Mercurial > repos > jjohnson > defuse
view test-data/mm10_results.filtered.vcf @ 15:b67c24d902aa draft
Uploaded
| author | jjohnson |
|---|---|
| date | Tue, 12 Dec 2017 12:00:24 -0500 |
| parents | b22f8634ff84 |
| children |
line wrap: on
line source
##fileformat=VCFv4.1 ##source=defuse ##reference=mm10 ##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles"> ##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant"> ##INFO=<ID=MATEID,Number=1,Type=String,Description="ID of the BND mate"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth of segment containing breakend"> ##INFO=<ID=SPLITCNT,Number=1,Type=Integer,Description="number of split reads supporting the prediction"> ##INFO=<ID=SPANCNT,Number=1,Type=Integer,Description="number of spanning reads supporting the fusion"> ##INFO=<ID=HOMLEN,Number=1,Type=Integer,Description="Length of base pair identical micro-homology at event breakpoints"> ##INFO=<ID=SPLICESCORE,Number=1,Type=Integer,Description="number of nucleotides similar to GTAG at fusion splice"> ##INFO=<ID=GENE,Number=2,Type=String,Description="Gene Names at each breakend"> ##INFO=<ID=GENEID,Number=2,Type=String,Description="Gene IDs at each breakend"> ##INFO=<ID=GENELOC,Number=2,Type=String,Description="location of breakpoint releative to genes"> ##INFO=<ID=EXPR,Number=2,Type=Integer,Description="expression of genes as number of concordant pairs aligned to exons"> ##INFO=<ID=ORF,Number=0,Type=Flag,Description="fusion combines genes in a way that preserves a reading frame"> ##INFO=<ID=EXONBND,Number=0,Type=Flag,Description="fusion splice at exon boundaries"> ##INFO=<ID=INTERCHROM,Number=0,Type=Flag,Description="fusion produced by an interchromosomal translocation"> ##INFO=<ID=READTHROUGH,Number=0,Type=Flag,Description="fusion involving adjacent potentially resulting from co-transcription rather than genome rearrangement"> ##INFO=<ID=ADJACENT,Number=0,Type=Flag,Description="fusion between adjacent genes"> ##INFO=<ID=ALTSPLICE,Number=0,Type=Flag,Description="fusion likely the product of alternative splicing between adjacent genes"> ##INFO=<ID=DELETION,Number=0,Type=Flag,Description="fusion produced by a genomic deletion"> ##INFO=<ID=EVERSION,Number=0,Type=Flag,Description="fusion produced by a genomic eversion"> ##INFO=<ID=INVERSION,Number=0,Type=Flag,Description="fusion produced by a genomic inversion"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO 1 106734547 bnd_4068_1 A A]16:37799068] 233 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_4068_2;DP=19;SPLITCNT=8;SPANCNT=11;GENE=Kdsr,Fstl1;GENEID=ENSMUSG00000009905,ENSMUSG00000022816;GENELOC=coding,intron;EXPR=775,35409;HOMLEN=2;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 1 127753955 bnd_3783_1 T T]1:127773930] 181 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3783_2;DP=8;SPLITCNT=2;SPANCNT=6;GENE=Acmsd,Ccnt2;GENEID=ENSMUSG00000026348,ENSMUSG00000026349;GENELOC=intron,upstream;EXPR=0,752;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 1 127773930 bnd_3783_2 T [1:127753955[T 181 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3783_1;DP=8;SPLITCNT=2;SPANCNT=6;GENE=Acmsd,Ccnt2;GENEID=ENSMUSG00000026348,ENSMUSG00000026349;GENELOC=intron,upstream;EXPR=0,752;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 1 161036581 bnd_5020_2 A [5:79638362[A 208 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5020_1;DP=36;SPLITCNT=27;SPANCNT=9;GENE=7SK,Gas5;GENEID=ENSMUSG00000088422,ENSMUSG00000053332;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 1 161036831 bnd_4912_2 