Mercurial > repos > padge > bwakit
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| author | padge |
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| date | Thu, 23 Sep 2021 13:42:54 +0000 |
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--- a/galaxytools/bwakit/README.rst Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -bwakit -======= - -A self-consistent installation-free package of scripts and precompiled binaries, providing an end-to-end solution to read mapping. In addition to the basic mapping functionality implemented in bwa, bwakit is able to generate proper human reference genome and to take advantage of ALT contigs, if present, to improve read mapping and to perform HLA typing for high-coverage human data. It can remap name- or coordinate-sorted BAM with read group and barcode information retained. Bwakit also optionally trims adapters (via trimadap), marks duplicates (via samblaster) and sorts the final alignment (via samtools). \ No newline at end of file
--- a/galaxytools/bwakit/bwakit.xml Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,253 +0,0 @@ -<?xml version="1.0"?> -<tool id="bwa_kit_test" name="Map with bwakit" version="0.0.1"> - <description>- map medium and long reads</description> - <requirements> - <requirement type="package" version="0.7.17.dev1">bwakit</requirement> - </requirements> - <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ - ## Build reference - #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history": - #set $reference_fasta_filename = "localref.fa" - ln -s '${reference_source.ref_file}' '${reference_fasta_filename}' && - - bwa index - #if str($reference_source.index_a) != 'auto' - -a ${reference_source.index_a} - #end if - '${reference_fasta_filename}' && - - #elif str( $reference_source.reference_source_selector ) == "download": - #set $reference_fasta_filename = $reference_source.ref_file +'.fa' - ##'$reference_fasta_filename' && - run-gen-ref '$reference_source.ref_file' && - bwa index - #if str($reference_source.index_a) != 'auto' - -a ${reference_source.index_a} - #end if - '$reference_fasta_filename' && - #else: - - #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path ) - - #end if - - - ## Begin BWA-MEM command line - ## mapping - #if str( $fastq_input.fastq_input_selector ) == "paired": - ln -s '${fastq_input.fastq_input1}' 'read1.fq' && - ln -s '${fastq_input.fastq_input2}' 'read2.fq' ; - - #elif str( $fastq_input.fastq_input_selector ) == "paired_collection": - '${reference_fasta_filename}' - '${fastq_input.fastq_input1.forward}' '${fastq_input.fastq_input1.reverse}' - #else: - '${reference_fasta_filename}' - '${fastq_input.fastq_input1}' - #end if - - run-bwamem - - -s - - -t "\${GALAXY_SLOTS:-4}" - - -o out_prefix - - #if $hla_typing - -H - #end if - - #if str( $fastq_input.fastq_input_selector ) == "paired": - '${reference_fasta_filename}' - '${fastq_input.fastq_input1}' '${fastq_input.fastq_input2}' - #elif str( $fastq_input.fastq_input_selector ) == "paired_collection": - '${reference_fasta_filename}' - '${fastq_input.fastq_input1.forward}' '${fastq_input.fastq_input1.reverse}' - #else: - '${reference_fasta_filename}' - '${fastq_input.fastq_input1}' - #end if - - | sh ; - cp out_prefix.aln.bam ${bam_output} ; - cp out_prefix.log.bwamem ${log_output} ; - if [ -f 'out_prefix.hla.top' ]; then - mkdir top_hla; - cp out_prefix.hla.top top_hla/top.txt; - fi ; - - if [ -f 'out_prefix.hla.all' ]; then - mkdir all_hla; - cp out_prefix.hla.all all_hla/all.txt; - fi ; - ]]></command> - - <inputs> - <conditional name="reference_source"> - <param name="reference_source_selector" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a built-in index or let bwakit download one?" help="Built-ins were indexed using default options. See `Indexes` section of help below"> - <option value="cached">Use a built-in genome index</option> - <option value="history">Use a genome from history and build index</option> - <option value="download">Use a bwakit to