diff test-data/snpsForSubmission.vcf @ 2:35c20b109be5

Retrying upload with "bare" tarball (i.e. one without a top containing directory).
author cathy
date Tue, 28 May 2013 17:54:02 -0400
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/snpsForSubmission.vcf	Tue May 28 17:54:02 2013 -0400
@@ -0,0 +1,407 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##fileDate=2013520
+##handle=MyHandle
+##batch=Test1
+##reference=pb_000001.1
+##INFO=<ID=VRT,Number=1,Type=Integer,Description="Variation type,1 - SNV: single nucleotide variation,2 - DIV: deletion/insertion variation,3 - HETEROZYGOUS: variable, but undefined at nucleotide level,4 - STR: short tandem repeat (microsatellite) variation, 5 - NAMED: insertion/deletion variation of named repetitive element,6 - NO VARIATON: sequence scanned for variation, but none observed,7 - MIXED: cluster contains submissions from 2 or more allelic classes (not used) ,8 - MNV: multiple nucleotide variation with all eles of common length greater than 1,9 - Exception">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO
+Contig161_chr1_4641264_4641879	115	Contig161_chr1_4641264_4641879;115	C	T	73.5	.	VRT=6
+Contig48_chr1_10150253_10151311	11	Contig48_chr1_10150253_10151311;11	A	G	94.3	.	VRT=6
+Contig20_chr1_21313469_21313570	66	Contig20_chr1_21313469_21313570;66	C	T	54.0	.	VRT=6
+Contig86_chr1_30984450_30985684	670	Contig86_chr1_30984450_30985684;670	C	T	365.0	.	VRT=6
+Contig5_chr1_32562160_32563940	1215	Contig5_chr1_32562160_32563940;1215	G	T	163.0	.	VRT=6
+Contig110_chr1_33385093_33386888	510	Contig110_chr1_33385093_33386888;510	C	T	270.0	.	VRT=6
+Contig100_chr1_33562920_33564288	743	Contig100_chr1_33562920_33564288;743	C	T	178.0	.	VRT=6
+Contig7_chr1_37302355_37302489	97	Contig7_chr1_37302355_37302489;97	A	G	59.2	.	VRT=6
+Contig62_chr1_41880715_41882180	1078	Contig62_chr1_41880715_41882180;1078	T	G	57.6	.	VRT=6
+Contig47_chr1_48409178_48409384	37	Contig47_chr1_48409178_48409384;37	C	T	134.0	.	VRT=6
+Contig119_chr1_49647683_49650077	1618	Contig119_chr1_49647683_49650077;1618	C	A	99.7	.	VRT=6
+Contig21_chr1_60697952_60699446	307	Contig21_chr1_60697952_60699446;307	G	A	51.9	.	VRT=6
+Contig131_chr1_62319542_62320564	169	Contig131_chr1_62319542_62320564;169	C	G	103.0	.	VRT=6
+Contig14_chr1_63450425_63450680	101	Contig14_chr1_63450425_63450680;101	T	A	102.0	.	VRT=6
+Contig83_chr1_63869778_63869942	40	Contig83_chr1_63869778_63869942;40	T	C	23.7	.	VRT=6
+Contig30_chr1_64702572_64703138	178	Contig30_chr1_64702572_64703138;178	A	T	117.0	.	VRT=6
+Contig101_chr1_69868406_69868872	287	Contig101_chr1_69868406_69868872;287	G	A	14.6	.	VRT=6
+Contig35_chr1_74482577_74482791	170	Contig35_chr1_74482577_74482791;170	G	A	45.4	.	VRT=6
+Contig49_chr1_83865731_83865944	85	Contig49_chr1_83865731_83865944;85	G	A	34.1	.	VRT=6
+Contig64_chr1_87343284_87345672	163	Contig64_chr1_87343284_87345672;163	T	A	3.76	.	VRT=6
+Contig20_chr1_110679280_110679687	181	Contig20_chr1_110679280_110679687;181	C	T	87.4	.	VRT=6
+Contig129_chr1_117547123_117548666	926	Contig129_chr1_117547123_117548666;926	G	A	126.0	.	VRT=6
+Contig7_chr1_125154638_125154844	190	Contig7_chr1_125154638_125154844;190	G	T	130.0	.	VRT=6
+Contig222_chr2_9817738_9818143	220	Contig222_chr2_9817738_9818143;220	C	T	888.0	.	VRT=6
+Contig47_chr2_25470778_25471576	126	Contig47_chr2_25470778_25471576;126	G	A	888.0	.	VRT=6
+Contig10_chr2_40859744_40860534	637	Contig10_chr2_40859744_40860534;637	G	A	888.0	.	VRT=6
+Contig52_chr2_41421981_41422725	604	Contig52_chr2_41421981_41422725;604	C	A	888.0	.	VRT=6
+Contig94_chr2_43869105_43870358	220	Contig94_chr2_43869105_43870358;220	G	A	888.0	.	VRT=6
+Contig34_chr2_48444129_48444939	695	Contig34_chr2_48444129_48444939;695	C	T	134.0	.	VRT=6
+Contig6_chr2_56859179_56859956	671	Contig6_chr2_56859179_56859956;671	T	C	999.9	.	VRT=6
+Contig115_chr2_61631913_61632510	310	Contig115_chr2_61631913_61632510;310	G	T	999.3	.	VRT=6
+Contig31_chr2_67331584_67331785	39	Contig31_chr2_67331584_67331785;39	C	T	999.0	.	VRT=6
+Contig92_chr2_75906683_75907774	773	Contig92_chr2_75906683_75907774;773	T	C	85.4	.	VRT=6
+Contig163_chr2_76402959_76404830	221	Contig163_chr2_76402959_76404830;221	C	T	127.0	.	VRT=6
+Contig177_chr2_79559305_79560033	168	Contig177_chr2_79559305_79560033;168	C	T	5.67	.	VRT=6
+Contig8_chr2_82945728_82945839	61	Contig8_chr2_82945728_82945839;61	T	C	223.0	.	VRT=6
+Contig59_chr2_85243022_85243758	506	Contig59_chr2_85243022_85243758;506	G	A	96.3	.	VRT=6
+Contig56_chr3_17326225_17327548	387	Contig56_chr3_17326225_17327548;387	G	C	91.2	.	VRT=6
+Contig108_chr3_46210055_46210874	367	Contig108_chr3_46210055_46210874;367	A	G	21.0	.	VRT=6
+Contig16_chr3_47113407_47114449	322	Contig16_chr3_47113407_47114449;322	G	A	105.0	.	VRT=6
