTGGTAGGCGGCCAGCGGCTGGGACTTGGCGTAGCCGCCGTGCGAGATGGTCACCACGCGGTCTTCCTCGGTGATCAGGTCGGCGATGGTCAGGTCGACCTGGGAAGCCACGATCTCGGTGCGGCGAGCATCGCCGAATTCGGCCTTGACCGCTTCCAGTTCCTCACGGATCACCTCCATCAGGCGCGCCGGGTTGGTCAGGATGCGGATCAGCTCGCCGATCAGGTTGAGGATTTCCTGGTATTCGGAGAGCAGCTTCTCGTGCTCCAGGCCGGTCAGGCGATGCAGGCGCAGCTCGAGGATCGCCTGGGCCTGCTCCGGCGACAGGTAGTACTTGCCGTCGCGCAGGCCGTACTGCGGATCCAGGTCTTCCGGACGACAGGCGTCGGCGCCGGCACGCTCGACCATCGCTTCCACCGCGCTGGACTCCCAGGCAGTGGCGATCAGGCGTTCCTTGGCCTCGGCCGGGGTCGGCGAACTCTTGATCAGCTCGATCACCGGGTCGATGTTCGACAGGGCGACCGCCTGGCCTTCCAGGATGTGCCCGCGCTCGCGGGCCTTGCGCAGCTCGTAGACGGTACGCCGGGTCACCACTTCGCGGCGGTGGCGGACGAACACCTCGAGCATGTCCTTCAGGTTCAGCGTGCGCGGCTGGCCGTCGACCAGGGCCACCACGTTGATGCCGAACACGCTCTGCAGCTGGGTCTGGGCATAGAGGTTGTTGAGGACCACCTCGCCCACCTCGCCGCGACGCAGCTCGATGACCACGCGCATGCCGTCCTTGTCAGACTCGTCGCGCAGCTCGGAAATACCCTCGATCTTCTTCTCTTTCACCAGCTCGGCGATCTTCTCGATCAACCGCGCCTTGTTCAACTGGTACGGCAGCTCGGTGATGATAATCTGCTCGCGACCGCCGCCCTTCTCCATCTCCTCGACGACGGCGCGGGCACGGATGTAGATGCGCCCGCGACCGGTGCGGTAGGCCTCGATGATCCCGGCGCGGCCGTTGATGATGCCGGCGGTGGGGAAGTCCGGACCGGGGATGTACTGCATCAGCTCATCGACGGTCAGGTCGGGGTTGTCCATCAGCGCCAGGCAGCCGTCGATCACTTCGCCGAGGTTGTGCGGCGGGATGTTGGTCGCCATGCCCACGGCGATACCGCTGGAACCGTTGACCAGCAGGTTGGGAATCTTGGTCGGCATGACCGCCGGGATCTGCTCGGTGCCATCGTAGTTGGGCACCCAGTCGACGGTTTCCTTTTCCAGGTCCGCCAGCAGTTCGTGGGCCAGCTTGGCCATGCGCACTTCGGTGTATCGCATGGCTGCGGCGTTGTCGCCGTCCACCGAACCGAAGTTGCCCTGGCCGTCTACCAGCATGTAGCGCAGCGAGAACGGCTGCGCCATGCGCACGATGGTGTCGTAGACCGCGGTGTCGCCGTGCGGGTGGTACTTACCGATCACGTCGCCGACCACACGGGCGGATTTCTTGTAGGGCTTGTTCCAGTCGTTGCCCAGCTCGCTCATGGCATAAAGCACACGGCGGTGCACCGGCTTCAGGCCGTCACGTGCATCCGGCAGGGCCCGCCCGACGATCACGCTCATCGCGTAGTCGAGATAGGACTGTTTCAGCTCGTCTTCGATATTGACCGGGAGAATTTCTTTGGCCAGTTCGCCCAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3003684","ARO_id":"40319","ARO_name":"Pseudomonas aeruginosa gyrA conferring resistance to fluoroquinolones","ARO_description":"Point mutation of Pseudomonas aeruginosa gyrA resulted in the lowered affinity between fluoroquinolones and gyrA. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1600"},"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"40330":{"param_type":"multiple resistance variants","param_description":"A set of nucleotide or amino acid substitutions that are each required to confer resistance to an antibiotic drug or drug class by co-mutation. Compare to single resistance variant, where only one substitution is required. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"900"}},"model_sequences":{"sequence":{"3537":{"protein_sequence":{"accession":"AEA93051.1","sequence":"MILSVLTVIYFINAIIAGITILLKPRDVAAIWAWLLVLIALPVFGFFLYLFFGRGLTDKKKFYLQQSDLRELENFQNFQEESFELYSQKMPTEEQQQFTDFFSSLNRMPLTKKNDVEIFTDGTEKFNALMADIKKAQHSIHIEYYAFVTDHIGTKILNLLEEKAAEGVEVRLLYDAFGSKGTKVHHLNELKKNGGFVQTFITSQKALLKFRLNYHDHRKIVVIDGKVGYIGGFNVADQYAGTTKKFGYWRDTHLRIQGPATSLLQMRFLMDWNVSSPEKNRVAYQLDYFFKLEALVPEANTSIQMIASGPNSDREQIKLAFIKLITSAKKRVWIQTPYLVPDDSVLAALKVAAASGVDVKIMIPDKPDHPFIYRATQYYGRLLMKENIEILIYNGGFLHAKTMIMDDEVCTVGSANQDIRSYKLNFEANAVLYDKKIIDQLEAIFLEDRKKCTTMTPEVVRDMSKWLIFKQQISRLFSPIL"},"dna_sequence":{"accession":"CP002621.1","fmin":"376485","fmax":"377931","strand":"+","sequence":"TTGATTCTTAGCGTCTTAACAGTTATTTATTTTATTAATGCAATTATTGCGGGAATTACCATTTTGTTAAAACCTCGAGATGTAGCAGCAATTTGGGCATGGCTACTCGTACTGATTGCTCTACCCGTTTTTGGTTTTTTCTTATATTTATTCTTTGGTCGCGGTTTAACCGACAAAAAGAAATTTTATTTGCAACAAAGTGATTTGCGGGAATTAGAGAATTTTCAGAATTTCCAAGAAGAAAGTTTTGAACTTTATAGTCAAAAGATGCCGACGGAGGAGCAACAACAGTTTACAGACTTTTTTTCCTCGTTAAATAGGATGCCTCTGACTAAGAAAAATGATGTTGAAATTTTTACGGATGGTACGGAAAAATTCAATGCGTTGATGGCGGATATAAAAAAAGCTCAGCACTCCATTCATATTGAATATTATGCCTTTGTAACGGATCATATCGGTACCAAAATTTTGAACTTATTAGAAGAAAAGGCGGCTGAAGGGGTTGAAGTGCGGTTGCTTTACGATGCCTTTGGCTCAAAGGGCACCAAGGTTCATCATTTGAATGAATTGAAAAAAAACGGTGGTTTTGTCCAAACGTTTATTACTTCTCAAAAAGCACTTTTGAAGTTTCGTTTGAATTATCATGATCACCGGAAAATTGTTGTTATTGACGGAAAAGTAGGCTACATTGGCGGCTTTAATGTTGCCGATCAATATGCCGGAACGACTAAAAAGTTTGGCTATTGGCGGGATACACATTTACGGATTCAAGGGCCAGCAACCTCATTACTGCAAATGCGTTTTTTAATGGATTGGAACGTCTCTTCCCCCGAGAAAAATCGTGTGGCGTATCAATTGGATTATTTCTTTAAACTTGAAGCATTGGTGCCAGAGGCAAATACATCCATTCAGATGATTGCCAGTGGTCCTAACAGTGACCGTGAACAAATTAAATTGGCCTTTATTAAATTGATTACTTCTGCCAAGAAAAGAGTCTGGATTCAAACGCCGTATTTAGTTCCTGATGATAGTGTCTTGGCTGCTTTAAAGGTTGCTGCGGCTTCAGGAGTAGATGTTAAAATTATGATTCCAGATAAGCCCGACCATCCGTTTATTTATCGAGCAACACAGTATTACGGCCGCTTATTGATGAAAGAAAATATTGAAATTTTAATTTATAACGGTGGTTTCTTACATGCGAAAACAATGATTATGGATGATGAAGTCTGCACAGTTGGTTCAGCCAATCAAGATATCCGAAGTTACAAATTAAACTTTGAAGCAAATGCTGTGTTATATGATAAAAAAATCATTGATCAATTAGAAGCAATTTTCTTAGAAGATCGAAAAAAATGTACAACAATGACTCCAGAAGTTGTTCGTGACATGTCAAAATGGTTGATTTTTAAACAACAAATTTCACGATTATTTTCACCAATTCTTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"40433","NCBI_taxonomy_name":"Enterococcus faecalis OG1RF","NCBI_taxonomy_id":"474186"}}}},"ARO_accession":"3003760","ARO_id":"40417","ARO_name":"Enterococcus faecalis cls with mutation conferring resistance to daptomycin","ARO_description":"cls or cardiolipin synthase is an inner membrane protein involved in membrane synthesis and phosopholipid metabolism, with mutations to the gene being capable of conferring daptomycin resistance.","ARO_category":{"39856":{"category_aro_accession":"3003272","category_aro_cvterm_id":"39856","category_aro_name":"daptomycin resistant cls","category_aro_description":"Cardiolipin synthetase catalyzes the formation of cardiolipin from two phosphatidylglycerol molecules. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"350"}},"model_sequences":{"sequence":{"3563":{"protein_sequence":{"accession":"NP_816529","sequence":"MIKVMLVDDHEMVRLGVSSYLSIQEDIEVVGEAENGKIGYEKALELRPDVILMDLVMEEMDGIDSTKAILKDWPEAKIIIVTSFIDDEKVYPAIEAGAAGYLLKTSTAHEIADAIRATYRGERVLEPEVTHKMMERLTKKQEPVLHEDLTNREHEILMLIAQGKSNQEIADELFITLKTVKTHVSNILAKLDVDDRTQAAIYAFQHGLAK"},"dna_sequence":{"accession":"NC_004668","fmin":"2789113","fmax":"2789746","strand":"-","sequence":"TTATTTGGCTAAACCATGTTGAAAAGCATAAATCGCCGCTTGGGTCCGATCATCCACATCTAGTTTTGCTAAAATGTTTGAAACATGTGTTTTAACTGTTTTCAAAGTGATAAAGAGTTCATCAGCTATTTCCTGATTACTTTTACCTTGTGCAATCAACATTAAAATTTCGTGTTCCCGGTTTGTCAAATCTTCGTGCAACACCGGCTCTTGTTTTTTTGTTAACCGTTCCATCATCTTATGCGTCACTTCAGGTTCCAACACACGCTCTCCGCGATAAGTCGCCCGAATTGCATCAGCAATCTCATGTGCTGTTGATGTCTTTAATAGGTAGCCCGCTGCACCAGCTTCAATCGCCGGATACACTTTTTCATCATCAATAAAACTCGTCACAATAATAATCTTGGCTTCTGGCCAATCTTTCAAGATCGCTTTTGTTGAATCAATGCCGTCCATTTCTTCCATTACCAAATCCATCAAAATAACATCTGGACGTAGTTCCAATGCTTTTTCATAGCCAATCTTACCGTTTTCTGCTTCGCCTACGACTTCTATATCCTCTTGAATAGATAAATATGATGAAACGCCTAAACGGACCATTTCATGGTCATCCACTAACATTACTTTGATCAC"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"37592","NCBI_taxonomy_name":"Enterococcus faecalis V583","NCBI_taxonomy_id":"226185"}}}},"ARO_accession":"3003792","ARO_id":"40477","ARO_name":"Enterococcus faecalis liaR mutant conferring daptomycin resistance","ARO_description":"liaR is a response regulator found in the liaFSR signal transduction pathway. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35939":{"category_aro_accession":"0000020","category_aro_cvterm_id":"35939","category_aro_name":"carbapenem","category_aro_description":"Carbapenems are a class of beta-lactam antibiotics with a broad spectrum of antibacterial activity, and have a structure which renders them highly resistant to beta-lactamases. Carbapenem antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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All penicillins are beta-lactam antibiotics in the penam sub-group, and are used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36189":{"category_aro_accession":"3000050","category_aro_cvterm_id":"36189","category_aro_name":"tetracycline antibiotic","category_aro_description":"These antibiotics are derived from tetracycline, a polyketide antibiotic that inhibits the 30S subunit of bacterial ribosomes.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36192":{"category_aro_accession":"3000053","category_aro_cvterm_id":"36192","category_aro_name":"peptide antibiotic","category_aro_description":"Peptide antibiotics have a wide range of antibacterial mechanisms, depending on the amino acids that make up the antibiotic, although most act to disrupt the cell membrane in some manner. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"850"}},"model_sequences":{"sequence":{"3667":{"protein_sequence":{"accession":"CDJ73208","sequence":"MLAFLNQVRKPTLDLPLEVRRKMWFKPFMQSYLVVFIGYLTMYLIRKNFNIAQNDMISTYGLSMTQLGMIGLGFSITYGVGKTLVSYYADGKNTKQFLPFMLILSAICMLGFSASMGSGSVSLFLMIAFYALSGFFQSTGGSCSYSTITKWTPRRKRGTFLGFWNISHNLGGAGAAGVALFGANYLFDGHVIGMFIFPSIIALIVGFIGLRYGSDSPESYGLGKAEELFGEEISEEDKETESTDMTKWQIFVEYVLKNKVIWLLCFANIFLYVVRIGIDQWSTVYAFQELKLSKAVAIQGFTLFEAGALVGTLLWGWLSDLANGRRGLVACIALALIIATLGVYQHASNEYIYLASLFALGFLVFGPQLLIGVAAVGFVPKKAIGAADGIKGTFAYLIGDSFAKLGLGMIADGTPVFGLTGWAGTFAALDIAAIGCICLMAIVAVMEERKIRREKKIQQLTVA"},"dna_sequence":{"accession":"HG738867","fmin":"2934266","fmax":"2935658","strand":"+","sequence":"ATGCTGGCTTTCTTAAACCAGGTTCGCAAGCCGACCCTGGACCTTCCGCTCGAAGTGCGGCGCAAAATGTGGTTCAAACCGTTCATGCAATCCTACCTGGTGGTCTTTATCGGCTACCTGACGATGTACCTGATTCGCAAGAACTTTAACATCGCGCAGAACGATATGATTTCGACCTACGGGTTGAGCATGACGCAGCTGGGGATGATCGGCCTGGGTTTCTCCATCACTTATGGCGTGGGTAAAACGCTGGTTTCCTACTACGCCGACGGCAAAAACACCAAACAATTCCTGCCGTTCATGCTGATCCTCTCTGCTATTTGTATGCTGGGCTTCAGTGCCAGTATGGGCAGCGGCTCGGTTAGCCTGTTCCTGATGATTGCCTTCTACGCCTTAAGCGGCTTTTTCCAGAGTACCGGCGGTTCGTGCAGTTACTCCACCATCACCAAATGGACGCCGCGTCGTAAACGCGGGACATTCCTCGGTTTCTGGAATATTTCTCACAACCTTGGCGGTGCAGGCGCAGCAGGTGTGGCGCTGTTCGGGGCAAATTACCTGTTCGATGGCCATGTCATCGGCATGTTTATCTTCCCGTCGATTATCGCGCTGATTGTCGGTTTTATCGGCCTGCGTTACGGCAGCGACTCCCCGGAATCTTATGGCCTCGGCAAAGCTGAAGAACTGTTCGGCGAGGAGATCAGCGAAGAGGACAAAGAGACAGAATCTACCGATATGACCAAGTGGCAGATCTTTGTTGAGTATGTGCTGAAAAACAAAGTGATCTGGCTGCTGTGCTTCGCCAACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCCAGGAACTGAAACTCTCTAAAGCGGTGGCGATTCAGGGCTTTACGCTGTTTGAAGCTGGTGCGCTGGTCGGTACGCTGCTGTGGGGCTGGCTCTCTGACCTGGCGAACGGTCGCCGTGGCCTGGTGGCCTGCATCGCGCTGGCGCTGATTATCGCCACGCTCGGTGTGTATCAACATGCCAGTAACGAATATATCTATCTGGCTTCTCTCTTTGCGTTGGGTTTCCTGGTCTTTGGCCCGCAATTGTTGATTGGTGTGGCTGCTGTTGGCTTTGTACCTAAAAAAGCGATTGGCGCTGCCGATGGTATTAAAGGCACCTTTGCTTACCTGATTGGTGACAGCTTTGCCAAGTTAGGTCTGGGAATGATTGCCGATGGGACGCCGGTATTCGGCCTTACCGGCTGGGCAGGCACCTTCGCCGCGCTGGATATCGCCGCGATTGGTTGTATCTGCCTGATGGCGATAGTGGCGGTAATGGAAGAACGCAAAATCCGCCGCGAGAAAAAAATTCAGCAGTTGACAGTGGCATAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"40589","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli str. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"850"},"41343":{"param_type":"deletion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not premature termination of functional knockout. 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Protein variant models are similar to protein homolog models - they detect the presence of a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence, but secondarily search submitted query sequences for curated sets of mutations shown clinically to confer resistance relative to wild-type. This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"860"}},"model_sequences":{"sequence":{"3672":{"protein_sequence":{"accession":"NP_249871.1","sequence":"MIRSLRIRLMLGAAALAVLFMLALLPALQRAFGIALENTIEQRLAADVATLVSAARVEKGRLVMPEHLPVEEFNLPEAKVLGYIYDQNGDLLWRSTSAADESINYTPRYDGRGNEFHTTRDAKGEEFFVFDVEIDLLRGKQAAYSIVTMQSVSEFESLLKGFREQLYLWLGGALLVLLGLLWLGLTWGFRAMRGLSSELDQIESGERESLSEEHPRELLRLTHSLNRLLRSEHKQRERYRHSLGDLAHSLKTPLAVLQGVGDQLAEEPGNREQVRVLQGQIERMSQQIGYQLQRASLRKSGLVRHREQLAPLVETLCDALDKVYRDKRVSLQRDFSPSFSVPVERGALLELLGNLLENAYRLCLGRVRVGARLGPGYSELWVEDDGPGVPAEQRARIIRRGERADTQHPGQGIGLAVALDIIESYDGELSLDDSELGGACFRIRFATV"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002516.2","fmin":"1278361","fmax":"1279708","strand":"+","sequence":"GTGATCCGTTCCCTGCGCATCCGTCTGATGCTCGGCGCCGCCGCCCTGGCGGTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCCTGCAGCGGGCCTTCGGCATCGCCCTGGAGAACACCATCGAGCAGCGCCTGGCCGCCGACGTGGCGACCCTGGTCTCGGCGGCGCGGGTGGAGAAGGGCCGCCTGGTGATGCCCGAGCACCTGCCGGTGGAGGAGTTCAACCTGCCGGAGGCCAAGGTCCTCGGCTATATCTACGACCAGAATGGCGATCTGCTCTGGCGCTCCACCTCGGCGGCCGACGAGTCGATCAACTACACGCCGCGCTACGACGGCCGCGGCAACGAATTCCACACCACCCGCGATGCGAAGGGCGAGGAGTTCTTCGTGTTCGACGTCGAGATCGACCTGCTGCGCGGCAAGCAGGCGGCCTACAGCATCGTCACCATGCAATCGGTCAGCGAGTTCGAGAGCCTGCTCAAGGGGTTCCGCGAGCAGCTCTACCTGTGGCTCGGCGGCGCCCTGCTGGTCTTGCTCGGGCTGCTCTGGCTGGGTCTGACCTGGGGCTTCCGGGCGATGCGCGGGTTGAGTTCCGAGCTGGACCAGATCGAATCCGGCGAGCGCGAGAGCCTGAGCGAGGAGCATCCGCGCGAGCTGCTGCGCCTGACCCACTCGCTTAACCGCCTGTTGCGCAGCGAGCACAAACAGCGCGAGCGCTACCGCCACTCCCTCGGCGACCTGGCGCACAGTCTGAAGACGCCGCTGGCGGTCTTGCAGGGGGTCGGCGACCAGCTCGCCGAGGAGCCCGGCAACCGCGAGCAGGTGCGGGTGCTACAGGGCCAGATCGAGCGCATGAGCCAGCAGATAGGCTATCAGTTGCAGCGCGCCAGCCTGCGCAAGAGCGGCCTGGTACGCCATCGCGAGCAACTGGCGCCGCTGGTGGAGACCCTGTGCGACGCGCTGGACAAGGTCTATCGCGACAAGCGGGTAAGCCTGCAGCGGGACTTCTCGCCGTCCTTCAGCGTGCCGGTGGAGCGCGGCGCGCTGCTGGAACTGCTCGGCAACCTGCTGGAGAACGCCTATCGCCTGTGCCTGGGCCGGGTCCGCGTGGGCGCCCGGCTGGGGCCGGGTTACTCGGAGCTGTGGGTCGAGGACGACGGTCCCGGAGTGCCTGCCGAACAGCGCGCACGAATCATCCGCCGCGGCGAGCGCGCCGATACCCAGCACCCGGGGCAGGGCATCGGCCTGGCCGTGGCGCTGGACATCATCGAGAGCTACGACGGCGAACTGAGCCTGGACGATTCCGAGCTGGGCGGCGCCTGCTTCCGCATACGTTTCGCTACAGTCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3003896","ARO_id":"40598","ARO_name":"Pseudomonas mutant PhoQ conferring resistance to colistin","ARO_description":"Mutations in Pseudomonas aeruginosa PhoQ of the two-component PhoPQ regulatory system. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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Cefoxitin is bactericidal and acts by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. Cefoxitin's 7-alpha-methoxy group and 3' leaving group make it a poor substrate for most beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35930":{"category_aro_accession":"0000011","category_aro_cvterm_id":"35930","category_aro_name":"cloxacillin","category_aro_description":"Cloxacillin is a semisynthetic, isoxazolyl penicillin derivative in the beta-lactam class of antibiotics. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. 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This parameter is not currently used in detection algorithms.","param_type_id":"40394","param_value":{"4391":"W355STOP"}},"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"800"},"41343":{"param_type":"deletion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not premature termination of functional knockout. Mutation parameters of this type are reported in the CARD with the notation: [-]nt[position]:[nucleotides].","param_type_id":"41343","param_value":{"8145":"-nt248:G","8146":"-nt225:TGGATTTA"}},"41345":{"param_type":"insertion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the insertion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of insertion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not causing premature termination or a functional knockout. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"850"},"41343":{"param_type":"deletion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not premature termination of functional knockout. Mutation parameters of this type are reported in the CARD with the notation: [-]nt[position]:[nucleotides].","param_type_id":"41343","param_value":{"8148":"-nt431:ATTCAACGATTT","8149":"-nt27:T"}},"41345":{"param_type":"insertion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the insertion mutation detection model parameter. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"650"},"41345":{"param_type":"insertion mutation from nucleotide sequence","param_description":"A subtype of the insertion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of insertion mutations is reported in a nucleotide sequence format. Such mutations may be of variable length - possibly causing a frameshift, but not causing premature termination or a functional knockout. 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A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. 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Subclasses of peptide antibiotics can include additional sidechains of other types, such as lipids in the case of the lipopeptide antibiotics.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36220":{"category_aro_accession":"3000081","category_aro_cvterm_id":"36220","category_aro_name":"glycopeptide antibiotic","category_aro_description":"Glycopeptide antibiotics are natural products produced non-ribosomally by Actinomycetales bacteria. With the exception of bleomycins, they act by binding the terminal D-Ala-D-Ala in peptidoglycan precursors of the growing bacterial cell wall and are generally active against Gram-positive bacteria.  This inhibits transglycosylation leading to cell death due to osmotic stress.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35997":{"category_aro_accession":"0001001","category_aro_cvterm_id":"35997","category_aro_name":"antibiotic target alteration","category_aro_description":"Mutational alteration or enzymatic modification of antibiotic target which results in antibiotic resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"2482":{"model_id":"2482","model_name":"Chlamydomonas reinhardtii 16S rRNA mutation in the rrnS gene conferring resistance to streptomycin","model_type":"rRNA gene variant model","model_type_id":"40295","model_description":"The rRNA gene variant model is an AMR detection model used to identify ribosomal RNA (rRNA) genes with mutations shown clinically to confer resistance to known antibiotic(s) relative to the wild-type rRNA sequence. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"425"},"41342":{"param_type":"deletion mutation from peptide sequence","param_description":"A subtype of the deletion mutation detection model parameter. This parameter is used when a set of deletion mutations is reported in a peptide sequence format. These are specific to codon deletions, where a multiple of 3 nucleotides are deleted. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"4389":{"protein_sequence":{"accession":"EEL41021.1","sequence":"MEEIKMNTLKIKQLATKEGLNILEDSIKINESGVDFQVAHAKEQNGDKWILRIPRRPESMRHVLQEKKALEIIKNHAGFQVPDWSIFTEDLIAYKQLSGVPAATIDIEQQGYIWSFNEKNAPSEYHISLGKVLANLHSLPQQEFNNIGIEILTANELRASMEQRMNRVKEQYYVNQKLWDRWQAWLTEDSFWPSHVGVTHGDIHPGHILIDKKNNVTGLIDWTEVGIADVSIDFTSHYLLFGKDGLTKLISSYDNAGGKTWSRMDEHIIELLTTSSITVAEYAQVSGLKEMHEAAVHMLATES"},"dna_sequence":{"accession":"ACMJ01000036","fmin":"72074","fmax":"72986","strand":"-","sequence":"TTAACTTTCAGTTGCTAGCATGTGTACAGCTGCTTCATGCATCTCTTTCAAACCTGACACTTGAGCATATTCAGCAACAGTGATACTACTTGTTGTTAGAAGTTCGATAATATGTTCATCCATTCTTGACCAAGTTTTACCACCAGCATTGTCATAAGAGCTAATTAACTTTGTTAGTCCATCTTTCCCAAAGAGCAGATAATGTGATGTGAAATCTATAGAAACATCAGCTATCCCTACTTCTGTCCAATCGATTAAGCCAGTTACATTATTTTTCTTATCAATCAGGATATGACCTGGATGTATATCCCCATGCGTTACTCCTACATGAGATGGCCAAAAAGAATCTTCAGTTAGCCATGCTTGCCAACGATCCCATAATTTTTGATTGACATAGTATTGTTCCTTCACTCGATTCATCCTTTGTTCCATAGAAGCTCTTAATTCATTAGCAGTAAGAATTTCAATACCGATATTATTAAATTCTTGTTGAGGTAATGAGTGTAAATTCGCTAGAACTTTTCCTAATGAAATATGGTATTCAGATGGTGCGTTTTTTTCATTAAAGCTCCATATATATCCTTGTTGTTCTATATCAATAGTGGCGGCAGGAACGCCACTTAGTTGCTTATAGGCAATTAAGTCTTCAGTGAATATAGACCAATCAGGAACTTGGAATCCTGCATGGTTTTTTATGATTTCCAATGCCTTTTTTTCTTGTAGGACATGTCTCATAGATTCTGGTCTACGAGGAATTCTTAGTATCCATTTATCTCCGTTTTGTTCTTTAGCGTGTGCTACTTGAAAGTCAACACCAGATTCATTGATTTTTATTGAATCTTCTAAGATATTTAGGCCTTCCTTAGTTGCTAATTGTTTAATTTTAAGTGTGTTCATTTTTATTTCCTCCAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"39617","NCBI_taxonomy_name":"Bacillus cereus Rock3-29","NCBI_taxonomy_id":"526984"}}}},"ARO_accession":"3003072","ARO_id":"39614","ARO_name":"Bacillus Cluster A intrinsic mph","ARO_description":"Bacillus Cluster A mph are chromosomally-encoded macrolide phosphotransferases that inactivate 14- and 15-membered macrolides such as erythromycin, clarithromycin, azithromycin.","ARO_category":{"36472":{"category_aro_accession":"3000333","category_aro_cvterm_id":"36472","category_aro_name":"macrolide phosphotransferase (MPH)","category_aro_description":"Macrolide phosphotransferases (MPH) are enzymes encoded by macrolide phosphotransferase genes (mph genes). 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"900"}},"model_sequences":{"sequence":{"3375":{"protein_sequence":{"accession":"AEX49906.1","sequence":"MSRAAVPSVRRRLLVNLLVGFVLCWLSVAALTYHLSLKQVNRLFDDDMVDFGEAALRLLDLATEDQAGEDGSITEIIERSREAIQGLPLLRRESALGYALWRDGQPLLSSLNLPPEITAQGPGFSTVEAQGTHWRVLQLNIDGFQIWISENLIYRQHTMNLLLFYSLFPLLLALPLLGGLVWFGVARGLAPLREVQAEVQQRSARHLQPIAVEAVPLEIRGLIDELNLLLERLRTALEAERRLTSDAAHEIRTPLASLRTHAQVALRSEDPKAHARGLLQVSRSVERISTLMEQILLLARLDGDALLEQFHPVNLATLAEDVLSELARQAIDKDIELSLHQETVHVMGIDLWLKAMVGNLVGNALRYTPAGGQVEIRVENRAQHAVLRVRDNGPGVALEEQQAIFTRFYRSPATSSGEGSGLGLPIVKRIVELHFGSIGLGKGLEGKGLEVQVFLPKTQPDATRPPARGPDSGRSHI"},"dna_sequence":{"accession":"JQ340365","fmin":"0","fmax":"1434","strand":"+","sequence":"ATGTCCCGTGCCGCCGTCCCCTCCGTCCGCCGGCGCCTGCTGGTCAACCTGCTGGTCGGCTTCGTGCTGTGCTGGCTGAGCGTGGCGGCGCTGACCTACCACCTCTCGCTGAAGCAGGTGAACCGCCTGTTCGACGACGACATGGTGGACTTCGGCGAAGCCGCCCTGCGCCTGCTCGACCTTGCCACCGAAGACCAGGCCGGCGAGGACGGCTCCATCACCGAGATCATCGAACGCAGCCGCGAAGCGATCCAGGGTCTGCCCCTGCTGCGCCGCGAAAGCGCCCTCGGCTACGCCCTGTGGCGCGACGGCCAGCCGCTGCTGTCGAGCCTCAACCTGCCGCCGGAGATCACGGCCCAGGGCCCCGGCTTCAGCACCGTGGAAGCCCAGGGCACCCACTGGCGGGTGCTCCAGCTGAACATCGACGGCTTCCAGATCTGGATCAGCGAAAACCTGATCTACCGCCAGCACACCATGAACCTGCTGCTGTTCTACTCGCTGTTCCCACTGCTGCTGGCGCTGCCGTTGCTCGGCGGCCTGGTCTGGTTCGGCGTTGCCCGCGGCCTGGCGCCGCTACGCGAAGTGCAGGCCGAGGTCCAGCAGCGCTCCGCGCGACACCTGCAGCCGATCGCGGTGGAAGCGGTGCCGCTGGAGATCCGCGGCCTCATCGACGAACTCAACCTCCTGCTGGAGCGTCTGCGCACCGCCCTCGAGGCCGAACGCCGACTGACCAGCGACGCCGCCCATGAAATCCGCACGCCACTGGCCAGCCTGCGCACCCATGCCCAGGTCGCGCTGCGTTCGGAAGACCCCAAGGCCCACGCCCGCGGCCTGCTGCAAGTCAGTCGCAGCGTCGAGCGGATCAGCACCTTGATGGAGCAGATCCTGCTCCTCGCCCGCCTCGACGGCGACGCCCTGCTGGAGCAATTCCACCCGGTCAACCTCGCCACCCTGGCCGAAGACGTACTCTCCGAACTGGCGCGCCAGGCCATCGACAAGGACATCGAGCTGTCGTTGCACCAGGAGACCGTGCACGTGATGGGCATCGACCTGTGGCTGAAGGCGATGGTCGGCAACCTGGTGGGCAACGCCCTGCGCTACACACCGGCCGGGGGCCAGGTCGAGATCCGCGTCGAGAATCGCGCCCAGCACGCCGTGCTGCGGGTGCGCGACAACGGCCCCGGGGTCGCCCTGGAAGAGCAGCAGGCGATCTTCACCCGCTTCTACCGCAGCCCCGCCACCAGCAGCGGCGAGGGCAGCGGCCTGGGCCTGCCGATCGTCAAGCGCATCGTCGAACTGCACTTCGGCAGTATCGGCCTGGGCAAGGGACTGGAGGGCAAAGGGCTGGAAGTGCAGGTGTTCCTGCCGAAGACCCAGCCGGACGCGACGCGGCCGCCGGCCAGAGGTCCGGACAGCGGGCGGTCACATATCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36752","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa","NCBI_taxonomy_id":"287"}}}},"ARO_accession":"3003583","ARO_id":"40193","ARO_name":"basS","ARO_description":"Histidine protein kinase sensor Lipid A modification gene; part of a two-component system involved in polymyxin resistance that senses high extracellular Fe(2+)","ARO_category":{"41433":{"category_aro_accession":"3004269","category_aro_cvterm_id":"41433","category_aro_name":"pmr phosphoethanolamine transferase","category_aro_description":"This family of phosphoethanolamine transferase catalyze the addition of 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (L-Ara4N) and phosphoethanolamine to lipid A, which impedes the binding of colistin to the cell membrane.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36192":{"category_aro_accession":"3000053","category_aro_cvterm_id":"36192","category_aro_name":"peptide antibiotic","category_aro_description":"Peptide antibiotics have a wide range of antibacterial mechanisms, depending on the amino acids that make up the antibiotic, although most act to disrupt the cell membrane in some manner. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"800"}},"model_sequences":{"sequence":{"3556":{"protein_sequence":{"accession":"AAN28945","sequence":"MPGIKVFGETVLRGSVRVSGAKNATTKLLVASLLSDQRTILKNVPNIEDVRQTVDLCRVLGAIVEWDQQAQVIEIHTPRILLSKVPPQFSCVNRIPILLLGALLRRCPYGIFVPILGGDAIGPRTLHFHLEGWKKLGAEIVISDEGYWASAPNGLVGAHITLPYPSVGATENLILASVGAQGRTIIKNAALEVEIIDLIVFLQKAGVEITTDNDKTIEIFGCQDFYSVEHFIIPDKIEAASFGMAAVVSQGRIFVEQARHEHMIPFLKVLRSIGGGFSVHENGIEFFYDKPLKGGVLLETDVHPGFITDWQQPFAVLLSQSEGCSVIHETVHENRLGYLKGLVKMGAHCDLFHECLSAKSCRYSTGNHPHSAVIHGPTPLQATDLVIPDLRAGFAYVMAALIAEGGASWIENTEMLDRGYTDWRGKLERLGAKVLARDAVSVYV"},"dna_sequence":{"accession":"AY152390","fmin":"0","fmax":"1335","strand":"+","sequence":"ATGCCTGGTATCAAGGTTTTTGGAGAAACGGTCTTAAGAGGATCTGTGCGCGTGTCAGGAGCTAAAAATGCTACAACTAAATTACTTGTAGCCTCCTTACTTTCGGATCAGCGAACGATTTTAAAGAACGTCCCTAATATTGAAGATGTTCGGCAAACGGTAGATCTTTGTCGGGTTTTAGGGGCGATTGTAGAGTGGGATCAGCAAGCGCAAGTGATTGAAATTCACACTCCGCGCATTTTATTGTCCAAGGTTCCTCCGCAATTTTCTTGTGTTAATCGGATTCCTATTTTGCTGTTAGGAGCGTTGTTACGTCGTTGTCCTTATGGGATTTTTGTTCCTATTTTGGGAGGGGATGCTATAGGACCTCGTACGCTACATTTCCATTTAGAAGGATGGAAGAAGCTTGGAGCAGAGATAGTAATTAGTGATGAAGGCTATTGGGCTTCAGCTCCAAATGGTCTTGTTGGAGCACACATCACGTTACCCTACCCTTCTGTGGGAGCCACAGAAAACCTCATCCTTGCTTCTGTAGGGGCTCAAGGACGAACGATTATTAAGAATGCTGCTCTTGAAGTGGAAATCATTGATTTGATTGTCTTTTTACAGAAAGCAGGCGTGGAGATTACAACAGATAATGATAAGACCATCGAAATTTTTGGATGTCAGGATTTCTATTCTGTTGAGCACTTCATTATTCCAGATAAAATCGAGGCTGCTTCTTTCGGTATGGCTGCGGTAGTTTCTCAGGGAAGGATCTTCGTAGAACAAGCGCGCCATGAGCATATGATCCCTTTTTTAAAGGTATTAAGATCGATAGGAGGGGGATTCTCTGTACATGAGAATGGGATCGAATTTTTCTACGATAAGCCTTTGAAAGGGGGTGTTCTTCTAGAAACGGATGTGCATCCAGGGTTTATTACAGATTGGCAACAACCTTTTGCCGTATTGCTCTCTCAGTCAGAAGGTTGTTCGGTGATCCATGAGACAGTGCATGAGAATCGTCTTGGGTATTTGAAAGGTTTGGTAAAAATGGGAGCGCATTGTGATTTATTTCACGAGTGTTTGAGTGCTAAGTCGTGTCGCTATTCTACAGGGAATCATCCTCATAGCGCAGTCATTCATGGTCCGACTCCTTTGCAGGCAACAGACTTAGTGATTCCTGATTTGCGCGCAGGATTTGCTTATGTCATGGCCGCACTCATTGCAGAAGGCGGAGCCTCATGGATTGAGAATACCGAGATGCTGGATCGAGGGTACACTGATTGGCGAGGGAAATTAGAAAGATTAGGAGCTAAGGTTTTAGCGCGAGACGCAGTATCTGTGTATGTTTAA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"40470","NCBI_taxonomy_name":"Chlamydia trachomatis","NCBI_taxonomy_id":"813"}}}},"ARO_accession":"3003785","ARO_id":"40469","ARO_name":"Chlamydia trachomatis intrinsic murA conferring resistance to fosfomycin","ARO_description":"Chlamydia murA confers intrinsic resistance to fosfomycin. 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Protein homolog models detect a protein sequence based on its similarity to a curated reference sequence. A protein homolog model has only one parameter: a curated BLASTP bitscore cutoff for determining the strength of a match. Protein homolog model matches to reference sequences are categorized on three criteria: \"perfect\", \"strict\" and \"loose\". A perfect match is 100% identical to the reference sequence along its entire length; a strict match is not identical but the bitscore of the matched sequence is greater than the curated BLASTP bitscore cutoff. Loose matches are other sequences with a match bitscore less than the curated BLASTP bitscore.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"850"}},"model_sequences":{"sequence":{"427":{"protein_sequence":{"accession":"NP_249118.1","sequence":"MKRSFLSLAVAAVVLSGCSLIPDYQRPEAPVAAAYPQGQAYGQNTGAAAVPAADIGWREFFRDPQLQQLIGVALENNRDLRVAALNVEAFRAQYRIQRADLFPRIGVDGSGTRQRLPGDLSTTGSPAISSQYGVTLGTTAWELDLFGRLRSLRDQALEQYLATEQAQRSAQTTLVASVATAYLTLKADQAQLQLTKDTLGTYQKSFDLTQRSYDVGVASALDLRQAQTAVEGARATLAQYTRLVAQDQNALVLLLGSGIPANLPQGLGLDQTLLTEVPAGLPSDLLQRRPDILEAEHQLMAANASIGAARAAFFPSISLTANAGTMSRQLSGLFDAGSGSWLFQPSINLPIFTAGSLRASLDYAKIQKDINVAQYEKAIQTAFQEVADGLAARGTFTEQLQAQRDLVKASDEYYQLADKRYRTGVDNYLTLLDAQRSLFTAQQQLITDRLNQLTSEVNLYKALGGGWNQQTVTQQQTAKKEDPQA"},"dna_sequence":{"accession":"NC_002516","fmin":"476332","fmax":"477790","strand":"+","sequence":"ATGAAACGGTCCTTCCTTTCCCTGGCGGTAGCCGCTGTCGTTCTGTCCGGCTGCTCGCTGATCCCCGACTACCAGCGCCCCGAGGCGCCGGTAGCCGCGGCCTACCCGCAAGGGCAGGCCTACGGGCAGAACACCGGCGCGGCGGCCGTTCCGGCCGCCGACATCGGCTGGCGCGAGTTCTTCCGCGACCCGCAGTTGCAGCAACTGATCGGCGTGGCGCTGGAAAACAACCGCGACCTGCGGGTCGCCGCGCTGAACGTCGAGGCCTTCCGGGCGCAGTACCGCATCCAGCGGGCCGACCTGTTCCCGCGGATCGGCGTGGACGGTAGCGGCACCCGCCAGCGTTTGCCGGGCGACCTGTCGACCACCGGCAGTCCGGCGATTTCCAGCCAGTACGGGGTGACCCTGGGCACTACCGCCTGGGAACTCGATCTCTTCGGCCGCCTGCGCAGCCTGCGCGACCAGGCCCTGGAGCAGTACCTGGCGACCGAACAGGCGCAGCGCAGCGCGCAGACCACCCTGGTGGCCAGCGTGGCGACCGCCTACCTGACGCTGAAGGCCGACCAGGCGCAGTTGCAGCTGACCAAGGACACCCTGGGCACCTACCAGAAGAGTTTCGACCTGACCCAGCGCAGCTACGACGTCGGCGTCGCCTCCGCGCTCGACCTGCGCCAGGCGCAGACCGCCGTGGAAGGCGCCCGCGCGACCCTGGCGCAGTACACCCGCCTGGTAGCCCAGGACCAGAATGCGCTGGTCCTGCTGCTGGGCTCCGGGATCCCGGCGAACCTGCCGCAAGGCCTGGGCCTGGACCAGACCCTGCTGACCGAAGTGCCGGCGGGTCTGCCGTCGGACCTGCTGCAACGGCGCCCGGACATCCTCGAGGCCGAGCACCAGCTCATGGCTGCCAACGCCAGCATCGGCGCCGCGCGCGCGGCGTTCTTCCCGAGCATCAGCCTGACCGCCAACGCCGGCACCATGAGCCGCCAACTGTCCGGCCTGTTCGACGCCGGTTCGGGTTCCTGGTTGTTCCAGCCGTCGATCAACCTGCCGATCTTCACCGCCGGCAGCCTGCGTGCCAGCCTGGACTACGCGAAGATCCAGAAGGACATCAACGTCGCGCAGTACGAGAAGGCGATCCAGACGGCGTTCCAGGAAGTCGCCGACGGCCTGGCCGCGCGCGGTACCTTCACCGAGCAGTTGCAGGCGCAGCGCGATCTGGTCAAGGCCAGCGACGAGTACTACCAGCTCGCCGACAAGCGCTATCGCACGGGGGTGGACAACTACCTGACCCTGCTCGACGCGCAACGCTCGCTGTTCACCGCGCAGCAGCAACTGATCACCGACCGCCTCAATCAGCTGACCAGCGAGGTCAACCTGTACAAGGCCCTCGGCGGCGGCTGGAACCAGCAGACCGTGACCCAGCAGCAGACCGCGAAGAAGGAAGATCCCCAGGCTTGAT"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"36804","NCBI_taxonomy_name":"Pseudomonas aeruginosa PAO1","NCBI_taxonomy_id":"208964"}}}},"ARO_accession":"3000379","ARO_id":"36518","ARO_name":"OprM","ARO_description":"OprM is an outer membrane factor protein found in Pseudomonas aeruginosa and Burkholderia vietnamiensis. