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planemo upload for repository https://github.com/phac-nml/snvphyl-galaxy commit 008f4667b70be22e9ddf496738b3f74bb942ed28
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqtk_nml.pl Tue Sep 19 16:37:42 2017 -0400 @@ -0,0 +1,268 @@ +#!/usr/bin/env perl +package seqtk_nml; +use warnings; +use strict; +use Bio::SeqIO; +use Getopt::Long; +use Pod::Usage; +use File::Copy; +__PACKAGE__->run unless caller; + + +my $rv; + +sub get_parameters { + my ($fastaref, $type, $coverage, $length,$log); + my ($for,$rev,$out_for,$out_rev); + #determine if our input are as sub arguments or getopt::long + if ( @_ && $_[0] eq __PACKAGE__ ) { + Getopt::Long::Configure('bundling'); + GetOptions( + 'ref=s' => \$fastaref, + 'type=s' => \$type, + 'forward=s' => \$for, + 'reverse=s' => \$rev, + 'out_forward=s' => \$out_for, + 'out_reverse=s' => \$out_rev, + 'log=s'=> \$log, + 'cov=s' => \$coverage + ); + } + + if ( !$for || !( -e $for ) ) { + print "ERROR: Was not given or could not find fastq file: '$for'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ( !$out_for ) { + print "ERROR: Was not given output file path for fastq\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ( $type eq 'paired') { + if ( !$rev || !( -e $rev ) ) { + print "ERROR: Was not given or could not find reverse fastq file: '$rev'\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ( !$out_rev ) { + print "ERROR: Was not given output file path for reverse fastq\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + } + + if ( !$coverage ) { + print "ERROR: Was not given a coverage number\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + if ( $coverage <=0 ) { + print "ERROR: Was given a coverage less than 0\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + + + if ( !$log ) { + print "ERROR: Was not given a log file\n"; + pod2usage( -verbose => 1 ); + } + + + return ($fastaref, $type, $coverage, $length, $log,$for,$rev,$out_for,$out_rev); +} + + +sub run { + my ($fastaref, $type, $coverage, $length, $log,$for,$rev,$out_for,$out_rev) = get_parameters(@_); + my $subsample_size; + + + #open log fh here + open my $log_fh,">" ,"$log"; + + + my @in_fastqs; + my @out_fastqs; + + + if ($type eq "single"){ + $in_fastqs[0] = $for; + $out_fastqs[0] = $out_for; + }elsif ($type eq 'paired' ) { + $in_fastqs[0] = $for; + $in_fastqs[1] = $rev; + $out_fastqs[0] = $out_for; + $out_fastqs[1] = $out_rev; + } + else { + die "Given unknown read type of '$type'"; + } + + #get total read lengths from all fastq files given + my $total= get_total_length(@in_fastqs); + + + if (!($coverage)){ + $coverage = 50; + } + + my $seq_in = Bio::SeqIO->new( + -format => 'fasta', + -file => $fastaref, + ); + + while ( my $seq = $seq_in->next_seq()) { + $length += $seq->length(); + } + + + print $log_fh "Downsampling to coverage of: $coverage\n"; + print $log_fh "Total number of Basepairs: $total\n"; + print $log_fh "Length of Reference: $length\n"; + + my $rawcoverage = $total/$length; + printf $log_fh "Raw Coverage: %.3f\n",$rawcoverage; + + if($rawcoverage > $coverage){ + #need to downsample + #calculate $subsample_size + $subsample_size = $coverage/$rawcoverage; + printf $log_fh "subsample: %.3f",$subsample_size; + + foreach my $fastq (@in_fastqs){ + my $out = shift @out_fastqs; + #seed always set to 42 for reproducibility + my $seqCommand = "seqtk sample -s42 $fastq $subsample_size > $out"; + $rv = system($seqCommand); + #need to bit shift 8 bit because seqtk exit code for some reason are greater then standard 0-255 values that most unix application expect + die "Error when running '$seqCommand' command" if $rv >>8; + } + } else { + #no sampling needed, just copy the fastq's to the output + print "Subsampling not required\n"; + foreach my $fastq (@in_fastqs){ + my $out = shift @out_fastqs; + copy($fastq,$out) || die "Not able to copy '$fastq' to '$out' with error $!"; + } + } + + + +} + + +sub get_total_length { + my (@files) = @_; + my $total; + foreach my $fastq( @files) { + + open my $in, "<",$fastq || die "Could not open file '$fastq'"; + #skip first 3 lines + for ( 0..2) { + my $line = <$in>; + } + + while ( <$in>) { + chomp; + $total+=length($_); + #skip first 3 lines + for ( 0..2) { + my $line = <$in>; + } + } + close $in; + + + } + + return $total; + +} + +1; + + +=head1 NAME + + + +seqtk_nml.pl - Down sample fastq(s) if raw coverage is above user provided level + + +=head1 SYNOPSIS + + seqtk_nml.pl --ref reference.fasta --forward first_R1.fastq --reverse --reverse_R2.fastq --out_forward answer_R1.fastq --out_reverse answer_R2.fastq --log log-file + + +=head1 OPTIONS + +=over + +=item + +=item B<--ref> + +Reference fasta file that we getting the expected length [Required] + + +=item B<--cov> + +Coverage desired i.e 50.0 + + +=item B<--forward> + +Forward fastq read file. [Required] + +=item B<--reverse> + +Reverse fastq read file. Can be optional + + +=item B<--out_forward> + +Downsampled forward fastq read file. [Required] + +=item B<--out_reverse> + +Downsampled reverse fastq read file. Can be optional + + +=item B<--log> + +Log file that indicate what has happen. [Required] + +=item B<--type> + +Indicate to application if we are receiving one or two fastq files [Required] ['paired','single'] + + + +=back + +=head1 DESCRIPTION + + +Downsample fastq(s) reads based on the raw coverage from reference fasta file. Needed when we have too much data to run correctly in downstream analyses tools. i.e spades , snvphyl , etc.. + + +=cut + + + + + +=back + + +=head1 SYNOPSIS + + + +=head1 DESCRIPTION + + + +=cut +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqtk_nml.xml Tue Sep 19 16:37:42 2017 -0400 @@ -0,0 +1,113 @@ +<tool id="seqtk_nml_sample" name="seqTK Sample NML" version="1.0.0"> + <description>Runs seqTK sample if raw coverage is above user defined threshold </description> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement> + <requirement type="package" version="1.6.924">perl-bioperl</requirement> + </requirements> + <stdio> + <exit_code range="1:" level="fatal" description="Unknown error has occured"/> + </stdio> + <command> + perl $__tool_directory__/seqtk_nml.pl --ref $fastar + + #if $single_or_paired.type == "single" + --type single + --forward $input_se + --cov $coverage + --out_forward $output + --log $log + #elif $single_or_paired.type == "paired" + --type paired + --forward $single_or_paired.forward_pe + --reverse $single_or_paired.reverse_pe + --cov $coverage + --out_forward $output + --out_reverse $output_rev + --log $log + #else + collection + $single_or_paired.fastq_collection.forward $single_or_paired.fastq_collection.reverse + $coverage $output_collection.forward $output_collection.reverse + #end if + + </command> + <inputs> + <conditional name="single_or_paired"> + <param name="type" type="select" label="Read type"> + <option value="single">Single-end</option> + <option value="paired">Paired-end</option> + <option value="collection">Collection Paired-end</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="input_se" type="data" format="fastqsanger" label="Single end read file(s)"/> + </when> + <when value="paired"> + <param name="forward_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Forward paired-end read file"/> + <param name="reverse_pe" type="data" format="fastqsanger" label="Reverse paired-end read file"/> + </when> + <when value="collection"> + <param name="fastq_collection" type="data_collection" label="Paired-end reads collection" optional="false" format="txt" collection_type="paired" /> + </when> + </conditional> + <param name="fastar" type="data" label="Fasta Reference File" format="fasta" /> + <param name="coverage" type="integer" label="Desired Coverage" value="50" /> + </inputs> + <outputs> + <data format="fastqsanger" name="output" label="SubSampled Fastq" > + <filter>single_or_paired['type']!="collection"</filter> + </data> + <data format="fastqsanger" name="output_rev" label="SubSampled Fastq Reverse"> + <filter>single_or_paired['type']=="paired"</filter> + </data> + <collection name="output_collection" type="paired" label="SubSampled Fastqs"> + <data name="forward" format="fastqsanger"/> + <data name="reverse" format="fastqsanger"/> + <filter>single_or_paired['type']=="collection"</filter> + </collection> + <data format="txt" name="log" label="Log file"/> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="type" value="paired" /> + <param name="forward_pe" value="inputforward.fastq" /> + <param name="reverse_pe" value="inputreverse.fastq" /> + <param name="fastar" value="testref.fasta"/> + <param