view metaMS/INFO_structure_of_LC.txt @ 25:9f03c8587d6b draft default tip

MetExp msclust upload format changed from tabular to csv
author linda-bakker
date Fri, 24 Aug 2018 09:56:05 -0400
parents 4393f982d18f
children
line wrap: on
line source

str(LC)
List of 4
 $ PeakTable :'data.frame':     1828 obs. of  12 variables:
  ..$ ChemSpiderID   : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
  ..$ compound       : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
  ..$ pcgroup        : num [1:1828] 187 226 226 226 226 226 226 306 154 154 ...
  ..$ adduct         : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
  ..$ isotopes       : chr [1:1828] "" "" "" "" ...
  ..$ mz             : num [1:1828] 253 233 214 215 298 ...
  ..$ rt             : num [1:1828] 1.27 1.57 1.59 1.59 1.59 ...
  ..$ CLASS2         : num [1:1828] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
  ..$ STDmix_GC_01   : num [1:1828] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ STDmix_GC_02   : num [1:1828] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ STDmix_RP_pos01: num [1:1828] 144.5 32.6 58.5 38.4 152.3 ...
  ..$ STDmix_RP_pos02: num [1:1828] 343.4 54.5 79.1 64.9 210.8 ...
 $ xset      :Formal class 'xsAnnotate' [package "CAMERA"] with 15 slots
  .. ..@ groupInfo        : num [1:1828, 1:13] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. ..$ : chr [1:13] "mz", "mzmin", "mzmax", "rt", "rtmin", "rtmax", "npeaks",  "CLASS1", "CLASS2", "STDmix_GC_01", "STDmix_GC_02", "STDmix_RP_pos01", "STDmix_RP_pos02"
  
  and groups() function:
  "mzmed", "mzmin", "mzmax", "rtmed", "rtmin", "rtmax",  "npeaks", "CLASS1", "CLASS2"
  
  .. ..@ pspectra         :List of 340
  .. .. ..$ : num [1:12] 2 4 5 10 11 13 14 15 16 38 ...
  .. .. ..$ : num [1:11] 3 12 45 76 99 ...
  .. .. ..$ : num [1:15] 7 8 9 113 162 ...
  .. .. ..$ : Named num 1
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:5] 6 150 473 478 802
  .. .. ..$ : num [1:5] 18 28 40 64 85
  .. .. ..$ : num [1:5] 89 528 533 596 872
  .. .. ..$ : num [1:2] 57 197
  .. .. ..$ : num [1:3] 174 708 841
  .. .. ..$ : Named num 23
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:4] 21 34 496 1497
  .. .. ..$ : num [1:3] 29 30 44
  .. .. ..$ : num [1:5] 283 423 452 486 527
  .. .. ..$ : num [1:6] 93 126 251 296 349 406
  .. .. ..$ : num [1:3] 301 479 664
  .. .. ..$ : num [1:5] 47 105 111 191 237
  .. .. ..$ : num [1:5] 185 562 683 923 1548
  .. .. ..$ : num [1:2] 469 809
  .. .. ..$ : num [1:9] 24 146 548 550 1009 ...
  .. .. ..$ : num [1:33] 65 72 134 139 196 200 235 299 355 361 ...
  .. .. ..$ : num [1:2] 135 234
  .. .. ..$ : num [1:4] 95 326 330 465
  .. .. ..$ : num [1:2] 384 699
  .. .. ..$ : Named num 388
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 249
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:4] 425 485 636 698
  .. .. ..$ : Named num 482
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 310 429
  .. .. ..$ : num [1:97] 33 51 67 96 103 106 114 129 136 140 ...
  .. .. ..$ : Named num 436
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:3] 583 790 1029
  .. .. ..$ : Named num 593
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 558 745
  .. .. ..$ : Named num 543
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:44] 43 60 101 121 124 179 211 214 257 263 ...
  .. .. ..$ : num [1:2] 243 941
  .. .. ..$ : num [1:4] 657 996 1286 1344
  .. .. ..$ : num [1:21] 145 195 199 217 230 268 271 279 665 743 ...
  .. .. ..$ : Named num 836
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 694
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 578
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 612
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 684
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:18] 31 163 194 395 441 ...
