diff test-data/freebayes_out.vcf @ 5:b321e0517be3 draft

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author ben-warren
date Thu, 22 May 2014 20:30:19 -0400
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+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
+##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
+##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
+##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
+##INFO=<ID=XRM,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read mismatch rate: The rate of SNPs + MNPs + INDELs in reads supporting the reference allele.">
+##INFO=<ID=XRS,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read SNP rate: The rate of per-base mismatches (SNPs + MNPs) in reads supporting the reference allele.">
+##INFO=<ID=XRI,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read INDEL rate: The rate of INDELs (gaps) in reads supporting the reference allele.">
+##INFO=<ID=XAM,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read mismatch rate: The rate of SNPs + MNPs + INDELs in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant.">
+##INFO=<ID=XAS,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read SNP rate: The rate of per-base mismatches (SNPs + MNPs) in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant.">
+##INFO=<ID=XAI,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read INDEL rate: The rate of INDELs (gaps) in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant.">
+##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
+##INFO=<ID=BVAR,Number=0,Type=Flag,Description="The best genotype combination in the posterior is variant (non homozygous).">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
+##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
+##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
+##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled discrete HWE prior probability of the genotyping across all samples.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
+##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
+##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=GLE,Number=1,Type=String,Description="Genotype Likelihood Explicit, same as GL, but with tags to indicate the specific genotype.  For instance, 0^-75.22|1^-223.42|0/0^-323.03|1/0^-99.29|1/1^-802.53 represents both haploid and diploid genotype likilehoods in a biallelic context">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
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+Chr1	106	.	C	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	200	.	C	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	217	.	G	T	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	249	.	T	A	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	586	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	3464	.	T	A	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	14159	.	G	A	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
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+Chr1	14312	.	CG	TA	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0.0222222;XAM=0.122222;XAS=0.1;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	14320	.	TCTTT	TCCCTA	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1M1I1M1X1M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0.0111111;XAM=0.133333;XAS=0.122222;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	14327	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	15625	.	A	C	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0.0103093;XRM=0.0206186;XRS=0.0103093;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
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+Chr1	17738	.	G	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	21080	.	C	A	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=21;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
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+Chr1	25355	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	25580	.	A	T	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=20;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.015625;XRS=0.0104167	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	25584	.	C	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=12.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	25626	.	GCAC	TCAG	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=33.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0208333;XAS=0.0208333;XRI=0.00526316;XRM=0.0205263;XRS=0.0152632	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	25644	.	A	C	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=34.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0.00526316;XRM=0.0155263;XRS=0.0102632	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	25687	.	A	T	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0105263;XAS=0;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	25696	.	ACTCA	GCTCT,GCTCA	20.1741	.	AB=0.5,0.5;ABP=3.0103,3.0103;AC=1,1;AF=0.5,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1X4M;DP=2;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=42,27;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=0.00237165;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=0;RUN=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SRP=0;TYPE=complex,snp;XAI=0,0;XAM=0.0105263,0.01;XAS=0.0105263,0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/2:1.71537:2:0:0:1,1:17,17:-3.23,-2.00103,-1.7,-2.00103,-0.30103,-1.7
+Chr1	25944	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	25972	.	G	C	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	25981	.	G	T	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=21;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	25983	.	AA	TT	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=mnp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	26001	.	G	C	1.76687	.	AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.690776;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=3;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.73412;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76309:4:3:51:1:17:-1.7,-0.60206,-4.76
+Chr1	26364	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	26420	.	G	C	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	27175	.	T	A	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	27431	.	C	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	27472	.	T	A	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	27556	.	A	AT	46.0861	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1M1I;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=ins;XAI=0;XAM=0.0102041;XAS=0.0102041;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:17.0704:1:0:0:1:46:-4.6,-0.30103,0
+Chr1	27610	.	T	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0102041;XAM=0.0102041;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	27909	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	28614	.	G	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	28993	.	TGGG	GGGC	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0208333;XAS=0.0208333;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	29022	.	T	A	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.015625;XRS=0.0104167	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	29026	.	T	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	29032	.	T	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	29080	.	T	A	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	29218	.	C	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	29463	.	T	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	49124	.	AAAC	TAAA	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0416667;XAS=0.0416667;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	49134	.	C	A	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0416667;XAS=0.03125;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
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+Chr1	49583	.	G	C	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0315789;XAS=0.0210526;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	50574	.	G	C	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
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+Chr1	62290	.	T	A	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	62446	.	C	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.0152083;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
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+Chr1	62462	.	C	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.0152083;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	62478	.	C	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=21;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.0152083;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
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+Chr1	62598	.	A	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	62658	.	T	G	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=21;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	62665	.	G	C	2.50735	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=21;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23
+Chr1	62686	.	A	T	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	62697	.	C	A	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7
+Chr1	62758	.	G	T	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	62769	.	A	C	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	62841	.	T	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
+Chr1	62852	.	C	G	17.1701	.	AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0
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+Chr1	63120	.	C	A	4.77465	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR	GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7