name="coverage" value="50" /> + <output name="output" file="outputforward.fastq" /> + <output name="output_rev" file="outputreverse.fastq" /> + <output name="log" file="lognosample.log" /> + </test> + <test> + <param name="type" value="paired" /> + <param name="forward_pe" value="inputforward.fastq" /> + <param name="reverse_pe" value="inputreverse.fastq" /> + <param name="fastar" value="testref.fasta"/> + <param name="coverage" value="25" /> + <output name="output" file="outputdownsamepleforward.fastq" /> + <output name="output_rev" file="outputdownsameplereverse.fastq" /> + <output name="log" file="logdownsample.log" /> + </test> + </tests> + <help> +What it does +============ + +Calculates raw coverage. If the raw coverage is greater than desired coverage, runs seqTK sample to generate downsampled reads. + + +Usage +===== + +**Parameters** + - Fastq reads (single end, paired end, or paired end collection) + - Fasta reference file + +**Options** + - Desired coverage (50) + </help> + <citations> + <citation type="doi">doi.org/10.1371/journal.pone.0163962</citation> + </citations> +</tool> +
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+CCATAAATCCAACTTCATACGCAACCTCCTTCCTATTCCACTTTTGTTGCCTTTAGTTCACCAGCATTTGTGACAGTTATTTTGAAATTAGAGCCATTTTCAGAAACCAAAATTGCGTCCTGTTTTTTATTCCAATTGGCAATATCGATTGCAGTCACATTATTTTTTTCTGCATTAGCTTCGATTCCATTTAATTTCGTTTTGTCGCTGGCGGGCATTAATCCAGATGTAGTAGTTGTAGCCGAGTCCAA ++ +AAAA?FFFFFFFGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHGGGGGHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHGHGGGGGGGGFFGFGGFGGGGGFFF//:B;FBBFFFFFADFFFFF +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:12508:2068 1:N:0:1 +GTTGAAGAGGAACAACTTCTTTTTGCGTTGACCGATTTAAATGCAGAAATCATGGAAAATACTTCTATACCATTTTCCTCAGAGAAAAAACCAGAAGAAGCGATTGAGTTAATTGCTAAAAATGTGAAAAAGATGTGTGAAAACAGAGATATGAACCATTTGCTAGGAG ++ +AAA11@DD1ACCAGGCGGGGGGHHGHGGGGFGFGGGGC1GGHHHEFHHHHHHFHEFFFGGHEFGFFFHBGHHHHHHDGHFFHGCBB@CH/>>GGHHHG0CGGEFEGHEGHFHEFFHHGH1EGGHGFHFHHHGGGHHFGGHHDHFHHHGFFHHHHFHGHHFHHHHHGHGH +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:11566:2074 1:N:0:1 +GTTACAACCAATTCCGGAAACAAAAGCAACCCAGAAA ++ +AAAA13DCA?A1FGAGGGGGGBFHABGFHA000F0FG +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19846:2075 1:N:0:1 +ATACTGACGAGGTGTGAATGTTAATGAAGTGGCACTAATATCGTTAAGAAACAGTTTGTTGTCCGCTTTAGAAGCTTGATAAGCAGTCTGGACAATCTCTTTGAATTTTGTTTTCACACTCGGACCATTGTAGTCATCTTGAATTACTTGGTTGGATGCGCCGAACTGCATGCCGAATTTGTGTGAATTAATGACTAATGGCTTTTTTGTGTGGTTCTCTGAAAGTAATAATATTTTTCCGCGGACATCTT ++ +ABABBBFFBBB@EGGGCGGGGGHHGGHGHFHHGHHHGGHHHHGGHHGHGHGHGHHHHEHGHFHHGGGGGHGHHHHGHHHGHHFHHHHHHHHHFFHHHHGHEHHHHFHHHHHHHHHHHHGHHGGGGGHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHGGGGCDGGHHHHHHHHGG-FGHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGFGGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFF +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:18762:2076 1:N:0:1 +GCAGTCAAGTCACTTGTACACCGCGATACCGAGCTTGCTAAACAAGTAG ++ +B@B@AFFFFFFBFGGGGGGGFGGGGGGGGHGGGGGHGHHHHHHFHHAGH +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13268:2078 1:N:0:1 +GGACAGGTTAGTCCGGAAATGTTTCAATATATGCAAAAGGAACTTCCTTCAGCAGCGGAAATGCAAGATACAGAAAAACGTTTAGCATTTATGGACCAACATGGTATTGATATCCAAGTACTCTCT ++ +111>>A?FFBFFGGEEEG0GGFFHHHHHHHHHHHFFFFHCCGFHFDBGHBAGG1FBFEGFEFHFGGHHHFHHHGHHHHC?FGFHHHFFHGHGHHHFFGAEEGB0BBGGHFHGGHHFHHHGFHHHFH +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19034:2079 1:N:0:1 +CTGCAACACAAATGCTTGATTCCATGCAACGCAACCC ++ +AAA1AFFFAAAFFGCGEGC1AAB3331BAAA000A0A +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:19649:2081 1:N:0:1 +GGAAACAGCCCAGACCACCAGTTAAGGTCCCCAAATATATGTTAAGTGGAAAAGGATGTGGGG ++ +B?B@BFFFFBBBCGGEGGGGGGHHDGGHHCHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGHGHHGHHHHFHFG +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13457:2084 1:N:0:1 +GCTGAAGAGATAACACTTCCTTTGATTGTTCGAAACCGTGTGAACGGCGACAGGATGACGATGAAAGGGCAAGCAGGAAGTAAGAAACTTAAAGATATTTTCATCGATGCCAAAATACCAAGGCAAGAACGCGACAAGCTCCCTGTGATAACAGACTATACTGGGAAAATCCTTTGGGTTCCCGGCGTGAAGAAGTCTGCATATG ++ +11>A?FF1BCFFBDGGG1GDFFHFF3FGBFAAGCEEHCGGFGF2E0/EACC/EFFFGGAA/?FD1@1>////?>BFGGHGFG2F@10>FGBEGGDFDGF>FE2BD1C/GEHHHHGHHH1CCCEHGHGGEBCCCCGGGHEHH<F0F1FGHHGFHBFGHHHHHF0/CHCEFHHBDGGFHCAFHFHGC-@A@?A0FB9;CFFGGGFF0 +@M01649:56:000000000-A57BB:1:1101:13190:2089 1:N:0:1 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