+Contig3_chr3_47564810_47565251	262	Contig3_chr3_47564810_47565251;262	T	G	112.0	.	VRT=6
+Contig35_chr3_49662401_49662929	270	Contig35_chr3_49662401_49662929;270	A	T	96.1	.	VRT=6
+Contig97_chr3_49820354_49821631	1069	Contig97_chr3_49820354_49821631;1069	G	A	44.1	.	VRT=6
+Contig1_chr3_51588422_51589409	926	Contig1_chr3_51588422_51589409;926	A	G	51.0	.	VRT=6
+Contig25_chr3_53260697_53262560	402	Contig25_chr3_53260697_53262560;402	G	A	211.0	.	VRT=6
+Contig11_chr3_53992739_53995954	2392	Contig11_chr3_53992739_53995954;2392	G	A	82.4	.	VRT=6
+Contig236_chr3_72676275_72676473	128	Contig236_chr3_72676275_72676473;128	G	A	278.0	.	VRT=6
+Contig48_chr3_74792236_74792388	63	Contig48_chr3_74792236_74792388;63	T	C	111.0	.	VRT=6
+Contig65_chr3_80727952_80728283	39	Contig65_chr3_80727952_80728283;39	T	C	71.2	.	VRT=6
+Contig53_chr3_86407941_86409349	1406	Contig53_chr3_86407941_86409349;1406	G	A	86.9	.	VRT=6
+Contig13_chr3_92409738_92412300	718	Contig13_chr3_92409738_92412300;718	A	G	23.3	.	VRT=6
+Contig134_chr4_12145648_12148225	1326	Contig134_chr4_12145648_12148225;1326	C	T	164.0	.	VRT=6
+Contig88_chr4_15557471_15557833	268	Contig88_chr4_15557471_15557833;268	A	G	145.0	.	VRT=6
+Contig53_chr4_18823968_18824478	149	Contig53_chr4_18823968_18824478;149	A	G	91.3	.	VRT=6
+Contig86_chr4_24953866_24956222	1985	Contig86_chr4_24953866_24956222;1985	C	T	76.4	.	VRT=6
+Contig19_chr4_26233601_26233991	146	Contig19_chr4_26233601_26233991;146	G	C	51.6	.	VRT=6
+Contig78_chr4_28579975_28580134	30	Contig78_chr4_28579975_28580134;30	T	G	19.6	.	VRT=6
+Contig16_chr4_30177226_30179725	621	Contig16_chr4_30177226_30179725;621	C	T	88.4	.	VRT=6
+Contig30_chr4_46196500_46197672	1045	Contig30_chr4_46196500_46197672;1045	A	C	33.4	.	VRT=6
+Contig2_chr4_47039007_47039323	158	Contig2_chr4_47039007_47039323;158	G	C	35.1	.	VRT=6
+Contig17_chr4_61310346_61311158	267	Contig17_chr4_61310346_61311158;267	C	T	49.9	.	VRT=6
+Contig26_chr4_64190783_64191295	64	Contig26_chr4_64190783_64191295;64	A	G	162.0	.	VRT=6
+Contig11_chr4_65500960_65501654	634	Contig11_chr4_65500960_65501654;634	T	C	107.0	.	VRT=6
+Contig38_chr4_67768488_67768982	113	Contig38_chr4_67768488_67768982;113	A	G	102.0	.	VRT=6
+Contig30_chr4_70978564_70979580	596	Contig30_chr4_70978564_70979580;596	A	G	164.0	.	VRT=6
+Contig72_chr4_74225793_74226492	674	Contig72_chr4_74225793_74226492;674	A	G	110.0	.	VRT=6
+Contig32_chr4_75618955_75620254	301	Contig32_chr4_75618955_75620254;301	T	C	333.0	.	VRT=6
+Contig31_chr5_4734956_4736547	1166	Contig31_chr5_4734956_4736547;1166	C	T	133.0	.	VRT=6
+Contig113_chr5_11052263_11052603	28	Contig113_chr5_11052263_11052603;28	C	T	38.2	.	VRT=1
+Contig30_chr5_15698241_15699076	396	Contig30_chr5_15698241_15699076;396	G	T	76.6	.	VRT=6
+Contig36_chr5_17709244_17710004	373	Contig36_chr5_17709244_17710004;373	T	C	281.0	.	VRT=6
+Contig13_chr5_21881138_21881562	227	Contig13_chr5_21881138_21881562;227	A	G	251.0	.	VRT=6
+Contig5_chr5_23188121_23190168	1841	Contig5_chr5_23188121_23190168;1841	C	T	141.0	.	VRT=6
+Contig6_chr5_26899813_26900498	97	Contig6_chr5_26899813_26900498;97	A	C	88.6	.	VRT=6
+Contig314_chr5_34019166_34019319	72	Contig314_chr5_34019166_34019319;72	C	A	20.1	.	VRT=6
+Contig147_chr5_38980258_38980559	221	Contig147_chr5_38980258_38980559;221	C	T	40.8	.	VRT=6
+Contig115_chr5_48119079_48120169	151	Contig115_chr5_48119079_48120169;151	C	T	78.3	.	VRT=6
+Contig45_chr5_50892738_50892968	169	Contig45_chr5_50892738_50892968;169	C	A	25.8	.	VRT=6
+Contig40_chr5_51484164_51484696	14	Contig40_chr5_51484164_51484696;14	A	G	53.3	.	VRT=6
+Contig40_chr5_51664286_51667573	861	Contig40_chr5_51664286_51667573;861	C	T	148.0	.	VRT=6
+Contig15_chr5_51889708_51891244	882	Contig15_chr5_51889708_51891244;882	A	G	149.0	.	VRT=6
+Contig143_chr5_57231364_57232010	294	Contig143_chr5_57231364_57232010;294	T	C	78.5	.	VRT=6
+Contig13_chr5_57609985_57610584	496	Contig13_chr5_57609985_57610584;496	C	T	50.5	.	VRT=6
+Contig230_chr5_58486998_58487280	227	Contig230_chr5_58486998_58487280;227	T	C	192.0	.	VRT=6
+Contig385_chr5_60122961_60123128	15	Contig385_chr5_60122961_60123128;15	C	G	136.0	.	VRT=1
+Contig143_chr5_65121393_65122035	558	Contig143_chr5_65121393_65122035;558	C	A	127.0	.	VRT=1
+Contig32_chr5_70852360_70853289	282	Contig32_chr5_70852360_70853289;282	G	A	114.0	.	VRT=6
+Contig215_chr5_70946445_70947428	363	Contig215_chr5_70946445_70947428;363	T	G	28.2	.	VRT=6
+Contig100_chr5_71189678_71190590	813	Contig100_chr5_71189678_71190590;813	C	T	30.8	.	VRT=6
+Contig45_chr5_76133561_76134403	388	Contig45_chr5_76133561_76134403;388	A	G	103.0	.	VRT=6
+Contig61_chr5_90202541_90204393	909	Contig61_chr5_90202541_90204393;909	C	T	101.0	.	VRT=6
+Contig111_chr6_5821219_5822519	1060	Contig111_chr6_5821219_5822519;1060	A	G	68.1	.	VRT=6