download a genome and build index</option> - </param> - <when value="cached"> - <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome" help="Select genome from the list"> - <options from_data_table="bwa_mem_indexes"> - <filter type="sort_by" column="2" /> - <validator type="no_options" message="No indexes are available" /> - </options> - <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input file"/> - </param> - </when> - <when value="history"> - <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Use the following dataset as the reference sequence" help="You can upload a FASTA sequence to the history and use it as reference" /> - <param name="index_a" type="select" label="Algorithm for constructing the BWT index" help="(-a)"> - <option value="auto">Auto. Let BWA decide the best algorithm to use</option> - <option value="is">IS linear-time algorithm for constructing suffix array. It requires 5.37N memory where N is the size of the database. IS is moderately fast, but does not work with database larger than 2GB</option> - <option value="bwtsw">BWT-SW algorithm. This method works also with big genomes</option> - </param> - </when> - <when value="download"> - <param name="ref_file" type="select" format="fasta" label="Using reference genome" help="Select genome from the list"> - <option value="hs38">hs38</option> - <option value="hs38a">hs38a</option> - <option value="hs38DH">hs38DH</option> - <option value="hs37">hs37</option> - <option value="hs37d5">hs37d5</option> - </param> - <param name="index_a" type="select" label="Algorithm for constructing the BWT index" help="(-a)"> - <option value="auto">Auto. Let BWA decide the best algorithm to use</option> - <option value="is">IS linear-time algorithm for constructing suffix array. It requires 5.37N memory where N is the size of the database. IS is moderately fast, but does not work with database larger than 2GB</option> - <option value="bwtsw">BWT-SW algorithm. This method works also with big genomes</option> - </param> - </when> - </conditional> - - <conditional name="fastq_input"> - <param name="fastq_input_selector" type="select" label="Single or Paired-end reads" help="Select between paired and single end data"> - <option value="paired">Paired</option> - <option value="single">Single</option> - <option value="paired_collection">Paired Collection</option> - </param> - <when value="paired"> - <param name="fastq_input1" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta" label="Select first set of reads" help="Specify dataset with forward reads"/> - <param name="fastq_input2" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta" label="Select second set of reads" help="Specify dataset with reverse reads"/> - </when> - <when value="single"> - <param name="fastq_input1" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta" label="Select fastq dataset" help="Specify dataset with single reads"/> - </when> - <when value="paired_collection"> - <param name="fastq_input1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta" type="data_collection" collection_type="paired" label="Select a paired collection" help="See help section for an explanation of dataset collections"/> - </when> - </conditional> - <param name="hla_typing" type="boolean" label="Apply HLA typing" truevalue="-H" falsevalue="" optional="true"> - </param> - </inputs> - - <outputs> - <data format="bam" name="bam_output" label="${tool.name} on ${on_string} (mapped reads in BAM format)"/> - <data format="txt" name="log_output" label="${tool.name} on ${on_string}: log" /> - <data format="txt" name="hla_genotypes" label="${tool.name} on ${on_string}: best genotypes for the 6 classical HLA genes"> - <discover_datasets pattern="__designation_and_ext__" directory="top_hla" visible="true" /> - </data> - <data format="txt" name="all_genotypes" label="${tool.name} on ${on_string}: additional HLA genotypes"> - <discover_datasets pattern="__designation_and_ext__" directory="all_hla" visible="true" /> - </data> - </outputs> - - <tests> - <!