Mercurial > repos > mheinzl > variant_analyzer2

comparison read2mut.py @ 83:8cec772c0bf1 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/Single-Molecule-Genetics/VariantAnalyzerGalaxy/tree/master/tools/variant_analyzer commit ee4a8e6cf290e6c8a4d55f9cd2839d60ab3b11c8-dirty
author mheinzl
date Fri, 05 Aug 2022 08:23:34 +0000
parents c2e8932b4d8d
children e46d5e377760
comparison
equal deleted inserted replaced
82:c2e8932b4d8d 83:8cec772c0bf1
1523 ("Tier 5.3", "variant is close to softclipping in one of the SSCS of both mates"), 1523 ("Tier 5.3", "variant is close to softclipping in one of the SSCS of both mates"),
1524 ("Tier 5.4", "variant is close to softclipping in one mate and both SSCS (no information of second mate)"), 1524 ("Tier 5.4", "variant is close to softclipping in one mate and both SSCS (no information of second mate)"),
1525 ("Tier 5.5", "variant is close to softclipping in one of the SSCS (no information of the second mate)"), 1525 ("Tier 5.5", "variant is close to softclipping in one of the SSCS (no information of the second mate)"),
1526 ("Tier 6", "mates with contradictory information"), 1526 ("Tier 6", "mates with contradictory information"),
1527 ("Tier 7", "remaining variants")] 1527 ("Tier 7", "remaining variants")]
1528 examples_tiers = [[("chr5-11068-C-G", "1.1", "AAAAAGATGCCGACTACCTT", "ab1.ba2", "254", "228", "287", "288", "289", 1528 examples_tiers = [[("chr5-11068-C-G", "1.1", "alt", "AAAAAGATGCCGACTACCTT", "ab1.ba2", "254", "228", "287", "288", "289",
1529 "3", "6", "3", "6", "0", "0", "3", "6", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", 1529 "3", "6", "3", "6", "0", "0", "3", "6", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
1530 "4081", "4098", "5", "10", "", ""), 1530 "4081", "4098", "5", "10", "", ""),
1531 ("", "", "AAAAAGATGCCGACTACCTT", "ab2.ba1", None, None, None, None, 1531 ("", "", "", "AAAAAGATGCCGACTACCTT", "ab2.ba1", None, None, None, None,
1532 "289", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, 1532 "289", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None,
1533 "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")], 1533 "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")],
1534 [("chr5-11068-C-G", "1.1", "AAAAATGCGTAGAAATATGC", "ab1.ba2", "254", "228", "287", "288", "289", 1534 [("chr5-11068-C-G", "1.1", "alt", "AAAAATGCGTAGAAATATGC", "ab1.ba2", "254", "228", "287", "288", "289",
1535 "33", "43", "33", "43", "0", "0", "33", "43", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", 1535 "33", "43", "33", "43", "0", "0", "33", "43", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
1536 "0", "4081", "4098", "5", "10", "", ""), 1536 "0", "4081", "4098", "5", "10", "", ""),
1537 ("", "", "AAAAATGCGTAGAAATATGC", "ab2.ba1", "268", "268", "270", "288", "289", 1537 ("", "", "", "AAAAATGCGTAGAAATATGC", "ab2.ba1", "268", "268", "270", "288", "289",
1538 "11", "34", "10", "27", "0", "0", "10", "27", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", 1538 "11", "34", "10", "27", "0", "0", "10", "27", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1",
1539 "7", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")], 1539 "7", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")],
1540 [("chr5-10776-G-T", "1.2", "CTATGACCCGTGAGCCCATG", "ab1.ba2", "132", "132", "287", "288", "290", 1540 [("chr5-10776-G-T", "1.2", "alt", "CTATGACCCGTGAGCCCATG", "ab1.ba2", "132", "132", "287", "288", "290",
1541 "4", "1", "4", "1", "0", "0", "4", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", 1541 "4", "1", "4", "1", "0", "0", "4", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0",
1542 "0", "0", "1", "6", "47170", "41149", "", ""), 1542 "0", "0", "1", "6", "47170", "41149", "", ""),
1543 ("", "", "CTATGACCCGTGAGCCCATG", "ab2.ba1", "77", "132", "233", "200", "290", 1543 ("", "", "", "CTATGACCCGTGAGCCCATG", "ab2.ba1", "77", "132", "233", "200", "290",
1544 "4", "1", "4", "1", "0", "0", "4", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", 1544 "4", "1", "4", "1", "0", "0", "4", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0",
1545 "0", "0", "1", "6", "47170", "41149", "", "")], 1545 "0", "0", "1", "6", "47170", "41149", "", "")],