+Contig220_chr6_10671338_10672441	999	Contig220_chr6_10671338_10672441;999	T	C	36.3	.	VRT=6
+Contig226_chr6_17361986_17362884	418	Contig226_chr6_17361986_17362884;418	G	C	251.0	.	VRT=6
+Contig380_chr6_18173971_18174169	180	Contig380_chr6_18173971_18174169;180	C	T	4.87	.	VRT=1
+Contig51_chr6_20231207_20231785	161	Contig51_chr6_20231207_20231785;161	A	G	70.5	.	VRT=6
+Contig102_chr6_30271329_30271577	39	Contig102_chr6_30271329_30271577;39	T	G	139.0	.	VRT=6
+Contig217_chr6_31393824_31394218	97	Contig217_chr6_31393824_31394218;97	G	A	115.0	.	VRT=6
+Contig186_chr6_31928098_31928245	73	Contig186_chr6_31928098_31928245;73	G	A	117.0	.	VRT=6
+Contig52_chr6_33188498_33188724	123	Contig52_chr6_33188498_33188724;123	G	A	59.0	.	VRT=6
+Contig102_chr6_38743009_38743435	290	Contig102_chr6_38743009_38743435;290	A	G	178.0	.	VRT=6
+Contig81_chr6_49018353_49019532	179	Contig81_chr6_49018353_49019532;179	C	A	72.5	.	VRT=6
+Contig112_chr6_51024554_51024851	100	Contig112_chr6_51024554_51024851;100	A	G	121.0	.	VRT=6
+Contig40_chr6_51412751_51413807	227	Contig40_chr6_51412751_51413807;227	T	C	94.5	.	VRT=6
+Contig47_chr6_69073222_69074767	1315	Contig47_chr6_69073222_69074767;1315	T	C	212.0	.	VRT=6
+Contig30_chr6_74848932_74849059	57	Contig30_chr6_74848932_74849059;57	C	G	46.3	.	VRT=6
+Contig84_chr7_6648683_6650255	1297	Contig84_chr7_6648683_6650255;1297	G	A	110.0	.	VRT=6
+Contig239_chr7_13007379_13007700	275	Contig239_chr7_13007379_13007700;275	A	G	39.8	.	VRT=6
+Contig119_chr7_18310707_18310948	23	Contig119_chr7_18310707_18310948;23	A	T	133.0	.	VRT=6
+Contig93_chr7_18513377_18513741	173	Contig93_chr7_18513377_18513741;173	T	C	130.0	.	VRT=6
+Contig133_chr7_19603333_19603776	414	Contig133_chr7_19603333_19603776;414	C	G	31.9	.	VRT=6
+Contig132_chr7_20426224_20428145	1815	Contig132_chr7_20426224_20428145;1815	A	G	28.3	.	VRT=6
+Contig206_chr7_26281823_26282074	103	Contig206_chr7_26281823_26282074;103	C	A	101.0	.	VRT=6
+Contig116_chr7_45858984_45859111	38	Contig116_chr7_45858984_45859111;38	T	C	73.2	.	VRT=6
+Contig38_chr7_50681997_50682600	42	Contig38_chr7_50681997_50682600;42	T	C	92.4	.	VRT=6
+Contig55_chr7_53147505_53148974	894	Contig55_chr7_53147505_53148974;894	A	G	68.4	.	VRT=6
+Contig4_chr7_53685534_53688206	1709	Contig4_chr7_53685534_53688206;1709	C	G	76.2	.	VRT=6
+Contig61_chr7_55832923_55834065	506	Contig61_chr7_55832923_55834065;506	T	C	185.0	.	VRT=6
+Contig91_chr8_12804505_12805470	409	Contig91_chr8_12804505_12805470;409	C	A	111.0	.	VRT=6
+Contig30_chr8_17147743_17147923	13	Contig30_chr8_17147743_17147923;13	G	A	105.0	.	VRT=1
+Contig8_chr8_27811135_27812620	333	Contig8_chr8_27811135_27812620;333	C	T	37.9	.	VRT=6
+Contig66_chr8_28273102_28273660	175	Contig66_chr8_28273102_28273660;175	G	C	81.6	.	VRT=6
+Contig84_chr8_31375511_31376456	443	Contig84_chr8_31375511_31376456;443	T	C	125.0	.	VRT=6
+Contig18_chr8_32575859_32577431	264	Contig18_chr8_32575859_32577431;264	T	C	151.0	.	VRT=6
+Contig54_chr8_40913908_40916451	1275	Contig54_chr8_40913908_40916451;1275	G	A	175.0	.	VRT=6
+Contig93_chr8_44658786_44659075	180	Contig93_chr8_44658786_44659075;180	T	G	55.3	.	VRT=6
+Contig17_chr8_57490059_57490498	69	Contig17_chr8_57490059_57490498;69	G	T	97.4	.	VRT=6
+Contig66_chr8_58562376_58563446	345	Contig66_chr8_58562376_58563446;345	C	G	5.74	.	VRT=6
+Contig44_chr8_71186368_71188207	1455	Contig44_chr8_71186368_71188207;1455	G	T	147.0	.	VRT=1
+Contig73_chr9_29451535_29452248	616	Contig73_chr9_29451535_29452248;616	A	G	24.7	.	VRT=6
+Contig96_chr9_39008495_39009278	215	Contig96_chr9_39008495_39009278;215	A	C	98.7	.	VRT=6
+Contig22_chr10_15505382_15505589	172	Contig22_chr10_15505382_15505589;172	T	C	38.5	.	VRT=6
+Contig69_chr10_40547265_40548153	371	Contig69_chr10_40547265_40548153;371	G	A	58.1	.	VRT=6
+Contig63_chr10_42716594_42719945	1018	Contig63_chr10_42716594_42719945;1018	A	G	88.7	.	VRT=6
+Contig22_chr10_43255307_43255570	81	Contig22_chr10_43255307_43255570;81	C	A	37.2	.	VRT=6
+Contig9_chr10_51475063_51476054	770	Contig9_chr10_51475063_51476054;770	C	T	57.3	.	VRT=6
+Contig42_chr10_53816543_53818392	1642	Contig42_chr10_53816543_53818392;1642	G	A	27.5	.	VRT=6
+Contig36_chr10_53992615_53993741	229	Contig36_chr10_53992615_53993741;229	G	C	86.2	.	VRT=6
+Contig20_chr10_58141129_58141750	575	Contig20_chr10_58141129_58141750;575	C	T	46.1	.	VRT=6
+Contig26_chr10_59510973_59511899	146	Contig26_chr10_59510973_59511899;146	C	A	29.0	.	VRT=6
+Contig72_chr11_7142765_7143772	146	Contig72_chr11_7142765_7143772;146	G	A	152.0	.	VRT=6
+Contig103_chr11_8844784_8845095	214	Contig103_chr11_8844784_8845095;214	T	G	135.0	.	VRT=6
+Contig9_chr11_9904571_9905983	1284	Contig9_chr11_9904571_9905983;1284	C	T	151.0	.	VRT=6
+Contig35_chr11_22459883_22460855	714	Contig35_chr11_22459883_22460855;714	T	G	54.9	.	VRT=6