-- header describing command-line will always be different - - hence lines_diff="4" on output tag. --> - <test> - <param name="reference_source_selector" value="history" /> - <param name="ref_file" value="bwa-mem-mt-genome.fa"/> - <param name="fastq_input_selector" value="paired" /> - <param name="fastq_input1" value="bwa-mem-fastq1.fq" /> - <param name="fastq_input2" value="bwa-mem-fastq2.fq" /> - <output name="bam_output" file="out_bam.aln.bam" ftype="bam" lines_diff="4" /> - <output name="log_output" file="out_bam.log.bwamem" lines_diff="6" /> - </test> - <test> - <param name="reference_source_selector" value="cached" /> - <param name="ref_file" value="bwa-mem-mt-genome"/> - <param name="fastq_input_selector" value="paired" /> - <param name="fastq_input1" value="bwa-mem-fastq1.fq" /> - <param name="fastq_input2" value="bwa-mem-fastq2.fq" /> - <output name="bam_output" file="out_bam.aln.bam" ftype="bam" lines_diff="4" /> - </test> - </tests> - <help> -<![CDATA[ -**BWAKIT options** - -run-gen-ref options:: - - Usage: /home/padge/miniconda3/envs/bwakit/bin/run-gen-ref <hs38|hs38a|hs38DH|hs37|hs37d5> - Analysis sets: - hs38 primary assembly of GRCh38 (incl. chromosomes, unplaced and unlocalized contigs) and EBV - hs38a hs38 plus ALT contigs - hs38DH hs38a plus decoy contigs and HLA genes (recommended for GRCh38 mapping) - hs37 primary assembly of GRCh37 (used by 1000g phase 1) plus the EBV genome - hs37d5 hs37 plus decoy contigs (used by 1000g phase 3) - - Note: This script downloads human reference genomes. For hs38a and hs38DH, it needs additional - sequences and ALT-to-REF mapping included in the bwa.kit package. - -run-bwamem options:: - - Usage: run-bwamem [options] <idxbase> <file1> [file2] - - Options: -o STR prefix for output files [inferred from input] - -R STR read group header line such as '@RG\tID:foo\tSM:bar' [null] - -x STR read type: pacbio, ont2d or intractg [default] - intractg: intra-species contig (kb query, highly similar) - pacbio: pacbio subreads (~10kb query, high error rate) - ont2d: Oxford Nanopore reads (~10kb query, higher error rate) - -t INT number of threads [1] - - -H apply HLA typing - -a trim HiSeq2000/2500 PE resequencing adapters (via trimadap) - -d mark duplicate (via samblaster) - -S for BAM input, don't shuffle - -s sort the output alignment (via samtools; requring more RAM) - -k keep temporary files generated by typeHLA - -M mark shorter split hits as secondary - - Examples: - - * Map paired-end reads to GRCh38+ALT+decoy+HLA and perform HLA typing: - - run-bwamem -o prefix -t8 -HR"@RG\tID:foo\tSM:bar" hs38DH.fa read1.fq.gz read2.fq.gz - - Note: HLA typing is only effective for high-coverage data. The typing accuracy varies - with the quality of input. It is only intended for research purpose, not for diagnostic. - - * Remap coordinate-sorted BAM, transfer read groups tags, trim Illumina PE adapters and - sort the output. The BAM may contain single-end or paired-end reads, or a mixture of - the two types. Specifying -R stops read group transfer. - - run-bwamem -sao prefix hs38DH.fa old-srt.bam - - Note: the adaptor trimmer included in bwa.kit is chosen because it fits the current - mapping pipeline better. It is conservative and suboptimal. A more sophisticated - trimmer is recommended if this becomes a concern. - - * Remap name-grouped BAM and mark duplicates: - - run-bwamem -Sdo prefix hs38DH.fa old-unsrt.bam - - Note: streamed duplicate marking requires all reads from a single paired-end library - to be aligned at the same time. - - Output files: - - {-o}.aln.bam - final alignment - {-o}.hla.top - best genotypes for the 6 classical HLA genes (if there are HLA-* contigs) - {-o}.hla.all - additional HLA genotypes consistent with data - {-o}.log.* - log files -]]> - </help> - <citations> - <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp698</citation> - </citations> -</tool> \ No newline at end of file