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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Cefoxitin is bactericidal and acts by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. Cefoxitin's 7-alpha-methoxy group and 3' leaving group make it a poor substrate for most beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35930":{"category_aro_accession":"0000011","category_aro_cvterm_id":"35930","category_aro_name":"cloxacillin","category_aro_description":"Cloxacillin is a semisynthetic, isoxazolyl penicillin derivative in the beta-lactam class of antibiotics. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35961":{"category_aro_accession":"0000043","category_aro_cvterm_id":"35961","category_aro_name":"carbenicillin","category_aro_description":"Carbenicillin is a semi-synthetic antibiotic belonging to the carboxypenicillin subgroup of the penicillins. It has gram-negative coverage which includes Pseudomonas aeruginosa but limited gram-positive coverage. The carboxypenicillins are susceptible to degradation by beta-lactamase enzymes. Carbenicillin antibiotics are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35971":{"category_aro_accession":"0000054","category_aro_cvterm_id":"35971","category_aro_name":"penicillin","category_aro_description":"Penicillin (sometimes abbreviated PCN) is a beta-lactam antibiotic used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms. It works by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35973":{"category_aro_accession":"0000056","category_aro_cvterm_id":"35973","category_aro_name":"oxacillin","category_aro_description":"Oxacillin is a penicillinase-resistant beta-lactam. It is similar to methicillin, and has replaced methicillin in clinical use. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. Together with cephalosporins, they form a sub-group of antibiotics known as cephems. Cephamycins are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms. The 7-alpha-methoxy group increases resistance to beta-lactamases.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"36017":{"category_aro_accession":"3000008","category_aro_cvterm_id":"36017","category_aro_name":"penam","category_aro_description":"Penams, often referred to as penicillins, are a group of antibiotics derived from Penicillium fungi. Penicillin antibiotics are historically significant because they are the first drugs that were effective against many previously serious diseases such as syphilis and Staphylococcus infections. Penicillins are still widely used today, though many types of bacteria are now resistant. 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Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"7794":"A2330T"},"clinical":{"7794":"A2330T"}},"blastn_bit_score":{"param_type":"BLASTN bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment. Higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. This parameter is used by AMR detection models without a protein reference sequence but including a nucleotide reference sequence, e.g. the rRNA gene variant model. The BLASTN bit-score parameter is a curated value determined from BLASTN analysis of the canonical nucleotide reference sequence of a specific AMR-associated gene against the database of CARD reference sequences. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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Single resistance variants are used by the protein variant and rRNA mutation models to detect antibiotic resistance from submitted sequences.","param_type_id":"36301","param_value":{"7874":"E40Q","7875":"E40G","7873":"T20P","7876":"I43T","7877":"I43S","7878":"I43A","7879":"R49P","7880":"R49W","7881":"L56V","7882":"R91W","7883":"S150G","7884":"S150C","7885":"E153A","7886":"E153G","7887":"A420V"},"clinical":{"7874":"E40Q","7875":"E40G","7873":"T20P","7876":"I43T","7877":"I43S","7878":"I43A","7879":"R49P","7880":"R49W","7881":"L56V","7882":"R91W","7883":"S150G","7884":"S150C","7885":"E153A","7886":"E153G","7887":"A420V"}},"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35971":{"category_aro_accession":"0000054","category_aro_cvterm_id":"35971","category_aro_name":"penicillin","category_aro_description":"Penicillin (sometimes abbreviated PCN) is a beta-lactam antibiotic used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms. It works by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35973":{"category_aro_accession":"0000056","category_aro_cvterm_id":"35973","category_aro_name":"oxacillin","category_aro_description":"Oxacillin is a penicillinase-resistant beta-lactam. It is similar to methicillin, and has replaced methicillin in clinical use. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"300"}},"model_sequences":{"sequence":{"4174":{"protein_sequence":{"accession":"AAX84553.1","sequence":"MNEGKNEVSTSAAGRFAFPSNATFALGDRVRKKSGAAWQGRIVGWYCTTLTPEGYAVESESHPGSVQIYPMTALERVA"},"dna_sequence":{"accession":"AY973253.1","fmin":"125","fmax":"362","strand":"+","sequence":"ATGAATGAAGGAAAAAATGAGGTCAGTACTTCAGCTGCTGGCCGGTTCGCATTCCCATCAAACGCCACGTTTGCCTTGGGGGATCGCGTACGCAAGAAGTCTGGCGCTGCTTGGCAGGGGCGCATTGTCGGGTGGTACTGCACAACACTTACCCCTGAAGGCTACGCCGTCGAGTCCGAATCTCACCCAGGCTCAGTCCAGATTTATCCCATGACTGCGCTTGAACGGGTGGCCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"35914","NCBI_taxonomy_name":"Escherichia coli","NCBI_taxonomy_id":"562"}}}},"ARO_accession":"3002855","ARO_id":"39289","ARO_name":"dfrA2d","ARO_description":"dfrA2d is an integron-encoded dihydrofolate reductase found in Enterobacteriaceae","ARO_category":{"37617":{"category_aro_accession":"3001218","category_aro_cvterm_id":"37617","category_aro_name":"trimethoprim resistant dihydrofolate reductase dfr","category_aro_description":"Alternative dihydropteroate synthase dfr present on plasmids produces alternate proteins that are less sensitive to trimethoprim from inhibiting its role in folate synthesis, thus conferring trimethoprim resistance.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36327":{"category_aro_accession":"3000188","category_aro_cvterm_id":"36327","category_aro_name":"trimethoprim","category_aro_description":"Trimethoprim is a synthetic 5-(3,4,5- trimethoxybenzyl) pyrimidine inhibitor of dihydrofolate reductase, inhibiting synthesis of tetrahydrofolic acid. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"1000"}},"model_sequences":{"sequence":{"4295":{"protein_sequence":{"accession":"ATU90148.1","sequence":"MRLSAFITFLKMRPQVRTEFLTLFISLVFTLLCNGVFWNALLAGRDSLTSGTWLMLLCTGLLITGLQWLLLLLVATRWSVKPLLILLAVMTPAAVYFMRNYGVYLDKAMLRNLMETDVREASELLQWRMLPYLLVAAVSVWWIARVRVLRTGWKQAVMMRSACLAGALAMISMGLWPVMDVLIPTLRENKPLRYLITPANYVISGIRVLTEQASSSADEAREVVAADAHRGPQEQGRRPRALVLVVGETVRAANWGLSGYERQTTPELAARDVINFSDVTSCGTDTATSLPCMFSLNGRRDYDERQIRRRESVLHVLNRSDVNILWRDNQSGCKGVCDGLPFENLSSAGHPTLCHGERCLDEILLEGLAEKITTSRSDMLIVLHMLGNHGPAYFQRYPASYRRWSPTCDTTDLASCSHEALVNTYDNAVLYTDHVLARTIDLLSGIRSHDTALLYVSDHGESLGEKGLYLHGIPYVIAPDEQIKVPMIWWQSSQVYADQACMQTHASRAPVSHDHLFHTLLGMFDVKTAAYTPELDLLATCRKGQPQ"},"dna_sequence":{"accession":"MG241339.1","fmin":"0","fmax":"1644","strand":"+","sequence":"ATGCGGTTGTCTGCATTTATCACTTTCTTGAAAATGCGCCCGCAAGTGCGCACTGAATTTTTGACTCTGTTCATCAGCCTTGTGTTCACCCTGCTGTGCAATGGCGTGTTTTGGAATGCCCTTCTTGCTGGACGCGACTCCCTAACTTCTGGAACATGGCTAATGCTCCTTTGCACTGGGTTGCTGATCACCGGGCTGCAATGGTTGTTGCTCCTTCTGGTGGCCACGCGCTGGAGTGTCAAGCCACTACTGATTCTGCTTGCTGTCATGACGCCCGCCGCCGTTTATTTCATGCGCAACTACGGGGTTTATCTCGACAAGGCCATGCTGCGGAATCTGATGGAGACGGACGTCAGGGAAGCCAGTGAGCTGTTGCAATGGAGAATGCTGCCCTACTTGTTGGTTGCAGCCGTATCCGTGTGGTGGATTGCGAGAGTCAGGGTTTTACGAACGGGCTGGAAACAAGCGGTAATGATGCGCAGCGCTTGTCTGGCTGGCGCTCTCGCCATGATTTCCATGGGTCTGTGGCCAGTCATGGATGTGCTGATACCCACGCTTCGTGAAAACAAGCCGCTTCGCTATTTGATCACTCCTGCAAACTACGTCATCTCGGGCATTCGGGTTTTGACTGAACAGGCGTCATCGTCAGCAGACGAAGCAAGGGAAGTCGTTGCAGCCGATGCGCATCGAGGGCCTCAAGAACAAGGCCGCCGTCCTCGTGCTCTCGTACTGGTTGTCGGGGAAACCGTCAGGGCGGCTAATTGGGGGTTGAGCGGCTATGAACGACAAACCACCCCTGAGTTGGCCGCACGCGACGTGATCAATTTTTCCGATGTCACCAGTTGCGGGACGGATACGGCTACATCCCTTCCCTGCATGTTTTCCCTCAATGGTCGGCGCGACTACGACGAACGCCAGATTCGTCGGCGCGAGTCCGTGCTGCACGTTTTAAACCGTAGTGACGTCAACATTCTCTGGCGCGATAACCAGTCGGGCTGTAAAGGCGTCTGTGATGGACTGCCCTTTGAAAACCTGTCTTCGGCAGGCCATCCCACACTGTGCCATGGCGAGCGCTGCCTGGATGAAATTCTGCTCGAAGGGTTGGCCGAGAAGATAACAACAAGCCGCAGCGATATGCTGATCGTTCTGCATATGCTGGGCAATCACGGCCCAGCGTATTTCCAGCGCTATCCCGCAAGCTACCGACGCTGGTCGCCAACCTGCGACACCACCGATCTGGCCAGCTGTTCGCATGAAGCCTTGGTGAACACCTACGACAACGCCGTGCTTTACACCGATCATGTGCTTGCCCGTACCATTGACCTGCTGTCCGGCATCCGCTCACACGACACGGCGCTGCTGTACGTTTCCGATCATGGGGAATCGCTCGGCGAGAAAGGCCTGTATCTCCATGGCATACCTTACGTCATCGCGCCGGATGAGCAGATCAAGGTGCCGATGATCTGGTGGCAGTCGAGTCAGGTTTATGCCGACCAAGCCTGTATGCAAACTCATGCCTCTCGGGCACCGGTAAGTCACGATCACCTGTTTCACACCTTGCTCGGGATGTTCGACGTGAAAACCGCTGCCTACACGCCAGAGTTGGACCTTCTGGCAACATGCAGAAAAGGACAACCACAATGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"41660","NCBI_taxonomy_name":"Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila","NCBI_taxonomy_id":"196023"}}}},"ARO_accession":"3004332","ARO_id":"41500","ARO_name":"MCR-5","ARO_description":"MCR-5 is a transposon-associated phosphoethanolamine transferase gene, identified in Salmonella Paratyphi B dTa+ (d-tartrate fermenting Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B) isolates from food-producing animals. 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A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. 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This model includes a protein reference sequence, a curated BLASTP cut-off, and mapped resistance variants. Mapped resistance variants may include any or all of: single resistance variants, insertions, deletions, co-dependent resistance variants, nonsense SNPs, and\/or frameshift mutations. Protein variant model matches to reference sequences are categorized on two criteria: \"strict\" and \"loose\". A strict match has a BLASTP bitscore above the curated BLASTP cutoff value and contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants; a loose match has a BLASTP bitscore below the curated BLASTP cutoff value but still contains at least one detected mutation from amongst the mapped resistance variants. Regardless of BLASTP bitscore, if a sequence does not contain one of the mapped resistance variants, it is not considered a match and not detected by the protein variant model.","model_param":{"blastp_bit_score":{"param_type":"BLASTP bit-score","param_description":"A score is a numerical value that describes the overall quality of an alignment with higher numbers correspond to higher similarity. The bit-score (S) is determined by the following formula: S = (\u03bb \u00d7 S \u2212 lnK)\/ ln2 where \u03bb is the Gumble distribution constant, S is the raw alignment score, and K is a constant associated with the scoring matrix. Many AMR detection models use this parameter, including the protein homolog and protein variant models. The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"},"snp":{"param_type":"single resistance variant","param_description":"A nucleotide or amino acid substitution that confers elevated resistance to antibiotic(s) relative to wild type. The most common type encoded in the CARD is an amino acid substitution gleaned from the literature with format [wild-type][position][mutation], e.g. R184Q. When present in the associated gene or protein, a single resistance variant confers resistance to an antibiotic drug or drug class. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35971":{"category_aro_accession":"0000054","category_aro_cvterm_id":"35971","category_aro_name":"penicillin","category_aro_description":"Penicillin (sometimes abbreviated PCN) is a beta-lactam antibiotic used in the treatment of bacterial infections caused by susceptible, usually Gram-positive, organisms. It works by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Antibiotic"},"35973":{"category_aro_accession":"0000056","category_aro_cvterm_id":"35973","category_aro_name":"oxacillin","category_aro_description":"Oxacillin is a penicillinase-resistant beta-lactam. It is similar to methicillin, and has replaced methicillin in clinical use. 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The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35951":{"category_aro_accession":"0000032","category_aro_cvterm_id":"35951","category_aro_name":"cephalosporin","category_aro_description":"Cephalosporins are a class of beta-lactam antibiotics, containing the beta-lactam ring fused with a dihydrothiazolidine ring. Together with cephamycins they belong to a sub-group called cephems. Cephalosporin are bactericidal, and act by inhibiting the synthesis of the peptidoglycan layer of bacterial cell walls. The peptidoglycan layer is important for cell wall structural integrity, especially in Gram-positive organisms.","category_aro_class_name":"Drug Class"},"35962":{"category_aro_accession":"0000044","category_aro_cvterm_id":"35962","category_aro_name":"cephamycin","category_aro_description":"Cephamycins are a group of beta-lactam antibiotics, very similar to cephalosporins. 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The BLASTP bit-score parameter is a curated value determined from BLASTP analysis of the canonical reference sequence of a specific AMR-associated protein against the database of CARD reference sequence. This value establishes a threshold for computational prediction of a specific protein amongst a batch of submitted sequences.","param_type_id":"40725","param_value":"500"}},"model_sequences":{"sequence":{"4274":{"protein_sequence":{"accession":"AAL26797.1","sequence":"MKKITPLFVIAFLTLIALLAPAQASVTPDMTDFLRQQEQRLHARIGMAVVNAQGETVFGYRQDERFPLTSTFKTLACAALLERLQKNGGSLDEQVTIPPDALLDYAPVTKNYLAPATISLRMLCAAAVSYSDNTAGNRILTYLGGPDAVTQFMRGIGDHVTRLDRTEPTLNEATPGDARDTSSPQKMAAGLQKILTSPPLISANRATLAQWMRDDKVGDALLRAALPKGWAIADKTGAGGYGSRAIIAAVYPPERPPFYVAIFITQTEASMKMANETIAEIGKQLFAGQP"},"dna_sequence":{"accession":"AF311385.1","fmin":"0","fmax":"873","strand":"+","sequence":"ATGAAAAAAATCACCCCGCTCTTTGTCATCGCATTTCTGACTCTGATCGCGTTACTGGCCCCGGCGCAGGCCTCCGTCACGCCAGATATGACGGACTTTTTACGCCAGCAGGAGCAACGGCTTCACGCCAGAATTGGCATGGCGGTTGTCAACGCGCAAGGCGAAACGGTGTTCGGTTATCGGCAGGACGAGCGTTTCCCGCTGACCAGCACCTTTAAAACCCTGGCCTGCGCCGCGTTGCTTGAGCGGTTGCAGAAAAACGGCGGTTCGCTGGATGAACAGGTGACTATTCCGCCAGACGCCTTGCTGGACTATGCGCCAGTGACTAAAAACTACCTCGCCCCTGCCACCATCTCTTTACGCATGCTGTGCGCGGCGGCGGTGAGCTACAGCGACAACACGGCGGGCAACCGCATTCTGACTTACCTTGGCGGCCCTGATGCCGTCACGCAGTTTATGCGCGGGATCGGCGACCATGTGACCCGTCTGGATCGAACGGAGCCCACGCTGAATGAAGCCACGCCAGGCGATGCGCGCGATACCTCTTCGCCGCAGAAGATGGCGGCAGGGCTGCAAAAAATCCTCACCTCCCCTCCCCTGATATCGGCTAACCGGGCGACGCTGGCGCAGTGGATGCGTGACGATAAAGTGGGAGATGCGCTGCTACGCGCCGCGCTGCCGAAAGGCTGGGCAATTGCCGATAAAACCGGGGCGGGCGGCTACGGCTCGCGGGCGATTATCGCGGCGGTCTATCCGCCGGAACGCCCGCCGTTTTATGTCGCGATTTTTATTACGCAAACGGAAGCCTCGATGAAAATGGCAAATGAAACCATTGCTGAAATCGGCAAGCAGTTGTTTGCCGGGCAGCCCTGA"},"NCBI_taxonomy":{"NCBI_taxonomy_cvterm_id":"41643","NCBI_taxonomy_name":"Atlantibacter hermannii","NCBI_taxonomy_id":"565"}}}},"ARO_accession":"3004448","ARO_id":"41642","ARO_name":"HERA-1","ARO_description":"A class A beta-lactamase with penicillinase activity described in Atlantibacter (Escherichia) hermannii","ARO_category":{"41641":{"category_aro_accession":"3004447","category_aro_cvterm_id":"41641","category_aro_name":"HERA beta-lactamase","category_aro_description":"A class A beta-lactamase family shown to hydrolyze penicillin but without cephalosporinase activity.","category_aro_class_name":"AMR Gene Family"},"36000":{"category_aro_accession":"0001004","category_aro_cvterm_id":"36000","category_aro_name":"antibiotic inactivation","category_aro_description":"Enzymatic inactivation of antibiotic to confer drug resistance.","category_aro_class_name":"Resistance Mechanism"}}},"2889":{"model_id":"2889","model_name":"TRU-1","model_type":"protein homolog model","model_type_id":"40292","model_description":"The protein homolog model is an AMR detection model. 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-BC11-Kpn005_S2.fa	770	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00028_len=20810_cov=52.4_corr=0_spades=NODE_28_length_20810_cov_52.435285_pilon	20810	Incomplete					KY271404	0.0163307					
-BC11-Kpn005_S2.fa	190	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00035_len=5334_cov=187.2_corr=0_spades=NODE_35_length_5334_cov_187.195698_pilon	5334	Incomplete	ColRNAI_rep_cluster_1987	000019__CP000651_00005	MOBP	NC_019986_00002,NC_001848_00006	CP018444	0.000385581					
-BC11-Kpn005_S2.fa	2088	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00038_len=4444_cov=185.7_corr=0_spades=NODE_38_length_4444_cov_185.662497_pilon	4444	Incomplete	rep_cluster_1195	000483__CP010949_00006			KY454616	0.00985499					
-BC11-Kpn005_S2.fa	novel_0	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00039_len=4290_cov=125.7_corr=0_spades=NODE_39_length_4290_cov_125.717752_pilon	4290	Incomplete	ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050	000019__CP000651_00005,001473__CP024541			CP018739	0.0615839					
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00001_len=640342_cov=36.8_corr=0_spades=NODE_1_length_640342_cov_36.804030_pilon	640342	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00002_len=606945_cov=36.2_corr=8_spades=NODE_2_length_606945_cov_36.236346_pilon	606945	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00003_len=513689_cov=37.2_corr=0_spades=NODE_3_length_513689_cov_37.194446_pilon	513689	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00004_len=504444_cov=35.7_corr=0_spades=NODE_4_length_504444_cov_35.732640_pilon	504444	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00005_len=489231_cov=39.6_corr=0_spades=NODE_5_length_489231_cov_39.557992_pilon	489231	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00006_len=388916_cov=35.9_corr=0_spades=NODE_6_length_388916_cov_35.905530_pilon	388916	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00007_len=309109_cov=36.1_corr=0_spades=NODE_7_length_309109_cov_36.147374_pilon	309109	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00008_len=245827_cov=38.1_corr=0_spades=NODE_8_length_245827_cov_38.075714_pilon	245827	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00009_len=230620_cov=38.8_corr=3_spades=NODE_9_length_230620_cov_38.781139_pilon	230620	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00010_len=214665_cov=36.7_corr=0_spades=NODE_10_length_214665_cov_36.703880_pilon	214665	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00011_len=192591_cov=37.9_corr=0_spades=NODE_11_length_192591_cov_37.927534_pilon	192591	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00012_len=159343_cov=37.0_corr=0_spades=NODE_12_length_159343_cov_37.006444_pilon	159343	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00013_len=129973_cov=36.9_corr=6_spades=NODE_13_length_129973_cov_36.892696_pilon	129973	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00014_len=111243_cov=37.2_corr=0_spades=NODE_14_length_111243_cov_37.181612_pilon	111243	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00015_len=103481_cov=37.0_corr=0_spades=NODE_15_length_103481_cov_37.010198_pilon	103481	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00016_len=99497_cov=38.2_corr=0_spades=NODE_16_length_99497_cov_38.175496_pilon	99497	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00017_len=86732_cov=37.3_corr=0_spades=NODE_17_length_86732_cov_37.299729_pilon	86732	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00018_len=77298_cov=39.5_corr=0_spades=NODE_18_length_77298_cov_39.456687_pilon	77298	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00020_len=50855_cov=35.1_corr=0_spades=NODE_20_length_50855_cov_35.067970_pilon	50855	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00022_len=43126_cov=37.9_corr=0_spades=NODE_22_length_43126_cov_37.852299_pilon	43126	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00023_len=40056_cov=39.7_corr=0_spades=NODE_23_length_40056_cov_39.728117_pilon	40056	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00024_len=34497_cov=38.1_corr=0_spades=NODE_24_length_34497_cov_38.143614_pilon	34497	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00026_len=26313_cov=43.7_corr=0_spades=NODE_26_length_26313_cov_43.679027_pilon	26313	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00030_len=16116_cov=42.6_corr=0_spades=NODE_30_length_16116_cov_42.602852_pilon	16116	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00034_len=6254_cov=42.2_corr=0_spades=NODE_34_length_6254_cov_42.187204_pilon	6254	Incomplete							KX646543	ISL3	10183.0	22	5535
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00037_len=4508_cov=46.4_corr=0_spades=NODE_37_length_4508_cov_46.352887_pilon	4508	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00041_len=3884_cov=60.5_corr=0_spades=NODE_41_length_3884_cov_60.525685_pilon	3884	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00042_len=3272_cov=58.5_corr=0_spades=NODE_42_length_3272_cov_58.504610_pilon	3272	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00043_len=3105_cov=68.9_corr=0_spades=NODE_43_length_3105_cov_68.890866_pilon	3105	Incomplete							KX711879	ISKra4	5254.0	1	2851
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00044_len=2960_cov=51.0_corr=0_spades=NODE_44_length_2960_cov_51.003530_pilon	2960	Incomplete							HQ840942	Tn3	5461.0	8394	11353
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00046_len=2712_cov=299.0_corr=0_spades=NODE_46_length_2712_cov_299.033269_pilon	2712	Incomplete							CP016586.1	23S	3783.0	660	2929
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00051_len=2171_cov=246.6_corr=0_spades=NODE_51_length_2171_cov_246.578278_pilon	2171	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00053_len=1903_cov=66.8_corr=0_spades=NODE_53_length_1903_cov_66.816441_pilon	1903	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00055_len=1573_cov=316.2_corr=0_spades=NODE_55_length_1573_cov_316.224066_pilon	1573	Incomplete							CP016586.1	16S	2608.0	1	1554
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00056_len=1495_cov=58.2_corr=0_spades=NODE_56_length_1495_cov_58.166667_pilon	1495	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00057_len=1445_cov=121.7_corr=0_spades=NODE_57_length_1445_cov_121.689681_pilon	1445	Incomplete							AP006725	IS3	2663.0	1	1445
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00058_len=1410_cov=664.7_corr=0_spades=NODE_58_length_1410_cov_664.657054_pilon	1410	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00059_len=1410_cov=625.7_corr=0_spades=NODE_59_length_1410_cov_625.675760_pilon	1410	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00065_len=1159_cov=60.2_corr=0_spades=NODE_65_length_1159_cov_60.186047_pilon	1159	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00066_len=1037_cov=69.3_corr=0_spades=NODE_66_length_1037_cov_69.280220_pilon	1037	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00067_len=952_cov=115.1_corr=0_spades=NODE_67_length_952_cov_115.130909_pilon	952	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00068_len=884_cov=190.8_corr=0_spades=NODE_68_length_884_cov_190.752972_pilon	884	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00069_len=830_cov=61.6_corr=0_spades=NODE_69_length_830_cov_61.623044_pilon	830	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00070_len=813_cov=113.9_corr=0_spades=NODE_70_length_813_cov_113.928571_pilon	813	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00071_len=767_cov=150.5_corr=0_spades=NODE_71_length_767_cov_150.514062_pilon	767	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00072_len=644_cov=52.6_corr=0_spades=NODE_72_length_644_cov_52.605416_pilon	644	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00073_len=602_cov=57.4_corr=0_spades=NODE_73_length_602_cov_57.429474_pilon	602	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00074_len=387_cov=36.6_corr=0_spades=NODE_74_length_387_cov_36.569231_pilon	387	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00075_len=356_cov=44.3_corr=0_spades=NODE_75_length_356_cov_44.288210_pilon	356	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00076_len=334_cov=79.7_corr=0_spades=NODE_76_length_334_cov_79.657005_pilon	334	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00077_len=331_cov=183.6_corr=0_spades=NODE_77_length_331_cov_183.598039_pilon	331	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00078_len=282_cov=161.6_corr=0_spades=NODE_78_length_282_cov_161.625806_pilon	282	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00079_len=273_cov=49.8_corr=0_spades=NODE_79_length_273_cov_49.780822_pilon	273	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00080_len=265_cov=37.0_corr=0_spades=NODE_80_length_265_cov_37.007246_pilon	265	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00081_len=256_cov=150.8_corr=0_spades=NODE_81_length_256_cov_150.837209_pilon	256	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00082_len=256_cov=92.9_corr=0_spades=NODE_82_length_256_cov_92.852713_pilon	256	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00083_len=255_cov=93.4_corr=0_spades=NODE_84_length_255_cov_93.390625_pilon	255	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00084_len=255_cov=104.8_corr=0_spades=NODE_83_length_255_cov_104.750000_pilon	255	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00085_len=255_cov=33.1_corr=0_spades=NODE_85_length_255_cov_33.101562_pilon	255	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00086_len=253_cov=37.2_corr=0_spades=NODE_87_length_253_cov_37.158730_pilon	253	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00087_len=253_cov=29.7_corr=0_spades=NODE_88_length_253_cov_29.682540_pilon	253	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00088_len=253_cov=68.5_corr=0_spades=NODE_86_length_253_cov_68.484127_pilon	253	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00089_len=252_cov=106.9_corr=0_spades=NODE_89_length_252_cov_106.880000_pilon	252	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00090_len=251_cov=43.7_corr=0_spades=NODE_91_length_251_cov_43.669355_pilon	251	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00091_len=251_cov=112.7_corr=0_spades=NODE_90_length_251_cov_112.653226_pilon	251	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00092_len=249_cov=78.5_corr=0_spades=NODE_92_length_249_cov_78.532787_pilon	249	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00093_len=234_cov=137.5_corr=0_spades=NODE_93_length_234_cov_137.523364_pilon	234	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00094_len=229_cov=43.3_corr=0_spades=NODE_94_length_229_cov_43.323529_pilon	229	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00095_len=194_cov=125.8_corr=0_spades=NODE_95_length_194_cov_125.820896_pilon	194	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00096_len=164_cov=437.1_corr=0_spades=NODE_96_length_164_cov_437.054054_pilon	164	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00097_len=154_cov=82.2_corr=0_spades=NODE_97_length_154_cov_82.185185_pilon	154	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00098_len=154_cov=18.9_corr=0_spades=NODE_98_length_154_cov_18.888889_pilon	154	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00099_len=152_cov=94.8_corr=0_spades=NODE_99_length_152_cov_94.800000_pilon	152	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00100_len=146_cov=206.2_corr=0_spades=NODE_100_length_146_cov_206.157895_pilon	146	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00101_len=134_cov=47.7_corr=0_spades=NODE_101_length_134_cov_47.714286_pilon	134	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00102_len=133_cov=127.8_corr=0_spades=NODE_102_length_133_cov_127.833333_pilon	133	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00103_len=133_cov=87.8_corr=0_spades=NODE_103_length_133_cov_87.833333_pilon	133	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00104_len=133_cov=67.2_corr=0_spades=NODE_104_length_133_cov_67.166667_pilon	133	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00105_len=131_cov=44.5_corr=0_spades=NODE_105_length_131_cov_44.500000_pilon	131	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00106_len=129_cov=87.5_corr=0_spades=NODE_106_length_129_cov_87.500000_pilon	129	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00107_len=128_cov=94.0_corr=0_spades=NODE_109_length_128_cov_94.000000_pilon	128	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00108_len=128_cov=17793.0_corr=0_spades=NODE_107_length_128_cov_17793.000000_pilon	128	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00109_len=128_cov=181.0_corr=0_spades=NODE_108_length_128_cov_181.000000_pilon	128	Incomplete											
