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diff test-data/freebayes_out.vcf @ 5:b321e0517be3 draft
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| author | ben-warren |
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| date | Thu, 22 May 2014 20:30:19 -0400 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/freebayes_out.vcf Thu May 22 20:30:19 2014 -0400 @@ -0,0 +1,500 @@ +##fileformat=VCFv4.1 +##fileDate=20140410 +##source=freeBayes version 0.9.6 +##reference=localref.fa +##phasing=none +##commandline="freebayes --bam localbam_0.bam --fasta-reference localref.fa --vcf /data/galaxy/galaxy-dist/database/files/000/dataset_31.dat" +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus"> +##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes"> +##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]"> +##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations"> +##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations"> +##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous"> +##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome"> +##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without."> +##INFO=<ID=XRM,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read mismatch rate: The rate of SNPs + MNPs + INDELs in reads supporting the reference allele."> +##INFO=<ID=XRS,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read SNP rate: The rate of per-base mismatches (SNPs + MNPs) in reads supporting the reference allele."> +##INFO=<ID=XRI,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele read INDEL rate: The rate of INDELs (gaps) in reads supporting the reference allele."> +##INFO=<ID=XAM,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read mismatch rate: The rate of SNPs + MNPs + INDELs in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant."> +##INFO=<ID=XAS,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read SNP rate: The rate of per-base mismatches (SNPs + MNPs) in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant."> +##INFO=<ID=XAI,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele read INDEL rate: The rate of INDELs (gaps) in reads supporting the alternate allele, excluding the called variant."> +##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best."> +##INFO=<ID=BVAR,Number=0,Type=Flag,Description="The best genotype combination in the posterior is variant (non homozygous)."> +##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)"> +##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex."> +##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR."> +##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position."> +##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles."> +##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled discrete HWE prior probability of the genotyping across all samples."> +##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length"> +##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles"> +##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles"> +##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy"> +##FORMAT=<ID=GLE,Number=1,Type=String,Description="Genotype Likelihood Explicit, same as GL, but with tags to indicate the specific genotype. For instance, 0^-75.22|1^-223.42|0/0^-323.03|1/0^-99.29|1/1^-802.53 represents both haploid and diploid genotype likilehoods in a biallelic context"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations"> +##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations"> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT unknown +Chr1 106 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 200 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 217 . G T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 249 . T A 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0309278;XAS=0.0206186;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1067 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0309278;XAS=0.0206186;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1257 . C G 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1330 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1441 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0421053;XAS=0.0315789;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1451 . C A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0421053;XAS=0.0315789;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1460 . CTCTG ATCTC 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0421053;XAS=0.0315789;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 1670 . G T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 1673 . T G 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 2485 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0103093;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 2490 . AAA CAC 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0103093;XAS=0.0103093;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 2906 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 2925 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 3371 . CCCTT GCCTA 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0105263;XAS=0.0105263;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 3389 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0105263;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 3431 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 3464 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 3746 . C CT 46.0861 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1M1I;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=ins;XAI=0;XAM=0.0204082;XAS=0.0204082;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17.0704:1:0:0:1:46:-4.6,-0.30103,0 +Chr1 3766 . C A 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0102041;XAM=0.0204082;XAS=0.0102041;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 3790 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0102041;XAM=0.0204082;XAS=0.0102041;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 3855 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 5718 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 5754 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 5782 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 5792 . G T 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.04;XAS=0.04;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 7476 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.04;XAS=0.04;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 7843 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 7906 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 8214 . G T 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 9488 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 9514 . GTTT CTTG 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 10099 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 10499 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 11126 . C G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 11134 . A C 4.77465 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 11169 . A C 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=6;MQMR=40;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 11208 . C G 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13312 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13336 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13352 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13652 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13666 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 13728 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14087 . ATGAAA GTGAGC 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M2X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=complex;XAI=0.0365854;XAM=0.097561;XAS=0.0609756;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14103 . AGT GGC 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=complex;XAI=0.0365854;XAM=0.097561;XAS=0.0609756;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14119 . A T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14126 . A G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14131 . GGAGTG TGGGTT 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=complex;XAI=0.0365854;XAM=0.097561;XAS=0.0609756;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 14141 . TCA CCC 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=complex;XAI=0.0365854;XAM=0.097561;XAS=0.0609756;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 14159 . G A 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 14165 . T G 7.01833 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=18;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0.0487805;XRM=0.109756;XRS=0.0609756;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:0.628068:3:1:17:1:17:-3.23,-2.00103,-3.23 +Chr1 14167 . A T 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 14182 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0487805;XAM=0.097561;XAS=0.0487805;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 14201 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14210 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14230 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14240 . C T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14247 . G A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14256 . A G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14262 . TT CC 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0.0222222;XAM=0.122222;XAS=0.1;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14292 . TCTG CCTA 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0.0111111;XAM=0.133333;XAS=0.122222;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14306 . AC TT 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0.0222222;XAM=0.122222;XAS=0.1;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14312 . CG TA 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0.0222222;XAM=0.122222;XAS=0.1;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14320 . TCTTT TCCCTA 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1M1I1M1X1M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0.0111111;XAM=0.133333;XAS=0.122222;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14327 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=1;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.133333;XAS=0.111111;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14595 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14624 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14629 . C A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 14724 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15170 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15183 . T A 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.0103093;XRM=0.0206186;XRS=0.0103093;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 15199 . CAA AAT 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0103093;XAS=0.0103093;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15209 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0103093;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15599 . TGG GGC 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0103093;XAS=0.0103093;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15624 . A T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=40;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0103093;XAS=0;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 15625 . A C 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0.0103093;XRM=0.0206186;XRS=0.0103093;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 15670 . C G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0.0103093;XRM=0.0206186;XRS=0.0103093;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 15685 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15696 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 