G ]5:79638354]G 151 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_4912_1;DP=20;SPLITCNT=15;SPANCNT=5;GENE=7SK,Gas5;GENEID=ENSMUSG00000088422,ENSMUSG00000053332;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 1 168121480 bnd_3839_2 G ]1:168183530]G 249 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3839_1;DP=29;SPLITCNT=13;SPANCNT=16;GENE=Pbx1,Gm20711;GENEID=ENSMUSG00000052534,ENSMUSG00000093538;GENELOC=coding,intron;EXPR=3895,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 1 168183530 bnd_3839_1 T T[1:168121480[ 249 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3839_2;DP=29;SPLITCNT=13;SPANCNT=16;GENE=Pbx1,Gm20711;GENEID=ENSMUSG00000052534,ENSMUSG00000093538;GENELOC=coding,intron;EXPR=3895,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 2 165827729 bnd_5326_1 C C]18:4198107] 136 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5326_2;DP=20;SPLITCNT=7;SPANCNT=13;GENE=Zmynd8,Gm10557;GENEID=ENSMUSG00000039671,ENSMUSG00000073647;GENELOC=utr3p,downstream;EXPR=2963,0;HOMLEN=9;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 2 174462629 bnd_2385_2 T ]2:174472832]T 194 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_2385_1;DP=12;SPLITCNT=7;SPANCNT=5;GENE=Slmo2,Atp5e;GENEID=ENSMUSG00000016257,ENSMUSG00000016252;GENELOC=coding,coding;EXPR=3085,3617;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 2 174472832 bnd_2385_1 C C[2:174462629[ 194 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_2385_2;DP=12;SPLITCNT=7;SPANCNT=5;GENE=Slmo2,Atp5e;GENEID=ENSMUSG00000016257,ENSMUSG00000016252;GENELOC=coding,coding;EXPR=3085,3617;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 3 103040040 bnd_5160_1 C C]18:28188917] 213 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5160_2;DP=63;SPLITCNT=33;SPANCNT=30;GENE=Csde1,SNORA17;GENEID=ENSMUSG00000068823,ENSMUSG00000087940;GENELOC=coding,upstream;EXPR=10681,0;HOMLEN=91;SPLICESCORE=3;INTERCHROM;ALTSPLICE 3 144201813 bnd_8647_1 T T]5:149198645] 242 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8647_2;DP=9;SPLITCNT=4;SPANCNT=5;GENE=Lmo4,Uspl1;GENEID=ENSMUSG00000028266,ENSMUSG00000041264;GENELOC=coding,coding;EXPR=2482,2085;HOMLEN=1;SPLICESCORE=4;EXONBND;INTERCHROM 4 124696071 bnd_12092_2 C ]4:124705614]C 187 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12092_1;DP=11;SPLITCNT=2;SPANCNT=9;GENE=Fhl3,U6;GENEID=ENSMUSG00000032643,ENSMUSG00000088067;GENELOC=utr5p,downstream;EXPR=2072,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 4 124705614 bnd_12092_1 C C[4:124696071[ 187 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12092_2;DP=11;SPLITCNT=2;SPANCNT=9;GENE=Fhl3,U6;GENEID=ENSMUSG00000032643,ENSMUSG00000088067;GENELOC=utr5p,downstream;EXPR=2072,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 4 148948907 bnd_12095_1 C C]4:148961548] 249 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12095_2;DP=11;SPLITCNT=6;SPANCNT=5;GENE=Gm13205,Pex14;GENEID=ENSMUSG00000086606,ENSMUSG00000028975;GENELOC=intron,coding;EXPR=0,1453;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 4 148961548 bnd_12095_2 C [4:148948907[C 249 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12095_1;DP=11;SPLITCNT=6;SPANCNT=5;GENE=Gm13205,Pex14;GENEID=ENSMUSG00000086606,ENSMUSG00000028975;GENELOC=intron,coding;EXPR=0,1453;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 5 23703360 bnd_11497_1 G G[15:33221484[ 230 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11497_2;DP=230;SPLITCNT=67;SPANCNT=163;GENE=SNORD93,Pgcp;GENEID=ENSMUSG00000096832,ENSMUSG00000039007;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,1604;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 