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_clustalw.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,67 @@
+<tool id="cpo_clustalw" name="cpo_clustalw" version="2.1">
+  <description>makes tree from alignment</description>
+  <requirements>
+     <requirement type="package" version="2.1">clustalw</requirement>
+  </requirements>   
+  <command detect_errors="exit_code">
+  <![CDATA[  
+    clustalw2 -tree -infile=$input -outputtree=nj
+  ]]>  
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="input" type="data" format="fasta" label="Input" help="FASTA file with contig(s)"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="phylip" format="txt" from_work_dir="*.ph"/> 
+    <data name="njtree" format="txt" from_work_dir="*.nj*"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+        <param name="input" value="plasmid_476.fasta" ftype="fasta"/>
+        <section name="adv_param">
+         <param name="evalue" value="0.00001"/>
+         <param name="unicycler_contigs" value="True"/>
+         <param name="run_circlator"  value="True"/>
+        </section>
+        <output name="outfile1">
+          <assert_contents>
+            <has_text text="NC_019097"/>
+          </assert_contents>  
+        </output> 
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+
+**Syntax**
+
+This tool reconstructs individual plasmid sequences from draft genome assemblies using the plasmid reference databases.
+
+For more information please visit https://github.com/phac-nml/mob-suite/. 
+
+-----
+
+**Input:**
+
+A FASTA file with a single or multiple contigs (e.g. a draft genome assembly):
+
+
+**Output:**
+
+Tab-delimited report listing information for each input contig on its cluster number, possible replicon, relaxase, and repetitive elements types, etc. Refer to https://github.com/phac-nml/mob-suite#mob-recon-contig-report-format for the description of each column.
+
+Note: Plasmid sequences will not be output if none are found. Some plasmid could be intergrated into a chromosome.
+
+
+  </help>
+  <citations>
+    <citation type="bibtex">
+  @misc{githubmob-suite,
+  author = {Robertson J, Nash J},
+  title = {MOB-Suite: Software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.},
+  publisher = {GitHub},
+  journal = {GitHub repository},
+  doi = {10.1099/mgen.0.000206},
+  url = {https://github.com/phac-nml/mob-suite}
+    }</citation>
+  </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_galaxy_prediction.py	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,638 @@
+#!/home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
+
+#$ -S /home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
+#$ -V             # Pass environment variables to the job
+#$ -N CPO_pipeline    # Replace with a more specific job name
+#$ -wd /home/jjjjia/testCases           # Use the current working dir
+#$ -pe smp 8      # Parallel Environment (how many cores)
+#$ -l h_vmem=11G  # Memory (RAM) allocation *per core*
+#$ -e ./logs/$JOB_ID.err
+#$ -o ./logs/$JOB_ID.log
+#$ -m ea
+#$ -M bja20@sfu.ca
+
+#~/scripts/pipeline.py -i BC11-Kpn005_S2 -f /data/jjjjia/R1/BC11-Kpn005_S2_L001_R1_001.fastq.gz -r /data/jjjjia/R2/BC11-Kpn005_S2_L001_R2_001.fastq.gz -o pipelineResultsQsub -e "Klebsiella pneumoniae" 
+
+import subprocess
+import pandas
+import optparse
+import os
+import datetime
+import sys
+import time
+import urllib.request
+import gzip
+import collections
+import json
+import numpy
+
+
+debug = True #debug skips the shell scripts and also dump out a ton of debugging messages
+
+if not debug:
+    #parses some parameters
+    parser = optparse.OptionParser("Usage: %prog [options] arg1 arg2 ...")
+    #required
+    parser.add_option("-i", "--id", dest="id", type="string", help="identifier of the isolate")    
+    parser.add_option("-a", "--assembly", dest="assemblyPath", type="string", help="absolute file path to contigs fasta")
+    parser.add_option("-c", "--card-db", dest="cardDB", default = "/home/jjjjia/databases/card202.json", type="string", help="absolute path to card reference database")
+    parser.add_option("-o", "--output", dest="output", default='./', type="string", help="absolute path to output folder")
+    parser.add_option("-e", "--expected", dest="expectedSpecies", default="NA/NA/NA", type="string", help="expected species of the isolate")
+
+    #optionals
+    parser.add_option("-k", "--script-path", dest="scriptDir", default="/home/jjjjia/scripts", type="string", help="absolute file path to this script folder")
+    parser.add_option("-b", "--update-abricate-path", dest="updateAbPath", default = "", type="string", help="absolute file path to fasta sequence used for abricate database")
+    parser.add_option("-m", "--update-abricate-dbname", dest="updateAbName", default = "default", type="string", help="name of abricate database to update")
+    parser.add_option("-u", "--update-mlst", dest="updateMLST", default = "False", type="string", help="True = update MLST")
+    #used for parsing 
+    parser.add_option("-s", "--mlst-scheme", dest="mlst", default= "/home/jjjjia/databases/scheme_species_map.tab", type="string", help="absolute file path to mlst scheme")
+
+    
+    #parallelization, useless, these are hard coded to 8cores/64G RAM
+    #parser.add_option("-t", "--threads", dest="threads", default=8, type="int", help="number of cpu to use")
+    #parser.add_option("-p", "--memory", dest="memory", default=64, type="int", help="memory to use in GB")
+
+    (options,args) = parser.parse_args()
+    #if len(args) != 8:
+        #parser.error("incorrect number of arguments, all 7 is required")
+    curDir = os.getcwd()
+    outputDir = options.output
+    expectedSpecies = options.expectedSpecies
+    mlstScheme = options.mlst
+    tempDir = outputDir + "/shovillTemp"
+    scriptDir = options.scriptDir
+    updateAbName = options.updateAbName
+    updateAbPath = options.updateAbPath
+    updateMLST = options.updateMLST
+    cardDB=options.cardDB
+    assemblyPath=options.assemblyPath
+    ID = options.id
+else:
+    manifestDir = ""
+    curDir = os.getcwd()
+    outputDir = "pipelineTest"
+    expectedSpecies = "Escherichia coli"
+    #threads = 8
+    #memory = 64
+    mlstScheme = outputDir + "/scheme_species_map.tab"
+    tempDir= outputDir + "/shovillTemp"    
+    scriptDir = "~/scripts"
+    updateAbName = "cpo"
+    updateAbPath = "~/database/bccdcCPO.seq"
+    updateMLST = True
+    assemblyPath = "./"
+    cardDB = "./"
+    ID = "BC11-Kpn005_S2"
+
+#region result objects
+#define some objects to store values from results
+#//TODO this is not the proper way of get/set private object variables. every value has manually assigned defaults intead of specified in init(). Also, use property(def getVar, def setVar).
+class starFinders(object):
+    def __init__(self):
+        self.file = ""
+        self.sequence = ""
+        self.start = 0
+        self.end = 0
+        self.gene = ""
+        self.shortGene = ""
+        self.coverage = ""
+        self.coverage_map = ""
+        self.gaps = ""
+        self.pCoverage = 100.00
+        self.pIdentity = 100.00
+        self.database = ""
+        self.accession = ""
+        self.product = ""
+        self.source = "chromosome"
+        self.row = ""
+
+class PlasFlowResult(object):
+    def __init__(self):
+        self.sequence = ""
+        self.length = 0
+        self.label = ""
+        self.confidence = 0
+        self.usefulRow = ""
+        self.row = ""
+
+class MlstResult(object):
+    def __init__(self):
+        self.file = ""
+        self.speciesID = ""
+        self.seqType = 0
+        self.scheme = ""
+        self.species = ""
+        self.row=""
+
+class mobsuiteResult(object):
+    def __init__(self):
+        self.file_id = ""
+        self.cluster_id	= ""
+        self.contig_id	= ""
+        self.contig_num = 0
+        self.contig_length	= 0
+        self.circularity_status	= ""
+        self.rep_type	= ""
+        self.rep_type_accession = ""	
+        self.relaxase_type	= ""
+        self.relaxase_type_accession = ""	
+        self.mash_nearest_neighbor	 = ""
+        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
+        self.repetitive_dna_id	= ""
+        self.match_type	= ""
+        self.score	= 0
+        self.contig_match_start	= 0
+        self.contig_match_end = 0
+        self.row = ""
+
+class mobsuitePlasmids(object):
+    def __init__(self):
+        self.file_id = ""
+        self.num_contigs = 0
+        self.total_length = 0
+        self.gc = ""
+        self.rep_types = ""
+        self.rep_typeAccession = ""
+        self.relaxase_type= ""
+        self.relaxase_type_accession	= ""
+        self.mpf_type	= ""
+        self.mpf_type_accession= ""	
+        self.orit_type	= ""
+        self.orit_accession	= ""
+        self.PredictedMobility	= ""
+        self.mash_nearest_neighbor	= ""
+        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
+        self.mash_neighbor_cluster= 0
+        self.row = ""
+class RGIResult(object):
+    def __init__(self):
+        self.ORF_ID	= ""
+        self.Contig	= ""
+        self.Start	= -1
+        self.Stop	= -1
+        self.Orientation = ""	
+        self.Cut_Off	= ""
+        self.Pass_Bitscore	= 100000
+        self.Best_Hit_Bitscore	= 0.00
+        self.Best_Hit_ARO	= ""
+        self.Best_Identities	= 0.00
+        self.ARO = 0
+        self.Model_type	= ""
+        self.SNPs_in_Best_Hit_ARO	= ""
+        self.Other_SNPs	= ""
+        self.Drug_Class	= ""
+        self.Resistance_Mechanism	= ""
+        self.AMR_Gene_Family	= ""
+        self.Predicted_DNA	= ""
+        self.Predicted_Protein	= ""
+        self.CARD_Protein_Sequence	= ""
+        self.Percentage_Length_of_Reference_Sequence	= 0.00
+        self.ID	= ""
+        self.Model_ID = 0
+        self.source = ""
+        self.row = ""
+
+#endregion
+
+#region useful functions
+def read(path):
+    return [line.rstrip('\n') for line in open(path)]
+def execute(command):
+    process = subprocess.Popen(command, shell=False, cwd=curDir, universal_newlines=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
+
+    # Poll process for new output until finished
+    while True:
+        nextline = process.stdout.readline()
+        if nextline == '' and process.poll() is not None:
+            break
+        sys.stdout.write(nextline)
+        sys.stdout.flush()
+
+    output = process.communicate()[0]
+    exitCode = process.returncode
+
+    if (exitCode == 0):
+        return output
+    else:
+        raise subprocess.CalledProcessError(exitCode, command)
+def httpGetFile(url, filepath=""):
+    if (filepath == ""):
+        return urllib.request.urlretrieve(url)
+    else:
+        urllib.request.urlretrieve(url, filepath)
+        return True
+def gunzip(inputpath="", outputpath=""):
+    if (outputpath == ""):
+        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
+            gzContent = f.read()
+        return gzContent
+    else:
+        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
+            gzContent = f.read()
+        with open(outputpath, 'wb') as out:
+            out.write(gzContent)
+        return True
+def ToJson(dictObject, outputPath):
+    outDir = outputDir + '/summary/' + ID + ".json/"
+    if not (os.path.exists(outDir)):
+        os.makedirs(outDir)
+    with open(outDir + outputPath, 'w') as f:
+      json.dump([ob.__dict__ for ob in dictObject.values()], f, ensure_ascii=False)
+#endregion
+
+#region functions to parse result files
+def ParseMLSTResult(pathToMLSTResult):
+    _mlstResult = {}
+    scheme = pandas.read_csv(mlstScheme, delimiter='\t', header=0)
+    scheme = scheme.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+    taxon = {}
+    #record the scheme as a dictionary
+    taxon["-"] = "No MLST Match"
+    for i in range(len(scheme.index)):
+        key = scheme.iloc[i,0]
+        if (str(scheme.iloc[i,2]) == "nan"):
+            value = str(scheme.iloc[i,1])
+        else:
+            value = str(scheme.iloc[i,1]) + " " + str(scheme.iloc[i,2])
+        
+        if (key in taxon.keys()):
+            taxon[key] = taxon.get(key) + ";" + value
+        else:
+            taxon[key] = value
+    #read in the mlst result
+    mlst = pandas.read_csv(pathToMLSTResult, delimiter='\t', header=None)
+    _mlstHit = MlstResult()
+
+    _mlstHit.file = mlst.iloc[0,0]
+    _mlstHit.speciesID = (mlst.iloc[0,1])
+    _mlstHit.seqType = str(mlst.iloc[0,2])
+    for i in range(3, len(mlst.columns)):
+        _mlstHit.scheme += mlst.iloc[0,i] + ";"
+    _mlstHit.species = taxon[_mlstHit.speciesID]
+    _mlstHit.row = "\t".join(str(x) for x in mlst.ix[0].tolist())
+    _mlstResult[_mlstHit.speciesID]=_mlstHit
+
+    return _mlstResult
+
+def ParsePlasmidFinderResult(pathToPlasmidFinderResult):
+    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00019	45455	45758	IncFIC(FII)_1	8-308/499	========/=.....	8/11	59.52	75.65	plasmidfinder	AP001918	IncFIC(FII)_1__AP001918
+    #example resfinder:
+    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00038	256	1053	OXA-181	1-798/798	===============	0/0	100.00	100.00	bccdc	AEP16366.1	  OXA-48 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-181 
+
+    _pFinder = {} #***********************
+    plasmidFinder = pandas.read_csv(pathToPlasmidFinderResult, delimiter='\t', header=0)
+    plasmidFinder = plasmidFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+
+    for i in range(len(plasmidFinder.index)):
+        pf = starFinders()
+        pf.file = str(plasmidFinder.iloc[i,0])
+        pf.sequence = str(plasmidFinder.iloc[i,1])
+        pf.start = int(plasmidFinder.iloc[i,2])
+        pf.end = int(plasmidFinder.iloc[i,3])
+        pf.gene = str(plasmidFinder.iloc[i,4])
+        pf.shortGene = pf.gene[:pf.gene.index("_")]
+        pf.coverage = str(plasmidFinder.iloc[i,5])
+        pf.coverage_map = str(plasmidFinder.iloc[i,6])
+        pf.gaps = str(plasmidFinder.iloc[i,7])
+        pf.pCoverage = float(plasmidFinder.iloc[i,8])
+        pf.pIdentity = float(plasmidFinder.iloc[i,9])
+        pf.database = str(plasmidFinder.iloc[i,10])
+        pf.accession = str(plasmidFinder.iloc[i,11])
+        pf.product = str(plasmidFinder.iloc[i,12])
+        pf.source = "plasmid"
+        pf.row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
+        _pFinder[pf.gene]=pf
+        #row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
+        #plasmidFinderContigs.append(str(plasmidFinder.iloc[i,1]))
+        #origins.append(str(plasmidFinder.iloc[i,4][:plasmidFinder.iloc[i,4].index("_")]))
+    return _pFinder
+
+def ParseMobsuiteResult(pathToMobsuiteResult):
+    _mobsuite = {}
+    mResult = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
+    mResult = mResult.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+    for i in range(len(mResult.index)):
+        mr = mobsuiteResult()
+        mr.file_id = str(mResult.iloc[i,0])
+        mr.cluster_id = str(mResult.iloc[i,1])
+        if (mr.cluster_id == "chromosome"):
+            break
+        mr.contig_id = str(mResult.iloc[i,2])
+        mr.contig_num = mr.contig_id[(mr.contig_id.find("contig")+6):mr.contig_id.find("_len=")]
+        mr.contig_length = int(mResult.iloc[i,3])
+        mr.circularity_status = str(mResult.iloc[i,4])
+        mr.rep_type = str(mResult.iloc[i,5])
+        mr.rep_type_accession = str(mResult.iloc[i,6])
+        mr.relaxase_type = str(mResult.iloc[i,7])
+        mr.relaxase_type_accession = str(mResult.iloc[i,8])
+        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResult.iloc[i,9])
+        mr.mash_neighbor_distance = float(mResult.iloc[i,10])
+        mr.repetitive_dna_id = str(mResult.iloc[i,11])
+        mr.match_type = str(mResult.iloc[i,12])
+        if (mr.match_type == ""):
+            mr.score = -1
+            mr.contig_match_start = -1
+            mr.contig_match_end = -1
+        else:
+            mr.score = int(mResult.iloc[i,13])
+            mr.contig_match_start = int(mResult.iloc[i,14])
+            mr.contig_match_end = int(mResult.iloc[i,15])
+        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResult.ix[i].tolist())
+        _mobsuite[mr.contig_id]=(mr)
+    return _mobsuite
+
+def ParseMobsuitePlasmids(pathToMobsuiteResult):
+    _mobsuite = {}
+    mResults = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
+    mResults = mResults.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+    for i in range(len(mResults.index)):
+        mr = mobsuitePlasmids()
+        mr.file_id = str(mResults.iloc[i,0])
+        mr.num_contigs = int(mResults.iloc[i,1])
+        mr.total_length = int(mResults.iloc[i,2])
+        mr.gc = int(mResults.iloc[i,3])
+        mr.rep_types = str(mResults.iloc[i,4])
+        mr.rep_typeAccession = str(mResults.iloc[i,5])
+        mr.relaxase_type = str(mResults.iloc[i,6])
+        mr.relaxase_type_accession = str(mResults.iloc[i,7])
+        mr.mpf_type = str(mResults.iloc[i,8])
+        mr.mpf_type_accession = str(mResults.iloc[i,9])
+        mr.orit_type = str(mResults.iloc[i,10])
+        mr.orit_accession = str(mResults.iloc[i,11])
+        mr.PredictedMobility = str(mResults.iloc[i,12])
+        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResults.iloc[i,13])
+        mr.mash_neighbor_distance = float(mResults.iloc[i,14])
+        mr.mash_neighbor_cluster = int(mResults.iloc[i,15])
+        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResults.ix[i].tolist())
+        _mobsuite[mr.file_id] = mr
+    return _mobsuite
+
+def ParseResFinderResult(pathToResFinderResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
+    _rFinder = {}
+    resFinder = pandas.read_csv(pathToResFinderResults, delimiter='\t', header=0)
+    resFinder = resFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+    for i in range(len(resFinder.index)):
+        rf = starFinders()
+        rf.file = str(resFinder.iloc[i,0])
+        rf.sequence = str(resFinder.iloc[i,1])
+        rf.start = int(resFinder.iloc[i,2])
+        rf.end = int(resFinder.iloc[i,3])
+        rf.gene = str(resFinder.iloc[i,4])
+        rf.shortGene = rf.gene
+        rf.coverage = str(resFinder.iloc[i,5])
+        rf.coverage_map = str(resFinder.iloc[i,6])
+        rf.gaps = str(resFinder.iloc[i,7])
+        rf.pCoverage = float(resFinder.iloc[i,8])
+        rf.pIdentity = float(resFinder.iloc[i,9])
+        rf.database = str(resFinder.iloc[i,10])
+        rf.accession = str(resFinder.iloc[i,11])
+        rf.product = str(resFinder.iloc[i,12])
+        rf.row = "\t".join(str(x) for x in resFinder.ix[i].tolist())
+        if (rf.sequence[6:] in plasmidContigs):
+            rf.source = "plasmid"
+        elif (rf.sequence[6:] in likelyPlasmidContigs):
+            rf.source = "likely plasmid"
+        else:
+            rf.source = "likely chromosome"
+        _rFinder[rf.gene]=rf
+    return _rFinder
+
+def ParseRGIResult(pathToRGIResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
+    _rgiR = {}
+    RGI = pandas.read_csv(pathToRGIResults, delimiter='\t', header=0)
+    RGI = RGI.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+
+    for i in range(len(RGI.index)):
+        r = RGIResult()
+        r.ORF_ID = str(RGI.iloc[i,0])
+        r.Contig = str(RGI.iloc[i,1])
+        r.Contig_Num = r.Contig[6:r.Contig.find("_")]
+        r.Start = int(RGI.iloc[i,2])
+        r.Stop = int(RGI.iloc[i,3])
+        r.Orientation = str(RGI.iloc[i,4])
+        r.Cut_Off = str(RGI.iloc[i,5])
+        r.Pass_Bitscore = int(RGI.iloc[i,6])
+        r.Best_Hit_Bitscore = float(RGI.iloc[i,7])
+        r.Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,8])
+        r.Best_Identities = float(RGI.iloc[i,9])
+        r.ARO = int(RGI.iloc[i,10])
+        r.Model_type = str(RGI.iloc[i,11])
+        r.SNPs_in_Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,12])
+        r.Other_SNPs = str(RGI.iloc[i,13])
+        r.Drug_Class = str(RGI.iloc[i,14])
+        r.Resistance_Mechanism = str(RGI.iloc[i,15])
+        r.AMR_Gene_Family = str(RGI.iloc[i,16])
+        r.Predicted_DNA = str(RGI.iloc[i,17])
+        r.Predicted_Protein = str(RGI.iloc[i,18])
+        r.CARD_Protein_Sequence = str(RGI.iloc[i,19])
+        r.Percentage_Length_of_Reference_Sequence = float(RGI.iloc[i,20])
+        r.ID = str(RGI.iloc[i,21])
+        r.Model_ID = int(RGI.iloc[i,22])
+        r.row = "\t".join(str(x) for x in RGI.ix[i].tolist())
+        if (r.Contig_Num in plasmidContigs):
+            r.source = "plasmid"
+        elif (r.Contig_Num in likelyPlasmidContigs):
+            r.source = "likely plasmid"
+        else:
+            r.source = "likely chromosome"
+        _rgiR[r.Model_ID]=r
+    return _rgiR
+#endregion
+
+def Main():
+    notes = []
+    #init the output list
+    output = []
+    jsonOutput = []
+
+    print(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + assemblyPath)
+    output.append(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + assemblyPath)
+
+    #region update databases if update=true
+    if not debug:
+        #update databases if necessary
+        if not (updateAbPath == "" and updateAbName == "default"):
+            print("updating abricate database: " + updateAbName + " @fasta path: " + updateAbPath)
+            cmd = [scriptDir + "/pipeline_updateAbricateDB.sh", updateAbPath, updateAbName]
+            update = execute(cmd)
+        if (updateMLST.lower() == "true"):
+            print("updating mlst database... ")
+            cmd = [scriptDir + "/pipeline_updateMLST.sh"]
+            update = execute(cmd)
+    #endregion
+
+    print("step 3: parsing the mlst results")
+
+    print("performing MLST")
+    #region call the mlst script
+    if not debug:
+        print("running pipeline_prediction.sh")
+        #input parameters: 1=ID 2 = assemblyPath, 3= outputdir, 4=card.json
+        cmd = [scriptDir + "/pipeline_prediction.sh", ID, assemblyPath, outputDir, cardDB]
+        result = execute(cmd)
+    #endregion
+
+    #region parse the mlst results
+    print("step 3: parsing mlst, plasmid, and amr results")
+    
+    print("identifying MLST")    
+    pathToMLSTScheme = outputDir + "/predictions/" + ID + ".mlst"
+    mlstHit = ParseMLSTResult(pathToMLSTScheme)#***********************
+    ToJson(mlstHit, "mlst.json") #write it to a json output
+    mlstHit = list(mlstHit.values())[0]
+
+    #endregion
+
+    #region parse mobsuite, resfinder and rgi results
+    print("identifying plasmid contigs and amr genes")
+
+    plasmidContigs = []
+    likelyPlasmidContigs = []
+    origins = []
+
+    #parse mobsuite results
+    mSuite = ParseMobsuiteResult(outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/contig_report.txt")#*************
+    ToJson(mSuite, "mobsuite.json") #*************
+    mSuitePlasmids = ParseMobsuitePlasmids(outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/mobtyper_aggregate_report.txt")#*************
+    ToJson(mSuitePlasmids, "mobsuitePlasmids.json") #*************
+
+    for key in mSuite:
+        if mSuite[key].contig_num not in plasmidContigs and mSuite[key].contig_num not in likelyPlasmidContigs:
+            if not (mSuite[key].rep_type == ''):
+                plasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
+            else:
+                likelyPlasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
+    for key in mSuite:
+        if mSuite[key].rep_type not in origins:
+            origins.append(mSuite[key].rep_type)
+
+    #parse resfinder AMR results
+    rFinder = ParseResFinderResult(outputDir + "/predictions/" + ID + ".cp", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs) #**********************
+    ToJson(rFinder, "resfinder.json") #*************
+
+    rgiAMR = ParseRGIResult(outputDir + "/predictions/" + ID + ".rgi.txt", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs)#***********************
+    ToJson(rgiAMR, "rgi.json") #*************
+
+    carbapenamases = []
+    amrGenes = []
+    for keys in rFinder:
+        carbapenamases.append(rFinder[keys].shortGene + "(" + rFinder[keys].source + ")")
+    for keys in rgiAMR:
+        if (rgiAMR[keys].Drug_Class.find("carbapenem") > -1):
+            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in carbapenamases):
+                carbapenamases.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
+        else:
+            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in amrGenes):
+                amrGenes.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
+    #endregion
+
+    #region output parsed mlst information
+    print("formatting mlst outputs")
+    output.append("\n\n\n~~~~~~~MLST summary~~~~~~~")
+    output.append("MLST determined species: " + mlstHit.species)
+    output.append("\nMLST Details: ")
+    output.append(mlstHit.row)
+
+    output.append("\nMLST information: ")
+    if (mlstHit.species == expectedSpecies):
+        output.append("MLST determined species is the same as expected species")
+        #notes.append("MLST determined species is the same as expected species")
+    else:
+        output.append("!!!MLST determined species is NOT the same as expected species, contamination? mislabeling?")
