# HG changeset patch
# User nml
# Date 1585070866 14400
# Node ID 33de0245ed99d3b1a8d4597d04cce2add98aa10a
"planemo upload for repository https://github.com/phe-bioinformatics/PneumoCaT commit c1002f7ad15e676357c6489878291de07bbde841"
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@@ -0,0 +1,14 @@
+
+ 1.2.1
+
+
+ pneumocat
+
+
+
+
+
+ 10.7717/peerj.2477
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 33de0245ed99 pneumocat.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/pneumocat.xml Tue Mar 24 13:27:46 2020 -0400
@@ -0,0 +1,180 @@
+
+ Pneumococcal Capsular Typing of illumina reads
+
+ macros.xml
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+`_
+
+Program Steps
+#############
+
+- **Step 1:** Reads from each readset are mapped to capsular locus sequences for all known capsular types using bowtie2
+
+ - This step is considered successful if the readset matches > 90% to one or more capsular locus sequences
+
+ - If only a singular capsular locus is matched, PneumoCaT terminates and reports that as the assigned capsular type
+
+ - If more than 1 loci are matched then the tool moves to step 2
+
+- **Step 2:** Variant calling with the capsular type variant database
+
+ - Used to distinguish serotypes within a serogroup/genogroup
+
+Please note PneumoCaT applies a quality metric requiring a mean depth of 20 reads across the mapped sequence
+and a minimum depth of 5 reads for mapping. The report will retrun "Failed" if these conditions are not met.
+
+Inputs
+######
+
+- **Paired-end Illumina reads** with one of the following example formats is prefered:
+
+ - _1.fastq and _2.fastq
+
+ - _R1.fastq and _R2.fastq
+
+ - _R1.fastqsanger.gz and _R2.fastqsanger.gz
+
+- If the reads are not formatted as above, the wrapper will append _R1.fastq and _R2.fastq to allow function
+
+Outputs
+#######
+
+Please see `**PneumoCaTs interpreting results document** `_
+for full up-to-date information on how to interpret PneumoCaT results.
+
+Galaxy will output 4 results running PneumoCaT with 2 of the results only appearing if **Step 2** variant calling is done
+
+**1. Coverage Summary.txt** -- Always output unless fails --
+