5 60176541 bnd_1721_2 G ]11:106187103]G 188 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1721_1;DP=13;SPLITCNT=8;SPANCNT=5;GENE=Strada,Cbfa2t2-ps1;GENEID=ENSMUSG00000069631,ENSMUSG00000087034;GENELOC=coding,upstream;EXPR=800,0;HOMLEN=142;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 5 79638354 bnd_4912_1 A A]1:161036831] 151 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_4912_2;DP=20;SPLITCNT=15;SPANCNT=5;GENE=7SK,Gas5;GENEID=ENSMUSG00000088422,ENSMUSG00000053332;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 5 79638362 bnd_5020_1 C C[1:161036581[ 208 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5020_2;DP=36;SPLITCNT=27;SPANCNT=9;GENE=7SK,Gas5;GENEID=ENSMUSG00000088422,ENSMUSG00000053332;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 5 105728723 bnd_13923_1 G G]8:126422269] 207 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_13923_2;DP=11;SPLITCNT=4;SPANCNT=7;GENE=Lrrc8d,1810063B05Rik;GENEID=ENSMUSG00000046079,ENSMUSG00000051671;GENELOC=intron,upstream;EXPR=590,367;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 5 149198645 bnd_8647_2 G ]3:144201813]G 242 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8647_1;DP=9;SPLITCNT=4;SPANCNT=5;GENE=Lmo4,Uspl1;GENEID=ENSMUSG00000028266,ENSMUSG00000041264;GENELOC=coding,coding;EXPR=2482,2085;HOMLEN=1;SPLICESCORE=4;EXONBND;INTERCHROM 6 51467295 bnd_12868_1 A A]10:73201702] 132 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12868_2;DP=110;SPLITCNT=69;SPANCNT=41;GENE=Hnrnpa2b1,Gm15398;GENEID=ENSMUSG00000004980,ENSMUSG00000085456;GENELOC=coding,intron;EXPR=41631,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 6 52158684 bnd_7746_1 G G]6:52173634] 190 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_7746_2;DP=46;SPLITCNT=26;SPANCNT=20;GENE=Gm15051,Gm15050;GENEID=ENSMUSG00000087658,ENSMUSG00000087626;GENELOC=intron,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 6 52173634 bnd_7746_2 A [6:52158684[A 190 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_7746_1;DP=46;SPLITCNT=26;SPANCNT=20;GENE=Gm15051,Gm15050;GENEID=ENSMUSG00000087658,ENSMUSG00000087626;GENELOC=intron,intron;EXPR=0,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 28376683 bnd_1870_1 C C]7:28392166] 214 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1870_2;DP=10;SPLITCNT=2;SPANCNT=8;GENE=Zfp36,Med29;GENEID=ENSMUSG00000044786,ENSMUSG00000003444;GENELOC=downstream,intron;EXPR=1543,697;HOMLEN=4;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 28392166 bnd_1870_2 C [7:28376683[C 214 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1870_1;DP=10;SPLITCNT=2;SPANCNT=8;GENE=Zfp36,Med29;GENEID=ENSMUSG00000044786,ENSMUSG00000003444;GENELOC=downstream,intron;EXPR=1543,697;HOMLEN=4;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 66355922 bnd_12600_2 C [10:24597524[C 148 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12600_1;DP=6;SPLITCNT=1;SPANCNT=5;GENE=Ctgf,Lrrk1;GENEID=ENSMUSG00000019997,ENSMUSG00000015133;GENELOC=coding,intron;EXPR=7298,2735;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;INTERCHROM 7 84634406 bnd_1851_1 A A]7:84689743] 182 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1851_2;DP=62;SPLITCNT=21;SPANCNT=41;GENE=Zfand6,2610206C17Rik;GENEID=ENSMUSG00000030629,ENSMUSG00000085236;GENELOC=utr5p,intron;EXPR=1944,1;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 84689743 bnd_1851_2 C [7:84634406[C 182 