  .. .. ..$ : num [1:2] 79 282
  .. .. ..$ : Named num 297
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:10] 167 169 281 284 750 ...
  .. .. ..$ : num [1:30] 165 796 812 821 829 ...
  .. .. ..$ : num [1:4] 112 566 733 1552
  .. .. ..$ : num [1:33] 42 63 68 90 92 102 125 130 133 137 ...
  .. .. ..$ : num [1:14] 183 188 435 960 1036 ...
  .. .. ..$ : Named num 763
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 704
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 693 797
  .. .. ..$ : Named num 643
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:45] 62 100 115 128 132 178 327 366 430 492 ...
  .. .. ..$ : Named num 838
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 653
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:9] 182 186 1035 1040 1045 ...
  .. .. ..$ : Named num 250
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 144 935
  .. .. ..$ : num [1:3] 32 1259 1394
  .. .. ..$ : Named num 77
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:27] 19 46 49 107 110 157 159 233 265 314 ...
  .. .. ..$ : num [1:4] 253 410 777 991
  .. .. ..$ : Named num 1031
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 978
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:22] 887 894 1023 1028 1037 ...
  .. .. ..$ : num [1:5] 258 312 1669 1670 1694
  .. .. ..$ : num [1:19] 319 730 735 888 895 ...
  .. .. ..$ : num [1:22] 55 164 541 617 649 656 661 668 753 766 ...
  .. .. ..$ : num [1:7] 513 545 770 773 1080 ...
  .. .. ..$ : num [1:4] 70 295 634 1665
  .. .. ..$ : num [1:3] 625 1447 1453
  .. .. ..$ : Named num 287
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 964 970
  .. .. ..$ : num [1:153] 20 22 36 37 39 53 56 58 59 61 ...
  .. .. ..$ : num [1:9] 317 323 420 886 1022 ...
  .. .. ..$ : Named num 149
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:6] 487 549 609 623 728 ...
  .. .. ..$ : num [1:6] 315 476 1265 1272 1634 ...
  .. .. ..$ : num [1:5] 378 383 495 734 1063
  .. .. ..$ : num [1:10] 645 818 823 914 919 ...
  .. .. ..$ : num [1:7] 815 1388 1457 1539 1555 ...
  .. .. ..$ : Named num 1019
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:6] 391 398 491 742 982 ...
  .. .. ..$ : Named num 546
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:12] 794 804 811 820 828 ...
  .. .. ..$ : num [1:24] 1089 1475 1481 1484 1491 ...
  .. .. ..$ : num [1:2] 148 151
  .. .. ..$ : num [1:33] 74 104 108 147 181 189 224 232 260 298 ...
  .. .. ..$ : num [1:17] 293 332 394 447 449 552 619 622 680 805 ...
  .. .. ..$ : Named num 309
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 207
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : Named num 584
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:2] 637 865
  .. .. ..$ : Named num 143
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr ""
  .. .. ..$ : num [1:18] 1737 1738 1741 1757 1758 ...
  .. .. ..$ : num [1:29] 261 352 360 363 402 408 416 419 456 507 ...
  .. .. .. [list output truncated]
  .. ..@ psSamples        : int [1:340] 1 1 1 2 2 2 2 1 2 1 ...
  .. ..@ isotopes         :List of 1828
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ :List of 4
  .. .. .. ..$ y     : num 1
  .. .. .. ..$ iso   : num 0
  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
  .. .. ..$ :List of 4
  .. .. .. ..$ y     : num 1
  .. .. .. ..$ iso   : Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "iso"
  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ :List of 4
  .. .. .. ..$ y     : num 2
  .. .. .. ..$ iso   : num 0
  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ :List of 4
  .. .. .. ..$ y     : num 2
  .. .. .. ..$ iso   : Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "iso"
  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "charge"
  .. .. .. ..$ val   : Named num 0
  .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr "intrinsic"
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. [list output truncated]
  .. ..@ derivativeIons   : list()
  .. ..@ formula          : list()
  .. ..@ sample           : num NA
  .. ..@ xcmsSet          :Formal class 'xcmsSet' [package "xcms"] with 12 slots
  .. .. .. ..@ peaks           : num [1:9826, 1:13] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.3 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:13] "mz", "mzmin", "mzmax", "rt", "rtmin", "rtmax", "into", "intf", "maxo", "maxf", "i", "sn", "sample"  (found with dput)
  From http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/xcms/man/xcms.pdf:
  
  mz weighted (by intensity) mean of peak m/z across scans
mzmin m/z of minimum step
mzmax m/z of maximum step
rt retention time of peak midpoint
rtmin leading edge of peak retention time
rtmax trailing edge of peak retention time
into integrated area of original (raw) peak
intf integrated area of filtered peak
maxo maximum intensity of original (raw) peak
maxf maximum intensity of filtered peak
i rank of peak identified in merged EIC (<= max)
sn signal to noise ratio of the peak

  .. .. .. ..@ groups          : num [1:1828, 1:9] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:9] "mzmed" "mzmin" "mzmax" "rtmed" ...
