--- a/collection_list_render.R	Mon Sep 25 14:28:52 2017 -0400
+++ b/collection_list_render.R	Mon Sep 25 16:19:52 2017 -0400
@@ -32,8 +32,8 @@
 spec_list=list()
 spec_list$FILE_LIST = c('file_list', 'l', '1', 'character')
 spec_list$ECHO = c('echo', 'e', '1', 'character')
+spec_list$FORMAT = c('echo', 'f', '1', 'character')
 ##--------2. output report and outputs --------------
-spec_list$LIST_COLLECTION = c('list_collection', 'o', '1', 'character')
 spec_list$REPORT = c('report', 'r', '1', 'character')
 spec_list$OUTPUT_DIR = c('list_collection_dir', 'd', '1', 'character')
 ##--------3. Rmd templates in the tool directory ----------
@@ -46,6 +46,7 @@
 #------ Load libraries ---------
 library(rmarkdown)
 library(htmltools)
+library(dplyr)
 
 #----- 1. create the report directory ------------------------
 system(paste0('mkdir -p ', opt$list_collection_dir))
@@ -62,6 +63,9 @@
     gsub('ECHO', opt$echo, x)
   }) %>%
   (function(x) {
+    gsub('FORMAT', opt$echo, x)
+  }) %>%
+  (function(x) {
     gsub('FILE_LIST', opt$file_list, x)
   }) %>%
   (function(x) {
@@ -74,6 +78,6 @@
   })
 
 #------ 3. render all Rmd files --------
-render('list_collection.Rmd', output_file = opt$list_collection_html)
+render('list_collection.Rmd', output_file = opt$report)
 
 #-------4. manipulate outputs -----------------------------