+**2. Results.xml** -- Always output unless fails --
+
+**3. Serotype distinction.xml** -- Step 2 Required --
+
+**4. Variant Summary.txt** -- Step 2 Required --
+
+
+**Note** - Galaxy will always output files 3 and 4 even if step 2 is not done. In these cases, the files will have no data.
+
+]]>
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 33de0245ed99 test-data/09N_R1.fastq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/09N_R1.fastq Tue Mar 24 13:27:46 2020 -0400
@@ -0,0 +1,6160 @@
+@09N-3080/1
+TCCATCGGCTAGTGAGTAGCGTTCACGTACAAAACCTAGAGCCTGCTCAGAGTCTAGATGGACATTCCCTACTGGGAAAAGGAACTTCCTATGTAGAGCTGAAAACTCTTGATCATTATGAACATCTACCCCTCCCAATAAGTCAATCAATTTCAAAAATGAGGTAAAATTCAAACGAACATAATAATTAATATCTACAC
++
+??A=??ABDB@DDBBBGGGGFGIHIIHFHHIIIIIGIEIHHIHIEHIIHHIIDHGCDIGHHFGG=EHIGHHHFIGHH5GIHIIHHCHHII?HEHHFHFFHHHHHHHE=HHHEGHHHHGFHFFDGHHHED5BGGGGFEGF8EEEGAHIHHHHDHFDFHF7FHG;GHBEF3G7DGFGG;GGGGGGFGAGGFGDEFE/FEE*EG:GGGEGGEEEG8EE.F?G/G*EEEEGGG(=G8GEG
+@09N-3076/1
+CTAATTTATTCTTTCCTCATCCATAATTGAATTATTTTTATACTTCCAGAATAATATCAACAATCCGTTTACAAGTCATTCCATCTCCATAAGGGTTGCTAGCTTTGCTCATCTTGTTATATTCTGTTTCATCTTCAAGAAGAAGTTTGAAGTTGCTATAGATATTCTCTTCTTCTGTTCCTACCAACTTCAACGTGCCA
++
+A???A??BBDDBDDDDFFGF+GFICIAHIEFIIHIIIIIIHIEIHIGIFIFFHH,HC@I5FFIIHHHHHHFIGHIIBEIFI5HHHHIHHIHHIHHHIGIGHDFIHCHHFHHEHEGCHFG=?AG+GEGFGGGEGHCD@IGEGGGEGCFEFCFGECGGFCD>G*EE)FG?FEFC6?GGEAEGEGEFGGEE?FEGFGEFEGGG
+@09N-3074/1
+ATCCTGTATAGCTGCTTTAACTACAGCTAAACTACTATCATCTATTTCCATCACATAGAGGTTACTGTCAGGCATTGCATAAGAAGGAAGATCCATCCGATCTGTCCCTTTTAAATCTTGAGCATTCACTTTGTAAGTTCCACCACTTTCTAACTGAGCATTGACCAAATTTATCATAGTCTCAAGTGGCATATTTGTTT
++
+?=???BB?DDDDDD=DGFGDFGIIHICHHHFIHIHCFIFHHEBFHDHGHHHIHHHIFHHIIHHGHIHHHHDIIFFEGIHHGIHIEIIHHFEGIHHFHIIDHIDEDFFGCH?FHGDHEHDHCF+H6GEGG=G>.GEBDGFEEGGG,GGEGGGGBGGCG;GBAGDBFFEG?G*FFGEFF?GEGGC?G6EE??EDGGECCGGE
+@09N-3072/1
+TGGTGATACAGATCCCGATTGAATTACAAATAAATTTTCAATATTTGTATCACATAAACCGTGAGATAAATCAGCTGTCCCAGATAAAAATTCTGTTAGCCCTGTAACTTTTTCACGCGATTTAAAAACTCCTGATATAACTGAATTTCGAGTATCGCCATCGATCAAAAGAGTTTTATAGCCTGTACGCGCAAACGACC
++
+??A??BBBD?ED?DDDGGFFFGFEIAIFCFIIHIHF9IIHII=IHIHHGIIIHIIH5HHDIHIFCGHDIFHIIHHGFIHHHHEGGIHHHFHHHHHHHBIHFFHDHHG'H4HGFHHHGFICGFGEHC:GEHEFDGGIG/HF9E2EAG?GE?GGFECFFE?G@ECECGEGGCEGGFEGEEFFFEE.GFEAGFGG/8DCGFAG