+        notes.append("MLST: Not expected species. Possible contamination or mislabeling")
+
+    #endregion
+
+    #region output the parsed plasmid/amr results
+    output.append("\n\n\n~~~~~~~~Plasmids~~~~~~~~\n")
+    
+    output.append("predicted plasmid origins: ")
+    output.append(";".join(origins))
+
+    output.append("\ndefinitely plasmid contigs")
+    output.append(";".join(plasmidContigs))
+    
+    output.append("\nlikely plasmid contigs")
+    output.append(";".join(likelyPlasmidContigs))
+
+    output.append("\nmob-suite prediction details: ")
+    for key in mSuite:
+        output.append(mSuite[key].row)
+
+    output.append("\n\n\n~~~~~~~~AMR Genes~~~~~~~~\n")
+    output.append("predicted carbapenamase Genes: ")
+    output.append(",".join(carbapenamases))
+    output.append("other RGI AMR Genes: ")
+    for key in rgiAMR:
+        output.append(rgiAMR[key].Best_Hit_ARO + "(" + rgiAMR[key].source + ")")
+
+    output.append("\nDetails about the carbapenamase Genes: ")
+    for key in rFinder:
+        output.append(rFinder[key].row)
+    output.append("\nDetails about the RGI AMR Genes: ")
+    for key in rgiAMR:
+        output.append(rgiAMR[key].row)
+
+    #write summary to a file
+    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
+    out = open(summaryDir + ".txt", 'w')
+    for item in output:
+        out.write("%s\n" % item)
+
+
+    #TSV output
+    tsvOut = []
+    tsvOut.append("ID\tExpected Species\tMLST Species\tSequence Type\tMLST Scheme\tCarbapenem Resistance Genes\tOther AMR Genes\tTotal Plasmids\tPlasmids ID\tNum_Contigs\tPlasmid Length\tPlasmid RepType\tPlasmid Mobility\tNearest Reference\tDefinitely Plasmid Contigs\tLikely Plasmid Contigs")
+    #start with ID
+    temp = ""
+    temp += (ID + "\t")
+    temp += expectedSpecies + "\t"
+
+    #move into MLST
+    temp += mlstHit.species + "\t"
+    temp += str(mlstHit.seqType) + "\t"
+    temp += mlstHit.scheme + "\t"
+    
+    #now onto AMR genes
+    temp += ";".join(carbapenamases) + "\t"
+    temp += ";".join(amrGenes) + "\t"
+
+    #lastly plasmids
+    temp+= str(len(mSuitePlasmids)) + "\t"
+    plasmidID = ""
+    contigs = ""
+    lengths = ""
+    rep_type = ""
+    mobility = ""
+    neighbour = ""
+    for keys in mSuitePlasmids:
+        plasmidID += str(mSuitePlasmids[keys].mash_neighbor_cluster) + ";"
+        contigs += str(mSuitePlasmids[keys].num_contigs) + ";"
+        lengths += str(mSuitePlasmids[keys].total_length) + ";"
+        rep_type += str(mSuitePlasmids[keys].rep_types) + ";"
+        mobility += str(mSuitePlasmids[keys].PredictedMobility) + ";"
+        neighbour += str(mSuitePlasmids[keys].mash_nearest_neighbor) + ";"
+    temp += plasmidID + "\t" + contigs + "\t" + lengths + "\t" + rep_type + "\t" + mobility + "\t" + neighbour + "\t"
+    temp += ";".join(plasmidContigs) + "\t"
+    temp += ";".join(likelyPlasmidContigs)
+    tsvOut.append(temp)
+
+    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
+    out = open(summaryDir + ".tsv", 'w')
+    for item in tsvOut:
+        out.write("%s\n" % item)
+    #endregion
+
+
+start = time.time()#time the analysis
+print("Starting workflow...")
+#analysis time
+Main()
+
+end = time.time()
+print("Finished!\nThe analysis used: " + str(end-start) + " seconds")
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_galaxy_predictions.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,63 @@
+<tool id="cpo_prediction" name="cpoParser" version="0.1.0">
+	<description>this tool parses stuff</description>
+	<requirements>
+		<requirement type="package" version="0.23.4">pandas</requirement>
+		<requirement type="package" version="3.6">python</requirement>
+	</requirements>
+	<command detect_errors="exit_code">
+    <![CDATA[
+	    python '$__tool_directory__/cpo_galaxy_prediction.py'
+		'-i $ID'
+		'-m $mlst'
+		'-c $mobsuitecontig'
+		'-f $mobsuiteaggregate'
+		'-a $abricate'
+		'-r $rgi'
+		'-e $expected'
+		'-s $__tool_directory__/scheme_species_map.tab'
+    '-p $plasmidfinder'
+    ]]>
+	</command>
+    <inputs>
+        <param type="text" name="ID"/>
+        <param type="data" name="mlst" format="tabular" />
+        <param type="data" name="mobsuitecontig" format="tabular" />
+        <param type="data" name="mobsuiteaggregate" format="tabular" />
+        <param type="data" name="abricate" format="tabular" />
+        <param type="data" name="rgi" format="tabular" />
+        <param type="data" name="plasmidfinder" format="tabular" />
+        <param type="text" name="expected"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="tsvSummary" format="tabular" from_work_dir="summary.tsv"/>
+		  <data name="txtSummary" format="text" from_work_dir="summary.txt"/>
+    </outputs>
+	<tests>
+        <test>
+            <param name="ID" value="BC11-Kpn005_S2"/>
+            <param name="mlst" value="BC11-Kpn005_S2.mlst"/>
+            <param name="mobsuitecontig" value="contig_report"/>
+            <param name="mobsuiteaggregate" value="mobtyper_aggregate_report"/>
+            <param name="abricate" value="BC11-Kpn005_S2.cp"/>
+            <param name="rgi" value="BC11-Kpn005_S2.rgi.txt"/>
+            <param name="plasmidfinder" value="BC11-Kpn005_S2.origins"/>
+            <param name="expected" value="Klebsiella pneumoniae"/>
+            <output name="tsvSummary" file="summary.tsv"/>
+			    <output name="txtSummary" file="summary.txt"/>
+        </test>
+    </tests>
+	<help>
+		This tool parses stuff.
+	</help>
+	<citations>
+        <citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_galaxy_tree.py	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,359 @@
+#!/home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
+
+#$ -S /home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
+#$ -V             # Pass environment variables to the job
+#$ -N CPO_pipeline    # Replace with a more specific job name
+#$ -wd /home/jjjjia/testCases           # Use the current working dir
+#$ -pe smp 8      # Parallel Environment (how many cores)
+#$ -l h_vmem=11G  # Memory (RAM) allocation *per core*
+#$ -e ./logs/$JOB_ID.err
+#$ -o ./logs/$JOB_ID.log
+#$ -m ea
+#$ -M bja20@sfu.ca
+
+#~/scripts/pipeline.py -i BC11-Kpn005_S2 -f /data/jjjjia/R1/BC11-Kpn005_S2_L001_R1_001.fastq.gz -r /data/jjjjia/R2/BC11-Kpn005_S2_L001_R2_001.fastq.gz -o pipelineResultsQsub -e "Klebsiella pneumoniae" 
+
+import subprocess
+import pandas
+import optparse
+import os
+import datetime
+import sys
+import time
+import urllib.request
+import gzip
+import collections
+import json
+import ete3
+import numpy
+
+#parses some parameters
+parser = optparse.OptionParser("Usage: %prog [options] arg1 arg2 ...")
+parser.add_option("-t", "--tree", dest="treePath", type="string", default="./pipelineTest/tree.txt", help="identifier of the isolate")    
+parser.add_option("-d", "--distance", dest="distancePath", type="string", default="./pipelineTest/distance.tab", help="absolute file path forward read (R1)")
+parser.add_option("-m", "--metadata", dest="metadataPath", type="string", default="./pipelineTest/metadata.tsv",help="absolute file path to reverse read (R2)")
+(options,args) = parser.parse_args()
+treePath = str(options.treePath).lstrip().rstrip()
+distancePath = str(options.distancePath).lstrip().rstrip()
+metadataPath = str(options.metadataPath).lstrip().rstrip()
+
+
+#region result objects
+#define some objects to store values from results
+#//TODO this is not the proper way of get/set private object variables. every value has manually assigned defaults intead of specified in init(). Also, use property(def getVar, def setVar).
+class workflowResult(object):
+    def __init__(self):
+        self.new = False
+        self.ID	= "" 
+        self.ExpectedSpecies = ""
+        self.MLSTSpecies = ""
+        self.SequenceType = ""
+        self.MLSTScheme = ""
+        self.CarbapenemResistanceGenes =""
+        self.OtherAMRGenes=""
+        self.TotalPlasmids = 0
+        self.plasmids = []
+        self.DefinitelyPlasmidContigs =""
+        self.LikelyPlasmidContigs=""
+        self.row = ""
+class plasmidObj(object):
+    def __init__(self):
+        self.PlasmidsID = 0
+        self.Num_Contigs = 0
+        self.PlasmidLength	= 0
+        self.PlasmidRepType	= ""
+        self.PlasmidMobility = ""
+        self.NearestReference = ""
+
+#endregion
+
+#region useful functions
+def read(path):
+    return [line.rstrip('\n') for line in open(path)]
+def execute(command):
+    process = subprocess.Popen(command, shell=False, cwd=curDir, universal_newlines=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
+
+    # Poll process for new output until finished
+    while True:
+        nextline = process.stdout.readline()
+        if nextline == '' and process.poll() is not None:
+            break
+        sys.stdout.write(nextline)
+        sys.stdout.flush()
+
+    output = process.communicate()[0]
+    exitCode = process.returncode
+
+    if (exitCode == 0):
+        return output
+    else:
+        raise subprocess.CalledProcessError(exitCode, command)
+def httpGetFile(url, filepath=""):
+    if (filepath == ""):
+        return urllib.request.urlretrieve(url)
+    else:
+        urllib.request.urlretrieve(url, filepath)
+        return True
+def gunzip(inputpath="", outputpath=""):
+    if (outputpath == ""):
+        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
+            gzContent = f.read()
+        return gzContent
+    else:
+        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
+            gzContent = f.read()
+        with open(outputpath, 'wb') as out:
+            out.write(gzContent)
+        return True
+#endregion
+
+#region functions to parse result files
+def ParseWorkflowResults(pathToResult):
+    _worflowResult = {}
+    r = pandas.read_csv(pathToResult, delimiter='\t', header=None) #read  the kraken2report.tsv
+    r = r.replace(numpy.nan, '', regex=True)
+    for i in range(len(r.index)):  
+        _results = workflowResult()
+        if(str(r.iloc[i,0]).lower() == "new"):
+            _results.new = True
+        else:
+            _results.new = False        
+        _results.ID = str(r.iloc[i,1])
+        _results.ExpectedSpecies = str(r.iloc[i,2])
+        _results.MLSTSpecies = str(r.iloc[i,3])
+        _results.SequenceType = str(r.iloc[i,4])
+        _results.MLSTScheme = (str(r.iloc[i,5]))
+        _results.CarbapenemResistanceGenes = (str(r.iloc[i,6]))
+        _results.OtherAMRGenes = (str(r.iloc[i,7]))
+        _results.TotalPlasmids = int(r.iloc[i,8])
+        for j in range(0,_results.TotalPlasmids):
+            _plasmid = plasmidObj()
+            _plasmid.PlasmidsID =(((str(r.iloc[i,9])).split(";"))[j])
+            _plasmid.Num_Contigs = (((str(r.iloc[i,10])).split(";"))[j])
+            _plasmid.PlasmidLength	= (((str(r.iloc[i,11])).split(";"))[j])
+            _plasmid.PlasmidRepType	= (((str(r.iloc[i,12])).split(";"))[j])
+            _plasmid.PlasmidMobility = ((str(r.iloc[i,13])).split(";"))[j]
+            _plasmid.NearestReference = ((str(r.iloc[i,14])).split(";"))[j]
+            _results.plasmids.append(_plasmid)
+        _results.DefinitelyPlasmidContigs = (str(r.iloc[i,15]))
+        _results.LikelyPlasmidContigs = (str(r.iloc[i,16]))
+        _results.row = "\t".join(str(x) for x in r.ix[i].tolist())
+        _worflowResult[_results.ID] = _results
+    return _worflowResult
+
+#endregion
+
+def Main():
+    metadata = ParseWorkflowResults(metadataPath)
+    distance = read(distancePath)
+    treeFile = "".join(read(treePath))
+
+    distanceDict = {}
+    for i in range(len(distance)):
+        temp = distance[i].split("\t")
+        distanceDict[temp[0]] = temp[1:]
+    #region step5: tree construction
+    t = ete3.Tree(treeFile)
+    t.set_outgroup(t&"Reference")
+
+    ts = ete3.TreeStyle()
+    ts.show_leaf_name = True
+    ts.show_branch_length = True
+    ts.scale = 2000 #pixel per branch length unit
+    ts.branch_vertical_margin = 15 #pixel between branches
+    style2 = ete3.NodeStyle()
+    style2["fgcolor"] = "#000000"
+    style2["shape"] = "circle"
+    style2["vt_line_color"] = "#0000aa"
+    style2["hz_line_color"] = "#0000aa"
+    style2["vt_line_width"] = 2
+    style2["hz_line_width"] = 2
+    style2["vt_line_type"] = 0 # 0 solid, 1 dashed, 2 dotted
+    style2["hz_line_type"] = 0
+    for n in t.traverse():
+        n.set_style(style2)
+    '''
+    #region create detailed tree
+    
+    plasmidCount = 0
+    for n in t.traverse():
+        if (n.is_leaf() and not n.name == "Reference"):
+            mData = metadata[n.name.replace(".fa","")]
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.MLSTSpecies,fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_left = 10
+            face.margin_right = 10
+            n.add_face(face, 0, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.SequenceType,fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 10
+            n.add_face(face, 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.CarbapenemResistanceGenes,fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 10
+            n.add_face(face, 2, "aligned")
+            index = 3
+            if (mData.TotalPlasmids > plasmidCount):
+                plasmidCount = mData.TotalPlasmids
+            for i in range(0, mData.TotalPlasmids):
+                face = ete3.faces.TextFace(mData.plasmids[i].PlasmidRepType,fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 10
+                n.add_face(face, index, "aligned")
+                index+=1
+                face = ete3.faces.TextFace(mData.plasmids[i].PlasmidMobility,fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 10
+                n.add_face(face, index, "aligned")
+                index+=1
+
+    face = ete3.faces.TextFace("Species",fsize=10,tight_text=True)
+    face.border.margin = 5
+    face.margin_right = 10
+    face.margin_left = 10
+    (t&"Reference").add_face(face, 0, "aligned")
+    face = ete3.faces.TextFace("Sequence Type",fsize=10,tight_text=True)
+    face.border.margin = 5
+    face.margin_right = 10
+    (t&"Reference").add_face(face, 1, "aligned")
+    face = ete3.faces.TextFace("Carbapenamases",fsize=10,tight_text=True)
+    face.border.margin = 5
+    face.margin_right = 10
+    (t&"Reference").add_face(face, 2, "aligned")
+    index = 3
+    for i in range(0, plasmidCount):
+        face = ete3.faces.TextFace("plasmid " + str(i) + " replicons",fsize=10,tight_text=True)
+        face.border.margin = 5
+        face.margin_right = 10
+        (t&"Reference").add_face(face, index, "aligned")
+        index+=1
+        face = ete3.faces.TextFace("plasmid " + str(i) + " mobility",fsize=10,tight_text=True)
+        face.border.margin = 5
+        face.margin_right = 10
+        (t&"Reference").add_face(face, index, "aligned")
+        index+=1
+
+    t.render("./pipelineTest/tree.png", w=5000,units="mm", tree_style=ts)
+    
+    #endregion
+    '''
+    #region create box tree
+     #region step5: tree construction
+    treeFile = "".join(read("./pipelineTest/tree.txt"))
+    t = ete3.Tree(treeFile)
+    t.set_outgroup(t&"Reference")
+
+    ts = ete3.TreeStyle()
+    ts.show_leaf_name = True
+    ts.show_branch_length = True
+    ts.scale = 2000 #pixel per branch length unit
+    ts.branch_vertical_margin = 15 #pixel between branches
+    style2 = ete3.NodeStyle()
+    style2["fgcolor"] = "#000000"
+    style2["shape"] = "circle"
+    style2["vt_line_color"] = "#0000aa"
+    style2["hz_line_color"] = "#0000aa"
+    style2["vt_line_width"] = 2
+    style2["hz_line_width"] = 2
+    style2["vt_line_type"] = 0 # 0 solid, 1 dashed, 2 dotted
+    style2["hz_line_type"] = 0
+    for n in t.traverse():
+        n.set_style(style2)
+    plasmidIncs = {}
+    for key in metadata:
+        for plasmid in metadata[key].plasmids:
+            for inc in plasmid.PlasmidRepType.split(","):
+                if (inc.lower().find("inc") > -1):
+                    if not (inc in plasmidIncs):
+                        plasmidIncs[inc] = [metadata[key].ID]
+                    else:
+                        if metadata[key].ID not in plasmidIncs[inc]:
+                            plasmidIncs[inc].append(metadata[key].ID)
+    #plasmidIncs = sorted(plasmidIncs)
+    for n in t.traverse():
+        if (n.is_leaf() and n.name == "Reference"):
+            face = ete3.faces.TextFace("New?",fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            (t&"Reference").add_face(face, 0, "aligned")
+            for i in range(len(plasmidIncs)): #this loop adds the columns (aka the incs) to the reference node
+                face = ete3.faces.TextFace(list(plasmidIncs.keys())[i],fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 5
+                face.margin_left = 5
+                (t&"Reference").add_face(face, i + 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace("MLSTScheme",fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            (t&"Reference").add_face(face, len(plasmidIncs) + 0 + 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace("Sequence Type",fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            (t&"Reference").add_face(face, len(plasmidIncs) + 1 + 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace("Carbapenamases",fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            (t&"Reference").add_face(face, len(plasmidIncs) + 2 + 1, "aligned")
+            for i in range(len(distanceDict[list(distanceDict.keys())[0]])): #this loop adds the columns (aka the incs) to the reference node
+                face = ete3.faces.TextFace(distanceDict[list(distanceDict.keys())[0]][i],fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 5
+                face.margin_left = 5
+                (t&"Reference").add_face(face, len(plasmidIncs) + 2 + i + 1 + 1, "aligned")
+        elif (n.is_leaf() and not n.name == "Reference"):
+            if (metadata[n.name.replace(".fa","")].new == True):
+                face = ete3.faces.RectFace(30,30,"green","green") # TextFace("Y",fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 5
+                face.margin_left = 5
+                face.vt_align = 1
+                face.ht_align = 1
+                n.add_face(face, 0, "aligned")
+            for incs in plasmidIncs: #this loop adds presence/absence to the sample nodes
+                if (n.name.replace(".fa","") in plasmidIncs[incs]):
+                    face = ete3.faces.RectFace(30,30,"black","black") # TextFace("Y",fsize=10,tight_text=True)
+                    face.border.margin = 5
+                    face.margin_right = 5
+                    face.margin_left = 5
+                    face.vt_align = 1
+                    face.ht_align = 1
+                    n.add_face(face, list(plasmidIncs.keys()).index(incs) + 1, "aligned")
+            mData = metadata[n.name.replace(".fa","")]
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.MLSTSpecies,fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            n.add_face(face, len(plasmidIncs) + 0 + 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.SequenceType,fsize=10,tight_text=True)
+            face.border.margin = 5
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            n.add_face(face, len(plasmidIncs) + 1 + 1, "aligned")
+            face = ete3.faces.TextFace(mData.CarbapenemResistanceGenes,fsize=10,tight_text=True)
+            face.margin_right = 5
+            face.margin_left = 5
+            n.add_face(face, len(plasmidIncs) + 2 + 1, "aligned")
+            for i in range(len(distanceDict[list(distanceDict.keys())[0]])): #this loop adds distance matrix
+                face = ete3.faces.TextFace(list(distanceDict[n.name])[i],fsize=10,tight_text=True)
+                face.border.margin = 5
+                face.margin_right = 5
+                face.margin_left = 5
+                n.add_face(face, len(plasmidIncs) + 2 + i + 1 + 1, "aligned")
+
+    t.render("./tree.png", w=5000,units="mm", tree_style=ts)
+
+    #endregion
+#endregion
+
+
+start = time.time()#time the analysis
+
+#analysis time
+Main()
+
+end = time.time()
+print("Finished!\nThe analysis used: " + str(end-start) + " seconds")
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_galaxy_tree.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,51 @@
+<tool id="cpo_tree_galaxy" name="cpoTree" version="0.1.0">
+	<description>this tool makes tree</description>
+	<requirements>
+		<requirement type="package" version="0.23.4">pandas</requirement>
+		<requirement type="package" version="3.6">python</requirement>
+	</requirements>
+	<command detect_errors="exit_code">
+    <![CDATA[
+	    python '$__tool_directory__/cpo_galaxy_tree.py'
+		'-t $tree'
+		'-d $distance'
+		'-m $metadata'
+    ]]>
+	</command>
+    <inputs>
+        <param type="data" name="tree" format="txt"/>
+        <param type="data" name="distance" format="tabular" />
+        <param type="data" name="metadata" format="tabular" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="tsvSummary" format="png" from_work_dir="tree.png"/>
+    </outputs>
+	<tests>
+        <test>
+            <param name="ID" value="BC11-Kpn005_S2"/>
+            <param name="mlst" value="BC11-Kpn005_S2.mlst"/>
+            <param name="mobsuitecontig" value="contig_report"/>
+            <param name="mobsuiteaggregate" value="mobtyper_aggregate_report"/>
+            <param name="abricate" value="BC11-Kpn005_S2.cp"/>
+            <param name="rgi" value="BC11-Kpn005_S2.rgi.txt"/>
+            <param name="plasmidfinder" value="BC11-Kpn005_S2.origins"/>
+            <param name="expected" value="Klebsiella pneumoniae"/>
+            <output name="tsvSummary" file="summary.tsv"/>
+			<output name="txtSummary" file="summary.txt"/>
+        </test>
+    </tests>
+	<help>
+		This tool parses stuff.
+	</help>
+	<citations>
+        <citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_mlst.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,76 @@
+<tool id="mlst" name="MLST" version="2.11">
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.11">mlst</requirement>
+    </requirements>
+
+    <version_command>mlst --version</version_command>
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        mlst "$input_file" --nopath > "$report"
+    ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input_file" format="fasta,genbank" />
+        <conditional name="settings">
+            <param name="advanced" type="select" label="Specify advanced parameters">
+                <option value="simple" selected="true">No, use program defaults.</option>
+                <option value="advanced">Yes, see full parameter list.</option>
+            </param>
+            <when value="simple">
+            </when>
+            <when value="advanced">
+                <param name="min_dna_id" type="integer" label="Minimum DNA identity" value="95" min="0" max="100" help="Minimum DNA identity of full allelle to consider 'similar' (default 95, must be between 0-100)" optional="true" />
+                <param name="min_dna_cov" type="integer" label="Minimum DNA coverage" value="10" help="Minimum DNA coverage to report partial allele at all (default 10)" optional="true" />
+                <param name="scheme" type="text" area="false" label="PubMLST Scheme" help="Turn off auto-detection and only use this scheme" optional="true" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+
+    <outputs>
+        <data name="report" format="tabular" />
+    </outputs>
+
+    <tests>
+        <!-- Basic test - will produce no results. -->
+        <test>
+            <param name="input_file" value="Acetobacter.fna"/>
+            <param name="advanced" value="simple"/>
+            <output name="report" ftype="tabular" file="output_noresults.txt" compare="contains"/>
+        </test>
+
+        <!-- Basic test - will produce results. -->
+        <test>
+            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
+            <param name="advanced" value="simple"/>
+            <output name="report" ftype="tabular" file="output_mrsa.txt" compare="contains"/>
+        </test>
+
+        <!-- Advanced test - Min DNA Coverage 100 -->
+        <test>
+            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
+            <param name="advanced" value="advanced"/>
+            <param name="min_dna_cov" value="100"/>
+            <output name="report" ftype="tabular" file="output_mincov100.txt" compare="contains"/>
+        </test>
+
+        <!-- Advanced test - Min DNA ID 100 -->
+        <test>
+            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
+            <param name="advanced" value="advanced"/>
+            <param name="min_dna_id" value="100"/>
+            <output name="report" ftype="tabular" file="output_minid100.txt" compare="contains"/>
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help>performs mlst</help>
+
+    <citations>
+        <citation type="bibtex">
+            @UNPUBLISHED{Seemann2016,
+            author = "Seemann T",
+            title = "MLST: Scan contig files against PubMLST typing schemes",
+            year = "2016",
+            note = "https://github.com/tseemann/mlst"}
+        </citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_mobsuite.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,104 @@
+<tool id="mob_recon" name="MOB-Recon" version="1.4.8">
+  <description>Type contigs and extract plasmid sequences</description>
+  <requirements>
+     <requirement type="package" version="1.4.8">mob_suite</requirement>
+  </requirements>   
+  <command detect_errors="exit_code">
+  <![CDATA[  
+    ln -s "${input}" "${input.name}"; 
+    
+    mob_recon  --num_threads \${GALAXY_SLOTS:-4} --infile "${input.name}" 
+    #if str($adv_param.unicycler_contigs) == "True":
+      --unicycler_contigs 
+    #end if   
+    #if str($adv_param.run_circlator) == "True":
+      --run_circlator 
+    #end if 
+    #if str($adv_param.min_length_condition.min_length_param) == "True":
+      --min_length ${adv_param.min_length_condition.min_length_value}
+    #end if 
+    --run_typer --outdir '.';
+  ]]>  
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="input" type="data" format="fasta" label="Input" help="FASTA file with contig(s)"/>
+    <section name="adv_param" title="Advanced parameters" expanded="False">
+      <param name="unicycler_contigs" label="Check for circularity flag generated by unicycler in contigs fasta headers" type="select" value="True">
+        <option value="True">Yes</option>
+        <option value="False">No</option>
+      </param>
+      <param name="run_circlator" label="Run circlator minums2 pipeline to check for circular contigs" type="select" value="True">
+        <option value="True">Yes</option>
+        <option value="False">No</option>
+      </param>
+      <conditional name="min_length_condition">
+        <param name="min_length_param" label="Minimum length of contigs to classify" type="select" value="False">
+          <option value="False">No</option>
+          <option value="True">Yes</option>
+       </param>   
+        <when value="True">
+          <param name="min_length_value" type="integer" value="500" min="50"/> 
+        </when>  
+        <when value="False"/>
+      </conditional> 
+    </section>  
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="outfile1" format="tabular" from_work_dir="contig_report.txt" label="${tool.name}: Overall contig MOB-recon report"/> 
+    <data name="outfile2" format="tabular" from_work_dir="repetitive_blast_report.txt" label="${tool.name}: Repetitive elements BLAST report"/>
+    <data name="outfile3" format="fasta" from_work_dir="chromosome.fasta" label="${tool.name}: Chromosomal sequences"/>
+    <data name="outfile4" format="tabular" from_work_dir="mobtyper_aggregate_report.txt" label="${tool.name}: Aggregate MOB-typer report for all contigs"/>
+    <data name="outfile5" format="fasta" label="${tool.name}: Plasmid sequence"  hidden="true">
+        <discover_datasets pattern="plasmid_.+\.(?P&lt;ext&gt;.+)" ext="fasta" visible="false" assign_primary_output="false"/>
+    </data>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+        <param name="input" value="plasmid_476.fasta" ftype="fasta"/>
+        <section name="adv_param">
+         <param name="evalue" value="0.00001"/>
+         <param name="unicycler_contigs" value="True"/>
+         <param name="run_circlator"  value="True"/>
+        </section>
+        <output name="outfile1">
+          <assert_contents>
+            <has_text text="NC_019097"/>
+          </assert_contents>  
+        </output> 
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+
+**Syntax**
+
+This tool reconstructs individual plasmid sequences from draft genome assemblies using the plasmid reference databases.
