# HG changeset patch
# User Jim Johnson <jj@umn.edu>
# Date 1309185254 18000
# Node ID ce6e81622c6a354e6420246024a555c2d803074b
# Parent  e2e2071d2c628e28db17f78538048d98a7724867
Allow for output file ext to be either .chimera or .chimeras

diff -r e2e2071d2c62 -r ce6e81622c6a mothur/tools/mothur/chimera.bellerophon.xml
--- a/mothur/tools/mothur/chimera.bellerophon.xml	Thu Jun 09 16:24:30 2011 -0500
+++ b/mothur/tools/mothur/chimera.bellerophon.xml	Mon Jun 27 09:34:14 2011 -0500
@@ -1,9 +1,9 @@
-<tool id="mothur_chimera_bellerophon" name="Chimera.bellerophon" version="1.19.0">
+<tool id="mothur_chimera_bellerophon" name="Chimera.bellerophon" version="1.20.0">
  <description>Find putative chimeras using bellerophon</description>
  <command interpreter="python">
   mothur_wrapper.py 
   --cmd='chimera.bellerophon'
-  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.bellerophon\.chimeras$:'$out_file,'^\S+\.bellerophon\.accnos$:'$out_accnos
+  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.bellerophon\.chimeras?$:'$out_file,'^\S+\.bellerophon\.accnos$:'$out_accnos
   --outputdir='$logfile.extra_files_path'
   --fasta=$fasta
   $filter
diff -r e2e2071d2c62 -r ce6e81622c6a mothur/tools/mothur/chimera.ccode.xml
--- a/mothur/tools/mothur/chimera.ccode.xml	Thu Jun 09 16:24:30 2011 -0500
+++ b/mothur/tools/mothur/chimera.ccode.xml	Mon Jun 27 09:34:14 2011 -0500
@@ -1,9 +1,9 @@
-<tool id="mothur_chimera_ccode" name="Chimera.ccode" version="1.19.0">
+<tool id="mothur_chimera_ccode" name="Chimera.ccode" version="1.20.0">
  <description>Find putative chimeras using ccode</description>
  <command interpreter="python">
   mothur_wrapper.py 
   --cmd='chimera.ccode'
-  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.ccode\.chimeras$:'$out_file,'^\S+\.ccode\.accnos$:'$out_accnos
+  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.ccode\.chimeras?$:'$out_file,'^\S+\.ccode\.accnos$:'$out_accnos
   --outputdir='$logfile.extra_files_path'
   --fasta=$fasta
   --reference=$alignment.template
diff -r e2e2071d2c62 -r ce6e81622c6a mothur/tools/mothur/chimera.check.xml
--- a/mothur/tools/mothur/chimera.check.xml	Thu Jun 09 16:24:30 2011 -0500
+++ b/mothur/tools/mothur/chimera.check.xml	Mon Jun 27 09:34:14 2011 -0500
@@ -1,9 +1,9 @@
-<tool id="mothur_chimera_check" name="Chimera.check" version="1.19.0" force_history_refresh="True">
+<tool id="mothur_chimera_check" name="Chimera.check" version="1.20.0" force_history_refresh="True">
  <description>Find putative chimeras using chimeraCheck</description>
  <command interpreter="python">
   mothur_wrapper.py 
   --cmd='chimera.check'
-  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.chimeracheck\.chimeras$:'$out_file
+  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.chimeracheck\.chimeras?$:'$out_file
   --outputdir='$logfile.extra_files_path'
   --fasta=$fasta
   --reference=$alignment.template
diff -r e2e2071d2c62 -r ce6e81622c6a mothur/tools/mothur/chimera.pintail.xml
--- a/mothur/tools/mothur/chimera.pintail.xml	Thu Jun 09 16:24:30 2011 -0500
+++ b/mothur/tools/mothur/chimera.pintail.xml	Mon Jun 27 09:34:14 2011 -0500
@@ -1,9 +1,9 @@
-<tool id="mothur_chimera_pintail" name="Chimera.pintail" version="1.19.0">
+<tool id="mothur_chimera_pintail" name="Chimera.pintail" version="1.20.0">
  <description>Find putative chimeras using pintail</description>
  <command interpreter="python">
   mothur_wrapper.py 
   --cmd='chimera.pintail'
-  ## --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.pintail\.chimeras$:'$out_file,'^\S+\.pintail\.accnos$:'$out_accnos,'^\S+\.freq$:'$out_freq,'^\S+\.quan$:'$out_quantile
+  ## --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.pintail\.chimeras?$:'$out_file,'^\S+\.pintail\.accnos$:'$out_accnos,'^\S+\.freq$:'$out_freq,'^\S+\.quan$:'$out_quantile
   #set results = ["'^mothur.\S+\.logfile$:'" + $logfile.__str__]
   #set results = $results + ["'^\S+\.pintail\.chimeras$:'" + $out_file.__str__]
   #set results = $results + ["'^\S+\.pintail\.accnos$:'" + $out_accnos.__str__]
diff -r e2e2071d2c62 -r ce6e81622c6a mothur/tools/mothur/chimera.slayer.xml
--- a/mothur/tools/mothur/chimera.slayer.xml	Thu Jun 09 16:24:30 2011 -0500
+++ b/mothur/tools/mothur/chimera.slayer.xml	Mon Jun 27 09:34:14 2011 -0500
@@ -1,9 +1,9 @@
-<tool id="mothur_chimera_slayer" name="Chimera.slayer" version="1.19.0">
+<tool id="mothur_chimera_slayer" name="Chimera.slayer" version="1.20.0">
  <description>Find putative chimeras using slayer</description>
  <command interpreter="python">
   mothur_wrapper.py 
   --cmd='chimera.slayer'
-  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.slayer\.chimeras$:'$out_file,'^\S+\.slayer\.accnos$:'$out_accnos
+  --result='^mothur.\S+\.logfile$:'$logfile,'^\S+\.slayer\.chimeras?$:'$out_file,'^\S+\.slayer\.accnos$:'$out_accnos
   --outputdir='$logfile.extra_files_path'
   --tmpdir='${logfile.extra_files_path}/input'
   --fasta=$fasta