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1851_1;DP=62;SPLITCNT=21;SPANCNT=41;GENE=Zfand6,2610206C17Rik;GENEID=ENSMUSG00000030629,ENSMUSG00000085236;GENELOC=utr5p,intron;EXPR=1944,1;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 90125032 bnd_1855_1 T T]7:90129872] 242 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1855_2;DP=13;SPLITCNT=4;SPANCNT=9;GENE=AC130210.1,Picalm;GENEID=ENSMUSG00000097162,ENSMUSG00000039361;GENELOC=intron,upstream;EXPR=0,8476;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 90129872 bnd_1855_2 C [7:90125032[C 242 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1855_1;DP=13;SPLITCNT=4;SPANCNT=9;GENE=AC130210.1,Picalm;GENEID=ENSMUSG00000097162,ENSMUSG00000039361;GENELOC=intron,upstream;EXPR=0,8476;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 97788974 bnd_1886_1 G G]7:97854436] 247 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1886_2;DP=36;SPLITCNT=18;SPANCNT=18;GENE=Aqp11,Pak1;GENEID=ENSMUSG00000042797,ENSMUSG00000030774;GENELOC=upstream,utr5p;EXPR=16,2476;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 7 97854436 bnd_1886_2 T [7:97788974[T 247 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1886_1;DP=36;SPLITCNT=18;SPANCNT=18;GENE=Aqp11,Pak1;GENEID=ENSMUSG00000042797,ENSMUSG00000030774;GENELOC=upstream,utr5p;EXPR=16,2476;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 8 54779650 bnd_11601_1 G G]8:55037328] 245 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11601_2;DP=78;SPLITCNT=45;SPANCNT=33;GENE=Wdr17,Gpm6a;GENEID=ENSMUSG00000039375,ENSMUSG00000031517;GENELOC=intron,coding;EXPR=195,2438;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 8 55037328 bnd_11601_2 G [8:54779650[G 245 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11601_1;DP=78;SPLITCNT=45;SPANCNT=33;GENE=Wdr17,Gpm6a;GENEID=ENSMUSG00000039375,ENSMUSG00000031517;GENELOC=intron,coding;EXPR=195,2438;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 8 84816537 bnd_11605_1 C C]8:84832174] 193 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11605_2;DP=23;SPLITCNT=11;SPANCNT=12;GENE=Dand5,Gadd45gip1;GENEID=ENSMUSG00000053226,ENSMUSG00000033751;GENELOC=intron,utr5p;EXPR=167,2428;HOMLEN=0;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 8 84832174 bnd_11605_2 G [8:84816537[G 193 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11605_1;DP=23;SPLITCNT=11;SPANCNT=12;GENE=Dand5,Gadd45gip1;GENEID=ENSMUSG00000053226,ENSMUSG00000033751;GENELOC=intron,utr5p;EXPR=167,2428;HOMLEN=0;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 8 95682960 bnd_11596_2 G ]8:95739809]G 222 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11596_1;DP=24;SPLITCNT=8;SPANCNT=16;GENE=Cnot1,Ndrg4;GENEID=ENSMUSG00000036550,ENSMUSG00000036564;GENELOC=coding,intron;EXPR=6004,544;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;ALTSPLICE;DELETION 8 95739809 bnd_11596_1 A A[8:95682960[ 222 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11596_2;DP=24;SPLITCNT=8;SPANCNT=16;GENE=Cnot1,Ndrg4;GENEID=ENSMUSG00000036550,ENSMUSG00000036564;GENELOC=coding,intron;EXPR=6004,544;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;ALTSPLICE;DELETION 8 126422269 bnd_13923_2 C ]5:105728723]C 207 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_13923_1;DP=11;SPLITCNT=4;SPANCNT=7;GENE=Lrrc8d,1810063B05Rik;GENEID=ENSMUSG00000046079,ENSMUSG00000051671;GENELOC=intron,upstream;EXPR=590,367;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 9 7872842 bnd_8690_1 A A]X:37143984] 132 