+Contig7_chr11_40017076_40017630	352	Contig7_chr11_40017076_40017630;352	C	T	46.3	.	VRT=6
+Contig108_chr11_42953408_42955156	367	Contig108_chr11_42953408_42955156;367	A	G	89.4	.	VRT=6
+Contig82_chr11_43490732_43490862	60	Contig82_chr11_43490732_43490862;60	C	T	47.3	.	VRT=1
+Contig16_chr11_53408448_53408790	187	Contig16_chr11_53408448_53408790;187	A	G	153.0	.	VRT=6
+Contig21_chr12_18403415_18404381	586	Contig21_chr12_18403415_18404381;586	G	T	34.5	.	VRT=6
+Contig33_chr12_19804073_19804529	178	Contig33_chr12_19804073_19804529;178	T	C	69.4	.	VRT=6
+Contig41_chr12_25565452_25566993	475	Contig41_chr12_25565452_25566993;475	G	T	6.29	.	VRT=6
+Contig9_chr12_27204351_27204696	239	Contig9_chr12_27204351_27204696;239	A	G	145.0	.	VRT=6
+Contig45_chr12_30548282_30550498	448	Contig45_chr12_30548282_30550498;448	C	T	124.0	.	VRT=6
+Contig46_chr12_35571846_35572563	58	Contig46_chr12_35571846_35572563;58	G	C	83.2	.	VRT=6
+Contig28_chr12_42075871_42076044	136	Contig28_chr12_42075871_42076044;136	G	A	134.0	.	VRT=6
+Contig16_chr12_42386141_42387454	194	Contig16_chr12_42386141_42387454;194	A	G	161.0	.	VRT=6
+Contig42_chr12_44424628_44425829	255	Contig42_chr12_44424628_44425829;255	A	G	84.4	.	VRT=6
+Contig10_chr12_44447953_44449698	63	Contig10_chr12_44447953_44449698;63	C	T	105.0	.	VRT=6
+Contig5_chr12_53880670_53882675	1221	Contig5_chr12_53880670_53882675;1221	A	C	99.4	.	VRT=6
+Contig86_chr12_56715356_56716464	818	Contig86_chr12_56715356_56716464;818	T	C	166.0	.	VRT=6
+Contig3_chr12_65021967_65024097	238	Contig3_chr12_65021967_65024097;238	T	G	92.6	.	VRT=6
+Contig43_chr12_66499742_66500010	121	Contig43_chr12_66499742_66500010;121	G	T	41.5	.	VRT=6
+Contig14_chr12_71364692_71365311	20	Contig14_chr12_71364692_71365311;20	A	C	103.0	.	VRT=6
+Contig37_chr13_15910164_15910426	245	Contig37_chr13_15910164_15910426;245	G	A	32.9	.	VRT=1
+Contig107_chr13_26045881_26046290	341	Contig107_chr13_26045881_26046290;341	C	G	81.4	.	VRT=6
+Contig251_chr13_28498333_28501066	864	Contig251_chr13_28498333_28501066;864	T	G	296.0	.	VRT=6
+Contig154_chr13_36777857_36778736	356	Contig154_chr13_36777857_36778736;356	G	A	95.5	.	VRT=6
+Contig37_chr13_42529793_42530857	150	Contig37_chr13_42529793_42530857;150	G	T	192.0	.	VRT=6
+Contig47_chr13_47045833_47046626	257	Contig47_chr13_47045833_47046626;257	A	C	28.5	.	VRT=6
+Contig42_chr13_47730018_47730856	254	Contig42_chr13_47730018_47730856;254	A	G	75.1	.	VRT=6
+Contig55_chr13_53467708_53468101	221	Contig55_chr13_53467708_53468101;221	T	G	132.0	.	VRT=6
+Contig49_chr13_55103679_55105532	503	Contig49_chr13_55103679_55105532;503	G	A	76.0	.	VRT=6
+Contig42_chr13_64785759_64786045	14	Contig42_chr13_64785759_64786045;14	C	G	22.8	.	VRT=6
+Contig66_chr13_66021813_66022244	319	Contig66_chr13_66021813_66022244;319	C	T	125.0	.	VRT=6
+Contig48_chr14_11839435_11843272	3014	Contig48_chr14_11839435_11843272;3014	A	G	163.0	.	VRT=6
+Contig9_chr14_23353717_23354432	80	Contig9_chr14_23353717_23354432;80	G	A	61.3	.	VRT=6
+Contig14_chr14_24131180_24133488	1633	Contig14_chr14_24131180_24133488;1633	G	A	131.0	.	VRT=6
+Contig28_chr14_26905747_26909514	975	Contig28_chr14_26905747_26909514;975	G	C	3.13	.	VRT=6
+Contig14_chr14_29616948_29618316	109	Contig14_chr14_29616948_29618316;109	G	A	80.3	.	VRT=6
+Contig24_chr14_29728478_29728839	242	Contig24_chr14_29728478_29728839;242	T	A	107.0	.	VRT=6
+Contig76_chr14_30028102_30029179	1046	Contig76_chr14_30028102_30029179;1046	C	T	38.5	.	VRT=6
+Contig115_chr14_31417207_31417574	259	Contig115_chr14_31417207_31417574;259	A	G	12.1	.	VRT=6
+Contig70_chr14_46653662_46653790	111	Contig70_chr14_46653662_46653790;111	G	A	46.7	.	VRT=6
+Contig43_chr14_49991855_49993511	918	Contig43_chr14_49991855_49993511;918	A	G	112.0	.	VRT=6
+Contig64_chr14_56768376_56768902	473	Contig64_chr14_56768376_56768902;473	C	T	29.0	.	VRT=6
+Contig60_chr15_18493036_18494316	150	Contig60_chr15_18493036_18494316;150	G	A	92.6	.	VRT=6
+Contig213_chr15_19567788_19568626	196	Contig213_chr15_19567788_19568626;196	A	C	13.9	.	VRT=6
+Contig59_chr15_22138344_22138535	120	Contig59_chr15_22138344_22138535;120	G	C	142.0	.	VRT=6
+Contig112_chr15_26772864_26773267	374	Contig112_chr15_26772864_26773267;374	C	T	21.6	.	VRT=6
+Contig24_chr15_26894765_26895003	155	Contig24_chr15_26894765_26895003;155	G	A	87.6	.	VRT=6
+Contig2_chr15_33944796_33947182	1860	Contig2_chr15_33944796_33947182;1860	G	A	99.5	.	VRT=6
+Contig73_chr15_34690052_34691332	714	Contig73_chr15_34690052_34691332;714	T	C	130.0	.	VRT=6
+Contig68_chr15_37747190_37747426	126	Contig68_chr15_37747190_37747426;126	G	A	130.0	.	VRT=6
+Contig35_chr15_41400484_41400672	160	Contig35_chr15_41400484_41400672;160	A	C	143.0	.	VRT=6
+Contig104_chr15_45106954_45107158	70	Contig104_chr15_45106954_45107158;70	A	T	64.4	.	VRT=6
