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comparison test-data/mpileup_out.vcf @ 5:b321e0517be3 draft

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author ben-warren
date Thu, 22 May 2014 20:30:19 -0400
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34 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
35 ##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
36 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Root-mean-square mapping quality of covering reads">
37 ##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability of all samples being the same">
38 ##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele frequency (assuming HWE)">
39 ##INFO=<ID=AC1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele count (no HWE assumption)">
40 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
41 ##INFO=<ID=IS,Number=2,Type=Float,Description="Maximum number of reads supporting an indel and fraction of indel reads">
42 ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes for each ALT allele, in the same order as listed">
43 ##INFO=<ID=G3,Number=3,Type=Float,Description="ML estimate of genotype frequencies">
44 ##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Chi^2 based HWE test P-value based on G3">
45 ##INFO=<ID=CLR,Number=1,Type=Integer,Description="Log ratio of genotype likelihoods with and without the constraint">
46 ##INFO=<ID=UGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable unconstrained genotype configuration in the trio">
47 ##INFO=<ID=CGT,Number=1,Type=String,Description="The most probable constrained genotype configuration in the trio">
48 ##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
49 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
50 ##INFO=<ID=PC2,Number=2,Type=Integer,Description="Phred probability of the nonRef allele frequency in group1 samples being larger (,smaller) than in group2.">
51 ##INFO=<ID=PCHI2,Number=1,Type=Float,Description="Posterior weighted chi^2 P-value for testing the association between group1 and group2 samples.">
52 ##INFO=<ID=QCHI2,Number=1,Type=Integer,Description="Phred scaled PCHI2.">
53 ##INFO=<ID=PR,Number=1,Type=Integer,Description="# permutations yielding a smaller PCHI2.">
54 ##INFO=<ID=QBD,Number=1,Type=Float,Description="Quality by Depth: QUAL/#reads">
55 ##INFO=<ID=RPB,Number=1,Type=Float,Description="Read Position Bias">
56 ##INFO=<ID=MDV,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum number of high-quality nonRef reads in samples">
57 ##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias (v2) for filtering splice-site artefacts in RNA-seq data. Note: this version may be broken.">
58 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
59 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
60 ##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)">
61 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases">
62 ##FORMAT=<ID=DV,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality non-reference bases">
63 ##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value">
64 ##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
65 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT /tmp/tmp-SAMTOOLS-zkHTpr/bam_input_0.bam
66 Chr1 14086 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
67 Chr1 14087 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
68 Chr1 14088 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
69 Chr1 14089 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
70 Chr1 14090 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
71 Chr1 14091 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
72 Chr1 14092 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
73 Chr1 14093 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
74 Chr1 14094 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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76 Chr1 14096 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
77 Chr1 14097 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
78 Chr1 14098 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
79 Chr1 14099 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
80 Chr1 14100 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
81 Chr1 14101 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
82 Chr1 14102 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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102 Chr1 14122 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
103 Chr1 14123 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
104 Chr1 14124 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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106 Chr1 14126 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
107 Chr1 14127 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
108 Chr1 14128 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
109 Chr1 14129 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
110 Chr1 14130 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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113 Chr1 14133 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
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121 Chr1 14141 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
122 Chr1 14142 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
123 Chr1 14143 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
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146 Chr1 14166 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
147 Chr1 14167 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
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159 Chr1 14179 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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161 Chr1 14181 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
162 Chr1 14182 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
163 Chr1 14183 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
164 Chr1 14184 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
165 Chr1 14185 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
166 Chr1 14230 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
167 Chr1 14231 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
168 Chr1 14232 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
169 Chr1 14233 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
170 Chr1 14234 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
171 Chr1 14235 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
172 Chr1 14236 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
173 Chr1 14237 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
174 Chr1 14238 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
175 Chr1 14239 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
176 Chr1 14240 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
177 Chr1 14241 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
178 Chr1 14242 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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180 Chr1 14244 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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182 Chr1 14246 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
183 Chr1 14247 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
184 Chr1 14248 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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186 Chr1 14250 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
187 Chr1 14251 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
188 Chr1 14252 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
189 Chr1 14253 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
190 Chr1 14254 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
191 Chr1 14255 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
192 Chr1 14256 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
193 Chr1 14257 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
194 Chr1 14258 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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199 Chr1 14263 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