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8690_2;DP=9;SPLITCNT=4;SPANCNT=5;GENE=Birc3,Nkap;GENEID=ENSMUSG00000032000,ENSMUSG00000016409;GENELOC=utr5p,intron;EXPR=4781,556;HOMLEN=39;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 9 21320850 bnd_8748_2 A ]9:21337962]A 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8748_1;DP=103;SPLITCNT=51;SPANCNT=52;GENE=Slc44a2,Ap1m2;GENEID=ENSMUSG00000057193,ENSMUSG00000003309;GENELOC=coding,upstream;EXPR=6343,2;HOMLEN=2;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 9 21337962 bnd_8748_1 C C[9:21320850[ 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8748_2;DP=103;SPLITCNT=51;SPANCNT=52;GENE=Slc44a2,Ap1m2;GENEID=ENSMUSG00000057193,ENSMUSG00000003309;GENELOC=coding,upstream;EXPR=6343,2;HOMLEN=2;SPLICESCORE=2;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 9 59520238 bnd_8726_1 T T]9:59539868] 237 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8726_2;DP=8;SPLITCNT=3;SPANCNT=5;GENE=Tmem202,Hexa;GENEID=ENSMUSG00000049526,ENSMUSG00000025232;GENELOC=coding,coding;EXPR=44,8769;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 9 59539868 bnd_8726_2 C [9:59520238[C 237 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8726_1;DP=8;SPLITCNT=3;SPANCNT=5;GENE=Tmem202,Hexa;GENEID=ENSMUSG00000049526,ENSMUSG00000025232;GENELOC=coding,coding;EXPR=44,8769;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 9 108783870 bnd_8762_1 G G]9:108796064] 243 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8762_2;DP=36;SPLITCNT=28;SPANCNT=8;GENE=SNORA28,Ip6k2;GENEID=ENSMUSG00000088626,ENSMUSG00000032599;GENELOC=downstream,utr5p;EXPR=0,714;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 9 108796064 bnd_8762_2 A [9:108783870[A 243 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8762_1;DP=36;SPLITCNT=28;SPANCNT=8;GENE=SNORA28,Ip6k2;GENEID=ENSMUSG00000088626,ENSMUSG00000032599;GENELOC=downstream,utr5p;EXPR=0,714;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 10 24597524 bnd_12600_1 G G]7:66355922] 148 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12600_2;DP=6;SPLITCNT=1;SPANCNT=5;GENE=Ctgf,Lrrk1;GENEID=ENSMUSG00000019997,ENSMUSG00000015133;GENELOC=coding,intron;EXPR=7298,2735;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;INTERCHROM 10 73201702 bnd_12868_2 A ]6:51467295]A 132 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12868_1;DP=110;SPLITCNT=69;SPANCNT=41;GENE=Hnrnpa2b1,Gm15398;GENEID=ENSMUSG00000004980,ENSMUSG00000085456;GENELOC=coding,intron;EXPR=41631,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 10 128814038 bnd_12549_2 G [11:121206748[G 236 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12549_1;DP=36;SPLITCNT=18;SPANCNT=18;GENE=Hexdc,Dnajc14;GENEID=ENSMUSG00000039307,ENSMUSG00000025354;GENELOC=utr5p,coding;EXPR=1732,2437;HOMLEN=1;SPLICESCORE=4;EXONBND;INTERCHROM;ALTSPLICE 11 52099150 bnd_1027_1 G G]12:54980379] 212 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1027_2;DP=12;SPLITCNT=2;SPANCNT=10;GENE=Ppp2ca,Baz1a;GENEID=ENSMUSG00000020349,ENSMUSG00000035021;GENELOC=coding,intron;EXPR=10063,1785;HOMLEN=3;SPLICESCORE=4;INTERCHROM 11 87218328 bnd_66_1 A A]11:87250589] 157 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_66_2;DP=24;SPLITCNT=13;SPANCNT=11;GENE=Trim37,Ppm1e;GENEID=ENSMUSG00000018548,ENSMUSG00000046442;GENELOC=coding,intron;EXPR=1514,627;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 11 87250589 bnd_66_2 A [11:87218328[A 157 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_66_1;DP=24;SPLITCNT=13;SPANCNT=11;GENE=Trim37,Ppm1e;GENEID=ENSMUSG00000018548,ENSMUSG00000046442;GENELOC=coding,intron;EXPR=1514,627;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 