+
+For more information please visit https://github.com/phac-nml/mob-suite/. 
+
+-----
+
+**Input:**
+
+A FASTA file with a single or multiple contigs (e.g. a draft genome assembly):
+
+
+**Output:**
+
+Tab-delimited report listing information for each input contig on its cluster number, possible replicon, relaxase, and repetitive elements types, etc. Refer to https://github.com/phac-nml/mob-suite#mob-recon-contig-report-format for the description of each column.
+
+Note: Plasmid sequences will not be output if none are found. Some plasmid could be intergrated into a chromosome.
+
+
+  </help>
+  <citations>
+    <citation type="bibtex">
+  @misc{githubmob-suite,
+  author = {Robertson J, Nash J},
+  title = {MOB-Suite: Software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.},
+  publisher = {GitHub},
+  journal = {GitHub repository},
+  doi = {10.1099/mgen.0.000206},
+  url = {https://github.com/phac-nml/mob-suite}
+    }</citation>
+  </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_plasmidfinder.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,35 @@
+<tool id="plasmidfindercpo" name="plasmidfindercpo" version="0.8">
+	<description>this tool parses stuff</description>
+	<requirements>
+		<requirement type="package" version="0.8">abricate</requirement>
+	</requirements>
+	<command detect_errors="exit_code">
+	<![CDATA[
+		abricate
+		--datadir=$__tool_directory__/
+		--db=plasmidfinder
+		'$input'
+		>report.tsv
+    ]]>
+	</command>
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input" format="fasta" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="report" format="tabular" from_work_dir="report.tsv"/>
+    </outputs>
+	<help>
+		abricate with custom database
+	</help>
+	<citations>
+        <citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- a/cpo_predictions.xml	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,60 +0,0 @@
-<tool id="cpo_prediction_galaxy" name="cpoParser" version="0.1.0">
-	<description>this tool parses stuff</description>
-	<requirements>
-		<requirement type="package" version="0.23.4">pandas</requirement>
-		<requirement type="package" version="3.6">python</requirement>
-	</requirements>
-	<command detect_errors="exit_code">
-    <![CDATA[
-	    python '$__tool_directory__/galaxy_prediction.py'
-		'-i $ID'
-		'-m $mlst'
-		'-c $mobsuitecontig'
-		'-f $mobsuiteaggregate'
-		'-a $abricate'
-		'-r $rgi'
-		'-e $expected'
-		'-s $__tool_directory__/scheme_species_map.tab'
-    ]]>
-	</command>
-    <inputs>
-        <param type="text" name="ID"/>
-        <param type="data" name="mlst" format="tabular" />
-        <param type="data" name="mobsuitecontig" format="tabular" />
-        <param type="data" name="mobsuiteaggregate" format="tabular" />
-        <param type="data" name="abricate" format="tabular" />
-        <param type="data" name="rgi" format="tabular" />
-        <param type="text" name="expected"/>
-    </inputs>
-    <outputs>
-        <data name="tsvSummary" format="tabular" from_work_dir="summary.tsv"/>
-		<data name="txtSummary" format="text" from_work_dir="summary.txt"/>
-    </outputs>
-	<tests>
-        <test>
-            <param name="ID" value="BC11-Kpn005_S2"/>
-            <param name="mlst" value="BC11-Kpn005_S2.mlst"/>
-            <param name="mobsuitecontig" value="contig_report"/>
-            <param name="mobsuiteaggregate" value="mobtyper_aggregate_report"/>
-            <param name="abricate" value="BC11-Kpn005_S2.cp"/>
-            <param name="rgi" value="BC11-Kpn005_S2.rgi.txt"/>
-            <param name="expected" value="Klebsiella pneumoniae"/>
-            <output name="tsvSummary" file="summary.tsv"/>
-			<output name="txtSummary" file="summary.txt"/>
-        </test>
-    </tests>
-	<help>
-		This tool parses stuff.
-	</help>
-	<citations>
-        <citation type="bibtex">
-@misc{cpo,
-  author = {j, j},
-  year = {2018},
-  title = {cpo_prediction},
-  publisher = {j},
-  journal = {j of j},
-  url = {https://bfjia.net,
-}</citation>
-    </citations>
-</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_resfinder.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,35 @@
+<tool id="resfindercpo" name="resfindercpo" version="0.8">
+	<description>this tool parses stuff</description>
+	<requirements>
+		<requirement type="package" version="0.8">abricate</requirement>
+	</requirements>
+	<command detect_errors="exit_code">
+	<![CDATA[
+		abricate
+		--datadir=$__tool_directory__/
+		--db=cpo
+		'$input'
+		>report.tsv
+    ]]>
+	</command>
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input" format="fasta" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="report" format="tabular" from_work_dir="report.tsv"/>
+    </outputs>
+	<help>
+		abricate with custom database
+	</help>
+	<citations>
+        <citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_rgi.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,30 @@
+<tool id="rgi" name="rgi" version="4.0.3">
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="4.0.3">rgi</requirement>
+		<requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        rgi load -i $__tool_directory__/card202.json --local && rgi main -t contig -a BLAST -i $input -o rgiResult -n "\${GALAXY_SLOTS:-4}" --local --clean 
+    ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input" format="fasta" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+		<data name="rgiResultTsv" format="tabular" from_work_dir="rgiResult.txt"/>
+    </outputs>
+    <help>
+		runs rgi
+	</help>
+	<citations>
+	<citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_snippy.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,158 @@
+<tool id="snippy" name="snippy" version="3.2">
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="3.2">snippy</requirement>
+  </requirements>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" />
+  </stdio>
+
+  <command>
+    <![CDATA[
+      snippy
+      --outdir out
+      --cpus "\${GALAXY_SLOTS:-1}"
+      --ref $ref
+      $cleanup
+      #if str( $advanced.is_advanced ) == "advanced"
+        --mapqual $advanced.mapqual
+        --mincov $advanced.mincov
+        --minfrac $advanced.minfrac
+        #if $advanced.rgid
+          --rgid $advanced.rgid
+        #end if
+        #if $advanced.bwaopt
+          --bwaopt $advanced.bwaopt
+        #end if
+      #end if
+      --ctgs $input
+
+      &&
+
+      gunzip out/snps.depth.gz
+
+      &&
+
+      tar -czf out.tgz out
+
+
+    ]]>
+  </command>
+  <inputs>
+
+    <param name="ref" type="data" format="fasta" label="Reference Fasta" />
+    <param name="input" type="data" format="fasta" label="assembled contigs"/>
+    <param name="cleanup" type="boolean" checked="true" truevalue="--cleanup" falsevalue="" label="Cleanup the non-snp output files" help="Remove all non-SNP files: BAMs, indices etc" />
+    <conditional name="advanced">
+      <param name="is_advanced" type="select" label="Advanced parameters" help="unhide advanced parameter settings">
+        <option value="advanced">Show advanced settings</option>
+        <option value="simple" selected="true">Hide advanced settings</option>
+      </param>
+      <when value="advanced">
+        <param name="mapqual" type="float" value="60" label="Minimum mapping quality" help="Minimum mapping quality to allow" />
+        <param name="mincov" type="float" value="10" label="Minimum coverage" help="Minimum coverage to call a snp" />
+        <param name="minfrac" type="float" value="0.9" label="Minumum proportion for variant evidence" help="Minumum proportion for variant evidence" />
+        <param name="rgid" type="text" value="" label="Bam header @RG ID" help="Use this @RG ID: in the BAM header" />
+        <param name="bwaopt" type="text" value="" label="Extra BWA MEM options" help="Extra BWA MEM options, eg. -x pacbio" />
+      </when>
+      <when value="simple">
+
+      </when>
+    </conditional>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="vcf" name="snpvcf" label="${tool.name} on ${on_string} snps vcf file" from_work_dir="out/snps.vcf"/>
+    <data format="gff3" name="snpgff" label="${tool.name} on ${on_string} snps gff file" from_work_dir="out/snps.gff"/>
+    <data format="tabular" name="snptab" label="${tool.name} on ${on_string} snps table" from_work_dir="out/snps.tab"/>
+    <data format="tabular" name="snpsum" label="${tool.name} on ${on_string} snps summary" from_work_dir="out/snps.txt"/>
+    <data format="txt" name="snplog" label="${tool.name} on ${on_string} log file" from_work_dir="out/snps.log"/>
+    <data format="fasta" name="snpalign" label="${tool.name} on ${on_string} aligned fasta" from_work_dir="out/snps.aligned.fa"/>
+    <data format="fasta" name="snpconsensus" label="${tool.name} on ${on_string} consensus fasta" from_work_dir="out/snps.consensus.fa"/>
+    <data format="tabular" name="snpsdepth" label="${tool.name} on ${on_string} mapping depth" from_work_dir="out/snps.depth"/>
+    <data format="bam" name="snpsbam" label="${tool.name} on ${on_string} mapped reads (bam)" from_work_dir="out/snps.bam">
+      <filter>cleanup is False</filter>
+    </data>
+    <data format="zip" name="outdir" label="${tool.name} on ${on_string} out dir" from_work_dir="out.tgz" />
+  </outputs>
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="ref_type_selector" value="fasta" />
+      <param name="ref" value="Ecoli.fna" ftype="fasta" />
+      <param name="fastq_input_selector" value="paired" />
+      <param name="fastq_input1" ftype="fastq" value="reads_1.fq" />
+      <param name="fastq_input2" ftype="fastq" value="reads_2.fq" />
+      <output name="snpsum" ftype="tabular" file="test/snps.txt" lines-diff="5" />
+    </test>
+  </tests>
+
+
+  <help>
+    <![CDATA[
+Synopsis:
+  snippy 3.0 - fast bacterial variant calling from NGS reads
+
+Author:
+  Torsten Seemann <torsten.seemann@gmail.com>
+
+Usage:
+  snippy [options] --outdir <dir> --ref <ref> --pe1 <R1.fq.gz> --pe2 <R2.fq.gz>
+
+  snippy [options] --outdir <dir> --ref <ref> --se <454.fastq>
+
+  snippy [options] --outdir <dir> --ref <ref> --peil <velvet.fa.gz>
+
+Options:
+  --help            This help
+
+  --version         Print version and exit
+
+  --citation        Print citation for referencing snippy
+
+  --quiet           No screen output (default OFF)
+
+  --cpus [N]        Maximum number of CPU cores to use (default '8')
+
+  --reference [X]   Reference genome. Supports FASTA, GenBank, EMBL (not GFF) (default '')
+
+  --outdir [X]      Output folder (default '')
+
+  --prefix [X]      Prefix for output files (default 'snps')
+
+  --force           Force overwrite of existing output folder (default OFF)
+
+  --pe1|R1|left [X] Reads, paired-end R1 (left) (default '')
+
+  --pe2|R2|right [X] Reads, paired-end R2 (right) (default '')
+
+  --se|single [X]   Single-end reads (default '')
+
+  --peil [X]        Reads, paired-end R1/R2 interleaved (default '')
+
+  --mapqual [n.n]   Minimum mapping quality to allow (default '60')
+
+  --mincov [N]      Minimum coverage of variant site (default '10')
+
+  --minfrac [n.n]   Minumum proportion for variant evidence (default '0.9')
+
+  --report          Produce long report with visual alignment (slow) (default OFF)
+
+  --cleanup         Remove all non-SNP files: BAMs, indices etc (default OFF)
+
+  --rgid [X]        Use this @RG ID: in the BAM header (default '')
+
+  --bwaopt [X]      Extra BWA MEM options, eg. -x pacbio (default '')
+
+    ]]>
+  </help>
+  <citations>
+    <citation type="bibtex">
+      @UNPUBLISHED{Seemann2013,
+      author = "Seemann T",
+      title = "snippy: fast bacterial variant calling from NGS reads",
+      year = "2015",
+      note = "https://github.com/tseemann/snippy"}
+    </citation>
+  </citations>
+
+
+</tool>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpo_snpdist.xml	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,30 @@
+<tool id="snippy-dist" name="snippy-dist" version="4.0.2">
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="4.0.2">snippy</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code">
+      <![CDATA[ 
+      snp-dists $input > distance.tab    
+      ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <param type="data" name="input" format="fasta" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+		<data name="distance.tab" format="tabular" from_work_dir="distance.tab"/>
+    </outputs>
+    <help>
+		runs snippy-dist
+	</help>
+	<citations>
+	<citation type="bibtex">
+@misc{cpo,
+  author = {j, j},
+  year = {2018},
+  title = {cpo_prediction},
+  publisher = {j},
+  journal = {j of j},
+  url = {https://bfjia.net,
+}</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
--- a/galaxy_prediction.py	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,609 +0,0 @@
-#!/home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
-
-#$ -S /home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
-#$ -V             # Pass environment variables to the job
-#$ -N CPO_pipeline    # Replace with a more specific job name
-#$ -wd /home/jjjjia/testCases           # Use the current working dir
-#$ -pe smp 8      # Parallel Environment (how many cores)
-#$ -l h_vmem=11G  # Memory (RAM) allocation *per core*
-#$ -e ./logs/$JOB_ID.err
-#$ -o ./logs/$JOB_ID.log
-#$ -m ea
-#$ -M bja20@sfu.ca
-
-#./prediction.py -i ~/testCases/cpoResults/contigs/BC11-Kpn005_S2.fa -m ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.mlst -c ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.recon/contig_report.txt -f ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.recon/mobtyper_aggregate_report.txt -a ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.cp -r ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.rgi.txt -e "Klebsiella"
-import subprocess
-import pandas
-import optparse
-import os
-import datetime
-import sys
-import time
-import urllib.request
-import gzip
-import collections
-import json
-import numpy
-
-
-debug = False #debug skips the shell scripts and also dump out a ton of debugging messages
-
-if not debug:
-    #parses some parameters
-    parser = optparse.OptionParser("Usage: %prog [options] arg1 arg2 ...")
-    #required
-    #MLSTHIT, mobsuite, resfinder, rgi, mlstscheme
-    parser.add_option("-i", "--id", dest="id", type="string", help="identifier of the isolate")    
-    parser.add_option("-m", "--mlst", dest="mlst", type="string", help="absolute file path to mlst result")
-    parser.add_option("-c", "--mobfinderContig", dest="mobfinderContig", type="string", help="absolute path to mobfinder aggregate result")
-    parser.add_option("-f", "--mobfinderAggregate", dest="mobfinderAggregate", type="string", help="absolute path to mobfinder plasmid results")
-    parser.add_option("-a", "--abricate", dest="abricate", type="string", help="absolute path to abricate results")
-    parser.add_option("-r", "--rgi", dest="rgi", type="string", help="absolute path to rgi results")
-    parser.add_option("-e", "--expected", dest="expectedSpecies", default="NA/NA/NA", type="string", help="expected species of the isolate")
-    parser.add_option("-s", "--mlst-scheme", dest="mlstScheme", default= "./scheme_species_map.tab", type="string", help="absolute file path to mlst scheme")
-
-    #parallelization, useless, these are hard coded to 8cores/64G RAM
-    #parser.add_option("-t", "--threads", dest="threads", default=8, type="int", help="number of cpu to use")
-    #parser.add_option("-p", "--memory", dest="memory", default=64, type="int", help="memory to use in GB")
-
-    (options,args) = parser.parse_args()
-    #if len(args) != 8:
-        #parser.error("incorrect number of arguments, all 7 is required")
-    curDir = os.getcwd()
-    ID = str(options.id).lstrip().rstrip()
-    mlst = str(options.mlst).lstrip().rstrip()
-    mobfindercontig = str(options.mobfinderContig).lstrip().rstrip()
-    mobfinderaggregate = str(options.mobfinderAggregate).lstrip().rstrip()
-    abricate = str(options.abricate).lstrip().rstrip()
-    rgi = str(options.rgi).lstrip().rstrip()
-    expectedSpecies = str(options.expectedSpecies).lstrip().rstrip()
-    mlstScheme = str(options.mlstScheme).lstrip().rstrip()
-    outputDir = "./"
-    print(mlst)
-    print(mobfindercontig)
-    print(mobfinderaggregate)
-    print(abricate)
-    print(rgi)
-    print(expectedSpecies)
-    print(mlstScheme)
-else:
-    curDir = os.getcwd()
-    ID = "BC11"
-    mlst = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.mlst"
-    mobfindercontig = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.recon\contig_report.txt"
-    mobfinderaggregate = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.recon\mobtyper_aggregate_report.txt"
-    abricate = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.cp"
-    rgi = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.rgi.txt"
-    expectedSpecies = "Escherichia coli"
-    mlstScheme = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\scheme_species_map.tab"
-    outputDir = "./"
-
-#region result objects
-#define some objects to store values from results
-#//TODO this is not the proper way of get/set private object variables. every value has manually assigned defaults intead of specified in init(). Also, use property(def getVar, def setVar).
-class starFinders(object):
-    def __init__(self):
-        self.file = ""
-        self.sequence = ""
-        self.start = 0
-        self.end = 0
-        self.gene = ""
-        self.shortGene = ""
-        self.coverage = ""
-        self.coverage_map = ""
-        self.gaps = ""
-        self.pCoverage = 100.00
-        self.pIdentity = 100.00
-        self.database = ""
-        self.accession = ""
-        self.product = ""
-        self.source = "chromosome"
-        self.row = ""
-
-class PlasFlowResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.sequence = ""
-        self.length = 0
-        self.label = ""
-        self.confidence = 0
-        self.usefulRow = ""
-        self.row = ""
-
-class MlstResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.file = ""
-        self.speciesID = ""
-        self.seqType = 0
-        self.scheme = ""
-        self.species = ""
-        self.row=""
-
-class mobsuiteResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.file_id = ""
-        self.cluster_id	= ""
-        self.contig_id	= ""
-        self.contig_num = 0
-        self.contig_length	= 0
-        self.circularity_status	= ""
-        self.rep_type	= ""
-        self.rep_type_accession = ""	
-        self.relaxase_type	= ""
-        self.relaxase_type_accession = ""	
-        self.mash_nearest_neighbor	 = ""
-        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
-        self.repetitive_dna_id	= ""
-        self.match_type	= ""
-        self.score	= 0
-        self.contig_match_start	= 0
-        self.contig_match_end = 0
-        self.row = ""
-
-class mobsuitePlasmids(object):
-    def __init__(self):
-        self.file_id = ""
-        self.num_contigs = 0
-        self.total_length = 0
-        self.gc = ""
-        self.rep_types = ""
-        self.rep_typeAccession = ""
-        self.relaxase_type= ""
-        self.relaxase_type_accession	= ""
-        self.mpf_type	= ""
-        self.mpf_type_accession= ""	
-        self.orit_type	= ""
-        self.orit_accession	= ""
-        self.PredictedMobility	= ""
-        self.mash_nearest_neighbor	= ""
-        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
-        self.mash_neighbor_cluster= 0
-        self.row = ""
-class RGIResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.ORF_ID	= ""
-        self.Contig	= ""
-        self.Start	= -1
-        self.Stop	= -1
-        self.Orientation = ""	
-        self.Cut_Off	= ""
-        self.Pass_Bitscore	= 100000
-        self.Best_Hit_Bitscore	= 0.00
-        self.Best_Hit_ARO	= ""
-        self.Best_Identities	= 0.00
-        self.ARO = 0
-        self.Model_type	= ""
-        self.SNPs_in_Best_Hit_ARO	= ""
-        self.Other_SNPs	= ""
-        self.Drug_Class	= ""
-        self.Resistance_Mechanism	= ""
-        self.AMR_Gene_Family	= ""
-        self.Predicted_DNA	= ""
-        self.Predicted_Protein	= ""
-        self.CARD_Protein_Sequence	= ""
-        self.Percentage_Length_of_Reference_Sequence	= 0.00
-        self.ID	= ""
-        self.Model_ID = 0
-        self.source = ""
-        self.row = ""
-
-#endregion
-
-#region useful functions
-def read(path):
-    return [line.rstrip('\n') for line in open(path)]
-def execute(command):
-    process = subprocess.Popen(command, shell=False, cwd=curDir, universal_newlines=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
-
-    # Poll process for new output until finished
-    while True:
-        nextline = process.stdout.readline()
-        if nextline == '' and process.poll() is not None:
-            break
-        sys.stdout.write(nextline)
-        sys.stdout.flush()
-
-    output = process.communicate()[0]
-    exitCode = process.returncode
-
-    if (exitCode == 0):
-        return output
-    else:
-        raise subprocess.CalledProcessError(exitCode, command)
-def httpGetFile(url, filepath=""):
-    if (filepath == ""):
-        return urllib.request.urlretrieve(url)
-    else:
-        urllib.request.urlretrieve(url, filepath)
-        return True
-def gunzip(inputpath="", outputpath=""):
-    if (outputpath == ""):
-        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
-            gzContent = f.read()
-        return gzContent
-    else:
-        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
-            gzContent = f.read()
-        with open(outputpath, 'wb') as out:
-            out.write(gzContent)
-        return True
-def ToJson(dictObject, outputPath):
-    #outDir = outputDir + '/summary/' + ID + ".json/"
-    #if not (os.path.exists(outDir)):
-        #os.makedirs(outDir)
-    #with open(outputPath, 'w') as f:
-      #json.dump([ob.__dict__ for ob in dictObject.values()], f, ensure_ascii=False)
-    return ""
-#endregion
-
-#region functions to parse result files
-def ParseMLSTResult(pathToMLSTResult, scheme):
-    _mlstResult = {}
-    scheme = pandas.read_csv(scheme, delimiter='\t', header=0)
-    scheme = scheme.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    taxon = {}
-    #record the scheme as a dictionary
-    taxon["-"] = "No MLST Match"
-    for i in range(len(scheme.index)):
-        key = scheme.iloc[i,0]
-        if (str(scheme.iloc[i,2]) == "nan"):
-            value = str(scheme.iloc[i,1])
-        else:
-            value = str(scheme.iloc[i,1]) + " " + str(scheme.iloc[i,2])
-        
-        if (key in taxon.keys()):
-            taxon[key] = taxon.get(key) + ";" + value
-        else:
-            taxon[key] = value
-    #read in the mlst result
-    mlst = pandas.read_csv(pathToMLSTResult, delimiter='\t', header=None)
-    _mlstHit = MlstResult()
-
-    _mlstHit.file = mlst.iloc[0,0]
-    _mlstHit.speciesID = (mlst.iloc[0,1])
-    _mlstHit.seqType = str(mlst.iloc[0,2])
-    for i in range(3, len(mlst.columns)):
-        _mlstHit.scheme += mlst.iloc[0,i] + ";"
-    _mlstHit.species = taxon[_mlstHit.speciesID]
-    _mlstHit.row = "\t".join(str(x) for x in mlst.ix[0].tolist())
-    _mlstResult[_mlstHit.speciesID]=_mlstHit
-
-    return _mlstResult
-
-def ParsePlasmidFinderResult(pathToPlasmidFinderResult):
-    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00019	45455	45758	IncFIC(FII)_1	8-308/499	========/=.....	8/11	59.52	75.65	plasmidfinder	AP001918	IncFIC(FII)_1__AP001918
-    #example resfinder:
-    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00038	256	1053	OXA-181	1-798/798	===============	0/0	100.00	100.00	bccdc	AEP16366.1	  OXA-48 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-181 
-
-    _pFinder = {} #***********************
-    plasmidFinder = pandas.read_csv(pathToPlasmidFinderResult, delimiter='\t', header=0)
-    plasmidFinder = plasmidFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-
-    for i in range(len(plasmidFinder.index)):
-        pf = starFinders()
-        pf.file = str(plasmidFinder.iloc[i,0])
-        pf.sequence = str(plasmidFinder.iloc[i,1])
-        pf.start = int(plasmidFinder.iloc[i,2])
-        pf.end = int(plasmidFinder.iloc[i,3])
-        pf.gene = str(plasmidFinder.iloc[i,4])
-        pf.shortGene = pf.gene[:pf.gene.index("_")]
-        pf.coverage = str(plasmidFinder.iloc[i,5])
-        pf.coverage_map = str(plasmidFinder.iloc[i,6])
-        pf.gaps = str(plasmidFinder.iloc[i,7])
-        pf.pCoverage = float(plasmidFinder.iloc[i,8])
-        pf.pIdentity = float(plasmidFinder.iloc[i,9])
-        pf.database = str(plasmidFinder.iloc[i,10])
-        pf.accession = str(plasmidFinder.iloc[i,11])
-        pf.product = str(plasmidFinder.iloc[i,12])
-        pf.source = "plasmid"
-        pf.row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
-        _pFinder[pf.gene]=pf
-        #row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
-        #plasmidFinderContigs.append(str(plasmidFinder.iloc[i,1]))
-        #origins.append(str(plasmidFinder.iloc[i,4][:plasmidFinder.iloc[i,4].index("_")]))
-    return _pFinder
-
-def ParseMobsuiteResult(pathToMobsuiteResult):
-    _mobsuite = {}
-    mResult = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
-    mResult = mResult.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(mResult.index)):
-        mr = mobsuiteResult()
-        mr.file_id = str(mResult.iloc[i,0])
-        mr.cluster_id = str(mResult.iloc[i,1])
-        if (mr.cluster_id == "chromosome"):
-            break
-        mr.contig_id = str(mResult.iloc[i,2])
-        mr.contig_num = mr.contig_id[(mr.contig_id.find("contig")+6):mr.contig_id.find("_len=")]
-        mr.contig_length = int(mResult.iloc[i,3])
-        mr.circularity_status = str(mResult.iloc[i,4])
-        mr.rep_type = str(mResult.iloc[i,5])
-        mr.rep_type_accession = str(mResult.iloc[i,6])
-        mr.relaxase_type = str(mResult.iloc[i,7])
-        mr.relaxase_type_accession = str(mResult.iloc[i,8])
-        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResult.iloc[i,9])
-        mr.mash_neighbor_distance = float(mResult.iloc[i,10])
-        mr.repetitive_dna_id = str(mResult.iloc[i,11])
-        mr.match_type = str(mResult.iloc[i,12])
-        if (mr.match_type == ""):
-            mr.score = -1
-            mr.contig_match_start = -1
-            mr.contig_match_end = -1
-        else:
-            mr.score = int(mResult.iloc[i,13])
-            mr.contig_match_start = int(mResult.iloc[i,14])
-            mr.contig_match_end = int(mResult.iloc[i,15])
-        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResult.ix[i].tolist())
-        _mobsuite[mr.contig_id]=(mr)
-    return _mobsuite
-
-def ParseMobsuitePlasmids(pathToMobsuiteResult):
-    _mobsuite = {}
-    mResults = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
-    mResults = mResults.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(mResults.index)):
-        mr = mobsuitePlasmids()
-        mr.file_id = str(mResults.iloc[i,0])
-        mr.num_contigs = int(mResults.iloc[i,1])
-        mr.total_length = int(mResults.iloc[i,2])
-        mr.gc = int(mResults.iloc[i,3])
-        mr.rep_types = str(mResults.iloc[i,4])
-        mr.rep_typeAccession = str(mResults.iloc[i,5])
-        mr.relaxase_type = str(mResults.iloc[i,6])
-        mr.relaxase_type_accession = str(mResults.iloc[i,7])
-        mr.mpf_type = str(mResults.iloc[i,8])
-        mr.mpf_type_accession = str(mResults.iloc[i,9])
-        mr.orit_type = str(mResults.iloc[i,10])
-        mr.orit_accession = str(mResults.iloc[i,11])
-        mr.PredictedMobility = str(mResults.iloc[i,12])
-        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResults.iloc[i,13])
-        mr.mash_neighbor_distance = float(mResults.iloc[i,14])
-        mr.mash_neighbor_cluster = int(mResults.iloc[i,15])
-        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResults.ix[i].tolist())
-        _mobsuite[mr.file_id] = mr
-    return _mobsuite
-
-def ParseResFinderResult(pathToResFinderResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
-    _rFinder = {}
-    resFinder = pandas.read_csv(pathToResFinderResults, delimiter='\t', header=0)
-    resFinder = resFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(resFinder.index)):
-        rf = starFinders()
-        rf.file = str(resFinder.iloc[i,0])
-        rf.sequence = str(resFinder.iloc[i,1])
-        rf.start = int(resFinder.iloc[i,2])
-        rf.end = int(resFinder.iloc[i,3])
-        rf.gene = str(resFinder.iloc[i,4])
-        rf.shortGene = rf.gene
-        rf.coverage = str(resFinder.iloc[i,5])
-        rf.coverage_map = str(resFinder.iloc[i,6])
-        rf.gaps = str(resFinder.iloc[i,7])
-        rf.pCoverage = float(resFinder.iloc[i,8])
-        rf.pIdentity = float(resFinder.iloc[i,9])
-        rf.database = str(resFinder.iloc[i,10])
-        rf.accession = str(resFinder.iloc[i,11])
-        rf.product = str(resFinder.iloc[i,12])
-        rf.row = "\t".join(str(x) for x in resFinder.ix[i].tolist())
-        if (rf.sequence[6:] in plasmidContigs):
-            rf.source = "plasmid"
-        elif (rf.sequence[6:] in likelyPlasmidContigs):
-            rf.source = "likely plasmid"
-        else:
-            rf.source = "likely chromosome"
-        _rFinder[rf.gene]=rf
-    return _rFinder
-
-def ParseRGIResult(pathToRGIResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
-    _rgiR = {}
-    RGI = pandas.read_csv(pathToRGIResults, delimiter='\t', header=0)
-    RGI = RGI.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(RGI.index)):
-        r = RGIResult()
-        r.ORF_ID = str(RGI.iloc[i,0])
-        r.Contig = str(RGI.iloc[i,1])
-        r.Contig_Num = r.Contig[6:r.Contig.find("_")]
-        r.Start = int(RGI.iloc[i,2])
-        r.Stop = int(RGI.iloc[i,3])
-        r.Orientation = str(RGI.iloc[i,4])
-        r.Cut_Off = str(RGI.iloc[i,5])
-        r.Pass_Bitscore = int(RGI.iloc[i,6])
-        r.Best_Hit_Bitscore = float(RGI.iloc[i,7])
-        r.Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,8])
-        r.Best_Identities = float(RGI.iloc[i,9])
-        r.ARO = int(RGI.iloc[i,10])
-        r.Model_type = str(RGI.iloc[i,11])
-        r.SNPs_in_Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,12])
-        r.Other_SNPs = str(RGI.iloc[i,13])
-        r.Drug_Class = str(RGI.iloc[i,14])
-        r.Resistance_Mechanism = str(RGI.iloc[i,15])
-        r.AMR_Gene_Family = str(RGI.iloc[i,16])
-        r.Predicted_DNA = str(RGI.iloc[i,17])
-        r.Predicted_Protein = str(RGI.iloc[i,18])
-        r.CARD_Protein_Sequence = str(RGI.iloc[i,19])
-        r.Percentage_Length_of_Reference_Sequence = float(RGI.iloc[i,20])
-        r.ID = str(RGI.iloc[i,21])
-        r.Model_ID = int(RGI.iloc[i,22])
-        r.row = "\t".join(str(x) for x in RGI.ix[i].tolist())
-        if (r.Contig_Num in plasmidContigs):
-            r.source = "plasmid"
-        elif (r.Contig_Num in likelyPlasmidContigs):
-            r.source = "likely plasmid"
-        else:
-            r.source = "likely chromosome"
-        _rgiR[r.Model_ID]=r
-    return _rgiR
-#endregion
-
-def Main():
-    outputDir = "./"
-    notes = []
-    #init the output list
-    output = []
-    jsonOutput = []
-
-    print(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + options.id)
-    output.append(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + options.id)
-
-    #region parse the mlst results
-    print("step 3: parsing mlst, plasmid, and amr results")
-    
-    print("identifying MLST")    
-    mlstHit = ParseMLSTResult(mlst, str(mlstScheme))#***********************
-    ToJson(mlstHit, "mlst.json") #write it to a json output
-    mlstHit = list(mlstHit.values())[0]
-
-    #endregion
-
-    #region parse mobsuite, resfinder and rgi results
-    print("identifying plasmid contigs and amr genes")
-
-    plasmidContigs = []
-    likelyPlasmidContigs = []
-    origins = []
-
-    #parse mobsuite results
-    mSuite = ParseMobsuiteResult(mobfindercontig) #outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/contig_report.txt")#*************
-    ToJson(mSuite, "mobsuite.json") #*************
-    mSuitePlasmids = ParseMobsuitePlasmids(mobfinderaggregate)#outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/mobtyper_aggregate_report.txt")#*************
-    ToJson(mSuitePlasmids, "mobsuitePlasmids.json") #*************
-
-    for key in mSuite:
-        if mSuite[key].contig_num not in plasmidContigs and mSuite[key].contig_num not in likelyPlasmidContigs:
-            if not (mSuite[key].rep_type == ''):
-                plasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
-            else:
-                likelyPlasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
-    for key in mSuite:
-        if mSuite[key].rep_type not in origins:
-            origins.append(mSuite[key].rep_type)
-
-    #parse resfinder AMR results
-    rFinder = ParseResFinderResult(abricate, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs)#outputDir + "/predictions/" + ID + ".cp", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs) #**********************
-    ToJson(rFinder, "resfinder.json") #*************
-
-    rgiAMR = ParseRGIResult(rgi, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs) # outputDir + "/predictions/" + ID + ".rgi.txt", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs)#***********************
-    ToJson(rgiAMR, "rgi.json") #*************
-
-    carbapenamases = []
-    amrGenes = []
-    for keys in rFinder:
-        carbapenamases.append(rFinder[keys].shortGene + "(" + rFinder[keys].source + ")")
-    for keys in rgiAMR:
-        if (rgiAMR[keys].Drug_Class.find("carbapenem") > -1):
-            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in carbapenamases):
-                carbapenamases.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
-        else:
-            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in amrGenes):
-                amrGenes.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
-    #endregion
-
-    #region output parsed mlst information
-    print("formatting mlst outputs")
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~MLST summary~~~~~~~")
-    output.append("MLST determined species: " + mlstHit.species)
-    output.append("\nMLST Details: ")
-    output.append(mlstHit.row)
-
-    output.append("\nMLST information: ")
-    if (mlstHit.species == expectedSpecies):
-        output.append("MLST determined species is the same as expected species")
-        #notes.append("MLST determined species is the same as expected species")
-    else:
-        output.append("!!!MLST determined species is NOT the same as expected species, contamination? mislabeling?")