  .. .. .. ..@ groupidx        :List of 1828
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1 674 9671 9749
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 2 675 9672 9750
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 3 676 9673 9751
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 4 677 9674 9752
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 6 678 9675 9753
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 9 683 9676 9754
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 11 684 9677 9755
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 13 686 9678 9756
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 17 688 9679 9757
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 18 689 9680 9758
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 19 691 9681 9759
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 21 693 9682 9760
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 23 695 9683 9761
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 24 699 9684 9762
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 26 700 9685 9763
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 28 702 9686 9764
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1353 3930 6183 7926
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 36 707 9687 9765
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1354 3931 6184 7927
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1355 3932 6185 7928
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 39 712 9688 9766
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1356 3934 6186 7929
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 40 714 9689 9767
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1358 3935 6187 7930
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1359 3936 6188 7931
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1361 3938 6189 7932
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1360 3937 6190 7933
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 45 722 9690 9768
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 54 735 9691 9769
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 57 737 9692 9770
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1365 3939 6191 7934
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1364 3940 6192 7935
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1369 3941 6193 7936
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 58 739 9693 9771
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1370 3942 6194 7937
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1371 3943 6195 7938
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1374 3944 6196 7939
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 65 748 9694 9772
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1375 3946 6197 7940
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 71 755 9695 9773
  .. .. .. .. ..$ : int [1:5] 72 756 1376 1377 3947
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1378 3948 6198 7941
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1379 3950 6199 7942
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 74 758 9696 9774
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1381 3951 6200 7943
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1382 3952 6201 7944
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 78 761 9697 9775
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1383 3955 6202 7945
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1384 3956 6203 7946
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1385 3957 6204 7947
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1387 3958 6205 7948
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1388 3959 6206 7949
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1389 3960 6207 7950
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1390 3962 6208 7951
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1391 3963 6209 7952
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1392 3965 6210 7953
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 90 776 9698 9776
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1393 3966 6211 7954
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1394 3967 6212 7955
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1395 3968 6213 7956
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1397 3970 6214 7957
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1399 3972 6215 7958
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1398 3971 6216 7959
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 101 788 9699 9777
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 100 790 9700 9778
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1401 3973 6217 7960
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1403 3975 6218 7961
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1402 3974 6219 7962
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1404 3976 6220 7963
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1405 3977 6221 7964
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1406 3978 6222 7965
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1407 3979 6223 7966
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1408 3980 6224 7967
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1409 3981 6225 7968
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1412 3982 6226 7969
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1413 3983 6227 7970
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1414 3984 6228 7971
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1415 3985 6229 7972
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1417 3987 6230 7973
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1416 3988 6231 7974
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1419 3989 6232 7975
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1421 3991 6233 7976
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1420 3990 6234 7977
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1422 3992 6235 7978
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 115 802 9701 9779
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1423 3993 6236 7979
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1425 3995 6237 7980
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1426 3996 6238 7981
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 120 807 9702 9780
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1427 3997 6239 7982
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1430 3998 6240 7983
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1431 3999 6241 7984
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 123 812 9703 9781
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1432 4000 6242 7985
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1433 4001 6243 7986
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1434 4002 6244 7987
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1436 4005 6245 7988
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1435 4004 6246 7989
  .. .. .. .. ..$ : int [1:4] 1437 4006 6247 7990
  .. .. .. .. .. [list output truncated]
  .. .. .. ..@ filled          : int [1:3644] 6183 6184 6185 6186 6187 6188 6189 6190 6191 6192 ...