+Contig119_chr16_6160274_6160477	180	Contig119_chr16_6160274_6160477;180	G	A	54.8	.	VRT=6
+Contig126_chr16_10611887_10612152	150	Contig126_chr16_10611887_10612152;150	G	T	145.0	.	VRT=6
+Contig114_chr16_12565220_12565676	10	Contig114_chr16_12565220_12565676;10	G	A	134.0	.	VRT=1
+Contig43_chr16_20200090_20200514	70	Contig43_chr16_20200090_20200514;70	A	G	58.6	.	VRT=6
+Contig60_chr16_28079136_28080263	588	Contig60_chr16_28079136_28080263;588	T	G	157.0	.	VRT=6
+Contig70_chr16_33758668_33759655	104	Contig70_chr16_33758668_33759655;104	A	T	58.1	.	VRT=6
+Contig66_chr16_37935682_37935831	116	Contig66_chr16_37935682_37935831;116	T	C	99.2	.	VRT=6
+Contig16_chr16_40451506_40451643	84	Contig16_chr16_40451506_40451643;84	A	G	59.8	.	VRT=6
+Contig53_chr16_49888293_49888587	260	Contig53_chr16_49888293_49888587;260	G	A	108.0	.	VRT=6
+Contig31_chr17_12128267_12129637	205	Contig31_chr17_12128267_12129637;205	G	A	90.5	.	VRT=6
+Contig50_chr17_12247973_12249183	889	Contig50_chr17_12247973_12249183;889	G	T	47.6	.	VRT=6
+Contig1_chr17_12979232_12980380	808	Contig1_chr17_12979232_12980380;808	G	T	12.3	.	VRT=6
+Contig63_chr17_14186372_14186928	54	Contig63_chr17_14186372_14186928;54	C	T	70.7	.	VRT=6
+Contig42_chr17_23434859_23438330	2100	Contig42_chr17_23434859_23438330;2100	C	T	39.5	.	VRT=6
+Contig63_chr17_23796320_23796814	220	Contig63_chr17_23796320_23796814;220	A	G	54.0	.	VRT=6
+Contig76_chr17_24107434_24107834	316	Contig76_chr17_24107434_24107834;316	T	C	141.0	.	VRT=6
+Contig99_chr17_26021506_26022200	505	Contig99_chr17_26021506_26022200;505	C	T	88.8	.	VRT=6
+Contig59_chr17_26790302_26795045	287	Contig59_chr17_26790302_26795045;287	C	T	45.1	.	VRT=6
+Contig99_chr17_27018324_27019378	446	Contig99_chr17_27018324_27019378;446	G	A	31.1	.	VRT=6
+Contig125_chr17_27739115_27739410	63	Contig125_chr17_27739115_27739410;63	G	A	107.0	.	VRT=6
+Contig115_chr17_37489899_37490101	159	Contig115_chr17_37489899_37490101;159	G	A	62.4	.	VRT=6
+Contig180_chr17_45154356_45154925	524	Contig180_chr17_45154356_45154925;524	A	G	146.0	.	VRT=6
+Contig61_chr17_48221795_48223545	1404	Contig61_chr17_48221795_48223545;1404	T	A	177.0	.	VRT=6
+Contig27_chr17_61713766_61716585	1056	Contig27_chr17_61713766_61716585;1056	G	C	40.0	.	VRT=6
+Contig229_chr18_3706523_3708577	1076	Contig229_chr18_3706523_3708577;1076	A	G	83.9	.	VRT=6
+Contig24_chr18_14049894_14050480	24	Contig24_chr18_14049894_14050480;24	A	G	123.0	.	VRT=6
+Contig30_chr18_18771753_18772121	39	Contig30_chr18_18771753_18772121;39	C	G	48.5	.	VRT=6
+Contig123_chr18_19916160_19916379	116	Contig123_chr18_19916160_19916379;116	G	A	79.2	.	VRT=6
+Contig82_chr18_27305489_27306229	566	Contig82_chr18_27305489_27306229;566	C	T	49.5	.	VRT=6
+Contig71_chr18_34324706_34326687	136	Contig71_chr18_34324706_34326687;136	G	A	151.0	.	VRT=6
+Contig16_chr18_34672093_34673044	538	Contig16_chr18_34672093_34673044;538	T	C	58.2	.	VRT=6
+Contig96_chr18_38492535_38493333	624	Contig96_chr18_38492535_38493333;624	G	A	119.0	.	VRT=6
+Contig226_chr18_47753756_47754666	427	Contig226_chr18_47753756_47754666;427	T	C	21.1	.	VRT=6
+Contig170_chr18_49411558_49412230	94	Contig170_chr18_49411558_49412230;94	C	A	74.3	.	VRT=6
+Contig192_chr18_49419342_49420737	1058	Contig192_chr18_49419342_49420737;1058	C	T	42.8	.	VRT=6
+Contig64_chr18_55979770_55980315	49	Contig64_chr18_55979770_55980315;49	G	A	89.1	.	VRT=6
+Contig20_chr18_58130301_58130735	112	Contig20_chr18_58130301_58130735;112	A	G	74.4	.	VRT=6
+Contig146_chr19_5221790_5223013	143	Contig146_chr19_5221790_5223013;143	A	G	114.0	.	VRT=6
+Contig13_chr19_7739961_7740118	26	Contig13_chr19_7739961_7740118;26	C	G	220.0	.	VRT=6
+Contig67_chr19_12398520_12399367	499	Contig67_chr19_12398520_12399367;499	C	T	161.0	.	VRT=6
+Contig66_chr19_16285672_16287223	996	Contig66_chr19_16285672_16287223;996	C	T	190.0	.	VRT=6
+Contig129_chr19_25541958_25542221	202	Contig129_chr19_25541958_25542221;202	T	C	68.1	.	VRT=6
+Contig152_chr19_34274440_34275622	1072	Contig152_chr19_34274440_34275622;1072	C	T	48.0	.	VRT=6
+Contig29_chr19_37339947_37341911	1692	Contig29_chr19_37339947_37341911;1692	C	T	211.0	.	VRT=6
+Contig39_chr19_47709708_47711327	444	Contig39_chr19_47709708_47711327;444	C	T	36.8	.	VRT=6
+Contig60_chr19_54013816_54014398	281	Contig60_chr19_54013816_54014398;281	A	G	138.0	.	VRT=6
+Contig251_chr19_56559098_56559626	452	Contig251_chr19_56559098_56559626;452	T	C	3.36	.	VRT=6
+Contig50_chr20_12138509_12141975	3206	Contig50_chr20_12138509_12141975;3206	C	A	248.0	.	VRT=6
+Contig36_chr20_32631363_32632049	176	Contig36_chr20_32631363_32632049;176	G	A	24.1	.	VRT=6
+Contig39_chr20_36316398_36316498	57	Contig39_chr20_36316398_36316498;57	C	T	30.3	.	VRT=6
+Contig32_chr20_36468058_36468869	66	Contig32_chr20_36468058_36468869;66	C	T	40.4	.	VRT=6