+@09N-3070/1
+TATTCACTTTTGTATTCAAAAGGTTGCGGGTGCCTCTGTCCGAGTACCCACTATGATATTTAACCTATTGAATATCTATAAATTTCCTCTGGGAGTTTCATGGTATCTATATACGTTATGGTCGATATTGATAGTTTATGGTTTACTATCTGTTGTTTTCAAAAATCGTAAGTCCCTTTTGTTAGTTAGTGTTTTTGCCT
++
+??AA9BBBBD?DBDDEFGFFFFIIIIIHIHHHHHHIIHHIHHIHHIHIIIFEDAIIIHGIIIGHHHDD?H*HIIIFHEIE=*GEAGBIIHIIGDFHHHHHHHDHHIHI?HDBHGEHHFHGHGFHGGGFHEEG;FFFEEFEBGFGAGGG=EEGGGGGEEBEGEAGGGEE?GGEFC?GGGE8AGGAFFGGG(?FEEEEGGG:
+@09N-3068/1
+CGCAAACGACCTTGCTATATTTACGGAAGTAGTTGTTTTTCCTTCCCCAGGGTTAACAGAAGTAACGGAAATTACTTTTAGTTTATCTCCGCTCAACTGTATATTTGTACACAAGGCATTGTAATATTCTTCTGCCTTCTTAATGAACTCCAGTTTTTTTTGTGCTATTTCTAATGTCGGCATTCCTCTCTCCTATTTCA
++
+?????=?BEDDDD6DDFCFGGFIEIIIHFHHIFHHHIHHIIIEIIIIH@8HIFHIIEIHHHIHHGHCIDHHAHIIHIHIIHDHIHHIHHF9IIHHF=HEDIHEHHAHEHHHEHG7ECHHG?HFHEHDEEEFECGGGGFGECGGHEGEFF?8FGFFEEGGG:8GCGFGF?GGEFEEGIHIDHHHIFIEFD@GFAIIHDHIIIHHHIFHHIGIFIHDIGFFHGHHHHGIHIIGHHI=FIHIHIH=HIDHFGHHHFDIHGH;EHFHDCHF@FEHEHHHG:G:FFG=GG8FCGGEGG;G8GAAAEHEDGE:G:?EGGEFFF8GEG::FAGGG)G:EGEGGGGFGGGFFE>
+@09N-3064/1
+ACGTGTCCCACTTTGATTCCCATATAAAATGCTGCTAAAGCTGTCGCAAATGTTGTTGTAGTATCTCCATGAACAAGAACAAGATCTGGTTTTTCTTTCTCTAGAACCGCCTGAATTTTATCCAAGATACTAGTCGTAATGGTAAATAGGGTCTGATTTGCTTTCATGATACCCAAATCATAATCTGGGACAACCTTGAA
++
+??A??BBBDBDBEDDDGGGFAFHHFIHIIIIHHIIIHGHHHIHHHI?IIIHIGIHHIHHHHFCDII*HFHIIHFDIEEI4CEIHIGIHIHEHHFHHEHIGCHIHHCCIFHIFHHHHEGGDHHHG8FHEDHGEFFGEGGEGFDDFCGFEF4GFGE>GG;;GGGCECGGGGGGEBGGEGCGEDEG:G:GEA,EGGFFEIIHIHHFHI0DGHHHIIHFGCHIHIIHGEHHEHIIAH?HCAHHHIIHHDIIFFHIIFEFHIHHFHGGIHHIHEF@9BHHEGGGHIEHDFHH;G@FHFGHHEGDFHEF2G8DEFGGEGEFCDAEGDFGG@EEE6FGGGE*GEEGGGGCG;GGEG@G:GFGGG*AGF)GEEGGGCGE;E
+@09N-3058/1
+GAAATATCAGGAGCTACTATACCATCGTATTTTAATTTTTTTACTAGCGGAGGTGGGACATTATTTCCTCCATGTACTCGCAATGAGGATCTTTTTAATAAAAAAAATATCAGGGAACTCAGTTTTCTAGCTGATGATGTATGGTTGAATTTTTTGGTAGTCAAAAATGGAATTAAAACAGTAAAAGCAACACGATATAA
++
+??????5BD@DDBDDDFEGFFFEHFIHFI;GFGHHHHHH.HFIIIHIHIHIFIIHDHIGHIHICIBHHHFHIHHHHIHIHIHIIFGIICGHIID/IFHGHIHHFF+HEGHHFHHDDHC)HFFHEGH:GGFEFEGGFGFGE9FGHCGC0GCGEFGF:GGGEG?GCGGGGEE8E/GECEFCEGCGE:CEGG?EGCC/C6GGE
+@09N-3056/1
+TTAATCAGTGCCATGAAGATGAGAAAATCAAAAAAATCGTTAATGAATCAGGAATCATTAATGCGGATGGAGCATCAGTTGTTCTTGCAAGTAAGTTTTTAGGAACGCCTGTTCCTGGACGAGTAGCGGGTATTGATTTGATGCAATGTCTTTTAGAGTTGTCAAATAAAAAAGGATATTCAGTTTACTTTTTTGGAGCT