15981 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0315789;XAS=0.0210526;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 16021 . A T 17.1701 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0315789;XAS=0.0210526;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 16085 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 16287 . T G 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18099 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18205 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18275 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18285 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18320 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 18370 . C A 17.1701 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 20604 . T A 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 20625 . G T 2.50735 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 20720 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 20891 . G C 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 21042 . C A 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=21;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 21055 . G A 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 21615 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 21821 . G C 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=21;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0103093;XAM=0.0103093;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 22337 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 22345 . T G 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0104167;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 22520 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 22539 . G T 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23346 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23360 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23390 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23432 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23687 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23716 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23745 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23812 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23829 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23959 . TC AG 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0.0104167;XAM=0.0104167;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 23989 . ATCT CTCA 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0208333;XAS=0.0208333;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24095 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24350 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24377 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24395 . A T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0.0104167;XRM=0.03125;XRS=0.0208333;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 24413 . T G 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24477 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 24846 . A T 17.1701 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0105263;XAS=0;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 25696 . ACTCA GCTCT,GCTCA 20.1741 . AB=0.5,0.5;ABP=3.0103,3.0103;AC=1,1;AF=0.5,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1X4M;DP=2;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=42,27;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=0.00237165;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=0;RUN=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SRP=0;TYPE=complex,snp;XAI=0,0;XAM=0.0105263,0.01;XAS=0.0105263,0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/2:1.71537:2:0:0:1,1:17,17:-3.23,-2.00103,-1.7,-2.00103,-0.30103,-1.7 +Chr1 25944 . A T 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1M1I;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=ins;XAI=0;XAM=0.0102041;XAS=0.0102041;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17.0704:1:0:0:1:46:-4.6,-0.30103,0 +Chr1 27610 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0102041;XAM=0.0102041;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 27909 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 28614 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 28993 . TGGG GGGC 4.77465 . 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AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 29032 . T G 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0208333;XAS=0.0104167;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 29080 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 29218 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 29342 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 29463 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 29516 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.03;XRS=0.03;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 29528 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 29575 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 29580 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 30681 . T A 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 36591 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 37260 . AT CA 17.1701 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 37284 . G T 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.03;XRS=0.03;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 37295 . A C 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.04;XRS=0.04;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 37321 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 37610 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 37673 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 38268 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 38656 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 39013 . C G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 39023 . T A 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 39460 . T G 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 39480 . GA TC 4.77465 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=mnp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0.03;XRS=0.03;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 39501 . T G 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 42628 . G T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0222222;XAM=0.0222222;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 42637 . ATTCC CTTCG 17.1701 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=mnp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 43164 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.04;XAS=0.04;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 43173 . T G 17.1701 . 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AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=3;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0.025;XRS=0.025 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 48907 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 48936 . T G 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.02;XAS=0.02;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 49044 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 49059 . A C 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=18;MQMR=20;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.0310417;XRS=0.0258333 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49086 . T G 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0416667;XAS=0.03125;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49088 . C G 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=18;MQMR=20;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0.00520833;XRM=0.0310417;XRS=0.0258333 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49091 . T G 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0416667;XAS=0.03125;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49099 . T G 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=snp;XAI=0.0104167;XAM=0.0416667;XAS=0.03125;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49124 . AAAC TAAA 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=9;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.0103;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0416667;XAS=0.0416667;XRI=0;XRM=0.015;XRS=0.015 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 49134 . C A 2.50735 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0.0315789;XAS=0.0315789;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 49553 . A T 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0315789;XAS=0.0210526;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 49583 . G C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0.0105263;XAM=0.0315789;XAS=0.0210526;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 50222 . ACAAAGA CCCACTC 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X1M3X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=complex;XAI=0;XAM=0;XAS=0;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 50557 . T G 4.77465 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=42;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7 +Chr1 56383 . G T 2.50735 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=41;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.28531;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=2;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=7.35324;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2.38104:3:2:34:1:17:-1.7,-0.425969,-3.23 +Chr1 56399 . A C 4.77465 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 56743 . A C 17.1701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=1;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.91202;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=0;RPP=5.18177;RPPR=0;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=0;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0;XRS=0;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14.1547:1:0:0:1:17:-1.7,-0.30103,0 +Chr1 56750 . G C 1.76687 . 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AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.690776;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=3;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.73412;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.0266667;XRS=0.0266667 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76309:4:3:51:1:17:-1.7,-0.60206,-4.76 +Chr1 56792 . A T 1.76687 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.690776;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=3;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.73412;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76309:4:3:51:1:17:-1.7,-0.60206,-4.76 +Chr1 56800 . A T 1.76687 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.690776;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=3;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=3.73412;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76309:4:3:51:1:17:-1.7,-0.60206,-4.76 +Chr1 56803 . C G 1.76687 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.690776;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=3;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=9.52472;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.03;XAS=0.03;XRI=0;XRM=0.02;XRS=0.02 GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76309:4:3:51:1:17:-1.7,-0.60206,-4.76 +Chr1 56822 . A T 2.50735 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;HWE=-0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=18;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.00237165;PAIRED=0;PAIREDR=0;RO=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RUN=1;SAP=5.18177;SRP=5.18177;TYPE=snp;XAI=0;XAM=0.01;XAS=0.01;XRI=0;XRM=0.01;XRS=0.01;BVAR GT:GQ:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1.76435:2:1:17:1:17:-1.7,-0.30103,-1.7