  .. .. .. ..@ phenoData       :'data.frame':   4 obs. of  1 variable:
  .. .. .. .. ..$ class: Factor w/ 2 levels "CLASS1","CLASS2": 1 1 2 2
  .. .. .. ..@ rt              :List of 2
  .. .. .. .. ..$ raw      :List of 4
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:10136] 194 194 194 194 195 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:10138] 194 194 194 194 195 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:2614] 3.46 4.75 6.04 7.32 8.61 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:2613] 3.47 4.77 6.06 7.37 8.66 ...
  .. .. .. .. ..$ corrected:List of 4
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:10136] 168 169 169 169 169 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:10138] 157 158 158 158 158 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:2614] 40.5 41.8 43.1 44.4 45.7 ...
  .. .. .. .. .. ..$ : num [1:2613] 40.7 42 43.3 44.6 45.9 ...
  .. .. .. ..@ filepaths       : chr [1:4] "E:/workspace/PRIMS-metabolomics/python-tools/tools/metaMS/test/zipOut/CLASS1/STDmix_GC_01.CDF" "E:/workspace/PRIMS-metabolomics/python-tools/tools/metaMS/test/zipOut/CLASS1/STDmix_GC_02.CDF" "E:/workspace/PRIMS-metabolomics/python-tools/tools/metaMS/test/zipOut/CLASS2/STDmix_RP_pos01.CDF" "E:/workspace/PRIMS-metabolomics/python-tools/tools/metaMS/test/zipOut/CLASS2/STDmix_RP_pos02.CDF"
  .. .. .. ..@ profinfo        :List of 2
  .. .. .. .. ..$ method: chr "bin"
  .. .. .. .. ..$ step  : num 0.05
  .. .. .. ..@ dataCorrection  : int(0) 
  .. .. .. ..@ polarity        : chr(0) 
  .. .. .. ..@ progressInfo    :List of 12
  .. .. .. .. ..$ group.density          : num 0
  .. .. .. .. ..$ group.mzClust          : num 0
  .. .. .. .. ..$ group.nearest          : num 0
  .. .. .. .. ..$ findPeaks.centWave     : num 0
  .. .. .. .. ..$ findPeaks.massifquant  : num 0
  .. .. .. .. ..$ findPeaks.matchedFilter: num 0
  .. .. .. .. ..$ findPeaks.MS1          : num 0
  .. .. .. .. ..$ findPeaks.MSW          : num 0
  .. .. .. .. ..$ retcor.obiwarp         : num 0
  .. .. .. .. ..$ retcor.peakgroups      : num 0
  .. .. .. .. ..$ fillPeaks.chrom        : num 0
  .. .. .. .. ..$ fillPeaks.MSW          : num 0
  .. .. .. ..@ progressCallback:function (progress)  
  .. ..@ ruleset          : NULL
  .. ..@ annoID           : logi[0 , 1:4] 
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. ..$ : chr [1:4] "id" "grpID" "ruleID" "parentID"
  .. ..@ annoGrp          : logi[0 , 1:4] 
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. ..$ : chr [1:4] "id" "mass" "ips" "psgrp"
  .. ..@ isoID            : num [1:315, 1:4] 14 90 107 121 134 137 148 152 157 170 ...
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : NULL
  .. .. .. ..$ : chr [1:4] "mpeak" "isopeak" "iso" "charge"
  .. ..@ polarity         : chr ""
  .. ..@ runParallel      :List of 1
  .. .. ..$ enable: num 0
  .. ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slots
  .. .. .. ..@ .Data:List of 1
  .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 13 333
 $ Annotation:List of 5
  ..$ annotation.table    :'data.frame':        27 obs. of  13 variables:
  .. ..$ feature     : int [1:27] 190 193 195 206 208 209 212 367 368 371 ...
  .. ..$ db_position : int [1:27] 21 22 23 21 23 24 22 1 2 4 ...
  .. ..$ ChemSpiderID: int [1:27] 10463792 10463792 10463792 10463792 10463792 10463792 10463792 8711 8711 8711 ...
  .. ..$ mz          : num [1:27] 137 348 696 137 696 ...