-        notes.append("MLST: Not expected species. Possible contamination or mislabeling")
-
-    #endregion
-
-    #region output the parsed plasmid/amr results
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~~Plasmids~~~~~~~~\n")
-    
-    output.append("predicted plasmid origins: ")
-    output.append(";".join(origins))
-
-    output.append("\ndefinitely plasmid contigs")
-    output.append(";".join(plasmidContigs))
-    
-    output.append("\nlikely plasmid contigs")
-    output.append(";".join(likelyPlasmidContigs))
-
-    output.append("\nmob-suite prediction details: ")
-    for key in mSuite:
-        output.append(mSuite[key].row)
-
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~~AMR Genes~~~~~~~~\n")
-    output.append("predicted carbapenamase Genes: ")
-    output.append(",".join(carbapenamases))
-    output.append("other RGI AMR Genes: ")
-    for key in rgiAMR:
-        output.append(rgiAMR[key].Best_Hit_ARO + "(" + rgiAMR[key].source + ")")
-
-    output.append("\nDetails about the carbapenamase Genes: ")
-    for key in rFinder:
-        output.append(rFinder[key].row)
-    output.append("\nDetails about the RGI AMR Genes: ")
-    for key in rgiAMR:
-        output.append(rgiAMR[key].row)
-
-    #write summary to a file
-    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
-    out = open("summary.txt", 'w')
-    for item in output:
-        out.write("%s\n" % item)
-
-
-    #TSV output
-    tsvOut = []
-    tsvOut.append("ID\tExpected Species\tMLST Species\tSequence Type\tMLST Scheme\tCarbapenem Resistance Genes\tOther AMR Genes\tTotal Plasmids\tPlasmids ID\tNum_Contigs\tPlasmid Length\tPlasmid RepType\tPlasmid Mobility\tNearest Reference\tDefinitely Plasmid Contigs\tLikely Plasmid Contigs")
-    #start with ID
-    temp = ""
-    temp += (ID + "\t")
-    temp += expectedSpecies + "\t"
-
-    #move into MLST
-    temp += mlstHit.species + "\t"
-    temp += str(mlstHit.seqType) + "\t"
-    temp += mlstHit.scheme + "\t"
-    
-    #now onto AMR genes
-    temp += ";".join(carbapenamases) + "\t"
-    temp += ";".join(amrGenes) + "\t"
-
-    #lastly plasmids
-    temp+= str(len(mSuitePlasmids)) + "\t"
-    plasmidID = ""
-    contigs = ""
-    lengths = ""
-    rep_type = ""
-    mobility = ""
-    neighbour = ""
-    for keys in mSuitePlasmids:
-        plasmidID += str(mSuitePlasmids[keys].mash_neighbor_cluster) + ";"
-        contigs += str(mSuitePlasmids[keys].num_contigs) + ";"
-        lengths += str(mSuitePlasmids[keys].total_length) + ";"
-        rep_type += str(mSuitePlasmids[keys].rep_types) + ";"
-        mobility += str(mSuitePlasmids[keys].PredictedMobility) + ";"
-        neighbour += str(mSuitePlasmids[keys].mash_nearest_neighbor) + ";"
-    temp += plasmidID + "\t" + contigs + "\t" + lengths + "\t" + rep_type + "\t" + mobility + "\t" + neighbour + "\t"
-    temp += ";".join(plasmidContigs) + "\t"
-    temp += ";".join(likelyPlasmidContigs)
-    tsvOut.append(temp)
-
-    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
-    out = open("summary.tsv", 'w')
-    for item in tsvOut:
-        out.write("%s\n" % item)
-    #endregion
-
-
-start = time.time()#time the analysis
-print("Starting workflow...")
-#analysis time
-Main()
-
-end = time.time()
-print("Finished!\nThe analysis used: " + str(end-start) + " seconds")
--- a/galaxy_prediction.py.2	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,609 +0,0 @@
-#!/home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
-
-#$ -S /home/jjjjia/.conda/envs/py36/bin/python
-#$ -V             # Pass environment variables to the job
-#$ -N CPO_pipeline    # Replace with a more specific job name
-#$ -wd /home/jjjjia/testCases           # Use the current working dir
-#$ -pe smp 8      # Parallel Environment (how many cores)
-#$ -l h_vmem=11G  # Memory (RAM) allocation *per core*
-#$ -e ./logs/$JOB_ID.err
-#$ -o ./logs/$JOB_ID.log
-#$ -m ea
-#$ -M bja20@sfu.ca
-
-#./prediction.py -i ~/testCases/cpoResults/contigs/BC11-Kpn005_S2.fa -m ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.mlst -c ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.recon/contig_report.txt -f ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.recon/mobtyper_aggregate_report.txt -a ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.cp -r ~/testCases/predictionResultsQsubTest/predictions/BC11-Kpn005_S2.rgi.txt -e "Klebsiella"
-import subprocess
-import pandas
-import optparse
-import os
-import datetime
-import sys
-import time
-import urllib.request
-import gzip
-import collections
-import json
-import numpy
-
-
-debug = False #debug skips the shell scripts and also dump out a ton of debugging messages
-
-if not debug:
-    #parses some parameters
-    parser = optparse.OptionParser("Usage: %prog [options] arg1 arg2 ...")
-    #required
-    #MLSTHIT, mobsuite, resfinder, rgi, mlstscheme
-    parser.add_option("-i", "--id", dest="id", type="string", help="identifier of the isolate")    
-    parser.add_option("-m", "--mlst", dest="mlst", type="string", help="absolute file path to mlst result")
-    parser.add_option("-c", "--mobfinderContig", dest="mobfinderContig", type="string", help="absolute path to mobfinder aggregate result")
-    parser.add_option("-f", "--mobfinderAggregate", dest="mobfinderAggregate", type="string", help="absolute path to mobfinder plasmid results")
-    parser.add_option("-a", "--abricate", dest="abricate", type="string", help="absolute path to abricate results")
-    parser.add_option("-r", "--rgi", dest="rgi", type="string", help="absolute path to rgi results")
-    parser.add_option("-e", "--expected", dest="expectedSpecies", default="NA/NA/NA", type="string", help="expected species of the isolate")
-    parser.add_option("-s", "--mlst-scheme", dest="mlstScheme", default= "./scheme_species_map.tab", type="string", help="absolute file path to mlst scheme")
-
-    #parallelization, useless, these are hard coded to 8cores/64G RAM
-    #parser.add_option("-t", "--threads", dest="threads", default=8, type="int", help="number of cpu to use")
-    #parser.add_option("-p", "--memory", dest="memory", default=64, type="int", help="memory to use in GB")
-
-    (options,args) = parser.parse_args()
-    #if len(args) != 8:
-        #parser.error("incorrect number of arguments, all 7 is required")
-    curDir = os.getcwd()
-    ID = str(options.id).lstrip().rstrip()
-    mlst = str(options.mlst).lstrip().rstrip()
-    mobfindercontig = str(options.mobfinderContig).lstrip().rstrip()
-    mobfinderaggregate = str(options.mobfinderAggregate).lstrip().rstrip()
-    abricate = str(options.abricate).lstrip().rstrip()
-    rgi = str(options.rgi).lstrip().rstrip()
-    expectedSpecies = str(options.expectedSpecies).lstrip().rstrip()
-    mlstScheme = str(options.mlstScheme).lstrip().rstrip()
-    outputDir = "./"
-    print(mlst)
-    print(mobfindercontig)
-    print(mobfinderaggregate)
-    print(abricate)
-    print(rgi)
-    print(expectedSpecies)
-    print(mlstScheme)
-else:
-    curDir = os.getcwd()
-    ID = "BC11"
-    mlst = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.mlst"
-    mobfindercontig = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.recon\contig_report.txt"
-    mobfinderaggregate = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.recon\mobtyper_aggregate_report.txt"
-    abricate = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.cp"
-    rgi = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\predictions\BC11-Kpn005_S2.rgi.txt"
-    expectedSpecies = "Escherichia coli"
-    mlstScheme = "D:\OneDrive\ProjectCDC\ProjectCDCInPython\ProjectCDCInPython\pipelineTest\scheme_species_map.tab"
-    outputDir = "./"
-
-#region result objects
-#define some objects to store values from results
-#//TODO this is not the proper way of get/set private object variables. every value has manually assigned defaults intead of specified in init(). Also, use property(def getVar, def setVar).
-class starFinders(object):
-    def __init__(self):
-        self.file = ""
-        self.sequence = ""
-        self.start = 0
-        self.end = 0
-        self.gene = ""
-        self.shortGene = ""
-        self.coverage = ""
-        self.coverage_map = ""
-        self.gaps = ""
-        self.pCoverage = 100.00
-        self.pIdentity = 100.00
-        self.database = ""
-        self.accession = ""
-        self.product = ""
-        self.source = "chromosome"
-        self.row = ""
-
-class PlasFlowResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.sequence = ""
-        self.length = 0
-        self.label = ""
-        self.confidence = 0
-        self.usefulRow = ""
-        self.row = ""
-
-class MlstResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.file = ""
-        self.speciesID = ""
-        self.seqType = 0
-        self.scheme = ""
-        self.species = ""
-        self.row=""
-
-class mobsuiteResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.file_id = ""
-        self.cluster_id	= ""
-        self.contig_id	= ""
-        self.contig_num = 0
-        self.contig_length	= 0
-        self.circularity_status	= ""
-        self.rep_type	= ""
-        self.rep_type_accession = ""	
-        self.relaxase_type	= ""
-        self.relaxase_type_accession = ""	
-        self.mash_nearest_neighbor	 = ""
-        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
-        self.repetitive_dna_id	= ""
-        self.match_type	= ""
-        self.score	= 0
-        self.contig_match_start	= 0
-        self.contig_match_end = 0
-        self.row = ""
-
-class mobsuitePlasmids(object):
-    def __init__(self):
-        self.file_id = ""
-        self.num_contigs = 0
-        self.total_length = 0
-        self.gc = ""
-        self.rep_types = ""
-        self.rep_typeAccession = ""
-        self.relaxase_type= ""
-        self.relaxase_type_accession	= ""
-        self.mpf_type	= ""
-        self.mpf_type_accession= ""	
-        self.orit_type	= ""
-        self.orit_accession	= ""
-        self.PredictedMobility	= ""
-        self.mash_nearest_neighbor	= ""
-        self.mash_neighbor_distance	= 0.00
-        self.mash_neighbor_cluster= 0
-        self.row = ""
-class RGIResult(object):
-    def __init__(self):
-        self.ORF_ID	= ""
-        self.Contig	= ""
-        self.Start	= -1
-        self.Stop	= -1
-        self.Orientation = ""	
-        self.Cut_Off	= ""
-        self.Pass_Bitscore	= 100000
-        self.Best_Hit_Bitscore	= 0.00
-        self.Best_Hit_ARO	= ""
-        self.Best_Identities	= 0.00
-        self.ARO = 0
-        self.Model_type	= ""
-        self.SNPs_in_Best_Hit_ARO	= ""
-        self.Other_SNPs	= ""
-        self.Drug_Class	= ""
-        self.Resistance_Mechanism	= ""
-        self.AMR_Gene_Family	= ""
-        self.Predicted_DNA	= ""
-        self.Predicted_Protein	= ""
-        self.CARD_Protein_Sequence	= ""
-        self.Percentage_Length_of_Reference_Sequence	= 0.00
-        self.ID	= ""
-        self.Model_ID = 0
-        self.source = ""
-        self.row = ""
-
-#endregion
-
-#region useful functions
-def read(path):
-    return [line.rstrip('\n') for line in open(path)]
-def execute(command):
-    process = subprocess.Popen(command, shell=False, cwd=curDir, universal_newlines=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
-
-    # Poll process for new output until finished
-    while True:
-        nextline = process.stdout.readline()
-        if nextline == '' and process.poll() is not None:
-            break
-        sys.stdout.write(nextline)
-        sys.stdout.flush()
-
-    output = process.communicate()[0]
-    exitCode = process.returncode
-
-    if (exitCode == 0):
-        return output
-    else:
-        raise subprocess.CalledProcessError(exitCode, command)
-def httpGetFile(url, filepath=""):
-    if (filepath == ""):
-        return urllib.request.urlretrieve(url)
-    else:
-        urllib.request.urlretrieve(url, filepath)
-        return True
-def gunzip(inputpath="", outputpath=""):
-    if (outputpath == ""):
-        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
-            gzContent = f.read()
-        return gzContent
-    else:
-        with gzip.open(inputpath, 'rb') as f:
-            gzContent = f.read()
-        with open(outputpath, 'wb') as out:
-            out.write(gzContent)
-        return True
-def ToJson(dictObject, outputPath):
-    #outDir = outputDir + '/summary/' + ID + ".json/"
-    #if not (os.path.exists(outDir)):
-        #os.makedirs(outDir)
-    #with open(outputPath, 'w') as f:
-      #json.dump([ob.__dict__ for ob in dictObject.values()], f, ensure_ascii=False)
-    return ""
-#endregion
-
-#region functions to parse result files
-def ParseMLSTResult(pathToMLSTResult, scheme):
-    _mlstResult = {}
-    scheme = pandas.read_csv(scheme, delimiter='\t', header=0)
-    scheme = scheme.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    taxon = {}
-    #record the scheme as a dictionary
-    taxon["-"] = "No MLST Match"
-    for i in range(len(scheme.index)):
-        key = scheme.iloc[i,0]
-        if (str(scheme.iloc[i,2]) == "nan"):
-            value = str(scheme.iloc[i,1])
-        else:
-            value = str(scheme.iloc[i,1]) + " " + str(scheme.iloc[i,2])
-        
-        if (key in taxon.keys()):
-            taxon[key] = taxon.get(key) + ";" + value
-        else:
-            taxon[key] = value
-    #read in the mlst result
-    mlst = pandas.read_csv(pathToMLSTResult, delimiter='\t', header=None)
-    _mlstHit = MlstResult()
-
-    _mlstHit.file = mlst.iloc[0,0]
-    _mlstHit.speciesID = (mlst.iloc[0,1])
-    _mlstHit.seqType = str(mlst.iloc[0,2])
-    for i in range(3, len(mlst.columns)):
-        _mlstHit.scheme += mlst.iloc[0,i] + ";"
-    _mlstHit.species = taxon[_mlstHit.speciesID]
-    _mlstHit.row = "\t".join(str(x) for x in mlst.ix[0].tolist())
-    _mlstResult[_mlstHit.speciesID]=_mlstHit
-
-    return _mlstResult
-
-def ParsePlasmidFinderResult(pathToPlasmidFinderResult):
-    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00019	45455	45758	IncFIC(FII)_1	8-308/499	========/=.....	8/11	59.52	75.65	plasmidfinder	AP001918	IncFIC(FII)_1__AP001918
-    #example resfinder:
-    #pipelineTest/contigs/BC110-Kpn005.fa	contig00038	256	1053	OXA-181	1-798/798	===============	0/0	100.00	100.00	bccdc	AEP16366.1	  OXA-48 family carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-181 
-
-    _pFinder = {} #***********************
-    plasmidFinder = pandas.read_csv(pathToPlasmidFinderResult, delimiter='\t', header=0)
-    plasmidFinder = plasmidFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-
-    for i in range(len(plasmidFinder.index)):
-        pf = starFinders()
-        pf.file = str(plasmidFinder.iloc[i,0])
-        pf.sequence = str(plasmidFinder.iloc[i,1])
-        pf.start = int(plasmidFinder.iloc[i,2])
-        pf.end = int(plasmidFinder.iloc[i,3])
-        pf.gene = str(plasmidFinder.iloc[i,4])
-        pf.shortGene = pf.gene[:pf.gene.index("_")]
-        pf.coverage = str(plasmidFinder.iloc[i,5])
-        pf.coverage_map = str(plasmidFinder.iloc[i,6])
-        pf.gaps = str(plasmidFinder.iloc[i,7])
-        pf.pCoverage = float(plasmidFinder.iloc[i,8])
-        pf.pIdentity = float(plasmidFinder.iloc[i,9])
-        pf.database = str(plasmidFinder.iloc[i,10])
-        pf.accession = str(plasmidFinder.iloc[i,11])
-        pf.product = str(plasmidFinder.iloc[i,12])
-        pf.source = "plasmid"
-        pf.row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
-        _pFinder[pf.gene]=pf
-        #row = "\t".join(str(x) for x in plasmidFinder.ix[i].tolist())
-        #plasmidFinderContigs.append(str(plasmidFinder.iloc[i,1]))
-        #origins.append(str(plasmidFinder.iloc[i,4][:plasmidFinder.iloc[i,4].index("_")]))
-    return _pFinder
-
-def ParseMobsuiteResult(pathToMobsuiteResult):
-    _mobsuite = {}
-    mResult = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
-    mResult = mResult.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(mResult.index)):
-        mr = mobsuiteResult()
-        mr.file_id = str(mResult.iloc[i,0])
-        mr.cluster_id = str(mResult.iloc[i,1])
-        if (mr.cluster_id == "chromosome"):
-            break
-        mr.contig_id = str(mResult.iloc[i,2])
-        mr.contig_num = mr.contig_id[(mr.contig_id.find("contig")+6):mr.contig_id.find("_len=")]
-        mr.contig_length = int(mResult.iloc[i,3])
-        mr.circularity_status = str(mResult.iloc[i,4])
-        mr.rep_type = str(mResult.iloc[i,5])
-        mr.rep_type_accession = str(mResult.iloc[i,6])
-        mr.relaxase_type = str(mResult.iloc[i,7])
-        mr.relaxase_type_accession = str(mResult.iloc[i,8])
-        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResult.iloc[i,9])
-        mr.mash_neighbor_distance = float(mResult.iloc[i,10])
-        mr.repetitive_dna_id = str(mResult.iloc[i,11])
-        mr.match_type = str(mResult.iloc[i,12])
-        if (mr.match_type == ""):
-            mr.score = -1
-            mr.contig_match_start = -1
-            mr.contig_match_end = -1
-        else:
-            mr.score = int(mResult.iloc[i,13])
-            mr.contig_match_start = int(mResult.iloc[i,14])
-            mr.contig_match_end = int(mResult.iloc[i,15])
-        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResult.ix[i].tolist())
-        _mobsuite[mr.contig_id]=(mr)
-    return _mobsuite
-
-def ParseMobsuitePlasmids(pathToMobsuiteResult):
-    _mobsuite = {}
-    mResults = pandas.read_csv(pathToMobsuiteResult, delimiter='\t', header=0)
-    mResults = mResults.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(mResults.index)):
-        mr = mobsuitePlasmids()
-        mr.file_id = str(mResults.iloc[i,0])
-        mr.num_contigs = int(mResults.iloc[i,1])
-        mr.total_length = int(mResults.iloc[i,2])
-        mr.gc = int(mResults.iloc[i,3])
-        mr.rep_types = str(mResults.iloc[i,4])
-        mr.rep_typeAccession = str(mResults.iloc[i,5])
-        mr.relaxase_type = str(mResults.iloc[i,6])
-        mr.relaxase_type_accession = str(mResults.iloc[i,7])
-        mr.mpf_type = str(mResults.iloc[i,8])
-        mr.mpf_type_accession = str(mResults.iloc[i,9])
-        mr.orit_type = str(mResults.iloc[i,10])
-        mr.orit_accession = str(mResults.iloc[i,11])
-        mr.PredictedMobility = str(mResults.iloc[i,12])
-        mr.mash_nearest_neighbor = str(mResults.iloc[i,13])
-        mr.mash_neighbor_distance = float(mResults.iloc[i,14])
-        mr.mash_neighbor_cluster = int(mResults.iloc[i,15])
-        mr.row = "\t".join(str(x) for x in mResults.ix[i].tolist())
-        _mobsuite[mr.file_id] = mr
-    return _mobsuite
-
-def ParseResFinderResult(pathToResFinderResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
-    _rFinder = {}
-    resFinder = pandas.read_csv(pathToResFinderResults, delimiter='\t', header=0)
-    resFinder = resFinder.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(resFinder.index)):
-        rf = starFinders()
-        rf.file = str(resFinder.iloc[i,0])
-        rf.sequence = str(resFinder.iloc[i,1])
-        rf.start = int(resFinder.iloc[i,2])
-        rf.end = int(resFinder.iloc[i,3])
-        rf.gene = str(resFinder.iloc[i,4])
-        rf.shortGene = rf.gene
-        rf.coverage = str(resFinder.iloc[i,5])
-        rf.coverage_map = str(resFinder.iloc[i,6])
-        rf.gaps = str(resFinder.iloc[i,7])
-        rf.pCoverage = float(resFinder.iloc[i,8])
-        rf.pIdentity = float(resFinder.iloc[i,9])
-        rf.database = str(resFinder.iloc[i,10])
-        rf.accession = str(resFinder.iloc[i,11])
-        rf.product = str(resFinder.iloc[i,12])
-        rf.row = "\t".join(str(x) for x in resFinder.ix[i].tolist())
-        if (rf.sequence[6:] in plasmidContigs):
-            rf.source = "plasmid"
-        elif (rf.sequence[6:] in likelyPlasmidContigs):
-            rf.source = "likely plasmid"
-        else:
-            rf.source = "likely chromosome"
-        _rFinder[rf.gene]=rf
-    return _rFinder
-
-def ParseRGIResult(pathToRGIResults, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs):
-    _rgiR = {}
-    RGI = pandas.read_csv(pathToRGIResults, delimiter='\t', header=0)
-    RGI = RGI.replace(numpy.nan, '', regex=True)
-
-    for i in range(len(RGI.index)):
-        r = RGIResult()
-        r.ORF_ID = str(RGI.iloc[i,0])
-        r.Contig = str(RGI.iloc[i,1])
-        r.Contig_Num = r.Contig[6:r.Contig.find("_")]
-        r.Start = int(RGI.iloc[i,2])
-        r.Stop = int(RGI.iloc[i,3])
-        r.Orientation = str(RGI.iloc[i,4])
-        r.Cut_Off = str(RGI.iloc[i,5])
-        r.Pass_Bitscore = int(RGI.iloc[i,6])
-        r.Best_Hit_Bitscore = float(RGI.iloc[i,7])
-        r.Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,8])
-        r.Best_Identities = float(RGI.iloc[i,9])
-        r.ARO = int(RGI.iloc[i,10])
-        r.Model_type = str(RGI.iloc[i,11])
-        r.SNPs_in_Best_Hit_ARO = str(RGI.iloc[i,12])
-        r.Other_SNPs = str(RGI.iloc[i,13])
-        r.Drug_Class = str(RGI.iloc[i,14])
-        r.Resistance_Mechanism = str(RGI.iloc[i,15])
-        r.AMR_Gene_Family = str(RGI.iloc[i,16])
-        r.Predicted_DNA = str(RGI.iloc[i,17])
-        r.Predicted_Protein = str(RGI.iloc[i,18])
-        r.CARD_Protein_Sequence = str(RGI.iloc[i,19])
-        r.Percentage_Length_of_Reference_Sequence = float(RGI.iloc[i,20])
-        r.ID = str(RGI.iloc[i,21])
-        r.Model_ID = int(RGI.iloc[i,22])
-        r.row = "\t".join(str(x) for x in RGI.ix[i].tolist())
-        if (r.Contig_Num in plasmidContigs):
-            r.source = "plasmid"
-        elif (r.Contig_Num in likelyPlasmidContigs):
-            r.source = "likely plasmid"
-        else:
-            r.source = "likely chromosome"
-        _rgiR[r.Model_ID]=r
-    return _rgiR
-#endregion
-
-def Main():
-    outputDir = "./"
-    notes = []
-    #init the output list
-    output = []
-    jsonOutput = []
-
-    print(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + options.id)
-    output.append(str(datetime.datetime.now()) + "\n\nID: " + ID + "\nAssembly: " + options.id)
-
-    #region parse the mlst results
-    print("step 3: parsing mlst, plasmid, and amr results")
-    
-    print("identifying MLST")    
-    mlstHit = ParseMLSTResult(mlst, str(mlstScheme))#***********************
-    ToJson(mlstHit, "mlst.json") #write it to a json output
-    mlstHit = list(mlstHit.values())[0]
-
-    #endregion
-
-    #region parse mobsuite, resfinder and rgi results
-    print("identifying plasmid contigs and amr genes")
-
-    plasmidContigs = []
-    likelyPlasmidContigs = []
-    origins = []
-
-    #parse mobsuite results
-    mSuite = ParseMobsuiteResult(mobfindercontig) #outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/contig_report.txt")#*************
-    ToJson(mSuite, "mobsuite.json") #*************
-    mSuitePlasmids = ParseMobsuitePlasmids(mobfinderaggregate)#outputDir + "/predictions/" + ID + ".recon/mobtyper_aggregate_report.txt")#*************
-    ToJson(mSuitePlasmids, "mobsuitePlasmids.json") #*************
-
-    for key in mSuite:
-        if mSuite[key].contig_num not in plasmidContigs and mSuite[key].contig_num not in likelyPlasmidContigs:
-            if not (mSuite[key].rep_type == ''):
-                plasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
-            else:
-                likelyPlasmidContigs.append(mSuite[key].contig_num)
-    for key in mSuite:
-        if mSuite[key].rep_type not in origins:
-            origins.append(mSuite[key].rep_type)
-
-    #parse resfinder AMR results
-    rFinder = ParseResFinderResult(abricate, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs)#outputDir + "/predictions/" + ID + ".cp", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs) #**********************
-    ToJson(rFinder, "resfinder.json") #*************
-
-    rgiAMR = ParseRGIResult(rgi, plasmidContigs, likelyPlasmidContigs) # outputDir + "/predictions/" + ID + ".rgi.txt", plasmidContigs, likelyPlasmidContigs)#***********************
-    ToJson(rgiAMR, "rgi.json") #*************
-
-    carbapenamases = []
-    amrGenes = []
-    for keys in rFinder:
-        carbapenamases.append(rFinder[keys].shortGene + "(" + rFinder[keys].source + ")")
-    for keys in rgiAMR:
-        if (rgiAMR[keys].Drug_Class.find("carbapenem") > -1):
-            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in carbapenamases):
-                carbapenamases.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
-        else:
-            if (rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO not in amrGenes):
-                amrGenes.append(rgiAMR[keys].Best_Hit_ARO+ "(" + rgiAMR[keys].source + ")")
-    #endregion
-
-    #region output parsed mlst information
-    print("formatting mlst outputs")
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~MLST summary~~~~~~~")
-    output.append("MLST determined species: " + mlstHit.species)
-    output.append("\nMLST Details: ")
-    output.append(mlstHit.row)
-
-    output.append("\nMLST information: ")
-    if (mlstHit.species == expectedSpecies):
-        output.append("MLST determined species is the same as expected species")
-        #notes.append("MLST determined species is the same as expected species")
-    else:
-        output.append("!!!MLST determined species is NOT the same as expected species, contamination? mislabeling?")
