 lib/
galaxy/datatypes
|
|
drwxr-xr-x |
|
static/
images
|
|
drwxr-xr-x |
|
test-data/
|
|
drwxr-xr-x |
|
tool-data/
|
|
drwxr-xr-x |
 BeautifulSoup.py
|
79567 |
-rw-r--r-- |
|
LocationFile.py
|
2491 |
-rw-r--r-- |
|
OrderedDict.py
|
8868 |
-rw-r--r-- |
|
Population.py
|
5960 |
-rw-r--r-- |
|
README
|
225 |
-rw-r--r-- |
|
add_fst_column.py
|
1442 |
-rw-r--r-- |
|
add_fst_column.xml
|
8031 |
-rw-r--r-- |
|
aggregate_gd_indivs.py
|
1058 |
-rw-r--r-- |
|
aggregate_gd_indivs.xml
|
4443 |
-rw-r--r-- |
|
assignment_of_optimal_breeding_pairs.py
|
5496 |
-rw-r--r-- |
|
assignment_of_optimal_breeding_pairs.xml
|
1567 |
-rw-r--r-- |
|
average_fst.py
|
1894 |
-rw-r--r-- |
|
average_fst.xml
|
7333 |
-rw-r--r-- |
|
calclenchange.py
|
10031 |
-rw-r--r-- |
|
cdblib.py
|
7659 |
-rw-r--r-- |
|
cluster_kegg.xml
|
2068 |
-rw-r--r-- |
|
cluster_onConnctdComps.py
|
6695 |
-rw-r--r-- |
|
commits.log
|
2282 |
-rw-r--r-- |
|
coverage_distributions.py
|
4530 |
-rw-r--r-- |
|
coverage_distributions.xml
|
5377 |
-rw-r--r-- |
|
coverage_plot.r
|
798 |
-rw-r--r-- |
|
cp.py
|
201 |
-rw-r--r-- |
|
datatypes_conf.xml
|
784 |
-rw-r--r-- |
|
discover_familial_relationships.py
|
2516 |
-rw-r--r-- |
|
discover_familial_relationships.xml
|
2268 |
-rw-r--r-- |
|
diversity_pi.py
|
1739 |
-rw-r--r-- |
|
diversity_pi.xml
|
3347 |
-rw-r--r-- |
|
dpmix.py
|
4998 |
-rw-r--r-- |
|
dpmix.xml
|
8910 |
-rw-r--r-- |
|
dpmix_plot.py
|
14866 |
-rw-r--r-- |
|
draw_variants.py
|
3190 |
-rw-r--r-- |
|
draw_variants.xml
|
4080 |
-rw-r--r-- |
|
echo.bash
|
184 |
-rw-r--r-- |
|
evaluate_population_numbers.bash
|
319 |
-rw-r--r-- |
|
evaluate_population_numbers.xml
|
2591 |
-rw-r--r-- |
|
extract_flanking_dna.py
|
3361 |
-rw-r--r-- |
|
extract_flanking_dna.xml
|
6433 |
-rw-r--r-- |
|
extract_primers.py
|
3046 |
-rw-r--r-- |
|
extract_primers.xml
|
4113 |
-rw-r--r-- |
|
filter_gd_snp.py
|
2636 |
-rw-r--r-- |
|
filter_gd_snp.xml
|
6192 |
-rw-r--r-- |
|
find_intervals.py
|
3032 |
-rw-r--r-- |
|
find_intervals.xml
|
5975 |
-rw-r--r-- |
|
gd_composite.py
|
3613 |
-rw-r--r-- |
|
gd_composite_template.html
|
1022 |
-rw-r--r-- |
|
gd_snp2vcf.pl
|
7547 |
-rw-r--r-- |
|
gd_snp2vcf.xml
|
6865 |
-rw-r--r-- |
|
gd_util.py
|
2080 |
-rw-r--r-- |
|
genome_diversity.py
|
9166 |
-rw-r--r-- |
|
inbreeding_and_kinship.py
|
817 |
-rw-r--r-- |
|
inbreeding_and_kinship.xml
|
3837 |
-rw-r--r-- |
|
make_gd_file.py
|
5231 |
-rw-r--r-- |
|
make_gd_file.xml
|
4101 |
-rw-r--r-- |
|
make_phylip.py
|
23114 |
-rw-r--r-- |
|
make_phylip.xml
|
8525 |
-rw-r--r-- |
|
make_phylip_hooks.py
|
1259 |
-rw-r--r-- |
|
map_ensembl_transcripts.xml
|
2476 |
-rw-r--r-- |
|
mkpthwpng.py
|
4131 |
-rw-r--r-- |
|
multiple_to_gd_genotype.py
|
16735 |
-rw-r--r-- |
|
multiple_to_gd_genotype.xml
|
6963 |
-rw-r--r-- |
|
munkres.py
|
24932 |
-rw-r--r-- |
|
nucleotide_diversity_pi.py
|
946 |
-rw-r--r-- |
|
nucleotide_diversity_pi.xml
|
1510 |
-rw-r--r-- |
|
offspring_heterozygosity.py
|
1458 |
-rw-r--r-- |
|
offspring_heterozygosity.xml
|
2263 |
-rw-r--r-- |
|
offspring_heterozygosity_pedigree.py
|
1682 |
-rw-r--r-- |
|
offspring_heterozygosity_pedigree.xml
|
3351 |
-rw-r--r-- |
|
pathway_image.xml
|
3121 |
-rw-r--r-- |
|
pca.py
|
8153 |
-rw-r--r-- |
|
pca.xml
|
5186 |
-rw-r--r-- |
|
phylogenetic_tree.py
|
6518 |
-rw-r--r-- |
|
phylogenetic_tree.xml
|
9314 |
-rw-r--r-- |
|
population_structure.py
|
3356 |
-rw-r--r-- |
|
population_structure.r
|
450 |
-rw-r--r-- |
|
population_structure.xml
|
2573 |
-rw-r--r-- |
|
prepare_population_structure.py
|
4099 |
-rw-r--r-- |
|
prepare_population_structure.xml
|
6235 |
-rw-r--r-- |
|
rank_pathways.xml
|
8489 |
-rw-r--r-- |
|
rank_pathways_pct.py
|
7619 |
-rw-r--r-- |
|
rank_terms.py
|
7486 |
-rw-r--r-- |
|
rank_terms.xml
|
2711 |
-rw-r--r-- |
|
raxml.py
|
1540 |
-rw-r--r-- |
|
raxml.xml
|
1065 |
-rw-r--r-- |
|
reorder.py
|
2116 |
-rw-r--r-- |
|
reorder.xml
|
1812 |
-rw-r--r-- |
|
restore_attributes.xml
|
3415 |
-rw-r--r-- |
|
rtrnKEGGpthwfENSEMBLTc.py
|
3319 |
-rw-r--r-- |
|
select_snps.py
|
4857 |
-rw-r--r-- |
|
select_snps.xml
|
4956 |
-rw-r--r-- |
|
specify.py
|
1817 |
-rw-r--r-- |
|
specify.xml
|
4667 |
-rw-r--r-- |
|
specify_restriction_enzymes.py
|
3803 |
-rw-r--r-- |
|
specify_restriction_enzymes.xml
|
4755 |
-rw-r--r-- |
|
tool_dependencies.xml
|
2670 |
-rw-r--r-- |