11 106187103 bnd_1721_1 A A[5:60176541[ 188 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1721_2;DP=13;SPLITCNT=8;SPANCNT=5;GENE=Strada,Cbfa2t2-ps1;GENEID=ENSMUSG00000069631,ENSMUSG00000087034;GENELOC=coding,upstream;EXPR=800,0;HOMLEN=142;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 11 121206748 bnd_12549_1 C C]10:128814038] 236 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_12549_2;DP=36;SPLITCNT=18;SPANCNT=18;GENE=Hexdc,Dnajc14;GENEID=ENSMUSG00000039307,ENSMUSG00000025354;GENELOC=utr5p,coding;EXPR=1732,2437;HOMLEN=1;SPLICESCORE=4;EXONBND;INTERCHROM;ALTSPLICE 12 54980379 bnd_1027_2 T [11:52099150[T 212 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_1027_1;DP=12;SPLITCNT=2;SPANCNT=10;GENE=Ppp2ca,Baz1a;GENEID=ENSMUSG00000020349,ENSMUSG00000035021;GENELOC=coding,intron;EXPR=10063,1785;HOMLEN=3;SPLICESCORE=4;INTERCHROM 12 55111181 bnd_9292_1 G G]12:55213840] 135 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9292_2;DP=22;SPLITCNT=13;SPANCNT=9;GENE=Srp54c,1700047I17Rik2;GENEID=ENSMUSG00000073079,ENSMUSG00000094103;GENELOC=coding,intron;EXPR=1463,391;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;EXONBND;ALTSPLICE;DELETION 12 55213840 bnd_9292_2 G [12:55111181[G 135 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9292_1;DP=22;SPLITCNT=13;SPANCNT=9;GENE=Srp54c,1700047I17Rik2;GENEID=ENSMUSG00000073079,ENSMUSG00000094103;GENELOC=coding,intron;EXPR=1463,391;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;EXONBND;ALTSPLICE;DELETION 12 73112254 bnd_9158_2 C ]12:73168000]C 238 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9158_1;DP=10;SPLITCNT=5;SPANCNT=5;GENE=Mnat1,Six4;GENEID=ENSMUSG00000021103,ENSMUSG00000034460;GENELOC=coding,intron;EXPR=1882,677;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 12 73168000 bnd_9158_1 C C[12:73112254[ 238 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9158_2;DP=10;SPLITCNT=5;SPANCNT=5;GENE=Mnat1,Six4;GENEID=ENSMUSG00000021103,ENSMUSG00000034460;GENELOC=coding,intron;EXPR=1882,677;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 12 113422730 bnd_9297_1 T T]12:113426655] 212 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9297_2;DP=26;SPLITCNT=20;SPANCNT=6;GENE=Ighm,AC073553.3;GENEID=ENSMUSG00000076617,ENSMUSG00000092748;GENELOC=coding,upstream;EXPR=1488,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ALTSPLICE;DELETION 12 113426655 bnd_9297_2 C [12:113422730[C 212 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9297_1;DP=26;SPLITCNT=20;SPANCNT=6;GENE=Ighm,AC073553.3;GENEID=ENSMUSG00000076617,ENSMUSG00000092748;GENELOC=coding,upstream;EXPR=1488,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ALTSPLICE;DELETION 13 105131562 bnd_5983_1 T T]13:105167527] 207 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5983_2;DP=6;SPLITCNT=1;SPANCNT=5;GENE=4933425L06Rik,Rnf180;GENEID=ENSMUSG00000021718,ENSMUSG00000021720;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,60;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 13 105167527 bnd_5983_2 C [13:105131562[C 207 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5983_1;DP=6;SPLITCNT=1;SPANCNT=5;GENE=4933425L06Rik,Rnf180;GENEID=ENSMUSG00000021718,ENSMUSG00000021720;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,60;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 14 31131376 bnd_9962_1 G G]14:31134739] 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9962_2;DP=126;SPLITCNT=93;SPANCNT=33;GENE=2010107H07Rik,Nt5dc2;GENEID=ENSMUSG00000058351,ENSMUSG00000071547;GENELOC=upstream,upstream;EXPR=211,4122;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 