200 Chr1 14264 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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207 Chr1 14271 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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210 Chr1 14274 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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217 Chr1 14281 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
218 Chr1 14282 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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241 Chr1 14305 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
242 Chr1 14306 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
243 Chr1 14307 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
244 Chr1 14308 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
245 Chr1 14309 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
246 Chr1 14310 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
247 Chr1 14311 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
248 Chr1 14312 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
249 Chr1 14313 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
250 Chr1 14314 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
251 Chr1 14315 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
252 Chr1 14316 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
253 Chr1 14317 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
254 Chr1 14318 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
255 Chr1 14319 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
256 Chr1 14320 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
257 Chr1 14320 . TC . 33.5 . INDEL;IS=1,1.000000;DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-39 PL 4
258 Chr1 14321 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
259 Chr1 14322 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
260 Chr1 14323 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
261 Chr1 14324 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
262 Chr1 14325 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
263 Chr1 14326 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
264 Chr1 14327 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
265 Chr1 14328 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
266 Chr1 120479 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
267 Chr1 120480 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
268 Chr1 120481 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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277 Chr1 120490 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
278 Chr1 120491 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
279 Chr1 120492 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
280 Chr1 120493 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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292 Chr1 120505 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
293 Chr1 120506 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
294 Chr1 120507 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
295 Chr1 120508 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
296 Chr1 120509 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
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429 Chr1 120657 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
430 Chr1 120658 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
431 Chr1 120659 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
432 Chr1 120660 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
433 Chr1 120661 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
434 Chr1 120662 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
435 Chr1 120663 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
436 Chr1 120664 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
437 Chr1 120665 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
438 Chr1 120666 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
439 Chr1 120667 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
440 Chr1 120668 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
441 Chr1 120669 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
442 Chr1 120670 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
443 Chr1 120671 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
444 Chr1 120672 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
445 Chr1 120673 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
446 Chr1 120674 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
447 Chr1 120675 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
448 Chr1 120676 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
449 Chr1 120677 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
450 Chr1 120678 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
451 Chr1 120679 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
452 Chr1 120680 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
453 Chr1 120681 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
454 Chr1 120682 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
455 Chr1 120683 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
456 Chr1 120684 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
457 Chr1 120685 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
458 Chr1 120686 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
459 Chr1 120687 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
460 Chr1 120688 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
461 Chr1 120689 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
462 Chr1 120690 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
463 Chr1 120691 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
464 Chr1 120692 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4
465 Chr1 120693 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0
466 Chr1 1072445 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
467 Chr1 1072446 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
468 Chr1 1072447 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
469 Chr1 1072448 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
470 Chr1 1072449 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
471 Chr1 1072450 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
472 Chr1 1072451 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
473 Chr1 1072452 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
474 Chr1 1072453 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
475 Chr1 1072454 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
476 Chr1 1072455 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
477 Chr1 1072456 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
478 Chr1 1072457 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
479 Chr1 1072458 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
480 Chr1 1072459 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4
481 Chr1 1072460 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
482 Chr1 1072461 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
483 Chr1 1072461 . A . 33.5 . INDEL;IS=1,1.000000;DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-39 PL 4
484 Chr1 1072462 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
485 Chr1 1072463 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
486 Chr1 1072464 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
487 Chr1 1072465 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
488 Chr1 1072466 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0
489 Chr1 1072467 . A . 32 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31 PL 0
490 Chr1 1072468 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
491 Chr1 1072469 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
492 Chr1 1072470 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
493 Chr1 1072471 . T . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
494 Chr1 1072472 . C . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
495 Chr1 1072473 . C . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
496 Chr1 1072474 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
497 Chr1 1072475 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0
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