# HG changeset patch # User jose-minyarro # Date 1326876330 18000 # Node ID e0e523f3fd3a479d5ca63122434adb9d12c7c444 # Parent 1aa0a6639913ea492796312063aa2119d1827f98 Deleted selected files diff -r 1aa0a6639913 -r e0e523f3fd3a ncbo_annotator.xml --- a/ncbo_annotator.xml Wed Jan 18 03:44:58 2012 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,704 +0,0 @@ - - Annotates biological texts with the terms of the bio-ontologies from BioPortal - java -jar ${__tool_data_path__}/shared/jars/ncbo_annotator_galaxy.jar $longestOnly $wholeWordOnly $filterNumber $stopWords $withDefaultStopWords $isTopWordsCaseSensitive $mintermSize $scored $withSynonyms $ontologiesToExpand $ontologiesToKeepInResult $semanticTypes $levelMax $mappingTypes $textToAnnotate $format $apikey > $output - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -**Usage** - Enter bioportal API key, a text to annotate and specify the parameters, and the annotations will be retrieved. - -**Contact** - - Please send any request or comment to jose.minyarro@um.es - -**More information** - - http://bioportal.bioontology.org - - - - \ No newline at end of file