14 31134739 bnd_9962_2 A [14:31131376[A 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_9962_1;DP=126;SPLITCNT=93;SPANCNT=33;GENE=2010107H07Rik,Nt5dc2;GENEID=ENSMUSG00000058351,ENSMUSG00000071547;GENELOC=upstream,upstream;EXPR=211,4122;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 33221484 bnd_11497_2 C [5:23703360[C 230 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11497_1;DP=230;SPLITCNT=67;SPANCNT=163;GENE=SNORD93,Pgcp;GENEID=ENSMUSG00000096832,ENSMUSG00000039007;GENELOC=downstream,intron;EXPR=0,1604;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 15 74996568 bnd_11177_2 C ]15:75048442]C 144 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11177_1;DP=497;SPLITCNT=434;SPANCNT=63;GENE=Ly6c1,Ly6a;GENEID=ENSMUSG00000079018,ENSMUSG00000075602;GENELOC=utr5p,utr5p;EXPR=1416,5049;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 74996568 bnd_11169_2 A ]15:75048442]A 237 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11169_1;DP=702;SPLITCNT=410;SPANCNT=292;GENE=Ly6c1,Ly6a;GENEID=ENSMUSG00000079018,ENSMUSG00000075602;GENELOC=utr5p,utr5p;EXPR=1416,5049;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 75048442 bnd_11177_1 A A[15:74996568[ 144 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11177_2;DP=497;SPLITCNT=434;SPANCNT=63;GENE=Ly6c1,Ly6a;GENEID=ENSMUSG00000079018,ENSMUSG00000075602;GENELOC=utr5p,utr5p;EXPR=1416,5049;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 75048442 bnd_11169_1 G G[15:74996568[ 237 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11169_2;DP=702;SPLITCNT=410;SPANCNT=292;GENE=Ly6c1,Ly6a;GENEID=ENSMUSG00000079018,ENSMUSG00000075602;GENELOC=utr5p,utr5p;EXPR=1416,5049;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;ORF;EXONBND;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 102188962 bnd_11202_1 G G]15:102202444] 248 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11202_2;DP=31;SPLITCNT=21;SPANCNT=10;GENE=Csad,Zfp740;GENEID=ENSMUSG00000023044,ENSMUSG00000046897;GENELOC=utr5p,upstream;EXPR=1306,3566;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 15 102202444 bnd_11202_2 C [15:102188962[C 248 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_11202_1;DP=31;SPLITCNT=21;SPANCNT=10;GENE=Csad,Zfp740;GENEID=ENSMUSG00000023044,ENSMUSG00000046897;GENELOC=utr5p,upstream;EXPR=1306,3566;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 16 19493776 bnd_7456_2 T [18:30311220[T 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_7456_1;DP=19;SPLITCNT=9;SPANCNT=10;GENE=Pik3c3,Olfr166;GENEID=ENSMUSG00000033628,ENSMUSG00000056822;GENELOC=coding,downstream;EXPR=1791,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM 16 37799068 bnd_4068_2 T ]1:106734547]T 233 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_4068_1;DP=19;SPLITCNT=8;SPANCNT=11;GENE=Kdsr,Fstl1;GENEID=ENSMUSG00000009905,ENSMUSG00000022816;GENELOC=coding,intron;EXPR=775,35409;HOMLEN=2;SPLICESCORE=4;INTERCHROM;ALTSPLICE 17 17395298 bnd_3153_1 C C]17:17411818] 206 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3153_2;DP=41;SPLITCNT=16;SPANCNT=25;GENE=AC154200.1,Lix1;GENEID=ENSMUSG00000097379,ENSMUSG00000047786;GENELOC=intron,intron;EXPR=0,30;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 17 17411818 bnd_3153_2 T [17:17395298[T 206 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3153_1;DP=41;SPLITCNT=16;SPANCNT=25;GENE=AC154200.1,Lix1;GENEID=ENSMUSG00000097379,ENSMUSG00000047786;GENELOC=intron,intron;EXPR=0,30;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 