++
+?????BBBDDDDDEDEFFCFFFFIIHIFHHHCIIHGHHHF+FIIDGIHHIIIEIIIHHEIIIIIHG+GIHHIIFHIHCHCI)I-IHIHDCE=I8IHGHH/GEHCGCIHEFH:FH=DG+GGBGGHGGF;E@?GEGGGGGE:)E?ECCEGCGEEG:CEGFEGGFGGEEFCAGEBEEEEFGAGGFGEFAG?GE0EGGEA8GEC
+@09N-3054/1
+GTCATTCCATCTCCATAAGGGTTGCTAGCTTTGCTCATCTTGTTATATTCTGTTTCATCTTCAAGAAGAAGTTTGAAGTTGCTATAGATATTCTCTTCTTCTGTTCCTACCAACTTCAACGTGCCAGCAACGACCCCCTCAGGACGCTCTGTTGTATCACGCATCACCAAGACAGGTTTTCCTAAAGAAGGTCCTTCTTC
++
+??AA?B?BDDDDDHFHIIHIIEHIIHIHGEIHH?IEHIIIF1HFHHIGHGFGHHFF7IHGDHHHHHHFFHIHHGHI+HFFHGHEBHGCHEF.HCFGGBG;GGGEEEEEGFGG;EH>EFHHIIHIHHHIHBIIHIIHGHDDIIHHIIHIFBFIIIIHGGGHHFHIIFHDIHFIFIEIHHIIH7IHIH6DIGHFHEEFGHGDBHHFF3E?H@HFBH*HF3?FEGGG7*BFGFFGEFHGFEGBEGFEFFE*GFFGEEGEEGGGFEGGGGEEG+EBG*G?F.A?FG:GGGCEG
+@09N-3050/1
+TGCTACAAAAACAACTTATTATTCGATTTCTTTATCTAAATACAGATTAGTGAACTTTTCACTTTGTTTTTCGATAGAATAAATATCAATATTCTCAAGAATGCATTGGTAATAGACATTGTAGTTTTCCATTTCTACAAATTTCTTTAAAAGACTATATAATGTATTTCCCGATTCATCTGTAAAAATTTCTCCTCCTC
++
+A?????BBD?DDDDD?GFGGGFHIIIIBHHIHIHIIHFDFGIIIIAIHFHHII9IHIHHG>HIIIHHHIIHIHHIFHHHHIBHICEFIHIFIEIHIH7GEHICEFHFHFIEF9HDDHF;GDEFFEHEGHGGFGHGGG2F?HGE4EGCEHEGBFEFG:GEGFDE?BAGGCF(CCECG:EG9GGC?0GG;FC)GEE;GG:FG
+@09N-3048/1
+CTAAAGCATTATACGATAACCTGTATCCAAGTCGCATCATTGTTGGAACTGACTTAGAAGATACTTATTTAAAAGACAAAGCTAATATATTTGCTTCCCTACTAAAAGAGGGGGCTATTAAAGAAGACATAGATACACTTTTCATGGGAGTAACGGAAGCTGAGGCAGTTAAATTATTTGCCAATACCTACCTTGCGTTG
++
+?A?AABBBBD=D=DDDGFGGFFIFHHCIHHIIHHIFHIIHDIHEFIIAGHIHEHIHFIFIFIHHHHII@HFEBHGGHGHHIGE>IIHDHIIIIHHEIEIIH?IHHFHIHEHGGHGGGDGEHFDHHGHGGGFEGFHFGGFE,*GFGEGEEFGEGGCGEBCCGGGG/FEGEG-EGGGF2GGEEEGAC6GFCGGAFE6FGEEE
+@09N-3046/1
+CACTAATTGGTTTTTTGGCAGGGGGGATTGGAACTAGTGTTATAGTTCTTCTTCTTGAACTTTTGGACACTCATGTGAAACGTCCGGAAGATATCGAAGATACACTGCAGATGACACTTTTGGGAGTTGTACCAAACTTGAGTAAGTTGAAATAGGAGAGAGGAATGCCGACATTAGAAATAGCACAAAAAAAACTGGAG
++
+?????BBB@DDDD9DDGFGGGGHIHIIHEFIIHIHI=IEEIIHCIIHHHHIH?HDHICICGIBHHHHHHHH+FACIAHGHIEIIHIHH/HHGFHIHEGFHIIHDIHAIEFGCGEB1DGGD+*GEGF2GGEEGCGG?FG?GDFGGGGGGFEBFEGGG5GGG:GECGCEE.EGCGGGGGGG?GGGCEE:E?GDCGGEEGGGG
+@09N-3044/1
+TTTTAAAAAATCAGGTTCACAGAAAGTGAAGCGAAGTGTTAATATCGTTTTGCTGACTATTTATTTATTGTTAGTTTGTTTTTTATTGTTCTTAATCTTTAAGTACAATATCCTTGCTTTTAGATATCTTAATCTAGTGGTAACTGCGTTAGTCCTACTAGTTGCCTTAGTAGGGCTACTCTTGATTATCTATAAAAAAG