  .. ..$ rt          : num [1:27] 10.8 10.8 10.8 11.2 11.2 ...
  .. ..$ I           : num [1:27] 10660 3754.5 32.4 5127 58.2 ...
  .. ..$ compound    : Factor w/ 4 levels "D-(+)-Catechin",..: 4 4 4 4 4 4 4 1 1 1 ...
  .. ..$ db_mz       : num [1:27] 137 348 696 137 696 ...
  .. ..$ db_rt       : num [1:27] 10.8 10.8 10.8 10.8 10.8 ...
  .. ..$ db_I        : num [1:27] 33.4 4478.7 58.2 33.4 58.2 ...
  .. ..$ db_ann      : Factor w/ 1 level "automatic": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ mz.err      : num [1:27] 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 ...
  .. ..$ clid        : int [1:27] 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 ...
  ..$ compounds           : chr [1:4] "adenosine 2'-monophosphate" "D-(+)-Catechin" "malvidin-3-glucoside" "rutin "
  ..$ ChemSpiderIDs       : int [1:4] 10463792 8711 391785 4444362
  ..$ multiple.annotations: num(0) 
  ..$ ann.features        : int [1:27] 190 193 195 206 208 209 212 367 368 371 ...
 $ Settings  :Formal class 'metaMSsettings' [package "metaMS"] with 30 slots
  .. ..@ protocolName                      : chr "Synapt.QTOF.RP"
  .. ..@ chrom                             : chr "LC"
  .. ..@ PeakPicking                       :List of 5
  .. .. ..$ method  : chr "matchedFilter"
  .. .. ..$ step    : num 0.05
  .. .. ..$ fwhm    : num 20
  .. .. ..$ snthresh: num 4
  .. .. ..$ max     : num 50
  .. ..@ Alignment                         :List of 9
  .. .. ..$ min.class.fraction: num 0.3
  .. .. ..$ min.class.size    : num 3
  .. .. ..$ mzwid             : num 0.1
  .. .. ..$ bws               : num [1:2] 30 10
  .. .. ..$ missingratio      : num 0.2
  .. .. ..$ extraratio        : num 0.1
  .. .. ..$ retcormethod      : chr "linear"
  .. .. ..$ retcorfamily      : chr "symmetric"
  .. .. ..$ fillPeaks         : logi TRUE
  .. ..@ CAMERA                            :List of 3
  .. .. ..$ perfwhm   : num 0.6
  .. .. ..$ cor_eic_th: num 0.7
  .. .. ..$ ppm       : num 5
  .. ..@ match2DB.rtdiff                   : num 1.5
  .. ..@ match2DB.minfeat                  : num 2
  .. ..@ match2DB.rtval                    : num 0.1
  .. ..@ match2DB.mzdiff                   : num 0.005
  .. ..@ match2DB.ppm                      : num 5
  .. ..@ match2DB.simthresh                : num(0) 
  .. ..@ match2DB.timeComparison           : chr(0) 
  .. ..@ match2DB.RIdiff                   : num(0) 
  .. ..@ DBconstruction.minfeat            : num(0) 
  .. ..@ DBconstruction.rttol              : num(0) 
  .. ..@ DBconstruction.mztol              : num(0) 
  .. ..@ DBconstruction.minintens          : num(0) 
  .. ..@ DBconstruction.intensityMeasure   : chr(0) 
  .. ..@ DBconstruction.DBthreshold        : num(0) 
  .. ..@ matchIrrelevants.irrelevantClasses: chr(0) 
  .. ..@ matchIrrelevants.simthresh        : num(0) 
  .. ..@ matchIrrelevants.timeComparison   : chr(0) 
  .. ..@ matchIrrelevants.RIdiff           : num(0) 
  .. ..@ matchIrrelevants.rtdiff           : num(0) 
  .. ..@ betweenSamples.min.class.fraction : num(0) 
  .. ..@ betweenSamples.min.class.size     : num(0) 
  .. ..@ betweenSamples.timeComparison     : chr(0) 
  .. ..@ betweenSamples.rtdiff             : num(0) 
  .. ..@ betweenSamples.RIdiff             : num(0) 
  .. ..@ betweenSamples.simthresh          : num(0)