1546 [("chr5-11068-C-G", "2.1", "AAAAAAACATCATACACCCA", "ab1.ba2", "246", "244", "287", "288", "289", 1546 [("chr5-11068-C-G", "2.1", "alt", "AAAAAAACATCATACACCCA", "ab1.ba2", "246", "244", "287", "288", "289",
1547 "2", "8", "2", "8", "0", "0", "2", "8", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", 1547 "2", "8", "2", "8", "0", "0", "2", "8", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
1548 "4081", "4098", "5", "10", "", ""), 1548 "4081", "4098", "5", "10", "", ""),
1549 ("", "", "AAAAAAACATCATACACCCA", "ab2.ba1", None, None, None, None, 1549 ("", "", "", "AAAAAAACATCATACACCCA", "ab2.ba1", None, None, None, None,
1550 "289", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0", "0", 1550 "289", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0", "0",
1551 "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")], 1551 "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")],
1552 [("chr5-11068-C-G", "2.2", "ATCAGCCATGGCTATTATTG", "ab1.ba2", "72", "72", "217", "288", "289", 1552 [("chr5-11068-C-G", "2.2", "alt", "ATCAGCCATGGCTATTATTG", "ab1.ba2", "72", "72", "217", "288", "289",
1553 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", 1553 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
1554 "4081", "4098", "5", "10", "", ""), 1554 "4081", "4098", "5", "10", "", ""),
1555 ("", "", "ATCAGCCATGGCTATTATTG", "ab2.ba1", "153", "164", "217", "260", "289", 1555 ("", "", "", "ATCAGCCATGGCTATTATTG", "ab2.ba1", "153", "164", "217", "260", "289",
1556 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", 1556 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
1557 "4081", "4098", "5", "10", "", "")], 1557 "4081", "4098", "5", "10", "", "")],
1558 [("chr5-11068-C-G", "2.3", "ATCAATATGGCCTCGCCACG", "ab1.ba2", None, None, None, None, 1558 [("chr5-11068-C-G", "2.3", "alt", "ATCAATATGGCCTCGCCACG", "ab1.ba2", None, None, None, None,
1559 "289", "0", "5", "0", "5", "0", "0", "0", "5", None, None, None, "1", "0", 1559 "289", "0", "5", "0", "5", "0", "0", "0", "5", None, None, None, "1", "0",
1560 "0", "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", ""), 1560 "0", "0", "0", "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", ""),
1561 ("", "", "ATCAATATGGCCTCGCCACG", "ab2.ba1", "202", "255", "277", "290", "289", 1561 ("", "", "", "ATCAATATGGCCTCGCCACG", "ab2.ba1", "202", "255", "277", "290", "289",
1562 "1", "3", "1", "3", "0", "0", "1", "3", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", 1562 "1", "3", "1", "3", "0", "0", "1", "3", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0",
1563 "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")], 1563 "0", "0", "4081", "4098", "5", "10", "", "")],
1564 [("chr5-11068-C-G", "2.4", "ATCAGCCATGGCTATTTTTT", "ab1.ba2", "72", "72", "217", "288", "289", 1564 [("chr5-11068-C-G", "2.4", "alt", "ATCAGCCATGGCTATTTTTT", "ab1.ba2", "72", "72", "217", "288", "289",
1565 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4081", 1565 "1", "1", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "4081",
1566 "4098", "5", "10", "", ""), 1566 "4098", "5", "10", "", ""),
1567 ("", "", "ATCAGCCATGGCTATTTTTT", "ab2.ba1", "153", "164", "217", "260", "289", 1567 ("", "", "", "ATCAGCCATGGCTATTTTTT", "ab2.ba1", "153", "164", "217", "260", "289",
1568 "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "4081", 1568 "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "4081",
1569 "4098", "5", "10", "", "")], 1569 "4098", "5", "10", "", "")],
1570 [("chr5-11068-C-G", "2.5", "ATTGAAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "1", "100", "255", "276", "269", 1570 [("chr5-11068-C-G", "2.5", "alt", "ATTGAAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "1", "100", "255", "276", "269",
1571 "5", "6", "0", "6", "0", "0", "5", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "5", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""), 1571 "5", "6", "0", "6", "0", "0", "5", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "5", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""),
1572 ("", "", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None, 1572 ("", "", "", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None,