++
+?????BB=DBEDDDDEFGGFGGHICHBIFHCIIIBIHH.EIIHIHIIHIHEI=IHDGHIHIIGIHHHIIIAIHHHIHFHHIICIHHIIIHFIHHH5IGII-,HHHFHDGFGE=HHG?HF8GG*HAGH,5HH:HGGGGEGEGDFGGFEGEGGG@GGDGGEGGAGGGECGGGGECE;GGEGCGG6*GGCCFEGEGEGEG?GG
+@09N-3042/1
+TTAATACCATCTATTATCGACTATTTAGATTATATAAAAAAATTTATCTACAAGTTTTTAGTAAAAAAACGGTTGACATTTTGGGTGAAAAGGCTAATTTAGAAAATGAACTAATTGTTTCGTTTACAACAATTCCAAGTCGTCTTAATTATTTACCAAGTATGATTAAAAGTATTTTCAATCAGACAATTATCCCTAAC
++
+?A?BBBDDDDDEDDFCFFGGH8IIFHH6IHIFFGIIHIIIHHIIIHI9IHIEHICIHHI5IHF5IIIGIHFHICDHH)HFHHH?FHIHIHHHIIHHHHIH@EHHFIHHI?HGGEGHGFFFHH?GGGFFEFHEGGDGGGFGGEEEGG;EDEG(EGGGFCEGGE:CDE6<*GGGGE=GCAGEFFEGEAGGECFGFGAGGC
+@09N-3040/1
+GGTATTTTATCATGTTGAAAATCAGATTTATCCAAAACACTTACTGCTACCAATTTCCATGAAAGTTCATCAGATTCTAGCAATTTATCAAGAACTTTTTCCATATTTTTCGTTACTGTTAACAGTAAAATTTTCTTGCTATTTTTTAGATTAAAAAACACATGCTTCCAATATTTCTTTACTAAGAAATTTAACAAGTA
++
+?A???B>BDDDDDDDDGGGFGGFHHIHIIEIHDIIII@/EHIIIDGHIA=CIIGGFFI>DIIHAIHIHHIHIHHIHIEHIEHI=HEFIIGAIDHIIIHHFHIFHH8GGEHFFDDFHFHHFHHE=FEHEHEFEEGCGGGEGEFDFGGE?EEEC?GEFGEGGGC@GGEGGGAFEGGGFEEGGF(GGGA8FEGE*GFGGGGEG
+@09N-3038/1
+TGAAATATAGGAAAGTTTTAGGAAAATTTTTCTCCATTTTAGGAAAAATCGCAAAAGCAACTAATACACAGACAATAAAAGCAATCCCCCACAAACCTGGGTTAATATAGCTTACATAATCCTTCTTAGACCCTACTTCATAAAACAAGAACCAAGCGAACATATAAATAAAATCAAATAACACAAAGAAAAAAAGAAAT
++
+??A?5?CGIHCFDHHIIFHIH5CIIIH?GIIIHFIGFCHIHHEHIHGIIHHFHHCHHHHIHFHFHHHHHAHFHHIHGFGDH>FGHG0E;GDGHHHEGEHEFGGAEGGGGDGGEEE3GEEGGFEGEE*GGGE6F8BGGGGGAGFEGGFGEGFEE'AGDAGG:.GF:HEFHHHIH7HH9CHIFIHIE9FIGIIIEHHFIIHHFICIIHGIHIIIICHIDIHHHHEIIIIIHFGHFHHEIHEHHIFG5HEDGHHHCHH+FGHHHDFHGHDFGEHBEAFEGGFDE)BFGGFAEEG?GE=CCEGGGFGGGECE*GGEGGGEGEFGGE:EGAG.ECG4GGGEG?G(
+@09N-3028/1
+TTCTTTTGCAATTTCCCGAACCTGAAGAAAGTTTTCTGCTATCTTCTCTTCCGGAGTTTCAAACATCCCTTTTCGACGATGCGAAGTAGACACAATCATTCGAACTCCTTGATTATAAGCTTCTCTTAAAAGTGCCTTGCTTTCCTCTATTGACTTGGGACCGTCATCTACATCAAAAACGATATGCGAATGGATGTCTA
++
+,??@DDBBDDDGFGCGGEFBIIIFI@HIHEFIHHI7ICGHIIFIIGHHHIHHHFHHGFHIHHHHIHIIHIIEIF,IHHGIHIGIDIHHD/DHHHCH-HFHHFHHGHEHEGHGFAGGHDH@D8GHGGFGFGC@GGGEEGEGE:DGBGE@GDDCEG0GEEGG?GG*FGEGEFFGGGGGGGGG<?CIFHIIHICEHGHHHH5I=IDEDGIIHIIHIIGCGCIIAIIHDHIH1IH?IHFIHEHF=HHIGB0HDHGEGGHHHGD)FG;E9EEGFH;FFGEGHEGBEBEGG,FGGGG:EGEEGG@EGCG,;EG8GFC)GFGEGEGA:ECE?GG9DGEG0EG?
