# HG changeset patch # User lehmanju # Date 1602829414 0 # Node ID 3a150fca6d600a844ca2c2371995ecf989fbe536 # Parent cc0366f0bdf7d534b67d6ce1e9f9a1193a38c048 Uploaded diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 macros.xml --- a/macros.xml Fri Oct 16 06:20:35 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,15 +0,0 @@ - - - - rnaquast - - - - 2.1.0 - 3.7 - - - 10.1093/bioinformatics/btw218 - - - diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 rna_quast.xml --- a/rna_quast.xml Fri Oct 16 06:20:35 2020 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,325 +0,0 @@ - - A Quality Assessment Tool for De Novo Transcriptome Assemblies - - 2.1.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rnaquast - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - "pdf" in out_sr - - - "txt" in out_sr - - - "tex" in out_sr - - - "tsv" in out_sr - - - - "logs" in out_add - - - - - isinstance(in_fasta, list) and "plots" in out_add - - - - isinstance(in_fasta, list) and "comparison" in out_add - - - - "details" in out_add - - - - "details_plots" in out_add - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 10.1093/bioinformatics/btw218 - - diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 rnaquast/.shed.yml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/.shed.yml Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +categories: [Assembly,RNA] +description: rnaQuast (RNA Quality Assessment Tool) evaluates genome assemblies. +remote_repository_url: https://git.ufz.de/lehmanju/rnaquast +homepage_url: https://github.com/ablab/rnaquast +name: rnaquast +owner: lehmanju +long_description: rnaQUAST is a tool for evaluating RNA-Seq assemblies using reference genome and gene database. 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In each row the best values are indicated with \textbf{bold}. For the transcript metrics (rows 2, 3) we highlighted the best \textbf{relative} values i.e. divided by the total number of transcripts in the corresponding assembly.}\begin{adjustbox}{width=1\textwidth}\small\begin{tabular}{|l*{2}{|r}|}\hline\textbf{METRICS/TRANSCRIPTS} & \textbf{spades.311} \\ \hline\hline +\multicolumn{2}{l}{\bf BASIC TRANSCRIPTS METRICS} \\ \hline +Transcripts & 3339 \\ +Transcripts $>$ 500 bp & \textbf{467} \\ +Transcripts $>$ 1000 bp & \textbf{36} \\ \hline +\end{tabular}\end{adjustbox}\end{table} +\FloatBarrier\clearpage\lfoot{generated by rnaQUAST} +\begin{figure}[t]\centering\includegraphics[width = \linewidth]{/tmp/tmp1jbzr0_g/job_working_directory/000/7/working/outputdir/spades.311_output/transcript_length.png}\caption{Plot showing cumulative transcript length distribution. Each point represents the number of transcripts in the assembly with the corresponding length or longer; black dashed line corresponds to the database isoforms; the plot is given in logarithmic scale.}\end{figure}\FloatBarrier\clearpage +\end{document} \ No newline at end of file diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 rnaquast/test-data/short_report.tsv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/short_report.tsv Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,4 @@ +METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 +Transcripts 3339 +Transcripts > 500 bp 467 +Transcripts > 1000 bp 36 diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 rnaquast/test-data/short_report.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/short_report.txt Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ +SHORT SUMMARY REPORT + +METRICS/TRANSCRIPTS spades.311 + + == BASIC TRANSCRIPTS METRICS == +Transcripts 3339 +Transcripts > 500 bp 467 +Transcripts > 1000 bp 36 diff -r cc0366f0bdf7 -r 3a150fca6d60 rnaquast/test-data/spades.311.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/rnaquast/test-data/spades.311.fasta Fri Oct 16 06:23:34 2020 +0000 @@ -0,0 +1,25057 @@ +>NODE_1_length_9201_cov_23186_ID_1 +TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTAGTTTC +TTGGCTTCCTATGCTAAATCCCATAACTAACCTACCATTCGATTCAGAAAAATTCGCACT +ATCCAGCTGCACTCTTCTTCTGAAGAGTTAAGCACTCCATTATGCTCATTGGGTTGCTAC +TACTTGATATGTACAAACAATATTCTCCTCCGATATTCCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAC +ACTCCGGTTTTGTTCTCTTCCCTCCATTTCCCTCTCTTCTACGGTTAATACTTTCCTCTT +CGTCTTTTTCTACACCCTCGTTTAGTTGCTTCTTATTCCTTCCCGCTTTCCTGCACTAAC +ATTTTGCCGCATTACACTATATGATCGTAGTACATCTTACAACTCCGCATACCGCGTCGC +CGCGTCGCCGCGTCGCCAAAAATTTACTTCGCCAACCATTCCATATCTGTTAAGTATACA +TGTATATATTGCACTGGCTATTCATCTTGCACTTTTCCTCTTTCTTCTTCCCAGTAGCCT +CATCCTTTTACGCTGCCTCTCTGGAACTTGCCATCATCATTCCCTAGAAACTGCCATTTA +CTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTCCCCACTGTTCACTGTTCACTGTTCACTTGTCTC +TTACATCTTTCTTGGTAAAATCGTAGTTCGTAGTATTTTTTTTCATATCAAAGGCATGTC 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