1573 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0", 1573 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0",
1574 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")], 1574 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")],
1575 [("chr5-10776-G-T", "3.1", "ATGCCTACCTCATTTGTCGT", "ab1.ba2", "46", "15", "287", "288", "290", 1575 [("chr5-10776-G-T", "3.1", "alt", "ATGCCTACCTCATTTGTCGT", "ab1.ba2", "46", "15", "287", "288", "290",
1576 "3", "3", "3", "2", "3", "1", "0", "1", "1", "0.5", "0", "0.5", "0", "0", "0", "1", 1576 "3", "3", "3", "2", "3", "1", "0", "1", "1", "0.5", "0", "0.5", "0", "0", "0", "1",
1577 "0", "0", "3", "3", "47170", "41149", "", ""), 1577 "0", "0", "3", "3", "47170", "41149", "", ""),
1578 ("", "", "ATGCCTACCTCATTTGTCGT", "ab2.ba1", None, "274", None, 1578 ("", "", "", "ATGCCTACCTCATTTGTCGT", "ab2.ba1", None, "274", None,
1579 "288", "290", "0", "3", "0", "2", "0", "1", "0", "1", None, "0.5", None, "0.5", 1579 "288", "290", "0", "3", "0", "2", "0", "1", "0", "1", None, "0.5", None, "0.5",
1580 "0", "0", "0", "1", "0", "0", "3", "3", "47170", "41149", "", "")], 1580 "0", "0", "0", "1", "0", "0", "3", "3", "47170", "41149", "", "")],
1581 [("chr5-11315-C-T", "3.2", "ACAACATCACGTATTCAGGT", "ab1.ba2", "197", "197", "240", "255", "271", 1581 [("chr5-11315-C-T", "3.2", "alt", "ACAACATCACGTATTCAGGT", "ab1.ba2", "197", "197", "240", "255", "271",
1582 "2", "3", "2", "3", "0", "1", "2", "2", "0", "0.333333333333333", "1", 1582 "2", "3", "2", "3", "0", "1", "2", "2", "0", "0.333333333333333", "1",
1583 "0.666666666666667", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "6584", "6482", "", ""), 1583 "0.666666666666667", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "6584", "6482", "", ""),
1584 ("", "", "ACAACATCACGTATTCAGGT", "ab2.ba1", "35", "35", "240", "258", "271", 1584 ("", "", "", "ACAACATCACGTATTCAGGT", "ab2.ba1", "35", "35", "240", "258", "271",
1585 "2", "3", "2", "3", "0", "1", "2", "2", "0", "0.333333333333333", "1", 1585 "2", "3", "2", "3", "0", "1", "2", "2", "0", "0.333333333333333", "1",
1586 "0.666666666666667", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "6584", "6482", "", "")], 1586 "0.666666666666667", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "6584", "6482", "", "")],
1587 [("chr5-13983-G-C", "4", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "1", "100", "255", "276", "269", 1587 [("chr5-13983-G-C", "4", "alt", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "1", "100", "255", "276", "269",
1588 "5", "6", "0", "6", "0", "0", "5", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "5", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""), 1588 "5", "6", "0", "6", "0", "0", "5", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "5", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""),
1589 ("", "", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None, 1589 ("", "", "", "AAAAAAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None,
1590 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0", 1590 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0",
1591 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")], 1591 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")],
1592 [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], 1592 [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)], [("" * 34), ("" * 34)],
1593 [("chr5-13963-T-C", "6", "TTTTTAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "38", "38", "240", "283", "263", 1593 [("chr5-13963-T-C", "6", "alt", "TTTTTAAGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", "38", "38", "240", "283", "263",
1594 "110", "54", "110", "54", "0", "0", "110", "54", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", 1594 "110", "54", "110", "54", "0", "0", "110", "54", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0",
1595 "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""), 1595 "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""),
1596 ("", "", "TTTTTAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", "100", "112", "140", "145", "263", 1596 ("", "", "", "TTTTTAAGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", "100", "112", "140", "145", "263",