+Contig24_chr20_38203888_38204900	834	Contig24_chr20_38203888_38204900;834	C	T	132.0	.	VRT=6
+Contig79_chr20_44263127_44264103	456	Contig79_chr20_44263127_44264103;456	G	T	31.5	.	VRT=6
+Contig26_chr20_45878482_45878787	197	Contig26_chr20_45878482_45878787;197	A	G	160.0	.	VRT=6
+Contig119_chr20_46550670_46551383	609	Contig119_chr20_46550670_46551383;609	G	A	139.0	.	VRT=6
+Contig50_chr21_4178523_4178687	121	Contig50_chr21_4178523_4178687;121	G	A	362.0	.	VRT=6
+Contig103_chr21_10177255_10177765	121	Contig103_chr21_10177255_10177765;121	G	A	125.0	.	VRT=6
+Contig1_chr21_10805534_10806399	766	Contig1_chr21_10805534_10806399;766	A	G	146.0	.	VRT=6
+Contig46_chr21_21029492_21030645	443	Contig46_chr21_21029492_21030645;443	C	T	5.37	.	VRT=6
+Contig129_chr21_31045749_31046924	381	Contig129_chr21_31045749_31046924;381	A	G	129.0	.	VRT=6
+Contig23_chr21_31651123_31651986	840	Contig23_chr21_31651123_31651986;840	C	T	71.3	.	VRT=6
+Contig64_chr21_43341847_43342031	84	Contig64_chr21_43341847_43342031;84	T	C	114.0	.	VRT=6
+Contig60_chr21_43475347_43475824	175	Contig60_chr21_43475347_43475824;175	C	T	8.05	.	VRT=6
+Contig64_chr21_45377513_45377872	19	Contig64_chr21_45377513_45377872;19	C	T	60.7	.	VRT=6
+Contig159_chr22_7896450_7896974	109	Contig159_chr22_7896450_7896974;109	G	C	151.0	.	VRT=6
+Contig46_chr22_9416920_9417467	381	Contig46_chr22_9416920_9417467;381	G	A	145.0	.	VRT=6
+Contig86_chr22_9440787_9441725	713	Contig86_chr22_9440787_9441725;713	T	G	119.0	.	VRT=6
+Contig16_chr22_15636960_15637372	236	Contig16_chr22_15636960_15637372;236	A	C	9.79	.	VRT=6
+Contig4_chr22_16114310_16114546	128	Contig4_chr22_16114310_16114546;128	G	C	101.0	.	VRT=6
+Contig23_chr22_34612023_34612568	167	Contig23_chr22_34612023_34612568;167	C	G	92.3	.	VRT=6
+Contig4_chr22_38252245_38253712	799	Contig4_chr22_38252245_38253712;799	A	C	159.0	.	VRT=6
+Contig122_chr22_48412466_48414788	1888	Contig122_chr22_48412466_48414788;1888	C	T	125.0	.	VRT=6
+Contig77_chr22_49764414_49764875	353	Contig77_chr22_49764414_49764875;353	C	A	148.0	.	VRT=1
+Contig26_chr22_57817664_57819633	1453	Contig26_chr22_57817664_57819633;1453	A	G	150.0	.	VRT=6
+Contig348_chr22_62406104_62406495	189	Contig348_chr22_62406104_62406495;189	C	A	134.0	.	VRT=6
+Contig133_chr23_3525134_3526502	1223	Contig133_chr23_3525134_3526502;1223	A	G	201.0	.	VRT=6
+Contig111_chr23_7058063_7058181	107	Contig111_chr23_7058063_7058181;107	G	A	108.0	.	VRT=6
+Contig79_chr23_7844129_7844837	110	Contig79_chr23_7844129_7844837;110	C	A	141.0	.	VRT=6
+Contig38_chr23_9201002_9201725	597	Contig38_chr23_9201002_9201725;597	C	T	155.0	.	VRT=6
+Contig33_chr23_20672540_20674320	347	Contig33_chr23_20672540_20674320;347	T	A	91.4	.	VRT=6
+Contig35_chr23_28447813_28449115	70	Contig35_chr23_28447813_28449115;70	T	A	21.3	.	VRT=6
+Contig51_chr23_30590939_30591162	140	Contig51_chr23_30590939_30591162;140	C	T	142.0	.	VRT=6
+Contig57_chr23_32216351_32216721	179	Contig57_chr23_32216351_32216721;179	T	G	143.0	.	VRT=6
+Contig93_chr23_35744841_35745791	40	Contig93_chr23_35744841_35745791;40	A	T	30.4	.	VRT=6
+Contig99_chr23_42543966_42544147	14	Contig99_chr23_42543966_42544147;14	G	A	357.0	.	VRT=6
+Contig32_chr23_48285289_48286638	186	Contig32_chr23_48285289_48286638;186	T	C	176.0	.	VRT=6
+Contig50_chr24_22515247_22516072	761	Contig50_chr24_22515247_22516072;761	C	T	243.0	.	VRT=6
+Contig92_chr24_28935897_28936321	13	Contig92_chr24_28935897_28936321;13	G	A	47.1	.	VRT=6
+Contig84_chr24_29196623_29199644	466	Contig84_chr24_29196623_29199644;466	C	T	126.0	.	VRT=6
+Contig35_chr24_30150986_30151507	492	Contig35_chr24_30150986_30151507;492	A	C	114.0	.	VRT=6
+Contig61_chr24_30465488_30465834	149	Contig61_chr24_30465488_30465834;149	G	T	68.2	.	VRT=6
+Contig145_chr24_34778364_34778898	163	Contig145_chr24_34778364_34778898;163	T	C	372.0	.	VRT=6
+Contig34_chr24_36147443_36150244	2679	Contig34_chr24_36147443_36150244;2679	C	T	140.0	.	VRT=6
+Contig164_chr24_46598127_46599206	84	Contig164_chr24_46598127_46599206;84	C	T	105.0	.	VRT=6
+Contig144_chr25_4011170_4013134	541	Contig144_chr25_4011170_4013134;541	A	G	160.0	.	VRT=6
+Contig81_chr25_6103472_6104760	699	Contig81_chr25_6103472_6104760;699	G	A	378.0	.	VRT=6
+Contig152_chr25_7486442_7487609	75	Contig152_chr25_7486442_7487609;75	A	G	11.6	.	VRT=6
+Contig24_chr25_7695778_7698612	2714	Contig24_chr25_7695778_7698612;2714	C	T	130.0	.	VRT=6
+Contig89_chr25_8635170_8636009	586	Contig89_chr25_8635170_8636009;586	G	C	209.0	.	VRT=6
+Contig77_chr25_10796299_10796481	2	Contig77_chr25_10796299_10796481;2	T	C	17.3	.	VRT=6
+Contig73_chr25_14177327_14177474	125	Contig73_chr25_14177327_14177474;125	A	C	6.85	.	VRT=1
+Contig59_chr25_18196776_18197707	785	Contig59_chr25_18196776_18197707;785	G	A	112.0	.	VRT=1