--- a/galaxytools/bwakit/cached_locally/bwa-mem-mt-genome.fa Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,239 +0,0 @@ ->gi|251831106|ref|NC_012920.1| Homo sapiens mitochondrion, complete genome -GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGG -GTATGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTC -CTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTA -ATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAATGTCTGCACAGCCACTTTCCACACAGACATC -ATAACAAAAAATTTCCACCAAACCCCCCCTCCCCCGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGCCA -AACCCCAAAAACAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAATTTTATCTTTTGGCGGTATGCAC -TTTTAACAGTCACCCCCCAACTAACACATTATTTTCCCCTCCCACTCCCATACTACTAATCTCATCAATA -CAACCCCCGCCCATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCC -AAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGCTC -ACATCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAA -GCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAATCACCACGATCAAAAGGAACAAGCATCAAGCACGCAGC -AATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAA -ACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGA -TTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAACT -CACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTTAACATATCTGAACAC -ACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATC -AACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATC -CCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATA -CCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTC -AAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCAGAAAACTACGATAGCCCTTAT -GAAACTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGA -AGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCA -TTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGTA -GCTTAACACAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGAGCTAAACCTA -GCCCCAAACCCACTCCACCTTACTACCAGACAACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCG -ATAGAAATTGAAACCTGGCGCAATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATAACCAAGCATA -ATATAGCAAGGACTAACCCCTATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAGGAGAGCC -AAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCA -AAATAGTGGGAAGATTTATAGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGAT -AGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTGCCCACAGAACCCTCTAAATCCCCTTGTAAATTTAACTGTTAGTC -CAAAGAGGAACAGCTCTTTGGACACTAGGAAAAAACCTTGTAGAGAGAGTAAAAAATTTAACACCCATAG -TAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACTACCTAAAAAATCCCAAAC -ATATAACTGAACTCCTCACACCCAATTGGACCAATCTATCACCCTATAGAAGAACTAATGTTAGTATAAG -TAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTGCGTCAGATTAAAACACTGAACTGACAATTAACAGCCC -AATATCTACAATCAACCAACAAGTCATTATTACCCTCACTGTCAACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGA -AAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTTACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGC -ATCACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAA -AGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCT -TACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATAACACAGCAAGACGAGAAGACCCTA -TGGAGCTTTAATTTATTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATT -AAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAG -TCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACA -GCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCG -ATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG -AGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACNTTCAAATTCCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCT -ACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTATACCCACACCCACCCAAGA -ACAGGGTTTGTTAAGATGGCAGAGCCCGGTAATCGCATAAAACTTAAAACTTTACAGTCAGAGGTTCAAT -TCCTCTTCTTAACAACATACCCATGGCCAACCTCCTACTCCTCATTGTACCCATTCTAATCGCAATGGCA -TTCCTAATGCTTACCGAACGAAAAATTCTAGGCTATATACAACTACGCAAAGGCCCCAACGTTGTAGGCC -CCTACGGGCTACTACAACCCTTCGCTGACGCCATAAAACTCTTCACCAAAGAGCCCCTAAAACCCGCCAC -ATCTACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCGACCTTAGCTCTCACCATCGCTCTTCTACTATGAACCCCC -CTCCCCATACCCAACCCCCTGGTCAACCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAG -CCGTTTACTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCAAACTACGCCCTGATCGGCGCACTGCGAGC -AGTAGCCCAAACAATCTCATATGAAGTCACCCTAGCCATCATTCTACTATCAACATTACTAATAAGTGGC -TCCTTTAACCTCTCCACCCTTATCACAACACAAGAACACCTCTGATTACTCCTGCCATCATGACCCTTGG -CCATAATATGATTTATCTCCACACTAGCAGAGACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTGCCGAAGGGGAGTC -CGAACTAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGGCCCCTTCGCCCTATTCTTCATAGCCGAATAC -ACAAACATTATTATAATAAACACCCTCACCACTACAATCTTCCTAGGAACAACATATGACGCACTCTCCC -CTGAACTCTACACAACATATTTTGTCACCAAGACCCTACTTCTAACCTCCCTGTTCTTATGAATTCGAAC -AGCATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATACACCTCCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTA -GCATTACTTATATGATATGTCTCCATACCCATTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCTAAGAAATAT -GTCTGATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGCTTAAACCCCCTTATTTCTAGGACTATGA -GAATCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTATCACACCCCATCCTAAAGTAAGGTC -AGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAATTAATCCCCT -GGCCCAACCCGTCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATCACAGCGCTAAGCTCGCACTGATTT -TTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTTATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTC -GTTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTCCTCACGCAAGCAACCGCATCCATAATCCTTCTAATAGCTAT -CCTCTTCAACAATATACTCTCCGGACAATGAACCATAACCAATACTACCAATCAATACTCATCATTAATA -ATCATAATAGCTATAGCAATAAAACTAGGAATAGCCCCCTTTCACTTCTGAGTCCCAGAGGTTACCCAAG -GCACCCCTCTGACATCCGGCCTGCTTCTTCTCACATGACAAAAACTAGCCCCCATCTCAATCATATACCA -AATCTCTCCCTCACTAAACGTAAGCCTTCTCCTCACTCTCTCAATCTTATCCATCATAGCAGGCAGTTGA -GGTGGATTAAACCAAACCCAGCTACGCAAAATCTTAGCATACTCCTCAATTACCCACATAGGATGAATAA -TAGCAGTTCTACCGTACAACCCTAACATAACCATTCTTAATTTAACTATTTATATTATCCTAACTACTAC -CGCATTCCTACTACTCAACTTAAACTCCAGCACCACGACCCTACTACTATCTCGCACCTGAAACAAGCTA -ACATGACTAACACCCTTAATTCCATCCACCCTCCTCTCCCTAGGAGGCCTGCCCCCGCTAACCGGCTTTT -TGCCCAAATGGGCCATTATCGAAGAATTCACAAAAAACAATAGCCTCATCATCCCCACCATCATAGCCAC -CATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTCCCCATA -TCTAACAACGTAAAAATAAAATGACAGTTTGAACATACAAAACCCACCCCATTCCTCCCCACACTCATCG -CCCTTACCACGCTACTCCTACCTATCTCCCCTTTTATACTAATAATCTTATAGAAATTTAGGTTAAATAC -AGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGTAAGTTGCAATACTTAATTTCTGTAACAGCTAAGGACTGCAAAA -CCCCACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTACTAGACCAATGGGA -CTTAAACCCACAAACACTTAGTTAACAGCTAAGCACCCTAATCAACTGGCTTCAATCTACTTCTCCCGCC -GCCGGGAAAAAAGGCGGGAGAAGCCCCGGCAGGTTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGA -AAATCACCTCGGAGCTGGTAAAAAGAGGCCTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCTTCACTCA -GCCATTTTACCTCACCCCCACTGATGTTCGCCGACCGTTGACTATTCTCTACAAACCACAAAGACATTGG -AACACTATACCTATTATTCGGCGCATGAGCTGGAGTCCTAGGCACAGCTCTAAGCCTCCTTATTCGAGCC -GAGCTGGGCCAGCCAGGCAACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTTATCGTCACAGCCCATGCAT -TTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAAT 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-ACTTCAACCTCCCTCACCATTGGCAGCCTAGCATTAGCAGGAATACCTTTCCTCACAGGTTTCTACTCCA -AAGACCACATCATCGAAACCGCAAACATATCATACACAAACGCCTGAGCCCTATCTATTACTCTCATCGC -TACCTCCCTGACAAGCGCCTATAGCACTCGAATAATTCTTCTCACCCTAACAGGTCAACCTCGCTTCCCC -ACCCTTACTAACATTAACGAAAATAACCCCACCCTACTAAACCCCATTAAACGCCTGGCAGCCGGAAGCC -TATTCGCAGGATTTCTCATTACTAACAACATTTCCCCCGCATCCCCCTTCCAAACAACAATCCCCCTCTA -CCTAAAACTCACAGCCCTCGCTGTCACTTTCCTAGGACTTCTAACAGCCCTAGACCTCAACTACCTAACC -AACAAACTTAAAATAAAATCCCCACTATGCACATTTTATTTCTCCAACATACTCGGATTCTACCCTAGCA -TCACACACCGCACAATCCCCTATCTAGGCCTTCTTACGAGCCAAAACCTGCCCCTACTCCTCCTAGACCT -AACCTGACTAGAAAAGCTATTACCTAAAACAATTTCACAGCACCAAATCTCCACCTCCATCATCACCTCA -ACCCAAAAAGGCATAATTAAACTTTACTTCCTCTCTTTCTTCTTCCCACTCATCCTAACCCTACTCCTAA -TCACATAACCTATTCCCCCGAGCAATCTCAATTACAATATATACACCAACAAACAATGTTCAACCAGTAA -CTACTACTAATCAACGCCCATAATCATACAAAGCCCCCGCACCAATAGGATCCTCCCGAATCAACCCTGA -CCCCTCTCCTTCATAAATTATTCAGCTTCCTACACTATTAAAGTTTACCACAACCACCACCCCATCATAC -TCTTTCACCCACAGCACCAATCCTACCTCCATCGCTAACCCCACTAAAACACTCACCAAGACCTCAACCC -CTGACCCCCATGCCTCAGGATACTCCTCAATAGCCATCGCTGTAGTATATCCAAAGACAACCATCATTCC -CCCTAAATAAATTAAAAAAACTATTAAACCCATATAACCTCCCCCAAAATTCAGAATAATAACACACCCG -ACCACACCGCTAACAATCAATACTAAACCCCCATAAATAGGAGAAGGCTTAGAAGAAAACCCCACAAACC -CCATTACTAAACCCACACTCAACAGAAACAAAGCATACATCATTATTCTCGCACGGACTACAACCACGAC -CAATGATATGAAAAACCATCGTTGTATTTCAACTACAAGAACACCAATGACCCCAATACGCAAAACTAAC -CCCCTAATAAAATTAATTAACCACTCATTCATCGACCTCCCCACCCCATCCAACATCTCCGCATGATGAA -ACTTCGGCTCACTCCTTGGCGCCTGCCTGATCCTCCAAATCACCACAGGACTATTCCTAGCCATGCACTA -CTCACCAGACGCCTCAACCGCCTTTTCATCAATCGCCCACATCACTCGAGACGTAAATTATGGCTGAATC -ATCCGCTACCTTCACGCCAATGGCGCCTCAATATTCTTTATCTGCCTCTTCCTACACATCGGGCGAGGCC -TATATTACGGATCATTTCTCTACTCAGAAACCTGAAACATCGGCATTATCCTCCTGCTTGCAACTATAGC -AACAGCCTTCATAGGCTATGTCCTCCCGTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGGGCCACAGTAATTACAAAC -TTACTATCCGCCATCCCATACATTGGGACAGACCTAGTTCAATGAATCTGAGGAGGCTACTCAGTAGACA -GTCCCACCCTCACACGATTCTTTACCTTTCACTTCATCTTGCCCTTCATTATTGCAGCCCTAGCAACACT -CCACCTCCTATTCTTGCACGAAACGGGATCAAACAACCCCCTAGGAATCACCTCCCATTCCGATAAAATC -ACCTTCCACCCTTACTACACAATCAAAGACGCCCTCGGCTTACTTCTCTTCCTTCTCTCCTTAATGACAT -TAACACTATTCTCACCAGACCTCCTAGGCGACCCAGACAATTATACCCTAGCCAACCCCTTAAACACCCC -TCCCCACATCAAGCCCGAATGATATTTCCTATTCGCCTACACAATTCTCCGATCCGTCCCTAACAAACTA -GGAGGCGTCCTTGCCCTATTACTATCCATCCTCATCCTAGCAATAATCCCCATCCTCCATATATCCAAAC -AACAAAGCATAATATTTCGCCCACTAAGCCAATCACTTTATTGACTCCTAGCCGCAGACCTCCTCATTCT -AACCTGAATCGGAGGACAACCAGTAAGCTACCCTTTTACCATCATTGGACAAGTAGCATCCGTACTATAC -TTCACAACAATCCTAATCCTAATACCAACTATCTCCCTAATTGAAAACAAAATACTCAAATGGGCCTGTC -CTTGTAGTATAAACTAATACACCAGTCTTGTAAACCGGAGATGAAAACCTTTTTCCAAGGACAAATCAGA -GAAAAAGTCTTTAACTCCACCATTAGCACCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTC -ATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTATGTATTTCGTACA -TTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATAAAAACCCA -ATCCACATCAAAACCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCCTCAACTATCACACATCA -ACTGCAACTCCAAAGCCACCCCTCACCCACTAGGATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAGTACATAG -TACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCC -TCAGATAGGGGTCCCTTGACCACCATCCTCCGTGAAATCAATATCCCGCACAAGAGTGCTACTCTCCTCG -CTCCGGGCCCATAACACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTC -ATAAAGCCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATG -
--- a/galaxytools/bwakit/test-data/bwa-mem-mt-genome.fa.amb Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2 +0,0 @@ -16569 1 1 -3106 1 N
--- a/galaxytools/bwakit/test-data/bwa-mem-mt-genome.fa.ann Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -16569 1 11 -0 gi|251831106|ref|NC_012920.1| Homo sapiens mitochondrion, complete genome -0 16569 1
--- a/galaxytools/bwakit/test-data/out_bam.log.bwamem Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ -[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs -[M::process] read 200 sequences (50200 bp)... -[M::process] 0 single-end sequences; 200 paired-end sequences -[M::mem_pestat] # candidate unique pairs for (FF, FR, RF, RR): (0, 99, 0, 0) -[M::mem_pestat] skip orientation FF as there are not enough pairs -[M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation FR... -[M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (171, 199, 227) -[M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (59, 339) -[M::mem_pestat] mean and std.dev: (192.97, 35.99) -[M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (3, 395) -[M::mem_pestat] skip orientation RF as there are not enough pairs -[M::mem_pestat] skip orientation RR as there are not enough pairs -[M::mem_process_seqs] Processed 200 reads in 0.041 CPU sec, 0.041 real sec -[main] Version: 0.7.17-r1188 -[main] CMD: /home/padge/miniconda3/envs/bwakit/bin/bwa mem -p ./test-data/bwa-mem-mt-genome.fa - -[main] Real time: 0.043 sec; CPU: 0.045 sec
