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view test-data/mpileup_out.vcf @ 6:f201e8c6e004 draft default tip
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| author | ben-warren |
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| date | Mon, 07 Jul 2014 19:28:17 -0400 |
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Note: this version may be broken."> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description="Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases"> ##FORMAT=<ID=DV,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality non-reference bases"> ##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value"> ##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT /tmp/tmp-SAMTOOLS-zkHTpr/bam_input_0.bam Chr1 14086 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14087 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14088 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14089 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14090 . 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A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14230 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14231 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14232 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14233 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14234 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14235 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14236 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14237 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14238 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14239 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14240 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14241 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14242 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14243 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14244 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14245 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14246 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14247 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14248 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14249 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14250 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14251 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14252 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14253 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14254 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14255 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14256 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14257 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14258 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14259 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14260 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14261 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14262 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14263 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14264 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14265 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14266 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14267 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14268 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14269 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14270 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14271 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14272 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14273 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14274 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14275 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14276 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14277 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14278 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14279 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14280 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14281 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14282 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14283 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14284 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14285 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14286 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14287 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14288 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14289 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14290 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14291 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14292 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14293 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14294 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14295 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14296 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14297 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14298 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14299 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14300 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14301 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14302 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14303 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14304 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14305 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14306 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14307 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14308 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14309 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14310 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14311 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14312 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14313 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14314 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14315 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14316 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14317 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14318 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14319 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14320 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14320 . TC . 33.5 . INDEL;IS=1,1.000000;DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-39 PL 4 Chr1 14321 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14322 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14323 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14324 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14325 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14326 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 14327 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 14328 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120479 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120480 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120481 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120482 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120483 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120484 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120485 . G . 31.5 . 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DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120499 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120500 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120501 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120502 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120503 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120504 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120505 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120506 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120507 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120508 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120509 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120510 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120511 . A . 31.5 . 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DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120577 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120578 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120594 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120595 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120596 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120597 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120598 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120599 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120600 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120601 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120602 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120603 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120604 . T . 31.5 . 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DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120631 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120632 . C . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120633 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120634 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120635 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120636 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120637 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120638 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120639 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120640 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120641 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120642 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120643 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120644 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120645 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120646 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120647 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120648 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120649 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120650 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120651 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120652 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120653 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120654 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120655 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120656 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120657 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120658 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120659 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120660 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120661 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120662 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120663 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120664 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120665 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120666 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120667 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120668 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120669 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120670 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120671 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120672 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120673 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120674 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120675 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120676 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120677 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120678 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120679 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120680 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120681 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120682 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120683 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120684 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120685 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120686 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120687 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120688 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120689 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120690 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120691 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 120692 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=0;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 120693 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=0,1,0,0;MQ=0;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072445 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072446 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072447 . C . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072448 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072449 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072450 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072451 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072452 . T . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072453 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072454 . A . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072455 . G . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072456 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072457 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072458 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072459 . T . 26 . DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 4 Chr1 1072460 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072461 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072461 . A . 33.5 . INDEL;IS=1,1.000000;DP=1;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=8;FQ=-39 PL 4 Chr1 1072462 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072463 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072464 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072465 . A . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072466 . G . 31.5 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31.4 PL 0 Chr1 1072467 . A . 32 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-31 PL 0 Chr1 1072468 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072469 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072470 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072471 . T . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072472 . C . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072473 . C . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072474 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072475 . G . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072476 . T . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072477 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0 Chr1 1072478 . A . 32.4 . DP=1;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=8;FQ=-30.6 PL 0