17 35266514 bnd_3184_1 G G]17:35383995] 218 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3184_2;DP=47;SPLITCNT=40;SPANCNT=7;GENE=H2-D1,H2-Q4;GENEID=ENSMUSG00000073411,ENSMUSG00000035929;GENELOC=coding,utr3p;EXPR=23545,2145;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;EXONBND;ALTSPLICE;DELETION 17 35383995 bnd_3184_2 A [17:35266514[A 218 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3184_1;DP=47;SPLITCNT=40;SPANCNT=7;GENE=H2-D1,H2-Q4;GENEID=ENSMUSG00000073411,ENSMUSG00000035929;GENELOC=coding,utr3p;EXPR=23545,2145;HOMLEN=0;SPLICESCORE=4;EXONBND;ALTSPLICE;DELETION 17 63864053 bnd_3179_1 T T]17:63896016] 195 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3179_2;DP=17;SPLITCNT=10;SPANCNT=7;GENE=A930002H24Rik,Fer;GENEID=ENSMUSG00000045506,ENSMUSG00000000127;GENELOC=upstream,upstream;EXPR=10,1325;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 17 63896016 bnd_3179_2 A [17:63864053[A 195 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_3179_1;DP=17;SPLITCNT=10;SPANCNT=7;GENE=A930002H24Rik,Fer;GENEID=ENSMUSG00000045506,ENSMUSG00000000127;GENELOC=upstream,upstream;EXPR=10,1325;HOMLEN=0;SPLICESCORE=3;READTHROUGH;ADJACENT;ALTSPLICE;DELETION 18 4198107 bnd_5326_2 G ]2:165827729]G 136 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5326_1;DP=20;SPLITCNT=7;SPANCNT=13;GENE=Zmynd8,Gm10557;GENEID=ENSMUSG00000039671,ENSMUSG00000073647;GENELOC=utr3p,downstream;EXPR=2963,0;HOMLEN=9;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE 18 28188917 bnd_5160_2 A [3:103040040[A 213 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5160_1;DP=63;SPLITCNT=33;SPANCNT=30;GENE=Csde1,SNORA17;GENEID=ENSMUSG00000068823,ENSMUSG00000087940;GENELOC=coding,upstream;EXPR=10681,0;HOMLEN=91;SPLICESCORE=3;INTERCHROM;ALTSPLICE 18 30311220 bnd_7456_1 G G]16:19493776] 189 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_7456_2;DP=19;SPLITCNT=9;SPANCNT=10;GENE=Pik3c3,Olfr166;GENEID=ENSMUSG00000033628,ENSMUSG00000056822;GENELOC=coding,downstream;EXPR=1791,0;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;INTERCHROM 18 53932206 bnd_5141_1 T T[X:53418862[ 201 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5141_2;DP=26;SPLITCNT=9;SPANCNT=17;GENE=Csnk1g3,Gm14584;GENEID=ENSMUSG00000073563,ENSMUSG00000083798;GENELOC=coding,intron;EXPR=2227,0;HOMLEN=266;SPLICESCORE=2;INTERCHROM;ALTSPLICE 19 37678397 bnd_13800_1 C C]19:37696729] 204 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_13800_2;DP=15;SPLITCNT=3;SPANCNT=12;GENE=Exoc6,Cyp26a1;GENEID=ENSMUSG00000053799,ENSMUSG00000024987;GENELOC=intron,upstream;EXPR=575,443;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;ALTSPLICE;DELETION 19 37696729 bnd_13800_2 A [19:37678397[A 204 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_13800_1;DP=15;SPLITCNT=3;SPANCNT=12;GENE=Exoc6,Cyp26a1;GENEID=ENSMUSG00000053799,ENSMUSG00000024987;GENELOC=intron,upstream;EXPR=575,443;HOMLEN=0;SPLICESCORE=1;ALTSPLICE;DELETION X 37143984 bnd_8690_2 G ]9:7872842]G 132 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_8690_1;DP=9;SPLITCNT=4;SPANCNT=5;GENE=Birc3,Nkap;GENEID=ENSMUSG00000032000,ENSMUSG00000016409;GENELOC=utr5p,intron;EXPR=4781,556;HOMLEN=39;SPLICESCORE=1;INTERCHROM;ALTSPLICE X 53418862 bnd_5141_2 A ]18:53932206]A 201 PASS SVTYPE=BND;MATEID=bnd_5141_1;DP=26;SPLITCNT=9;SPANCNT=17;GENE=Csnk1g3,Gm14584;GENEID=ENSMUSG00000073563,ENSMUSG00000083798;GENELOC=coding,intron;EXPR=2227,0;HOMLEN=266;SPLICESCORE=2;INTERCHROM;ALTSPLICE