Mercurial > repos > jpruab > jpr_picard

comparison test-data/bfast_out1.sam @ 4:f4d018471628 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author jpruab
date Tue, 13 Aug 2013 12:09:14 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
3:08b477977410 4:f4d018471628
1 @HD VN:0.1.2 SO:unsorted GO:none
2 @SQ SN:phiX174 LN:5386
3 @PG ID:bfast VN:0.6.4d
4 random_phiX_region_0 0 phiX174 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
5 random_phiX_region_1 0 phiX174 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
6 random_phiX_region_2 0 phiX174 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
7 random_phiX_region_3 0 phiX174 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
8 random_phiX_region_4 0 phiX174 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
9 random_phiX_region_5 0 phiX174 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
10 random_phiX_region_6 0 phiX174 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
11 random_phiX_region_7 0 phiX174 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
12 random_phiX_region_8 0 phiX174 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
13 random_phiX_region_9 0 phiX174 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
14 random_phiX_region_10 0 phiX174 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
15 random_phiX_region_11 0 phiX174 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
16 random_phiX_region_12 0 phiX174 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
17 random_phiX_region_13 0 phiX174 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
18 random_phiX_region_14 0 phiX174 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2300 NM:i:1 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:11T38 XA:i:0
19 random_phiX_region_15 0 phiX174 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
20 random_phiX_region_16 0 phiX174 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
21 random_phiX_region_17 0 phiX174 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
22 random_phiX_region_18 0 phiX174 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0
23 random_phiX_region_19 0 phiX174 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0