+@09N-3022/1
+GTCATACAGAGTATTATTGTCATTTTATTGGTTTATTTTCTTAGCTTTGTTAGAGAGACAGAACTTGAACGTTCTTCGATGGTTATACTATACCTTCTCCACTTTTTTGTATTCTATTTTAGTTCCTATGGTAACAATTTTTTTAAAAGAGGGTACCTAGTTGAGTTTAATAGTACTATAAGATATATTTTTTTCTTTGC
++
+?A,?ABBBDHEIH)HDHIAHFGHHHEFGHGG+GEEGHEGH@GGGGFGFFGEGE.GDEGGGEEHGFEGEGEEGA6E(GCF?AGGFGFGAEFAGG?GCEEF:FGGGG?GEEC
+@09N-3016/1
+TTAATCCGTCGGAGCTAATGGGTTGAAGTAACTCTTGTTCAAAGGTGGTGTTACGATTTCAAGAACTCCTCTCAGTTCTGAGGACACGGTAATGATTGATGCGACGGAAGTAAAAATCAATCGCCCTAAAAAAAGAATTAGCGAATTATTCTGGTAAAAAGAAATTTCACGCTATGAAGACTCAAGCGATTGTCACAAGT
++
+A5???BB/DDDDDDDDGGGGGFFHAFIHEIIDIFHHIIHHHIIFIHIHBHHHIHFIIEGIID@HGHIFHFIDIHGIIIG>HHIEGIIEDGCIHDHHHHIFHHFHCHE?HHCHDHBGH@GHFGHHHEFGGFGE9?GBGIDDEEBGAE9GEGGGEFFCGGGGEFGEGFGEFGEG?GFCGG>CCGGGEEGDEFGG(GCFCGGG
+@09N-3014/1
+TTTTTTTGTGCTATTTCTAATGTCGGCATTCCTCTCTCCTATTTCAACTTACTCAAGTTTGGTACAACTCCCAAAAGTGTCATCTGCAGTGTATCTTCGATATCTTCCGGACGTTTCACATGAGTGTCCAAAAGTTCAAGAAGAAGAACTATAACACTAGTTCCAATCCCCCCTGCCAAAAAACCAATTAGTGTATTGCG
++
+?=????BBDDBDBDDDGGGFFFHIEFHHHIGICHHHHHIDHAIHIAFIIIBEDHEFHHI=HI5HGHEIE?IHCIIIIEHHIHHDBIHHG?HIIHHGGHEHHEIHHHHH3E?+HHCHFGGHGFGG;HHFG*GDDGG8GFGGGGGFEGEGC-FGEGCEGGGEGGGBEFCG8GFGG>E,GGG(GDG:CGE=GCFGGC*?GC*G
+@09N-3012/1
+AATGGGAATATGAAATATCAGGAGCTACTATACCATCGTATTTTAATTTTTTTACTAGCGGAGGTGGGACATTATTTCCTCCATGTACTCGCAATGAGGATCTTTTTAATAAAAAAAATATCAGGGAACTCAGTTTTCTAGCTGATGATGTATGGTTGAATTGTTTGGTAGTCAAAAATGGAATTAGAACAGTAAAAGCA
++
+?5A??BBBBEDDDDEDGGEFGGBHFIIHIHIIHIHIIIIIIHH@IHHIHHIIF@HHIHIHIIFHIHGHGFF?IICIAHHHEHHHHIIEFIHAHHHHFH-HIFHHIHHIEHFFEHHHGGHHFFH=?EGE)GHHGFGGAEGE@HH8HHHIHFIIGIEIIGAIHIHHIHHIHHEHIHHHIICGEIIHIDDHHEH?ECHIH@H=HHHHGHIFH3HHHHFHHGE?GHCHHGGGGFGED5GGGGGGGEGGGGEGFGG?EGGEFGGE=FGEFFGEEGGGGGGGGFFEEA8CGGGEFG?CFGGCGAG4DGGCEGGECEGFFGGEEEGGE