-        notes.append("MLST: Not expected species. Possible contamination or mislabeling")
-
-    #endregion
-
-    #region output the parsed plasmid/amr results
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~~Plasmids~~~~~~~~\n")
-    
-    output.append("predicted plasmid origins: ")
-    output.append(";".join(origins))
-
-    output.append("\ndefinitely plasmid contigs")
-    output.append(";".join(plasmidContigs))
-    
-    output.append("\nlikely plasmid contigs")
-    output.append(";".join(likelyPlasmidContigs))
-
-    output.append("\nmob-suite prediction details: ")
-    for key in mSuite:
-        output.append(mSuite[key].row)
-
-    output.append("\n\n\n~~~~~~~~AMR Genes~~~~~~~~\n")
-    output.append("predicted carbapenamase Genes: ")
-    output.append(",".join(carbapenamases))
-    output.append("other RGI AMR Genes: ")
-    for key in rgiAMR:
-        output.append(rgiAMR[key].Best_Hit_ARO + "(" + rgiAMR[key].source + ")")
-
-    output.append("\nDetails about the carbapenamase Genes: ")
-    for key in rFinder:
-        output.append(rFinder[key].row)
-    output.append("\nDetails about the RGI AMR Genes: ")
-    for key in rgiAMR:
-        output.append(rgiAMR[key].row)
-
-    #write summary to a file
-    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
-    out = open("summary.txt", 'w')
-    for item in output:
-        out.write("%s\n" % item)
-
-
-    #TSV output
-    tsvOut = []
-    tsvOut.append("ID\tExpected Species\tMLST Species\tSequence Type\tMLST Scheme\tCarbapenem Resistance Genes\tOther AMR Genes\tTotal Plasmids\tPlasmids ID\tNum_Contigs\tPlasmid Length\tPlasmid RepType\tPlasmid Mobility\tNearest Reference\tDefinitely Plasmid Contigs\tLikely Plasmid Contigs")
-    #start with ID
-    temp = ""
-    temp += (ID + "\t")
-    temp += expectedSpecies + "\t"
-
-    #move into MLST
-    temp += mlstHit.species + "\t"
-    temp += str(mlstHit.seqType) + "\t"
-    temp += mlstHit.scheme + "\t"
-    
-    #now onto AMR genes
-    temp += ";".join(carbapenamases) + "\t"
-    temp += ";".join(amrGenes) + "\t"
-
-    #lastly plasmids
-    temp+= str(len(mSuitePlasmids)) + "\t"
-    plasmidID = ""
-    contigs = ""
-    lengths = ""
-    rep_type = ""
-    mobility = ""
-    neighbour = ""
-    for keys in mSuitePlasmids:
-        plasmidID += str(mSuitePlasmids[keys].mash_neighbor_cluster) + ";"
-        contigs += str(mSuitePlasmids[keys].num_contigs) + ";"
-        lengths += str(mSuitePlasmids[keys].total_length) + ";"
-        rep_type += str(mSuitePlasmids[keys].rep_types) + ";"
-        mobility += str(mSuitePlasmids[keys].PredictedMobility) + ";"
-        neighbour += str(mSuitePlasmids[keys].mash_nearest_neighbor) + ";"
-    temp += plasmidID + "\t" + contigs + "\t" + lengths + "\t" + rep_type + "\t" + mobility + "\t" + neighbour + "\t"
-    temp += ";".join(plasmidContigs) + "\t"
-    temp += ";".join(likelyPlasmidContigs)
-    tsvOut.append(temp)
-
-    summaryDir = outputDir + "/summary/" + ID
-    out = open("summary.tsv", 'w')
-    for item in tsvOut:
-        out.write("%s\n" % item)
-    #endregion
-
-
-start = time.time()#time the analysis
-print("Starting workflow...")
-#analysis time
-Main()
-
-end = time.time()
-print("Finished!\nThe analysis used: " + str(end-start) + " seconds")
--- a/mlst_cpo.xml	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,132 +0,0 @@
-<tool id="mlst" name="MLST" version="2.11">
-    <requirements>
-        <requirement type="package" version="2.11">mlst</requirement>
-    </requirements>
-
-    <version_command>mlst --version</version_command>
-
-    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        mlst "$input_file" --nopath
-        #if $settings.advanced == "advanced"
-            #if $settings.min_dna_id
-                --minid=$settings.min_dna_id
-            #end if
-            #if $settings.min_dna_cov
-                --mincov=$settings.min_dna_cov
-            #end if
-            #if $settings.scheme
-                --scheme=$settings.scheme
-            #end if
-        #end if
-        > "$report"
-    ]]></command>
-
-    <inputs>
-        <param type="data" name="input_file" format="fasta,genbank" />
-        <conditional name="settings">
-            <param name="advanced" type="select" label="Specify advanced parameters">
-                <option value="simple" selected="true">No, use program defaults.</option>
-                <option value="advanced">Yes, see full parameter list.</option>
-            </param>
-            <when value="simple">
-            </when>
-            <when value="advanced">
-                <param name="min_dna_id" type="integer" label="Minimum DNA identity" value="95" min="0" max="100" help="Minimum DNA identity of full allelle to consider 'similar' (default 95, must be between 0-100)" optional="true" />
-                <param name="min_dna_cov" type="integer" label="Minimum DNA coverage" value="10" help="Minimum DNA coverage to report partial allele at all (default 10)" optional="true" />
-                <param name="scheme" type="text" area="false" label="PubMLST Scheme" help="Turn off auto-detection and only use this scheme" optional="true" />
-            </when>
-        </conditional>
-    </inputs>
-
-    <outputs>
-        <data name="report" format="tabular" />
-    </outputs>
-
-    <tests>
-        <!-- Basic test - will produce no results. -->
-        <test>
-            <param name="input_file" value="Acetobacter.fna"/>
-            <param name="advanced" value="simple"/>
-            <output name="report" ftype="tabular" file="output_noresults.txt" compare="contains"/>
-        </test>
-
-        <!-- Basic test - will produce results. -->
-        <test>
-            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
-            <param name="advanced" value="simple"/>
-            <output name="report" ftype="tabular" file="output_mrsa.txt" compare="contains"/>
-        </test>
-
-        <!-- Advanced test - Min DNA Coverage 100 -->
-        <test>
-            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
-            <param name="advanced" value="advanced"/>
-            <param name="min_dna_cov" value="100"/>
-            <output name="report" ftype="tabular" file="output_mincov100.txt" compare="contains"/>
-        </test>
-
-        <!-- Advanced test - Min DNA ID 100 -->
-        <test>
-            <param name="input_file" value="MRSA0252_trimmed.fna"/>
-            <param name="advanced" value="advanced"/>
-            <param name="min_dna_id" value="100"/>
-            <output name="report" ftype="tabular" file="output_minid100.txt" compare="contains"/>
-        </test>
-    </tests>
-
-    <help><![CDATA[
-**What it does**
-
-Given a genome file in FASTA or Genbank format, MLST will scan the file against PubMLST typing schemes.
-
-**Output**
-
-MLST will produce a tab-seperated output file which contains:
-- the filename
-- the closest PubMLST scheme name
-- the ST (sequence type)
-- the allele IDs
-
-**Example Output**
-
-::
-
-genomes/6008.fna        saureus         239  arcc(2)   aroe(3)   glpf(1)   gmk_(1)   pta_(4)   tpi_(4)   yqil(3)
-
-**Without auto-detection**
-
-If you provide the 'scheme' parameter, it will print a fixed tabular output with a heading containing allele names specific to that scheme. To view a list of schemes, use the MLST List tool.
-
-::
-
-FILE      SCHEME     ST    abcZ  adk  aroE  fumC  gdh  pdhC  pgm
-NM003.fa  neisseria  11    2     3    4     3       8     4    6
-
-**Missing data**
-MLST does not just look for exact matches to full length alleles. It attempts to tell you as much as possible about what it found using the notation below:
-
-+--------+---------------------------+
-| Symbol | Meaning                   |
-+========+===========================+
-| n      | Exact intact allele       |
-+--------+---------------------------+
-| ~n     | Novel allele similar to n |
-+--------+---------------------------+
-| n,m    | Multiple alleles          |
-+--------+---------------------------+
-|  *-*   | Allele missing            |
-+--------+---------------------------+
-
-Galaxy wrapper maintained by Simon Gladman.
-    ]]></help>
-
-    <citations>
-        <citation type="bibtex">
-            @UNPUBLISHED{Seemann2016,
-            author = "Seemann T",
-            title = "MLST: Scan contig files against PubMLST typing schemes",
-            year = "2016",
-            note = "https://github.com/tseemann/mlst"}
-        </citation>
-    </citations>
-</tool>
--- a/mobsuite_cpo.xml	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,104 +0,0 @@
-<tool id="mob_recon" name="MOB-Recon" version="1.4.8">
-  <description>Type contigs and extract plasmid sequences</description>
-  <requirements>
-     <requirement type="package" version="1.4.8">mob_suite</requirement>
-  </requirements>   
-  <command detect_errors="exit_code">
-  <![CDATA[  
-    ln -s "${input}" "${input.name}"; 
-    
-    mob_recon  --num_threads \${GALAXY_SLOTS:-4} --infile "${input.name}" 
-    #if str($adv_param.unicycler_contigs) == "True":
-      --unicycler_contigs 
-    #end if   
-    #if str($adv_param.run_circlator) == "True":
-      --run_circlator 
-    #end if 
-    #if str($adv_param.min_length_condition.min_length_param) == "True":
-      --min_length ${adv_param.min_length_condition.min_length_value}
-    #end if 
-    --run_typer --outdir '.';
-  ]]>  
-  </command>
-  <inputs>
-    <param name="input" type="data" format="fasta" label="Input" help="FASTA file with contig(s)"/>
-    <section name="adv_param" title="Advanced parameters" expanded="False">
-      <param name="unicycler_contigs" label="Check for circularity flag generated by unicycler in contigs fasta headers" type="select" value="True">
-        <option value="True">Yes</option>
-        <option value="False">No</option>
-      </param>
-      <param name="run_circlator" label="Run circlator minums2 pipeline to check for circular contigs" type="select" value="True">
-        <option value="True">Yes</option>
-        <option value="False">No</option>
-      </param>
-      <conditional name="min_length_condition">
-        <param name="min_length_param" label="Minimum length of contigs to classify" type="select" value="False">
-          <option value="False">No</option>
-          <option value="True">Yes</option>
-       </param>   
-        <when value="True">
-          <param name="min_length_value" type="integer" value="500" min="50"/> 
-        </when>  
-        <when value="False"/>
-      </conditional> 
-    </section>  
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data name="outfile1" format="tabular" from_work_dir="contig_report.txt" label="${tool.name}: Overall contig MOB-recon report"/> 
-    <data name="outfile2" format="tabular" from_work_dir="repetitive_blast_report.txt" label="${tool.name}: Repetitive elements BLAST report"/>
-    <data name="outfile3" format="fasta" from_work_dir="chromosome.fasta" label="${tool.name}: Chromosomal sequences"/>
-    <data name="outfile4" format="tabular" from_work_dir="mobtyper_aggregate_report.txt" label="${tool.name}: Aggregate MOB-typer report for all contigs"/>
-    <data name="outfile5" format="fasta" label="${tool.name}: Plasmid sequence"  hidden="true">
-        <discover_datasets pattern="plasmid_.+\.(?P&lt;ext&gt;.+)" ext="fasta" visible="true" assign_primary_output="false"/>
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-        <param name="input" value="plasmid_476.fasta" ftype="fasta"/>
-        <section name="adv_param">
-         <param name="evalue" value="0.00001"/>
-         <param name="unicycler_contigs" value="True"/>
-         <param name="run_circlator"  value="True"/>
-        </section>
-        <output name="outfile1">
-          <assert_contents>
-            <has_text text="NC_019097"/>
-          </assert_contents>  
-        </output> 
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-**Syntax**
-
-This tool reconstructs individual plasmid sequences from draft genome assemblies using the plasmid reference databases.
-
-For more information please visit https://github.com/phac-nml/mob-suite/. 
-
------
-
-**Input:**
-
-A FASTA file with a single or multiple contigs (e.g. a draft genome assembly):
-
-
-**Output:**
-
-Tab-delimited report listing information for each input contig on its cluster number, possible replicon, relaxase, and repetitive elements types, etc. Refer to https://github.com/phac-nml/mob-suite#mob-recon-contig-report-format for the description of each column.
-
-Note: Plasmid sequences will not be output if none are found. Some plasmid could be intergrated into a chromosome.
-
-
-  </help>
-  <citations>
-    <citation type="bibtex">
-  @misc{githubmob-suite,
-  author = {Robertson J, Nash J},
-  title = {MOB-Suite: Software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies.},
-  publisher = {GitHub},
-  journal = {GitHub repository},
-  doi = {10.1099/mgen.0.000206},
-  url = {https://github.com/phac-nml/mob-suite}
-    }</citation>
-  </citations>
-</tool>
--- a/mobtyper_aggregate_report.txt	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,5 +0,0 @@
-file_id	num_contigs	total_length	gc	rep_type(s)	rep_type_accession(s)	relaxase_type(s)	relaxase_type_accession(s)	mpf_type	mpf_type_accession(s)	orit_type(s)	orit_accession(s)	PredictedMobility	mash_nearest_neighbor	mash_neighbor_distance	mash_neighbor_cluster
-plasmid_770.fasta	23	273261	51.464716882394484	IncFII,IncFII,IncFIB,IncFIB	000132__HG969996,000113__CP022035,000097__NC_025166_00051,000107__CP014778_00094	MOBF	NC_021231_00058	MPF_F	NC_014312_00116,NC_014312_00118,NC_023332_00154,NC_019389_00068,NC_021502_00131,NC_014312_00128,NC_022609_00081,NC_011281_00082,NC_021654_00016,NC_019165_00034,NC_019155_00032,NC_021502_00150	-	-	Conjugative	KY271404	0.0163307	770
-plasmid_190.fasta	1	5334	50.0562429696288	ColRNAI_rep_cluster_1987	000019__CP000651_00005	MOBP,MOBP	NC_019986_00002,NC_001848_00006	-	-	-	-	Mobilizable	CP018444	0.000385581	190
-plasmid_2088.fasta	1	4444	51.62016201620162	rep_cluster_1195	000483__CP010949_00006	-	-	-	-	-	-	Non-mobilizable	KY454616	0.00985499	2088
-plasmid_novel_0.fasta	1	4290	45.827505827505824	ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050	000019__CP000651_00005,001473__CP024541	-	-	-	-	-	-	Non-mobilizable	CP018739	0.0615839	207
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/plasmidfinder/sequences	Thu Aug 16 19:27:05 2018 -0400
@@ -0,0 +1,3561 @@
+>plasmidfinder~~~Col(BS512)_1~~~NC_010656 Col(BS512)_1__NC_010656
+ATGAATGCGGCGTTTAAGCGAATGGAAAAGCGAAAGGAGCTATCACCTGTTCAGGGGTGG
+ATCAGGGCTACGGAGGTGACGCGAGGTAAGGATGGCAGCGCACATCCGCATTTTCACTGT
+CTGCTGATGGTGCAACCTTCTTGGTTTAAAGGGAAGAACTACGTTAAGCACGAACGTTGG
+GTAGAACTCTGGCGCGATTGCTTGCGGGTGAACTATGAGCCGAATATCGATAT
+>plasmidfinder~~~Col(BS512)_1__NC_010656_dupe~~~ Col(BS512)_1__NC_010656_dupe
+CCGTCATCAGTGCCATCCCCTACATCGTCGGCAATGACAAGATCCTCATTGGTTTCTCGA
+TCCAACTGGAGGACGTTTTTTAGCGCCCCACCGGTCGAGATAAAACGGCGCTTGTGAAGC
+TGCCGCGTCAGCTCAAGAAACCACTCAGGATCGTTTGCCATATCTTCCGGTTTAACGGAG
+TATTTCAGCGTTT
+>plasmidfinder~~~Col(IMGS31)_1~~~NC_011406 Col(IMGS31)_1__NC_011406
+GAAAATGCTTCAATTTCTCAGAGATATGAAAAATATAAAATTAACAGTGATGTTTTAGAT
+CTAATACAAGAGCATAAACCGGCAGAATTTAAACAACTCTTCAATGCTGCTATTGCAGCA
+GCAGATGCCGAATATTCACAGAAACAGCAAAATAATAACTACACACCCCAGAATAAGCCA
+AAGGCTTTAAAATTATAA
+>plasmidfinder~~~Col(IRGK)_1~~~AY543071 Col(IRGK)_1__AY543071
+CGGTTTTACAGCAAAATCCTCCATAGCGAAGCAGAAGCCCGGAACGGGTAACTGGATGGT
+TTTCCCCCGTGGGGGATTGATCTGTTACTTGAAAACCAATGATCTTAAAAGCCATCTCAA
+AAGTTGAAAATTTCACCCCCTTAGTGTTCTTAAAATTCTTAGATGTTCTTAGGAGTTAAA
+AAAC
+>plasmidfinder~~~Col(KPHS6)_1~~~NC_016841 Col(KPHS6)_1__NC_016841
+ATGCAAACTCAAAATGTTGTGACGGACAAAGAACGGGAAATCAGAAAAAGAGATCTTGAA
+GATAAAGACCGTAAAAACGCCTCAGAGCGTCGACAGGAGCAAAAAAACCAAAACTTCACC
+CAAGTATACCCTTTAGGCTGGAAGCGTCTCAGAGAGCTTTTCAGGAAGAATCCGGGGG
+>plasmidfinder~~~Col(MG828)_1~~~NC_008486 Col(MG828)_1__NC_008486
+ACCTCTCGCATGTTGTCGGTGATCCCGTTGTTGTTCTTTCAGGGATGAGTCGTCAGATAG
+CCCTTCAAACGCGCTCAGAAGCTCTCAGACGCACTAAACGGGTCTTAAATGCCCGTCAGG
+GCATGGGAGGCGCGAAAAACGCTTACAGAGCGTTTCAGGAGGTCAGGCGCGCCGATACCC
+CTAACCAGGGGCTTTCAGGTCGCCAGGAACAGCGTCAGCCCCCTGCAAAGCCTATTTGCA
+CGGCACAGGCAGCTATTCGGTT
+>plasmidfinder~~~Col(MGD2)_1~~~NC_003789 Col(MGD2)_1__NC_003789
+TATGGCTTAGGCCGCAACTGCACTCTGTTCGATAAAACACGGAAGTGGGCTTATCGCGCT
+ATCCGTCAGGGCTGGCCTGAATATGACCAGTGGCTGCAAGCTTTGCAATTTTCATCGGCT
+CTGGATGATAATGAGG
+>plasmidfinder~~~Col(MP18)_1~~~NC_013652 Col(MP18)_1__NC_013652
+CCGTCATCTGTACCCTCTGCCATGCCATCCGCCATGATTAAATCCTCGTTCGTTTCCCGC
+TCCAGTTGCAGAACGTTCTTAAGCGCTCCCCCCGTAGCAACAAAACGACGCTTGTGTACC
+TGCCGTGTTAATTCGAGGAACCATTCAGGATCAGCCAGCATATCAGCAGGCTTTGTGGAA
+TATTTCAGAGTTT
+>plasmidfinder~~~Col(SD853)_1~~~NC_015392 Col(SD853)_1__NC_015392
+TTGATTTATTCATCTGAAAACGATTATAGCATCCTCGAAGACAAAACCGCAACAGGTAAA
+AAGCGGGATTGGAAGGGGAAAAAGAGACGTACGAACCTCATGGCGGAGCATTACGAAGCG
+TTAGAGAGTAAGATTGGGGCACCTTACTATGGCAAAAAGGCTGAAAAGCTAATTGGTTGT
+GCAGAGTATCTTTC
+>plasmidfinder~~~Col(VCM04)_1~~~HM231165 Col(VCM04)_1__HM231165
+CGTGTGGGTACTCCTGTTCGACGTTGACCAGCCCCTAGCGGCGCTGGCGTGGGAAGCAGC
+CGGACTTCCGCCGCCAACGTGGACGGCACAAAACCCTGAGAACGGGCACGCCCACATTGC
+CTACGCGCTGAGCGCTCCGGTAGCGAAGTCGGACGCGGCGAAGCTCAAGCCCCTGCG
+>plasmidfinder~~~Col(YC)_1~~~NC_002144 Col(YC)_1__NC_002144
+ATTTTGAACAGGGCTGTCATAAAACCAGCTTTAAAAGAACTAAATGAAAAAAGTGATCTC
+ACTGTCTTTGTTGAATCCATAAAGAATGGAAGAAAAGTTGTTGCCCTTCGCTTTACGTTT
+AAAGAAGATAAGCAAATAAAATTGAAAGTTTAG
+>plasmidfinder~~~Col(YF27601)_1~~~JF937655 Col(YF27601)_1__JF937655
+GGATCCTTGAGCAACGAACTCTAGAATCCGGAAGGTAACTGAGTTCTTCGCGGGAATCAG
+TCTCCAAATCGTCCTTGTAGTTTAGCCTCTAGAGGCAGACTTCTTCAAGTACAAAAGTAA
+ATACAGTGTATTTACATCCATCTAAAGATTCCCGCTAACGTTCCCAGTTACCAAT
+>plasmidfinder~~~Col(Ye4449)_1~~~FJ696405 Col(Ye4449)_1__FJ696405
+TTAACGATCACGGTGCTGCTCCAGCAGTTCACCGAGATTGCGGTCGAGGCTGTTTAACAC
+CGCCAGCAGGGACACACGCTCAGTGGGATTCAGTCCGTCGAGCTGGTTAAGACGGCGGGC
+GATCTGGTTGAGGTTGTTGCCTATCCCGCTGACCTGTCGCAGCAGTTCGGGCGCCACATC
+GGGCAGACGGCGCT
+>plasmidfinder~~~Col(pWES)_1~~~DQ268764 Col(pWES)_1__DQ268764
+GAGCCAAGGTCGAGGGCCGCGAATTCATGCGGCAGTCGGGGGCAGCATGGGTCAACGTCC
+AGGCCGGCTATCTGGACGAGGGCAGCGGCCCGGTGCTGCAACCCATCCCCTACGGCGTCA
+TGCCTCGGCTTGGTTTGGCGTGGGTTTCGACCTTCGCGGTGCGCAACAAAGAGCGAGA
+>plasmidfinder~~~Col156_1~~~NC_009781 Col156_1__NC_009781
+TACGGGATGGGGCGAAACTGCCACCTGTTCGAAATGACGCGCAAATGGGCTTACAGGGCG
+ATTCGTCAGGGCTGGCCTGAATTCTCACAGTGGCTTGATGCCGTGATTCAGCGTGTCGAA
+ATGTACAACGCATCGCTTCCTGTTCCGCTTTCAC
+>plasmidfinder~~~Col3M_1~~~JX514065 Col3M_1__JX514065
+GATGTTAAAAACGCACTCAGAAGCTCGCAAAACCGTTCTAAACTTTCAGCGTAGATTTGG
+GTGTTTTATAGGGTGATCGTGTCTTAAAATCGTTTTGAGGGGCTTTAATGGGGATGAACG
+GGCGGTTTTTGCTAACTAACTCGCCCGTTTAACATAA
+>plasmidfinder~~~Col8282_1~~~DQ995353 Col8282_1__DQ995353
+CTGAATTGCAAAAGACCATGACTGTTACCGCCGAAGAGTATTTCGACTCATTCCCTGATA
+TGGGGCGGAAAAATGCCGAGGTTCAGCTACAGGAAGCAATTGATCGTTTGTGGGACAGGT
+CGATCATCCTTAAGGACGATGAGAAGCGCGAGGAGTTCCGCTGGATCCAGTATCGGGCAC
+AGTACGCTAAAGGTGAGGGCAAAGCCC
+>plasmidfinder~~~ColE10_1~~~X01654 ColE10_1__X01654
+GGACTAAGAAAAACACTACACGATGCTTTAACTGCAAAAATTCAGCTCACCAGTTTTGAG
+GCAAAATTTTTGAGTGACATGCAAAGTAAGTATGATCTCAATGGTTCGTTCTCATGGCTC
+ACGCAAAAACAACGAACCACACTAGAGAACATACTGGCTAAATACGGAAGGATCTGA
+>plasmidfinder~~~ColKP3_1~~~JN205800 ColKP3_1__JN205800
+CGCAAACGAAGTCCGGCACACGGCCAAGTCCATTGCCAAATGGACGCACCAGCACCTAAG
+CCCCGCAGGGTTCAGAGAGGAGCAGGCCCGGAGAGGTGCGAAGGGCGGCAAGGTATCCAA
+GGGAGGGGGAAGGCCGAGCAATAGCGGTAAGGACAAGTCCGATCTATTGCCGGAGGTTCT
+GCGGCTTAAGGCTCAGGGGTACACCAACCGCGATATAGCGGACGATCTTCAAATCTCCCC
+CAGTACGGTGAGCGTTTACCTAAAGCGTGATCGTCCGTGA
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+>plasmidfinder~~~IncL/M(pOXA-48)_1_pOXA-48~~~JN626286 IncL/M(pOXA-48)_1_pOXA-48_JN626286
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+C
+>plasmidfinder~~~IncL/M_1~~~AF550415 IncL/M_1__AF550415
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+GTTC
+>plasmidfinder~~~IncN2_1~~~JF785549 IncN2_1__JF785549
+GGGTGAAGATATGGCATTCACCCACTCCATTCTGTGCCAGGTCGGTTTGCCCCGTTCTAA
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+plasmidfinder~~~trfa_1~~~cp11611106
Binary file plasmidfinder/sequences.nsi has changed
Binary file plasmidfinder/sequences.nsq has changed
--- a/rgi_cpo.xml	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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-<tool id="rgi" name="rgi" version="4.0.3">
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-        <requirement type="package" version="4.0.3">rgi</requirement>
-		<requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
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-    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        wget -O $__tool_directory__/card-data.tar.gz2 https://card.mcmaster.ca/latest/data && tar xjf $__tool_directory__/card-data.tar.gz2 -C $__tool_directory__/ && rgi load -i $__tool_directory__/card.json --local && rgi main -t contig -a BLAST -i $input -o rgiResult -n "\${GALAXY_SLOTS:-4}" --local --clean 
-		
-    ]]></command>
-
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-    <help>
-		runs rgi
-	</help>
-	<citations>
-	<citation type="bibtex">
-@misc{cpo,
-  author = {j, j},
-  year = {2018},
-  title = {cpo_prediction},
-  publisher = {j},
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-}</citation>
-    </citations>
-</tool>
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+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2 +0,0 @@
-ID	Expected Species	MLST Species	Sequence Type	MLST Scheme	Carbapenem Resistance Genes	Other AMR Genes	Total Plasmids	Plasmids ID	Num_Contigs	Plasmid Length	Plasmid RepType	Plasmid Mobility	Nearest Reference	Definitely Plasmid Contigs	Likely Plasmid Contigs
-ASDF	Kleb	Klebsiella pneumoniae	147	gapA(3);infB(4);mdh(6);pgi(1);phoE(7);rpoB(4);tonB(38);	OXA-181(plasmid)		4	770;190;2088;207;	23;1;1;1;	273261;5334;4444;4290;	IncFII,IncFII,IncFIB,IncFIB;ColRNAI_rep_cluster_1987;rep_cluster_1195;ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050;	Conjugative;Mobilizable;Non-mobilizable;Non-mobilizable;	KY271404;CP018444;KY454616;CP018739;	00031;00019;00025;00035;00038;00039	00054;00033;00061;00062;00040;00063;00021;00050;00027;00052;00032;00045;00048;00047;00060;00049;00064;00029;00036;00028
--- a/summary.txt	Tue Aug 14 17:18:49 2018 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,69 +0,0 @@
-2018-08-10 20:59:10.151624
-
-ID: ASDF
-Assembly: ASDF
-
-
-
-~~~~~~~MLST summary~~~~~~~
-MLST determined species: Klebsiella pneumoniae
-
-MLST Details: 
-/home/jjjjia/testCases/cpoResults/contigs/BC11-Kpn005_S2.fa	kpneumoniae	147	gapA(3)	infB(4)	mdh(6)	pgi(1)	phoE(7)	rpoB(4)	tonB(38)
-
-MLST information: 
-!!!MLST determined species is NOT the same as expected species, contamination? mislabeling?