+Contig103_chr25_38891221_38892140	407	Contig103_chr25_38891221_38892140;407	G	A	131.0	.	VRT=6
+Contig84_chr25_42407960_42408708	55	Contig84_chr25_42407960_42408708;55	C	T	119.0	.	VRT=6
+Contig73_chr25_43562500_43564110	955	Contig73_chr25_43562500_43564110;955	T	C	52.1	.	VRT=6
+Contig37_chr25_51074433_51074885	170	Contig37_chr25_51074433_51074885;170	A	G	102.0	.	VRT=6
+Contig204_chr26_4311195_4311778	170	Contig204_chr26_4311195_4311778;170	C	T	16.9	.	VRT=6
+Contig122_chr26_7622321_7623491	106	Contig122_chr26_7622321_7623491;106	C	G	139.0	.	VRT=6
+Contig11_chr26_11062142_11062902	707	Contig11_chr26_11062142_11062902;707	C	A	108.0	.	VRT=6
+Contig133_chr26_17695661_17696368	39	Contig133_chr26_17695661_17696368;39	T	G	98.7	.	VRT=6
+Contig157_chr26_23894107_23895229	25	Contig157_chr26_23894107_23895229;25	C	T	50.2	.	VRT=1
+Contig146_chr26_26622638_26623906	574	Contig146_chr26_26622638_26623906;574	G	A	186.0	.	VRT=6
+Contig8_chr26_27834126_27834326	140	Contig8_chr26_27834126_27834326;140	G	A	41.7	.	VRT=6
+Contig78_chr26_31128839_31129005	123	Contig78_chr26_31128839_31129005;123	T	C	145.0	.	VRT=6
+Contig28_chr26_32935355_32935833	289	Contig28_chr26_32935355_32935833;289	T	C	77.9	.	VRT=6
+Contig36_chr26_36606876_36607240	115	Contig36_chr26_36606876_36607240;115	A	T	139.0	.	VRT=6
+Contig135_chr27_6853874_6854079	158	Contig135_chr27_6853874_6854079;158	C	T	116.0	.	VRT=6
+Contig47_chr27_11777710_11777915	25	Contig47_chr27_11777710_11777915;25	A	G	67.3	.	VRT=6
+Contig23_chr27_14633002_14633153	23	Contig23_chr27_14633002_14633153;23	G	A	128.0	.	VRT=6
+Contig31_chr27_14987233_14988055	630	Contig31_chr27_14987233_14988055;630	A	G	48.5	.	VRT=6
+Contig29_chr27_15428166_15429413	380	Contig29_chr27_15428166_15429413;380	T	C	140.0	.	VRT=6
+Contig31_chr27_19519489_19520891	129	Contig31_chr27_19519489_19520891;129	G	T	14.9	.	VRT=6
+Contig64_chr27_34654435_34654621	132	Contig64_chr27_34654435_34654621;132	C	A	115.0	.	VRT=6
+Contig35_chr27_40596169_40596445	20	Contig35_chr27_40596169_40596445;20	G	C	133.0	.	VRT=6
+Contig85_chr27_45471750_45472022	211	Contig85_chr27_45471750_45472022;211	G	A	53.1	.	VRT=6
+Contig131_chr28_6481806_6483783	138	Contig131_chr28_6481806_6483783;138	C	T	36.2	.	VRT=6
+Contig141_chr28_10027332_10028242	780	Contig141_chr28_10027332_10028242;780	T	G	74.8	.	VRT=6
+Contig144_chr28_15468203_15470548	743	Contig144_chr28_15468203_15470548;743	G	A	20.0	.	VRT=6
+Contig47_chr28_21311718_21312366	541	Contig47_chr28_21311718_21312366;541	G	A	116.0	.	VRT=6
+Contig60_chr28_30197166_30197364	92	Contig60_chr28_30197166_30197364;92	T	C	164.0	.	VRT=6
+Contig201_chr28_36339953_36341322	260	Contig201_chr28_36339953_36341322;260	C	T	6.36	.	VRT=6
+Contig175_chr28_36441165_36441915	68	Contig175_chr28_36441165_36441915;68	T	C	3.83	.	VRT=1
+Contig29_chr29_4726399_4727143	559	Contig29_chr29_4726399_4727143;559	A	T	163.0	.	VRT=6
+Contig48_chr29_13129286_13130137	232	Contig48_chr29_13129286_13130137;232	A	G	92.2	.	VRT=6
+Contig64_chr29_15736891_15737257	344	Contig64_chr29_15736891_15737257;344	T	C	40.4	.	VRT=6
+Contig33_chr29_17000374_17000921	71	Contig33_chr29_17000374_17000921;71	C	T	48.6	.	VRT=6
+Contig34_chr29_17581796_17584016	2105	Contig34_chr29_17581796_17584016;2105	C	T	126.0	.	VRT=6
+Contig19_chr29_20976080_20977761	1007	Contig19_chr29_20976080_20977761;1007	G	A	115.0	.	VRT=6
+Contig51_chr29_21149853_21150467	266	Contig51_chr29_21149853_21150467;266	C	T	146.0	.	VRT=6
+Contig1_chr30_5992217_5993068	106	Contig1_chr30_5992217_5993068;106	C	T	129.0	.	VRT=6
+Contig1_chr30_8232878_8233406	402	Contig1_chr30_8232878_8233406;402	C	T	127.0	.	VRT=6
+Contig108_chr30_9436961_9437520	546	Contig108_chr30_9436961_9437520;546	C	T	39.8	.	VRT=6
+Contig165_chr30_25804389_25804926	190	Contig165_chr30_25804389_25804926;190	T	C	126.0	.	VRT=6
+Contig193_chr30_27495616_27496125	434	Contig193_chr30_27495616_27496125;434	C	A	234.0	.	VRT=6
+Contig114_chr30_33636712_33637208	34	Contig114_chr30_33636712_33637208;34	C	T	142.0	.	VRT=6
+Contig38_chr31_5164423_5166573	2074	Contig38_chr31_5164423_5166573;2074	C	T	134.0	.	VRT=6
+Contig6_chr31_9649308_9650149	431	Contig6_chr31_9649308_9650149;431	G	T	162.0	.	VRT=6
+Contig85_chr31_12242872_12245082	38	Contig85_chr31_12242872_12245082;38	G	C	92.4	.	VRT=6
+Contig7_chr31_12384974_12386400	305	Contig7_chr31_12384974_12386400;305	C	T	69.6	.	VRT=6
+Contig90_chr31_17267583_17267778	81	Contig90_chr31_17267583_17267778;81	C	A	143.0	.	VRT=6
+Contig68_chr31_20000241_20000597	215	Contig68_chr31_20000241_20000597;215	C	T	131.0	.	VRT=1
+Contig137_chr31_23357653_23358568	885	Contig137_chr31_23357653_23358568;885	G	A	119.0	.	VRT=6
+Contig17_chr31_26433828_26434459	498	Contig17_chr31_26433828_26434459;498	T	C	9.79	.	VRT=6
+Contig9_chr32_19479532_19479735	12	Contig9_chr32_19479532_19479735;12	A	G	20.7	.	VRT=6