+@09N-3006/1
+AAAAATGTATGGTCATTGAAAATGCTGTTATATTTTCAAAGGGTAAGTTGGAAAATATTATCAAACAAAAGCAAGAAACAAAAAGAAATCCAGAAAAAACGAATTTTCTTTTTGTAGGTTCTATACTTGAAATAAAGGGCGTTTTTAACTTAGTAAAGGCCTTTAAAAAACTAACTAGTCCGGAAATTTCTTTGAAAATT
++
+???9?BB?:DDDDEEDFFGAGGFIIIHHFHH@IIBEIHGI9BII>IIHIHHIAIIHIFFIII>HHCHGHICHIIHIHDHHH,HHI7GHFHH@EHHHHFIED=HBHE@GFHHHHDGFEHHFEEGFH@5FE)GF9EFGFGEGAAGGEAHFGGG;:FEGFFEGFGEFEGEGEGGGGEEAEEGE8GE?:GGGEEFGCGDEGGEC
+@09N-3004/1
+TTTGGTGCTCTTTTGTGCACCTCCTGCTTCATTATAAAACATATTCACAAATAAAATTTTCACAAAATTGCTCCTTTATTTTCTTATAACCGCGAAGACTCGTCGATACTCTCCGCTAATATACATCCCAATTCCCCATATTAAAAATAAAATAACAAACTGAACTGATAAATGTAAAATAAGGTCGTTTACAAAATCCG
++
+?A9??B?BDDDDDDDI*HHHC@IIFIFIEFFIIIIIF6GIDHIIGIHGHFIHFHFGHHFHHGGHEFGGF=FGGEF6EBEGEEEG@GCGEFGE:DGEGGG=GEGEG=FGDGGGCCEE+E?EGGG1GGEFEEG6FEEAEG=GGGD
+@09N-3002/1
+AAGGCTAATTTAGAAAATGAACTAATTGTTTCGTTTACAACAATTCCAAGTCGTCTTAATTATTTACCAAGTATGATTAAAAGTATTTTCAATCAGACAATTATCCCTAACCGTTTTATTATGTATGTTTATAAAGATGAATTTGAAGGCATTAATTTGGAGAGTATTCTAGAACTTGCAATCAAAAATGGTTTGGAAAT
++
+?=??BBDDDDDDDDEGGFGGHHFBCIFHIHIFHGHBIDIHIGHIHHHDIFIFHFGIIHEHIIIFFCH5FFHIHIIIHC=FF5HIFIH=GIHEIGH,HH8HIHHGGFFHFF,HFGGGDEGF4EGHG8H+GGGGEE@GFEGGGGF<=;GEEEGEFEA;EGIIHIIHIHHHHIHHHIHIFHHIEEHHIFIIFHIHEHICIHHHEIIHIGHIIIIIIHHHHEHIHHGHCFHAHFHHEFFIHHHFGHFFFHIHHGGFB*EDE9EHEGGFI*EFGEG8EEEG(EFGGBEEDBDBD@DCFGEGGII-HHIHIE9HIIIHHIHIDIEHIIHFIIIHIIHFGHHFIHHHFHIIHGIHCII,IHFHHED+IIFCHIGDGIHHFHFHHIIHHHHGGBHHE9H8HHCDHFE8EHGGFGDDGCAF;1HF@GEEGCEGBFGGG@GE)FGEE;GADGGEGGGGFCEEEGAFA-E>?DE?GEF>ECCG*GG
+@09N-2996/1