-
-
-
-~~~~~~~~Plasmids~~~~~~~~
-
-predicted plasmid origins: 
-;IncFIB;IncFII;ColRNAI_rep_cluster_1987;rep_cluster_1195;ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050
-
-definitely plasmid contigs
-00031;00019;00025;00035;00038;00039
-
-likely plasmid contigs
-00054;00033;00061;00062;00040;00063;00021;00050;00027;00052;00032;00045;00048;00047;00060;00049;00064;00029;00036;00028
-
-mob-suite prediction details: 
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-
-
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-C
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-GAGTTCCGCGCCTGATGAACCTCCAGAAAATATACGGCTTCAATGAGCCTTTCCGTTTTA
-CAGGTTCCTCAACAGGCCGGTGGGCCGTTAGTATCATCAATATCAGTATTCGCAAAACCA
-GATCAGTAATTCTTTAAACCGGTGTATTTCTGCCGTTATGCTACATAAGTTTGCTGTCGT
-GCCGTTAGGGCCCAGGCTATTCTGGCCAGCTTGTTTGCCAGAGCACAAGTGACGACAAAG
-TTGCTTTTCCGGCACAGTAAATCCCTGACCCAATCGGCCAATTTGCCAGACTGGTGTTCC
-AGTTTTTGTATGAATACCCTGGCACACTGAACCAACAAAGTTCGGATCTTTTTATTACCT
-CGCTTACTAATTCCCAGCAATGTCGTCCTACCTCCCGTGCTGTACTGCCGAGGTACAAGC
-CCTGTTGCCGCCGCAAAGTCACGGCTGCTGGCGTACTGCTTCCCGTCGCCAATCTCAGTT
-GAAATAGTACTCGCTGTCAGTGTTCCGACGCAGGGAATGCTCAGCAAGCGCTGTCCAACC
-TCATCTTCGTCCAACTTTCGTTTCAACTGGGATTCCAAATCTTTAATCTGCTCAACAAGA
-TAGTGATAATGCTGTTGTAATTTCAGCAATAACTGGCTGAGGTAAAGAGGCAAACTATTA
-TCCTCAAGAATGGTACTCAGTCGGCTAATAACGGCAGCTCCTCGGGGAACGCTAATGCCA
-AATTCCAGCAGAAAAGCATGCATTTGATTGGTTGTTTTCACCTTATCCTGAACCAGGGAT
-TCACGGACACGATGCAGAGCCCGCATTGCCTGCTGAGATTCCGTTCTGGGCTGCACAAAA
-CGCATAGACGGACGCGATGCAGCTTCACAAATAGCTTCGGCGTCGACAAAGTCGTTTTTA
-TTGCTTTTAACGAACGGGCGGACAAATTGTGGTGATATCAGCTTTGGGGAATGCCCCAAC
-TCTTCCAACTTGCGTGCCATAAAGTGAGAACCGCCACAGGCTTCCATTGCGATGGTTGTA
-GCGGGGCATGTCGCCAAAAATTCGATCAACTTTGGCCGGGTAAATTTTTTACGGTAAACA
-GCCTTCCCGCGACGATCCTGGCAATGAATATGGAAAGAGTTTTTACCCAGATCGATACCA
-ATGAGCGCAATGTTTTCCATGATAGTTCTCCGAATGAAAGCCTGTCCTCAGCATAGTACC
-GGGAAGGAGGGAGTGACCATCTCATTAAATA
->contig00064 len=1218 cov=229.8 corr=0 spades=NODE_64_length_1218_cov_229.791017_pilon
-CAAATGCTTCAGCCCGGAAGAGAGGTCTCAGGCCGTCCGGGAGCTCTGTAACCGACGTGG
-AACCGCGCGTAAAGTTGCACAAAGCATAGGCGTCAGCGTCCCGGTCCTGTACAAATGGAA
-GAAAGACCTTATCAGTGACGAGGCTTATCAATCCATGCGCAAACGAAAGGCAGCCCCTCA
-GGATAAAAATCAGGATGCTTTACTCGGTGAAATCCAGCGTCTCAGGAAGCAGGTTCATCA
-GCTGCAGCTCGAACGTGACATACTGACAAAGGCGAATGAACTGATAAAAAAAGATCTGGG
-CGTCAGCTTTCTGAAACTGAAAAACAGGGAGAAAACCCTGATAGTTGATGCCCTTAAGAA
-AAAGTACCCCGTTGCTGAGTTGCTAAGCGTTCTGCAACTTGCCCGCAGCTGTTATTTTTA
-CCACAAAGCCAGCAAACGTCTGTACGATAAGTATGCGGAAATACGCGTGATCATGGCCGA
-TATCTTTGAGGAGAATTACCGCTGTTACGGCTACCGGCGCCTTCACGCGATGCTTCGCAG
-TAACAACAGAGTTATTTCTGAAAAGGTTGTCCGCAGACTGATGGCAGAAGAGCAGCTCGT
-TGTTAAGCGCACCAGGCGACGACGATATAACTCTTACTGTGGCGAAATCGGTCCGGCACC
-GGAAAATTTACTCGCCCGGGATTTTAGTTCCTGCAGGCCAAATGAGAAGTGGCTGACCGA
-TATTACGGAGTTCCAGCTTCCGGCTGGAAAAGTCTATCTGTCGCCGGTTATCGACTGCTT
-TGATGGCCAGGTTGTAAGCTGGTCGATAGGAACACGCCCGGACGCGACGCTGGTGAATAC
-GATGCTCGATGACGCACTCGATACGCTCAGCGAACATGATAAACCGGTGATACACAGCGA
-TCGTGGTGGCCATTACCGGTGGCCGGGCTGGCTTGAGCGTATCAACACCTCCGGACTTAT
-AAGGTCCATGTCGCGCAAAGGATGCTCGTCGGATAATGCTGCGTGTGAAGGCTTCTTCGG
-GCGTATCAAAAACGAAATGTTCTATGGCAGAGACTGGGCGGGTATCACGCTGGAAAAATT
-TATCTGCTTCCTGGACAGGTACATACGCTGGTATAATGAGAAACGTATCAAGCTATCATT
-AGGTGCAATGAGTCCTGTGAAGTACCGGCAGCATCTTGGGATCACAACATAACAGTCCAG
-GAAAACATCCGCAGCCCC
->contig00065 len=1159 cov=60.2 corr=0 spades=NODE_65_length_1159_cov_60.186047_pilon
-CTATGGCCCTGGTACGAGCGCTGAACAAAATGACGAAAGCAGGTATGCCTGAAAGCGTGC
-GTATTGCCTGAAAACACAACCCGCTACGGGGGAGACTTACCCGAAATCTGATTTATTCAA
-CAAAGCCCGTAGGCAATATTTCGATCGGCTTCATTGGCGAGGAGAGAAAGATACTCTTCC
-CGCGTCATAGACTGAGAAAAACGTCCGCACATGGTTACCTCCAGTGGCCAGACTTAAAGT
-ATAGATAATGCCGCGTCAGCGGCATGGAGGCGCCAGCTGAAGTTGAATGGAGTACTGCGG
-GTAAATGGCGCCGTCGCCCGGCGCAGCCGGCTGCTGTTTTGACAGGTTCTGCCTCACCCA
-CCCCCTTCCCTGCAAAGCTATACCCGCTAAAAACGGCTCAGATGCCTCTGTACGCGGTCG
-GAGTGGTCCCGGCAAGGCGACAGCCGCAGTCGGGGCGTATCTCCGCGTTAGCGGGCCGTT
-AGGGCCGCTTACGAGCGTGTATCCCAGAACTTACCGCGACACTACTCACAGAGATGACGA
-AGAGTAGTTACAACACCCATCATTAAAAGCGACATCACTCCCGGCCTTCGGCCGGGGGCG
-GCGGCGCTTTTCAGTGGTGGGGAGGGGCTCCTGGCCGGCAAACCGGCGCCGGTTTTATGA
-TGAATTTTCTTTTGAATGCTGTAACTAATGCAGTTCTTCCGCTGGGGCCCGACGCGAAGC
-GATGGGAGCTACTTTTATCTGAGCGACGCGGACGCGTGCGGCCGCTGTAAGCGAAGGCCT
-CATTGAGTTATTCACAGAGCCTGACCTGCTCCCCGTTGATTAGTACACCCCGATGTTAGT
-AATGTCTTCATAAGCCACATGAGGACATCCCCATGAAGAAGCGTTTTTCCGACGAACAGA
-TCATCAATATCTCCGCGAAGCCGAAGCTGGGGTACCCGCCCGTGAACTATGCCGCAAGCA
-TGCCATTTCCGATGCCACGTTTACACCTGGCGTAAGAAGTATGGCGGTATGGAGGTGCCT
-GAAGTTAAGCGTCTGAAGTCGCTTGAGGAAGAGAACGCCAGACTCAAGAAGCTGCTTGCC
-GAAGCCATGCTGGATAAAGAGGCGCTTCAGGTGGCTCTTGGGCGAAAGTACTGACGACAG
-ACCAGAAGCGGGAAGCCGT
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-CCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTA
-ACAACCATTTTGATGTTGTCGCCCGGCATTACCATCTCTACGCCTTCCGGCAGTTCGATG
-GTGCCAGTCACGTCAGTAGTACGGAAGTAGAACTGCGGACGGTAGCCTTTGAAGAACGGA
-GTATGACGGCCGCCTTCGTCTTTGGACAGGATGTACACTTCAGATTCGAACTTGGTGTGC
-GGGTTGATGGTGCCCGGCTTAGCCAGTACCTGACCACGTTCGATTTCTTCACGTTTGATA
-CCACGCAGCAGAACACCTACGTTCTCACCAGCACGGCCTTCGTCCAGCAGTTTGCGGAAC
-ATTTCAACGCCAGTACAGGTGGTTTTCGCGGTTTCTTTGATACCAACGATTTCAACTTCT
-TCACCTACTTTGATGATACCGCGCTCTACACGACCGGTAACAACGGTACCACGACCGGAG
-ATGGAGAATACGTCTTCGATCGGCAGCAGGAACGGCTTGTCAATCGCACGCTCTGGTTCC
-GGGATATAGGTATCCAGGTGGCCAGCCAGTTCGATGATTTTCGCTTCCCACTCTGCGTCG
-CCTTCCAGCGCTTTCAGAGCAGAACCACGAACGATCGGGGTGTCGTCGCCCGGGAAATCG
-TACTGAGACAGCAGTTCACGAACTTCCATCTCAACCAGTTCCAGCAGCTCTTCGTCATCA
-ACCATGTCGCATTTGTTCAGGAACACGATGATGTACGGAACGCCTACCTGACGACCCAGC
-AGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACAACCAGGATCGCG
-CCGTCCATCTGCGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGGCCCGGGCAG
-TCTACGTGCGCGTAGTGGCGAGTCGGGGTGTCATATTCAACGTGAGAGGTGTTGATGGTG
-ATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCGCGAGCGGAACCA
-CCGTAGGTTTTAGCCAG
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-ACCAACTGGCCCACCTACAATAAAGCCCTCATCAACCGTGGCTCCATAACTTTCTGGCTG
-GATGATGAAGCTATTCAGGCCTGGTATGAGTCAGCAACACCTTCTTCACGAGGCAGACCT
-CAGCGCTATTCTGACCTTGCCATCACGACTGTGCTGGTCATTAAACGCGTATTCAGGCTG
-ACCCTGCGCGCTGCGCAGGGCTTTATTGATTCCATTTTTTCTCTGATGAACGTTCCGCTA
-CGCTGCCCGGATTACAGCTGTGTCAGCAGGCGGGCAAAGTCGGTTAATATCAGTTTCAAA
-ACGCCCACCCGGGGTGAAATCGCACACCTGGTAATTGATTCCACCGGGCTGAAGGTCTTC
-GGTGAAGGCGAGTGGAAAGTCAAAAAGCATGGTCAGGAACGCCGCCGTATCTGGCGTAAG
-CTGCATCTGGCAGTTGACAGCAACACACATGAAATCATCTGTGCAGACCTGTCGCTGAAC
-AATGTGACGGACTCAGAAGCCTTCCCGGGTCTTATCCGGCAGACTCACAGAAAAATCAGG
-GCAGCATCGGCAGACGGCGCTTACGACACCCGGCTCTGTCACGATGAACTGCGGCGTAAG
-AAAATCAGCGCGCTTATCCCACCCCGAAAAGGCGCGGGTTACTGGCCCGGTGAATATGCA
-GACCGTAACCGTGCAGTGGCTAATCAGCGAATGACCGGGAGTAATGCGCGGTGGAAATGG
-ACAACAGATTACAACCGTCGCTCGATAGCGGAAACGGCGATGTACCGGGTAAAACAGCTG
-TTCGGGGGTTCACTGACGCTGCGTGACTACGATGGTCAGGTTGCGGAGGCTATGGCCCTG
-GTACGAGCGCTGAACAAAATGACGAAAGCAGGTATGCCTGAAAGCGTGCGTATTGCCTGA
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-CTATTTTTCGGGGATCTGATTGCCCTCTGGCAATATCATTCAGCACGCCATAGTCGGCAT
-CATGGTCCATTCGCCAGAAAACCGAAGCACCGGCATCAGCCAGGCGTGGAGAAAACTGGT
-ATCCCAGCAGCCAGAAAAGGCCAAAGACAAGTTCGCTGGCACCTGCTGTATCGGTCATAA
-TTTCGGTTGGATTCAGCCCGGTCTCCTGTTCCAGAAGACCTTCCAGCACAAAGATAGAGT
-CCCTCAGCGTCCCCGGTATAACGATGCCATGAAAGCCGGAATACTGATCGGACACAAAGT
-TGTACCAGGTGATCCCTCTGTTATTACCAAAGTATTTGCGGTTCGGTCCGGCATTGATTG
-TTCTGACTGGCGTAACAAAGCGCATTCCATCTGCAGATGCCACTTCTCCTCCACCCCATA
-TCTGTGCCAGTGGCAGCGTTGCCTGAAAATCAACCAGTCTGGCATTAGCGCTGGTGATAG
-TTTCAGCCCGCAGATAGTTCGCTTTTGTCCAGTTCAGCCGGTGTCGGGTCAGTGCAGGAA
-CATTTGATCTGATCAGTGGTTCCAGACCGATATTGCAGGCTTCAGCCATCAGCACGGCGC
-TGATGCTGACGGGCAGATCATCAACTCTGGCACTGGCTTCACTAGCATGGAAAAACTCAT
-CAGCAAATCCGGTATGGGCGTTAATTTCGAGCAGCAACTCCGTTAAATCCACCGGAGGGA
-GTAGATCACTGATCATTTTGCTCAGTCGTTTCAGACTGTCCGGCTCATCAAGACTGGCGA
-GGGGAGAAATTGTCAACCGGGGCTTCGGGCCAGAAACATCGAGTTCGACAGCCTCATTTT
-CGCAAAGACGTGCAGCAACCTGTCTGTAACGACTATCAAGCTGA
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-TCCTTGATCGCCGTGTTTTCAATTTTAACGACGAACAGTATGCAGAGTTCATCGATATGC
-TCGATGCACCAGTCGAGGATGAGCCCGCCATTAATAAACTACTGGCAAGGAAACCTCAGT
-GGGACGTATAACCACGCCCGAGCCGTTATCCAGCTCTCATCAGCTGGCTGAGTTCGTCAG
-TGGAGAGACAGTCCTCGATGAATGGCTAAAACAGAGAGGTTTAAAAAATCAAGCTCTTGG
-CGCTGCCCGAACGTTCGTTGTTTGCAAGACGGGTACGAAGCAAGTAGCTGGTTTTTACTC
-TTTGGCCACCGGTAGCGTTAACCATACGGAAGCGACAGGTAGTCTTCGGCGTAACATGCC
-AGATCCTATACCGGTGATTATACTCGCTCGCCTGGCGGTAGATGTCTCATTGCACGGAAA
-AGGGGTTGGCGCCGATTTACTCCACGATGCAGTTCTACGGTGTTATCGCGTAGCTGAGAA
-CATTGGGGTTCGTGCGATAATGGTTCATGCGCTTACTGAAGAAGCCAAAGGTTTCTATGC
-TCACCATGGATTTAAGGCATCACAAACTCATGAGAGGACTCTGTTTCTAAAGCTTCCATG
-ACTGGTTGCTGGAATGGGAAAGTAGCTGGTTACCGTCTTAACATATTGATTTTTATGTTA
-TTTATTTTAATATTTAACATAATCTTTGTTATGCGCACCTGTATTGTAATGGCTCAATAG
-TAATGTCCGCCTGTGGCTCAATTCAGATGTCCGCGCTATGGTAAGCTTCACTGGTCCGTT
-TAAACTACCGGGAGGCATATCATGAGCGCAGAAAGCTCAGGAGTGTTTAC
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-CTGAAGTCGCTTGAGGAAGAGAACGCCAGACTCAAGAAGCTGCTTGCCGAAGCCATGCTG
-GATAAAGAGGCGCTTCAGGTGGCTCTTGGGCGAAAGTACTGACGACAGACCAGAAGCGGG
-AAGCCGTGGAAGTCATGTGCGAGGCTAAGGGTCTGTCGCAACGTCGTGCCTGCAGGCTTA
-CAGGTTTATCCCTGTCGACCTGCCGCTATGAGGCTCACCGTCCGGCTGCTGATGCGCATT
-TATCAGGGCGCATCACTGAGCTGGCACTGGAGCGCAGGCGTTTTGGCTACCGTCGTATCT
-GGCAGTTGCTGCGCCGTGAAGGGCTTCATGTTAATCATAAGCGCGTGTACCGGCTTTATC
-ACCTCAGTGGCCTGGGCGTAAAACGCAGAAGACGTCGTAAAGGGCTGGCAACAGAACGTC
-TGCCGCTGCTCCGTCCGGCGGCGCCCAATCTGACCTGGTCGATGGATTTCGTCATGGACG
-CACTTTCCACCGGTCGCAGGATCAAGTGTCTTACCTGCGTCGATGATTTCACAAAGGAAT
-GCCTGACGGTCACTGTTGCCTTTGGGATTTCAGGCGTTCAGGTCTCGCGTATTCTGGACA
-GCATTGCACTGTTTCGAGGCTATCCGGCGACGATAAGAACTGACCAGGGGCCGGAGTTCA
-CTTGCCGTGCACTGGATCAATGGGCCTTTGAGCATGGTGTTGAGTTGCGCTTAATCCAGC
-CGGGCAAGCCAACGCAGAACGGATTTATTGAGAGCTTTAACGGACGATTTCGCGATGAAT
-GCCTGAATGAGCACTGGTTCAGCGATATCGTTC
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-TAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGT
-CGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAACCT
-GCCTTTGCAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATAGAGCAGTAAGTAATCTCTGCAG
-GCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTC
-CACTCAGGCCTACCAAATTTGCGAAGCAAATTTGAAGAGGTTGCAAACGATGGGGCTATA
-GCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGC
-TCCACCATCTTTACTGCGAACACAAGAAAACTTCAGAGTGAACCTGAAAAGGTGCACTGC
-GAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACGACACACAGTTAATG
-TGTGTTCGAGTCTCTCAAATTTTCGCAATCAGAAGTGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTT
-AAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAA
-TCTGCGAAAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTACAGCCGGCGATGTCCGAATGGGG
-AAACCCAGTGCAATTCGTTGCACTATCGTTAACTGAATACATAGGTTAACGAGGCGAACC
-GGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGA
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-CATCAGGCGCGGAACTCATCAAGGCGCGGGAATAAAATCCCATTCAGACGCCGGATAGAT
-TCAAGCAAGCCAACTTGTCGTCAAAATCGGTGTTGCAAAAACGGGAGTGACCATAGATTC
-CGTTTTCTGAGACGACCCCTTTCAACGGCAGCGCATCCAGATAATCCAGCGCACCACCCA
-GCAGATGGGCCTGATACAGCTCGTAATGCATCCCGCAGCTCCGACCAGCCTTTTTCTCGA
-TACGTTCAAGCACTACATCGGCGCGGATAACATCGAACGGGTTTCGGGAATGAATGTTGC
-GCACAAAACCGTCAGTCCGGAGGGTTGTGCTTTCTTTGGTGGAGGGTTTTTCGTTGACGT
-TTTGTGTGCTCATCCAGCTTTCTCCTTTGTCTGTTTTTCTGCCTTTTAAAACCATCACCC
-GTTGAGTTGCCGGGGCCGCGGTTTTGACTTTGTGCGGGGACCTGCTGAACCTGCCCCCTG
-GATATAACCTTCACCCGTTTGAGAGCCGTTCGCCGCGAGGGCGTAAACGAGCACGGCCCG
-GTGCAGATGTCCGGGGGTGAGCGGGAAATTTTTTTCGGTCTAATGAAGCGCAGCGGAATG
-GCCGGGAAAAATTTATTGCGAAAGGCTCTGCCGTCCCCTGGACA
->contig00073 len=602 cov=57.4 corr=0 spades=NODE_73_length_602_cov_57.429474_pilon
-GGTGCACACGAGTATTGAGCATAGTCGAGATTGGTGCAGATCACTTCTGATATTGAACTG
-TCAGGAGCTGGCTGCACAACAGCCATTACGCCCAATCAACTGGTGCAGTCGTCTTCTGAA
-AATGACACTGTTTGTATATAATCATGAAAAAATGGTGAGTAGAGTTTCAGGGTAACAGGG
-GATGCTTATGTCGGTTTTCCACAACTGGCTACTTGAGATCGCATGTGAGAATTACTTCGT
-CTACATCAAACGCCTTTCCGCCAACGATACCGGCGCAACAGGTGGTCACCAGGTAGGGCT
-TTATATCCCTTCAGGTATCGTTGAAAAACTCTTTCCGTCTATCAACCATACCCGTGAACT
-GAACCCTTCGGTTTTTCTCACCGCACATGTGTCATCGCATGATTGCCCTGACAGCGAAGC
-CAGGGCAATTTATTATAACAGCCGTCATTTTGGTAAAACCCGGAATGAAAAAAGGATGGC
-ACTGTTGCAAATAGTCGGTGGTGATAAACTTATCATCCCCTTTTGCTGATGGAGCTGCAC
-ATGAACCCATTCAAAGGCCGGCATTTTCAGCGTGACATCATTCTGTGGGCCGTACGCTGG
-TA
->contig00074 len=387 cov=36.6 corr=0 spades=NODE_74_length_387_cov_36.569231_pilon
-GATGCCTGGCAGTTCCCTACTCTCACATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGG
-CGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTAGTGCCGCCAGGC
-AAATTCTTTGTGCTCGTCCTGTGTCTTTTGCGCTTATACTGCGTTGGCTGCTCTCGCGAG
-TGTCAGTCACATACTTATGTATGCTCCTTCCATCGCGTCGTTTGCCGCCTTGTCTCAGCG
-CAAAATCCTTCGGACTCTGAATCAGAGCTGAAAATTCTCTCAAATCGCCAAAACATCTTC
-GGCGTTGTAAGGTTAAGCCTCACGGTTCATTAGTACCGGTTAGCTCAACGCATCGCTGCG
-CTTACACACCCGGCCTATCAACGTCAT
->contig00075 len=356 cov=44.3 corr=0 spades=NODE_75_length_356_cov_44.288210_pilon
-GAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAG
-GGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAACCTGCCTTTGTAGTGCTCACAC
-AGATTGTTTGATAAATAATAAATTTCAAAATGTACTGCGAAGTGCATTGTGAAATTTTGC
-TCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACGACACACTGTTTAAGTGTGTTCGAG
-TCTCTCAAATTTTCGCAATCAGAAGTGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAA
-GCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCG
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-TCACCACGTCGAAAAACAAAATCACCAGATTCTCCGCCTCTGACAGGCAACCAGTCAGAA
-TGCGATTCACCAAAAAAAATATTAGTTCGATTCAATGGAGGTTCCTTCAGTTTTCTGATG
-AAGCGCGGAGGTGGCTCAACCTGCGAAAAGAAACGAGTTGCTACGTAAGTCCGAGAACAT
-GCTTTCCATGGTCTCTGAGCTCGCCTTGATGCCCGAGGCATAGACTGTACAAAAAAACAG
-TCATAACAAGCCATGAAAACCGCCACTGCGCCGTTACCACCGCTGCGTTCGGTCAAGGTT
-CTGGACCAGTTGCGTGAGCGCATACGCTACTTGC
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-CTGAATCTCCCCACAGTATAAAACCTGCATTGTTCGGCGTTAACTCGTATCGAAGCATGG
-GCTCAATCATCCTGTTGTTTCAGTCGGAGGAAAGTCTATCAGTAAAGAGAATGAGAGATC
-AAAGTGGACATTTTAATTGAGCCGGATAACGGACATTTCAATTGAGCTTTGACACATGTT
-GTAGTAGCTAAATTGAGATGTCCGTCTCGGGGCTGCGGATGTTTTCCTGGACTGTTATGT
-TGTGATCCCAAGATGCTGCCGGTACTTCACAGGACTCATTGCACCTAATGATAGCTTGAT
-ACGTTTCTCATTATACCAGCGTATGTACCTG
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-TCGGCACGCGTCTTTCACTCACGAACCAGCAAGTGGCGTCCCCTAGGGGATTCGAACCCC
-TGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCCTGGGCCTCTAGACGAAGGGGACACTGAAGTCTC
-AATCGCAAGACGCCTTGCTTCTTTACGTTCATCAGACAATCTGTGTGAGCACTACAAAGG
-CAGGTTCTTTAAGGTAAGGAGGTGATCCAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTAC
-GACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTC
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-ATGACGTTGATAGGCCGGGTGTGTAAGCGCAGCGATGCGTTGAGCTAACCGGTACTAATG
-AACCGTGAGGCTTAACCTTACAACGCCGAAGATGTTTTGGCGATTTGAGAGAATTTTCAG
-CTCTGATACAGATTAATCGATACGTCGGTGAGACGTGTTGATAAAACAGAATTTGCCTGG
-CGGCACTAGCGCGGTGGTCCCACCTGACCCCATGCCGAACTCAGAAGTGAAACGCCGTAG
-CGCCGATGGTAGTGTGGGGTCTCCCCATGTGAG
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-GTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGG
-GACGCCACTTGCTGGTTCGTGAGTGAAAGACGCGTGCCGAACTATCTCAAAACTCATCTT
-CGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACGA
-CACACAGTTAATGTGTGTTCGAGTCTCTCAAATTTTCGCAATCAGAAGTGAAACATCTTC
-GGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGC
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-TAACGGTTCATATCACCTTACCGACGCTTTTCGCAGATTAGCACGTCCTTCATCGCCTCT
-GACTGCCAGGGCATCCACCGTGTACGCTTAGTCGCTTAACCTCACAACCCGAAGATGTTT
-CGTAAAACATCATCGTGTCGCGAAAATTTGAGAGACTCGAACACACATTAACTGTGTGTC
-GTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAATATCTCAAACGTCACCCGAA
-GATGAGTTTTGAGATA
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-TCATCGTGTCGCGAAAATTTGAGAGACTCGAACACACATTAACTGTGTGTCGTTTCAATT
-TTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAATATCTCAAACGTCACCCGAAGATGAGTTT
-TGAGATACATCGGCACGCGTCTTTCACTCACGAACCAGCAAGTGGCGTCCCCTAGGGGAT
-TCGAACCCCTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCCTGGGCCTCTAGACGAAGGGGACAC
-TGAAGTCTCAATCGCA
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-AGATTAGCACGTCCTTCATCGCCTCTGACTGCCAGGGCATCCACCGTGTACGCTTAGTCG
-CTTAACCTCACAACCCGAAGATGTTTCACTTCTGATTGCGAAAATTTGAGAGACTCGAAC
-ACACATTGACTGTGTGTCGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAAC
-TTCGCAGTGCACCTTTTCAGGTTCACTCTGAAGTTTTCTTGTGTTCGCAGTAAAGATGGT
-GGAGCTATGCGGGAT
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-GTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCAC
-CACGTCAAAGGGTGACAGCAGGCTCATAAGACGCCCCAGCGTCGCCATAGTGCGTTCACC
-GAATACGTGCGCAACAACCGTCTTCCGGAGCCTGTCATACGCGTAAAACAGCCAGCGCTG
-GCGCGATTTAGCCCCGACGTATCCCCACTGTTCGTCCATTTCCGCGCAGACGATGACGTC
-ACTGCCCGGCTGTAT
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-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
-CCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
-CCCCCCCCCCCCCCC
->contig00086 len=253 cov=37.2 corr=0 spades=NODE_87_length_253_cov_37.158730_pilon
-AAGTGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGG
-CAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGAAAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAAC
-CGTTATAGCCGGCGATGTCCGAATGGGGAAACCCAGTGCAATTCGTTGCACTATCGTTAA
-CTGAATACATAGGTTAACGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGA
-AAAGAAATCAACC
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-GCCAGGCCTCAGCATTTTATTATGGTGATCCCCTGGGCGAAATGCGCCTGGTAAGCAGAG
-TTTTTGAAATGTAAGGCCTTTGAATAAGACAAAAGGCTGCCTCATCGCTAACTTTGCAAC
-AGTGCCCTTGATATCTAGTATGACGTCTGTCGCACCTGCTTGATCGCGGCCGCGATAGCT
-AGATCGCGTTGCTCCTCTTCTCCATCCGCGTTCCAAGCTGCGGAAAGGCACCCATAAGCG
-TACGCCTGGTCGA
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-GCCAGGCCTCAGCATTTTATTATGGTGATCCCCTGGGCGAAATGCGCCTGGTAAGCAGAG
-TTTTTGAAATGTAAGGCCTTTGAATAAGACAAAAGGCTGCCTCATCGCTAACTTTGCAAC
-AGTGCCATCGACATTCACTCCGCGTTCAGCCAGCATCTCCTGCAGCTCACGGTAACTGAT
-GCCGTATTTGCAGTACCAGCGTACGGCCCACAGAATGATGTCACGCTGAAAATGCCGGCC
-TTTGAATGGGTTC
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-GACCATGATGCCGACTATGGCGTGCTGAATGATATTGCCAGAGGGCAATCAGATCCCCGA
-AAAATAGGGCACTGTTGCAAATAGTCGGTGGTGATAAACTTATCATCCCCTTTTGCTGAT
-GGAGCTGCACATGAACCCATTCAAAGGCCGGCATTTTCAGCGTGACATCATTCTGTGGGC
-CGTACGCTGGTA
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-GCCTCCCGGTAGTTTAAACGGACCAGTGAAGCTTACCATAGCGCGGACATCTGAATTGAG
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-GGACCGGATTCGGGCCGTCGAACTCTATTACCGGTACGGAAAGAAAGCCTCCGTTGTCGT
-CATGGAGCTGG
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-TCGCCGGTTATAACGGTTCATATCACCTTACCGACGCTTTTCGCAGATTAGCACGTCCTT
-CATCGCCTCTGACTGCCAGGGCATCCACCGTGTACGCTTAGTCGCTTAACCTCACAACCC
-GAAGATGTTTC
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-AAGCGCAGCGATGCGTTGAGCTAACCGGTACTAATGAACCGTGAGGCTTAACCTTACAAC
-GCCGAAGATGTTTTGGCGGATTGAGAGAATTTTCAGCTCTGATACAGATTAATCGATACG
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-CCATGTGAG
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-GAAAACGGAATCTATGGTCACTCCCGTTTTTGCAACACCGATTTTGACGACAAGTTGGCT
-TGCTTGAATCTATCCGGCGTCTGAATGGGATTTTATTCCCGCGCCTTGATGAGTTCCGCG
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-AACAGGCCGGTGGGCCGTTAGTATCATCAATATCAGTATTCGCAAAACCAGATC
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-GTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGG
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-TGGTTCAGCGATATCGTTCACGCAAGGAAAATCATTAATGACTGGCGGCAGGATTATAAC
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-GGCACTGTTGCAAAGTTAGCGATGAGGCAGCCTTTTGTCTTATTCAAAGGCCTTACATTT
-CAAAAACTCTGCTTACCAGGCGCATTTCGCCCAGGGGATCACCATAATAAAATGCTGAGG
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-TGCGATTGAGACTTCAGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGC
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-ATCAGAGCTGAAAATTCTCTCAAATCGCCAAAACATCTTCGGCGTTGTAAGGTTAAGCCT
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-ACAATCTGTGTGAGCACTACAAAGGCAGGTTCTTTAAGGTAAGGAGGTGATCCAACCGCA
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-GGTGAGACGTGTTGATAAAACAGAATTTGCCTGGCGGCACTAGCGCGGTGGTCCCACCTG
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-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
-TTTTTTTT
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-GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
-GGGGGGGG
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-TGGCACTGTTGCAAAGTTAGCGATGAGGCAGCCTTTTGTCTTATTCAAAGGCCTTACATT
-TCAAAAACTCTGCTTACCAGGCGCATTTCGCCCAGGGGATCACCATAATAAAATGCTGAG
-GCCTGGCC
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\ No newline at end of file
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-BC11-Kpn005_S2.fa	190	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00035_len=5334_cov=187.2_corr=0_spades=NODE_35_length_5334_cov_187.195698_pilon	5334	Incomplete	ColRNAI_rep_cluster_1987	000019__CP000651_00005	MOBP	NC_019986_00002,NC_001848_00006	CP018444	0.000385581					
-BC11-Kpn005_S2.fa	2088	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00038_len=4444_cov=185.7_corr=0_spades=NODE_38_length_4444_cov_185.662497_pilon	4444	Incomplete	rep_cluster_1195	000483__CP010949_00006			KY454616	0.00985499					
-BC11-Kpn005_S2.fa	novel_0	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00039_len=4290_cov=125.7_corr=0_spades=NODE_39_length_4290_cov_125.717752_pilon	4290	Incomplete	ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050	000019__CP000651_00005,001473__CP024541			CP018739	0.0615839					
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00001_len=640342_cov=36.8_corr=0_spades=NODE_1_length_640342_cov_36.804030_pilon	640342	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00002_len=606945_cov=36.2_corr=8_spades=NODE_2_length_606945_cov_36.236346_pilon	606945	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00003_len=513689_cov=37.2_corr=0_spades=NODE_3_length_513689_cov_37.194446_pilon	513689	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00004_len=504444_cov=35.7_corr=0_spades=NODE_4_length_504444_cov_35.732640_pilon	504444	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00005_len=489231_cov=39.6_corr=0_spades=NODE_5_length_489231_cov_39.557992_pilon	489231	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00006_len=388916_cov=35.9_corr=0_spades=NODE_6_length_388916_cov_35.905530_pilon	388916	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00007_len=309109_cov=36.1_corr=0_spades=NODE_7_length_309109_cov_36.147374_pilon	309109	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00008_len=245827_cov=38.1_corr=0_spades=NODE_8_length_245827_cov_38.075714_pilon	245827	Incomplete											
-BC11-Kpn005_S2.fa	chromosome	BC11-Kpn005_S2.fa|contig00009_len=230620_cov=38.8_corr=3_spades=NODE_9_length_230620_cov_38.781139_pilon	230620	Incomplete											
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-plasmid_190.fasta	1	5334	50.0562429696288	ColRNAI_rep_cluster_1987	000019__CP000651_00005	MOBP,MOBP	NC_019986_00002,NC_001848_00006	-	-	-	-	Mobilizable	CP018444	0.000385581	190
-plasmid_2088.fasta	1	4444	51.62016201620162	rep_cluster_1195	000483__CP010949_00006	-	-	-	-	-	-	Non-mobilizable	KY454616	0.00985499	2088
-plasmid_novel_0.fasta	1	4290	45.827505827505824	ColRNAI_rep_cluster_1987,rep_cluster_2050	000019__CP000651_00005,001473__CP024541	-	-	-	-	-	-	Non-mobilizable	CP018739	0.0615839	207