--- a/galaxytools/bwakit/test-data/out_test.log.bwamem Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ -[M::bwa_idx_load_from_disk] read 2910 ALT contigs -[M::process] read 200 sequences (50200 bp)... -[M::process] 0 single-end sequences; 200 paired-end sequences -[M::mem_pestat] # candidate unique pairs for (FF, FR, RF, RR): (0, 0, 0, 0) -[M::mem_pestat] skip orientation FF as there are not enough pairs -[M::mem_pestat] skip orientation FR as there are not enough pairs -[M::mem_pestat] skip orientation RF as there are not enough pairs -[M::mem_pestat] skip orientation RR as there are not enough pairs -[M::mem_process_seqs] Processed 200 reads in 0.022 CPU sec, 0.022 real sec -[main] Version: 0.7.17-r1188 -[main] CMD: /home/padge/miniconda3/envs/bwakit/bin/bwa mem -p hs38DH.fa - -[main] Real time: 0.104 sec; CPU: 0.050 sec
--- a/galaxytools/bwakit/test-data/out_test.log.hla Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,24 +0,0 @@ - -*** Processing gene HLA-A... - -** Empty input file. Abort! - -*** Processing gene HLA-B... - -** Empty input file. Abort! - -*** Processing gene HLA-C... - -** Empty input file. Abort! - -*** Processing gene HLA-DQA1... - -** Empty input file. Abort! - -*** Processing gene HLA-DQB1... - -** Empty input file. Abort! - -*** Processing gene HLA-DRB1... - -** Empty input file. Abort!
--- a/galaxytools/bwakit/tool-data/bwa_mem_index.loc.sample Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools -#to use a directory of BWA indexed sequences data files. You will need -#to create these data files and then create a bwa_index.loc file -#similar to this one (store it in this directory) that points to -#the directories in which those files are stored. The bwa_index.loc -#file has this format (longer white space characters are TAB characters): -# -#<unique_build_id> <dbkey> <display_name> <file_path> -# -#So, for example, if you had phiX indexed stored in -#/depot/data2/galaxy/phiX/base/, -#then the bwa_index.loc entry would look like this: -# -#phiX174 phiX phiX Pretty /depot/data2/galaxy/phiX/base/phiX.fa -# -#and your /depot/data2/galaxy/phiX/base/ directory -#would contain phiX.fa.* files: -# -#-rw-r--r-- 1 james universe 830134 2005-09-13 10:12 phiX.fa.amb -#-rw-r--r-- 1 james universe 527388 2005-09-13 10:12 phiX.fa.ann -#-rw-r--r-- 1 james universe 269808 2005-09-13 10:12 phiX.fa.bwt -#...etc... -# -#Your bwa_index.loc file should include an entry per line for each -#index set you have stored. The "file" in the path does not actually -#exist, but it is the prefix for the actual index files. For example: -# -#phiX174 phiX phiX174 /depot/data2/galaxy/phiX/base/phiX.fa -#hg18canon hg18 hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/base/hg18canon.fa -#hg18full hg18 hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/base/hg18full.fa -#/orig/path/hg19.fa hg19 hg19 /depot/data2/galaxy/hg19/base/hg19.fa -#...etc... -# -#Note that for backwards compatibility with workflows, the unique ID of -#an entry must be the path that was in the original loc file, because that -#is the value stored in the workflow for that parameter. That is why the -#hg19 entry above looks odd. New genomes can be better-looking. -#
--- a/galaxytools/bwakit/tool_data_table_conf.xml.sample Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,8 +0,0 @@ -<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc--> -<tables> - <!-- Locations of indexes in the BWA mapper format for BWA versions 0.6 and higher including BWA MEM and ALN--> - <table name="bwa_mem_indexes" comment_char="#"> - <columns>value, dbkey, name, path</columns> - <file path="tool-data/bwa_mem_indexes.loc" /> - </table> -</tables>
--- a/galaxytools/bwakit/tool_data_table_conf.xml.test Wed Sep 22 12:39:52 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,8 +0,0 @@ -<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc--> -<tables> - <!-- Locations of indexes in the BWA mapper format for BWA versions 0.6 and higher including BWA MEM and ALN--> - <table name="bwa_mem_indexes" comment_char="#"> - <columns>value, dbkey, name, path</columns> - <file path="${__HERE__}/cached_locally/bwa_mem_indexes.loc" /> - </table> -</tables>