+TATATCTTCATGAGCCCTTGATAACCACTGTCAGCCAAGATTTTACCAGCTTGTCCGATATTTCTGCGACTCATTTTGAACAACTTCATATCATGACAATAGTTCACAGTGATATCCAAAGAAACAATTCTCCCTTGACTTGTGACAATCGCTTGAGTCTTCATAGCGTGAAATTTCTTTTTACCAGAATAATTCGCTAA
++
+??A??BBBEDD?DDDDGGFGGGH>CHIHI,FHIFIFIIIIDGIHIHBIHHHFHIFHH@IG@DIIFHICHHIHIIIIHIHIHFIIEFHHFHIGHHCIDCIHHHIHHHGHHIHFDHFFHHHAEGFHDFGEGFGEEGHGGEGFEDGFG=GGGGG?ECGFGEGEGGGCEFG/GFFCGEGGEFED?>EEECGGGGDFEGGGEGGC
+@09N-2994/1
+TAACACAATCCAGTACAGCGATTATATGTTATGGGCTTTTTATTTTCATACGTCTACTGGGATTAAAGGAAAATATAGGAAAACTATATTCTTTAGTCAGTATGGCTGTATATGTTTGTTTTTCTCTTTCTATAATCTTTTCACAAAGTACAATTTTATCAACTTTTACAGCGATTTTTTCCAAAAATGCAACTTTTTCA
++
+??5??BBBBDDEED@EGGGGGFFIHIIIII=HHAIHIHIIIHIIH@IFIHDIIGHH-HHIFHFHHEFFHFFHIFCDFIHFGHIFIHHII@HIHIHI+IEH2HHHHIHHHEI)HHDFEHDHHHHFGGEGFGCFH,CFI,EGDEGGAGEEGFEGEDGGGEECGGGGGGEGGGEBBDDBDDDDBGGFFGGIHHI;HFBEHGHI9HHHHEIIIHAFFHHHHIEIGIIIDIIHFHDFIHIFHHIHI,IFHFI-EIIHIIGIIFH@HHGHI9HHHHFGH:HFEFFFCEHH?DHHFDH;GEGGEEEG,FAGFG.GHEB@GH,GCGGG9FGGGCEAFGGFB,EGGEFGGGGCGGGGGEEG0*EGCG*GEGEGG
+@09N-2986/1
+TTTTTAAATCGCGTGAAAAAATTACAGGGCTAACAGAATTTTTATCTGGGACAGCTGATTTATCTCACGGTTTATGTGATACAAATATTGAAAATTTATTTGTAATTCAATCGGGATCTGTATCACCAAACCCTACAGCCTTGTTACAAAGTAAAAATTTTAATGATATGATTGAAACATTGCGTAAATATTTTGATTAT
++
+??A?9BBBDDDDDDBB>F@F.FIFHIH>IIDHG?HHIDIHIHHHHHHHHHIHIGIFDEGCIHHEH+HGDHIIIICGHHIIFHHEHHHIHHIHCGHHGBHHHHFFHFHHHFHCHGEFHH7FFHHFEGHGGGH@EDFGFIFEEEFGGGCGFC@G=8EEGEGE?GEE/GAFGGG8;FGGE>FGEGFEGGGEAFGDEGGEGGGF
+@09N-2984/1
+ATATTACAATGGAGACTTCATCTATGAGCATATTGCTGCTAATTATTGTTCTTTGTGTATATTGGCCACGTGGAGAGGAGAAATTGCATGAGCAAGTTACTTAATACCATCTATTATCGACTATTTAGATTATATAAAAAAATTTATCTACAAGTTTTTAGTAAAAAAACGGTTGACATCTTGGGTGAAAAGGCTAATTT
++
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+@09N-2982/1
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