1597 "7", "12", "7", "12", "7", "12", "0", "0", "1", "1", "0", 1597 "7", "12", "7", "12", "7", "12", "0", "0", "1", "1", "0",
1598 "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")], 1598 "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")],
1599 [("chr5-13983-G-C", "7", "ATGTTGTGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", None, "186", None, "276", "269", 1599 [("chr5-13983-G-C", "7", "alt", "ATGTTGTGAATAACCCACAC", "ab1.ba2", None, "186", None, "276", "269",
1600 "0", "6", "0", "6", "0", "0", "0", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", 1600 "0", "6", "0", "6", "0", "0", "0", "6", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
1601 "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""), 1601 "0", "1", "1", "5348", "5350", "", ""),
1602 ("", "", "ATGTTGTGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None, 1602 ("", "", "", "ATGTTGTGAATAACCCACAC", "ab2.ba1", None, None, None, None,
1603 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0", 1603 "269", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", None, None, None, None, "0",
1604 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")]] 1604 "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "5348", "5350", "", "")]]
1605 1605
1606 start_row = 20 1606 start_row = 20
1607 ws3.write(start_row, 0, "Description of tiers with examples") 1607 ws3.write(start_row, 0, "Description of tiers with examples")
1610 for i in range(len(description_tiers)): 1610 for i in range(len(description_tiers)):
1611 ws3.write_row(start_row + 2 + row + i + 1, 0, description_tiers[i]) 1611 ws3.write_row(start_row + 2 + row + i + 1, 0, description_tiers[i])
1612 ex = examples_tiers[i] 1612 ex = examples_tiers[i]
1613 for k in range(len(ex)): 1613 for k in range(len(ex)):
1614 ws3.write_row(start_row + 2 + row + i + k + 2, 0, ex[k]) 1614 ws3.write_row(start_row + 2 + row + i + k + 2, 0, ex[k])
1615 ws3.conditional_format('L{}:M{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3), {'type': 'formula', 'criteria': '=OR($B${}="1.1", $B${}="1.2")'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2), 'format': format13, 'multi_range': 'L{}:M{} T{}:U{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)}) 1615 ws3.conditional_format('M{}:N{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3),
1616 ws3.conditional_format('L{}:M{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3), 1616 {'type': 'formula', 'criteria': '=OR($B${}="1.1", $B${}="1.2")'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2),
1617 'format': format13,
1618 'multi_range': 'M{}:N{} U{}:V{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)})
1619 ws3.conditional_format('M{}:N{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3),
1617 {'type': 'formula', 'criteria': '=OR($B${}="2.1",$B${}="2.2", $B${}="2.3", $B${}="2.4", $B${}="2.5")'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2), 1620 {'type': 'formula', 'criteria': '=OR($B${}="2.1",$B${}="2.2", $B${}="2.3", $B${}="2.4", $B${}="2.5")'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 2),
1618 'format': format33, 1621 'format': format33,
1619 'multi_range': 'L{}:M{} T{}:U{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)}) 1622 'multi_range': 'M{}:N{} U{}:V{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)})
1620 ws3.conditional_format('L{}:M{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3), 1623 ws3.conditional_format('M{}:N{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3),
1621 {'type': 'formula', 1624 {'type': 'formula',
1622 'criteria': '=$B${}>="3"'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2), 1625 'criteria': '=$B${}>="3"'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2),
1623 'format': format23, 1626 'format': format23,
1624 'multi_range': 'L{}:M{} T{}:U{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)}) 1627 'multi_range': 'M{}:N{} U{}:V{} B{}'.format(start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3, start_row + 2 + row + i + k + 2, start_row + 2 + row + i + k + 3)})
1625 row += 3 1628 row += 3
1626 workbook.close() 1629 workbook.close()
1627 workbook2.close() 1630 workbook2.close()
1628 workbook3.close() 1631 workbook3.close()
1629 csv_data.close() 1632 csv_data.close()