+Contig30_chr32_25902721_25905783	208	Contig30_chr32_25902721_25905783;208	C	G	162.0	.	VRT=6
+Contig7_chr32_27789513_27789926	20	Contig7_chr32_27789513_27789926;20	G	A	7.19	.	VRT=1
+Contig42_chr32_38900713_38901320	320	Contig42_chr32_38900713_38901320;320	A	G	134.0	.	VRT=6
+Contig18_chr33_22207246_22209159	1363	Contig18_chr33_22207246_22209159;1363	G	T	51.5	.	VRT=6
+Contig104_chr33_22483642_22484187	424	Contig104_chr33_22483642_22484187;424	C	T	140.0	.	VRT=6
+Contig170_chr33_26189421_26189940	292	Contig170_chr33_26189421_26189940;292	T	C	98.4	.	VRT=6
+Contig113_chr34_13341080_13341643	236	Contig113_chr34_13341080_13341643;236	C	T	90.7	.	VRT=6
+Contig405_chr34_14415672_14415979	59	Contig405_chr34_14415672_14415979;59	A	G	36.2	.	VRT=6
+Contig21_chr34_16422980_16425681	2009	Contig21_chr34_16422980_16425681;2009	G	A	19.4	.	VRT=1
+Contig41_chr34_16544482_16545449	46	Contig41_chr34_16544482_16545449;46	T	C	102.0	.	VRT=6
+Contig8_chr34_18474513_18475673	1122	Contig8_chr34_18474513_18475673;1122	C	A	129.0	.	VRT=6
+Contig152_chr34_31794848_31795540	242	Contig152_chr34_31794848_31795540;242	G	A	93.2	.	VRT=6
+Contig28_chr34_41708848_41712034	1381	Contig28_chr34_41708848_41712034;1381	A	G	78.2	.	VRT=6
+Contig85_chr34_42798284_42800584	1845	Contig85_chr34_42798284_42800584;1845	C	T	171.0	.	VRT=6
+Contig47_chr35_3666773_3667898	348	Contig47_chr35_3666773_3667898;348	G	T	124.0	.	VRT=6
+Contig195_chr35_15722500_15722741	205	Contig195_chr35_15722500_15722741;205	G	A	4.08	.	VRT=6
+Contig101_chr35_19513178_19513697	62	Contig101_chr35_19513178_19513697;62	C	T	112.0	.	VRT=6
+Contig19_chr35_23887144_23888282	90	Contig19_chr35_23887144_23888282;90	C	A	10.1	.	VRT=1
+Contig47_chr35_24382042_24382526	33	Contig47_chr35_24382042_24382526;33	G	A	87.0	.	VRT=6
+Contig77_chr35_24796947_24797172	65	Contig77_chr35_24796947_24797172;65	A	G	52.1	.	VRT=6
+Contig74_chr35_25394343_25394813	303	Contig74_chr35_25394343_25394813;303	A	T	221.0	.	VRT=6
+Contig5_chr36_4562983_4563634	343	Contig5_chr36_4562983_4563634;343	C	T	151.0	.	VRT=6
+Contig75_chr36_7885319_7885588	53	Contig75_chr36_7885319_7885588;53	G	A	25.7	.	VRT=6
+Contig184_chr36_18956191_18958552	187	Contig184_chr36_18956191_18958552;187	A	G	11.5	.	VRT=6
+Contig12_chr36_21557176_21557828	513	Contig12_chr36_21557176_21557828;513	T	A	159.0	.	VRT=6
+Contig2_chr36_22436067_22436794	653	Contig2_chr36_22436067_22436794;653	C	T	73.0	.	VRT=6
+Contig133_chr36_32954045_32955409	136	Contig133_chr36_32954045_32955409;136	A	G	116.0	.	VRT=6
+Contig53_chr37_6665763_6665919	116	Contig53_chr37_6665763_6665919;116	C	T	111.0	.	VRT=6
+Contig42_chr37_9589176_9591269	252	Contig42_chr37_9589176_9591269;252	G	A	25.1	.	VRT=6
+Contig2_chr37_17134963_17136513	1140	Contig2_chr37_17134963_17136513;1140	A	C	158.0	.	VRT=6
+Contig18_chr37_17147806_17149851	291	Contig18_chr37_17147806_17149851;291	T	G	112.0	.	VRT=1
+Contig64_chr37_17606895_17607534	565	Contig64_chr37_17606895_17607534;565	C	T	30.2	.	VRT=6
+Contig126_chr37_21587881_21590621	373	Contig126_chr37_21587881_21590621;373	G	T	132.0	.	VRT=6
+Contig2_chr37_31197993_31198256	182	Contig2_chr37_31197993_31198256;182	C	T	39.6	.	VRT=6
+Contig46_chr37_31852376_31853555	825	Contig46_chr37_31852376_31853555;825	A	G	111.0	.	VRT=6
+Contig7_chr38_12217200_12218387	1163	Contig7_chr38_12217200_12218387;1163	A	T	44.4	.	VRT=6
+Contig15_chr38_12282020_12282253	150	Contig15_chr38_12282020_12282253;150	C	T	156.0	.	VRT=6
+Contig4_chr38_14807432_14807747	275	Contig4_chr38_14807432_14807747;275	A	G	36.5	.	VRT=6
+Contig6_chr38_16185744_16186110	325	Contig6_chr38_16185744_16186110;325	A	G	74.9	.	VRT=6
+Contig265_chrX_2689247_2689484	114	Contig265_chrX_2689247_2689484;114	C	G	103.0	.	VRT=6
+Contig122_chrX_6026976_6027327	330	Contig122_chrX_6026976_6027327;330	C	T	79.4	.	VRT=6
+Contig15_chrX_15659909_15660340	15	Contig15_chrX_15659909_15660340;15	A	C	14.9	.	VRT=6
+Contig12_chrX_23243561_23244412	479	Contig12_chrX_23243561_23244412;479	C	G	67.7	.	VRT=6
+Contig113_chrX_26287829_26288398	385	Contig113_chrX_26287829_26288398;385	C	T	59.6	.	VRT=6
+Contig186_chrX_29118735_29118939	192	Contig186_chrX_29118735_29118939;192	G	A	7.01	.	VRT=6
+Contig237_chrX_31256648_31257654	165	Contig237_chrX_31256648_31257654;165	T	A	246.0	.	VRT=6
+Contig25_chrX_40729418_40730089	332	Contig25_chrX_40729418_40730089;332	C	T	31.2	.	VRT=1
+Contig90_chrX_57430715_57431566	548	Contig90_chrX_57430715_57431566;548	C	T	116.0	.	VRT=6
+Contig133_chrX_84833782_84834125	182	Contig133_chrX_84833782_84834125;182	G	A	69.7	.	VRT=6
+Contig129_chrX_90586053_90586467	135	Contig129_chrX_90586053_90586467;135	A	T	120.0	.	VRT=6
+Contig125_chrX_93319363_93320877	349	Contig125_chrX_93319363_93320877;349	A	C	145.0	.	VRT=6